src/jalview/gui/WsJobParameters.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Console;
  24 import jalview.gui.OptsAndParamsPage.OptionBox;
  25 import jalview.gui.OptsAndParamsPage.ParamBox;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27 import jalview.ws.api.UIinfo;
  28 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  29 import jalview.ws.params.OptionI;
  30 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  31 import jalview.ws.params.ParameterI;
  32 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  33 import java.awt.BorderLayout;
  34 import java.awt.Component;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.FlowLayout;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.GridBagConstraints;
  39 import java.awt.GridBagLayout;
  40 import java.awt.GridLayout;
  41 import java.awt.Rectangle;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.event.HierarchyBoundsListener;
  45 import java.awt.event.HierarchyEvent;
  46 import java.awt.event.ItemEvent;
  47 import java.awt.event.ItemListener;
  48 import java.util.Hashtable;
  49 import java.util.List;
  50 import java.util.Vector;
  51 import java.util.concurrent.CompletableFuture;
  52 import java.util.concurrent.CompletionStage;
  53
  54 import javax.swing.JButton;
  55 import javax.swing.JComboBox;
  56 import javax.swing.JDialog;
  57 import javax.swing.JFrame;
  58 import javax.swing.JLabel;
  59 import javax.swing.JPanel;
  60 import javax.swing.JScrollPane;
  61 import javax.swing.JTextArea;
  62 import javax.swing.WindowConstants;
  63 import javax.swing.border.TitledBorder;
  64 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  65 import javax.swing.event.DocumentListener;
  66
  67 import net.miginfocom.swing.MigLayout;
  68
  69 /**
  70  * job parameter editing/browsing dialog box. User can browse existing settings
  71  * (user + presets + Defaults), and any changes to parameters creates a modified
  72  * user parameter set. LOGIC: If the parameter set is modified, and its name is
  73  * a valid, non-existant user parameter set, then a save button is shown. If the
  74  * parameter set is modified and its name is a valid, extant user parameter set,
  75  * then an update button is shown. If user parameter set's name is edited, and
  76  * old name exists as a writable user parameter set, then rename button is
  77  * shown. If current parameter set is associated with a user defined parameter
  78  * set, then : if set is modifed, a 'revert' button is shown. if set is not
  79  * modified, a 'delete' button is shown.
  80  *
  81  * @author JimP
  82  *
  83  */
  84 public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
  85         ActionListener, DocumentListener, OptsParametersContainerI
  86 {
  87   private static final int PREFERRED_WIDTH = 540;
  88
  89   private static final int DEFAULT_HEIGHT = 640;
  90
  91   // the default parameter set shown to the user
  92   private static final String SVC_DEF = "Defaults";
  93
  94   private int maxOptWidth = 200;
  95
  96   // URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
  97
  98   // TODO ABSRACT FROM JABAWS CLASSES
  99
 100   // completion stage representing whether start was clicked
 101   private final CompletableFuture<Boolean> completionStage = new CompletableFuture<>();
 102
 103   /**
 104    * manager for options and parameters.
 105    */
 106   OptsAndParamsPage opanp;
 107
 108   /*
 109    * panel containing job options
 110    */
 111   JPanel optionsPanel = new JPanel();
 112
 113   /*
 114    * panel containing job parameters
 115    */
 116   JPanel paramsPanel = new JPanel();
 117
 118   JPanel setNamePanel = new JPanel();
 119
 120   JButton createpref = new JButton();
 121
 122   JButton deletepref = new JButton();
 123
 124   JButton revertpref = new JButton();
 125
 126   JButton updatepref = new JButton();
 127
 128   JComboBox<String> setName = new JComboBox<>();
 129
 130   JTextArea setDescr = new JTextArea();
 131
 132   JScrollPane paramPane = new JScrollPane();
 133
 134   JButton startjob = JvSwingUtils.makeButton(
 135           MessageManager.getString("action.start_job"),
 136           MessageManager.getString("label.start_job_current_settings"),
 137           this::startjob_actionPerformed);
 138   JButton canceljob = JvSwingUtils.makeButton(
 139           MessageManager.getString("action.cancel_job"),
 140           MessageManager.getString("label.cancel_job_close_dialog"),
 141           this::canceljob_actionPerformed);
 142
 143   ParamDatastoreI paramStore;
 144
 145   // set true when 'Start Job' is clicked
 146   boolean startJob = false;
 147
 148   JFrame frame = null;
 149
 150   UIinfo service;
 151
 152   /*
 153    * list of service presets in the gui
 154    */
 155   Hashtable<String, String> servicePresets = null;
 156
 157   /*
 158    * set if dialog is being set - so handlers will avoid spurious events
 159    */
 160   boolean settingDialog = false;
 161
 162   private Hashtable<Object, Object> modifiedElements = new Hashtable<>();
 163
 164   String lastParmSet = null;
 165
 166   public WsJobParameters(ParamDatastoreI store, WsParamSetI preset,
 167           List<ArgumentI> args)
 168   {
 169     super();
 170
 171     // parameters dialog in 'compact' format (help as tooltips)
 172     opanp = new OptsAndParamsPage(this, true);
 173     jbInit();
 174     this.paramStore = store;
 175     this.service = null;
 176     init(preset, args);
 177     validate();
 178   }
 179
 180   /**
 181    * Constructor given a set of parameters and presets, a service to be invoked,
 182    * and a list of (Jabaws client) arguments
 183    *
 184    * @param paramStorei
 185    * @param service
 186    * @param preset
 187    * @param jobArgset
 188    */
 189   public WsJobParameters(ParamDatastoreI paramStorei, UIinfo service,
 190           WsParamSetI preset, List<ArgumentI> jobArgset)
 191   {
 192     super();
 193     // parameters dialog in 'expanded' format (help text boxes)
 194     opanp = new OptsAndParamsPage(this, false);
 195     jbInit();
 196     this.paramStore = paramStorei;
 197     if (paramStore == null && service != null)
 198     {
 199       paramStore = service.getParamStore();
 200     }
 201     this.service = service;
 202     initForService(preset, jobArgset);
 203     validate();
 204   }
 205
 206
 207   /**
 208    * Shows a modal dialog containing the parameters and Start or Cancel options.
 209    * Answers true if the job is started, false if cancelled.
 210    *
 211    * @return
 212    */
 213   public CompletionStage<Boolean> showRunDialog()
 214   {
 215
 216     // Should JFrame hahve a parent of getDesktop ?
 217     frame = new JFrame();
 218     frame.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 219     if (service != null)
 220     {
 221       frame.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.edit_params_for",
 222               new String[] { service.getActionText() }));
 223     }
 224     Rectangle deskr = Desktop.getInstance().getBounds();
 225     Dimension pref = this.getPreferredSize();
 226     frame.setBounds(
 227             new Rectangle((int) (deskr.getCenterX() - pref.width / 2),
 228                     (int) (deskr.getCenterY() - pref.height / 2),
 229                     pref.width, pref.height));
 230     frame.setContentPane(this);
 231
 232     // should perhaps recover defaults from user prefs.
 233
 234     frame.validate();
 235     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 236     {
 237       @Override
 238       public void run()
 239       {
 240         // jobPanel.setDividerLocation(0.25);
 241
 242       }
 243     });
 244
 245     frame.setVisible(true);
 246
 247     return completionStage;
 248   }
 249
 250   private void jbInit()
 251   {
 252     this.addHierarchyBoundsListener(new HierarchyBoundsListener()
 253     {
 254
 255       @Override
 256       public void ancestorResized(HierarchyEvent arg0)
 257       {
 258         refreshParamLayout();
 259       }
 260
 261       @Override
 262       public void ancestorMoved(HierarchyEvent arg0)
 263       {
 264         // TODO Auto-generated method stub
 265
 266       }
 267     });
 268     updatepref = JvSwingUtils.makeButton(
 269             MessageManager.getString("action.update"),
 270             MessageManager.getString("label.update_user_parameter_set"),
 271             this::update_actionPerformed);
 272     deletepref = JvSwingUtils.makeButton(
 273             MessageManager.getString("action.delete"),
 274             MessageManager.getString("label.delete_user_parameter_set"),
 275             this::delete_actionPerformed);
 276     createpref = JvSwingUtils.makeButton(
 277             MessageManager.getString("action.create"),
 278             MessageManager.getString("label.create_user_parameter_set"),
 279             this::create_actionPerformed);
 280     revertpref = JvSwingUtils.makeButton(
 281             MessageManager.getString("action.revert"),
 282             MessageManager
 283                     .getString("label.revert_changes_user_parameter_set"),
 284             this::revert_actionPerformed);
 285
 286
 287     JPanel setDetails = new JPanel();
 288     setDetails.setBorder(
 289             new TitledBorder(MessageManager.getString("label.details")));
 290     setDetails.setLayout(new BorderLayout());
 291     setDescr.setColumns(40);
 292     setDescr.setWrapStyleWord(true);
 293     setDescr.setLineWrap(true);
 294     setDescr.setBackground(getBackground());
 295     setDescr.setEditable(true);
 296     setDescr.getDocument().addDocumentListener(this);
 297     setDescr.setToolTipText(
 298             MessageManager.getString("label.edit_notes_parameter_set"));
 299     JScrollPane setDescrView = new JScrollPane();
 300     setDescrView.getViewport().setView(setDescr);
 301     setName.setEditable(true);
 302     setName.addItemListener(this);
 303     setName.getEditor().addActionListener(this);
 304     JPanel setNameInfo = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 305     GridBagLayout gbl = new GridBagLayout();
 306     setNamePanel.setLayout(gbl);
 307
 308     JLabel setNameLabel = new JLabel(
 309             MessageManager.getString("label.current_parameter_set_name"));
 310     setNameLabel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 311
 312     setNameInfo.add(setNameLabel);
 313     setNameInfo.add(setName);
 314
 315     // initial button visibility
 316     updatepref.setVisible(false);
 317     deletepref.setVisible(false);
 318     revertpref.setVisible(false);
 319     createpref.setVisible(false);
 320     JPanel setsavebuts = new JPanel();
 321     setsavebuts.setLayout(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT, 10, 0)); // GridLayout(1,2));
 322     JPanel spacer = new JPanel();
 323     spacer.setPreferredSize(new Dimension(2, 30));
 324     setsavebuts.add(spacer);
 325     setsavebuts.add(deletepref);
 326     setsavebuts.add(revertpref);
 327     setsavebuts.add(createpref);
 328     setsavebuts.add(updatepref);
 329     // setsavebuts.setSize(new Dimension(150, 30));
 330     JPanel buttonArea = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
 331     buttonArea.add(setsavebuts);
 332     setNamePanel.add(setNameInfo);
 333     GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
 334     gbc.gridheight = 2;
 335     gbl.setConstraints(setNameInfo, gbc);
 336     setNamePanel.add(buttonArea);
 337     gbc = new GridBagConstraints();
 338     gbc.gridx = 0;
 339     gbc.gridy = 2;
 340     gbc.gridheight = 1;
 341     gbl.setConstraints(buttonArea, gbc);
 342     setDetails.add(setDescrView, BorderLayout.CENTER);
 343
 344     // paramPane.setPreferredSize(new Dimension(360, 400));
 345     // paramPane.setPreferredSize(null);
 346     optionsPanel.setBorder(
 347             new TitledBorder(MessageManager.getString("label.options")));
 348     optionsPanel.setOpaque(true);
 349     paramsPanel.setBorder(
 350             new TitledBorder(MessageManager.getString("label.parameters")));
 351     paramsPanel.setOpaque(true);
 352     // optsAndparams.setScrollableWidth(ScrollableSizeHint.FIT);
 353     // optsAndparams.setScrollableHeight(ScrollableSizeHint.NONE);
 354     // optsAndparams.setLayout(new BorderLayout());
 355     JPanel optsAndparams = new JPanel();
 356     optsAndparams.setLayout(new BorderLayout());
 357     optsAndparams.add(optionsPanel, BorderLayout.NORTH);
 358     optsAndparams.add(paramsPanel, BorderLayout.CENTER);
 359     JPanel jp = new JPanel(new BorderLayout());
 360     jp.add(optsAndparams, BorderLayout.CENTER);
 361     paramPane.getViewport().setView(jp);
 362     paramPane.setBorder(null);
 363     setLayout(new BorderLayout());
 364     JPanel jobPanel = new JPanel();
 365     jobPanel.setPreferredSize(null);
 366     jobPanel.setLayout(new BorderLayout());
 367     jobPanel.add(setDetails, BorderLayout.NORTH);
 368     jobPanel.add(paramPane, BorderLayout.CENTER);
 369     // jobPanel.setOrientation(JSplitPane.VERTICAL_SPLIT);
 370
 371     add(setNamePanel, BorderLayout.NORTH);
 372     add(jobPanel, BorderLayout.CENTER);
 373
 374     JPanel dialogpanel = new JPanel();
 375     dialogpanel.add(startjob);
 376     dialogpanel.add(canceljob);
 377     // JAL-1580: setMaximumSize() doesn't work, so just size for the worst case:
 378     // check for null is for JUnit usage
 379     final int windowHeight = Desktop.getInstance() == null ? DEFAULT_HEIGHT
 380             : Desktop.getInstance().getHeight();
 381     setPreferredSize(new Dimension(540, windowHeight));
 382     add(dialogpanel, BorderLayout.SOUTH);
 383     validate();
 384   }
 385
 386   protected void revert_actionPerformed(ActionEvent e)
 387   {
 388     reInitDialog(lastParmSet);
 389     updateWebServiceMenus();
 390   }
 391
 392   protected void update_actionPerformed(ActionEvent e)
 393   {
 394     if (isUserPreset)
 395     {
 396       String curname = ((String) setName.getSelectedItem()).trim();
 397       _updatePreset(lastParmSet, curname);
 398       lastParmSet = curname;
 399       isUserPreset = true;
 400       initArgSetModified();
 401       syncSetNamesWithStore();
 402     }
 403   }
 404
 405   private void _deleteUserPreset(String lastParmSet2)
 406   {
 407     paramStore.deletePreset(lastParmSet2);
 408   }
 409
 410   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)
 411   {
 412     if (isUserPreset)
 413     {
 414       // delete current preset's saved entry
 415       _deleteUserPreset(lastParmSet);
 416     }
 417     reInitDialog(null); // service default
 418     updateWebServiceMenus();
 419   }
 420
 421   protected void create_actionPerformed(ActionEvent e)
 422   {
 423     String curname = ((String) setName.getSelectedItem()).trim();
 424     if (curname.length() > 0)
 425     {
 426       _storeCurrentPreset(curname);
 427       lastParmSet = curname;
 428       isUserPreset = true;
 429       reInitDialog(curname);
 430       initArgSetModified();
 431       updateWebServiceMenus();
 432     }
 433     else
 434     {
 435       // TODO: show warning
 436       System.err.println("Invalid name. Not saved.");
 437     }
 438   }
 439
 440   protected void canceljob_actionPerformed(ActionEvent e)
 441   {
 442     startJob = false;
 443     if (frame != null)
 444     {
 445       frame.setVisible(false);
 446     }
 447     completionStage.complete(false);
 448   }
 449
 450   protected void startjob_actionPerformed(ActionEvent e)
 451   {
 452     startJob = true;
 453     if (frame != null)
 454     {
 455       frame.setVisible(false);
 456     }
 457     completionStage.complete(true);
 458   }
 459
 460   void initForService(WsParamSetI paramSet, List<ArgumentI> jobArgset)
 461   {
 462     settingDialog = true;
 463
 464     init(paramSet, jobArgset);
 465
 466   }
 467
 468   void init(WsParamSetI p, List<ArgumentI> jobArgset)
 469   {
 470     Hashtable<String, String> exnames = new Hashtable<>();
 471     for (int i = 0, iSize = setName.getItemCount(); i < iSize; i++)
 472     {
 473       exnames.put(setName.getItemAt(i), setName.getItemAt(i));
 474     }
 475     servicePresets = new Hashtable<>();
 476     // Add the default entry - if not present already.
 477     if (!exnames.contains(SVC_DEF))
 478     {
 479       setName.addItem(SVC_DEF);
 480       exnames.put(SVC_DEF, SVC_DEF);
 481       servicePresets.put(SVC_DEF, SVC_DEF);
 482     }
 483     // String curname = (p == null ? "" : p.getName());
 484     for (WsParamSetI pr : paramStore.getPresets())
 485     {
 486       if (!pr.isModifiable())
 487       {
 488         servicePresets.put(pr.getName(), "preset");
 489       }
 490       else
 491       {
 492       }
 493       if (!exnames.contains(pr.getName()))
 494       {
 495         setName.addItem(pr.getName());
 496       }
 497     }
 498     // TODO: if initial jobArgset matches a given user setting or preset then
 499     // should recover setting accordingly
 500     // updateTable(p, jobArgset);
 501     if (p != null)
 502     {
 503       reInitDialog(p.getName());
 504       initArgSetModified();
 505     }
 506     else
 507     {
 508       if (jobArgset != null && jobArgset.size() > 0)
 509       {
 510         curSetName = "Supplied Settings";
 511         isUserPreset = false;
 512         updateTable(p, jobArgset);
 513         setName.setSelectedItem(curSetName);
 514         updateButtonDisplay();
 515       }
 516       else
 517       {
 518         curSetName = null;
 519         reInitDialog(null);
 520       }
 521     }
 522     settingDialog = false;
 523
 524   }
 525
 526   private void updateTable(WsParamSetI p, List<ArgumentI> jobArgset)
 527   {
 528     boolean setDefaultParams = false;
 529     if (lastParmSet == null)
 530     {
 531       isUserPreset = false;
 532       // First call - so provide Service default settings
 533       setName.setSelectedItem(lastSetName = SVC_DEF);
 534     }
 535     if (p == null && SVC_DEF.equals("" + setName.getSelectedItem()))
 536     {
 537       // indicate that service defaults should be set if available
 538       setDefaultParams = true;
 539     }
 540     // populate table from default parameter set.
 541     List<ArgumentI> args = paramStore.getServiceParameters();
 542
 543     // split to params and required arguments
 544     {
 545       int cw = 0;
 546       boolean optset = false;
 547       for (ArgumentI myarg : args)
 548       {
 549         // Ideally, Argument would implement isRequired !
 550         if (myarg instanceof ParameterI)
 551         {
 552           ParameterI parm = (ParameterI) myarg;
 553           opanp.addParameter(parm).validate();
 554         }
 555         else
 556         {
 557           if (myarg instanceof OptionI)
 558           {
 559             OptionI opt = (OptionI) myarg;
 560             OptionBox ob = opanp.addOption(opt);
 561             ob.resetToDefault(setDefaultParams);
 562             if (maxOptWidth < ob.getPreferredSize().width)
 563             {
 564               maxOptWidth = ob.getPreferredSize().width;
 565             }
 566             ob.validate();
 567             cw += ob.getPreferredSize().width + 5;
 568           }
 569           else
 570           {
 571             System.err.println("Ignoring unknown service argument type "
 572                     + myarg.getClass().getName());
 573           }
 574         }
 575       }
 576       args = null; // no more args to process.
 577     }
 578     if (p != null)
 579     {
 580       isUserPreset = false;
 581       // initialise setname
 582       setName.setSelectedItem(lastSetName = p.getName());
 583       setDescr.setText(lastDescrText = p.getDescription());
 584       // TODO - URL link
 585       try
 586       {
 587         args = p.getArguments();
 588       } catch (Exception e)
 589       {
 590         e.printStackTrace();
 591       }
 592       // TODO: check if args should be unselected prior to resetting using the
 593       // preset
 594     }
 595
 596     if (jobArgset != null)
 597     {
 598       argSetModified(jobArgset, true);
 599       args = jobArgset;
 600     }
 601     // get setargs from current object
 602     if (args != null)
 603     {
 604       for (ArgumentI arg : args)
 605       {
 606         if (arg instanceof ParameterI)
 607         {
 608           opanp.setParameter((ParameterI) arg);
 609         }
 610         else
 611         {
 612           if (arg instanceof OptionI)
 613           {
 614             // System.out.println("Setting option "
 615             // + System.identityHashCode(arg) + ":" + arg.getName()
 616             // + " with " + arg.getDefaultValue());
 617             opanp.selectOption((OptionI) arg, arg.getValue());
 618           }
 619         }
 620
 621       }
 622     }
 623
 624     refreshParamLayout();
 625     revalidate();
 626   }
 627
 628   private boolean isModified()
 629   {
 630     return modifiedElements.size() > 0;
 631   }
 632
 633
 634   /**
 635    * reset gui and modification state settings
 636    */
 637   private void initArgSetModified()
 638   {
 639     curSetName = null;
 640     modifiedElements.clear();
 641     updateButtonDisplay();
 642   }
 643
 644   private void updateButtonDisplay()
 645   {
 646     boolean _update = false, _create = false, _delete = false,
 647             _revert = false;
 648     if (modifiedElements.size() > 0)
 649     {
 650       // set modified
 651       _revert = true;
 652       _update = isUserPreset; // can only update user presets
 653       if (!isUserPreset || modifiedElements.containsKey(setName))
 654       {
 655         // name modified - can create new preset
 656         _create = true;
 657       }
 658     }
 659     else
 660     {
 661       // set unmodified
 662     }
 663     // can still delete a user preset
 664     _delete = isUserPreset;
 665
 666     createpref.setVisible(_create);
 667     updatepref.setVisible(_update);
 668     deletepref.setVisible(_delete);
 669     revertpref.setVisible(_revert);
 670     validate();
 671   }
 672
 673   @Override
 674   public void argSetModified(Object modifiedElement, boolean b)
 675   {
 676     if (settingDialog)
 677     {
 678       return;
 679     }
 680     if (!b)
 681     {
 682       modifiedElements.remove(modifiedElement);
 683     }
 684     else
 685     {
 686       if (b && modifiedElement == setName
 687               && modifiedElements.contains(modifiedElement))
 688       {
 689         // HACK! prevents iteration on makeSetNameValid
 690         b = false;
 691       }
 692       modifiedElements.put(modifiedElement, modifiedElement);
 693     }
 694     // set mod status based on presence of elements in table
 695     if (b && modifiedElements.size() > 0)
 696     {
 697       makeSetNameValid(!isUserPreset);
 698       setNamePanel.revalidate();
 699     }
 700     updateButtonDisplay();
 701   }
 702
 703   private boolean isServicePreset(String selectedItem)
 704   {
 705     return selectedItem.equals(SVC_DEF)
 706             || servicePresets.containsKey(selectedItem);
 707   }
 708
 709   /**
 710    * check if the current set name is a valid set name for saving, if not, then
 711    * fix it.
 712    */
 713   private void makeSetNameValid(boolean newuserset)
 714   {
 715     boolean stn = settingDialog;
 716     boolean renamed = false;
 717     settingDialog = true;
 718     String nm = (curSetName != null ? curSetName
 719             : (String) setName.getSelectedItem());
 720     // check if the name is reserved - if it is, rename it.
 721     if (isServicePreset(nm))
 722     {
 723       nm = "User " + nm;
 724       renamed = true;
 725     }
 726     String tnm = nm;
 727     if (newuserset)
 728     {
 729       int i = 0;
 730       while (paramStore.getPreset(tnm) != null)
 731       {
 732         tnm = nm + " (" + (++i) + ")";
 733         renamed = true;
 734       }
 735       if (i > 0)
 736       {
 737         nm = tnm;
 738       }
 739     }
 740
 741     boolean makeupdate = false;
 742     // sync the gui with the preset database
 743     for (int i = 0, iS = setName.getItemCount(); i < iS; i++)
 744     {
 745       String snm = setName.getItemAt(i);
 746       if (snm.equals(nm))
 747       {
 748         makeupdate = true;
 749         // setName.setSelectedIndex(i);
 750       }
 751     }
 752     if (!makeupdate)
 753     {
 754       setName.addItem(curSetName = nm);
 755       setName.setSelectedItem(curSetName);
 756     }
 757     if (renamed)
 758     {
 759       settingDialog = false; // we need this name change to be registered.
 760       argSetModified(setName, renamed);
 761     }
 762     settingDialog = stn;
 763   }
 764
 765   /**
 766    * Rebuilds the Options and Parameters panels
 767    */
 768   @Override
 769   public void refreshParamLayout()
 770   {
 771     final int rightMargin = 40;
 772     final int availableWidth = paramPane.getViewport().getSize().width
 773             - rightMargin
 774             - optionsPanel.getBorder().getBorderInsets(optionsPanel).left
 775             + optionsPanel.getBorder().getBorderInsets(optionsPanel).right;
 776
 777     if (opanp.getOptSet().size() > 0)
 778     {
 779       int hgap = 5;
 780       int currentWidth = hgap;
 781
 782       /*
 783        * layout constraint 'nogrid' prevents vertical column alignment,
 784        * allowing controls to flow without extra space inserted to align
 785        */
 786       optionsPanel.setLayout(new MigLayout("nogrid", "", ""));
 787       optionsPanel.removeAll();
 788       JPanel lastAdded = null;
 789
 790       /*
 791        * add each control in turn; if adding would overflow the right margin,
 792        * remove and re-add the previous parameter with "wrap" (after)
 793        * in order to start a new row
 794        */
 795       for (OptionBox pbox : opanp.getOptSet().values())
 796       {
 797         pbox.validate();
 798         int boxWidth = pbox.getSize().width;
 799         currentWidth += boxWidth + hgap;
 800         boolean wrapAfterLast = currentWidth > availableWidth
 801                 && lastAdded != null;
 802         // System.out.println(String.format(
 803         // "%s width=%d, paneWidth=%d, currentWidth=%d, wrapAfterLast=%s",
 804         // pbox.toString(), boxWidth, panewidth, currentWidth,
 805         // wrapAfterLast));
 806         if (wrapAfterLast)
 807         {
 808           optionsPanel.remove(lastAdded);
 809           optionsPanel.add(lastAdded, "wrap");
 810           currentWidth = hgap + boxWidth;
 811         }
 812         optionsPanel.add(pbox);
 813         lastAdded = pbox;
 814       }
 815       optionsPanel.revalidate();
 816     }
 817     else
 818     {
 819       optionsPanel.setVisible(false);
 820     }
 821
 822     if (opanp.getParamSet().size() > 0)
 823     {
 824       paramsPanel.removeAll();
 825       paramsPanel.setLayout(new MigLayout("", "", ""));
 826       int hgap = 5;
 827       int currentWidth = hgap;
 828
 829       JPanel lastAdded = null;
 830       for (ParamBox pbox : opanp.getParamSet().values())
 831       {
 832         pbox.validate();
 833         int boxWidth = pbox.getSize().width;
 834         currentWidth += boxWidth + hgap;
 835         boolean wrapAfterLast = currentWidth > availableWidth
 836                 && lastAdded != null;
 837         if (wrapAfterLast)
 838         {
 839           paramsPanel.remove(lastAdded);
 840           paramsPanel.add(lastAdded, "wrap");
 841           currentWidth = pbox.getSize().width + hgap;
 842         }
 843         paramsPanel.add(pbox);
 844         lastAdded = pbox;
 845       }
 846
 847       /*
 848        * s = 2 * sep; for (ParamBox pbox : opanp.getParamSet().values()) {
 849        * pbox.validate(); s += sep +
 850        * pbox.getPreferredSize().height+pbox.getBorder
 851        * ().getBorderInsets(pbox).bottom; }
 852        *
 853        * // paramList.setPreferredSize(new Dimension(w, s));
 854        * os+=s+2*sep+paramList
 855        * .getBorder().getBorderInsets(paramList).bottom+paramList
 856        * .getBorder().getBorderInsets(paramList).top;
 857        */
 858       paramsPanel.revalidate();
 859     }
 860     else
 861     {
 862       paramsPanel.setVisible(false);
 863     }
 864     // TODO: waste some time trying to eliminate any unnecessary .validate calls
 865     // here
 866     // System.out.println("Size will be : "+w+","+os);
 867     // optsAndparams.setPreferredSize(null);
 868     // paramPane.getViewport().setView(optsAndparams);
 869     paramPane.getViewport().setAutoscrolls(true);
 870     paramPane.revalidate();
 871     revalidate();
 872   }
 873
 874
 875   public boolean isServiceDefaults()
 876   {
 877     return (!isModified()
 878             && (lastParmSet != null && lastParmSet.equals(SVC_DEF)));
 879   }
 880
 881   public List<ArgumentI> getJobParams()
 882   {
 883     return opanp.getCurrentSettings();
 884   }
 885
 886
 887   /*
 888    * Hashtable<String, Object[]> editedParams = new Hashtable<String,
 889    * Object[]>();
 890    *
 891    * store the given parameters in the user parameter set database.
 892    *
 893    * @param storeSetName - lastParmSet
 894    *
 895    * @param descr - setDescr.getText()
 896    *
 897    * @param jobParams - getJobParams()
 898    *
 899    * private void _storeUserPreset(String storeSetName, String descr,
 900    * List<ArgumentI> jobParams) { // this is a simple hash store. Object[] pset;
 901    * editedParams.put(storeSetName, pset = new Object[3]); pset[0] =
 902    * storeSetName; pset[1] = descr; pset[2] = jobParams; // writeParam("Saving "
 903    * + storeSetName + ": ", jobParams); }
 904    *
 905    * private void writeParam(String nm, List<ArgumentI> params) { for (ArgumentI
 906    * p : params) { System.out.println(nm + ":" + System.identityHashCode(p) +
 907    * " Name: " + p.getName() + " Value: " + p.getDefaultValue()); } }
 908    *
 909    * private Object[] _getUserPreset(String setName) { Object[] pset =
 910    * editedParams.get(setName); // if (pset != null) // writeParam("Retrieving "
 911    * + setName + ": ", (List<Argument>) pset[2]); return pset; }
 912    *
 913    * * remove the given user preset from the preset stash
 914    *
 915    * @param setName
 916    *
 917    * private void _deleteUserPreset(String setName) {
 918    * editedParams.remove(setName); }
 919    */
 920
 921   private void syncSetNamesWithStore()
 922   {
 923     int n = 0;
 924     // remove any set names in the drop down menu that aren't either a reserved
 925     // setting, or a user defined or service preset.
 926     Vector<String> items = new Vector<>();
 927     while (n < setName.getItemCount())
 928     {
 929       String item = setName.getItemAt(n);
 930       if (!item.equals(SVC_DEF) && !paramStore.presetExists(item))
 931       {
 932         setName.removeItemAt(n);
 933       }
 934       else
 935       {
 936         items.addElement(item);
 937         n++;
 938       }
 939     }
 940     if (!items.contains(SVC_DEF))
 941     {
 942       setName.addItem(SVC_DEF);
 943     }
 944     for (WsParamSetI upn : paramStore.getPresets())
 945     {
 946       if (!items.contains(upn.getName()))
 947       {
 948         setName.addItem(upn.getName());
 949       }
 950     }
 951   }
 952
 953   /**
 954    * true if lastParmSet is a user preset
 955    */
 956   boolean isUserPreset = false;
 957
 958   private void reInitDialog(String nextPreset)
 959   {
 960     settingDialog = true;
 961     // updateTable(null,null); // first reset to defaults
 962     WsParamSetI pset = null;
 963     if (nextPreset != null && nextPreset.length() > 0)
 964     {
 965       pset = paramStore.getPreset(nextPreset);
 966     }
 967     if (pset != null)
 968     {
 969       if (pset.isModifiable())
 970       {
 971         isUserPreset = true;
 972         setDescr.setText(pset.getDescription());
 973         updateTable(null, pset.getArguments());
 974         lastParmSet = nextPreset;
 975       }
 976       else
 977       {
 978         isUserPreset = false;
 979         setDescr.setText("");
 980         // must be a default preset from service
 981         updateTable(pset, null);
 982         lastParmSet = nextPreset;
 983       }
 984     }
 985     else
 986     {
 987       isUserPreset = false;
 988       // Service defaults
 989       setDescr.setText("");
 990       updateTable(null, null);
 991       lastParmSet = SVC_DEF;
 992     }
 993
 994     initArgSetModified();
 995     syncSetNamesWithStore();
 996     setName.setSelectedItem(lastParmSet);
 997     setNamePanel.validate();
 998     validate();
 999     settingDialog = false;
1000   }
1001
1002   /**
1003    * Rebuild the AlignFrame web service menus (after add/delete of a preset
1004    * option).
1005    */
1006   protected void updateWebServiceMenus()
1007   {
1008     if (Desktop.getInstance() == null)
1009     {
1010       return;
1011     }
1012     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1013     {
1014       alignFrame.buildWebServicesMenu();
1015     }
1016   }
1017
1018   String curSetName = null;
1019
1020   @Override
1021   public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1022   {
1023     if (e.getSource() == setName
1024             && e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED)
1025     {
1026       final String setname = (String) setName.getSelectedItem();
1027       if (Console.isDebugEnabled())
1028       {
1029         Console.debug("Item state changed for " + setname + " (handling ? "
1030                 + !settingDialog + ")");
1031       }
1032       if (settingDialog)
1033       {
1034         // ignore event
1035         return;
1036       }
1037       if (setname == null)
1038       {
1039         return;
1040       }
1041       javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
1042       {
1043         @Override
1044         public void run()
1045         {
1046           doPreferenceComboStateChange(setname);
1047         }
1048       });
1049     }
1050   }
1051
1052   private void doPreferenceComboStateChange(String setname)
1053   {
1054     // user has selected a different item from combo-box
1055     if (isModified())
1056     {
1057       String lsetname = (curSetName != null) ? curSetName : lastParmSet;
1058       if (lsetname.equals(setname))
1059       {
1060         // setname was just edited - so ignore this event.
1061         return;
1062       }
1063       settingDialog = true;
1064       System.out.println("Prompting to save " + lsetname);
1065       if (JvOptionPane.showConfirmDialog(this, "Parameter set '" + lsetname
1066               + "' is modifed, and your changes will be lost.\nReally change preset ?",
1067               "Warning: Unsaved Changes",
1068               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION) != JvOptionPane.OK_OPTION)
1069       {
1070         // revert the combobox to the current item
1071         settingDialog = true;
1072         setName.setSelectedItem(lsetname);
1073         settingDialog = false;
1074         // and leave.
1075         return;
1076         // System.out.println("Saving for " + lsetname);
1077         // _storeCurrentPreset(lsetname);
1078
1079       }
1080     }
1081     settingDialog = true;
1082     reInitDialog(setname);
1083     settingDialog = false;
1084
1085   }
1086
1087   /**
1088    * store current settings as given name. You should then reset gui.
1089    *
1090    * @param curSetName2
1091    */
1092   private void _storeCurrentPreset(String curSetName2)
1093   {
1094     paramStore.storePreset(curSetName2, setDescr.getText(), getJobParams());
1095   }
1096
1097   private void _updatePreset(String lastParmSet2, String curname)
1098   {
1099     paramStore.updatePreset(lastParmSet2, curname, setDescr.getText(),
1100             getJobParams());
1101
1102   }
1103
1104   /**
1105    * last saved name for this user preset
1106    */
1107   String lastSetName = null;
1108
1109   /**
1110    * last saved value of the description text for this user preset
1111    */
1112   String lastDescrText = null;
1113
1114   @Override
1115   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1116   {
1117     if (e.getSource() instanceof Component)
1118     {
1119       Component src = (Component) e.getSource();
1120       if (src.getParent() == setName)
1121       {
1122         // rename any existing records we know about for this set.
1123         String newname = e.getActionCommand().trim();
1124         String msg = null;
1125         if (isServicePreset(newname))
1126         {
1127           final String oldname = curSetName != null ? curSetName
1128                   : lastParmSet;
1129           final Component ourframe = this;
1130           settingDialog = true;
1131           setName.getEditor().setItem(oldname);
1132           settingDialog = false;
1133           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
1134           {
1135             @Override
1136             public void run()
1137             {
1138               JvOptionPane.showMessageDialog(ourframe,
1139                       MessageManager.getString(
1140                               "label.invalid_name_preset_exists"),
1141                       MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1142                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1143             }
1144           });
1145
1146           return;
1147         }
1148         curSetName = newname;
1149         System.err.println("New name for user setting " + curSetName
1150                 + " (was " + setName.getSelectedItem() + ")");
1151         if (curSetName.equals(setName.getSelectedItem()))
1152         {
1153           curSetName = null;
1154         }
1155         if (curSetName != null)
1156         {
1157           argSetModified(setName, true);
1158           return;
1159         }
1160
1161       }
1162     }
1163   }
1164
1165   private void checkDescrModified()
1166   {
1167     if (!settingDialog)
1168     {
1169
1170       argSetModified(setDescr,
1171               (lastDescrText == null
1172                       ? setDescr.getText().trim().length() > 0
1173                       : !setDescr.getText().equals(lastDescrText)));
1174
1175     }
1176   }
1177
1178   @Override
1179   public void insertUpdate(DocumentEvent e)
1180   {
1181     checkDescrModified();
1182   }
1183
1184   @Override
1185   public void removeUpdate(DocumentEvent e)
1186   {
1187     checkDescrModified();
1188   }
1189
1190   @Override
1191   public void changedUpdate(DocumentEvent e)
1192   {
1193     checkDescrModified();
1194   }
1195
1196   /**
1197    *
1198    * @return null or the service preset selected by the user
1199    */
1200   public WsParamSetI getPreset()
1201   {
1202     if (isUserPreset || isModified()
1203             || (lastParmSet != null && lastParmSet.equals(SVC_DEF)))
1204     {
1205       return null;
1206     }
1207     else
1208     {
1209       return paramStore.getPreset(lastParmSet);
1210     }
1211   }
1212 }