src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceFeaturesPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import java.util.Map;
   4 import java.util.Vector;
   5
   6 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   7
   8 public class SequenceFeaturesPojo
   9 {
  10   @Attributes(required = true, description = "Serial version id for the <b>SeqFeature</b> object")
  11   private String svid = "1.0";
  12
  13   @Attributes(required = true, description = "Start residue position for the sequence feature")
  14   private int xStart;
  15
  16   @Attributes(required = true, description = "End residue position for the sequence feature")
  17   private int xEnd;
  18
  19   @Attributes(required = true, minItems = 1, maxItems = 1999999999, description = "Reference to the sequence in the alignment<br> (more like a foreign key)")
  20   private String sequenceRef;
  21
  22   @Attributes(required = true, description = "The name or type of the SequenceFeature")
  23   private String type;
  24
  25   @Attributes(required = false, description = "Score")
  26   private Float score;
  27
  28   @Attributes(required = false, description = "Description for the feature")
  29   private String description;
  30
  31   @Attributes(required = false, description = "Additional metadata for the feature")
  32   private Map<String, Object> otherDetails;
  33
  34   @Attributes(required = false, description = "Fill colour")
  35   private String fillColor;
  36
  37   @Attributes(required = true, description = "Feature group")
  38   private String featureGroup;
  39
  40   @Attributes(required = false, description = "URL links associated to the feature")
  41   private Vector<String> links;
  42
  43   public SequenceFeaturesPojo()
  44   {
  45   }
  46
  47   public SequenceFeaturesPojo(String sequenceRef)
  48   {
  49     this.sequenceRef = sequenceRef;
  50   }
  51
  52   public String getFillColor()
  53   {
  54     return "#" + fillColor;
  55   }
  56
  57   public void setFillColor(String fillColor)
  58   {
  59     this.fillColor = fillColor;
  60   }
  61
  62   public int getXstart()
  63   {
  64     return xStart;
  65   }
  66
  67   public void setXstart(int xStart)
  68   {
  69     this.xStart = xStart;
  70   }
  71
  72   public int getXend()
  73   {
  74     return xEnd;
  75   }
  76
  77   public void setXend(int xend)
  78   {
  79     this.xEnd = xend;
  80   }
  81
  82   public String getType()
  83   {
  84     return type;
  85   }
  86
  87   public void setType(String type)
  88   {
  89     this.type = type;
  90   }
  91
  92   public Float getScore()
  93   {
  94     return score;
  95   }
  96
  97   public void setScore(Float score)
  98   {
  99     this.score = score;
 100   }
 101
 102   public String getDescription()
 103   {
 104     return description;
 105   }
 106
 107   public void setDescription(String description)
 108   {
 109     this.description = description;
 110   }
 111
 112   public Map<String, Object> getOtherDetails()
 113   {
 114     return otherDetails;
 115   }
 116
 117   public void setOtherDetails(Map<String, Object> otherDetails)
 118   {
 119     this.otherDetails = otherDetails;
 120   }
 121
 122   public Vector<String> getLinks()
 123   {
 124     return links;
 125   }
 126
 127   public void setLinks(Vector<String> links)
 128   {
 129     this.links = links;
 130   }
 131
 132   public String getFeatureGroup()
 133   {
 134     return featureGroup;
 135   }
 136
 137   public void setFeatureGroup(String featureGroup)
 138   {
 139     this.featureGroup = featureGroup;
 140   }
 141
 142   public String getSequenceRef()
 143   {
 144     return sequenceRef;
 145   }
 146
 147   public void setSequenceRef(String sequenceRef)
 148   {
 149     this.sequenceRef = sequenceRef;
 150   }
 151
 152   public String getSvid()
 153   {
 154     return svid;
 155   }
 156
 157 //public Map<String, Object> getOtherDetails() {
 158 //      return otherDetails;
 159 //}
 160 //
 161 //public void setOtherDetails(Map<String, Object> otherDetails) {
 162 //      this.otherDetails = otherDetails;
 163 //}
 164
 165 }