src/jalview/io/gff/SequenceOntologyFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io.gff;
  22
  23 import jalview.bin.Instance;
  24
  25 /**
  26  * A factory class that returns a model of the Sequence Ontology. By default a
  27  * hard-coded subset is used (for the applet, or testing), or setInstance() can
  28  * be used to set full Ontology data.
  29  *
  30  * @author gmcarstairs
  31  *
  32  */
  33 public class SequenceOntologyFactory
  34 {
  35
  36   public static synchronized SequenceOntologyI getSequenceOntology()
  37   {
  38     SequenceOntologyFactory j = getInstance();
  39     return (j.sequenceOntology == null
  40             ? j.sequenceOntology = new SequenceOntologyLite()
  41             : j.sequenceOntology);
  42   }
  43
  44   /**
  45    * For testng only
  46    *
  47    * @param so
  48    */
  49   public static void setInstance(SequenceOntologyI so)
  50   {
  51     getInstance().sequenceOntology = so;
  52   }
  53
  54   private SequenceOntologyI sequenceOntology;
  55
  56   private SequenceOntologyFactory()
  57   {
  58     // private singleton
  59   }
  60
  61   private static synchronized SequenceOntologyFactory getInstance()
  62   {
  63     Instance j = Instance.getInstance();
  64     return (j.sequenceOntologyFactory == null
  65             ? j.sequenceOntologyFactory = new SequenceOntologyFactory()
  66             : j.sequenceOntologyFactory);
  67   }
  68
  69 }