src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.Dimension;
  25 import java.awt.Font;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.Graphics2D;
  29 import java.awt.Point;
  30 import java.awt.Rectangle;
  31 import java.awt.RenderingHints;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.awt.event.MouseListener;
  34 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  35 import java.awt.print.PageFormat;
  36 import java.awt.print.Printable;
  37 import java.awt.print.PrinterException;
  38 import java.awt.print.PrinterJob;
  39 import java.util.Hashtable;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Map;
  42 import java.util.Map.Entry;
  43 import java.util.Vector;
  44
  45 import javax.swing.JPanel;
  46 import javax.swing.JScrollPane;
  47 import javax.swing.SwingUtilities;
  48 import javax.swing.ToolTipManager;
  49
  50 import jalview.analysis.Conservation;
  51 import jalview.analysis.TreeModel;
  52 import jalview.api.AlignViewportI;
  53 import jalview.datamodel.Sequence;
  54 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  55 import jalview.datamodel.SequenceI;
  56 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  57 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  58 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  59 import jalview.structure.SelectionSource;
  60 import jalview.util.Format;
  61 import jalview.util.MessageManager;
  62
  63 /**
  64  * DOCUMENT ME!
  65  *
  66  * @author $author$
  67  * @version $Revision$
  68  */
  69 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,
  70         Printable, MouseMotionListener, SelectionSource
  71 {
  72   /** DOCUMENT ME!! */
  73   public static final String PLACEHOLDER = " * ";
  74
  75   TreeModel tree;
  76
  77   JScrollPane scrollPane;
  78
  79   TreePanel tp;
  80
  81   private AlignViewport av;
  82
  83   private AlignmentPanel ap;
  84
  85   Font font;
  86
  87   FontMetrics fm;
  88
  89   boolean fitToWindow = true;
  90
  91   boolean showDistances = false;
  92
  93   boolean showBootstrap = false;
  94
  95   boolean markPlaceholders = false;
  96
  97   int offx = 20;
  98
  99   int offy;
 100
 101   private float threshold;
 102
 103   String longestName;
 104
 105   int labelLength = -1;
 106
 107   Map<Object, Rectangle> nameHash = new Hashtable<>();
 108
 109   Map<SequenceNode, Rectangle> nodeHash = new Hashtable<>();
 110
 111   SequenceNode highlightNode;
 112
 113   boolean applyToAllViews = false;
 114
 115   /**
 116    * Creates a new TreeCanvas object.
 117    *
 118    * @param av
 119    *          DOCUMENT ME!
 120    * @param tree
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    * @param scroller
 123    *          DOCUMENT ME!
 124    * @param label
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    */
 127   public TreeCanvas(TreePanel tp, AlignmentPanel ap, JScrollPane scroller)
 128   {
 129     this.tp = tp;
 130     this.av = ap.av;
 131     this.setAssociatedPanel(ap);
 132     font = av.getFont();
 133     scrollPane = scroller;
 134     addMouseListener(this);
 135     addMouseMotionListener(this);
 136     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * DOCUMENT ME!
 141    *
 142    * @param sequence
 143    *          DOCUMENT ME!
 144    */
 145   public void treeSelectionChanged(SequenceI sequence)
 146   {
 147     AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 148
 149     for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 150     {
 151       SequenceGroup selected = aps[a].av.getSelectionGroup();
 152
 153       if (selected == null)
 154       {
 155         selected = new SequenceGroup();
 156         aps[a].av.setSelectionGroup(selected);
 157       }
 158
 159       selected.setEndRes(aps[a].av.getAlignment().getWidth() - 1);
 160       selected.addOrRemove(sequence, true);
 161     }
 162   }
 163
 164   /**
 165    * DOCUMENT ME!
 166    *
 167    * @param tree
 168    *          DOCUMENT ME!
 169    */
 170   public void setTree(TreeModel tree)
 171   {
 172     this.tree = tree;
 173     tree.findHeight(tree.getTopNode());
 174
 175     // Now have to calculate longest name based on the leaves
 176     Vector<SequenceNode> leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode());
 177     boolean has_placeholders = false;
 178     longestName = "";
 179
 180     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
 181     {
 182       SequenceNode lf = leaves.elementAt(i);
 183
 184       if (lf.isPlaceholder())
 185       {
 186         has_placeholders = true;
 187       }
 188
 189       if (longestName.length() < ((Sequence) lf.element()).getName()
 190               .length())
 191       {
 192         longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER
 193                 + ((Sequence) lf.element()).getName();
 194       }
 195     }
 196
 197     setMarkPlaceholders(has_placeholders);
 198   }
 199
 200   /**
 201    * DOCUMENT ME!
 202    *
 203    * @param g
 204    *          DOCUMENT ME!
 205    * @param node
 206    *          DOCUMENT ME!
 207    * @param chunk
 208    *          DOCUMENT ME!
 209    * @param wscale
 210    *          DOCUMENT ME!
 211    * @param width
 212    *          DOCUMENT ME!
 213    * @param offx
 214    *          DOCUMENT ME!
 215    * @param offy
 216    *          DOCUMENT ME!
 217    */
 218   public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,
 219           double wscale, int width, int offx, int offy)
 220   {
 221     if (node == null)
 222     {
 223       return;
 224     }
 225
 226     if ((node.left() == null) && (node.right() == null))
 227     {
 228       // Drawing leaf node
 229       double height = node.height;
 230       double dist = node.dist;
 231
 232       int xstart = (int) ((height - dist) * wscale) + offx;
 233       int xend = (int) (height * wscale) + offx;
 234
 235       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 236
 237       if (node.element() instanceof SequenceI)
 238       {
 239         SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 240
 241         if (av.getSequenceColour(seq) == Color.white)
 242         {
 243           g.setColor(Color.black);
 244         }
 245         else
 246         {
 247           g.setColor(av.getSequenceColour(seq).darker());
 248         }
 249       }
 250       else
 251       {
 252         g.setColor(Color.black);
 253       }
 254
 255       // Draw horizontal line
 256       g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);
 257
 258       String nodeLabel = "";
 259
 260       if (showDistances && (node.dist > 0))
 261       {
 262         nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);
 263       }
 264
 265       if (showBootstrap && node.bootstrap > -1)
 266       {
 267         if (showDistances)
 268         {
 269           nodeLabel = nodeLabel + " : ";
 270         }
 271
 272         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.bootstrap);
 273       }
 274
 275       if (!nodeLabel.equals(""))
 276       {
 277         g.drawString(nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
 278       }
 279
 280       String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder())
 281               ? (PLACEHOLDER + node.getName())
 282               : node.getName();
 283
 284       int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;
 285       int charHeight = font.getSize();
 286
 287       Rectangle rect = new Rectangle(xend + 10, ypos - charHeight / 2,
 288               charWidth, charHeight);
 289
 290       nameHash.put(node.element(), rect);
 291
 292       // Colour selected leaves differently
 293       SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();
 294
 295       if ((selected != null)
 296               && selected.getSequences(null).contains(node.element()))
 297       {
 298         g.setColor(Color.gray);
 299
 300         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight / 2, charWidth, charHeight);
 301         g.setColor(Color.white);
 302       }
 303
 304       g.drawString(name, xend + 10, ypos + fm.getDescent());
 305       g.setColor(Color.black);
 306     }
 307     else
 308     {
 309       drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, wscale, width, offx,
 310               offy);
 311       drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, wscale, width, offx,
 312               offy);
 313
 314       double height = node.height;
 315       double dist = node.dist;
 316
 317       int xstart = (int) ((height - dist) * wscale) + offx;
 318       int xend = (int) (height * wscale) + offx;
 319       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 320
 321       g.setColor(node.color.darker());
 322
 323       // Draw horizontal line
 324       g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);
 325       if (node == highlightNode)
 326       {
 327         g.fillRect(xend - 3, ypos - 3, 6, 6);
 328       }
 329       else
 330       {
 331         g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);
 332       }
 333
 334       int ystart = (node.left() == null ? 0
 335               : (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk)) + offy;
 336       int yend = (node.right() == null ? 0
 337               : (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk))
 338               + offy;
 339
 340       Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);
 341       nodeHash.put(node, pos);
 342
 343       g.drawLine((int) (height * wscale) + offx, ystart,
 344               (int) (height * wscale) + offx, yend);
 345
 346       String nodeLabel = "";
 347
 348       if (showDistances && (node.dist > 0))
 349       {
 350         nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);
 351       }
 352
 353       if (showBootstrap && node.bootstrap > -1)
 354       {
 355         if (showDistances)
 356         {
 357           nodeLabel = nodeLabel + " : ";
 358         }
 359
 360         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.bootstrap);
 361       }
 362
 363       if (!nodeLabel.equals(""))
 364       {
 365         g.drawString(nodeLabel, xstart + 2, ypos - 2);
 366       }
 367     }
 368   }
 369
 370   /**
 371    * DOCUMENT ME!
 372    *
 373    * @param x
 374    *          DOCUMENT ME!
 375    * @param y
 376    *          DOCUMENT ME!
 377    *
 378    * @return DOCUMENT ME!
 379    */
 380   public Object findElement(int x, int y)
 381   {
 382     for (Entry<Object, Rectangle> entry : nameHash.entrySet())
 383     {
 384       Rectangle rect = entry.getValue();
 385
 386       if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y)
 387               && (y <= (rect.y + rect.height)))
 388       {
 389         return entry.getKey();
 390       }
 391     }
 392
 393     for (Entry<SequenceNode, Rectangle> entry : nodeHash.entrySet())
 394     {
 395       Rectangle rect = entry.getValue();
 396
 397       if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y)
 398               && (y <= (rect.y + rect.height)))
 399       {
 400         return entry.getKey();
 401       }
 402     }
 403
 404     return null;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * DOCUMENT ME!
 409    *
 410    * @param pickBox
 411    *          DOCUMENT ME!
 412    */
 413   public void pickNodes(Rectangle pickBox)
 414   {
 415     int width = getWidth();
 416     int height = getHeight();
 417
 418     SequenceNode top = tree.getTopNode();
 419
 420     double wscale = ((width * .8) - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();
 421
 422     if (top.count == 0)
 423     {
 424       top.count = ((SequenceNode) top.left()).count
 425               + ((SequenceNode) top.right()).count;
 426     }
 427
 428     float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;
 429
 430     pickNode(pickBox, top, chunk, wscale, width, offx, offy);
 431   }
 432
 433   /**
 434    * DOCUMENT ME!
 435    *
 436    * @param pickBox
 437    *          DOCUMENT ME!
 438    * @param node
 439    *          DOCUMENT ME!
 440    * @param chunk
 441    *          DOCUMENT ME!
 442    * @param wscale
 443    *          DOCUMENT ME!
 444    * @param width
 445    *          DOCUMENT ME!
 446    * @param offx
 447    *          DOCUMENT ME!
 448    * @param offy
 449    *          DOCUMENT ME!
 450    */
 451   public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,
 452           double wscale, int width, int offx, int offy)
 453   {
 454     if (node == null)
 455     {
 456       return;
 457     }
 458
 459     if ((node.left() == null) && (node.right() == null))
 460     {
 461       double height = node.height;
 462 //      double dist = node.dist;
 463 //      int xstart = (int) ((height - dist) * wscale) + offx;
 464       int xend = (int) (height * wscale) + offx;
 465
 466       int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;
 467
 468       if (pickBox.contains(new Point(xend, ypos)))
 469       {
 470         if (node.element() instanceof SequenceI)
 471         {
 472           SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 473           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 474
 475           if (sg != null)
 476           {
 477             sg.addOrRemove(seq, true);
 478           }
 479         }
 480       }
 481     }
 482     else
 483     {
 484       pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, wscale, width,
 485               offx, offy);
 486       pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, wscale, width,
 487               offx, offy);
 488     }
 489   }
 490
 491   /**
 492    * DOCUMENT ME!
 493    *
 494    * @param node
 495    *          DOCUMENT ME!
 496    * @param c
 497    *          DOCUMENT ME!
 498    */
 499   public void setColor(SequenceNode node, Color c)
 500   {
 501     if (node == null)
 502     {
 503       return;
 504     }
 505
 506     node.color = c;
 507     if (node.element() instanceof SequenceI)
 508     {
 509       final SequenceI seq = (SequenceI) node.element();
 510       AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 511       if (aps != null)
 512       {
 513         for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 514         {
 515           aps[a].av.setSequenceColour(seq, c);
 516         }
 517       }
 518     }
 519     setColor((SequenceNode) node.left(), c);
 520     setColor((SequenceNode) node.right(), c);
 521   }
 522
 523   /**
 524    * DOCUMENT ME!
 525    */
 526   void startPrinting()
 527   {
 528     Thread thread = new Thread(this);
 529     thread.start();
 530   }
 531
 532   // put printing in a thread to avoid painting problems
 533   @Override
 534   public void run()
 535   {
 536     PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 537     PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 538     PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 539
 540     if (defaultPage == pf)
 541     {
 542       /*
 543        * user cancelled
 544        */
 545       return;
 546     }
 547
 548     printJob.setPrintable(this, pf);
 549
 550     if (printJob.printDialog())
 551     {
 552       try
 553       {
 554         printJob.print();
 555       } catch (Exception PrintException)
 556       {
 557         PrintException.printStackTrace();
 558       }
 559     }
 560   }
 561
 562   /**
 563    * DOCUMENT ME!
 564    *
 565    * @param pg
 566    *          DOCUMENT ME!
 567    * @param pf
 568    *          DOCUMENT ME!
 569    * @param pi
 570    *          DOCUMENT ME!
 571    *
 572    * @return DOCUMENT ME!
 573    *
 574    * @throws PrinterException
 575    *           DOCUMENT ME!
 576    */
 577   @Override
 578   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 579           throws PrinterException
 580   {
 581     pg.setFont(font);
 582     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 583
 584     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 585     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 586
 587     int noPages = getHeight() / pheight;
 588
 589     if (pi > noPages)
 590     {
 591       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 592     }
 593
 594     if (pwidth > getWidth())
 595     {
 596       pwidth = getWidth();
 597     }
 598
 599     if (fitToWindow)
 600     {
 601       if (pheight > getHeight())
 602       {
 603         pheight = getHeight();
 604       }
 605
 606       noPages = 0;
 607     }
 608     else
 609     {
 610       FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);
 611       int height = fm.getHeight() * nameHash.size();
 612       pg.translate(0, -pi * pheight);
 613       pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, (pi * pheight) + pheight);
 614
 615       // translate number of pages,
 616       // height is screen size as this is the
 617       // non overlapping text size
 618       pheight = height;
 619     }
 620
 621     draw(pg, pwidth, pheight);
 622
 623     return Printable.PAGE_EXISTS;
 624   }
 625
 626   /**
 627    * DOCUMENT ME!
 628    *
 629    * @param g
 630    *          DOCUMENT ME!
 631    */
 632   @Override
 633   public void paintComponent(Graphics g)
 634   {
 635     super.paintComponent(g);
 636     g.setFont(font);
 637
 638     if (tree == null)
 639     {
 640       g.drawString(
 641               MessageManager.getString("label.calculating_tree") + "....",
 642               20, getHeight() / 2);
 643     }
 644     else
 645     {
 646       fm = g.getFontMetrics(font);
 647
 648       int nameCount = nameHash.size();
 649       if (nameCount == 0)
 650       {
 651         repaint();
 652       }
 653
 654       if (fitToWindow || (!fitToWindow && (scrollPane
 655               .getHeight() > ((fm.getHeight() * nameCount) + offy))))
 656       {
 657         draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());
 658         setPreferredSize(null);
 659       }
 660       else
 661       {
 662         setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),
 663                 fm.getHeight() * nameCount));
 664         draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameCount);
 665       }
 666
 667       scrollPane.revalidate();
 668     }
 669   }
 670
 671   /**
 672    * DOCUMENT ME!
 673    *
 674    * @param fontSize
 675    *          DOCUMENT ME!
 676    */
 677   @Override
 678   public void setFont(Font font)
 679   {
 680     this.font = font;
 681     repaint();
 682   }
 683
 684   /**
 685    * DOCUMENT ME!
 686    *
 687    * @param g1
 688    *          DOCUMENT ME!
 689    * @param width
 690    *          DOCUMENT ME!
 691    * @param height
 692    *          DOCUMENT ME!
 693    */
 694   public void draw(Graphics g1, int width, int height)
 695   {
 696     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g1;
 697     g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 698             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 699     g2.setColor(Color.white);
 700     g2.fillRect(0, 0, width, height);
 701     g2.setFont(font);
 702
 703     if (longestName == null || tree == null)
 704     {
 705       g2.drawString("Calculating tree.", 20, 20);
 706     }
 707     offy = font.getSize() + 10;
 708
 709     fm = g2.getFontMetrics(font);
 710
 711     labelLength = fm.stringWidth(longestName) + 20; // 20 allows for scrollbar
 712
 713     double wscale = (width - labelLength - (offx * 2))
 714             / tree.getMaxHeight();
 715
 716     SequenceNode top = tree.getTopNode();
 717
 718     if (top.count == 0)
 719     {
 720       top.count = ((SequenceNode) top.left()).count
 721               + ((SequenceNode) top.right()).count;
 722     }
 723
 724     float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;
 725
 726     drawNode(g2, tree.getTopNode(), chunk, wscale, width, offx, offy);
 727
 728     if (threshold != 0)
 729     {
 730       if (av.getCurrentTree() == tree)
 731       {
 732         g2.setColor(Color.red);
 733       }
 734       else
 735       {
 736         g2.setColor(Color.gray);
 737       }
 738
 739       int x = (int) ((threshold * (getWidth() - labelLength - (2 * offx)))
 740               + offx);
 741
 742       g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());
 743     }
 744   }
 745
 746   /**
 747    * Empty method to satisfy the MouseListener interface
 748    *
 749    * @param e
 750    */
 751   @Override
 752   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 753   {
 754     /*
 755      * isPopupTrigger is set on mouseReleased on Windows
 756      */
 757     if (e.isPopupTrigger())
 758     {
 759       if (highlightNode != null) {
 760         chooseSubtreeColour();
 761       }
 762       e.consume(); // prevent mouseClicked happening
 763     }
 764   }
 765
 766   /**
 767    * Empty method to satisfy the MouseListener interface
 768    *
 769    * @param e
 770    */
 771   @Override
 772   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 773   {
 774   }
 775
 776   /**
 777    * Empty method to satisfy the MouseListener interface
 778    *
 779    * @param e
 780    */
 781   @Override
 782   public void mouseExited(MouseEvent e)
 783   {
 784   }
 785
 786   /**
 787    * Handles a mouse click on a tree node (clicks elsewhere are handled in
 788    * mousePressed). Click selects the sub-tree, double-click swaps leaf nodes
 789    * order, right-click opens a dialogue to choose colour for the sub-tree.
 790    *
 791    * @param e
 792    */
 793   @Override
 794   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 795   {
 796     if (highlightNode == null)
 797     {
 798       return;
 799     }
 800
 801     if (evt.getClickCount() > 1)
 802     {
 803       tree.swapNodes(highlightNode);
 804       tree.reCount(tree.getTopNode());
 805       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 806     }
 807     else
 808     {
 809       Vector<SequenceNode> leaves = tree.findLeaves(highlightNode);
 810
 811       for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)
 812       {
 813         SequenceI seq = (SequenceI) leaves.elementAt(i).element();
 814         treeSelectionChanged(seq);
 815       }
 816       av.sendSelection();
 817     }
 818
 819     PaintRefresher.Refresh(tp, av.getSequenceSetId());
 820     repaint();
 821   }
 822
 823   /**
 824    * Offer the user the option to choose a colour for the highlighted node and
 825    * its children; this colour is also applied to the corresponding sequence ids
 826    * in the alignment
 827    */
 828   void chooseSubtreeColour()
 829   {
 830     String ttl = MessageManager.getString("label.select_subtree_colour");
 831     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener() {
 832       @Override
 833       public void colourSelected(Color c)
 834       {
 835         setColor(highlightNode, c);
 836         PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
 837         repaint();
 838       }
 839     };
 840     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl,  highlightNode.color, listener);
 841   }
 842
 843   @Override
 844   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 845   {
 846     av.setCurrentTree(tree);
 847
 848     Object ob = findElement(evt.getX(), evt.getY());
 849
 850     if (ob instanceof SequenceNode)
 851     {
 852       highlightNode = (SequenceNode) ob;
 853       this.setToolTipText(
 854               "<html>" + MessageManager.getString("label.highlightnode"));
 855       repaint();
 856
 857     }
 858     else
 859     {
 860       if (highlightNode != null)
 861       {
 862         highlightNode = null;
 863         setToolTipText(null);
 864         repaint();
 865       }
 866     }
 867   }
 868
 869   @Override
 870   public void mouseDragged(MouseEvent ect)
 871   {
 872   }
 873
 874   /**
 875    * Handles a mouse press on a sequence name or the tree background canvas
 876    * (click on a node is handled in mouseClicked). The action is to create
 877    * groups by partitioning the tree at the mouse position. Colours for the
 878    * groups (and sequence names) are generated randomly.
 879    *
 880    * @param e
 881    */
 882   @Override
 883   public void mousePressed(MouseEvent e)
 884   {
 885     av.setCurrentTree(tree);
 886
 887     /*
 888      * isPopupTrigger is set for mousePressed (Mac)
 889      * or mouseReleased (Windows)
 890      */
 891     if (e.isPopupTrigger())
 892     {
 893       if (highlightNode != null)
 894       {
 895         chooseSubtreeColour();
 896       }
 897       return;
 898     }
 899
 900     /*
 901      * defer right-click handling on Windows to
 902      * mouseClicked; note isRightMouseButton
 903      * also matches Cmd-click on Mac which should do
 904      * nothing here
 905      */
 906     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 907     {
 908       return;
 909     }
 910
 911     int x = e.getX();
 912     int y = e.getY();
 913
 914     Object ob = findElement(x, y);
 915
 916     if (ob instanceof SequenceI)
 917     {
 918       treeSelectionChanged((Sequence) ob);
 919       PaintRefresher.Refresh(tp, getAssociatedPanel().av.getSequenceSetId());
 920       repaint();
 921       av.sendSelection();
 922       return;
 923     }
 924     else if (!(ob instanceof SequenceNode))
 925     {
 926       // Find threshold
 927       if (tree.getMaxHeight() != 0)
 928       {
 929         threshold = (float) (x - offx)
 930                 / (float) (getWidth() - labelLength - (2 * offx));
 931
 932         List<SequenceNode> groups = tree.groupNodes(threshold);
 933         setColor(tree.getTopNode(), Color.black);
 934
 935         AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 936
 937         // TODO push calls below into a single AlignViewportI method?
 938         // see also AlignViewController.deleteGroups
 939         for (int a = 0; a < aps.length; a++)
 940         {
 941           aps[a].av.setSelectionGroup(null);
 942           aps[a].av.getAlignment().deleteAllGroups();
 943           aps[a].av.clearSequenceColours();
 944           if (aps[a].av.getCodingComplement() != null)
 945           {
 946             aps[a].av.getCodingComplement().setSelectionGroup(null);
 947             aps[a].av.getCodingComplement().getAlignment()
 948                     .deleteAllGroups();
 949             aps[a].av.getCodingComplement().clearSequenceColours();
 950           }
 951           aps[a].av.setUpdateStructures(true);
 952         }
 953         colourGroups(groups);
 954
 955         /*
 956          * clear partition (don't show vertical line) if
 957          * it is to the right of all nodes
 958          */
 959         if (groups.isEmpty())
 960         {
 961           threshold = 0f;
 962         }
 963       }
 964
 965       PaintRefresher.Refresh(tp, getAssociatedPanel().av.getSequenceSetId());
 966       repaint();
 967     }
 968
 969   }
 970
 971   void colourGroups(List<SequenceNode> groups)
 972   {
 973     AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
 974     for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
 975     {
 976       Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
 977               (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
 978       setColor(groups.get(i), col.brighter());
 979
 980       Vector<SequenceNode> l = tree.findLeaves(groups.get(i));
 981
 982       Vector<SequenceI> sequences = new Vector<>();
 983
 984       for (int j = 0; j < l.size(); j++)
 985       {
 986         SequenceI s1 = (SequenceI) l.elementAt(j).element();
 987
 988         if (!sequences.contains(s1))
 989         {
 990           sequences.addElement(s1);
 991         }
 992       }
 993
 994       ColourSchemeI cs = null;
 995       SequenceGroup _sg = new SequenceGroup(sequences, null, cs, true, true,
 996               false, 0, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 997
 998       _sg.setName("JTreeGroup:" + _sg.hashCode());
 999       _sg.setIdColour(col);
1000
1001       for (int a = 0; a < aps.length; a++)
1002       {
1003         SequenceGroup sg = new SequenceGroup(_sg);
1004         AlignViewport viewport = aps[a].av;
1005
1006         // Propagate group colours in each view
1007         if (viewport.getGlobalColourScheme() != null)
1008         {
1009           cs = viewport.getGlobalColourScheme().getInstance(viewport, sg);
1010           sg.setColourScheme(cs);
1011           sg.getGroupColourScheme().setThreshold(
1012                   viewport.getResidueShading().getThreshold(),
1013                   viewport.isIgnoreGapsConsensus());
1014
1015           if (viewport.getResidueShading().conservationApplied())
1016           {
1017             Conservation c = new Conservation("Group",
1018                     sg.getSequences(null), sg.getStartRes(),
1019                     sg.getEndRes());
1020             c.calculate();
1021             c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());
1022             sg.cs.setConservation(c);
1023           }
1024         }
1025         // indicate that associated structure views will need an update
1026         viewport.setUpdateStructures(true);
1027         // propagate structure view update and sequence group to complement view
1028         viewport.addSequenceGroup(sg);
1029       }
1030     }
1031
1032     // notify the panel(s) to redo any group specific stuff
1033     // also updates structure views if necessary
1034     for (int a = 0; a < aps.length; a++)
1035     {
1036       aps[a].updateAnnotation();
1037       final AlignViewportI codingComplement = aps[a].av
1038               .getCodingComplement();
1039       if (codingComplement != null)
1040       {
1041         ((AlignViewport) codingComplement).getAlignPanel()
1042                 .updateAnnotation();
1043       }
1044     }
1045   }
1046
1047   /**
1048    * DOCUMENT ME!
1049    *
1050    * @param state
1051    *          DOCUMENT ME!
1052    */
1053   public void setShowDistances(boolean state)
1054   {
1055     this.showDistances = state;
1056     repaint();
1057   }
1058
1059   /**
1060    * DOCUMENT ME!
1061    *
1062    * @param state
1063    *          DOCUMENT ME!
1064    */
1065   public void setShowBootstrap(boolean state)
1066   {
1067     this.showBootstrap = state;
1068     repaint();
1069   }
1070
1071   /**
1072    * DOCUMENT ME!
1073    *
1074    * @param state
1075    *          DOCUMENT ME!
1076    */
1077   public void setMarkPlaceholders(boolean state)
1078   {
1079     this.markPlaceholders = state;
1080     repaint();
1081   }
1082
1083   AlignmentPanel[] getAssociatedPanels()
1084   {
1085     if (applyToAllViews)
1086     {
1087       return PaintRefresher.getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
1088     }
1089     else
1090     {
1091       return new AlignmentPanel[] { getAssociatedPanel() };
1092     }
1093   }
1094
1095   public AlignmentPanel getAssociatedPanel()
1096   {
1097     return ap;
1098   }
1099
1100   public void setAssociatedPanel(AlignmentPanel ap)
1101   {
1102     this.ap = ap;
1103   }
1104
1105   public AlignViewport getViewport()
1106   {
1107     return av;
1108   }
1109
1110   public void setViewport(AlignViewport av)
1111   {
1112     this.av = av;
1113   }
1114
1115   public float getThreshold()
1116   {
1117     return threshold;
1118   }
1119
1120   public void setThreshold(float threshold)
1121   {
1122     this.threshold = threshold;
1123   }
1124
1125   public boolean isApplyToAllViews()
1126   {
1127     return this.applyToAllViews;
1128   }
1129
1130   public void setApplyToAllViews(boolean applyToAllViews)
1131   {
1132     this.applyToAllViews = applyToAllViews;
1133   }
1134 }