src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.gui.Help.HelpId;
  26 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  27 import jalview.io.BackupFiles;
  28 import jalview.io.FileFormatI;
  29 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  30 import jalview.io.JalviewFileView;
  31 import jalview.jbgui.GPreferences;
  32 import jalview.jbgui.GSequenceLink;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  35 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  36 import jalview.urls.UrlLinkTableModel;
  37 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  38 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  39 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  40 import jalview.util.BrowserLauncher;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.util.Platform;
  43 import jalview.util.UrlConstants;
  44 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54 import java.io.File;
  55 import java.util.ArrayList;
  56 import java.util.List;
  57
  58 import javax.help.HelpSetException;
  59 import javax.swing.JComboBox;
  60 import javax.swing.JFileChooser;
  61 import javax.swing.JInternalFrame;
  62 import javax.swing.JPanel;
  63 import javax.swing.ListSelectionModel;
  64 import javax.swing.RowFilter;
  65 import javax.swing.RowSorter;
  66 import javax.swing.SortOrder;
  67 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  68 import javax.swing.event.DocumentListener;
  69 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  70 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  71 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  72 import javax.swing.table.TableColumn;
  73 import javax.swing.table.TableModel;
  74 import javax.swing.table.TableRowSorter;
  75
  76 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  77
  78 /**
  79  * DOCUMENT ME!
  80  *
  81  * @author $author$
  82  * @version $Revision$
  83  */
  84 @SuppressWarnings("serial")
  85 public class Preferences extends GPreferences
  86 {
  87   public static final String ADD_SS_ANN = "ADD_SS_ANN";
  88
  89   public static final String ADD_TEMPFACT_ANN = "ADD_TEMPFACT_ANN";
  90
  91   public static final String ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING = "ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING";
  92
  93   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MAX = "ANNOTATIONCOLOUR_MAX";
  94
  95   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MIN = "ANNOTATIONCOLOUR_MIN";
  96
  97   public static final String ANTI_ALIAS = "ANTI_ALIAS";
  98
  99   public static final String AUTO_CALC_CONSENSUS = "AUTO_CALC_CONSENSUS";
 100
 101   public static final String AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS = "AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS";
 102
 103   public static final String BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE = "BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE";
 104
 105   public static final String CENTRE_COLUMN_LABELS = "CENTRE_COLUMN_LABELS";
 106
 107   public static final String CHIMERA_PATH = "CHIMERA_PATH";
 108
 109   public static final String DBREFFETCH_USEPICR = "DBREFFETCH_USEPICR";
 110
 111   public static final String DEFAULT_COLOUR = "DEFAULT_COLOUR";
 112
 113   public static final String DEFAULT_COLOUR_NUC = "DEFAULT_COLOUR_NUC";
 114
 115   public static final String DEFAULT_COLOUR_PROT = "DEFAULT_COLOUR_PROT";
 116
 117   public static final String ENABLE_SPLIT_FRAME = "ENABLE_SPLIT_FRAME";
 118
 119   public static final String FIGURE_AUTOIDWIDTH = "FIGURE_AUTOIDWIDTH";
 120
 121   public static final String FIGURE_FIXEDIDWIDTH = "FIGURE_FIXEDIDWIDTH";
 122
 123   public static final String FOLLOW_SELECTIONS = "FOLLOW_SELECTIONS";
 124
 125   public static final String FONT_NAME = "FONT_NAME";
 126
 127   public static final String FONT_SIZE = "FONT_SIZE";
 128
 129   public static final String FONT_STYLE = "FONT_STYLE";
 130
 131   public static final String GAP_COLOUR = "GAP_COLOUR";
 132
 133   public static final String GAP_SYMBOL = "GAP_SYMBOL";
 134
 135   public static final String HIDDEN_COLOUR = "HIDDEN_COLOUR";
 136
 137   public static final String HIDE_INTRONS = "HIDE_INTRONS";
 138
 139   public static final String ID_ITALICS = "ID_ITALICS";
 140
 141   public static final String ID_ORG_HOSTURL = "ID_ORG_HOSTURL";
 142
 143   public static final String MAP_WITH_SIFTS = "MAP_WITH_SIFTS";
 144
 145   public static final String NOQUESTIONNAIRES = "NOQUESTIONNAIRES";
 146
 147   public static final String NORMALISE_CONSENSUS_LOGO = "NORMALISE_CONSENSUS_LOGO";
 148
 149   public static final String NORMALISE_LOGO = "NORMALISE_LOGO";
 150
 151   public static final String PAD_GAPS = "PAD_GAPS";
 152
 153   public static final String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = "PDB_DOWNLOAD_FORMAT";
 154
 155   public static final String QUESTIONNAIRE = "QUESTIONNAIRE";
 156
 157   public static final String RELAXEDSEQIDMATCHING = "RELAXEDSEQIDMATCHING";
 158
 159   public static final String RIGHT_ALIGN_IDS = "RIGHT_ALIGN_IDS";
 160
 161   public static final String SCALE_PROTEIN_TO_CDNA = "SCALE_PROTEIN_TO_CDNA";
 162
 163   public static final String SHOW_ANNOTATIONS = "SHOW_ANNOTATIONS";
 164
 165   public static final String SHOW_AUTOCALC_ABOVE = "SHOW_AUTOCALC_ABOVE";
 166
 167   public static final String SHOW_CONSENSUS = "SHOW_CONSENSUS";
 168
 169   public static final String SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM = "SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM";
 170
 171   public static final String SHOW_CONSENSUS_LOGO = "SHOW_CONSENSUS_LOGO";
 172
 173   public static final String SHOW_CONSERVATION = "SHOW_CONSERVATION";
 174
 175   public static final String SHOW_DBREFS_TOOLTIP = "SHOW_DBREFS_TOOLTIP";
 176
 177   public static final String SHOW_FULLSCREEN = "SHOW_FULLSCREEN";
 178
 179   public static final String SHOW_GROUP_CONSENSUS = "SHOW_GROUP_CONSENSUS";
 180
 181   public static final String SHOW_GROUP_CONSERVATION = "SHOW_GROUP_CONSERVATION";
 182
 183   public static final String SHOW_IDENTITY = "SHOW_IDENTITY";
 184
 185   public static final String SHOW_JVSUFFIX = "SHOW_JVSUFFIX";
 186
 187   public static final String SHOW_NPFEATS_TOOLTIP = "SHOW_NPFEATS_TOOLTIP";
 188
 189   public static final String SHOW_OCCUPANCY = "SHOW_OCCUPANCY";
 190
 191   public static final String SHOW_OV_HIDDEN_AT_START = "SHOW_OV_HIDDEN_AT_START";
 192
 193   public static final String SHOW_OVERVIEW = "SHOW_OVERVIEW";
 194
 195   public static final String SHOW_QUALITY = "SHOW_QUALITY";
 196
 197   public static final String SHOW_UNCONSERVED = "SHOW_UNCONSERVED";
 198
 199   public static final String SORT_ALIGNMENT = "SORT_ALIGNMENT";
 200
 201   public static final String SORT_ANNOTATIONS = "SORT_ANNOTATIONS";
 202
 203   public static final String SORT_BY_TREE = "SORT_BY_TREE";
 204
 205   public static final String STRUCT_FROM_PDB = "STRUCT_FROM_PDB";
 206
 207   public static final String STRUCTURE_DISPLAY = "STRUCTURE_DISPLAY";
 208
 209   public static final String STRUCTURE_DIMENSIONS = "STRUCTURE_DIMENSIONS";
 210
 211   public static final String UNIPROT_DOMAIN = "UNIPROT_DOMAIN";
 212
 213   public static final String USE_FULL_SO = "USE_FULL_SO";
 214
 215   public static final String USE_LEGACY_GAP = "USE_LEGACY_GAP";
 216
 217   public static final String USE_RNAVIEW = "USE_RNAVIEW";
 218
 219   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
 220
 221   public static final String WRAP_ALIGNMENT = "WRAP_ALIGNMENT";
 222
 223
 224   private static final int MIN_FONT_SIZE = 1;
 225
 226   private static final int MAX_FONT_SIZE = 30;
 227
 228   /**
 229    * Holds name and link separated with | character. Sequence ID must be
 230    * $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/.possible | chars ./=$
 231    */
 232   public static UrlProviderI sequenceUrlLinks; // must be nonfinal for test
 233
 234   public final static UrlLinkTableModel dataModel;
 235
 236   /**
 237    * Holds name and link separated with | character. Sequence IDS and Sequences
 238    * must be $SEQUENCEIDS$ or $SEQUENCEIDS=/.possible | chars ./=$ and
 239    * $SEQUENCES$ or $SEQUENCES=/.possible | chars ./=$ and separation character
 240    * for first and second token specified after a pipe character at end |,|.
 241    * (TODO: proper escape for using | to separate ids or sequences
 242    */
 243
 244   public static final List<String> groupURLLinks; // not implemented
 245
 246   public static final Dimension DEFAULT_STRUCTURE_DIMENSIONS = new Dimension(
 247           600, 600);
 248
 249   static
 250   {
 251     // get links selected to be in the menu (SEQUENCE_LINKS)
 252     // and links entered by the user but not selected (STORED_LINKS)
 253     String inMenuString = Cache.getDefault("SEQUENCE_LINKS", "");
 254     String notInMenuString = Cache.getDefault("STORED_LINKS", "");
 255     String defaultUrl = Cache.getDefault("DEFAULT_URL",
 256             UrlConstants.DEFAULT_LABEL);
 257
 258     // if both links lists are empty, add the DEFAULT_URL link
 259     // otherwise we assume the default link is in one of the lists
 260     if (inMenuString.isEmpty() && notInMenuString.isEmpty())
 261     {
 262       inMenuString = UrlConstants.DEFAULT_STRING;
 263     }
 264     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(defaultUrl,
 265             inMenuString, notInMenuString);
 266     sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 267     dataModel = new UrlLinkTableModel(sequenceUrlLinks);
 268
 269     /**
 270      * TODO: reformulate groupURL encoding so two or more can be stored in the
 271      * .properties file as '|' separated strings
 272      */
 273
 274     groupURLLinks = new ArrayList<>(); // not implemented
 275   }
 276
 277   JInternalFrame frame;
 278
 279   private WsPreferences wsPrefs;
 280
 281   private OptionsParam promptEachTimeOpt = new OptionsParam(
 282           MessageManager.getString("label.prompt_each_time"),
 283           "Prompt each time");
 284
 285   private OptionsParam lineArtOpt = new OptionsParam(
 286           MessageManager.getString("label.lineart"), "Lineart");
 287
 288   private OptionsParam textOpt = new OptionsParam(
 289           MessageManager.getString("action.text"), "Text");
 290
 291   /**
 292    * Creates a new Preferences object.
 293    */
 294   public Preferences()
 295   {
 296     super();
 297     frame = new JInternalFrame();
 298     frame.setContentPane(this);
 299     if (!Platform.isJS())
 300     /**
 301      * Java only
 302      *
 303      * @j2sIgnore
 304      */
 305     {
 306       wsPrefs = new WsPreferences();
 307       wsTab.add(wsPrefs, BorderLayout.CENTER);
 308     }
 309     int width = 700, height = 510; // BH 2019.07.12 added 60 to height and 40 to
 310                                    // width (for Visual check boxes and Links
 311                                    // "Double Click" header)
 312     // BH 2019.09.24 added 20 to width
 313     // (structure panel was too small anyway, and I added a default dimension
 314     // for Jmol
 315     if (Platform.isAMacAndNotJS())
 316     {
 317       width = 570;
 318       height = 540; // BH 2019.07.12 added 30
 319     }
 320
 321     Desktop.addInternalFrame(frame,
 322             MessageManager.getString("label.preferences"), width, height);
 323     frame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 324
 325     /*
 326      * Set Visual tab defaults
 327      */
 328     seqLimit.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_JVSUFFIX, true));
 329     rightAlign.setSelected(Cache.getDefault(RIGHT_ALIGN_IDS, false));
 330     fullScreen.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_FULLSCREEN, false));
 331     annotations.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_ANNOTATIONS, true));
 332
 333     conservation.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSERVATION, true));
 334     quality.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_QUALITY, true));
 335     identity.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_IDENTITY, true));
 336     openoverv.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OVERVIEW, false));
 337     showUnconserved
 338             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_UNCONSERVED, false));
 339     showOccupancy.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OCCUPANCY, false));
 340     showGroupConsensus
 341             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSENSUS, false));
 342     showGroupConservation.setSelected(
 343             Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSERVATION, false));
 344     showConsensHistogram.setSelected(
 345             Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM, true));
 346     showConsensLogo
 347             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_LOGO, false));
 348     showNpTooltip
 349             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_NPFEATS_TOOLTIP, true));
 350     showDbRefTooltip
 351             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_DBREFS_TOOLTIP, true));
 352
 353     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
 354             .getLocalGraphicsEnvironment().getAvailableFontFamilyNames();
 355     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)
 356     {
 357       fontNameCB.addItem(fonts[i]);
 358     }
 359
 360     for (int i = MIN_FONT_SIZE; i <= MAX_FONT_SIZE; i++)
 361     {
 362       fontSizeCB.addItem(i + "");
 363     }
 364
 365     fontStyleCB.addItem("plain");
 366     fontStyleCB.addItem("bold");
 367     fontStyleCB.addItem("italic");
 368
 369     fontNameCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(FONT_NAME, "SansSerif"));
 370     fontSizeCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(FONT_SIZE, "10"));
 371     fontStyleCB.setSelectedItem(
 372             Cache.getDefault(FONT_STYLE, Font.PLAIN + ""));
 373
 374     smoothFont.setSelected(Cache.getDefault(ANTI_ALIAS, false));
 375     scaleProteinToCdna
 376             .setSelected(Cache.getDefault(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, false));
 377
 378     idItalics.setSelected(Cache.getDefault(ID_ITALICS, true));
 379
 380     wrap.setSelected(Cache.getDefault(WRAP_ALIGNMENT, false));
 381
 382     gapSymbolCB.addItem("-");
 383     gapSymbolCB.addItem(".");
 384
 385     gapSymbolCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(GAP_SYMBOL, "-"));
 386
 387     sortby.addItem("No sort");
 388     sortby.addItem("Id");
 389     sortby.addItem("Pairwise Identity");
 390     sortby.setSelectedItem(Cache.getDefault(SORT_ALIGNMENT, "No sort"));
 391
 392     sortAnnBy.addItem(SequenceAnnotationOrder.NONE.toString());
 393     sortAnnBy
 394             .addItem(SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL.toString());
 395     sortAnnBy
 396             .addItem(SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE.toString());
 397     SequenceAnnotationOrder savedSort = SequenceAnnotationOrder
 398             .valueOf(Cache.getDefault(SORT_ANNOTATIONS,
 399                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 400     sortAnnBy.setSelectedItem(savedSort.toString());
 401
 402     sortAutocalc.addItem("Autocalculated first");
 403     sortAutocalc.addItem("Autocalculated last");
 404     final boolean showAbove = Cache.getDefault(SHOW_AUTOCALC_ABOVE, true);
 405     sortAutocalc.setSelectedItem(showAbove ? sortAutocalc.getItemAt(0)
 406             : sortAutocalc.getItemAt(1));
 407     startupCheckbox
 408             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true));
 409     startupFileTextfield.setText(Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 410             Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 411                     + "/examples/exampleFile_2_3.jar"));
 412
 413     /*
 414      * Set Colours tab defaults
 415      */
 416     protColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 417     nucColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 418     for (ColourSchemeI cs : ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes())
 419     {
 420       String name = cs.getSchemeName();
 421       protColour.addItem(name);
 422       nucColour.addItem(name);
 423     }
 424     String oldProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR,
 425             ResidueColourScheme.NONE);
 426     String newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_PROT, null);
 427     protColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 428     newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_NUC, null);
 429     nucColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 430     minColour.setBackground(
 431             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MIN, Color.orange));
 432     maxColour.setBackground(
 433             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MAX, Color.red));
 434
 435     /*
 436      * Set overview panel defaults
 437      */
 438     gapColour.setBackground(
 439             Cache.getDefaultColour(GAP_COLOUR,
 440                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP));
 441     hiddenColour.setBackground(
 442             Cache.getDefaultColour(HIDDEN_COLOUR,
 443                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN));
 444     useLegacyGap.setSelected(Cache.getDefault(USE_LEGACY_GAP, false));
 445     gapLabel.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 446     gapColour.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 447     showHiddenAtStart
 448             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, false));
 449
 450     /*
 451      * Set Structure tab defaults.
 452      */
 453     final boolean structSelected = Cache.getDefault(STRUCT_FROM_PDB, false);
 454     structFromPdb.setSelected(structSelected);
 455     useRnaView.setSelected(Cache.getDefault(USE_RNAVIEW, false));
 456     useRnaView.setEnabled(structSelected);
 457     addSecondaryStructure.setSelected(Cache.getDefault(ADD_SS_ANN, false));
 458     addSecondaryStructure.setEnabled(structSelected);
 459     addTempFactor.setSelected(Cache.getDefault(ADD_TEMPFACT_ANN, false));
 460     addTempFactor.setEnabled(structSelected);
 461     if (!Platform.isJS())
 462     {
 463     structViewer.setSelectedItem(
 464             Cache.getDefault(STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name()));
 465     }
 466     Dimension d = Cache.getDefaultDim(STRUCTURE_DIMENSIONS,
 467             DEFAULT_STRUCTURE_DIMENSIONS);
 468     String s = d.width + "," + d.height;
 469     structureDimensions.setText(s);
 470     chimeraPath.setText(Cache.getDefault(CHIMERA_PATH, ""));
 471     chimeraPath.addActionListener(new ActionListener()
 472     {
 473       @Override
 474       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 475       {
 476         validateChimeraPath();
 477       }
 478     });
 479
 480     if (Cache.getDefault(MAP_WITH_SIFTS, false))
 481     {
 482       siftsMapping.setSelected(true);
 483     }
 484     else
 485     {
 486       nwMapping.setSelected(true);
 487     }
 488
 489     SiftsSettings
 490             .setMapWithSifts(Cache.getDefault(MAP_WITH_SIFTS, false));
 491
 492     /*
 493      * Set Connections tab defaults
 494      */
 495
 496     // set up sorting
 497     linkUrlTable.setModel(dataModel);
 498     final TableRowSorter<TableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 499             linkUrlTable.getModel());
 500     linkUrlTable.setRowSorter(sorter);
 501     List<RowSorter.SortKey> sortKeys = new ArrayList<>();
 502
 503     UrlLinkTableModel m = (UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel();
 504     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getPrimaryColumn(),
 505             SortOrder.DESCENDING));
 506     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getSelectedColumn(),
 507             SortOrder.DESCENDING));
 508     sortKeys.add(
 509             new RowSorter.SortKey(m.getNameColumn(), SortOrder.ASCENDING));
 510
 511     sorter.setSortKeys(sortKeys);
 512     // BH 2018 setSortKeys will do the sort
 513     // sorter.sort();
 514
 515     // set up filtering
 516     ActionListener onReset;
 517     onReset = new ActionListener()
 518     {
 519       @Override
 520       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 521       {
 522         filterTB.setText("");
 523         sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter(""));
 524       }
 525
 526     };
 527     doReset.addActionListener(onReset);
 528
 529     // filter to display only custom urls
 530     final RowFilter<TableModel, Object> customUrlFilter = new RowFilter<TableModel, Object>()
 531     {
 532       @Override
 533       public boolean include(
 534               Entry<? extends TableModel, ? extends Object> entry)
 535       {
 536         return ((UrlLinkTableModel) entry.getModel()).isUserEntry(entry);
 537       }
 538     };
 539
 540     final TableRowSorter<TableModel> customSorter = new TableRowSorter<>(
 541             linkUrlTable.getModel());
 542     customSorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 543
 544     ActionListener onCustomOnly;
 545     onCustomOnly = new ActionListener()
 546     {
 547       @Override
 548       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 549       {
 550         filterTB.setText("");
 551         sorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 552       }
 553     };
 554     userOnly.addActionListener(onCustomOnly);
 555
 556     filterTB.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 557     {
 558       String caseInsensitiveFlag = "(?i)";
 559
 560       @Override
 561       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 562       {
 563         sorter.setRowFilter(RowFilter
 564                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 565       }
 566
 567       @Override
 568       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 569       {
 570         sorter.setRowFilter(RowFilter
 571                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 572       }
 573
 574       @Override
 575       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 576       {
 577         sorter.setRowFilter(RowFilter
 578                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 579       }
 580     });
 581
 582     // set up list selection functionality
 583     linkUrlTable.getSelectionModel()
 584             .addListSelectionListener(new UrlListSelectionHandler());
 585
 586     // set up radio buttons
 587     int onClickCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
 588             .getPrimaryColumn();
 589     String onClickName = linkUrlTable.getColumnName(onClickCol);
 590     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 591             .setCellRenderer(new RadioButtonRenderer());
 592     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 593             .setCellEditor(new RadioButtonEditor());
 594
 595     // get boolean columns and resize those to min possible
 596     for (int column = 0; column < linkUrlTable.getColumnCount(); column++)
 597     {
 598       if (linkUrlTable.getModel().getColumnClass(column)
 599               .equals(Boolean.class))
 600       {
 601         TableColumn tableColumn = linkUrlTable.getColumnModel()
 602                 .getColumn(column);
 603         int preferredWidth = tableColumn.getMinWidth();
 604
 605         TableCellRenderer cellRenderer = linkUrlTable.getCellRenderer(0,
 606                 column);
 607         Component c = linkUrlTable.prepareRenderer(cellRenderer, 0, column);
 608         int cwidth = c.getPreferredSize().width
 609                 + linkUrlTable.getIntercellSpacing().width;
 610         preferredWidth = Math.max(preferredWidth, cwidth);
 611
 612         tableColumn.setPreferredWidth(preferredWidth);
 613       }
 614     }
 615
 616     useProxy.setSelected(Cache.getDefault("USE_PROXY", false));
 617     useProxy_actionPerformed(); // make sure useProxy is correctly initialised
 618     proxyServerTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", ""));
 619     proxyPortTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_PORT", ""));
 620
 621     defaultBrowser.setText(Cache.getDefault("DEFAULT_BROWSER", ""));
 622
 623     usagestats.setSelected(Cache.getDefault("USAGESTATS", false));
 624     // note antisense here: default is true
 625     questionnaire
 626             .setSelected(Cache.getProperty(NOQUESTIONNAIRES) == null);
 627     versioncheck.setSelected(Cache.getDefault("VERSION_CHECK", true));
 628
 629     /*
 630      * Set Output tab defaults
 631      */
 632     setupOutputCombo(epsRendering, "EPS_RENDERING");
 633     setupOutputCombo(htmlRendering, "HTML_RENDERING");
 634     setupOutputCombo(svgRendering, "SVG_RENDERING");
 635     autoIdWidth.setSelected(Cache.getDefault(FIGURE_AUTOIDWIDTH, false));
 636     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 637     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 638     Integer wi = Cache.getIntegerProperty(FIGURE_FIXEDIDWIDTH);
 639     userIdWidth.setText(wi == null ? "" : wi.toString());
 640     // TODO: refactor to use common enum via FormatAdapter and allow extension
 641     // for new flat file formats
 642     blcjv.setSelected(Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
 643     clustaljv.setSelected(Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
 644     fastajv.setSelected(Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
 645     msfjv.setSelected(Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
 646     pfamjv.setSelected(Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 647     pileupjv.setSelected(Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
 648     pirjv.setSelected(Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 649     modellerOutput.setSelected(Cache.getDefault("PIR_MODELLER", false));
 650     embbedBioJSON
 651             .setSelected(Cache.getDefault("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", true));
 652
 653     /*
 654      * Set Editing tab defaults
 655      */
 656     autoCalculateConsCheck
 657             .setSelected(Cache.getDefault(AUTO_CALC_CONSENSUS, true));
 658     padGaps.setSelected(Cache.getDefault(PAD_GAPS, false));
 659     sortByTree.setSelected(Cache.getDefault(SORT_BY_TREE, false));
 660
 661     annotations_actionPerformed(null); // update the display of the annotation
 662                                        // settings
 663
 664
 665     /*
 666      * Set Backups tab defaults
 667      */
 668     if (!Platform.isJS())
 669     {
 670       loadLastSavedBackupsOptions();
 671     }
 672
 673   }
 674
 675   /**
 676    * A helper method that sets the items and initial selection in a character
 677    * rendering option list (Prompt each time/Lineart/Text)
 678    *
 679    * @param comboBox
 680    * @param propertyKey
 681    */
 682   protected void setupOutputCombo(JComboBox<Object> comboBox,
 683           String propertyKey)
 684   {
 685     comboBox.addItem(promptEachTimeOpt);
 686     comboBox.addItem(lineArtOpt);
 687     comboBox.addItem(textOpt);
 688
 689     /*
 690      * JalviewJS doesn't support Lineart so force it to Text
 691      */
 692     String defaultOption = Platform.isJS() ? "Text"
 693             : Cache.getDefault(propertyKey, "Prompt each time");
 694     if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Text"))
 695     {
 696       comboBox.setSelectedItem(textOpt);
 697     }
 698     else if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Lineart"))
 699     {
 700       comboBox.setSelectedItem(lineArtOpt);
 701     }
 702     else
 703     {
 704       comboBox.setSelectedItem(promptEachTimeOpt);
 705     }
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Save user selections on the Preferences tabs to the Cache and write out to
 710    * file.
 711    *
 712    * @param e
 713    */
 714   @Override
 715   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 716   {
 717     if (!validateSettings())
 718     {
 719       return;
 720     }
 721
 722     /*
 723      * Save Visual settings
 724      */
 725     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_JVSUFFIX,
 726             Boolean.toString(seqLimit.isSelected()));
 727     Cache.setPropertyNoSave(RIGHT_ALIGN_IDS,
 728             Boolean.toString(rightAlign.isSelected()));
 729     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_FULLSCREEN,
 730             Boolean.toString(fullScreen.isSelected()));
 731     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OVERVIEW,
 732             Boolean.toString(openoverv.isSelected()));
 733     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_ANNOTATIONS,
 734             Boolean.toString(annotations.isSelected()));
 735     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION,
 736             Boolean.toString(conservation.isSelected()));
 737     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY,
 738             Boolean.toString(quality.isSelected()));
 739     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_IDENTITY,
 740             Boolean.toString(identity.isSelected()));
 741
 742     Cache.setPropertyNoSave(GAP_SYMBOL,
 743             gapSymbolCB.getSelectedItem().toString());
 744
 745     Cache.setPropertyNoSave(FONT_NAME,
 746             fontNameCB.getSelectedItem().toString());
 747     Cache.setPropertyNoSave(FONT_STYLE,
 748             fontStyleCB.getSelectedItem().toString());
 749     Cache.setPropertyNoSave(FONT_SIZE,
 750             fontSizeCB.getSelectedItem().toString());
 751
 752     Cache.setPropertyNoSave(ID_ITALICS,
 753             Boolean.toString(idItalics.isSelected()));
 754     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED,
 755             Boolean.toString(showUnconserved.isSelected()));
 756     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OCCUPANCY,
 757             Boolean.toString(showOccupancy.isSelected()));
 758     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS,
 759             Boolean.toString(showGroupConsensus.isSelected()));
 760     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION,
 761             Boolean.toString(showGroupConservation.isSelected()));
 762     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM,
 763             Boolean.toString(showConsensHistogram.isSelected()));
 764     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_LOGO,
 765             Boolean.toString(showConsensLogo.isSelected()));
 766     Cache.setPropertyNoSave(ANTI_ALIAS,
 767             Boolean.toString(smoothFont.isSelected()));
 768     Cache.setPropertyNoSave(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA,
 769             Boolean.toString(scaleProteinToCdna.isSelected()));
 770     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_NPFEATS_TOOLTIP,
 771             Boolean.toString(showNpTooltip.isSelected()));
 772     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_DBREFS_TOOLTIP,
 773             Boolean.toString(showDbRefTooltip.isSelected()));
 774
 775     Cache.setPropertyNoSave(WRAP_ALIGNMENT,
 776             Boolean.toString(wrap.isSelected()));
 777
 778     Cache.setPropertyNoSave("STARTUP_FILE", startupFileTextfield.getText());
 779     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_STARTUP_FILE",
 780             Boolean.toString(startupCheckbox.isSelected()));
 781
 782     Cache.setPropertyNoSave(SORT_ALIGNMENT,
 783             sortby.getSelectedItem().toString());
 784
 785     // convert description of sort order to enum name for save
 786     SequenceAnnotationOrder annSortOrder = SequenceAnnotationOrder
 787             .forDescription(sortAnnBy.getSelectedItem().toString());
 788     if (annSortOrder != null)
 789     {
 790       Cache.setPropertyNoSave(SORT_ANNOTATIONS, annSortOrder.name());
 791     }
 792
 793     final boolean showAutocalcFirst = sortAutocalc.getSelectedIndex() == 0;
 794     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
 795             Boolean.valueOf(showAutocalcFirst).toString());
 796
 797     /*
 798      * Save Colours settings
 799      */
 800     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_PROT,
 801             protColour.getSelectedItem().toString());
 802     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_NUC,
 803             nucColour.getSelectedItem().toString());
 804     Cache.setColourPropertyNoSave(ANNOTATIONCOLOUR_MIN,
 805             minColour.getBackground());
 806     Cache.setColourPropertyNoSave(ANNOTATIONCOLOUR_MAX,
 807             maxColour.getBackground());
 808
 809     /*
 810      * Save Overview settings
 811      */
 812     Cache.setColourPropertyNoSave(GAP_COLOUR, gapColour.getBackground());
 813     Cache.setColourPropertyNoSave(HIDDEN_COLOUR,
 814             hiddenColour.getBackground());
 815     Cache.setPropertyNoSave(USE_LEGACY_GAP,
 816             Boolean.toString(useLegacyGap.isSelected()));
 817     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
 818             Boolean.toString(showHiddenAtStart.isSelected()));
 819
 820     /*
 821      * Save Structure settings
 822      */
 823     Cache.setPropertyNoSave(ADD_TEMPFACT_ANN,
 824             Boolean.toString(addTempFactor.isSelected()));
 825     Cache.setPropertyNoSave(ADD_SS_ANN,
 826             Boolean.toString(addSecondaryStructure.isSelected()));
 827     Cache.setPropertyNoSave(USE_RNAVIEW,
 828             Boolean.toString(useRnaView.isSelected()));
 829     Cache.setPropertyNoSave(STRUCT_FROM_PDB,
 830             Boolean.toString(structFromPdb.isSelected()));
 831     if (!Platform.isJS())
 832     {
 833     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DISPLAY,
 834             structViewer.getSelectedItem().toString());
 835     }
 836     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DIMENSIONS,
 837             structureDimensions.getText()); // BH 2019.07.12
 838     Cache.setOrRemove(CHIMERA_PATH, chimeraPath.getText());
 839     Cache.setPropertyNoSave(MAP_WITH_SIFTS,
 840             Boolean.toString(siftsMapping.isSelected()));
 841     SiftsSettings.setMapWithSifts(siftsMapping.isSelected());
 842
 843     /*
 844      * Save Output settings
 845      */
 846     Cache.setPropertyNoSave("EPS_RENDERING",
 847             ((OptionsParam) epsRendering.getSelectedItem()).getCode());
 848     Cache.setPropertyNoSave("HTML_RENDERING",
 849             ((OptionsParam) htmlRendering.getSelectedItem()).getCode());
 850     Cache.setPropertyNoSave("SVG_RENDERING",
 851             ((OptionsParam) svgRendering.getSelectedItem()).getCode());
 852
 853     if (!Platform.isJS())
 854     /**
 855      * @j2sNative
 856      */
 857     {
 858       // Java only
 859       // Save Connections settings
 860       Cache.setOrRemove("DEFAULT_BROWSER", defaultBrowser.getText());
 861       BrowserLauncher.resetBrowser();
 862     }
 863
 864     // save user-defined and selected links
 865     String menuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(true);
 866     if (menuLinks.isEmpty())
 867     {
 868       Cache.removePropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS");
 869     }
 870     else
 871     {
 872       Cache.setPropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS", menuLinks.toString());
 873     }
 874
 875     String nonMenuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(false);
 876     if (nonMenuLinks.isEmpty())
 877     {
 878       Cache.removePropertyNoSave("STORED_LINKS");
 879     }
 880     else
 881     {
 882       Cache.setPropertyNoSave("STORED_LINKS", nonMenuLinks.toString());
 883     }
 884
 885     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_URL",
 886             sequenceUrlLinks.getPrimaryUrlId());
 887
 888     Cache.setPropertyNoSave("USE_PROXY",
 889             Boolean.toString(useProxy.isSelected()));
 890
 891     Cache.setOrRemove("PROXY_SERVER", proxyServerTB.getText());
 892
 893     Cache.setOrRemove("PROXY_PORT", proxyPortTB.getText());
 894
 895     if (useProxy.isSelected())
 896     {
 897       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServerTB.getText());
 898       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPortTB.getText());
 899     }
 900     else
 901     {
 902       System.setProperty("http.proxyHost", "");
 903       System.setProperty("http.proxyPort", "");
 904     }
 905     Cache.setProperty("VERSION_CHECK",
 906             Boolean.toString(versioncheck.isSelected()));
 907     if (Cache.getProperty("USAGESTATS") != null || usagestats.isSelected())
 908     {
 909       // default is false - we only set this if the user has actively agreed
 910       Cache.setProperty("USAGESTATS",
 911               Boolean.toString(usagestats.isSelected()));
 912     }
 913     if (!questionnaire.isSelected())
 914     {
 915       Cache.setProperty(NOQUESTIONNAIRES, "true");
 916     }
 917     else
 918     {
 919       // special - made easy to edit a property file to disable questionnaires
 920       // by just adding the given line
 921       Cache.removeProperty(NOQUESTIONNAIRES);
 922     }
 923
 924     /*
 925      * Save Output settings
 926      */
 927     Cache.setPropertyNoSave("BLC_JVSUFFIX",
 928             Boolean.toString(blcjv.isSelected()));
 929     Cache.setPropertyNoSave("CLUSTAL_JVSUFFIX",
 930             Boolean.toString(clustaljv.isSelected()));
 931     Cache.setPropertyNoSave("FASTA_JVSUFFIX",
 932             Boolean.toString(fastajv.isSelected()));
 933     Cache.setPropertyNoSave("MSF_JVSUFFIX",
 934             Boolean.toString(msfjv.isSelected()));
 935     Cache.setPropertyNoSave("PFAM_JVSUFFIX",
 936             Boolean.toString(pfamjv.isSelected()));
 937     Cache.setPropertyNoSave("PILEUP_JVSUFFIX",
 938             Boolean.toString(pileupjv.isSelected()));
 939     Cache.setPropertyNoSave("PIR_JVSUFFIX",
 940             Boolean.toString(pirjv.isSelected()));
 941     Cache.setPropertyNoSave("PIR_MODELLER",
 942             Boolean.toString(modellerOutput.isSelected()));
 943     Cache.setPropertyNoSave("EXPORT_EMBBED_BIOJSON",
 944             Boolean.toString(embbedBioJSON.isSelected()));
 945     Cache.setPropertyNoSave(FIGURE_AUTOIDWIDTH,
 946             Boolean.toString(autoIdWidth.isSelected()));
 947     userIdWidth_actionPerformed();
 948     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_FIXEDIDWIDTH", userIdWidth.getText());
 949
 950     /*
 951      * Save Editing settings
 952      */
 953     Cache.setPropertyNoSave(AUTO_CALC_CONSENSUS,
 954             Boolean.toString(autoCalculateConsCheck.isSelected()));
 955     Cache.setPropertyNoSave(SORT_BY_TREE,
 956             Boolean.toString(sortByTree.isSelected()));
 957     Cache.setPropertyNoSave(PAD_GAPS,
 958             Boolean.toString(padGaps.isSelected()));
 959
 960     if (!Platform.isJS())
 961     {
 962       wsPrefs.updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 963       /*
 964        * Save Backups settings
 965        */
 966       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.CONFIRM_DELETE_OLD,
 967               Boolean.toString(backupfilesConfirmDelete.isSelected()));
 968       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ENABLED,
 969               Boolean.toString(enableBackupFiles.isSelected()));
 970       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NO_MAX,
 971               Boolean.toString(backupfilesKeepAll.isSelected()));
 972       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.REVERSE_ORDER,
 973               Boolean.toString(suffixReverse.isSelected()));
 974       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX, suffixTemplate.getText());
 975       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ROLL_MAX, Integer
 976               .toString(getSpinnerInt(backupfilesRollMaxSpinner, 4)));
 977       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX_DIGITS,
 978               Integer.toString(getSpinnerInt(suffixDigitsSpinner, 3)));
 979       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NS + "_PRESET", Integer
 980               .toString(getComboIntStringKey(backupfilesPresetsCombo)));
 981
 982     }
 983
 984     Cache.saveProperties();
 985     Desktop.getInstance().doConfigureStructurePrefs();
 986     try
 987     {
 988       frame.setClosed(true);
 989     } catch (Exception ex)
 990     {
 991     }
 992   }
 993
 994   public static void setAppletDefaults()
 995   {
 996
 997     // http://www.jalview.org/old/v2_8/examples/appletParameters.html
 998
 999     // showConservation true or false Default is true.
1000     // showQuality true or false Default is true.
1001     // showConsensus true or false Default is true.
1002     // showFeatureSettings true or false Shows the feature settings window when
1003     // startin
1004     // showTreeBootstraps true or false (default is true) show or hide branch
1005     // bootstraps
1006     // showTreeDistances true or false (default is true) show or hide branch
1007     // lengths
1008     // showUnlinkedTreeNodes true or false (default is false) indicate if
1009     // unassociated nodes should be highlighted in the tree view
1010     // showUnconserved true of false (default is false) When true, only gaps and
1011     // symbols different to the consensus sequence ions of the alignment
1012     // showGroupConsensus true of false (default is false) When true, shows
1013     // consensus annotation row for any groups on the alignment. (since 2.7)
1014     // showGroupConservation true of false (default is false) When true, shows
1015     // amino-acid property conservation annotation row for any groups on the
1016     // showConsensusHistogram true of false (default is true) When true, shows
1017     // the percentage occurence of the consensus symbol for each column as a
1018     // showSequenceLogo true of false (default is false) When true, shows a
1019     // sequence logo above the consensus sequence (overlaid above the Consensus
1020
1021     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION, "true");
1022     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY, "false");
1023     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS, "true");
1024     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED, "false");
1025     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION, "false");
1026     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS, "false");
1027
1028     // TODO -- just a start here
1029   }
1030
1031   /**
1032    * Do any necessary validation before saving settings. Return focus to the
1033    * first tab which fails validation.
1034    *
1035    * @return
1036    */
1037   private boolean validateSettings()
1038   {
1039     if (!validateStructure())
1040     {
1041       structureTab.requestFocusInWindow();
1042       return false;
1043     }
1044     return true;
1045   }
1046
1047   @Override
1048   protected boolean validateStructure()
1049   {
1050     return validateChimeraPath();
1051
1052   }
1053
1054   /**
1055    * Opens a file browser, and if a file is chosen, sets its path as the text of
1056    * the 'startup file' text field
1057    */
1058   @Override
1059   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
1060   {
1061     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1062     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1063     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1064             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1065     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1066     chooser.setDialogTitle(
1067             MessageManager.getString("label.select_startup_file"));
1068
1069     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1070
1071     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1072     {
1073       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1074       if (format != null)
1075       {
1076         /*
1077          * saving properties to file is deferred to the 'OK' action
1078          */
1079         Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_FILE_FORMAT", format.getName());
1080       }
1081       startupFileTextfield
1082               .setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1083     }
1084   }
1085
1086   /**
1087    * DOCUMENT ME!
1088    *
1089    * @param e
1090    *          DOCUMENT ME!
1091    */
1092   @Override
1093   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
1094   {
1095     try
1096     {
1097       if (!Platform.isJS())
1098       {
1099         wsPrefs.updateWsMenuConfig(true);
1100         wsPrefs.refreshWs_actionPerformed(e);
1101       }
1102       frame.setClosed(true);
1103     } catch (Exception ex)
1104     {
1105     }
1106   }
1107
1108   /**
1109    * DOCUMENT ME!
1110    *
1111    * @param e
1112    *          DOCUMENT ME!
1113    */
1114   @Override
1115   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1116   {
1117     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1118     quality.setEnabled(annotations.isSelected());
1119     identity.setEnabled(annotations.isSelected());
1120     showOccupancy.setEnabled(annotations.isSelected());
1121     showGroupConsensus.setEnabled(annotations.isSelected());
1122     showGroupConservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1123     showConsensHistogram.setEnabled(annotations.isSelected()
1124             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1125     showConsensLogo.setEnabled(annotations.isSelected()
1126             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1127   }
1128
1129   @Override
1130   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1131   {
1132     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1133     boolean valid = false;
1134     while (!valid)
1135     {
1136       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1137               MessageManager.getString("label.new_sequence_url_link"),
1138               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1139               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1140       {
1141         if (link.checkValid())
1142         {
1143           if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1144                   .isUniqueName(link.getName()))
1145           {
1146             ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1147                     .insertRow(link.getName(), link.getURL());
1148             valid = true;
1149           }
1150           else
1151           {
1152             link.notifyDuplicate();
1153             continue;
1154           }
1155         }
1156       }
1157       else
1158       {
1159         break;
1160       }
1161     }
1162   }
1163
1164   @Override
1165   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1166   {
1167     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1168
1169     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1170     if (index == -1)
1171     {
1172       // button no longer enabled if row is not selected
1173       Cache.log.debug("Edit with no row selected in linkUrlTable");
1174       return;
1175     }
1176
1177     int nameCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1178             .getNameColumn();
1179     int urlCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1180             .getUrlColumn();
1181     String oldName = linkUrlTable.getValueAt(index, nameCol).toString();
1182     link.setName(oldName);
1183     link.setURL(linkUrlTable.getValueAt(index, urlCol).toString());
1184
1185     boolean valid = false;
1186     while (!valid)
1187     {
1188       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1189               MessageManager.getString("label.edit_sequence_url_link"),
1190               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1191               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1192       {
1193         if (link.checkValid())
1194         {
1195           if ((oldName.equals(link.getName()))
1196                   || (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1197                           .isUniqueName(link.getName())))
1198           {
1199             linkUrlTable.setValueAt(link.getName(), index, nameCol);
1200             linkUrlTable.setValueAt(link.getURL(), index, urlCol);
1201             valid = true;
1202           }
1203           else
1204           {
1205             link.notifyDuplicate();
1206             continue;
1207           }
1208         }
1209       }
1210       else
1211       {
1212         break;
1213       }
1214     }
1215   }
1216
1217   @Override
1218   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1219   {
1220     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1221     int modelIndex = -1;
1222     if (index == -1)
1223     {
1224       // button no longer enabled if row is not selected
1225       Cache.log.debug("Delete with no row selected in linkUrlTable");
1226       return;
1227     }
1228     else
1229     {
1230       modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1231     }
1232
1233     // make sure we use the model index to delete, and not the table index
1234     ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel()).removeRow(modelIndex);
1235   }
1236
1237   @Override
1238   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
1239   {
1240     // TODO: JAL-3048 not needed for j2s
1241     if (!Platform.isJS()) // BH 2019
1242     /**
1243      * Java only
1244      *
1245      * @j2sIgnore
1246      */
1247     {
1248       JFileChooser chooser = new JFileChooser(".");
1249       chooser.setDialogTitle(
1250               MessageManager.getString("label.select_default_browser"));
1251
1252       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1253
1254       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
1255       {
1256         defaultBrowser.setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1257       }
1258     }
1259   }
1260
1261   /*
1262    * (non-Javadoc)
1263    *
1264    * @see
1265    * jalview.jbgui.GPreferences#showunconserved_actionPerformed(java.awt.event
1266    * .ActionEvent)
1267    */
1268   @Override
1269   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
1270   {
1271     // TODO Auto-generated method stub
1272     super.showunconserved_actionPerformed(e);
1273   }
1274
1275   /**
1276    * not implemented -- returns empty list
1277    *
1278    * @return
1279    */
1280   public static List<String> getGroupURLLinks()
1281   {
1282     return groupURLLinks;
1283   }
1284
1285   @Override
1286   public void minColour_actionPerformed(JPanel panel)
1287   {
1288     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1289             MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value"),
1290             panel);
1291   }
1292
1293   @Override
1294   public void maxColour_actionPerformed(JPanel panel)
1295   {
1296     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1297             MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"),
1298             panel);
1299   }
1300
1301   @Override
1302   public void gapColour_actionPerformed(JPanel gap)
1303   {
1304     if (!useLegacyGap.isSelected())
1305     {
1306       JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1307               MessageManager.getString("label.select_gap_colour"),
1308               gap);
1309     }
1310   }
1311
1312   @Override
1313   public void hiddenColour_actionPerformed(JPanel hidden)
1314   {
1315     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1316             MessageManager.getString("label.select_hidden_colour"),
1317             hidden);
1318   }
1319
1320   @Override
1321   protected void useLegacyGaps_actionPerformed(ActionEvent e)
1322   {
1323     boolean enabled = useLegacyGap.isSelected();
1324     if (enabled)
1325     {
1326       gapColour.setBackground(
1327               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP);
1328     }
1329     else
1330     {
1331       gapColour.setBackground(
1332               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
1333     }
1334     gapColour.setEnabled(!enabled);
1335     gapLabel.setEnabled(!enabled);
1336   }
1337
1338   @Override
1339   protected void resetOvDefaults_actionPerformed(ActionEvent e)
1340   {
1341     useLegacyGap.setSelected(false);
1342     useLegacyGaps_actionPerformed(null);
1343     showHiddenAtStart.setSelected(false);
1344     hiddenColour.setBackground(
1345             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
1346   }
1347
1348   @Override
1349   protected void userIdWidth_actionPerformed()
1350   {
1351     try
1352     {
1353       String val = userIdWidth.getText().trim();
1354       if (val.length() > 0)
1355       {
1356         Integer iw = Integer.parseInt(val);
1357         if (iw.intValue() < 12)
1358         {
1359           throw new NumberFormatException();
1360         }
1361         userIdWidth.setText(iw.toString());
1362       }
1363     } catch (NumberFormatException x)
1364     {
1365       userIdWidth.setText("");
1366       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1367               MessageManager
1368                       .getString("warn.user_defined_width_requirements"),
1369               MessageManager.getString("label.invalid_id_column_width"),
1370               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1371     }
1372   }
1373
1374   @Override
1375   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
1376   {
1377     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1378     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1379   }
1380
1381   /**
1382    * Returns true if chimera path is to a valid executable, else show an error
1383    * dialog.
1384    */
1385   protected boolean validateChimeraPath()
1386   {
1387     if (chimeraPath.getText().trim().length() > 0)
1388     {
1389       File f = new File(chimeraPath.getText());
1390       if (!f.canExecute())
1391       {
1392         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1393                 MessageManager.getString("label.invalid_chimera_path"),
1394                 MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1395                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1396         return false;
1397       }
1398     }
1399     return true;
1400   }
1401
1402   /**
1403    * If Chimera is selected, check it can be found on default or user-specified
1404    * path, if not show a warning/help dialog.
1405    */
1406   @Override
1407   protected void structureViewer_actionPerformed(String selectedItem)
1408   {
1409     if (!selectedItem.equals(ViewerType.CHIMERA.name()))
1410     {
1411       return;
1412     }
1413     boolean found = false;
1414
1415     /*
1416      * Try user-specified and standard paths for Chimera executable.
1417      */
1418     List<String> paths = StructureManager.getChimeraPaths();
1419     paths.add(0, chimeraPath.getText());
1420     for (String path : paths)
1421     {
1422       if (new File(path.trim()).canExecute())
1423       {
1424         found = true;
1425         break;
1426       }
1427     }
1428     if (!found)
1429     {
1430       String[] options = { "OK", "Help" };
1431       int showHelp = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1432               JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1433                       MessageManager.getString("label.chimera_missing")),
1434               "", JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE,
1435               null, options, options[0]);
1436       if (showHelp == JvOptionPane.NO_OPTION)
1437       {
1438         try
1439         {
1440           Help.showHelpWindow(HelpId.StructureViewer);
1441         } catch (HelpSetException e)
1442         {
1443           e.printStackTrace();
1444         }
1445       }
1446     }
1447   }
1448
1449   public class OptionsParam
1450   {
1451     private String name;
1452
1453     private String code;
1454
1455     public OptionsParam(String name, String code)
1456     {
1457       this.name = name;
1458       this.code = code;
1459     }
1460
1461     public String getName()
1462     {
1463       return name;
1464     }
1465
1466     public void setName(String name)
1467     {
1468       this.name = name;
1469     }
1470
1471     public String getCode()
1472     {
1473       return code;
1474     }
1475
1476     public void setCode(String code)
1477     {
1478       this.code = code;
1479     }
1480
1481     @Override
1482     public String toString()
1483     {
1484       return name;
1485     }
1486
1487     @Override
1488     public boolean equals(Object that)
1489     {
1490       if (!(that instanceof OptionsParam))
1491       {
1492         return false;
1493       }
1494       return this.code.equalsIgnoreCase(((OptionsParam) that).code);
1495     }
1496
1497     @Override
1498     public int hashCode()
1499     {
1500       return name.hashCode() + code.hashCode();
1501     }
1502   }
1503
1504   protected class UrlListSelectionHandler implements ListSelectionListener
1505   {
1506
1507     @Override
1508     public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
1509     {
1510       ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
1511
1512       int index = lsm.getMinSelectionIndex();
1513       if (index == -1)
1514       {
1515         // no selection, so disable delete/edit buttons
1516         editLink.setEnabled(false);
1517         deleteLink.setEnabled(false);
1518         return;
1519       }
1520       int modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1521
1522       // enable/disable edit and delete link buttons
1523       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1524               .isRowDeletable(modelIndex))
1525       {
1526         deleteLink.setEnabled(true);
1527       }
1528       else
1529       {
1530         deleteLink.setEnabled(false);
1531       }
1532
1533       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1534               .isRowEditable(modelIndex))
1535       {
1536         editLink.setEnabled(true);
1537       }
1538       else
1539       {
1540         editLink.setEnabled(false);
1541       }
1542     }
1543   }
1544 }