src/jalview/io/IdentifyFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.net.*;\r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * DOCUMENT ME!\r
  26  *\r
  27  * @author $author$\r
  28  * @version $Revision$\r
  29  */\r
  30 public class IdentifyFile\r
  31 {\r
  32   /**\r
  33    * DOCUMENT ME!\r
  34    *\r
  35    * @param file DOCUMENT ME!\r
  36    * @param protocol DOCUMENT ME!\r
  37    *\r
  38    * @return DOCUMENT ME!\r
  39    */\r
  40   public String Identify(String file, String protocol)\r
  41   {\r
  42     String reply = "PFAM";\r
  43     String error = "FILE NOT FOUND";\r
  44     try\r
  45     {\r
  46       BufferedReader reader = null;\r
  47 \r
  48       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
  49       {\r
  50         reader = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
  51       }\r
  52       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
  53       {\r
  54         error = "URL NOT FOUND";\r
  55         URL url = new URL(file);\r
  56         reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(\r
  57             url.openStream()));\r
  58 \r
  59       }\r
  60       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
  61       {\r
  62         reader = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
  63       }\r
  64       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
  65       {\r
  66         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" +\r
  67             file);\r
  68         reader = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
  69       }\r
  70 \r
  71       String data;\r
  72 \r
  73       while ( (data = reader.readLine()) != null)\r
  74       {\r
  75         data = data.toUpperCase();\r
  76 \r
  77         if ( (data.indexOf("# STOCKHOLM") > -1))\r
  78         {\r
  79           reply = "STH";\r
  80 \r
  81           break;\r
  82         }\r
  83 \r
  84         if ( (data.indexOf("#") == 0) || (data.length() < 1))\r
  85         {\r
  86           continue;\r
  87         }\r
  88 \r
  89         if (data.indexOf("PILEUP") > -1)\r
  90         {\r
  91           reply = "PileUp";\r
  92 \r
  93           break;\r
  94         }\r
  95 \r
  96         if ( (data.indexOf("//") == 0) ||\r
  97             ( (data.indexOf("!!") > -1) &&\r
  98              (data.indexOf("!!") < data.indexOf(\r
  99                  "_MULTIPLE_ALIGNMENT "))))\r
 100         {\r
 101           reply = "MSF";\r
 102 \r
 103           break;\r
 104         }\r
 105         else if (data.indexOf("CLUSTAL") > -1)\r
 106         {\r
 107           reply = "CLUSTAL";\r
 108 \r
 109           break;\r
 110         }\r
 111         else if ( (data.indexOf(">P1;") > -1) ||\r
 112                  (data.indexOf(">DL;") > -1))\r
 113         {\r
 114           reply = "PIR";\r
 115 \r
 116           break;\r
 117         }\r
 118         else if (data.indexOf(">") > -1)\r
 119         {\r
 120           // could be BLC file, read next line to confirm\r
 121           data = reader.readLine();\r
 122 \r
 123           if (data.indexOf(">") > -1)\r
 124           {\r
 125             reply = "BLC";\r
 126           }\r
 127           else\r
 128           {\r
 129             //Is this a single line BLC file?\r
 130             reader.readLine();\r
 131             String data2 = reader.readLine();\r
 132             if (data2 != null\r
 133                 && data.indexOf("*") > -1\r
 134                 && data.indexOf("*") == data2.indexOf("*"))\r
 135             {\r
 136               reply = "BLC";\r
 137             }\r
 138             else\r
 139             {\r
 140               reply = "FASTA";\r
 141             }\r
 142           }\r
 143 \r
 144           break;\r
 145         }\r
 146         else if (data.indexOf("HEADER") == 0 ||\r
 147                  data.indexOf("ATOM") == 0)\r
 148         {\r
 149           reply = "PDB";\r
 150           break;\r
 151         }\r
 152         else if (data.indexOf(":") < data.indexOf(",")) //  && data.indexOf(",")<data.indexOf(",", data.indexOf(",")))\r
 153         {\r
 154           // file looks like a concise JNet file\r
 155           reply = "JnetFile";\r
 156           break;\r
 157         }\r
 158       }\r
 159 \r
 160       reader.close();\r
 161     }\r
 162     catch (Exception ex)\r
 163     {\r
 164       System.err.println("File Identification failed!\n" + ex);\r
 165       return error;\r
 166     }\r
 167 \r
 168     return reply;\r
 169   }\r
 170 }\r