src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GWebserviceInfo;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.util.Platform;
  26 import jalview.util.ChannelProperties;
  27 import jalview.ws.WSClientI;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.Graphics2D;
  34 import java.awt.GridLayout;
  35 import java.awt.Image;
  36 import java.awt.MediaTracker;
  37 import java.awt.RenderingHints;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.image.BufferedImage;
  40 import java.util.Locale;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 import javax.swing.JComponent;
  44 import javax.swing.JEditorPane;
  45 import javax.swing.JInternalFrame;
  46 import javax.swing.JPanel;
  47 import javax.swing.JScrollPane;
  48 import javax.swing.JTabbedPane;
  49 import javax.swing.JTextArea;
  50 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  51 import javax.swing.event.HyperlinkListener;
  52 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  53 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  54 import javax.swing.text.html.HTMLEditorKit;
  55 import javax.swing.text.html.StyleSheet;
  56
  57 /**
  58  * Base class for web service client thread and gui TODO: create StAX parser to
  59  * extract html body content reliably when preparing html formatted job statuses
  60  *
  61  * @author $author$
  62  * @version $Revision$
  63  */
  64 public class WebserviceInfo extends GWebserviceInfo
  65         implements HyperlinkListener, IProgressIndicator
  66 {
  67
  68   /** Job is Queued */
  69   public static final int STATE_QUEUING = 0;
  70
  71   /** Job is Running */
  72   public static final int STATE_RUNNING = 1;
  73
  74   /** Job has finished with no errors */
  75   public static final int STATE_STOPPED_OK = 2;
  76
  77   /** Job has been cancelled with no errors */
  78   public static final int STATE_CANCELLED_OK = 3;
  79
  80   /** job has stopped because of some error */
  81   public static final int STATE_STOPPED_ERROR = 4;
  82
  83   /** job has failed because of some unavoidable service interruption */
  84   public static final int STATE_STOPPED_SERVERERROR = 5;
  85
  86   int currentStatus = STATE_QUEUING;
  87
  88   Image image;
  89
  90   float angle = 0f;
  91
  92   String title = "";
  93
  94   jalview.ws.WSClientI thisService;
  95
  96   boolean serviceIsCancellable;
  97
  98   JInternalFrame frame;
  99
 100   private IProgressIndicator progressBar;
 101
 102   @Override
 103   public void setVisible(boolean aFlag)
 104   {
 105     super.setVisible(aFlag);
 106     frame.setVisible(aFlag);
 107   }
 108
 109   JTabbedPane subjobs = null;
 110
 111   java.util.Vector jobPanes = null;
 112
 113   private boolean serviceCanMergeResults = false;
 114
 115   private boolean viewResultsImmediatly = true;
 116
 117   /**
 118    * Get
 119    *
 120    * @param flag
 121    *          to indicate if results will be shown in a new window as soon as
 122    *          they are available.
 123    */
 124   public boolean isViewResultsImmediatly()
 125   {
 126     return viewResultsImmediatly;
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Set
 131    *
 132    * @param flag
 133    *          to indicate if results will be shown in a new window as soon as
 134    *          they are available.
 135    */
 136   public void setViewResultsImmediatly(boolean viewResultsImmediatly)
 137   {
 138     this.viewResultsImmediatly = viewResultsImmediatly;
 139   }
 140
 141   private StyleSheet getStyleSheet(HTMLEditorKit editorKit)
 142   {
 143
 144     // Copied blatantly from
 145     // http://www.velocityreviews.com/forums/t132265-string-into-htmldocument.html
 146     StyleSheet myStyleSheet = new StyleSheet();
 147
 148     myStyleSheet.addStyleSheet(editorKit.getStyleSheet());
 149
 150     editorKit.setStyleSheet(myStyleSheet);
 151
 152     /*
 153      * Set the style sheet rules here by reading them from the constants
 154      * interface.
 155      */
 156     /*
 157      * for (int ix=0; ix<CSS_RULES.length; ix++) {
 158      *
 159      * myStyleSheet.addRule(CSS_RULES[ix]);
 160      *
 161      * }
 162      */
 163     return myStyleSheet;
 164
 165   }
 166
 167   // tabbed or not
 168   public synchronized int addJobPane()
 169   {
 170     JScrollPane jobpane = new JScrollPane();
 171     JComponent _progressText;
 172     if (renderAsHtml)
 173     {
 174       JEditorPane progressText = new JEditorPane("text/html", "");
 175       progressText.addHyperlinkListener(this);
 176       _progressText = progressText;
 177       // progressText.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 10));
 178       // progressText.setBorder(null);
 179       progressText.setEditable(false);
 180       /*
 181        * HTMLEditorKit myEditorKit = new HTMLEditorKit();
 182        *
 183        * StyleSheet myStyleSheet = getStyleSheet(myEditorKit);
 184        *
 185        * HTMLDocument tipDocument = (HTMLDocument)
 186        * (myEditorKit.createDefaultDocument());
 187        *
 188        * progressText.setDocument(tipDocument);
 189        */progressText.setText("<html><h1>WS Job</h1></html>");
 190     }
 191     else
 192     {
 193       JTextArea progressText = new JTextArea();
 194       _progressText = progressText;
 195
 196       progressText.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 10));
 197       progressText.setBorder(null);
 198       progressText.setEditable(false);
 199       progressText.setText("WS Job");
 200       progressText.setLineWrap(true);
 201       progressText.setWrapStyleWord(true);
 202     }
 203     jobpane.setName("JobPane");
 204     jobpane.getViewport().add(_progressText, null);
 205     jobpane.setBorder(null);
 206     if (jobPanes == null)
 207     {
 208       jobPanes = new Vector();
 209     }
 210     int newpane = jobPanes.size();
 211     jobPanes.add(jobpane);
 212
 213     if (newpane == 0)
 214     {
 215       this.add(jobpane, BorderLayout.CENTER);
 216     }
 217     else
 218     {
 219       if (newpane == 1)
 220       {
 221         // revert to a tabbed pane.
 222         JScrollPane firstpane;
 223         this.remove(firstpane = (JScrollPane) jobPanes.get(0));
 224         subjobs = new JTabbedPane();
 225         this.add(subjobs, BorderLayout.CENTER);
 226         subjobs.add(firstpane);
 227         subjobs.setTitleAt(0, firstpane.getName());
 228       }
 229       subjobs.add(jobpane);
 230     }
 231     return newpane; // index for accessor methods below
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Creates a new WebserviceInfo object.
 236    *
 237    * @param title
 238    *          short name and job type
 239    * @param info
 240    *          reference or other human readable description
 241    * @param makeVisible
 242    *          true to display the webservices window immediatly (otherwise need
 243    *          to call setVisible(true))
 244    */
 245   public WebserviceInfo(String title, String info, boolean makeVisible)
 246   {
 247     init(title, info, 520, 500, makeVisible);
 248   }
 249
 250   /**
 251    * Creates a new WebserviceInfo object.
 252    *
 253    * @param title
 254    *          DOCUMENT ME!
 255    * @param info
 256    *          DOCUMENT ME!
 257    * @param width
 258    *          DOCUMENT ME!
 259    * @param height
 260    *          DOCUMENT ME!
 261    */
 262   public WebserviceInfo(String title, String info, int width, int height,
 263           boolean makeVisible)
 264   {
 265     // no references
 266     init(title, info, width, height, makeVisible);
 267   }
 268
 269   /**
 270    * DOCUMENT ME!
 271    *
 272    * @return DOCUMENT ME!
 273    */
 274   public jalview.ws.WSClientI getthisService()
 275   {
 276     return thisService;
 277   }
 278
 279   /**
 280    * Update state of GUI based on client capabilities (like whether the job is
 281    * cancellable, whether the 'merge results' button is shown.
 282    *
 283    * @param newservice
 284    *          service client to query for capabilities
 285    */
 286   public void setthisService(jalview.ws.WSClientI newservice)
 287   {
 288     thisService = newservice;
 289     serviceIsCancellable = newservice.isCancellable();
 290     frame.setClosable(!serviceIsCancellable);
 291     serviceCanMergeResults = newservice.canMergeResults();
 292     rebuildButtonPanel();
 293   }
 294
 295   private void rebuildButtonPanel()
 296   {
 297     if (buttonPanel != null)
 298     {
 299       buttonPanel.removeAll();
 300       if (serviceIsCancellable)
 301       {
 302         buttonPanel.add(cancel);
 303         frame.setClosable(false);
 304       }
 305       else
 306       {
 307         frame.setClosable(true);
 308       }
 309     }
 310   }
 311
 312   /**
 313    * DOCUMENT ME!
 314    *
 315    * @param title
 316    *          DOCUMENT ME!
 317    * @param info
 318    *          DOCUMENT ME!
 319    * @param width
 320    *          DOCUMENT ME!
 321    * @param height
 322    *          DOCUMENT ME!
 323    */
 324   void init(String title, String info, int width, int height,
 325           boolean makeVisible)
 326   {
 327     frame = new JInternalFrame();
 328     frame.setContentPane(this);
 329     Desktop.addInternalFrame(frame, title, makeVisible, width, height, Desktop.FRAME_ALLOW_RESIZE, Desktop.FRAME_SET_MIN_SIZE_300);
 330     frame.setClosable(false);
 331
 332     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 333
 334     this.title = title;
 335     setInfoText(info);
 336
 337     image = ChannelProperties.getImage("rotatable_logo.48");
 338
 339     MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 340     mt.addImage(image, 0);
 341
 342     try
 343     {
 344       mt.waitForID(0);
 345     } catch (Exception ex)
 346     {
 347     }
 348
 349     AnimatedPanel ap = new AnimatedPanel();
 350     ap.setPreferredSize(new Dimension(60, 60));
 351     titlePanel.add(ap, BorderLayout.WEST);
 352     titlePanel.add(titleText, BorderLayout.CENTER);
 353     setStatus(currentStatus);
 354
 355     if (!Platform.isJS())
 356     {
 357       // No animation for the moment//
 358       Thread thread = new Thread(ap);
 359       thread.start();
 360     }
 361     final WebserviceInfo thisinfo = this;
 362     frame.addInternalFrameListener(
 363             new InternalFrameAdapter()
 364             {
 365               @Override
 366               public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 367               {
 368                 // System.out.println("Shutting down webservice client");
 369                 WSClientI service = thisinfo.getthisService();
 370                 if (service != null && service.isCancellable())
 371                 {
 372                   service.cancelJob();
 373                 }
 374               }
 375             });
 376     frame.validate();
 377
 378   }
 379
 380   /**
 381    * DOCUMENT ME!
 382    *
 383    * @param status
 384    *          integer status from state constants
 385    */
 386   public void setStatus(int status)
 387   {
 388     currentStatus = status;
 389
 390     String message = null;
 391     switch (currentStatus)
 392     {
 393     case STATE_QUEUING:
 394       message = MessageManager.getString("label.state_queueing");
 395       break;
 396
 397     case STATE_RUNNING:
 398       message = MessageManager.getString("label.state_running");
 399       break;
 400
 401     case STATE_STOPPED_OK:
 402       message = MessageManager.getString("label.state_completed");
 403       break;
 404
 405     case STATE_CANCELLED_OK:
 406       message = MessageManager.getString("label.state_job_cancelled");
 407       break;
 408
 409     case STATE_STOPPED_ERROR:
 410       message = MessageManager.getString("label.state_job_error");
 411       break;
 412
 413     case STATE_STOPPED_SERVERERROR:
 414       message = MessageManager.getString("label.server_error_try_later");
 415       break;
 416     }
 417     titleText.setText(title + (message == null ? "" : " - " + message));
 418     titleText.repaint();
 419   }
 420
 421   /**
 422    * subjob status indicator
 423    *
 424    * @param jobpane
 425    * @param status
 426    */
 427   public void setStatus(int jobpane, int status)
 428   {
 429     if (jobpane < 0 || jobpane >= jobPanes.size())
 430     {
 431       throw new Error(MessageManager.formatMessage(
 432               "error.setstatus_called_non_existent_job_pane", new String[]
 433               { Integer.valueOf(jobpane).toString() }));
 434     }
 435     switch (status)
 436     {
 437     case STATE_QUEUING:
 438       setProgressName(jobpane + " - QUEUED", jobpane);
 439       break;
 440     case STATE_RUNNING:
 441       setProgressName(jobpane + " - RUNNING", jobpane);
 442       break;
 443     case STATE_STOPPED_OK:
 444       setProgressName(jobpane + " - FINISHED", jobpane);
 445       break;
 446     case STATE_CANCELLED_OK:
 447       setProgressName(jobpane + " - CANCELLED", jobpane);
 448       break;
 449     case STATE_STOPPED_ERROR:
 450       setProgressName(jobpane + " - BROKEN", jobpane);
 451       break;
 452     case STATE_STOPPED_SERVERERROR:
 453       setProgressName(jobpane + " - ALERT", jobpane);
 454       break;
 455     default:
 456       setProgressName(jobpane + " - UNKNOWN STATE", jobpane);
 457     }
 458   }
 459
 460   /**
 461    * DOCUMENT ME!
 462    *
 463    * @return DOCUMENT ME!
 464    */
 465   public String getInfoText()
 466   {
 467     return infoText.getText();
 468   }
 469
 470   /**
 471    * DOCUMENT ME!
 472    *
 473    * @param text
 474    *          DOCUMENT ME!
 475    */
 476   public void setInfoText(String text)
 477   {
 478     infoText.setText(text);
 479   }
 480
 481   /**
 482    * DOCUMENT ME!
 483    *
 484    * @param text
 485    *          DOCUMENT ME!
 486    */
 487   public void appendInfoText(String text)
 488   {
 489     infoText.append(text);
 490   }
 491
 492   /**
 493    * DOCUMENT ME!
 494    *
 495    * @return DOCUMENT ME!
 496    */
 497   public String getProgressText(int which)
 498   {
 499     if (jobPanes == null)
 500     {
 501       addJobPane();
 502     }
 503     if (renderAsHtml)
 504     {
 505       return ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which))
 506               .getViewport().getComponent(0)).getText();
 507     }
 508     else
 509     {
 510       return ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 511               .getComponent(0)).getText();
 512     }
 513   }
 514
 515   /**
 516    * DOCUMENT ME!
 517    *
 518    * @param text
 519    *          DOCUMENT ME!
 520    */
 521   public void setProgressText(int which, String text)
 522   {
 523     if (jobPanes == null)
 524     {
 525       addJobPane();
 526     }
 527     if (renderAsHtml)
 528     {
 529       ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 530               .getComponent(0)).setText(ensureHtmlTagged(text));
 531     }
 532     else
 533     {
 534       ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 535               .getComponent(0)).setText(text);
 536     }
 537   }
 538
 539   /**
 540    * extract content from &lt;body&gt; content &lt;/body&gt;
 541    *
 542    * @param text
 543    * @param leaveFirst
 544    *          - set to leave the initial html tag intact
 545    * @param leaveLast
 546    *          - set to leave the final html tag intact
 547    * @return
 548    */
 549   private String getHtmlFragment(String text, boolean leaveFirst,
 550           boolean leaveLast)
 551   {
 552     if (text == null)
 553     {
 554       return null;
 555     }
 556     String lowertxt = text.toLowerCase(Locale.ROOT);
 557     int htmlpos = leaveFirst ? -1 : lowertxt.indexOf("<body");
 558
 559     int htmlend = leaveLast ? -1 : lowertxt.indexOf("</body");
 560     int htmlpose = lowertxt.indexOf(">", htmlpos),
 561             htmlende = lowertxt.indexOf(">", htmlend);
 562     if (htmlend == -1 && htmlpos == -1)
 563     {
 564       return text;
 565     }
 566     if (htmlend > -1)
 567     {
 568       return text.substring((htmlpos == -1 ? 0 : htmlpose + 1), htmlend);
 569     }
 570     return text.substring(htmlpos == -1 ? 0 : htmlpose + 1);
 571   }
 572
 573   /**
 574    * very simple routine for adding/ensuring html tags are present in text.
 575    *
 576    * @param text
 577    * @return properly html tag enclosed text
 578    */
 579   private String ensureHtmlTagged(String text)
 580   {
 581     if (text == null)
 582     {
 583       return "";
 584     }
 585     String lowertxt = text.toLowerCase(Locale.ROOT);
 586     int htmlpos = lowertxt.indexOf("<body");
 587     int htmlend = lowertxt.indexOf("</body");
 588     int doctype = lowertxt.indexOf("<!doctype");
 589     int xmltype = lowertxt.indexOf("<?xml");
 590     if (htmlend == -1)
 591     {
 592       text = text + "</body></html>";
 593     }
 594     if (htmlpos > -1)
 595     {
 596       if ((doctype > -1 && htmlpos > doctype)
 597               || (xmltype > -1 && htmlpos > xmltype))
 598       {
 599         text = "<html><head></head><body>\n" + text.substring(htmlpos - 1);
 600       }
 601     }
 602     else
 603     {
 604       text = "<html><head></head><body>\n" + text;
 605     }
 606     if (text.indexOf("<meta") > -1)
 607     {
 608       System.err
 609               .println("HTML COntent: \n" + text + "<< END HTML CONTENT\n");
 610
 611     }
 612     return text;
 613   }
 614
 615   /**
 616    * DOCUMENT ME!
 617    *
 618    * @param text
 619    *          DOCUMENT ME!
 620    */
 621   public void appendProgressText(int which, String text)
 622   {
 623     if (jobPanes == null)
 624     {
 625       addJobPane();
 626     }
 627     if (renderAsHtml)
 628     {
 629       String txt = getHtmlFragment(
 630               ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which))
 631                       .getViewport().getComponent(0)).getText(),
 632               true, false);
 633       ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 634               .getComponent(0))
 635                       .setText(ensureHtmlTagged(
 636                               txt + getHtmlFragment(text, false, true)));
 637     }
 638     else
 639     {
 640       ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 641               .getComponent(0)).append(text);
 642     }
 643   }
 644
 645   /**
 646    * setProgressText(0, text)
 647    */
 648   public void setProgressText(String text)
 649   {
 650     setProgressText(0, text);
 651   }
 652
 653   /**
 654    * appendProgressText(0, text)
 655    */
 656   public void appendProgressText(String text)
 657   {
 658     appendProgressText(0, text);
 659   }
 660
 661   /**
 662    * getProgressText(0)
 663    */
 664   public String getProgressText()
 665   {
 666     return getProgressText(0);
 667   }
 668
 669   /**
 670    * get the tab title for a subjob
 671    *
 672    * @param which
 673    *          int
 674    * @return String
 675    */
 676   public String getProgressName(int which)
 677   {
 678     if (jobPanes == null)
 679     {
 680       addJobPane();
 681     }
 682     if (subjobs != null)
 683     {
 684       return subjobs.getTitleAt(which);
 685     }
 686     else
 687     {
 688       return ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 689               .getComponent(0).getName();
 690     }
 691   }
 692
 693   /**
 694    * set the tab title for a subjob
 695    *
 696    * @param name
 697    *          String
 698    * @param which
 699    *          int
 700    */
 701   public void setProgressName(String name, int which)
 702   {
 703     if (subjobs != null)
 704     {
 705       subjobs.setTitleAt(which, name);
 706       subjobs.revalidate();
 707       subjobs.repaint();
 708     }
 709     JScrollPane c = (JScrollPane) jobPanes.get(which);
 710     c.getViewport().getComponent(0).setName(name);
 711     c.repaint();
 712   }
 713
 714   /**
 715    * Gui action for cancelling the current job, if possible.
 716    *
 717    * @param e
 718    *          DOCUMENT ME!
 719    */
 720   @Override
 721   protected void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 722   {
 723     if (!serviceIsCancellable)
 724     {
 725       // JBPNote : TODO: We should REALLY just tell the WSClientI to cancel
 726       // anyhow - it has to stop threads and clean up
 727       // JBPNote : TODO: Instead of a warning, we should have an optional 'Are
 728       // you sure?' prompt
 729       warnUser(
 730               MessageManager.getString(
 731                       "warn.job_cannot_be_cancelled_close_window"),
 732               MessageManager.getString("action.cancel_job"));
 733     }
 734     else
 735     {
 736       thisService.cancelJob();
 737     }
 738     frame.setClosable(true);
 739   }
 740
 741   /**
 742    * Spawns a thread that pops up a warning dialog box with the given message
 743    * and title.
 744    *
 745    * @param message
 746    * @param title
 747    */
 748   public void warnUser(final String message, final String title)
 749   {
 750     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 751     {
 752       @Override
 753       public void run()
 754       {
 755         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(), message,
 756                 title, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 757
 758       }
 759     });
 760   }
 761
 762   /**
 763    * Set up GUI for user to get at results - and possibly automatically display
 764    * them if viewResultsImmediatly is set.
 765    */
 766   public void setResultsReady()
 767   {
 768     frame.setClosable(true);
 769     buttonPanel.remove(cancel);
 770     buttonPanel.add(showResultsNewFrame);
 771     if (serviceCanMergeResults)
 772     {
 773       buttonPanel.add(mergeResults);
 774       buttonPanel.setLayout(new GridLayout(2, 1, 5, 5));
 775     }
 776     buttonPanel.validate();
 777     validate();
 778     if (viewResultsImmediatly)
 779     {
 780       showResultsNewFrame.doClick();
 781     }
 782   }
 783
 784   /**
 785    * called when job has finished but no result objects can be passed back to
 786    * user
 787    */
 788   public void setFinishedNoResults()
 789   {
 790     frame.setClosable(true);
 791     buttonPanel.remove(cancel);
 792     buttonPanel.validate();
 793     validate();
 794   }
 795
 796   class AnimatedPanel extends JPanel implements Runnable
 797   {
 798     long startTime = 0;
 799
 800     BufferedImage offscreen;
 801
 802     @Override
 803     public void run()
 804     {
 805       startTime = System.currentTimeMillis();
 806
 807       float invSpeed = 15f;
 808       float factor = 1f;
 809       while (currentStatus < STATE_STOPPED_OK)
 810       {
 811         if (currentStatus == STATE_QUEUING)
 812         {
 813           invSpeed = 25f;
 814           factor = 1f;
 815         }
 816         else if (currentStatus == STATE_RUNNING)
 817         {
 818           invSpeed = 10f;
 819           factor = (float) (0.5 + 1.5
 820                   * (0.5 - (0.5 * Math.sin(3.14159 / 180 * (angle + 45)))));
 821         }
 822         try
 823         {
 824           Thread.sleep(50);
 825
 826           float delta = (System.currentTimeMillis() - startTime) / invSpeed;
 827           angle += delta * factor;
 828           angle %= 360;
 829           startTime = System.currentTimeMillis();
 830
 831           if (currentStatus >= STATE_STOPPED_OK)
 832           {
 833             park();
 834             angle = 0;
 835           }
 836
 837           repaint();
 838         } catch (Exception ex)
 839         {
 840         }
 841       }
 842
 843       cancel.setEnabled(false);
 844     }
 845
 846     public void park()
 847     {
 848       startTime = System.currentTimeMillis();
 849
 850       while (angle < 360)
 851       {
 852         float invSpeed = 5f;
 853         float factor = 1f;
 854         try
 855         {
 856           Thread.sleep(25);
 857
 858           float delta = (System.currentTimeMillis() - startTime) / invSpeed;
 859           angle += delta * factor;
 860           startTime = System.currentTimeMillis();
 861
 862           if (angle >= 360)
 863           {
 864             angle = 360;
 865           }
 866
 867           repaint();
 868         } catch (Exception ex)
 869         {
 870         }
 871       }
 872
 873     }
 874
 875     void drawPanel()
 876     {
 877       if (offscreen == null || offscreen.getWidth(this) != getWidth()
 878               || offscreen.getHeight(this) != getHeight())
 879       {
 880         offscreen = new BufferedImage(getWidth(), getHeight(),
 881                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 882       }
 883
 884       Graphics2D g = (Graphics2D) offscreen.getGraphics();
 885
 886       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 887               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 888       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_INTERPOLATION,
 889               RenderingHints.VALUE_INTERPOLATION_BICUBIC);
 890       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_RENDERING,
 891               RenderingHints.VALUE_RENDER_QUALITY);
 892
 893       g.setColor(Color.white);
 894       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 895
 896       if (image != null)
 897       {
 898         int x = image.getWidth(this) / 2, y = image.getHeight(this) / 2;
 899         g.rotate(3.14159 / 180 * (angle), x, y);
 900         g.drawImage(image, 0, 0, this);
 901         g.rotate(-3.14159 / 180 * (angle), x, y);
 902       }
 903     }
 904
 905     @Override
 906     public void paintComponent(Graphics g1)
 907     {
 908       drawPanel();
 909
 910       g1.drawImage(offscreen, 0, 0, this);
 911     }
 912   }
 913
 914   boolean renderAsHtml = false;
 915
 916   public void setRenderAsHtml(boolean b)
 917   {
 918     renderAsHtml = b;
 919   }
 920
 921   @Override
 922   public void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
 923   {
 924     Desktop.hyperlinkUpdate(e);
 925   }
 926
 927   /*
 928    * (non-Javadoc)
 929    *
 930    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 931    */
 932   @Override
 933   public void setProgressBar(String message, long id)
 934   {
 935     progressBar.setProgressBar(message, id);
 936   }
 937
 938   @Override
 939   public void removeProgressBar(long id)
 940   {
 941     progressBar.removeProgressBar(id);
 942   }
 943
 944   @Override
 945   public void registerHandler(final long id,
 946           final IProgressIndicatorHandler handler)
 947   {
 948     progressBar.registerHandler(id, handler);
 949   }
 950
 951   /**
 952    *
 953    * @return true if any progress bars are still active
 954    */
 955   @Override
 956   public boolean operationInProgress()
 957   {
 958     return progressBar.operationInProgress();
 959   }
 960 }