src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.jbgui.GTreePanel;\r
   6 import jalview.io.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.io.*;\r
  10 import jalview.util.*;\r
  11 import javax.swing.*;\r
  12 import java.awt.print.*;\r
  13 import java.awt.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class TreePanel extends GTreePanel\r
  18 {\r
  19   SequenceI[] seq;\r
  20   String type;\r
  21   String pwtype;\r
  22   AlignViewport av;\r
  23   int start;\r
  24   int end;\r
  25   TreeCanvas treeCanvas;\r
  26   NJTree tree;\r
  27 \r
  28   FileProperties       fp;\r
  29   PostscriptProperties pp;\r
  30 \r
  31   PrintWriter bw;\r
  32   PrintStream ps;\r
  33   boolean makeString = false;\r
  34   StringBuffer out;\r
  35 \r
  36 \r
  37 \r
  38   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type, String pwtype, int s, int e)\r
  39   {\r
  40     super();\r
  41 \r
  42     this.type = type;\r
  43     this.pwtype = pwtype;\r
  44 \r
  45     start = s;\r
  46     end = e;\r
  47 \r
  48     String longestName = "";\r
  49     seq = new Sequence [seqVector.size()];\r
  50     for (int i=0;i < seqVector.size();i++)\r
  51     {\r
  52       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  53       if(seq[i].getName().length()>longestName.length())\r
  54         longestName = seq[i].getName();\r
  55     }\r
  56 \r
  57     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  58     av.setCurrentTree(tree);\r
  59 \r
  60     propertiesInit();\r
  61 \r
  62     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  63 \r
  64     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  65     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  66     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
  67 \r
  68   }\r
  69   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  70                    String type, String pwtype)\r
  71     {\r
  72       super();\r
  73       // These are probably only  arbitrary strings reflecting source of tree\r
  74       this.type = type;\r
  75       this.pwtype = pwtype;\r
  76 \r
  77       start = 0;\r
  78       end = seqVector.size();\r
  79 \r
  80       String longestName = "";\r
  81       seq = new Sequence [seqVector.size()];\r
  82       for (int i=0;i < seqVector.size();i++)\r
  83       {\r
  84         seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  85         if(seq[i].getName().length()>longestName.length())\r
  86           longestName = seq[i].getName();\r
  87       }\r
  88       // This constructor matches sequence names to treenodes and sets up the tree layouts.\r
  89       tree = new NJTree(seq, newtree);\r
  90       av.setCurrentTree(tree);\r
  91 \r
  92       propertiesInit();\r
  93 \r
  94       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  95       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  96 \r
  97       treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  98       scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
  99 \r
 100     }\r
 101 \r
 102 \r
 103 public void drawPostscript(PostscriptProperties pp) {\r
 104   try {\r
 105     int width = 0;\r
 106     int height = 0;\r
 107 \r
 108     printout("%!\n");\r
 109 \r
 110     printout("/" + pp.font + " findfont\n");\r
 111     printout(pp.fsize + " scalefont setfont\n");\r
 112 \r
 113     int offx = pp.xoffset;\r
 114     int offy = pp.yoffset;\r
 115 \r
 116     if (pp.orientation == PostscriptProperties.PORTRAIT) {\r
 117       width = PostscriptProperties.SHORTSIDE;\r
 118       height = PostscriptProperties.LONGSIDE;\r
 119     } else {\r
 120       height = PostscriptProperties.SHORTSIDE;\r
 121       width = PostscriptProperties.LONGSIDE;\r
 122       printout(height + " 0 translate\n90 rotate\n");\r
 123     }\r
 124     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
 125     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 126 \r
 127     if (top.count == 0) {\r
 128         top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     float chunk = (float)(height-offy*2)/(((SequenceNode)top).count+1);\r
 132 \r
 133     drawPostscriptNode(top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 134 \r
 135     printout("showpage\n");\r
 136   } catch (java.io.IOException e) {\r
 137     System.out.println("Exception " + e);\r
 138   }\r
 139 }\r
 140 \r
 141 public void drawPostscriptNode(SequenceNode node, float chunk, float scale, int width, int offx, int offy) throws java.io.IOException {\r
 142   if (node == null) {\r
 143     return;\r
 144   }\r
 145 \r
 146   if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 147     // Drawing leaf node\r
 148 \r
 149     float height = node.height;\r
 150     float dist = node.dist;\r
 151 \r
 152     int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 153     int xend =   (int)(height*scale) + offx;\r
 154 \r
 155     int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 156 \r
 157     // g.setColor(Color.black);\r
 158     printout("\n" + new Format("%5.3f").form((double)node.color.getRed()/255) + " " +\r
 159              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getGreen()/255) + " " +\r
 160              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getBlue()/255) + " setrgbcolor\n");\r
 161 \r
 162     // Draw horizontal line\r
 163     //  g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 164     printout(xstart + " " + ypos + " moveto " + xend + " " + ypos + " lineto stroke \n");\r
 165 \r
 166     if (treeCanvas.showDistances && node.dist > 0) {\r
 167       //        g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 168       printout("(" + new Format("%5.2f").form(node.dist) + ") " + xstart + " " + (ypos+5) + " moveto show\n");\r
 169     }\r
 170     //g.drawString((String)node.element(),xend+20,ypos);\r
 171     printout("(" + (((SequenceI)node.element()).getName()) + ") " + (xend+20) + " " + (ypos) + " moveto show\n");\r
 172   } else {\r
 173     drawPostscriptNode((SequenceNode)node.left(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 174     drawPostscriptNode((SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 175 \r
 176 \r
 177     float height = node.height;\r
 178     float dist = node.dist;\r
 179 \r
 180     int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 181     int xend =   (int)(height*scale) + offx;\r
 182     int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 183 \r
 184     printout("\n" + new Format("%5.3f").form((double)node.color.getRed()/255) + " " +\r
 185              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getGreen()/255) + " " +\r
 186              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getBlue()/255) + " setrgbcolor\n");\r
 187     //      g.setColor(Color.black);\r
 188     //      bw.append("\nblack setrgbcolor\n");\r
 189     // Draw horizontal line\r
 190     //      g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 191     printout(xstart + " " + ypos + " moveto " + xend + " " + ypos + " lineto stroke\n");\r
 192     int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()).ycount * chunk) + offy;\r
 193     int yend = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 194 \r
 195     //      g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 196     //           (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 197     printout\r
 198     (((int)(height*scale) + offx) + " " + ystart + " moveto " +  ((int)(height*scale) + offx) + " " +\r
 199      yend + " lineto stroke\n");\r
 200     if (treeCanvas.showDistances && node.dist > 0) {\r
 201       //        g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 202       printout("(" +new Format("%5.2f").form(node.dist) + ") " + (xstart) + " " + (ypos+5) + " moveto show\n");\r
 203     }\r
 204   }\r
 205 }\r
 206 \r
 207 public void printout(String s) throws IOException {\r
 208   if (bw != null) {\r
 209     bw.write(s);\r
 210   }\r
 211   if (ps != null) {\r
 212     ps.print(s);\r
 213   }\r
 214   if (makeString == true) {\r
 215     out.append(s);\r
 216   }\r
 217 }\r
 218 \r
 219 \r
 220 public PostscriptProperties getPostscriptProperties() {\r
 221   return pp;\r
 222 }\r
 223 \r
 224 public FileProperties getFileProperties() {\r
 225   return fp;\r
 226 }\r
 227 \r
 228 public void setPostscriptProperties(PostscriptProperties pp) {\r
 229   this.pp = pp;\r
 230 }\r
 231 \r
 232 public void setFileProperties(FileProperties fp) {\r
 233   this.fp = fp;\r
 234 }\r
 235 \r
 236 public String getText(String format) {\r
 237   return null;\r
 238 }\r
 239 \r
 240 public void getPostscript(PrintWriter bw) {\r
 241   this.bw = bw;\r
 242   drawPostscript(pp);\r
 243 \r
 244 }\r
 245 \r
 246 public void getPostscript(PrintStream bw) {\r
 247   this.ps = bw;\r
 248   drawPostscript(pp);\r
 249   bw.flush();\r
 250 }\r
 251 \r
 252 public StringBuffer getPostscript() {\r
 253   makeString = true;\r
 254   out = new StringBuffer();\r
 255   drawPostscript(pp);\r
 256   return out;\r
 257 }\r
 258 \r
 259 public void propertiesInit() {\r
 260   this.pp = new PostscriptProperties();\r
 261   this.fp = new FileProperties();\r
 262 }\r
 263 \r
 264 \r
 265   public void saveButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 266   {\r
 267 \r
 268     try{\r
 269       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
 270       chooser.setDialogTitle("Save Tree as postscript file");\r
 271       chooser.setToolTipText("Save");\r
 272       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 273       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 274       {\r
 275         String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 276         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 277 \r
 278         bw = new PrintWriter(new FileWriter(choice));\r
 279         getPostscript(bw);\r
 280         bw.close();\r
 281 \r
 282       }\r
 283 \r
 284     }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 285 \r
 286   }\r
 287 \r
 288 \r
 289   protected void saveMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 290   {\r
 291     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 292         getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
 293     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 294     chooser.setDialogTitle("Save tree as newick file");\r
 295     chooser.setToolTipText("Save");\r
 296     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
 297     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) {\r
 298       String choice =  chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 299       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",  choice);\r
 300       try{\r
 301         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 302         String output = fout.print(false,true); // distances only\r
 303         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter( new java.io.FileWriter( choice )  );\r
 304         out.println(output);\r
 305         out.close();\r
 306       }\r
 307       catch (Exception ex) {\r
 308         ex.printStackTrace();\r
 309       }\r
 310     }\r
 311   }\r
 312 \r
 313   protected void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 314   {\r
 315 \r
 316     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 317     treeCanvas.startPrinting();\r
 318   }\r
 319 \r
 320   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 321   {\r
 322     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();\r
 323     repaint();\r
 324   }\r
 325 \r
 326 \r
 327   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 328   {\r
 329     if( treeCanvas==null )\r
 330      return;\r
 331 \r
 332    String size = fontSize.getText().substring( fontSize.getText().indexOf("-")+1);\r
 333 \r
 334    Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 335                                "Select font size",\r
 336                                "Font size",\r
 337                                JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 338                                null, new String[]{"1","2","4","6","8","10","12","14","16","18","20"}\r
 339                                ,"Font Size - "+size);\r
 340    if(selection!=null)\r
 341    {\r
 342      fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 343 \r
 344      int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 345      treeCanvas.setFontSize(i);\r
 346    }\r
 347     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 348 \r
 349   }\r
 350 \r
 351   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 352   {\r
 353     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());\r
 354   }\r
 355 \r
 356   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 357   {\r
 358     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());\r
 359   }\r
 360 \r
 361 \r
 362 }\r