src/jalview/gui/StructureViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.datamodel.StructureViewerModel;
  28 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  29
  30 import java.awt.Rectangle;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.List;
  33
  34 /**
  35  * proxy for handling structure viewers.
  36  *
  37  * this allows new views to be created with the currently configured viewer, the
  38  * preferred viewer to be set/read and existing views created previously with a
  39  * particular viewer to be recovered
  40  *
  41  * @author jprocter
  42  */
  43 public class StructureViewer
  44 {
  45   StructureSelectionManager ssm;
  46
  47   public enum ViewerType
  48   {
  49     JMOL, CHIMERA
  50   };
  51
  52   public ViewerType getViewerType()
  53   {
  54     String viewType = Cache.getDefault(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
  55             ViewerType.JMOL.name());
  56     return ViewerType.valueOf(viewType);
  57   }
  58
  59   public void setViewerType(ViewerType type)
  60   {
  61     Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY, type.name());
  62   }
  63
  64   public StructureViewer(StructureSelectionManager structureSelectionManager)
  65   {
  66     ssm = structureSelectionManager;
  67   }
  68
  69   /**
  70    * View multiple PDB entries, each with associated sequences
  71    *
  72    * @param pdbs
  73    * @param seqsForPdbs
  74    * @param ap
  75    * @return
  76    */
  77   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(PDBEntry[] pdbs,
  78           SequenceI[][] seqsForPdbs, AlignmentPanel ap)
  79   {
  80     JalviewStructureDisplayI viewer = onlyOnePdb(pdbs, seqsForPdbs, ap);
  81     if (viewer != null)
  82     {
  83       return viewer;
  84     }
  85     return viewStructures(getViewerType(), pdbs, seqsForPdbs, ap);
  86   }
  87
  88   /**
  89    * A strictly temporary method pending JAL-1761 refactoring. Determines if all
  90    * the passed PDB entries are the same (this is the case if selected sequences
  91    * to view structure for are chains of the same structure). If so, calls the
  92    * single-pdb version of viewStructures and returns the viewer, else returns
  93    * null.
  94    *
  95    * @param pdbs
  96    * @param seqsForPdbs
  97    * @param ap
  98    * @return
  99    */
 100   private JalviewStructureDisplayI onlyOnePdb(PDBEntry[] pdbs,
 101           SequenceI[][] seqsForPdbs, AlignmentPanel ap)
 102   {
 103     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 104     if (pdbs == null || pdbs.length == 0)
 105     {
 106       return null;
 107     }
 108     int i = 0;
 109     String firstFile = pdbs[0].getFile();
 110     for (PDBEntry pdb : pdbs)
 111     {
 112       String pdbFile = pdb.getFile();
 113       if (pdbFile == null || !pdbFile.equals(firstFile))
 114       {
 115         return null;
 116       }
 117       SequenceI[] pdbseqs = seqsForPdbs[i++];
 118       if (pdbseqs != null)
 119       {
 120         for (SequenceI sq : pdbseqs)
 121         {
 122           seqs.add(sq);
 123         }
 124       }
 125     }
 126     return viewStructures(pdbs[0],
 127             seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]), ap);
 128   }
 129
 130   public JalviewStructureDisplayI viewStructures(PDBEntry pdb,
 131           SequenceI[] seqsForPdb, AlignmentPanel ap)
 132   {
 133     return viewStructures(getViewerType(), pdb, seqsForPdb, ap);
 134   }
 135
 136   protected JalviewStructureDisplayI viewStructures(ViewerType viewerType,
 137           PDBEntry[] pdbs, SequenceI[][] seqsForPdbs, AlignmentPanel ap)
 138   {
 139     JalviewStructureDisplayI sview = null;
 140     if (viewerType.equals(ViewerType.JMOL))
 141     {
 142       sview = new AppJmol(ap, pdbs, ap.av.collateForPDB(pdbs));
 143     }
 144     else if (viewerType.equals(ViewerType.CHIMERA))
 145     {
 146       sview = new ChimeraViewFrame(pdbs, ap.av.collateForPDB(pdbs), ap);
 147     }
 148     else
 149     {
 150       Cache.log.error("Unknown structure viewer type "
 151               + getViewerType().toString());
 152     }
 153     return sview;
 154   }
 155
 156   protected JalviewStructureDisplayI viewStructures(ViewerType viewerType,
 157           PDBEntry pdb, SequenceI[] seqsForPdb, AlignmentPanel ap)
 158   {
 159     JalviewStructureDisplayI sview = null;
 160     if (viewerType.equals(ViewerType.JMOL))
 161     {
 162       sview = new AppJmol(pdb, seqsForPdb, null, ap);
 163     }
 164     else if (viewerType.equals(ViewerType.CHIMERA))
 165     {
 166       sview = new ChimeraViewFrame(pdb, seqsForPdb, null, ap);
 167     }
 168     else
 169     {
 170       Cache.log.error("Unknown structure viewer type "
 171               + getViewerType().toString());
 172     }
 173     return sview;
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Create a new panel controlling a structure viewer.
 178    *
 179    * @param type
 180    * @param pdbf
 181    * @param id
 182    * @param sq
 183    * @param alignPanel
 184    * @param viewerData
 185    * @param fileloc
 186    * @param rect
 187    * @param vid
 188    * @return
 189    */
 190   public JalviewStructureDisplayI createView(ViewerType type,
 191           String[] pdbf, String[] id, SequenceI[][] sq,
 192           AlignmentPanel alignPanel, StructureViewerModel viewerData,
 193           String fileloc, Rectangle rect, String vid)
 194   {
 195     final boolean useinViewerSuperpos = viewerData.isAlignWithPanel();
 196     final boolean usetoColourbyseq = viewerData.isColourWithAlignPanel();
 197     final boolean viewerColouring = viewerData.isColourByViewer();
 198
 199     JalviewStructureDisplayI sview = null;
 200     switch (type)
 201     {
 202     case JMOL:
 203       sview = new AppJmol(pdbf, id, sq, alignPanel, usetoColourbyseq,
 204               useinViewerSuperpos, viewerColouring, fileloc, rect, vid);
 205       break;
 206     case CHIMERA:
 207       Cache.log.error("Unsupported structure viewer type "
 208               + type.toString());
 209       break;
 210     default:
 211       Cache.log.error("Unknown structure viewer type " + type.toString());
 212     }
 213     return sview;
 214   }
 215
 216 }