src/jalview/gui/WebserviceInfo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.awt.image.*;
  28 import javax.swing.*;
  29 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  30 import javax.swing.event.HyperlinkListener;
  31 import javax.swing.text.html.HTMLEditorKit;
  32 import javax.swing.text.html.StyleSheet;
  33
  34 import jalview.jbgui.*;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.ws.WSClientI;
  37
  38 /**
  39  * Base class for web service client thread and gui TODO: create StAX parser to
  40  * extract html body content reliably when preparing html formatted job statuses
  41  *
  42  * @author $author$
  43  * @version $Revision$
  44  */
  45 public class WebserviceInfo extends GWebserviceInfo implements
  46         HyperlinkListener, IProgressIndicator
  47 {
  48
  49   /** Job is Queued */
  50   public static final int STATE_QUEUING = 0;
  51
  52   /** Job is Running */
  53   public static final int STATE_RUNNING = 1;
  54
  55   /** Job has finished with no errors */
  56   public static final int STATE_STOPPED_OK = 2;
  57
  58   /** Job has been cancelled with no errors */
  59   public static final int STATE_CANCELLED_OK = 3;
  60
  61   /** job has stopped because of some error */
  62   public static final int STATE_STOPPED_ERROR = 4;
  63
  64   /** job has failed because of some unavoidable service interruption */
  65   public static final int STATE_STOPPED_SERVERERROR = 5;
  66
  67   int currentStatus = STATE_QUEUING;
  68
  69   Image image;
  70
  71   int angle = 0;
  72
  73   String title = "";
  74
  75   jalview.ws.WSClientI thisService;
  76
  77   boolean serviceIsCancellable;
  78
  79   JInternalFrame frame;
  80
  81   JTabbedPane subjobs = null;
  82
  83   java.util.Vector jobPanes = null;
  84
  85   private boolean serviceCanMergeResults = false;
  86
  87   private boolean viewResultsImmediatly = true;
  88
  89   /**
  90    * Get
  91    *
  92    * @param flag
  93    *          to indicate if results will be shown in a new window as soon as
  94    *          they are available.
  95    */
  96   public boolean isViewResultsImmediatly()
  97   {
  98     return viewResultsImmediatly;
  99   }
 100
 101   /**
 102    * Set
 103    *
 104    * @param flag
 105    *          to indicate if results will be shown in a new window as soon as
 106    *          they are available.
 107    */
 108   public void setViewResultsImmediatly(boolean viewResultsImmediatly)
 109   {
 110     this.viewResultsImmediatly = viewResultsImmediatly;
 111   }
 112
 113   private StyleSheet getStyleSheet(HTMLEditorKit editorKit)
 114   {
 115
 116     // Copied blatantly from
 117     // http://www.velocityreviews.com/forums/t132265-string-into-htmldocument.html
 118     StyleSheet myStyleSheet = new StyleSheet();
 119
 120     myStyleSheet.addStyleSheet(editorKit.getStyleSheet());
 121
 122     editorKit.setStyleSheet(myStyleSheet);
 123
 124     /*
 125      * Set the style sheet rules here by reading them from the constants
 126      * interface.
 127      */
 128     /*
 129      * for (int ix=0; ix<CSS_RULES.length; ix++) {
 130      *
 131      * myStyleSheet.addRule(CSS_RULES[ix]);
 132      *
 133      * }
 134      */
 135     return myStyleSheet;
 136
 137   }
 138
 139   // tabbed or not
 140   public synchronized int addJobPane()
 141   {
 142     JScrollPane jobpane = new JScrollPane();
 143     JComponent _progressText;
 144     if (renderAsHtml)
 145     {
 146       JEditorPane progressText = new JEditorPane("text/html", "");
 147       progressText.addHyperlinkListener(this);
 148       _progressText = progressText;
 149       // progressText.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 10));
 150       // progressText.setBorder(null);
 151       progressText.setEditable(false);
 152       /*
 153        * HTMLEditorKit myEditorKit = new HTMLEditorKit();
 154        *
 155        * StyleSheet myStyleSheet = getStyleSheet(myEditorKit);
 156        *
 157        * HTMLDocument tipDocument = (HTMLDocument)
 158        * (myEditorKit.createDefaultDocument());
 159        *
 160        * progressText.setDocument(tipDocument);
 161        */progressText.setText("<html><h1>WS Job</h1></html>");
 162     }
 163     else
 164     {
 165       JTextArea progressText = new JTextArea();
 166       _progressText = progressText;
 167
 168       progressText.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 10));
 169       progressText.setBorder(null);
 170       progressText.setEditable(false);
 171       progressText.setText("WS Job");
 172       progressText.setLineWrap(true);
 173       progressText.setWrapStyleWord(true);
 174     }
 175     jobpane.setName("JobPane");
 176     jobpane.getViewport().add(_progressText, null);
 177     jobpane.setBorder(null);
 178     if (jobPanes == null)
 179     {
 180       jobPanes = new Vector();
 181     }
 182     int newpane = jobPanes.size();
 183     jobPanes.add(jobpane);
 184
 185     if (newpane == 0)
 186     {
 187       this.add(jobpane, BorderLayout.CENTER);
 188     }
 189     else
 190     {
 191       if (newpane == 1)
 192       {
 193         // revert to a tabbed pane.
 194         JScrollPane firstpane;
 195         this.remove(firstpane = (JScrollPane) jobPanes.get(0));
 196         subjobs = new JTabbedPane();
 197         this.add(subjobs, BorderLayout.CENTER);
 198         subjobs.add(firstpane);
 199         subjobs.setTitleAt(0, firstpane.getName());
 200       }
 201       subjobs.add(jobpane);
 202     }
 203     return newpane; // index for accessor methods below
 204   }
 205
 206   /**
 207    * Creates a new WebserviceInfo object.
 208    *
 209    * @param title
 210    *          short name and job type
 211    * @param info
 212    *          reference or other human readable description
 213    */
 214   public WebserviceInfo(String title, String info)
 215   {
 216     init(title, info, 520, 500);
 217   }
 218
 219   /**
 220    * Creates a new WebserviceInfo object.
 221    *
 222    * @param title
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    * @param info
 225    *          DOCUMENT ME!
 226    * @param width
 227    *          DOCUMENT ME!
 228    * @param height
 229    *          DOCUMENT ME!
 230    */
 231   public WebserviceInfo(String title, String info, int width, int height)
 232   {
 233     init(title, info, width, height);
 234   }
 235
 236   /**
 237    * DOCUMENT ME!
 238    *
 239    * @return DOCUMENT ME!
 240    */
 241   public jalview.ws.WSClientI getthisService()
 242   {
 243     return thisService;
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Update state of GUI based on client capabilities (like whether the job is
 248    * cancellable, whether the 'merge results' button is shown.
 249    *
 250    * @param newservice
 251    *          service client to query for capabilities
 252    */
 253   public void setthisService(jalview.ws.WSClientI newservice)
 254   {
 255     thisService = newservice;
 256     serviceIsCancellable = newservice.isCancellable();
 257     frame.setClosable(!serviceIsCancellable);
 258     serviceCanMergeResults = newservice.canMergeResults();
 259     rebuildButtonPanel();
 260   }
 261
 262   private void rebuildButtonPanel()
 263   {
 264     if (buttonPanel != null)
 265     {
 266       buttonPanel.removeAll();
 267       if (serviceIsCancellable)
 268       {
 269         buttonPanel.add(cancel);
 270         frame.setClosable(false);
 271       }
 272       else
 273       {
 274         frame.setClosable(true);
 275       }
 276     }
 277   }
 278
 279   /**
 280    * DOCUMENT ME!
 281    *
 282    * @param title
 283    *          DOCUMENT ME!
 284    * @param info
 285    *          DOCUMENT ME!
 286    * @param width
 287    *          DOCUMENT ME!
 288    * @param height
 289    *          DOCUMENT ME!
 290    */
 291   void init(String title, String info, int width, int height)
 292   {
 293     frame = new JInternalFrame();
 294     frame.setContentPane(this);
 295     Desktop.addInternalFrame(frame, title, width, height);
 296     frame.setClosable(false);
 297
 298     this.title = title;
 299     setInfoText(info);
 300
 301     java.net.URL url = getClass().getResource(
 302             "/images/Jalview_Logo_small.png");
 303     image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
 304
 305     MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 306     mt.addImage(image, 0);
 307
 308     try
 309     {
 310       mt.waitForID(0);
 311     } catch (Exception ex)
 312     {
 313     }
 314
 315     AnimatedPanel ap = new AnimatedPanel();
 316     titlePanel.add(ap, BorderLayout.CENTER);
 317
 318     Thread thread = new Thread(ap);
 319     thread.start();
 320     final WebserviceInfo thisinfo = this;
 321     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 322     {
 323       public void internalFrameClosed(
 324               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 325       {
 326         // System.out.println("Shutting down webservice client");
 327         WSClientI service = thisinfo.getthisService();
 328         if (service != null && service.isCancellable())
 329         {
 330           service.cancelJob();
 331         }
 332       };
 333     });
 334     frame.validate();
 335
 336   }
 337
 338   /**
 339    * DOCUMENT ME!
 340    *
 341    * @param status
 342    *          integer status from state constants
 343    */
 344   public void setStatus(int status)
 345   {
 346     currentStatus = status;
 347   }
 348
 349   /**
 350    * subjob status indicator
 351    *
 352    * @param jobpane
 353    * @param status
 354    */
 355   public void setStatus(int jobpane, int status)
 356   {
 357     if (jobpane < 0 || jobpane >= jobPanes.size())
 358     {
 359       throw new Error(MessageManager.formatMessage("error.setstatus_called_non_existent_job_pane", new String[]{Integer.valueOf(jobpane).toString()}));
 360     }
 361     switch (status)
 362     {
 363     case STATE_QUEUING:
 364       setProgressName(jobpane + " - QUEUED", jobpane);
 365       break;
 366     case STATE_RUNNING:
 367       setProgressName(jobpane + " - RUNNING", jobpane);
 368       break;
 369     case STATE_STOPPED_OK:
 370       setProgressName(jobpane + " - FINISHED", jobpane);
 371       break;
 372     case STATE_CANCELLED_OK:
 373       setProgressName(jobpane + " - CANCELLED", jobpane);
 374       break;
 375     case STATE_STOPPED_ERROR:
 376       setProgressName(jobpane + " - BROKEN", jobpane);
 377       break;
 378     case STATE_STOPPED_SERVERERROR:
 379       setProgressName(jobpane + " - ALERT", jobpane);
 380       break;
 381     default:
 382       setProgressName(jobpane + " - UNKNOWN STATE", jobpane);
 383     }
 384   }
 385
 386   /**
 387    * DOCUMENT ME!
 388    *
 389    * @return DOCUMENT ME!
 390    */
 391   public String getInfoText()
 392   {
 393     return infoText.getText();
 394   }
 395
 396   /**
 397    * DOCUMENT ME!
 398    *
 399    * @param text
 400    *          DOCUMENT ME!
 401    */
 402   public void setInfoText(String text)
 403   {
 404     infoText.setText(text);
 405   }
 406
 407   /**
 408    * DOCUMENT ME!
 409    *
 410    * @param text
 411    *          DOCUMENT ME!
 412    */
 413   public void appendInfoText(String text)
 414   {
 415     infoText.append(text);
 416   }
 417
 418   /**
 419    * DOCUMENT ME!
 420    *
 421    * @return DOCUMENT ME!
 422    */
 423   public String getProgressText(int which)
 424   {
 425     if (jobPanes == null)
 426     {
 427       addJobPane();
 428     }
 429     if (renderAsHtml)
 430     {
 431       return ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which))
 432               .getViewport().getComponent(0)).getText();
 433     }
 434     else
 435     {
 436       return ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 437               .getComponent(0)).getText();
 438     }
 439   }
 440
 441   /**
 442    * DOCUMENT ME!
 443    *
 444    * @param text
 445    *          DOCUMENT ME!
 446    */
 447   public void setProgressText(int which, String text)
 448   {
 449     if (jobPanes == null)
 450     {
 451       addJobPane();
 452     }
 453     if (renderAsHtml)
 454     {
 455       ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 456               .getComponent(0)).setText(ensureHtmlTagged(text));
 457     }
 458     else
 459     {
 460       ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 461               .getComponent(0)).setText(text);
 462     }
 463   }
 464
 465   /**
 466    * extract content from &lt;body&gt; content &lt;/body&gt;
 467    *
 468    * @param text
 469    * @param leaveFirst
 470    *          - set to leave the initial html tag intact
 471    * @param leaveLast
 472    *          - set to leave the final html tag intact
 473    * @return
 474    */
 475   private String getHtmlFragment(String text, boolean leaveFirst,
 476           boolean leaveLast)
 477   {
 478     if (text == null)
 479     {
 480       return null;
 481     }
 482     String lowertxt = text.toLowerCase();
 483     int htmlpos = leaveFirst ? -1 : lowertxt.indexOf("<body");
 484
 485     int htmlend = leaveLast ? -1 : lowertxt.indexOf("</body");
 486     int htmlpose = lowertxt.indexOf(">", htmlpos), htmlende = lowertxt
 487             .indexOf(">", htmlend);
 488     if (htmlend == -1 && htmlpos == -1)
 489     {
 490       return text;
 491     }
 492     if (htmlend > -1)
 493     {
 494       return text.substring((htmlpos == -1 ? 0 : htmlpose + 1), htmlend);
 495     }
 496     return text.substring(htmlpos == -1 ? 0 : htmlpose + 1);
 497   }
 498
 499   /**
 500    * very simple routine for adding/ensuring html tags are present in text.
 501    *
 502    * @param text
 503    * @return properly html tag enclosed text
 504    */
 505   private String ensureHtmlTagged(String text)
 506   {
 507     if (text == null)
 508     {
 509       return "";
 510     }
 511     String lowertxt = text.toLowerCase();
 512     int htmlpos = lowertxt.indexOf("<body");
 513     int htmlend = lowertxt.indexOf("</body");
 514     int doctype = lowertxt.indexOf("<!doctype");
 515     int xmltype = lowertxt.indexOf("<?xml");
 516     if (htmlend == -1)
 517     {
 518       text = text + "</body></html>";
 519     }
 520     if (htmlpos > -1)
 521     {
 522       if ((doctype > -1 && htmlpos > doctype)
 523               || (xmltype > -1 && htmlpos > xmltype))
 524       {
 525         text = "<html><head></head><body>\n" + text.substring(htmlpos - 1);
 526       }
 527     }
 528     else
 529     {
 530       text = "<html><head></head><body>\n" + text;
 531     }
 532     if (text.indexOf("<meta") > -1)
 533     {
 534       System.err.println("HTML COntent: \n" + text
 535               + "<< END HTML CONTENT\n");
 536
 537     }
 538     return text;
 539   }
 540
 541   /**
 542    * DOCUMENT ME!
 543    *
 544    * @param text
 545    *          DOCUMENT ME!
 546    */
 547   public void appendProgressText(int which, String text)
 548   {
 549     if (jobPanes == null)
 550     {
 551       addJobPane();
 552     }
 553     if (renderAsHtml)
 554     {
 555       String txt = getHtmlFragment(
 556               ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which))
 557                       .getViewport().getComponent(0)).getText(), true,
 558               false);
 559       ((JEditorPane) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 560               .getComponent(0)).setText(ensureHtmlTagged(txt
 561               + getHtmlFragment(text, false, true)));
 562     }
 563     else
 564     {
 565       ((JTextArea) ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 566               .getComponent(0)).append(text);
 567     }
 568   }
 569
 570   /**
 571    * setProgressText(0, text)
 572    */
 573   public void setProgressText(String text)
 574   {
 575     setProgressText(0, text);
 576   }
 577
 578   /**
 579    * appendProgressText(0, text)
 580    */
 581   public void appendProgressText(String text)
 582   {
 583     appendProgressText(0, text);
 584   }
 585
 586   /**
 587    * getProgressText(0)
 588    */
 589   public String getProgressText()
 590   {
 591     return getProgressText(0);
 592   }
 593
 594   /**
 595    * get the tab title for a subjob
 596    *
 597    * @param which
 598    *          int
 599    * @return String
 600    */
 601   public String getProgressName(int which)
 602   {
 603     if (jobPanes == null)
 604     {
 605       addJobPane();
 606     }
 607     if (subjobs != null)
 608     {
 609       return subjobs.getTitleAt(which);
 610     }
 611     else
 612     {
 613       return ((JScrollPane) jobPanes.get(which)).getViewport()
 614               .getComponent(0).getName();
 615     }
 616   }
 617
 618   /**
 619    * set the tab title for a subjob
 620    *
 621    * @param name
 622    *          String
 623    * @param which
 624    *          int
 625    */
 626   public void setProgressName(String name, int which)
 627   {
 628     if (subjobs != null)
 629     {
 630       subjobs.setTitleAt(which, name);
 631       subjobs.revalidate();
 632       subjobs.repaint();
 633     }
 634     JScrollPane c = (JScrollPane) jobPanes.get(which);
 635     c.getViewport().getComponent(0).setName(name);
 636     c.repaint();
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Gui action for cancelling the current job, if possible.
 641    *
 642    * @param e
 643    *          DOCUMENT ME!
 644    */
 645   protected void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 646   {
 647     if (!serviceIsCancellable)
 648     {
 649       // JBPNote : TODO: We should REALLY just tell the WSClientI to cancel
 650       // anyhow - it has to stop threads and clean up
 651       // JBPNote : TODO: Instead of a warning, we should have an optional 'Are
 652       // you sure?' prompt
 653       warnUser(MessageManager.getString("warn.job_cannot_be_cancelled_close_window"),
 654               MessageManager.getString("action.cancel_job"));
 655     }
 656     else
 657     {
 658       thisService.cancelJob();
 659     }
 660     frame.setClosable(true);
 661   }
 662
 663   /**
 664    * Spawns a thread that pops up a warning dialog box with the given message
 665    * and title.
 666    *
 667    * @param message
 668    * @param title
 669    */
 670   public void warnUser(final String message, final String title)
 671   {
 672     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 673     {
 674       public void run()
 675       {
 676         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, message,
 677                 title, JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 678
 679       }
 680     });
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Set up GUI for user to get at results - and possibly automatically display
 685    * them if viewResultsImmediatly is set.
 686    */
 687   public void setResultsReady()
 688   {
 689     frame.setClosable(true);
 690     buttonPanel.remove(cancel);
 691     buttonPanel.add(showResultsNewFrame);
 692     if (serviceCanMergeResults)
 693     {
 694       buttonPanel.add(mergeResults);
 695       buttonPanel.setLayout(new GridLayout(2, 1, 5, 5));
 696     }
 697     buttonPanel.validate();
 698     validate();
 699     if (viewResultsImmediatly)
 700     {
 701       showResultsNewFrame.doClick();
 702     }
 703   }
 704
 705   /**
 706    * called when job has finished but no result objects can be passed back to
 707    * user
 708    */
 709   public void setFinishedNoResults()
 710   {
 711     frame.setClosable(true);
 712     buttonPanel.remove(cancel);
 713     buttonPanel.validate();
 714     validate();
 715   }
 716
 717   class AnimatedPanel extends JPanel implements Runnable
 718   {
 719     long startTime = 0;
 720
 721     BufferedImage offscreen;
 722
 723     public void run()
 724     {
 725       startTime = System.currentTimeMillis();
 726
 727       while (currentStatus < STATE_STOPPED_OK)
 728       {
 729         try
 730         {
 731           Thread.sleep(50);
 732
 733           int units = (int) ((System.currentTimeMillis() - startTime) / 10f);
 734           angle += units;
 735           angle %= 360;
 736           startTime = System.currentTimeMillis();
 737
 738           if (currentStatus >= STATE_STOPPED_OK)
 739           {
 740             angle = 0;
 741           }
 742
 743           repaint();
 744         } catch (Exception ex)
 745         {
 746         }
 747       }
 748
 749       cancel.setEnabled(false);
 750     }
 751
 752     void drawPanel()
 753     {
 754       if (offscreen == null || offscreen.getWidth(this) != getWidth()
 755               || offscreen.getHeight(this) != getHeight())
 756       {
 757         offscreen = new BufferedImage(getWidth(), getHeight(),
 758                 BufferedImage.TYPE_INT_ARGB);
 759       }
 760
 761       Graphics2D g = (Graphics2D) offscreen.getGraphics();
 762
 763       g.setColor(Color.white);
 764       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 765
 766       g.setFont(new Font("Arial", Font.BOLD, 12));
 767       g.setColor(Color.black);
 768
 769       switch (currentStatus)
 770       {
 771       case STATE_QUEUING:
 772         g.drawString(
 773                 title.concat(" - ").concat(
 774                         MessageManager.getString("label.state_queueing")),
 775                 60, 30);
 776
 777         break;
 778
 779       case STATE_RUNNING:
 780         g.drawString(
 781                 title.concat(" - ").concat(
 782                         MessageManager.getString("label.state_running")),
 783                 60, 30);
 784
 785         break;
 786
 787       case STATE_STOPPED_OK:
 788         g.drawString(
 789                 title.concat(" - ").concat(
 790                         MessageManager.getString("label.state_completed")),
 791                 60, 30);
 792
 793         break;
 794
 795       case STATE_CANCELLED_OK:
 796         g.drawString(
 797                 title.concat(" - ").concat(
 798                         MessageManager
 799                                 .getString("label.state_job_cancelled")),
 800                 60, 30);
 801
 802         break;
 803
 804       case STATE_STOPPED_ERROR:
 805         g.drawString(
 806                 title.concat(" - ").concat(
 807                         MessageManager.getString("label.state_job_error")),
 808                 60, 30);
 809
 810         break;
 811
 812       case STATE_STOPPED_SERVERERROR:
 813         g.drawString(
 814                 title.concat(" - ").concat(
 815                         MessageManager
 816                                 .getString("label.server_error_try_later")),
 817                 60, 30);
 818
 819         break;
 820       }
 821
 822       if (image != null)
 823       {
 824         int x = image.getWidth(this) / 2, y = image.getHeight(this) / 2;
 825         g.rotate(Math.toRadians(angle), 10 + x, 10 + y);
 826         g.drawImage(image, 10, 10, this);
 827         g.rotate(-Math.toRadians(angle), 10 + x, 10 + y);
 828       }
 829     }
 830
 831     public void paintComponent(Graphics g1)
 832     {
 833       drawPanel();
 834
 835       g1.drawImage(offscreen, 0, 0, this);
 836     }
 837   }
 838
 839   boolean renderAsHtml = false;
 840
 841   public void setRenderAsHtml(boolean b)
 842   {
 843     renderAsHtml = b;
 844   }
 845
 846   public void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
 847   {
 848     Desktop.hyperlinkUpdate(e);
 849   }
 850
 851   // methods for implementing IProgressIndicator
 852   // need to refactor to a reusable stub class
 853   Hashtable progressBars, progressBarHandlers;
 854
 855   /*
 856    * (non-Javadoc)
 857    *
 858    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 859    */
 860   @Override
 861   public void setProgressBar(String message, long id)
 862   {
 863     if (progressBars == null)
 864     {
 865       progressBars = new Hashtable();
 866       progressBarHandlers = new Hashtable();
 867     }
 868
 869     JPanel progressPanel;
 870     Long lId = new Long(id);
 871     GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 872     if (progressBars.get(lId) != null)
 873     {
 874       progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 875       statusPanel.remove(progressPanel);
 876       progressBars.remove(lId);
 877       progressPanel = null;
 878       if (message != null)
 879       {
 880         statusBar.setText(message);
 881       }
 882       if (progressBarHandlers.contains(lId))
 883       {
 884         progressBarHandlers.remove(lId);
 885       }
 886       layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 887     }
 888     else
 889     {
 890       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 891
 892       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 893       progressBar.setIndeterminate(true);
 894
 895       progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 896       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 897
 898       layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 899       statusPanel.add(progressPanel);
 900
 901       progressBars.put(lId, progressPanel);
 902     }
 903     // update GUI
 904     // setMenusForViewport();
 905     validate();
 906   }
 907
 908   @Override
 909   public void registerHandler(final long id,
 910           final IProgressIndicatorHandler handler)
 911   {
 912     if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 913     {
 914       throw new Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 915     }
 916     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 917     final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 918     if (handler.canCancel())
 919     {
 920       JButton cancel = new JButton(
 921               MessageManager.getString("action.cancel"));
 922       final IProgressIndicator us = this;
 923       cancel.addActionListener(new ActionListener()
 924       {
 925
 926         @Override
 927         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 928         {
 929           handler.cancelActivity(id);
 930           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params", new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 931         }
 932       });
 933       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 934     }
 935   }
 936
 937   /**
 938    *
 939    * @return true if any progress bars are still active
 940    */
 941   @Override
 942   public boolean operationInProgress()
 943   {
 944     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
 945     {
 946       return true;
 947     }
 948     return false;
 949   }
 950 }