src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequenceGrpPojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4
   5 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   6
   7 public class SequenceGrpPojo
   8 {
   9   @Attributes(required = true, description = "Serial version identifier for the <b>seqGroup</b> object model")
  10   private String svid = "1.0";
  11
  12   @Attributes(required = false, description = "The Colour Scheme applied to the Sequence Group")
  13   private String colourScheme;
  14
  15   @Attributes(required = true, description = "The name assigned to the seqGroup")
  16   private String groupName;
  17
  18   @Attributes(required = false, description = "Serial version identifier for the <b>seqGroup</b> object model")
  19   private String description;
  20
  21   @Attributes(required = false, description = "Determines if the seqGroup border should be visible or not")
  22   private boolean displayBoxes;
  23
  24   @Attributes(required = false, description = "Determines if the texts of the group is displayed or not")
  25   private boolean displayText;
  26
  27   @Attributes(required = false, description = "Determines if the residues text for the group is coloured")
  28   private boolean colourText;
  29
  30   @Attributes(required = false, description = "Boolean value indicating whether residues should only be shown <br/>that are different from current reference or consensus sequence")
  31   private boolean showNonconserved;
  32
  33   @Attributes(required = true, description = "The index of the group’s first residue in the alignment space")
  34   private int startRes;
  35
  36   @Attributes(required = true, description = "The index of the group’s last residue in the alignment space")
  37   private int endRes;
  38
  39   @Attributes(
  40     required = true,
  41     minItems = 1,
  42     maxItems = 2147483647,
  43     uniqueItems = true,
  44     description = "An array of the unique id's for the sequences belonging to the group")
  45   private ArrayList<String> sequenceRefs = new ArrayList<String>();
  46
  47   public String getColourScheme()
  48   {
  49     return colourScheme;
  50   }
  51
  52   public void setColourScheme(String colourScheme)
  53   {
  54     this.colourScheme = colourScheme;
  55   }
  56
  57   public String getGroupName()
  58   {
  59     return groupName;
  60   }
  61
  62   public void setGroupName(String groupName)
  63   {
  64     this.groupName = groupName;
  65   }
  66
  67   public String getDescription()
  68   {
  69     return description;
  70   }
  71
  72   public void setDescription(String description)
  73   {
  74     this.description = description;
  75   }
  76
  77   public boolean isDisplayBoxes()
  78   {
  79     return displayBoxes;
  80   }
  81
  82   public void setDisplayBoxes(boolean displayBoxes)
  83   {
  84     this.displayBoxes = displayBoxes;
  85   }
  86
  87   public boolean isDisplayText()
  88   {
  89     return displayText;
  90   }
  91
  92   public void setDisplayText(boolean displayText)
  93   {
  94     this.displayText = displayText;
  95   }
  96
  97   public boolean isColourText()
  98   {
  99     return colourText;
 100   }
 101
 102   public void setColourText(boolean colourText)
 103   {
 104     this.colourText = colourText;
 105   }
 106
 107   public boolean isShowNonconserved()
 108   {
 109     return showNonconserved;
 110   }
 111
 112   public void setShowNonconserved(boolean showNonconserved)
 113   {
 114     this.showNonconserved = showNonconserved;
 115   }
 116
 117   public int getStartRes()
 118   {
 119     return startRes;
 120   }
 121
 122   public void setStartRes(int startRes)
 123   {
 124     this.startRes = startRes;
 125   }
 126
 127   public int getEndRes()
 128   {
 129     return endRes;
 130   }
 131
 132   public void setEndRes(int endRes)
 133   {
 134     this.endRes = endRes;
 135   }
 136
 137   public ArrayList<String> getSequenceRefs()
 138   {
 139     return sequenceRefs;
 140   }
 141
 142   public void setSequenceRefs(ArrayList<String> sequenceRefs)
 143   {
 144     this.sequenceRefs = sequenceRefs;
 145   }
 146
 147   public String getSvid()
 148   {
 149     return svid;
 150   }
 151
 152 }