src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import jalview.jbgui.*;
  24
  25 import jalview.schemes.*;
  26
  27 import java.awt.event.*;
  28
  29 import java.util.*;
  30
  31 import javax.swing.*;
  32 import javax.swing.event.*;
  33
  34
  35 /**
  36  * DOCUMENT ME!
  37  *
  38  * @author $author$
  39  * @version $Revision$
  40  */
  41 public class SliderPanel extends GSliderPanel
  42 {
  43     static JInternalFrame conservationSlider;
  44     static JInternalFrame PIDSlider;
  45     AlignmentPanel ap;
  46     boolean forConservation = true;
  47     ColourSchemeI cs;
  48
  49     /**
  50      * Creates a new SliderPanel object.
  51      *
  52      * @param ap DOCUMENT ME!
  53      * @param value DOCUMENT ME!
  54      * @param forConserve DOCUMENT ME!
  55      * @param cs DOCUMENT ME!
  56      */
  57     public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
  58         ColourSchemeI cs)
  59     {
  60         this.ap = ap;
  61         this.cs = cs;
  62         forConservation = forConserve;
  63         undoButton.setVisible(false);
  64         applyButton.setVisible(false);
  65
  66         if (forConservation)
  67         {
  68             label.setText("Enter value to increase conservation visibility");
  69             slider.setMinimum(0);
  70             slider.setMaximum(100);
  71         }
  72         else
  73         {
  74             label.setText("Enter % identity above which to colour residues");
  75             slider.setMinimum(0);
  76             slider.setMaximum(100);
  77         }
  78
  79         slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  80             {
  81                 public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  82                 {
  83                     valueField.setText(slider.getValue() + "");
  84                     valueChanged(slider.getValue());
  85                 }
  86             });
  87
  88         slider.setValue(value);
  89         valueField.setText(value + "");
  90     }
  91
  92
  93     /**
  94      * DOCUMENT ME!
  95      *
  96      * @param ap DOCUMENT ME!
  97      * @param cs DOCUMENT ME!
  98      * @param source DOCUMENT ME!
  99      *
 100      * @return DOCUMENT ME!
 101      */
 102     public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
 103         ColourSchemeI cs, String source)
 104     {
 105         SliderPanel sp = null;
 106
 107         if (conservationSlider == null)
 108         {
 109             sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
 110             conservationSlider = new JInternalFrame();
 111             conservationSlider.setContentPane(sp);
 112             conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 113         }
 114         else
 115         {
 116             sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
 117             sp.cs = cs;
 118         }
 119
 120         conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" +
 121             source + ")");
 122
 123         if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
 124         {
 125             sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 126         }
 127         else
 128         {
 129             sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 130         }
 131
 132         return sp.getValue();
 133     }
 134
 135     /**
 136      * DOCUMENT ME!
 137      */
 138     public static void showConservationSlider()
 139     {
 140         try
 141         {
 142             PIDSlider.setClosed(true);
 143             PIDSlider = null;
 144         }
 145         catch (Exception ex)
 146         {
 147         }
 148
 149         if (!conservationSlider.isVisible())
 150         {
 151             Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,
 152                 conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);
 153             conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 154                 {
 155                     public void internalFrameClosed(
 156                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 157                     {
 158                         conservationSlider = null;
 159                     }
 160                 });
 161             conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 162         }
 163     }
 164
 165     /**
 166      * DOCUMENT ME!
 167      *
 168      * @param ap DOCUMENT ME!
 169      * @param cs DOCUMENT ME!
 170      * @param source DOCUMENT ME!
 171      *
 172      * @return DOCUMENT ME!
 173      */
 174     public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 175         String source)
 176     {
 177         SliderPanel pid = null;
 178
 179         int threshold = cs.getThreshold();
 180
 181         if (PIDSlider == null)
 182         {
 183             pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);
 184             PIDSlider = new JInternalFrame();
 185             PIDSlider.setContentPane(pid);
 186             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 187         }
 188         else
 189         {
 190             pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
 191             pid.cs = cs;
 192         }
 193
 194         PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 195
 196         if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
 197         {
 198             pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 199         }
 200         else
 201         {
 202             pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 203         }
 204
 205         return pid.getValue();
 206     }
 207
 208     /**
 209      * DOCUMENT ME!
 210      */
 211     public static void showPIDSlider()
 212     {
 213         try
 214         {
 215             conservationSlider.setClosed(true);
 216             conservationSlider = null;
 217         }
 218         catch (Exception ex)
 219         {
 220         }
 221
 222         if (!PIDSlider.isVisible())
 223         {
 224             Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,
 225                 false);
 226             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 227             PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 228                 {
 229                     public void internalFrameClosed(
 230                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 231                     {
 232                         PIDSlider = null;
 233                     }
 234                 });
 235             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 236         }
 237     }
 238
 239     /**
 240      * DOCUMENT ME!
 241      *
 242      * @param i DOCUMENT ME!
 243      */
 244     public void valueChanged(int i)
 245     {
 246         if (cs == null)
 247         {
 248             return;
 249         }
 250
 251         ColourSchemeI toChange = null;
 252         Vector allGroups = null;
 253         int groupIndex = 0;
 254
 255         if (allGroupsCheck.isSelected())
 256         {
 257             allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 258             groupIndex = allGroups.size() - 1;
 259         }
 260         else
 261         {
 262             toChange = cs;
 263         }
 264
 265
 266         while (groupIndex > -1)
 267         {
 268             if (allGroups != null)
 269             {
 270                 toChange = ((SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;
 271
 272                 if (toChange == null)
 273                 {
 274                     groupIndex--;
 275
 276                     continue;
 277                 }
 278             }
 279
 280             if (forConservation)
 281             {
 282                 if (toChange.conservationApplied())
 283                 {
 284                     toChange.setConservationInc(i);
 285                 }
 286             }
 287             else
 288             {
 289                 toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 290             }
 291
 292             groupIndex--;
 293         }
 294
 295         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 296     }
 297
 298     /**
 299      * DOCUMENT ME!
 300      *
 301      * @param b DOCUMENT ME!
 302      */
 303     public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 304     {
 305         allGroupsCheck.setEnabled(b);
 306     }
 307
 308     /**
 309      * DOCUMENT ME!
 310      *
 311      * @param e DOCUMENT ME!
 312      */
 313     public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 314     {
 315         try
 316         {
 317             int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 318             slider.setValue(i);
 319         }
 320         catch (NumberFormatException ex)
 321         {
 322             valueField.setText(slider.getValue() + "");
 323         }
 324     }
 325
 326     /**
 327      * DOCUMENT ME!
 328      *
 329      * @param value DOCUMENT ME!
 330      */
 331     public void setValue(int value)
 332     {
 333         slider.setValue(value);
 334     }
 335
 336     /**
 337      * DOCUMENT ME!
 338      *
 339      * @return DOCUMENT ME!
 340      */
 341     public int getValue()
 342     {
 343         return Integer.parseInt(valueField.getText());
 344     }
 345
 346     public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)
 347     {
 348       if (ap.overviewPanel != null)
 349         ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 350     }
 351
 352 }