src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import jalview.structure.*;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class SeqPanel\r
  39     extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43   /** DOCUMENT ME!! */\r
  44   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46   /** DOCUMENT ME!! */\r
  47   public AlignmentPanel ap;\r
  48   protected int lastres;\r
  49   protected int startseq;\r
  50   protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52   ScrollThread scrollThread = null;\r
  53   boolean mouseDragging = false;\r
  54   boolean editingSeqs = false;\r
  55   boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59   //////////////////////////////////////////\r
  60   int oldSeq = -1;\r
  61   boolean changeEndSeq = false;\r
  62   boolean changeStartSeq = false;\r
  63   boolean changeEndRes = false;\r
  64   boolean changeStartRes = false;\r
  65   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66   boolean remove = false;\r
  67 \r
  68   Point lastMousePress;\r
  69   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  70   StringBuffer keyboardNo1;\r
  71   StringBuffer keyboardNo2;\r
  72 \r
  73   java.net.URL linkImageURL;\r
  74 \r
  75   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  76   String tmpString;\r
  77 \r
  78   EditCommand editCommand;\r
  79 \r
  80   StructureSelectionManager ssm;\r
  81 \r
  82 \r
  83   /**\r
  84    * Creates a new SeqPanel object.\r
  85    *\r
  86    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  87    * @param p DOCUMENT ME!\r
  88    */\r
  89   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  90   {\r
  91     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  92     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  93     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  94     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  95     this.av = avp;\r
  96     setBackground(Color.white);\r
  97 \r
  98     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  99     setLayout(new BorderLayout());\r
 100     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
 101 \r
 102     ap = p;\r
 103 \r
 104     if (!av.isDataset())\r
 105     {\r
 106       addMouseMotionListener(this);\r
 107       addMouseListener(this);\r
 108       addMouseWheelListener(this);\r
 109       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
 110       ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114   int startWrapBlock = -1;\r
 115   int wrappedBlock = -1;\r
 116   int findRes(MouseEvent evt)\r
 117   {\r
 118     int res = 0;\r
 119     int x = evt.getX();\r
 120 \r
 121     if (av.wrapAlignment)\r
 122     {\r
 123 \r
 124       int hgap = av.charHeight;\r
 125       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 126       {\r
 127         hgap += av.charHeight;\r
 128       }\r
 129 \r
 130       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 131           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 132 \r
 133       int y = evt.getY();\r
 134       y -= hgap;\r
 135       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 136 \r
 137       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 138       if (cwidth < 1)\r
 139       {\r
 140         return 0;\r
 141       }\r
 142 \r
 143       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 144       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 145 \r
 146       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 147 \r
 148     }\r
 149     else\r
 150     {\r
 151       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (av.hasHiddenColumns)\r
 155     {\r
 156       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return res;\r
 160 \r
 161   }\r
 162 \r
 163   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 164   {\r
 165     int seq = 0;\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167 \r
 168     if (av.wrapAlignment)\r
 169     {\r
 170       int hgap = av.charHeight;\r
 171       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 172       {\r
 173         hgap += av.charHeight;\r
 174       }\r
 175 \r
 176       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 177           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 178 \r
 179       y -= hgap;\r
 180 \r
 181       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 182                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 183     }\r
 184     else\r
 185     {\r
 186       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 187                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     return seq;\r
 191   }\r
 192 \r
 193   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 194   {\r
 195     Vector tmp = new Vector();\r
 196     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 197     if (features != null)\r
 198     {\r
 199       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 200       {\r
 201         if (av.featuresDisplayed == null\r
 202             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 203         {\r
 204           continue;\r
 205         }\r
 206 \r
 207         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 208             (features[i].getEnd() >= res))\r
 209         {\r
 210           tmp.addElement(features[i]);\r
 211         }\r
 212       }\r
 213     }\r
 214 \r
 215     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 216     for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 217     {\r
 218       features[i] = (SequenceFeature) tmp.elementAt(i);\r
 219     }\r
 220 \r
 221     return features;\r
 222   }\r
 223 \r
 224   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 225   {\r
 226     Vector allFeatures = new Vector();\r
 227     int index = 0;\r
 228     if (seq.getSequenceFeatures() != null && av.featuresDisplayed != null)\r
 229     {\r
 230       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 231       {\r
 232         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 233         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 234             sf.getEnd() >= res)\r
 235         {\r
 236           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 237           {\r
 238             allFeatures.addElement(sf);\r
 239           }\r
 240         }\r
 241         index++;\r
 242       }\r
 243     }\r
 244     return allFeatures;\r
 245   }\r
 246 \r
 247   void endEditing()\r
 248   {\r
 249     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)\r
 250     {\r
 251       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 252       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 253                             av.getAlignment().getSequences());\r
 254     }\r
 255 \r
 256     startseq = -1;\r
 257     lastres = -1;\r
 258     editingSeqs = false;\r
 259     groupEditing = false;\r
 260     keyboardNo1 = null;\r
 261     keyboardNo2 = null;\r
 262     editCommand = null;\r
 263   }\r
 264 \r
 265   void setCursorRow()\r
 266   {\r
 267     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;\r
 268     scrollToVisible();\r
 269   }\r
 270 \r
 271   void setCursorColumn()\r
 272   {\r
 273     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 274     scrollToVisible();\r
 275   }\r
 276 \r
 277   void setCursorRowAndColumn()\r
 278   {\r
 279     if (keyboardNo2 == null)\r
 280     {\r
 281       keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 282     }\r
 283     else\r
 284     {\r
 285       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 286       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;\r
 287       scrollToVisible();\r
 288     }\r
 289   }\r
 290 \r
 291   void setCursorPosition()\r
 292   {\r
 293     SequenceI sequence =\r
 294         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 295 \r
 296     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 297         getKeyboardNo1() - 1\r
 298         );\r
 299     scrollToVisible();\r
 300   }\r
 301 \r
 302   void moveCursor(int dx, int dy)\r
 303   {\r
 304     seqCanvas.cursorX += dx;\r
 305     seqCanvas.cursorY += dy;\r
 306     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 307     {\r
 308       int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 309       int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 310 \r
 311       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 312              && seqCanvas.cursorX < maxWidth\r
 313              && seqCanvas.cursorX > 0)\r
 314       {\r
 315         seqCanvas.cursorX += dx;\r
 316       }\r
 317 \r
 318       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth\r
 319           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 320       {\r
 321         seqCanvas.cursorX = original;\r
 322       }\r
 323     }\r
 324 \r
 325     scrollToVisible();\r
 326   }\r
 327 \r
 328   void scrollToVisible()\r
 329   {\r
 330     if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 331     {\r
 332       seqCanvas.cursorX = 0;\r
 333     }\r
 334     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 335     {\r
 336       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 337     }\r
 338 \r
 339     if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 340     {\r
 341       seqCanvas.cursorY = 0;\r
 342     }\r
 343     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 344     {\r
 345       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 346     }\r
 347 \r
 348     endEditing();\r
 349     if (av.wrapAlignment)\r
 350     {\r
 351       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 352     }\r
 353     else\r
 354     {\r
 355       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 356       {\r
 357         ap.scrollUp(true);\r
 358       }\r
 359       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 360       {\r
 361         ap.scrollUp(false);\r
 362       }\r
 363       if (!av.wrapAlignment)\r
 364       {\r
 365         while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 366         {\r
 367           if (!ap.scrollRight(false))\r
 368           {\r
 369             break;\r
 370           }\r
 371         }\r
 372         while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 373         {\r
 374           if (!ap.scrollRight(true))\r
 375           {\r
 376             break;\r
 377           }\r
 378         }\r
 379       }\r
 380     }\r
 381     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 382                      seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 383 \r
 384     seqCanvas.repaint();\r
 385   }\r
 386 \r
 387   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 388   {\r
 389     SequenceI sequence =\r
 390         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 391 \r
 392     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 393     {\r
 394       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 395       //Find the top and bottom of this group\r
 396       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 397       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 398       {\r
 399         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));\r
 400         if (index > max)\r
 401         {\r
 402           max = index;\r
 403         }\r
 404         if (index < min)\r
 405         {\r
 406           min = index;\r
 407         }\r
 408       }\r
 409 \r
 410       max++;\r
 411 \r
 412       if (topLeft)\r
 413       {\r
 414         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 415         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)\r
 416         {\r
 417           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 418         }\r
 419 \r
 420         min = seqCanvas.cursorY;\r
 421       }\r
 422       else\r
 423       {\r
 424         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 425         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)\r
 426         {\r
 427           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 428         }\r
 429 \r
 430         max = seqCanvas.cursorY + 1;\r
 431       }\r
 432 \r
 433       if (min > max)\r
 434       {\r
 435         // Only the user can do this\r
 436         av.setSelectionGroup(null);\r
 437       }\r
 438       else\r
 439       {\r
 440         // Now add any sequences between min and max\r
 441         sg.getSequences(null).clear();\r
 442         for (int i = min; i < max; i++)\r
 443         {\r
 444           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 445         }\r
 446       }\r
 447     }\r
 448 \r
 449     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 450     {\r
 451       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 452       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 453       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 454       sg.addSequence(sequence, false);\r
 455       av.setSelectionGroup(sg);\r
 456     }\r
 457 \r
 458     ap.paintAlignment(false);\r
 459   }\r
 460 \r
 461   void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 462   {\r
 463     groupEditing = group;\r
 464     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 465     lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 466     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());\r
 467     endEditing();\r
 468   }\r
 469 \r
 470   void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 471   {\r
 472     groupEditing = group;\r
 473     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 474     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();\r
 475     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 476     endEditing();\r
 477   }\r
 478 \r
 479   void numberPressed(char value)\r
 480   {\r
 481     if (keyboardNo1 == null)\r
 482     {\r
 483       keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 484     }\r
 485 \r
 486     if (keyboardNo2 != null)\r
 487     {\r
 488       keyboardNo2.append(value);\r
 489     }\r
 490     else\r
 491     {\r
 492       keyboardNo1.append(value);\r
 493     }\r
 494   }\r
 495 \r
 496   int getKeyboardNo1()\r
 497   {\r
 498     if (keyboardNo1 == null)\r
 499       return 1;\r
 500     else\r
 501     {\r
 502       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());\r
 503       keyboardNo1 = null;\r
 504       return value;\r
 505     }\r
 506   }\r
 507 \r
 508   int getKeyboardNo2()\r
 509   {\r
 510     if (keyboardNo2 == null)\r
 511       return 1;\r
 512     else\r
 513     {\r
 514       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());\r
 515       keyboardNo2 = null;\r
 516       return value;\r
 517     }\r
 518   }\r
 519 \r
 520   /**\r
 521    * DOCUMENT ME!\r
 522    *\r
 523    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 524    */\r
 525   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 526   {\r
 527     mouseDragging = false;\r
 528     mouseWheelPressed = false;\r
 529 \r
 530     if (!editingSeqs)\r
 531     {\r
 532       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 533       return;\r
 534     }\r
 535 \r
 536     endEditing();\r
 537 \r
 538     ap.paintAlignment(true);\r
 539   }\r
 540 \r
 541   /**\r
 542    * DOCUMENT ME!\r
 543    *\r
 544    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 545    */\r
 546   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 547   {\r
 548     lastMousePress = evt.getPoint();\r
 549 \r
 550     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 551     {\r
 552       mouseWheelPressed = true;\r
 553       return;\r
 554     }\r
 555 \r
 556     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 557         evt.isControlDown())\r
 558     {\r
 559       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 560       {\r
 561         groupEditing = true;\r
 562       }\r
 563       editingSeqs = true;\r
 564     }\r
 565     else\r
 566     {\r
 567       doMousePressedDefineMode(evt);\r
 568       return;\r
 569     }\r
 570 \r
 571     int seq = findSeq(evt);\r
 572     int res = findRes(evt);\r
 573 \r
 574     if (seq < 0 || res < 0)\r
 575     {\r
 576       return;\r
 577     }\r
 578 \r
 579     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 580         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 581     {\r
 582       startseq = seq;\r
 583       lastres = res;\r
 584     }\r
 585     else\r
 586     {\r
 587       startseq = -1;\r
 588       lastres = -1;\r
 589     }\r
 590 \r
 591     return;\r
 592   }\r
 593 \r
 594   String lastMessage;\r
 595   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index)\r
 596   {\r
 597     String tmp = sequence.hashCode()+index+"";\r
 598     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))\r
 599       ssm.mouseOverSequence(sequence, index);\r
 600 \r
 601     lastMessage = tmp;\r
 602   }\r
 603 \r
 604 \r
 605   public void highlightSequence(jalview.datamodel.SequenceI seq, int index)\r
 606   {\r
 607     if(av.alignment.findIndex(seq)>-1)\r
 608     {\r
 609       SearchResults highlight = new SearchResults();\r
 610       highlight.addResult(seq,index,index);\r
 611       seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
 612     }\r
 613   }\r
 614 \r
 615   public void updateColours(SequenceI seq, int index)\r
 616   {\r
 617     System.out.println("update the seqPanel colours");\r
 618     //repaint();\r
 619   }\r
 620 \r
 621   /**\r
 622    * DOCUMENT ME!\r
 623    *\r
 624    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 625    */\r
 626   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 627   {\r
 628     if (editingSeqs)\r
 629     {\r
 630       // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 631       // If control is down, other platforms will not.\r
 632       mouseDragged(evt);\r
 633     }\r
 634 \r
 635     int res = findRes(evt);\r
 636     int seq = findSeq(evt);\r
 637 \r
 638     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 639     {\r
 640       return;\r
 641     }\r
 642 \r
 643     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 644 \r
 645     if (res > sequence.getLength())\r
 646     {\r
 647       return;\r
 648     }\r
 649 \r
 650     if (ssm != null)\r
 651       mouseOverSequence(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 652 \r
 653     setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 654 \r
 655     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 656 \r
 657     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 658     if (groups != null)\r
 659     {\r
 660       for (int g = 0; g < groups.length; g++)\r
 661       {\r
 662         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)\r
 663         {\r
 664           if (tooltipText.length() > 6)\r
 665           {\r
 666             tooltipText.append("<br>");\r
 667           }\r
 668 \r
 669           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 670               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 671           {\r
 672             tooltipText.append(groups[g].getName());\r
 673           }\r
 674 \r
 675           if (groups[g].getDescription() != null)\r
 676           {\r
 677             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());\r
 678           }\r
 679         }\r
 680       }\r
 681     }\r
 682 \r
 683     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 684     if (av.showSequenceFeatures)\r
 685     {\r
 686       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 687           sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));\r
 688 \r
 689       if (features != null)\r
 690       {\r
 691         for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 692         {\r
 693           if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 694           {\r
 695             if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 696                 || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 697             {\r
 698               if (tooltipText.length() > 6)\r
 699               {\r
 700                 tooltipText.append("<br>");\r
 701               }\r
 702               tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() +\r
 703                                  ":" +\r
 704                                  features[i].getEnd());\r
 705               if (features[i].links != null)\r
 706               {\r
 707                 tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 708               }\r
 709             }\r
 710           }\r
 711           else\r
 712           {\r
 713             if (tooltipText.length() > 6)\r
 714             {\r
 715               tooltipText.append("<br>");\r
 716             }\r
 717 \r
 718             tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 719                                features[i].begin);\r
 720             if (features[i].begin != features[i].end)\r
 721             {\r
 722               tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 723             }\r
 724 \r
 725             if (features[i].getDescription() != null\r
 726                 && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 727             {\r
 728               tmpString = features[i].getDescription();\r
 729               int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 730               if (startTag > -1)\r
 731               {\r
 732                 tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 733               }\r
 734               int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 735               if (endTag > -1)\r
 736               {\r
 737                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 738               }\r
 739               endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 740               if (endTag > -1)\r
 741               {\r
 742                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 743               }\r
 744 \r
 745               if (startTag > -1)\r
 746               {\r
 747                 tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 748               }\r
 749               else\r
 750               {\r
 751                 if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 752                 {\r
 753                   //The description does not specify html is to\r
 754                   //be used, so we must remove < > symbols\r
 755                   tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 756                   tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 757 \r
 758                   tooltipText.append("; ");\r
 759                   tooltipText.append(tmpString);\r
 760 \r
 761                 }\r
 762                 else\r
 763                 {\r
 764                   tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 765                 }\r
 766               }\r
 767             }\r
 768             if (features[i].getValue("status") != null)\r
 769             {\r
 770               String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 771               if (status.length() > 0)\r
 772               {\r
 773                 tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 774               }\r
 775             }\r
 776 \r
 777             if (features[i].links != null)\r
 778             {\r
 779               tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 780             }\r
 781 \r
 782           }\r
 783         }\r
 784       }\r
 785     }\r
 786 \r
 787     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>\r
 788     {\r
 789       setToolTipText(null);\r
 790     }\r
 791     else\r
 792     {\r
 793       tooltipText.append("</html>");\r
 794       setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 795     }\r
 796     // else\r
 797     //  setToolTipText(null);\r
 798   }\r
 799 \r
 800   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 801   {\r
 802     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 803                                          sequence.getName());\r
 804 \r
 805     Object obj = null;\r
 806     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 807     {\r
 808       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 809                                                  "");\r
 810       if (obj != null)\r
 811       {\r
 812         text.append(" Nucleotide: ");\r
 813       }\r
 814     }\r
 815     else\r
 816     {\r
 817       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 818       if (obj != null)\r
 819       {\r
 820         text.append("  Residue: ");\r
 821       }\r
 822     }\r
 823 \r
 824     if (obj != null)\r
 825     {\r
 826 \r
 827       if (obj != "")\r
 828       {\r
 829         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 830                     ")");\r
 831       }\r
 832     }\r
 833     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 834 \r
 835   }\r
 836 \r
 837   /**\r
 838    * DOCUMENT ME!\r
 839    *\r
 840    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 841    */\r
 842   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 843   {\r
 844     if (mouseWheelPressed)\r
 845     {\r
 846       int oldWidth = av.charWidth;\r
 847 \r
 848       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 849       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 850           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 851       {\r
 852         int fontSize = av.font.getSize();\r
 853 \r
 854         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 855         {\r
 856           fontSize--;\r
 857         }\r
 858         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 859         {\r
 860           fontSize++;\r
 861         }\r
 862 \r
 863         if (fontSize < 1)\r
 864         {\r
 865           fontSize = 1;\r
 866         }\r
 867 \r
 868         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 869         av.charWidth = oldWidth;\r
 870         ap.fontChanged();\r
 871       }\r
 872       else\r
 873       {\r
 874         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 875         {\r
 876           av.charWidth--;\r
 877         }\r
 878         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 879         {\r
 880           av.charWidth++;\r
 881         }\r
 882 \r
 883         ap.paintAlignment(false);\r
 884       }\r
 885 \r
 886       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 887       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 888 \r
 889       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 890 \r
 891       return;\r
 892     }\r
 893 \r
 894     if (!editingSeqs)\r
 895     {\r
 896       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 897       return;\r
 898     }\r
 899 \r
 900     int res = findRes(evt);\r
 901 \r
 902     if (res < 0)\r
 903     {\r
 904       res = 0;\r
 905     }\r
 906 \r
 907     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 908     {\r
 909       return;\r
 910     }\r
 911 \r
 912     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 913     {\r
 914       // dragLeft, delete gap\r
 915       editSequence(false, res);\r
 916     }\r
 917     else\r
 918     {\r
 919       editSequence(true, res);\r
 920     }\r
 921 \r
 922     mouseDragging = true;\r
 923     if (scrollThread != null)\r
 924     {\r
 925       scrollThread.setEvent(evt);\r
 926     }\r
 927   }\r
 928 \r
 929 \r
 930 \r
 931   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 932   {\r
 933     int fixedLeft = -1;\r
 934     int fixedRight = -1;\r
 935     boolean fixedColumns = false;\r
 936     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 937 \r
 938     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 939 \r
 940     //No group, but the sequence may represent a group\r
 941     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 942     {\r
 943       if (av.hiddenRepSequences != null\r
 944           && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 945       {\r
 946         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 947         groupEditing = true;\r
 948       }\r
 949     }\r
 950 \r
 951     StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 952     if (groupEditing)\r
 953     {\r
 954       message.append("Edit group:");\r
 955       if (editCommand == null)\r
 956       {\r
 957         editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 958       }\r
 959     }\r
 960     else\r
 961     {\r
 962       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 963       String label = seq.getName();\r
 964       if (label.length() > 10)\r
 965       {\r
 966         label = label.substring(0, 10);\r
 967       }\r
 968       if (editCommand == null)\r
 969       {\r
 970         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);\r
 971       }\r
 972     }\r
 973 \r
 974     if (insertGap)\r
 975     {\r
 976       message.append(" insert ");\r
 977     }\r
 978     else\r
 979     {\r
 980       message.append(" delete ");\r
 981     }\r
 982 \r
 983     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");\r
 984     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 985 \r
 986     //Are we editing within a selection group?\r
 987     if (groupEditing\r
 988         || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 989     {\r
 990       fixedColumns = true;\r
 991 \r
 992       //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 993       //but the sequence represents a group\r
 994       if (sg == null)\r
 995       {\r
 996         if (av.hiddenRepSequences == null\r
 997             || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 998         {\r
 999           endEditing();\r
1000           return;\r
1001         }\r
1002         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
1003       }\r
1004 \r
1005       fixedLeft = sg.getStartRes();\r
1006       fixedRight = sg.getEndRes();\r
1007 \r
1008       if ( (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
1009           || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
1010           || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)\r
1011           || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
1012       {\r
1013         endEditing();\r
1014         return;\r
1015       }\r
1016 \r
1017       if (fixedLeft > startres)\r
1018       {\r
1019         fixedRight = fixedLeft - 1;\r
1020         fixedLeft = 0;\r
1021       }\r
1022       else if (fixedRight < startres)\r
1023       {\r
1024         fixedLeft = fixedRight;\r
1025         fixedRight = -1;\r
1026       }\r
1027     }\r
1028 \r
1029     if (av.hasHiddenColumns)\r
1030     {\r
1031       fixedColumns = true;\r
1032       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
1033       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
1034 \r
1035       if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
1036           || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
1037       {\r
1038         endEditing();\r
1039         return;\r
1040       }\r
1041 \r
1042       //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
1043       //Selection spans a hidden region\r
1044       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))\r
1045       {\r
1046         if (startres >= y2)\r
1047         {\r
1048           fixedLeft = y2;\r
1049         }\r
1050         else\r
1051         {\r
1052           fixedRight = y2 - 1;\r
1053         }\r
1054       }\r
1055     }\r
1056 \r
1057     if (groupEditing)\r
1058     {\r
1059       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
1060       int g, groupSize = vseqs.size();\r
1061       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
1062       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
1063       {\r
1064         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
1065       }\r
1066 \r
1067       // drag to right\r
1068       if (insertGap)\r
1069       {\r
1070         //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
1071         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
1072         if (sg.getStartRes() == 0\r
1073             && sg.getEndRes() == fixedRight\r
1074             && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1\r
1075             )\r
1076         {\r
1077           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
1078           fixedRight = sg.getEndRes();\r
1079         }\r
1080 \r
1081         // Is it valid with fixed columns??\r
1082         // Find the next gap before the end\r
1083         // of the visible region boundary\r
1084         boolean blank = false;\r
1085         for (fixedRight = fixedRight;\r
1086              fixedRight > lastres;\r
1087              fixedRight--)\r
1088         {\r
1089           blank = true;\r
1090 \r
1091           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1092           {\r
1093             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
1094             {\r
1095               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1096                   groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
1097               {\r
1098                 blank = false;\r
1099                 break;\r
1100               }\r
1101             }\r
1102           }\r
1103           if (blank)\r
1104           {\r
1105             break;\r
1106           }\r
1107         }\r
1108 \r
1109         if (!blank)\r
1110         {\r
1111           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
1112           {\r
1113             if ( (av.hasHiddenColumns\r
1114                   &&\r
1115                   startres < av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
1116             {\r
1117               endEditing();\r
1118               return;\r
1119             }\r
1120 \r
1121             int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
1122             if (av.hasHiddenRows)\r
1123             {\r
1124               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
1125               if (hwidth > alWidth)\r
1126               {\r
1127                 alWidth = hwidth;\r
1128               }\r
1129             }\r
1130             //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1131             //contains all the sequences\r
1132             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);\r
1133             fixedRight = alWidth + startres - lastres;\r
1134           }\r
1135           else\r
1136           {\r
1137             endEditing();\r
1138             return;\r
1139           }\r
1140         }\r
1141       }\r
1142 \r
1143       // drag to left\r
1144       else if (!insertGap)\r
1145       {\r
1146         /// Are we able to delete?\r
1147         // ie are all columns blank?\r
1148 \r
1149         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1150         {\r
1151           for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1152           {\r
1153             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1154             {\r
1155               continue;\r
1156             }\r
1157 \r
1158             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1159                 groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1160             {\r
1161               // Not a gap, block edit not valid\r
1162               endEditing();\r
1163               return;\r
1164             }\r
1165           }\r
1166         }\r
1167       }\r
1168 \r
1169       if (insertGap)\r
1170       {\r
1171         // dragging to the right\r
1172         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1173         {\r
1174           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1175           {\r
1176             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1177           }\r
1178         }\r
1179         else\r
1180         {\r
1181           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1182                                  groupSeqs,\r
1183                                  startres, startres - lastres,\r
1184                                  av.alignment,\r
1185                                  true);\r
1186         }\r
1187       }\r
1188       else\r
1189       {\r
1190         // dragging to the left\r
1191         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1192         {\r
1193           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1194           {\r
1195             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1196           }\r
1197         }\r
1198         else\r
1199         {\r
1200           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1201                                  groupSeqs,\r
1202                                  startres, lastres - startres,\r
1203                                  av.alignment,\r
1204                                  true);\r
1205         }\r
1206 \r
1207       }\r
1208     }\r
1209     else /////Editing a single sequence///////////\r
1210     {\r
1211       if (insertGap)\r
1212       {\r
1213         // dragging to the right\r
1214         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1215         {\r
1216           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1217           {\r
1218             insertChar(j, new SequenceI[]\r
1219                        {seq}, fixedRight);\r
1220           }\r
1221         }\r
1222         else\r
1223         {\r
1224           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1225                                  new SequenceI[]\r
1226                                  {seq},\r
1227                                  lastres, startres - lastres,\r
1228                                  av.alignment,\r
1229                                  true);\r
1230         }\r
1231       }\r
1232       else\r
1233       {\r
1234         // dragging to the left\r
1235         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1236         {\r
1237           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1238           {\r
1239             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1240             {\r
1241               endEditing();\r
1242               break;\r
1243             }\r
1244             deleteChar(startres, new SequenceI[]\r
1245                        {seq}, fixedRight);\r
1246           }\r
1247         }\r
1248         else\r
1249         {\r
1250           //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1251           int max = 0;\r
1252           for (int m = startres; m < lastres; m++)\r
1253           {\r
1254             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1255             {\r
1256               break;\r
1257             }\r
1258             max++;\r
1259           }\r
1260 \r
1261           if (max > 0)\r
1262           {\r
1263             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1264                                    new SequenceI[]\r
1265                                    {seq},\r
1266                                    startres, max,\r
1267                                    av.alignment,\r
1268                                    true);\r
1269           }\r
1270         }\r
1271       }\r
1272     }\r
1273 \r
1274     lastres = startres;\r
1275     seqCanvas.repaint();\r
1276   }\r
1277 \r
1278   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1279   {\r
1280     int blankColumn = fixedColumn;\r
1281     for (int s = 0; s < seq.length; s++)\r
1282     {\r
1283       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1284       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1285 \r
1286       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1287       {\r
1288         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1289         {\r
1290           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1291           break;\r
1292         }\r
1293       }\r
1294 \r
1295       if (blankColumn <= j)\r
1296       {\r
1297         blankColumn = fixedColumn;\r
1298         endEditing();\r
1299         return;\r
1300       }\r
1301     }\r
1302 \r
1303     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1304                            seq,\r
1305                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1306 \r
1307     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1308                            seq,\r
1309                            j, 1, av.alignment,\r
1310                            true);\r
1311 \r
1312   }\r
1313 \r
1314   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1315   {\r
1316 \r
1317     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1318                            seq,\r
1319                            j, 1, av.alignment, true);\r
1320 \r
1321     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1322                            seq,\r
1323                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1324   }\r
1325 \r
1326   /**\r
1327    * DOCUMENT ME!\r
1328    *\r
1329    * @param e DOCUMENT ME!\r
1330    */\r
1331   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1332   {\r
1333     if (oldSeq < 0)\r
1334     {\r
1335       oldSeq = 0;\r
1336     }\r
1337 \r
1338     if (scrollThread != null)\r
1339     {\r
1340       scrollThread.running = false;\r
1341       scrollThread = null;\r
1342     }\r
1343   }\r
1344 \r
1345   /**\r
1346    * DOCUMENT ME!\r
1347    *\r
1348    * @param e DOCUMENT ME!\r
1349    */\r
1350   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1351   {\r
1352     if (av.getWrapAlignment())\r
1353     {\r
1354       return;\r
1355     }\r
1356 \r
1357     if (mouseDragging)\r
1358     {\r
1359       scrollThread = new ScrollThread();\r
1360     }\r
1361   }\r
1362 \r
1363   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1364   {\r
1365     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));\r
1366     if (evt.getClickCount() > 1)\r
1367     {\r
1368       if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
1369           && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
1370           - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
1371       {\r
1372         av.setSelectionGroup(null);\r
1373       }\r
1374 \r
1375       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1376           sequence.getDatasetSequence(),\r
1377           sequence.findPosition(findRes(evt))\r
1378           );\r
1379 \r
1380       if (features != null && features.length > 0)\r
1381       {\r
1382         SearchResults highlight = new SearchResults();\r
1383         highlight.addResult(sequence,\r
1384                             features[0].getBegin(),\r
1385                             features[0].getEnd());\r
1386         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
1387       }\r
1388       if (features != null && features.length > 0)\r
1389       {\r
1390         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
1391             new SequenceI[]\r
1392             {sequence}, features, false, ap);\r
1393 \r
1394         seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1395       }\r
1396     }\r
1397   }\r
1398 \r
1399   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1400   {\r
1401     e.consume();\r
1402       if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1403       {\r
1404         ap.scrollUp(false);\r
1405       }\r
1406       else\r
1407       {\r
1408         ap.scrollUp(true);\r
1409       }\r
1410   }\r
1411 \r
1412   /**\r
1413    * DOCUMENT ME!\r
1414    *\r
1415    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1416    */\r
1417   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1418   {\r
1419     int res = findRes(evt);\r
1420     int seq = findSeq(evt);\r
1421     oldSeq = seq;\r
1422 \r
1423     startWrapBlock = wrappedBlock;\r
1424 \r
1425     if (av.wrapAlignment && seq > av.alignment.getHeight())\r
1426     {\r
1427       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1428                                             "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1429                                             "Wrapped view - no edit",\r
1430                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1431       return;\r
1432     }\r
1433 \r
1434     if (seq < 0 || res < 0)\r
1435     {\r
1436       return;\r
1437     }\r
1438 \r
1439     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1440 \r
1441     if ( (sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1442     {\r
1443       return;\r
1444     }\r
1445 \r
1446     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1447 \r
1448     if (stretchGroup == null)\r
1449     {\r
1450       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1451 \r
1452       if ( (stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1453           (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1454       {\r
1455         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1456       }\r
1457       else\r
1458       {\r
1459         stretchGroup = null;\r
1460       }\r
1461     }\r
1462     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence) ||\r
1463              (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1464              (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1465     {\r
1466       stretchGroup = null;\r
1467 \r
1468       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1469 \r
1470       if (allGroups != null)\r
1471       {\r
1472         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1473         {\r
1474           if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1475               (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1476           {\r
1477             stretchGroup = allGroups[i];\r
1478             break;\r
1479           }\r
1480         }\r
1481       }\r
1482 \r
1483       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1484 \r
1485     }\r
1486 \r
1487     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1488     {\r
1489       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1490                                                sequence.findPosition(res));\r
1491       Vector links = new Vector();\r
1492       for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1493       {\r
1494         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1495         if (sf.links != null)\r
1496         {\r
1497           for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1498           {\r
1499             links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1500           }\r
1501         }\r
1502       }\r
1503 \r
1504       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1505       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1506       return;\r
1507     }\r
1508 \r
1509     if (av.cursorMode)\r
1510     {\r
1511       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1512       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1513       seqCanvas.repaint();\r
1514       return;\r
1515     }\r
1516 \r
1517     if (stretchGroup == null)\r
1518     {\r
1519       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1520 \r
1521       // define a new group here\r
1522       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1523       sg.setStartRes(res);\r
1524       sg.setEndRes(res);\r
1525       sg.addSequence(sequence, false);\r
1526       av.setSelectionGroup(sg);\r
1527       stretchGroup = sg;\r
1528 \r
1529       if (av.getConservationSelected())\r
1530       {\r
1531         SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1532                                           av.getGlobalColourScheme(),\r
1533                                           "Background");\r
1534       }\r
1535 \r
1536       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1537       {\r
1538         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1539                                        "Background");\r
1540       }\r
1541       if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1542       {\r
1543         // Edit end res position of selected group\r
1544         changeEndRes = true;\r
1545       }\r
1546       else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1547                (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1548       {\r
1549         // Edit end res position of selected group\r
1550         changeStartRes = true;\r
1551       }\r
1552       stretchGroup.getWidth();\r
1553     }\r
1554 \r
1555     seqCanvas.repaint();\r
1556   }\r
1557 \r
1558   /**\r
1559    * DOCUMENT ME!\r
1560    *\r
1561    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1562    */\r
1563   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1564   {\r
1565     if (stretchGroup == null)\r
1566     {\r
1567       return;\r
1568     }\r
1569 \r
1570     if (stretchGroup.cs != null)\r
1571     {\r
1572       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1573       {\r
1574         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1575             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1576             stretchGroup.getWidth());\r
1577       }\r
1578 \r
1579       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1580           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1581           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1582           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1583       {\r
1584         stretchGroup.recalcConservation();\r
1585       }\r
1586 \r
1587       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1588       {\r
1589         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1590                                           stretchGroup.getName());\r
1591       }\r
1592       else\r
1593       {\r
1594         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1595                                        stretchGroup.getName());\r
1596       }\r
1597     }\r
1598     changeEndRes = false;\r
1599     changeStartRes = false;\r
1600     stretchGroup = null;\r
1601 \r
1602     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1603     ap.paintAlignment(true);\r
1604   }\r
1605 \r
1606   /**\r
1607    * DOCUMENT ME!\r
1608    *\r
1609    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1610    */\r
1611   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1612   {\r
1613     int res = findRes(evt);\r
1614     int y = findSeq(evt);\r
1615 \r
1616     if (wrappedBlock != startWrapBlock)\r
1617     {\r
1618       return;\r
1619     }\r
1620 \r
1621     if (stretchGroup == null)\r
1622     {\r
1623       return;\r
1624     }\r
1625 \r
1626     if (res >= av.alignment.getWidth())\r
1627     {\r
1628       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
1629     }\r
1630 \r
1631     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1632     {\r
1633       // Edit end res position of selected group\r
1634       changeEndRes = true;\r
1635     }\r
1636     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1637     {\r
1638       // Edit start res position of selected group\r
1639       changeStartRes = true;\r
1640     }\r
1641 \r
1642     if (res < av.getStartRes())\r
1643     {\r
1644       res = av.getStartRes();\r
1645     }\r
1646 \r
1647     if (changeEndRes)\r
1648     {\r
1649       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1650       {\r
1651         stretchGroup.setEndRes(res);\r
1652       }\r
1653     }\r
1654     else if (changeStartRes)\r
1655     {\r
1656       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1657       {\r
1658         stretchGroup.setStartRes(res);\r
1659       }\r
1660     }\r
1661 \r
1662     int dragDirection = 0;\r
1663 \r
1664     if (y > oldSeq)\r
1665     {\r
1666       dragDirection = 1;\r
1667     }\r
1668     else if (y < oldSeq)\r
1669     {\r
1670       dragDirection = -1;\r
1671     }\r
1672 \r
1673     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1674     {\r
1675       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1676       // selection is quite slow.\r
1677       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1678 \r
1679       oldSeq += dragDirection;\r
1680 \r
1681       if (oldSeq < 0)\r
1682       {\r
1683         break;\r
1684       }\r
1685 \r
1686       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1687 \r
1688       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1689       {\r
1690         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1691       }\r
1692       else\r
1693       {\r
1694         if (seq != null)\r
1695         {\r
1696           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1697         }\r
1698 \r
1699         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1700       }\r
1701     }\r
1702 \r
1703     if (oldSeq < 0)\r
1704     {\r
1705       oldSeq = -1;\r
1706     }\r
1707 \r
1708     mouseDragging = true;\r
1709 \r
1710     if (scrollThread != null)\r
1711     {\r
1712       scrollThread.setEvent(evt);\r
1713     }\r
1714 \r
1715     seqCanvas.repaint();\r
1716   }\r
1717 \r
1718   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1719   {\r
1720     if (evt == null)\r
1721     {\r
1722       if (scrollThread != null)\r
1723       {\r
1724         scrollThread.running = false;\r
1725         scrollThread = null;\r
1726       }\r
1727       mouseDragging = false;\r
1728     }\r
1729     else\r
1730     {\r
1731       if (scrollThread == null)\r
1732       {\r
1733         scrollThread = new ScrollThread();\r
1734       }\r
1735 \r
1736       mouseDragging = true;\r
1737       scrollThread.setEvent(evt);\r
1738     }\r
1739 \r
1740   }\r
1741 \r
1742   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1743   class ScrollThread\r
1744       extends Thread\r
1745   {\r
1746     MouseEvent evt;\r
1747     boolean running = false;\r
1748 \r
1749     public ScrollThread()\r
1750     {\r
1751       start();\r
1752     }\r
1753 \r
1754     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1755     {\r
1756       evt = e;\r
1757     }\r
1758 \r
1759     public void stopScrolling()\r
1760     {\r
1761       running = false;\r
1762     }\r
1763 \r
1764     public void run()\r
1765     {\r
1766       running = true;\r
1767 \r
1768       while (running)\r
1769       {\r
1770         if (evt != null)\r
1771         {\r
1772           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1773               (av.getStartSeq() > 0))\r
1774           {\r
1775             running = ap.scrollUp(true);\r
1776           }\r
1777 \r
1778           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1779               (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1780           {\r
1781             running = ap.scrollUp(false);\r
1782           }\r
1783 \r
1784           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1785           {\r
1786             running = ap.scrollRight(false);\r
1787           }\r
1788           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1789           {\r
1790             running = ap.scrollRight(true);\r
1791           }\r
1792         }\r
1793 \r
1794         try\r
1795         {\r
1796           Thread.sleep(20);\r
1797         }\r
1798         catch (Exception ex)\r
1799         {\r
1800         }\r
1801       }\r
1802     }\r
1803   }\r
1804 }\r