src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  12 {\r
  13     Image             img;\r
  14     Graphics          gg;\r
  15     int               imgWidth;\r
  16     int               imgHeight;\r
  17 \r
  18     AlignViewport     av;\r
  19 \r
  20     public boolean paintFlag = false;\r
  21 \r
  22     boolean showScores = false;\r
  23     boolean displaySearch = false;\r
  24     int [] searchResults = null;\r
  25 \r
  26     int chunkHeight;\r
  27     int chunkWidth;\r
  28 \r
  29 \r
  30     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  31     {\r
  32         this.av         = av;\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  40 \r
  41       g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10)\r
  44       {\r
  45           String string = String.valueOf(i);\r
  46           g.drawString(string,(i-startx-1)*av.charWidth,ypos - av.charHeight/2);\r
  47 \r
  48           g.drawLine( (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos+2 - av.charHeight/2,\r
  49                     (i-startx-1)*av.charWidth +av.charWidth/2, ypos-2 );\r
  50 \r
  51       }\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56 /**\r
  57  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  58  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  59  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  60  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  61  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  62  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  63  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  64  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  65  */\r
  66 \r
  67   public void paintComponent(Graphics g)\r
  68   {\r
  69 \r
  70     if (img==null ||  imgWidth!=getWidth() || imgHeight!=getHeight() || paintFlag)\r
  71     {\r
  72       imgWidth  = getWidth();\r
  73       imgHeight = getHeight();\r
  74       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  75       gg  = img.getGraphics();\r
  76       gg.setFont(av.getFont());\r
  77       paintFlag = false;\r
  78     }\r
  79 \r
  80 \r
  81     chunkWidth  =   getWidth()/av.charWidth;\r
  82     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
  83 \r
  84     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
  85     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
  86 \r
  87     fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
  88 \r
  89     if (av.getWrapAlignment())\r
  90       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
  91     else\r
  92       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
  93 \r
  94 \r
  95     g.drawImage(img,0,0,this);\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 100   {\r
 101       AlignmentI da = av.getAlignment();\r
 102 \r
 103       int cWidth  =   canvasWidth/av.charWidth;\r
 104       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 105 \r
 106       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 107       int ypos  = 2*av.charHeight;\r
 108 \r
 109       while (ypos <= canvasHeight)\r
 110       {\r
 111         drawScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 112         drawPanel(g, startRes, endx, 0, da.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 113 \r
 114         ypos += cHeight;\r
 115         startRes += cWidth;\r
 116         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 117 \r
 118         if (endx > da.getWidth())\r
 119           endx = da.getWidth();\r
 120       }\r
 121 \r
 122   }\r
 123 \r
 124 \r
 125   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 126 \r
 127 \r
 128     g.setFont(av.getFont());\r
 129     int            charWidth  = av.getCharWidth();\r
 130     int            charHeight = av.getCharHeight();\r
 131     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 132 \r
 133     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 134     Vector tmpseq = new Vector();\r
 135     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 136         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 137             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 138 \r
 139     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 140         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 141 \r
 142     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 143         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 144                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 145                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 146 \r
 147 */\r
 148 \r
 149    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 150     {\r
 151        fillBackground(g,\r
 152                    Color.red,\r
 153                    (x1-startx)*charWidth,\r
 154                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 155                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 156                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 157     }*/\r
 158 \r
 159     SequenceI nextSeq;\r
 160     SequenceGroup group=null;\r
 161     SequenceGroup [] groups=null;\r
 162     boolean inGroup=false; // are we in a defined group?\r
 163     boolean inRB=false; //Are we in a rubberband group?\r
 164     int sx=-1, sy=-1, ex=-1, ey=-1;\r
 165     int oldStartX=0,oldEndX=0,oldY=0;\r
 166     int oldRStartX=0,oldREndX=0,oldRY=0;\r
 167     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 168     {\r
 169      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 170 \r
 171      group = av.alignment.findGroup( nextSeq );\r
 172      groups = av.alignment.findAllGroups( nextSeq );\r
 173 \r
 174      sr.drawSequence(g, nextSeq, groups,x1,x2,\r
 175                  (x1 - startx) * charWidth,\r
 176                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 177                  charWidth,charHeight,null, i);\r
 178 \r
 179 \r
 180      if( group!=null )\r
 181      {\r
 182 \r
 183         g.setColor(Color.lightGray);\r
 184 \r
 185         sx = (group.getStartRes()-startx)*charWidth;\r
 186         sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 187         ex = (group.getEndRes()+1-startx)*charWidth;\r
 188         ey = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i+1, av.getCharHeight());\r
 189 \r
 190 \r
 191         if (!inGroup)\r
 192         {\r
 193           g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 194           inGroup=true;\r
 195         }\r
 196 \r
 197         g.drawLine(sx, sy, sx, ey ); // vertical line, left hand side\r
 198         g.drawLine( ex,sy,ex,ey);    // vertical line, right hand side\r
 199         if (i == y2 - 1)// last line of alignment, seal the box\r
 200           g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 201 \r
 202         oldStartX = sx;\r
 203         oldEndX = ex;\r
 204         oldY = ey;\r
 205 \r
 206      }\r
 207      else if(inGroup)\r
 208      {\r
 209        g.setColor(Color.lightGray);\r
 210        g.drawLine(oldStartX, oldY, oldEndX, oldY); // Horizontal, bottom of old box\r
 211      }\r
 212      else\r
 213        inGroup = false;\r
 214 \r
 215      group = av.getRubberbandGroup();\r
 216      if( group != null && group.sequences.contains(nextSeq) )\r
 217      {\r
 218          g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 219          sx = (group.getStartRes() - startx) * charWidth;\r
 220          sy = offset +\r
 221              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight());\r
 222          ex = (group.getEndRes() + 1 - startx) * charWidth;\r
 223          ey = offset +\r
 224              AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i + 1, av.getCharHeight());\r
 225 \r
 226          if (!inRB)\r
 227          {\r
 228 \r
 229            g.drawLine(sx, sy, ex, sy); // Horizontal, top of new box\r
 230            inRB = true;\r
 231          }\r
 232 \r
 233          g.drawLine(sx, sy, sx, ey); // vertical line, left hand side\r
 234          g.drawLine(ex, sy, ex, ey); // vertical line, right hand side\r
 235          if (i == y2 - 1) // last line of alignment, seal the box\r
 236            g.drawLine(sx, ey, ex, ey); // Horizontal, bottom of old box\r
 237 \r
 238           oldRStartX = sx;\r
 239           oldREndX = ex;\r
 240           oldRY = ey;\r
 241      }\r
 242      else if(inRB)\r
 243      {\r
 244        g.setColor(Color.RED.brighter());\r
 245        g.drawLine(oldRStartX, oldRY, oldREndX, oldRY); // Horizontal, bottom of old box\r
 246        inRB = false;\r
 247      }\r
 248      else\r
 249        inRB = false;\r
 250 \r
 251     }\r
 252 \r
 253     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 254     if(displaySearch)\r
 255     {\r
 256       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 257       {\r
 258         int searchSeq = searchResults[r];\r
 259         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 260         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 261 \r
 262         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 263         {\r
 264           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 265           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 266                                   searchStart,\r
 267                                   searchEnd,\r
 268                                   (searchStart - startx) * charWidth,\r
 269                                   offset +\r
 270                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 271               charHeight),\r
 272                                   charWidth,\r
 273                                   charHeight);\r
 274         }\r
 275       }\r
 276     }\r
 277 \r
 278   }\r
 279 \r
 280   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 281     g.setColor(c);\r
 282     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public int getChunkWidth() {\r
 286     return chunkWidth;\r
 287   }\r
 288 \r
 289   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 290   {\r
 291     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 292     if(results==null)\r
 293       displaySearch = false;\r
 294     else\r
 295       displaySearch = true;\r
 296 \r
 297     searchResults = results;\r
 298 \r
 299     paintFlag = true;\r
 300     repaint();\r
 301   }\r
 302 \r
 303 \r
 304 }\r