src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  21 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  22 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;
  23 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  24 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  25 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.MouseEvent;
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.FileInputStream;
  34 import java.io.FileOutputStream;
  35 import java.io.InputStreamReader;
  36 import java.io.OutputStreamWriter;
  37 import java.io.PrintWriter;
  38 import java.util.Hashtable;
  39 import java.util.StringTokenizer;
  40 import java.util.Vector;
  41
  42 import javax.swing.JButton;
  43 import javax.swing.JInternalFrame;
  44 import javax.swing.JOptionPane;
  45 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  46 import javax.swing.event.ChangeListener;
  47
  48 /**
  49  * DOCUMENT ME!
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  55         ChangeListener
  56 {
  57   AlignmentPanel ap;
  58
  59   SequenceGroup seqGroup;
  60
  61   Vector selectedButtons;
  62
  63   ColourSchemeI oldColourScheme;
  64
  65   JInternalFrame frame;
  66
  67   AppJmol jmol;
  68
  69   Vector upperCaseButtons;
  70
  71   Vector lowerCaseButtons;
  72
  73   /**
  74    * Creates a new UserDefinedColours object.
  75    *
  76    * @param ap
  77    *          DOCUMENT ME!
  78    * @param sg
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  82   {
  83     super();
  84
  85     lcaseColour.setEnabled(false);
  86
  87     this.ap = ap;
  88     seqGroup = sg;
  89
  90     if (seqGroup != null)
  91     {
  92       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  93     }
  94     else
  95     {
  96       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  97     }
  98
  99     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 100     {
 101       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 102       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
 103       {
 104         caseSensitive.setSelected(true);
 105         lcaseColour.setEnabled(true);
 106         resetButtonPanel(true);
 107       }
 108       else
 109       {
 110         resetButtonPanel(false);
 111       }
 112     }
 113     else
 114     {
 115       resetButtonPanel(false);
 116     }
 117
 118     showFrame();
 119   }
 120
 121   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)
 122   {
 123     super();
 124     this.jmol = jmol;
 125
 126     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 127
 128     oldColourScheme = oldcs;
 129
 130     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 131     {
 132       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 133     }
 134
 135     resetButtonPanel(false);
 136
 137     showFrame();
 138
 139   }
 140
 141   void showFrame()
 142   {
 143     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 144     frame = new JInternalFrame();
 145     frame.setContentPane(this);
 146     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);
 147
 148     if (seqGroup != null)
 149     {
 150       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 151     }
 152
 153     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 154     {
 155       frame.setSize(760, 370);
 156     }
 157   }
 158
 159   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 160   {
 161     buttonPanel.removeAll();
 162
 163     if (upperCaseButtons == null)
 164     {
 165       upperCaseButtons = new Vector();
 166     }
 167
 168     JButton button;
 169     String label;
 170     for (int i = 0; i < 20; i++)
 171     {
 172       if (caseSensitive)
 173       {
 174         label = ResidueProperties.aa[i];
 175       }
 176       else
 177       {
 178         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 179                 .toString();
 180       }
 181
 182       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 183               i);
 184
 185       buttonPanel.add(button);
 186     }
 187
 188     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 189     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 190     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 191     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 192
 193     if (!caseSensitive)
 194     {
 195       gridLayout.setRows(6);
 196       gridLayout.setColumns(4);
 197     }
 198     else
 199     {
 200       gridLayout.setRows(7);
 201       int cols = 7;
 202       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 203
 204       if (lowerCaseButtons == null)
 205       {
 206         lowerCaseButtons = new Vector();
 207       }
 208
 209       for (int i = 0; i < 20; i++)
 210       {
 211         int row = i / cols + 1;
 212         int index = (row * cols) + i;
 213         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 214                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 215
 216         buttonPanel.add(button, index);
 217       }
 218     }
 219
 220     if (caseSensitive)
 221     {
 222       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 223       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 224       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 225     }
 226
 227     buttonPanel.validate();
 228     validate();
 229   }
 230
 231   /**
 232    * DOCUMENT ME!
 233    *
 234    * @param evt
 235    *          DOCUMENT ME!
 236    */
 237   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 238   {
 239     if (selectedButtons != null)
 240     {
 241       JButton button = null;
 242       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 243       {
 244         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 245         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 246         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 247                 .brighter());
 248       }
 249       if (button == lcaseColour)
 250       {
 251         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 252         {
 253           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 254           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 255           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 256                   .brighter());
 257         }
 258       }
 259     }
 260   }
 261
 262   /**
 263    * DOCUMENT ME!
 264    *
 265    * @param e
 266    *          DOCUMENT ME!
 267    */
 268   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 269   {
 270     if (selectedButtons == null)
 271     {
 272       selectedButtons = new Vector();
 273     }
 274
 275     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 276
 277     if (e.isShiftDown())
 278     {
 279       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 280       if (selectedButtons.size() > 0)
 281       {
 282         start = (JButton) selectedButtons
 283                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 284       }
 285       else
 286       {
 287         start = (JButton) e.getSource();
 288       }
 289
 290       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 291       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 292       {
 293         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 294         {
 295           startIndex = b;
 296         }
 297         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 298         {
 299           endIndex = b;
 300         }
 301       }
 302
 303       if (startIndex > endIndex)
 304       {
 305         int temp = startIndex;
 306         startIndex = endIndex;
 307         endIndex = temp;
 308       }
 309
 310       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 311       {
 312         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 313         if (!selectedButtons.contains(button))
 314         {
 315           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());
 316           selectedButtons.add(button);
 317         }
 318       }
 319     }
 320     else if (!e.isControlDown())
 321     {
 322       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 323       {
 324         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 325         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 326       }
 327       selectedButtons.clear();
 328       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 329       selectedButtons.addElement(pressed);
 330
 331     }
 332     else if (e.isControlDown())
 333     {
 334       if (selectedButtons.contains(pressed))
 335       {
 336         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 337         selectedButtons.remove(pressed);
 338       }
 339       else
 340       {
 341         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 342         selectedButtons.addElement(pressed);
 343       }
 344     }
 345
 346     if (selectedButtons.size() > 0)
 347     {
 348       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 349               .getBackground());
 350     }
 351   }
 352
 353   /**
 354    * DOCUMENT ME!
 355    *
 356    * @param label
 357    *          DOCUMENT ME!
 358    * @param aa
 359    *          DOCUMENT ME!
 360    */
 361   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 362           int buttonIndex)
 363   {
 364     final JButton button;
 365     Color col;
 366
 367     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 368     {
 369       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 370       col = button.getBackground();
 371     }
 372     else
 373     {
 374       button = new JButton();
 375       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 376       {
 377         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 378         {
 379           colourButtonPressed(e);
 380         }
 381       });
 382
 383       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 384
 385       col = Color.white;
 386       if (oldColourScheme != null)
 387       {
 388         try
 389         {
 390           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1, null);
 391         } catch (Exception ex)
 392         {
 393         }
 394       }
 395     }
 396
 397     if (caseSensitive.isSelected())
 398     {
 399       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 400     }
 401     else
 402     {
 403       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 404     }
 405
 406     button.setBackground(col);
 407     button.setText(label);
 408     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 409     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 410
 411     return button;
 412   }
 413
 414   /**
 415    * DOCUMENT ME!
 416    *
 417    * @param e
 418    *          DOCUMENT ME!
 419    */
 420   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 421   {
 422     applyButton_actionPerformed(null);
 423
 424     try
 425     {
 426       frame.setClosed(true);
 427     } catch (Exception ex)
 428     {
 429     }
 430   }
 431
 432   /**
 433    * DOCUMENT ME!
 434    *
 435    * @param e
 436    *          DOCUMENT ME!
 437    */
 438   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 439   {
 440     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 441     ucs.setName(schemeName.getText());
 442
 443     if (seqGroup != null)
 444     {
 445       seqGroup.cs = ucs;
 446       ap.paintAlignment(true);
 447     }
 448     else if (ap != null)
 449     {
 450       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 451     }
 452     else if (jmol != null)
 453     {
 454       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 455     }
 456   }
 457
 458   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 459   {
 460
 461     Color[] newColours = new Color[24];
 462
 463     for (int i = 0; i < 24; i++)
 464     {
 465       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 466       newColours[i] = button.getBackground();
 467     }
 468
 469     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 470
 471     if (caseSensitive.isSelected())
 472     {
 473       newColours = new Color[23];
 474       for (int i = 0; i < 23; i++)
 475       {
 476         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 477         newColours[i] = button.getBackground();
 478       }
 479       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 480     }
 481
 482     if (ap != null)
 483     {
 484       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 485     }
 486
 487     return ucs;
 488   }
 489
 490   /**
 491    * DOCUMENT ME!
 492    *
 493    * @param e
 494    *          DOCUMENT ME!
 495    */
 496   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 497   {
 498     upperCaseButtons = new Vector();
 499     lowerCaseButtons = new Vector();
 500
 501     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 502             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 503             { "jc" }, new String[]
 504             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 505     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 506     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 507     chooser.setToolTipText("Load");
 508
 509     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 510
 511     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 512     {
 513       File choice = chooser.getSelectedFile();
 514       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 515       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 516               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 517       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 518       {
 519         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 520                 .concat(choice.getPath());
 521       }
 522
 523       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 524
 525       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 526       Color[] colors = ucs.getColours();
 527       schemeName.setText(ucs.getName());
 528
 529       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 530       {
 531         caseSensitive.setSelected(true);
 532         lcaseColour.setEnabled(true);
 533         resetButtonPanel(true);
 534         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 535         {
 536           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 537           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 538         }
 539
 540       }
 541       else
 542       {
 543         caseSensitive.setSelected(false);
 544         lcaseColour.setEnabled(false);
 545         resetButtonPanel(false);
 546       }
 547
 548       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 549       {
 550         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 551         button.setBackground(colors[i]);
 552       }
 553
 554     }
 555   }
 556
 557   /**
 558    * DOCUMENT ME!
 559    *
 560    * @return DOCUMENT ME!
 561    */
 562   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 563   {
 564     UserColourScheme ret = null;
 565
 566     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 567     if (colours != null)
 568     {
 569       if (colours.indexOf("|") > -1)
 570       {
 571         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 572       }
 573
 574       ret = loadColours(colours);
 575     }
 576
 577     if (ret == null)
 578     {
 579       Color[] newColours = new Color[24];
 580       for (int i = 0; i < 24; i++)
 581       {
 582         newColours[i] = Color.white;
 583       }
 584       ret = new UserColourScheme(newColours);
 585     }
 586
 587     return ret;
 588   }
 589
 590   /**
 591    * DOCUMENT ME!
 592    *
 593    * @param file
 594    *          DOCUMENT ME!
 595    *
 596    * @return DOCUMENT ME!
 597    */
 598   static UserColourScheme loadColours(String file)
 599   {
 600     UserColourScheme ucs = null;
 601     Color[] newColours = null;
 602     try
 603     {
 604       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 605               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 606
 607       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 608
 609       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 610               jucs);
 611       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 612               .unmarshal(in);
 613
 614       newColours = new Color[24];
 615
 616       Color[] lowerCase = null;
 617       boolean caseSensitive = false;
 618
 619       String name;
 620       int index;
 621       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 622       {
 623         name = jucs.getColour(i).getName();
 624         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 625         {
 626           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 627                   .intValue();
 628         }
 629         else
 630         {
 631           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 632         }
 633         if (index == -1)
 634         {
 635           continue;
 636         }
 637
 638         if (name.toLowerCase().equals(name))
 639         {
 640           if (lowerCase == null)
 641           {
 642             lowerCase = new Color[23];
 643           }
 644           caseSensitive = true;
 645           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 646                   .getRGB(), 16));
 647         }
 648         else
 649         {
 650           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 651                   .getRGB(), 16));
 652         }
 653       }
 654
 655       if (newColours != null)
 656       {
 657         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 658         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 659         if (caseSensitive)
 660         {
 661           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 662         }
 663       }
 664
 665     } catch (Exception ex)
 666     {
 667       // Could be Archive Jalview format
 668       try
 669       {
 670         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 671                 file), "UTF-8");
 672
 673         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 674
 675         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 676
 677         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 678
 679         for (int i = 0; i < 24; i++)
 680         {
 681           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 682                   .getRGB(), 16));
 683         }
 684         if (newColours != null)
 685         {
 686           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 687           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 688         }
 689       } catch (Exception ex2)
 690       {
 691         ex2.printStackTrace();
 692       }
 693
 694       if (newColours == null)
 695       {
 696         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 697       }
 698     }
 699
 700     return ucs;
 701   }
 702
 703   /**
 704    * DOCUMENT ME!
 705    *
 706    * @param e
 707    *          DOCUMENT ME!
 708    */
 709   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 710   {
 711     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 712     {
 713       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 714               MessageManager.getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),
 715               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 716       return;
 717     }
 718
 719     if (userColourSchemes != null
 720             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 721     {
 722       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(
 723               Desktop.desktop,
 724               MessageManager.formatMessage("label.colour_scheme_exists_overwrite", new String[]{schemeName.getText(),schemeName.getText()}),
 725               MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"), JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 726       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 727       {
 728         return;
 729       }
 730
 731       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 732     }
 733     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 734             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 735             { "jc" }, new String[]
 736             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 737
 738     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 739     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 740     chooser.setToolTipText("Save");
 741
 742     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 743
 744     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 745     {
 746       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 747       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 748               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 749       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 750       {
 751         if (defaultColours.length() > 0)
 752         {
 753           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 754         }
 755         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 756       }
 757
 758       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 759
 760       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 761
 762       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 763
 764       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 765
 766       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 767       try
 768       {
 769         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 770                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 771
 772         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 773         {
 774           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 775           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 776           col.setName(button.getText());
 777           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 778                   .getBackground()));
 779           ucs.addColour(col);
 780         }
 781
 782         ucs.marshal(out);
 783         out.close();
 784       } catch (Exception ex)
 785       {
 786         ex.printStackTrace();
 787       }
 788     }
 789   }
 790
 791   /**
 792    * DOCUMENT ME!
 793    *
 794    * @param e
 795    *          DOCUMENT ME!
 796    */
 797   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 798   {
 799     if (ap != null)
 800     {
 801       if (seqGroup != null)
 802       {
 803         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 804       }
 805       else if (ap != null)
 806       {
 807         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 808       }
 809       ap.paintAlignment(true);
 810     }
 811
 812     if (jmol != null)
 813     {
 814       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 815     }
 816
 817     try
 818     {
 819       frame.setClosed(true);
 820     } catch (Exception ex)
 821     {
 822     }
 823   }
 824
 825   static Hashtable userColourSchemes;
 826
 827   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 828   {
 829     return userColourSchemes;
 830   }
 831
 832   public static void initUserColourSchemes(String files)
 833   {
 834     userColourSchemes = new Hashtable();
 835
 836     if (files == null || files.length() == 0)
 837     {
 838       return;
 839     }
 840
 841     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 842     // from the default list here.
 843     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 844     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 845     while (st.hasMoreElements())
 846     {
 847       String file = st.nextToken();
 848       try
 849       {
 850         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 851         if (ucs != null)
 852         {
 853           if (coloursFound.length() > 0)
 854           {
 855             coloursFound.append("|");
 856           }
 857           coloursFound.append(file);
 858           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 859         }
 860       } catch (Exception ex)
 861       {
 862         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 863       }
 864     }
 865     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 866     {
 867       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 868       {
 869         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 870                 coloursFound.toString());
 871       }
 872       else
 873       {
 874         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 875                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 876       }
 877     }
 878   }
 879
 880   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 881   {
 882     // The only way to find colours by name is to load them in
 883     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 884     // from the default list here.
 885
 886     userColourSchemes = new Hashtable();
 887
 888     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 889     StringTokenizer st = new StringTokenizer(
 890             jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 891
 892     while (st.hasMoreElements())
 893     {
 894       String file = st.nextToken();
 895       try
 896       {
 897         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 898         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 899         {
 900           if (coloursFound.length() > 0)
 901           {
 902             coloursFound.append("|");
 903           }
 904           coloursFound.append(file);
 905           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 906         }
 907       } catch (Exception ex)
 908       {
 909         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 910       }
 911     }
 912
 913     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 914     {
 915       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",
 916               coloursFound.toString());
 917     }
 918     else
 919     {
 920       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 921               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 922     }
 923
 924   }
 925
 926   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 927   {
 928     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 929     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 930   }
 931
 932   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 933   {
 934     if (selectedButtons == null)
 935     {
 936       selectedButtons = new Vector();
 937     }
 938     else
 939     {
 940       selectedButtons.clear();
 941     }
 942     selectedButtons.add(lcaseColour);
 943   }
 944
 945 }