src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.*;
  24
  25 /**
  26  * DOCUMENT ME!
  27  *
  28  * @author $author$
  29  * @version $Revision$
  30  */
  31 public class IdentifyFile
  32 {
  33   /**
  34    * Identify a datasource's file content.
  35    *
  36    * @note Do not use this method for stream sources - create a FileParse object
  37    *       instead.
  38    *
  39    * @param file
  40    *          DOCUMENT ME!
  41    * @param protocol
  42    *          DOCUMENT ME!
  43    * @return ID String
  44    */
  45   public String Identify(String file, String protocol)
  46   {
  47     String emessage = "UNIDENTIFIED FILE PARSING ERROR";
  48     FileParse parser = null;
  49     try
  50     {
  51       parser = new FileParse(file, protocol);
  52       if (parser.isValid())
  53       {
  54         return Identify(parser);
  55       }
  56     } catch (Exception e)
  57     {
  58       System.err.println("Error whilst identifying");
  59       e.printStackTrace(System.err);
  60       emessage = e.getMessage();
  61     }
  62     if (parser != null)
  63       return parser.errormessage;
  64     return emessage;
  65   }
  66
  67   public String Identify(FileParse source)
  68   {
  69     return Identify(source, true); // preserves original behaviour prior to
  70     // version 2.3
  71   }
  72
  73   /**
  74    * Identify contents of source, closing it or resetting source to start
  75    * afterwards.
  76    *
  77    * @param source
  78    * @param closeSource
  79    * @return filetype string
  80    */
  81   public String Identify(FileParse source, boolean closeSource)
  82   {
  83     String reply = "PFAM";
  84     String data;
  85     int length = 0;
  86     boolean lineswereskipped = false;
  87     boolean isBinary = false; // true if length is non-zero and non-printable
  88     // characters are encountered
  89     try
  90     {
  91       if (!closeSource)
  92       {
  93         source.mark();
  94       }
  95       while ((data = source.nextLine()) != null)
  96       {
  97         length += data.length();
  98         if (!lineswereskipped)
  99         {
 100           for (int i = 0; !isBinary && i < data.length(); i++)
 101           {
 102             char c = data.charAt(i);
 103             isBinary = (c < 32 && c != '\t' && c != '\n' && c != '\r'
 104                     && c != 5 && c != 27); // nominal binary character filter
 105             // excluding CR, LF, tab,DEL and ^E
 106             // for certain blast ids
 107           }
 108         }
 109         if (isBinary)
 110         {
 111           // jar files are special - since they contain all sorts of random
 112           // characters.
 113           if (source.inFile != null)
 114           {
 115             String fileStr = source.inFile.getName();
 116             // possibly a Jalview archive.
 117             if (fileStr.lastIndexOf(".jar") > -1
 118                     || fileStr.lastIndexOf(".zip") > -1)
 119             {
 120               reply = "Jalview";
 121             }
 122           }
 123           if (!lineswereskipped && data.startsWith("PK"))
 124           {
 125             reply = "Jalview"; // archive.
 126             break;
 127           }
 128         }
 129         data = data.toUpperCase();
 130
 131         if ((data.indexOf("# STOCKHOLM") > -1))
 132         {
 133           reply = "STH";
 134
 135           break;
 136         }
 137
 138         if ((data.indexOf("<") > -1))
 139         {
 140           reply = "RNAML";
 141
 142           break;
 143         }
 144
 145         if ((data.length() < 1) || (data.indexOf("#") == 0))
 146         {
 147           lineswereskipped = true;
 148           continue;
 149         }
 150
 151         if (data.indexOf("PILEUP") > -1)
 152         {
 153           reply = "PileUp";
 154
 155           break;
 156         }
 157
 158         if ((data.indexOf("//") == 0)
 159                 || ((data.indexOf("!!") > -1) && (data.indexOf("!!") < data
 160                         .indexOf("_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))
 161         {
 162           reply = "MSF";
 163
 164           break;
 165         }
 166         else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)
 167         {
 168           reply = "CLUSTAL";
 169
 170           break;
 171         }
 172
 173         else if (data.indexOf(">") > -1)
 174         {
 175           // FASTA, PIR file or BLC file
 176           boolean checkPIR = false, starterm = false;
 177           if ((data.indexOf(">P1;") > -1) || (data.indexOf(">DL;") > -1))
 178           {
 179             // watch for PIR file attributes
 180             checkPIR = true;
 181             reply = "PIR";
 182           }
 183           // could also be BLC file, read next line to confirm
 184           data = source.nextLine();
 185
 186           if (data.indexOf(">") > -1)
 187           {
 188             reply = "BLC";
 189           }
 190           else
 191           {
 192             // Is this a single line BLC file?
 193             String data1 = source.nextLine();
 194             String data2 = source.nextLine();
 195             int c1;
 196             if (checkPIR)
 197             {
 198               starterm = (data1 != null && data1.indexOf("*") > -1)
 199                       || (data2 != null && data2.indexOf("*") > -1);
 200             }
 201             if (data2 != null && (c1 = data.indexOf("*")) > -1)
 202             {
 203               if (c1 == 0 && c1 == data2.indexOf("*"))
 204               {
 205                 reply = "BLC";
 206               }
 207               else
 208               {
 209                 reply = "FASTA"; // possibly a bad choice - may be recognised as
 210                                  // PIR
 211               }
 212               // otherwise can still possibly be a PIR file
 213             }
 214             else
 215             {
 216               reply = "FASTA";
 217               // TODO : AMSA File is indicated if there is annotation in the
 218               // FASTA file - but FASTA will automatically generate this at the
 219               // mo.
 220               if (!checkPIR)
 221               {
 222                 break;
 223               }
 224             }
 225           }
 226           // final check for PIR content. require
 227           // >P1;title\n<blah>\nterminated sequence to occur at least once.
 228
 229           // TODO the PIR/fasta ambiguity may be the use case that is needed to
 230           // have
 231           // a 'Parse as type XXX' parameter for the applet/application.
 232           if (checkPIR)
 233           {
 234             String dta = null;
 235             if (!starterm)
 236             {
 237               do
 238               {
 239                 try
 240                 {
 241                   dta = source.nextLine();
 242                 } catch (IOException ex)
 243                 {
 244                 }
 245                 ;
 246                 if (dta != null && dta.indexOf("*") > -1)
 247                 {
 248                   starterm = true;
 249                 }
 250               } while (dta != null && !starterm);
 251             }
 252             if (starterm)
 253             {
 254               reply = "PIR";
 255               break;
 256             }
 257             else
 258             {
 259               reply = "FASTA"; // probably a bad choice!
 260             }
 261           }
 262           // read as a FASTA (probably)
 263           break;
 264         }
 265         else if (data.indexOf("HEADER") == 0 || data.indexOf("ATOM") == 0)
 266         {
 267           reply = "PDB";
 268           break;
 269         }
 270         /*
 271          * // TODO comment out SimpleBLAST identification for Jalview 2.4.1 else
 272          * if (!lineswereskipped && data.indexOf("BLAST")<4) { reply =
 273          * "SimpleBLAST"; break;
 274          *
 275          * } // end comments for Jalview 2.4.1
 276          */
 277         else if (!lineswereskipped && data.charAt(0) != '*'
 278                 && data.charAt(0) != ' '
 279                 && data.indexOf(":") < data.indexOf(",")) // &&
 280         // data.indexOf(",")<data.indexOf(",",
 281         // data.indexOf(",")))
 282         {
 283           // file looks like a concise JNet file
 284           reply = "JnetFile";
 285           break;
 286         }
 287
 288         lineswereskipped = true; // this means there was some junk before any
 289         // key file signature
 290       }
 291       if (closeSource)
 292       {
 293         source.close();
 294       }
 295       else
 296       {
 297         source.reset(); // so the file can be parsed from the beginning again.
 298       }
 299     } catch (Exception ex)
 300     {
 301       System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);
 302       return source.errormessage;
 303     }
 304     if (length == 0)
 305     {
 306       System.err
 307               .println("File Identification failed! - Empty file was read.");
 308       return "EMPTY DATA FILE";
 309     }
 310     return reply;
 311   }
 312
 313   public static void main(String[] args)
 314   {
 315     for (int i = 0; args != null && i < args.length; i++)
 316     {
 317       IdentifyFile ider = new IdentifyFile();
 318       String type = ider.Identify(args[i], AppletFormatAdapter.FILE);
 319       System.out.println("Type of " + args[i] + " is " + type);
 320     }
 321     if (args == null || args.length == 0)
 322     {
 323       System.err.println("Usage: <Filename> [<Filename> ...]");
 324     }
 325   }
 326 }