src/jalview/gui/StructureChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.gui;
  23
  24 import java.awt.event.ActionEvent;
  25 import java.awt.event.ActionListener;
  26 import java.awt.event.ItemEvent;
  27 import java.io.File;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Collection;
  30 import java.util.HashSet;
  31 import java.util.LinkedHashSet;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Locale;
  34 import java.util.concurrent.Callable;
  35 import java.util.concurrent.Executors;
  36
  37 import javax.swing.JCheckBox;
  38 import javax.swing.JComboBox;
  39 import javax.swing.JLabel;
  40 import javax.swing.JMenuItem;
  41 import javax.swing.JPopupMenu;
  42 import javax.swing.JTable;
  43 import javax.swing.SwingUtilities;
  44 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  45
  46 import com.stevesoft.pat.Regex;
  47
  48 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  49 import jalview.bin.Cache;
  50 import jalview.bin.Console;
  51 import jalview.bin.Jalview;
  52 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  53 import jalview.datamodel.SequenceI;
  54 import jalview.ext.jmol.JmolParser;
  55 import jalview.fts.api.FTSData;
  56 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
  57 import jalview.fts.api.FTSRestClientI;
  58 import jalview.fts.core.FTSDataColumnPreferences;
  59 import jalview.fts.core.FTSRestRequest;
  60 import jalview.fts.core.FTSRestResponse;
  61 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSRestClient;
  62 import jalview.fts.service.threedbeacons.TDB_FTSData;
  63 import jalview.gui.structurechooser.PDBStructureChooserQuerySource;
  64 import jalview.gui.structurechooser.StructureChooserQuerySource;
  65 import jalview.gui.structurechooser.ThreeDBStructureChooserQuerySource;
  66 import jalview.io.DataSourceType;
  67 import jalview.io.FileFormatException;
  68 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  69 import jalview.io.JalviewFileView;
  70 import jalview.jbgui.FilterOption;
  71 import jalview.jbgui.GStructureChooser;
  72 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  73 import jalview.structure.StructureMapping;
  74 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  75 import jalview.util.MessageManager;
  76 import jalview.util.Platform;
  77 import jalview.util.StringUtils;
  78 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  79 import jalview.ws.DBRefFetcher.FetchFinishedListenerI;
  80 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
  81 import jalview.ws.dbsources.EBIAlfaFold;
  82 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  83 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  84
  85 /**
  86  * Provides the behaviors for the Structure chooser Panel
  87  *
  88  * @author tcnofoegbu
  89  *
  90  */
  91 @SuppressWarnings("serial")
  92 public class StructureChooser extends GStructureChooser
  93         implements IProgressIndicator
  94 {
  95   private static final String AUTOSUPERIMPOSE = "AUTOSUPERIMPOSE";
  96
  97   /**
  98    * warn user if need to fetch more than this many uniprot records at once
  99    */
 100   private static final int THRESHOLD_WARN_UNIPROT_FETCH_NEEDED = 20;
 101
 102   private SequenceI selectedSequence;
 103
 104   private SequenceI[] selectedSequences;
 105
 106   private IProgressIndicator progressIndicator;
 107
 108   private Collection<FTSData> discoveredStructuresSet;
 109
 110   private StructureChooserQuerySource data;
 111
 112   @Override
 113   protected FTSDataColumnPreferences getFTSDocFieldPrefs()
 114   {
 115     return data.getDocFieldPrefs();
 116   }
 117
 118   private String selectedPdbFileName;
 119
 120   private TFType localPdbTempfacType;
 121
 122   private String localPdbPaeMatrixFileName;
 123
 124   private boolean isValidPBDEntry;
 125
 126   private boolean cachedPDBExists;
 127
 128   private Collection<FTSData> lastDiscoveredStructuresSet;
 129
 130   private boolean canQueryTDB = false;
 131
 132   private boolean notQueriedTDBYet = true;
 133
 134   List<SequenceI> seqsWithoutSourceDBRef = null;
 135
 136   private boolean showChooserGUI = true;
 137
 138   private static StructureViewer lastTargetedView = null;
 139
 140   public StructureChooser(SequenceI[] selectedSeqs, SequenceI selectedSeq,
 141           AlignmentPanel ap)
 142   {
 143     this(selectedSeqs, selectedSeq, ap, true);
 144   }
 145
 146   public StructureChooser(SequenceI[] selectedSeqs, SequenceI selectedSeq,
 147           AlignmentPanel ap, boolean showGUI)
 148   {
 149     // which FTS engine to use
 150     data = StructureChooserQuerySource.getQuerySourceFor(selectedSeqs);
 151     initDialog();
 152
 153     this.ap = ap;
 154     this.selectedSequence = selectedSeq;
 155     this.selectedSequences = selectedSeqs;
 156     this.progressIndicator = (ap == null) ? null : ap.alignFrame;
 157     this.showChooserGUI = showGUI;
 158     init();
 159
 160   }
 161
 162   /**
 163    * sets canQueryTDB if protein sequences without a canonical uniprot ref or at
 164    * least one structure are discovered.
 165    */
 166   private void populateSeqsWithoutSourceDBRef()
 167   {
 168     seqsWithoutSourceDBRef = new ArrayList<SequenceI>();
 169     boolean needCanonical = false;
 170     for (SequenceI seq : selectedSequences)
 171     {
 172       if (seq.isProtein())
 173       {
 174         int dbRef = ThreeDBStructureChooserQuerySource
 175                 .checkUniprotRefs(seq.getDBRefs());
 176         if (dbRef < 0)
 177         {
 178           if (dbRef == -1)
 179           {
 180             // need to retrieve canonicals
 181             needCanonical = true;
 182             seqsWithoutSourceDBRef.add(seq);
 183           }
 184           else
 185           {
 186             // could be a sequence with pdb ref
 187             if (seq.getAllPDBEntries() == null
 188                     || seq.getAllPDBEntries().size() == 0)
 189             {
 190               seqsWithoutSourceDBRef.add(seq);
 191             }
 192           }
 193         }
 194       }
 195     }
 196     // retrieve database refs for protein sequences
 197     if (!seqsWithoutSourceDBRef.isEmpty())
 198     {
 199       canQueryTDB = true;
 200       if (needCanonical)
 201       {
 202         // triggers display of the 'Query TDB' button
 203         notQueriedTDBYet = true;
 204       }
 205     }
 206   };
 207
 208   /**
 209    * Initializes parameters used by the Structure Chooser Panel
 210    */
 211   protected void init()
 212   {
 213     if (!Jalview.isHeadlessMode())
 214     {
 215       progressBar = new ProgressBar(this.statusPanel, this.statusBar);
 216     }
 217
 218     chk_superpose.setSelected(Cache.getDefault(AUTOSUPERIMPOSE, true));
 219     btn_queryTDB.addActionListener(new ActionListener()
 220     {
 221
 222       @Override
 223       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 224       {
 225         promptForTDBFetch(false);
 226       }
 227     });
 228
 229     Executors.defaultThreadFactory().newThread(new Runnable()
 230     {
 231       @Override
 232       public void run()
 233       {
 234         populateSeqsWithoutSourceDBRef();
 235         initialStructureDiscovery();
 236       }
 237
 238     }).start();
 239
 240   }
 241
 242   // called by init
 243   private void initialStructureDiscovery()
 244   {
 245     // check which FTS engine to use
 246     data = StructureChooserQuerySource.getQuerySourceFor(selectedSequences);
 247
 248     // ensure a filter option is in force for search
 249     populateFilterComboBox(true, cachedPDBExists);
 250
 251     // looks for any existing structures already loaded
 252     // for the sequences (the cached ones)
 253     // then queries the StructureChooserQuerySource to
 254     // discover more structures.
 255     //
 256     // Possible optimisation is to only begin querying
 257     // the structure chooser if there are no cached structures.
 258
 259     long startTime = System.currentTimeMillis();
 260     updateProgressIndicator(
 261             MessageManager.getString("status.loading_cached_pdb_entries"),
 262             startTime);
 263     loadLocalCachedPDBEntries();
 264     updateProgressIndicator(null, startTime);
 265     updateProgressIndicator(
 266             MessageManager.getString("status.searching_for_pdb_structures"),
 267             startTime);
 268     fetchStructuresMetaData();
 269     // revise filter options if no results were found
 270     populateFilterComboBox(isStructuresDiscovered(), cachedPDBExists);
 271     discoverStructureViews();
 272     updateProgressIndicator(null, startTime);
 273     mainFrame.setVisible(showChooserGUI);
 274     updateCurrentView();
 275   }
 276
 277   /**
 278    * raises dialog for Uniprot fetch followed by 3D beacons search
 279    *
 280    * @param ignoreGui
 281    *          - when true, don't ask, just fetch
 282    */
 283   public void promptForTDBFetch(boolean ignoreGui)
 284   {
 285     final long progressId = System.currentTimeMillis();
 286
 287     // final action after prompting and discovering db refs
 288     final Runnable strucDiscovery = new Runnable()
 289     {
 290       @Override
 291       public void run()
 292       {
 293         mainFrame.setEnabled(false);
 294         cmb_filterOption.setEnabled(false);
 295         progressBar.setProgressBar(
 296                 MessageManager.getString("status.searching_3d_beacons"),
 297                 progressId);
 298         btn_queryTDB.setEnabled(false);
 299         // TODO: warn if no accessions discovered
 300         populateSeqsWithoutSourceDBRef();
 301         // redo initial discovery - this time with 3d beacons
 302         // Executors.
 303         previousWantedFields = null;
 304         lastSelected = (FilterOption) cmb_filterOption.getSelectedItem();
 305         cmb_filterOption.setSelectedItem(null);
 306         cachedPDBExists = false; // reset to initial
 307         initialStructureDiscovery();
 308         if (!isStructuresDiscovered())
 309         {
 310           progressBar.setProgressBar(MessageManager.getString(
 311                   "status.no_structures_discovered_from_3d_beacons"),
 312                   progressId);
 313           btn_queryTDB.setToolTipText(MessageManager.getString(
 314                   "status.no_structures_discovered_from_3d_beacons"));
 315           btn_queryTDB.setEnabled(false);
 316           pnl_queryTDB.setVisible(false);
 317         }
 318         else
 319         {
 320           cmb_filterOption.setSelectedIndex(0); // select 'best'
 321           btn_queryTDB.setVisible(false);
 322           pnl_queryTDB.setVisible(false);
 323           progressBar.setProgressBar(null, progressId);
 324         }
 325         mainFrame.setEnabled(true);
 326         cmb_filterOption.setEnabled(true);
 327       }
 328     };
 329
 330     final FetchFinishedListenerI afterDbRefFetch = new FetchFinishedListenerI()
 331     {
 332
 333       @Override
 334       public void finished()
 335       {
 336         // filter has been selected, so we set flag to remove ourselves
 337         notQueriedTDBYet = false;
 338         // new thread to discover structures - via 3d beacons
 339         Executors.defaultThreadFactory().newThread(strucDiscovery).start();
 340
 341       }
 342     };
 343
 344     // fetch db refs if OK pressed
 345     final Callable discoverCanonicalDBrefs = () -> {
 346       btn_queryTDB.setEnabled(false);
 347       populateSeqsWithoutSourceDBRef();
 348
 349       final int y = seqsWithoutSourceDBRef.size();
 350       if (y > 0)
 351       {
 352         final SequenceI[] seqWithoutSrcDBRef = seqsWithoutSourceDBRef
 353                 .toArray(new SequenceI[y]);
 354         DBRefFetcher dbRefFetcher = new DBRefFetcher(seqWithoutSrcDBRef,
 355                 progressBar, new DbSourceProxy[]
 356                 { new jalview.ws.dbsources.Uniprot() }, null, false);
 357         dbRefFetcher.addListener(afterDbRefFetch);
 358         // ideally this would also gracefully run with callbacks
 359
 360         dbRefFetcher.fetchDBRefs(true);
 361       }
 362       else
 363       {
 364         // call finished action directly
 365         afterDbRefFetch.finished();
 366       }
 367       return null;
 368     };
 369     final Callable revertview = () -> {
 370       if (lastSelected != null)
 371       {
 372         cmb_filterOption.setSelectedItem(lastSelected);
 373       }
 374       return null;
 375     };
 376     int threshold = Cache.getDefault("UNIPROT_AUTOFETCH_THRESHOLD",
 377             THRESHOLD_WARN_UNIPROT_FETCH_NEEDED);
 378     Console.debug("Using Uniprot fetch threshold of " + threshold);
 379     if (ignoreGui || seqsWithoutSourceDBRef.size() < threshold)
 380     {
 381       Executors.newSingleThreadExecutor().submit(discoverCanonicalDBrefs);
 382       return;
 383     }
 384     // need cancel and no to result in the discoverPDB action - mocked is
 385     // 'cancel' TODO: mock should be OK
 386
 387     StructureChooser thisSC = this;
 388     JvOptionPane.newOptionDialog(thisSC.getFrame())
 389             .setResponseHandler(JvOptionPane.OK_OPTION,
 390                     discoverCanonicalDBrefs)
 391             .setResponseHandler(JvOptionPane.CANCEL_OPTION, revertview)
 392             .setResponseHandler(JvOptionPane.NO_OPTION, revertview)
 393             .showDialog(
 394                     MessageManager.formatMessage(
 395                             "label.fetch_references_for_3dbeacons",
 396                             seqsWithoutSourceDBRef.size()),
 397                     MessageManager.getString("label.3dbeacons"),
 398                     JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE,
 399                     null, new Object[]
 400                     { MessageManager.getString("action.ok"),
 401                         MessageManager.getString("action.cancel") },
 402                     MessageManager.getString("action.ok"), false);
 403   }
 404
 405   /**
 406    * Builds a drop-down choice list of existing structure viewers to which new
 407    * structures may be added. If this list is empty then it, and the 'Add'
 408    * button, are hidden.
 409    */
 410   private void discoverStructureViews()
 411   {
 412     if (Desktop.instance != null)
 413     {
 414       targetView.removeAllItems();
 415       if (lastTargetedView != null && !lastTargetedView.isVisible())
 416       {
 417         lastTargetedView = null;
 418       }
 419       int linkedViewsAt = 0;
 420       for (StructureViewerBase view : Desktop.instance
 421               .getStructureViewers(null, null))
 422       {
 423         StructureViewer viewHandler = (lastTargetedView != null
 424                 && lastTargetedView.sview == view) ? lastTargetedView
 425                         : StructureViewer.reconfigure(view);
 426
 427         if (view.isLinkedWith(ap))
 428         {
 429           targetView.insertItemAt(viewHandler, linkedViewsAt++);
 430         }
 431         else
 432         {
 433           targetView.addItem(viewHandler);
 434         }
 435       }
 436
 437       /*
 438        * show option to Add to viewer if at least 1 viewer found
 439        */
 440       targetView.setVisible(false);
 441       if (targetView.getItemCount() > 0)
 442       {
 443         targetView.setVisible(true);
 444         if (lastTargetedView != null)
 445         {
 446           targetView.setSelectedItem(lastTargetedView);
 447         }
 448         else
 449         {
 450           targetView.setSelectedIndex(0);
 451         }
 452       }
 453       btn_add.setVisible(targetView.isVisible());
 454     }
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Updates the progress indicator with the specified message
 459    *
 460    * @param message
 461    *          displayed message for the operation
 462    * @param id
 463    *          unique handle for this indicator
 464    */
 465   protected void updateProgressIndicator(String message, long id)
 466   {
 467     if (progressIndicator != null)
 468     {
 469       progressIndicator.setProgressBar(message, id);
 470     }
 471   }
 472
 473   /**
 474    * Retrieve meta-data for all the structure(s) for a given sequence(s) in a
 475    * selection group
 476    */
 477   void fetchStructuresMetaData()
 478   {
 479     long startTime = System.currentTimeMillis();
 480     Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = data.getDocFieldPrefs()
 481             .getStructureSummaryFields();
 482
 483     discoveredStructuresSet = new LinkedHashSet<>();
 484     HashSet<String> errors = new HashSet<>();
 485
 486     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 487             .getSelectedItem());
 488
 489     for (SequenceI seq : selectedSequences)
 490     {
 491
 492       FTSRestResponse resultList;
 493       try
 494       {
 495         resultList = data.fetchStructuresMetaData(seq, wantedFields,
 496                 selectedFilterOpt, !chk_invertFilter.isSelected());
 497         // null response means the FTSengine didn't yield a query for this
 498         // consider designing a special exception if we really wanted to be
 499         // OOCrazy
 500         if (resultList == null)
 501         {
 502           continue;
 503         }
 504       } catch (Exception e)
 505       {
 506         e.printStackTrace();
 507         errors.add(e.getMessage());
 508         continue;
 509       }
 510       if (resultList.getSearchSummary() != null
 511               && !resultList.getSearchSummary().isEmpty())
 512       {
 513         discoveredStructuresSet.addAll(resultList.getSearchSummary());
 514       }
 515     }
 516
 517     int noOfStructuresFound = 0;
 518     String totalTime = (System.currentTimeMillis() - startTime)
 519             + " milli secs";
 520     if (discoveredStructuresSet != null
 521             && !discoveredStructuresSet.isEmpty())
 522     {
 523       getResultTable()
 524               .setModel(data.getTableModel(discoveredStructuresSet));
 525
 526       noOfStructuresFound = discoveredStructuresSet.size();
 527       lastDiscoveredStructuresSet = discoveredStructuresSet;
 528       mainFrame.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 529               "label.structure_chooser_no_of_structures",
 530               noOfStructuresFound, totalTime));
 531     }
 532     else
 533     {
 534       mainFrame.setTitle(MessageManager
 535               .getString("label.structure_chooser_manual_association"));
 536       if (errors.size() > 0)
 537       {
 538         StringBuilder errorMsg = new StringBuilder();
 539         for (String error : errors)
 540         {
 541           errorMsg.append(error).append("\n");
 542         }
 543         JvOptionPane.showMessageDialog(this, errorMsg.toString(),
 544                 MessageManager.getString("label.pdb_web-service_error"),
 545                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 546       }
 547     }
 548   }
 549
 550   protected void loadLocalCachedPDBEntries()
 551   {
 552     ArrayList<CachedPDB> entries = new ArrayList<>();
 553     for (SequenceI seq : selectedSequences)
 554     {
 555       if (seq.getDatasetSequence() != null
 556               && seq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries() != null)
 557       {
 558         for (PDBEntry pdbEntry : seq.getDatasetSequence()
 559                 .getAllPDBEntries())
 560         {
 561           if (pdbEntry.getFile() != null)
 562           {
 563             entries.add(new CachedPDB(seq, pdbEntry));
 564           }
 565         }
 566       }
 567     }
 568     cachedPDBExists = !entries.isEmpty();
 569     PDBEntryTableModel tableModelx = new PDBEntryTableModel(entries);
 570     tbl_local_pdb.setModel(tableModelx);
 571   }
 572
 573   /**
 574    * Filters a given list of discovered structures based on supplied argument
 575    *
 576    * @param fieldToFilterBy
 577    *          the field to filter by
 578    */
 579   void filterResultSet(final String fieldToFilterBy)
 580   {
 581     Thread filterThread = new Thread(new Runnable()
 582     {
 583
 584       @Override
 585       public void run()
 586       {
 587         long startTime = System.currentTimeMillis();
 588         lbl_loading.setVisible(true);
 589         Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = data.getDocFieldPrefs()
 590                 .getStructureSummaryFields();
 591         Collection<FTSData> filteredResponse = new HashSet<>();
 592         HashSet<String> errors = new HashSet<>();
 593
 594         for (SequenceI seq : selectedSequences)
 595         {
 596
 597           FTSRestResponse resultList;
 598           try
 599           {
 600             resultList = data.selectFirstRankedQuery(seq,
 601                     discoveredStructuresSet, wantedFields, fieldToFilterBy,
 602                     !chk_invertFilter.isSelected());
 603
 604           } catch (Exception e)
 605           {
 606             e.printStackTrace();
 607             errors.add(e.getMessage());
 608             continue;
 609           }
 610           if (resultList.getSearchSummary() != null
 611                   && !resultList.getSearchSummary().isEmpty())
 612           {
 613             filteredResponse.addAll(resultList.getSearchSummary());
 614           }
 615         }
 616
 617         String totalTime = (System.currentTimeMillis() - startTime)
 618                 + " milli secs";
 619         if (!filteredResponse.isEmpty())
 620         {
 621           final int filterResponseCount = filteredResponse.size();
 622           Collection<FTSData> reorderedStructuresSet = new LinkedHashSet<>();
 623           reorderedStructuresSet.addAll(filteredResponse);
 624           reorderedStructuresSet.addAll(discoveredStructuresSet);
 625           getResultTable()
 626                   .setModel(data.getTableModel(reorderedStructuresSet));
 627
 628           FTSRestResponse.configureTableColumn(getResultTable(),
 629                   wantedFields, tempUserPrefs);
 630           getResultTable().getColumn("Ref Sequence").setPreferredWidth(120);
 631           getResultTable().getColumn("Ref Sequence").setMinWidth(100);
 632           getResultTable().getColumn("Ref Sequence").setMaxWidth(200);
 633           // Update table selection model here
 634           getResultTable().addRowSelectionInterval(0,
 635                   filterResponseCount - 1);
 636           mainFrame.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 637                   "label.structure_chooser_filter_time", totalTime));
 638         }
 639         else
 640         {
 641           mainFrame.setTitle(MessageManager.formatMessage(
 642                   "label.structure_chooser_filter_time", totalTime));
 643           if (errors.size() > 0)
 644           {
 645             StringBuilder errorMsg = new StringBuilder();
 646             for (String error : errors)
 647             {
 648               errorMsg.append(error).append("\n");
 649             }
 650             JvOptionPane.showMessageDialog(null, errorMsg.toString(),
 651                     MessageManager.getString("label.pdb_web-service_error"),
 652                     JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 653           }
 654         }
 655
 656         lbl_loading.setVisible(false);
 657
 658         validateSelections();
 659       }
 660     });
 661     filterThread.start();
 662   }
 663
 664   /**
 665    * Handles action event for btn_pdbFromFile
 666    */
 667   @Override
 668   protected void pdbFromFile_actionPerformed()
 669   {
 670     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS until JSmol dep and
 671     // StructureChooser
 672     // works
 673     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 674             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 675     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 676     chooser.setDialogTitle(
 677             MessageManager.formatMessage("label.select_pdb_file_for",
 678                     selectedSequence.getDisplayId(false)));
 679     chooser.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 680             "label.load_pdb_file_associate_with_sequence",
 681             selectedSequence.getDisplayId(false)));
 682
 683     int value = chooser.showOpenDialog(null);
 684     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 685     {
 686       selectedPdbFileName = chooser.getSelectedFile().getPath();
 687       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedPdbFileName);
 688       boolean guessTFType = localPdbPaeMatrixFileName == null;
 689       localPdbPaeMatrixFileName = guessPAEFilename();
 690       guessTFType |= localPdbPaeMatrixFileName != null;
 691       Regex alphaFold = JmolParser.getNewAlphafoldValidator();
 692       if (guessTFType
 693               && alphaFold.search(new File(selectedPdbFileName).getName())
 694               && !tempFacAsChanged)
 695       {
 696         // localPdbPaeMatrixFileName was null and now isn't and filename could
 697         // well be AlphaFold and user hasn't adjusted the tempFacType
 698         combo_tempFacAs.setSelectedItem(TFType.PLDDT);
 699       }
 700       validateSelections();
 701     }
 702   }
 703
 704   /**
 705    * Handles action event for btn_paeMatrixFile
 706    */
 707   @Override
 708   protected void paeMatrixFile_actionPerformed()
 709   {
 710     File pdbFile = new File(selectedPdbFileName);
 711     String setFile = Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY");
 712     if (localPdbPaeMatrixFileName != null)
 713     {
 714       File paeFile = new File(localPdbPaeMatrixFileName);
 715       if (paeFile.exists())
 716         setFile = paeFile.getAbsolutePath();
 717       else if (paeFile.getParentFile().exists())
 718         setFile = paeFile.getParentFile().getAbsolutePath();
 719     }
 720     else
 721     {
 722       String guess = guessPAEFilename();
 723       if (guess != null)
 724         setFile = guess;
 725     }
 726     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(setFile);
 727     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 728     chooser.setDialogTitle(MessageManager.formatMessage(
 729             "label.select_pae_matrix_file_for", pdbFile.getName()));
 730     chooser.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 731             "label.load_pae_matrix_file_associate_with_structure",
 732             pdbFile.getName()));
 733
 734     // TODO convert to Callable/Promise
 735     int value = chooser.showOpenDialog(null);
 736     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 737     {
 738       String fileName = chooser.getSelectedFile().getPath();
 739       try {
 740         PAEContactMatrix.validateContactMatrixFile(fileName);
 741       } catch (Exception thr)
 742       {
 743         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, MessageManager
 744                 .formatMessage("label.couldnt_load_file", new Object[]
 745                 { fileName})+"<br>"+thr.getLocalizedMessage(),
 746                 MessageManager.getString("label.error_loading_file"),
 747                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 748         Console.error("Couldn't import "+fileName+" as a PAE matrix",thr);
 749         return;
 750       }
 751       localPdbPaeMatrixFileName = fileName;
 752       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", localPdbPaeMatrixFileName);
 753     }
 754     validateAssociationFromFile();
 755   }
 756
 757   private String guessPAEFilename()
 758   {
 759     if (selectedPdbFileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith(".pdb")
 760             || selectedPdbFileName.toLowerCase(Locale.ROOT)
 761                     .endsWith(".cif"))
 762     {
 763       String jsonExt = selectedPdbFileName.substring(0,
 764               selectedPdbFileName.length() - 4) + ".json";
 765       // AlphaFold naming scheme
 766       String guessFile1 = StringUtils.replaceLast(jsonExt, "model",
 767               "predicted_aligned_error");
 768       // nf-core mode naming scheme
 769       String guessFile2 = StringUtils.replaceLast(jsonExt, ".json",
 770               "_scores.json");
 771       if (new File(guessFile1).exists())
 772       {
 773         return guessFile1;
 774       }
 775       else if (new File(jsonExt).exists())
 776       {
 777         return jsonExt;
 778       }
 779       else if (new File(guessFile2).exists())
 780       {
 781         return guessFile2;
 782       }
 783     }
 784     return null;
 785   }
 786
 787   /**
 788    * Populates the filter combo-box options dynamically depending on discovered
 789    * structures
 790    */
 791   protected void populateFilterComboBox(boolean haveData,
 792           boolean cachedPDBExist)
 793   {
 794     populateFilterComboBox(haveData, cachedPDBExist, null);
 795   }
 796
 797   /**
 798    * Populates the filter combo-box options dynamically depending on discovered
 799    * structures
 800    */
 801   protected void populateFilterComboBox(boolean haveData,
 802           boolean cachedPDBExist, FilterOption lastSel)
 803   {
 804
 805     /*
 806      * temporarily suspend the change listener behaviour
 807      */
 808     cmb_filterOption.removeItemListener(this);
 809     int selSet = -1;
 810     cmb_filterOption.removeAllItems();
 811     if (haveData)
 812     {
 813       List<FilterOption> filters = data
 814               .getAvailableFilterOptions(VIEWS_FILTER);
 815       data.updateAvailableFilterOptions(VIEWS_FILTER, filters,
 816               lastDiscoveredStructuresSet);
 817       int p = 0;
 818       for (FilterOption filter : filters)
 819       {
 820         if (lastSel != null && filter.equals(lastSel))
 821         {
 822           selSet = p;
 823         }
 824         p++;
 825         cmb_filterOption.addItem(filter);
 826       }
 827     }
 828
 829     cmb_filterOption.addItem(
 830             new FilterOption(MessageManager.getString("label.enter_pdb_id"),
 831                     "-", VIEWS_ENTER_ID, false, null));
 832     cmb_filterOption.addItem(
 833             new FilterOption(MessageManager.getString("label.from_file"),
 834                     "-", VIEWS_FROM_FILE, false, null));
 835     if (canQueryTDB && notQueriedTDBYet)
 836     {
 837       btn_queryTDB.setVisible(true);
 838       pnl_queryTDB.setVisible(true);
 839     }
 840
 841     if (cachedPDBExist)
 842     {
 843       FilterOption cachedOption = new FilterOption(
 844               MessageManager.getString("label.cached_structures"), "-",
 845               VIEWS_LOCAL_PDB, false, null);
 846       cmb_filterOption.addItem(cachedOption);
 847       if (selSet == -1)
 848       {
 849         cmb_filterOption.setSelectedItem(cachedOption);
 850       }
 851     }
 852     if (selSet > -1)
 853     {
 854       cmb_filterOption.setSelectedIndex(selSet);
 855     }
 856     cmb_filterOption.addItemListener(this);
 857   }
 858
 859   /**
 860    * Updates the displayed view based on the selected filter option
 861    */
 862   protected void updateCurrentView()
 863   {
 864     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 865             .getSelectedItem());
 866
 867     if (lastSelected == selectedFilterOpt)
 868     {
 869       // don't need to do anything, probably
 870       return;
 871     }
 872     // otherwise, record selection
 873     // and update the layout and dialog accordingly
 874     lastSelected = selectedFilterOpt;
 875
 876     layout_switchableViews.show(pnl_switchableViews,
 877             selectedFilterOpt.getView());
 878     String filterTitle = mainFrame.getTitle();
 879     mainFrame.setTitle(frameTitle);
 880     chk_invertFilter.setVisible(false);
 881
 882     if (selectedFilterOpt.getView() == VIEWS_FILTER)
 883     {
 884       mainFrame.setTitle(filterTitle);
 885       // TDB Query has no invert as yet
 886       chk_invertFilter.setVisible(selectedFilterOpt
 887               .getQuerySource() instanceof PDBStructureChooserQuerySource);
 888
 889       if (data != selectedFilterOpt.getQuerySource()
 890               || data.needsRefetch(selectedFilterOpt))
 891       {
 892         data = selectedFilterOpt.getQuerySource();
 893         // rebuild the views completely, since prefs will also change
 894         tabRefresh();
 895         return;
 896       }
 897       else
 898       {
 899         filterResultSet(selectedFilterOpt.getValue());
 900       }
 901     }
 902     else if (selectedFilterOpt.getView() == VIEWS_ENTER_ID
 903             || selectedFilterOpt.getView() == VIEWS_FROM_FILE)
 904     {
 905       mainFrame.setTitle(MessageManager
 906               .getString("label.structure_chooser_manual_association"));
 907       idInputAssSeqPanel.loadCmbAssSeq();
 908       fileChooserAssSeqPanel.loadCmbAssSeq();
 909     }
 910     validateSelections();
 911   }
 912
 913   /**
 914    * Validates user selection and enables the 'Add' and 'New View' buttons if
 915    * all parameters are correct (the Add button will only be visible if there is
 916    * at least one existing structure viewer open). This basically means at least
 917    * one structure selected and no error messages.
 918    * <p>
 919    * The 'Superpose Structures' option is enabled if either more than one
 920    * structure is selected, or the 'Add' to existing view option is enabled, and
 921    * disabled if the only option is to open a new view of a single structure.
 922    */
 923   @Override
 924   protected void validateSelections()
 925   {
 926     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 927             .getSelectedItem());
 928     btn_add.setEnabled(false);
 929     String currentView = selectedFilterOpt.getView();
 930     int selectedCount = 0;
 931     if (currentView == VIEWS_FILTER)
 932     {
 933       selectedCount = getResultTable().getSelectedRows().length;
 934       if (selectedCount > 0)
 935       {
 936         btn_add.setEnabled(true);
 937       }
 938     }
 939     else if (currentView == VIEWS_LOCAL_PDB)
 940     {
 941       selectedCount = tbl_local_pdb.getSelectedRows().length;
 942       if (selectedCount > 0)
 943       {
 944         btn_add.setEnabled(true);
 945       }
 946     }
 947     else if (currentView == VIEWS_ENTER_ID)
 948     {
 949       validateAssociationEnterPdb();
 950     }
 951     else if (currentView == VIEWS_FROM_FILE)
 952     {
 953       validateAssociationFromFile();
 954     }
 955
 956     btn_newView.setEnabled(btn_add.isEnabled());
 957
 958     /*
 959      * enable 'Superpose' option if more than one structure is selected,
 960      * or there are view(s) available to add structure(s) to
 961      */
 962     chk_superpose
 963             .setEnabled(selectedCount > 1 || targetView.getItemCount() > 0);
 964   }
 965
 966   @Override
 967   protected boolean showPopupFor(int selectedRow, int x, int y)
 968   {
 969     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
 970             .getSelectedItem());
 971     String currentView = selectedFilterOpt.getView();
 972
 973     if (currentView == VIEWS_FILTER
 974             && data instanceof ThreeDBStructureChooserQuerySource)
 975     {
 976
 977       TDB_FTSData row = ((ThreeDBStructureChooserQuerySource) data)
 978               .getFTSDataFor(getResultTable(), selectedRow,
 979                       discoveredStructuresSet);
 980       String pageUrl = row.getModelViewUrl();
 981       JPopupMenu popup = new JPopupMenu("3D Beacons");
 982       JMenuItem viewUrl = new JMenuItem("View model web page");
 983       viewUrl.addActionListener(new ActionListener()
 984       {
 985         @Override
 986         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 987         {
 988           Desktop.showUrl(pageUrl);
 989         }
 990       });
 991       popup.add(viewUrl);
 992       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 993       {
 994         @Override
 995         public void run()
 996         {
 997           popup.show(getResultTable(), x, y);
 998         }
 999       });
1000       return true;
1001     }
1002     // event not handled by us
1003     return false;
1004   }
1005
1006   /**
1007    * Validates inputs from the Manual PDB entry panel
1008    */
1009   protected void validateAssociationEnterPdb()
1010   {
1011     AssociateSeqOptions assSeqOpt = (AssociateSeqOptions) idInputAssSeqPanel
1012             .getCmb_assSeq().getSelectedItem();
1013     lbl_pdbManualFetchStatus.setIcon(errorImage);
1014     lbl_pdbManualFetchStatus.setToolTipText("");
1015     if (txt_search.getText().length() > 0)
1016     {
1017       lbl_pdbManualFetchStatus.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1018               MessageManager.formatMessage("info.no_pdb_entry_found_for",
1019                       txt_search.getText())));
1020     }
1021
1022     if (errorWarning.length() > 0)
1023     {
1024       lbl_pdbManualFetchStatus.setIcon(warningImage);
1025       lbl_pdbManualFetchStatus.setToolTipText(
1026               JvSwingUtils.wrapTooltip(true, errorWarning.toString()));
1027     }
1028
1029     if (selectedSequences.length == 1 || !assSeqOpt.getName()
1030             .equalsIgnoreCase("-Select Associated Seq-"))
1031     {
1032       txt_search.setEnabled(true);
1033       if (isValidPBDEntry)
1034       {
1035         btn_add.setEnabled(true);
1036         lbl_pdbManualFetchStatus.setToolTipText("");
1037         lbl_pdbManualFetchStatus.setIcon(goodImage);
1038       }
1039     }
1040     else
1041     {
1042       txt_search.setEnabled(false);
1043       lbl_pdbManualFetchStatus.setIcon(errorImage);
1044     }
1045   }
1046
1047   /**
1048    * Validates inputs for the manual PDB file selection options
1049    */
1050   protected void validateAssociationFromFile()
1051   {
1052     AssociateSeqOptions assSeqOpt = (AssociateSeqOptions) fileChooserAssSeqPanel
1053             .getCmb_assSeq().getSelectedItem();
1054     // lbl_fromFileStatus.setIcon(errorImage);
1055     String pdbFileString = "";
1056     String pdbFileTooltip = "";
1057     if (selectedSequences.length == 1 || (assSeqOpt != null && !assSeqOpt
1058             .getName().equalsIgnoreCase("-Select Associated Seq-")))
1059     {
1060       btn_pdbFromFile.setEnabled(true);
1061       if (selectedPdbFileName != null && selectedPdbFileName.length() > 0)
1062       {
1063         btn_add.setEnabled(true);
1064         // lbl_fromFileStatus.setIcon(goodImage);
1065         pdbFileString = new File(selectedPdbFileName).getName();
1066         pdbFileTooltip = new File(selectedPdbFileName).getAbsolutePath();
1067         setPdbOptionsEnabled(true);
1068       }
1069       else
1070       {
1071         pdbFileString = MessageManager.getString("label.none");
1072         pdbFileTooltip = MessageManager.getString("label.nothing_selected");
1073         setPdbOptionsEnabled(false);
1074       }
1075     }
1076     else
1077     {
1078       btn_pdbFromFile.setEnabled(false);
1079       setPdbOptionsEnabled(false);
1080       // lbl_fromFileStatus.setIcon(errorImage);
1081       pdbFileString = MessageManager.getString("label.none");
1082       pdbFileTooltip = MessageManager.getString("label.nothing_selected");
1083     }
1084     lbl_pdbFile.setText(pdbFileString);
1085     lbl_pdbFile.setToolTipText(pdbFileTooltip);
1086
1087     // PAE file choice
1088     String paeFileString = "";
1089     String paeFileTooltip = "";
1090     if (localPdbPaeMatrixFileName != null
1091             && localPdbPaeMatrixFileName.length() > 0)
1092     {
1093       paeFileString = new File(localPdbPaeMatrixFileName).getName();
1094       paeFileTooltip = new File(localPdbPaeMatrixFileName)
1095               .getAbsolutePath();
1096     }
1097     else
1098     {
1099       paeFileString = MessageManager.getString("label.none");
1100       paeFileTooltip = MessageManager.getString("label.nothing_selected");
1101     }
1102     lbl_paeFile.setText(paeFileString);
1103     lbl_paeFile.setToolTipText(paeFileTooltip);
1104   }
1105
1106   @Override
1107   protected void cmbAssSeqStateChanged()
1108   {
1109     validateSelections();
1110   }
1111
1112   private FilterOption lastSelected = null;
1113
1114   /**
1115    * Handles the state change event for the 'filter' combo-box and 'invert'
1116    * check-box
1117    */
1118   @Override
1119   protected void stateChanged(ItemEvent e)
1120   {
1121     if (e.getSource() instanceof JCheckBox)
1122     {
1123       updateCurrentView();
1124     }
1125     else
1126     {
1127       if (e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED)
1128       {
1129         updateCurrentView();
1130       }
1131     }
1132
1133   }
1134
1135   /**
1136    * select structures for viewing by their PDB IDs
1137    *
1138    * @param pdbids
1139    * @return true if structures were found and marked as selected
1140    */
1141   public boolean selectStructure(String... pdbids)
1142   {
1143     boolean found = false;
1144
1145     FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
1146             .getSelectedItem());
1147     String currentView = selectedFilterOpt.getView();
1148     JTable restable = (currentView == VIEWS_FILTER) ? getResultTable()
1149             : (currentView == VIEWS_LOCAL_PDB) ? tbl_local_pdb : null;
1150
1151     if (restable == null)
1152     {
1153       // can't select (enter PDB ID, or load file - need to also select which
1154       // sequence to associate with)
1155       return false;
1156     }
1157
1158     int pdbIdColIndex = restable.getColumn("PDB Id").getModelIndex();
1159     for (int r = 0; r < restable.getRowCount(); r++)
1160     {
1161       for (int p = 0; p < pdbids.length; p++)
1162       {
1163         if (String.valueOf(restable.getValueAt(r, pdbIdColIndex))
1164                 .equalsIgnoreCase(pdbids[p]))
1165         {
1166           restable.setRowSelectionInterval(r, r);
1167           found = true;
1168         }
1169       }
1170     }
1171     return found;
1172   }
1173
1174   /**
1175    * Handles the 'New View' action
1176    */
1177   @Override
1178   protected void newView_ActionPerformed()
1179   {
1180     targetView.setSelectedItem(null);
1181     showStructures(false);
1182   }
1183
1184   /**
1185    * Handles the 'Add to existing viewer' action
1186    */
1187   @Override
1188   protected void add_ActionPerformed()
1189   {
1190     showStructures(false);
1191   }
1192
1193   /**
1194    * structure viewer opened by this dialog, or null
1195    */
1196   private StructureViewer sViewer = null;
1197
1198   public void showStructures(boolean waitUntilFinished)
1199   {
1200
1201     final StructureSelectionManager ssm = ap.getStructureSelectionManager();
1202
1203     final int preferredHeight = pnl_filter.getHeight();
1204     btn_add.setEnabled(false);
1205     btn_newView.setEnabled(false);
1206     Runnable viewStruc = new Runnable()
1207     {
1208       @Override
1209       public void run()
1210       {
1211         FilterOption selectedFilterOpt = ((FilterOption) cmb_filterOption
1212                 .getSelectedItem());
1213         String currentView = selectedFilterOpt.getView();
1214         JTable restable = (currentView == VIEWS_FILTER) ? getResultTable()
1215                 : tbl_local_pdb;
1216
1217         if (currentView == VIEWS_FILTER)
1218         {
1219           int[] selectedRows = restable.getSelectedRows();
1220           PDBEntry[] pdbEntriesToView = new PDBEntry[selectedRows.length];
1221           List<SequenceI> selectedSeqsToView = new ArrayList<>();
1222           pdbEntriesToView = data.collectSelectedRows(restable,
1223                   selectedRows, selectedSeqsToView);
1224
1225           SequenceI[] selectedSeqs = selectedSeqsToView
1226                   .toArray(new SequenceI[selectedSeqsToView.size()]);
1227           sViewer = launchStructureViewer(ssm, pdbEntriesToView, ap,
1228                   selectedSeqs);
1229         }
1230         else if (currentView == VIEWS_LOCAL_PDB)
1231         {
1232           int[] selectedRows = tbl_local_pdb.getSelectedRows();
1233           PDBEntry[] pdbEntriesToView = new PDBEntry[selectedRows.length];
1234           int count = 0;
1235           int pdbIdColIndex = tbl_local_pdb.getColumn("PDB Id")
1236                   .getModelIndex();
1237           int refSeqColIndex = tbl_local_pdb.getColumn("Ref Sequence")
1238                   .getModelIndex();
1239           List<SequenceI> selectedSeqsToView = new ArrayList<>();
1240           for (int row : selectedRows)
1241           {
1242             PDBEntry pdbEntry = ((PDBEntryTableModel) tbl_local_pdb
1243                     .getModel()).getPDBEntryAt(row).getPdbEntry();
1244
1245             pdbEntriesToView[count++] = pdbEntry;
1246             SequenceI selectedSeq = (SequenceI) tbl_local_pdb
1247                     .getValueAt(row, refSeqColIndex);
1248             selectedSeqsToView.add(selectedSeq);
1249           }
1250           SequenceI[] selectedSeqs = selectedSeqsToView
1251                   .toArray(new SequenceI[selectedSeqsToView.size()]);
1252           sViewer = launchStructureViewer(ssm, pdbEntriesToView, ap,
1253                   selectedSeqs);
1254         }
1255         else if (currentView == VIEWS_ENTER_ID)
1256         {
1257           SequenceI userSelectedSeq = ((AssociateSeqOptions) idInputAssSeqPanel
1258                   .getCmb_assSeq().getSelectedItem()).getSequence();
1259           if (userSelectedSeq != null)
1260           {
1261             selectedSequence = userSelectedSeq;
1262           }
1263           String pdbIdStr = txt_search.getText();
1264           PDBEntry pdbEntry = selectedSequence.getPDBEntry(pdbIdStr);
1265           if (pdbEntry == null)
1266           {
1267             pdbEntry = new PDBEntry();
1268             if (pdbIdStr.split(":").length > 1)
1269             {
1270               pdbEntry.setId(pdbIdStr.split(":")[0]);
1271               pdbEntry.setChainCode(
1272                       pdbIdStr.split(":")[1].toUpperCase(Locale.ROOT));
1273             }
1274             else
1275             {
1276               pdbEntry.setId(pdbIdStr);
1277             }
1278             pdbEntry.setType(PDBEntry.Type.PDB);
1279             selectedSequence.getDatasetSequence().addPDBId(pdbEntry);
1280           }
1281
1282           PDBEntry[] pdbEntriesToView = new PDBEntry[] { pdbEntry };
1283           sViewer = launchStructureViewer(ssm, pdbEntriesToView, ap,
1284                   new SequenceI[]
1285                   { selectedSequence });
1286         }
1287         else if (currentView == VIEWS_FROM_FILE)
1288         {
1289           StructureChooser sc = StructureChooser.this;
1290           TFType tft = (TFType) sc.combo_tempFacAs.getSelectedItem();
1291           String paeFilename = sc.localPdbPaeMatrixFileName;
1292           AssociateSeqOptions assSeqOpt = (AssociateSeqOptions) fileChooserAssSeqPanel
1293                   .getCmb_assSeq().getSelectedItem();
1294           SequenceI userSelectedSeq = assSeqOpt.getSequence();
1295           if (userSelectedSeq != null)
1296             selectedSequence = userSelectedSeq;
1297           String pdbFilename = selectedPdbFileName;
1298
1299           StructureChooser.openStructureFileForSequence(ssm, sc, ap,
1300                   selectedSequence, true, pdbFilename, tft, paeFilename);
1301         }
1302         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
1303         {
1304           @Override
1305           public void run()
1306           {
1307             closeAction(preferredHeight);
1308             mainFrame.dispose();
1309           }
1310         });
1311       }
1312     };
1313     Thread runner = new Thread(viewStruc);
1314     runner.start();
1315     if (waitUntilFinished)
1316     {
1317       while (sViewer == null ? runner.isAlive()
1318               : (sViewer.sview == null ? true
1319                       : !sViewer.sview.hasMapping()))
1320       {
1321         try
1322         {
1323           Thread.sleep(300);
1324         } catch (InterruptedException ie)
1325         {
1326
1327         }
1328       }
1329     }
1330   }
1331
1332   /**
1333    * Answers a structure viewer (new or existing) configured to superimpose
1334    * added structures or not according to the user's choice
1335    *
1336    * @param ssm
1337    * @return
1338    */
1339   StructureViewer getTargetedStructureViewer(StructureSelectionManager ssm)
1340   {
1341     Object sv = targetView.getSelectedItem();
1342
1343     return sv == null ? new StructureViewer(ssm) : (StructureViewer) sv;
1344   }
1345
1346   /**
1347    * Adds PDB structures to a new or existing structure viewer
1348    *
1349    * @param ssm
1350    * @param pdbEntriesToView
1351    * @param alignPanel
1352    * @param sequences
1353    * @return
1354    */
1355   private StructureViewer launchStructureViewer(
1356           StructureSelectionManager ssm, final PDBEntry[] pdbEntriesToView,
1357           final AlignmentPanel alignPanel, SequenceI[] sequences)
1358   {
1359     long progressId = sequences.hashCode();
1360     setProgressBar(MessageManager
1361             .getString("status.launching_3d_structure_viewer"), progressId);
1362     final StructureViewer theViewer = getTargetedStructureViewer(ssm);
1363     boolean superimpose = chk_superpose.isSelected();
1364     theViewer.setSuperpose(superimpose);
1365
1366     /*
1367      * remember user's choice of superimpose or not
1368      */
1369     Cache.setProperty(AUTOSUPERIMPOSE,
1370             Boolean.valueOf(superimpose).toString());
1371
1372     setProgressBar(null, progressId);
1373     if (SiftsSettings.isMapWithSifts())
1374     {
1375       List<SequenceI> seqsWithoutSourceDBRef = new ArrayList<>();
1376       int p = 0;
1377       // TODO: skip PDBEntry:Sequence pairs where PDBEntry doesn't look like a
1378       // real PDB ID. For moment, we can also safely do this if there is already
1379       // a known mapping between the PDBEntry and the sequence.
1380       for (SequenceI seq : sequences)
1381       {
1382         PDBEntry pdbe = pdbEntriesToView[p++];
1383         if (pdbe != null && pdbe.getFile() != null)
1384         {
1385           StructureMapping[] smm = ssm.getMapping(pdbe.getFile());
1386           if (smm != null && smm.length > 0)
1387           {
1388             for (StructureMapping sm : smm)
1389             {
1390               if (sm.getSequence() == seq)
1391               {
1392                 continue;
1393               }
1394             }
1395           }
1396         }
1397         if (seq.getPrimaryDBRefs().isEmpty())
1398         {
1399           seqsWithoutSourceDBRef.add(seq);
1400           continue;
1401         }
1402       }
1403       if (!seqsWithoutSourceDBRef.isEmpty())
1404       {
1405         int y = seqsWithoutSourceDBRef.size();
1406         setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1407                 "status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs",
1408                 y), progressId);
1409         SequenceI[] seqWithoutSrcDBRef = seqsWithoutSourceDBRef
1410                 .toArray(new SequenceI[y]);
1411         DBRefFetcher dbRefFetcher = new DBRefFetcher(seqWithoutSrcDBRef);
1412         dbRefFetcher.fetchDBRefs(true);
1413
1414         setProgressBar("Fetch complete.", progressId); // todo i18n
1415       }
1416     }
1417     if (pdbEntriesToView.length > 1)
1418     {
1419       setProgressBar(
1420               MessageManager.getString(
1421                       "status.fetching_3d_structures_for_selected_entries"),
1422               progressId);
1423       theViewer.viewStructures(pdbEntriesToView, sequences, alignPanel);
1424     }
1425     else
1426     {
1427       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1428               "status.fetching_3d_structures_for",
1429               pdbEntriesToView[0].getId()), progressId);
1430       // Can we pass a pre-computeMappinged pdbFile?
1431       theViewer.viewStructures(pdbEntriesToView[0], sequences, alignPanel);
1432     }
1433     setProgressBar(null, progressId);
1434     // remember the last viewer we used...
1435     lastTargetedView = theViewer;
1436     return theViewer;
1437   }
1438
1439   /**
1440    * Populates the combo-box used in associating manually fetched structures to
1441    * a unique sequence when more than one sequence selection is made.
1442    */
1443   @Override
1444   protected void populateCmbAssociateSeqOptions(
1445           JComboBox<AssociateSeqOptions> cmb_assSeq,
1446           JLabel lbl_associateSeq)
1447   {
1448     cmb_assSeq.removeAllItems();
1449     cmb_assSeq.addItem(
1450             new AssociateSeqOptions("-Select Associated Seq-", null));
1451     lbl_associateSeq.setVisible(false);
1452     if (selectedSequences.length > 1)
1453     {
1454       for (SequenceI seq : selectedSequences)
1455       {
1456         cmb_assSeq.addItem(new AssociateSeqOptions(seq));
1457       }
1458     }
1459     else
1460     {
1461       String seqName = selectedSequence.getDisplayId(false);
1462       seqName = seqName.length() <= 40 ? seqName : seqName.substring(0, 39);
1463       lbl_associateSeq.setText(seqName);
1464       lbl_associateSeq.setVisible(true);
1465       cmb_assSeq.setVisible(false);
1466     }
1467   }
1468
1469   protected boolean isStructuresDiscovered()
1470   {
1471     return discoveredStructuresSet != null
1472             && !discoveredStructuresSet.isEmpty();
1473   }
1474
1475   protected int PDB_ID_MIN = 3;// or: (Jalview.isJS() ? 3 : 1); // Bob proposes
1476                                // this.
1477   // Doing a search for "1" or "1c" is valuable?
1478   // Those work but are enormously slow.
1479
1480   @Override
1481   protected void txt_search_ActionPerformed()
1482   {
1483     String text = txt_search.getText().trim();
1484     if (text.length() >= PDB_ID_MIN)
1485       new Thread()
1486       {
1487
1488         @Override
1489         public void run()
1490         {
1491           errorWarning.setLength(0);
1492           isValidPBDEntry = false;
1493           if (text.length() > 0)
1494           {
1495             // TODO move this pdb id search into the PDB specific
1496             // FTSSearchEngine
1497             // for moment, it will work fine as is because it is self-contained
1498             String searchTerm = text.toLowerCase(Locale.ROOT);
1499             searchTerm = searchTerm.split(":")[0];
1500             // System.out.println(">>>>> search term : " + searchTerm);
1501             List<FTSDataColumnI> wantedFields = new ArrayList<>();
1502             FTSRestRequest pdbRequest = new FTSRestRequest();
1503             pdbRequest.setAllowEmptySeq(false);
1504             pdbRequest.setResponseSize(1);
1505             pdbRequest.setFieldToSearchBy("(pdb_id:");
1506             pdbRequest.setWantedFields(wantedFields);
1507             pdbRequest.setSearchTerm(searchTerm + ")");
1508             pdbRequest.setAssociatedSequence(selectedSequence);
1509             FTSRestClientI pdbRestClient = PDBFTSRestClient.getInstance();
1510             wantedFields.add(pdbRestClient.getPrimaryKeyColumn());
1511             FTSRestResponse resultList;
1512             try
1513             {
1514               resultList = pdbRestClient.executeRequest(pdbRequest);
1515             } catch (Exception e)
1516             {
1517               errorWarning.append(e.getMessage());
1518               return;
1519             } finally
1520             {
1521               validateSelections();
1522             }
1523             if (resultList.getSearchSummary() != null
1524                     && resultList.getSearchSummary().size() > 0)
1525             {
1526               isValidPBDEntry = true;
1527             }
1528           }
1529           validateSelections();
1530         }
1531       }.start();
1532   }
1533
1534   @Override
1535   protected void tabRefresh()
1536   {
1537     if (selectedSequences != null)
1538     {
1539       lbl_loading.setVisible(true);
1540       Thread refreshThread = new Thread(new Runnable()
1541       {
1542         @Override
1543         public void run()
1544         {
1545           fetchStructuresMetaData();
1546           // populateFilterComboBox(true, cachedPDBExists);
1547
1548           filterResultSet(
1549                   ((FilterOption) cmb_filterOption.getSelectedItem())
1550                           .getValue());
1551           lbl_loading.setVisible(false);
1552         }
1553       });
1554       refreshThread.start();
1555     }
1556   }
1557
1558   public class PDBEntryTableModel extends AbstractTableModel
1559   {
1560     String[] columns = { "Ref Sequence", "PDB Id", "Chain", "Type",
1561         "File" };
1562
1563     private List<CachedPDB> pdbEntries;
1564
1565     public PDBEntryTableModel(List<CachedPDB> pdbEntries)
1566     {
1567       this.pdbEntries = new ArrayList<>(pdbEntries);
1568     }
1569
1570     @Override
1571     public String getColumnName(int columnIndex)
1572     {
1573       return columns[columnIndex];
1574     }
1575
1576     @Override
1577     public int getRowCount()
1578     {
1579       return pdbEntries.size();
1580     }
1581
1582     @Override
1583     public int getColumnCount()
1584     {
1585       return columns.length;
1586     }
1587
1588     @Override
1589     public boolean isCellEditable(int row, int column)
1590     {
1591       return false;
1592     }
1593
1594     @Override
1595     public Object getValueAt(int rowIndex, int columnIndex)
1596     {
1597       Object value = "??";
1598       CachedPDB entry = pdbEntries.get(rowIndex);
1599       switch (columnIndex)
1600       {
1601       case 0:
1602         value = entry.getSequence();
1603         break;
1604       case 1:
1605         value = entry.getQualifiedId();
1606         break;
1607       case 2:
1608         value = entry.getPdbEntry().getChainCode() == null ? "_"
1609                 : entry.getPdbEntry().getChainCode();
1610         break;
1611       case 3:
1612         value = entry.getPdbEntry().getType();
1613         break;
1614       case 4:
1615         value = entry.getPdbEntry().getFile();
1616         break;
1617       }
1618       return value;
1619     }
1620
1621     @Override
1622     public Class<?> getColumnClass(int columnIndex)
1623     {
1624       return columnIndex == 0 ? SequenceI.class : PDBEntry.class;
1625     }
1626
1627     public CachedPDB getPDBEntryAt(int row)
1628     {
1629       return pdbEntries.get(row);
1630     }
1631
1632   }
1633
1634   private class CachedPDB
1635   {
1636     private SequenceI sequence;
1637
1638     private PDBEntry pdbEntry;
1639
1640     public CachedPDB(SequenceI sequence, PDBEntry pdbEntry)
1641     {
1642       this.sequence = sequence;
1643       this.pdbEntry = pdbEntry;
1644     }
1645
1646     public String getQualifiedId()
1647     {
1648       if (pdbEntry.hasProvider())
1649       {
1650         return pdbEntry.getProvider() + ":" + pdbEntry.getId();
1651       }
1652       return pdbEntry.toString();
1653     }
1654
1655     public SequenceI getSequence()
1656     {
1657       return sequence;
1658     }
1659
1660     public PDBEntry getPdbEntry()
1661     {
1662       return pdbEntry;
1663     }
1664
1665   }
1666
1667   private IProgressIndicator progressBar;
1668
1669   @Override
1670   public void setProgressBar(String message, long id)
1671   {
1672     if (!Platform.isHeadless())
1673       progressBar.setProgressBar(message, id);
1674   }
1675
1676   @Override
1677   public void registerHandler(long id, IProgressIndicatorHandler handler)
1678   {
1679     progressBar.registerHandler(id, handler);
1680   }
1681
1682   @Override
1683   public boolean operationInProgress()
1684   {
1685     return progressBar.operationInProgress();
1686   }
1687
1688   public JalviewStructureDisplayI getOpenedStructureViewer()
1689   {
1690     return sViewer == null ? null : sViewer.sview;
1691   }
1692
1693   @Override
1694   protected void setFTSDocFieldPrefs(FTSDataColumnPreferences newPrefs)
1695   {
1696     data.setDocFieldPrefs(newPrefs);
1697
1698   }
1699
1700   /**
1701    *
1702    * @return true when all initialisation threads have finished and dialog is
1703    *         visible
1704    */
1705   public boolean isDialogVisible()
1706   {
1707     return mainFrame != null && data != null && cmb_filterOption != null
1708             && mainFrame.isVisible()
1709             && cmb_filterOption.getSelectedItem() != null;
1710   }
1711
1712   /**
1713    *
1714    * @return true if the 3D-Beacons query button will/has been displayed
1715    */
1716   public boolean isCanQueryTDB()
1717   {
1718     return canQueryTDB;
1719   }
1720
1721   public boolean isNotQueriedTDBYet()
1722   {
1723     return notQueriedTDBYet;
1724   }
1725
1726   /**
1727    * Open a single structure file for a given sequence
1728    */
1729   public static void openStructureFileForSequence(
1730           StructureSelectionManager ssm, StructureChooser sc,
1731           AlignmentPanel ap, SequenceI seq, boolean prompt,
1732           String sFilename, TFType tft, String paeFilename)
1733   {
1734     boolean headless = false;
1735     if (sc == null)
1736     {
1737       headless = true;
1738       sc = new StructureChooser(new SequenceI[] { seq }, seq, ap, false);
1739     }
1740     if (ssm == null)
1741       ssm = ap.getStructureSelectionManager();
1742
1743     PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq().associatePdbWithSeq(
1744             sFilename, DataSourceType.FILE, seq, prompt, Desktop.instance,
1745             tft, paeFilename);
1746
1747     StructureViewer sViewer = sc.launchStructureViewer(ssm,
1748             new PDBEntry[]
1749             { fileEntry }, ap, new SequenceI[] { seq });
1750
1751     if (headless)
1752       sc.mainFrame.dispose();
1753   }
1754 }