src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.BasicStroke;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.Image;
  46 import java.awt.font.LineMetrics;
  47 import java.awt.geom.AffineTransform;
  48 import java.awt.image.ImageObserver;
  49 import java.util.BitSet;
  50 import java.util.Hashtable;
  51
  52 public class AnnotationRenderer
  53 {
  54   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  55
  56   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  57
  58   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  59
  60   /**
  61    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  62    */
  63   private final boolean debugRedraw;
  64
  65   private int charWidth, endRes, charHeight;
  66
  67   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  68
  69   private FontMetrics fm;
  70
  71   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  72
  73   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  74           av_normaliseProfile = false;
  75
  76   ResidueShaderI profcolour = null;
  77
  78   private ColumnSelection columnSelection;
  79
  80   private HiddenColumns hiddenColumns;
  81
  82   private ProfilesI hconsensus;
  83
  84   private Hashtable[] complementConsensus;
  85
  86   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  87
  88   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  89
  90   /**
  91    * attributes set from AwtRenderPanelI
  92    */
  93   /**
  94    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  95    * rendered
  96    */
  97   private Image fadedImage;
  98
  99   /**
 100    * panel being rendered into
 101    */
 102   private ImageObserver annotationPanel;
 103
 104   /**
 105    * width of image to render in panel
 106    */
 107   private int imgWidth;
 108
 109   /**
 110    * offset to beginning of visible area
 111    */
 112   private int sOffset;
 113
 114   /**
 115    * offset to end of visible area
 116    */
 117   private int visHeight;
 118
 119   /**
 120    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 121    * annotation given the current view settings
 122    */
 123   private boolean useClip = true;
 124
 125   /**
 126    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 127    * jalview 2.8.1
 128    */
 129   private boolean canClip = false;
 130
 131   public AnnotationRenderer()
 132   {
 133     this(false);
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Create a new annotation Renderer
 138    *
 139    * @param debugRedraw
 140    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 141    *          output
 142    */
 143   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 144   {
 145     this.debugRedraw = debugRedraw;
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 150    */
 151   public void dispose()
 152   {
 153     hconsensus = null;
 154     complementConsensus = null;
 155     hStrucConsensus = null;
 156     fadedImage = null;
 157     annotationPanel = null;
 158   }
 159
 160   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 161           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 162           boolean validRes, boolean validEnd)
 163   {
 164     g.setColor(STEM_COLOUR);
 165     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 166             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 167     int x1 = lastSSX;
 168     int x2 = (x * charWidth);
 169
 170     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 171             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 172
 173     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 174             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 175     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 176             || row_annotations[column] == null
 177             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 178
 179     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 180     {
 181       if (diffupstream)
 182       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 183       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 184       {
 185         /*
 186          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 187          * display a backward arrow
 188          */
 189         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 190                 new int[]
 191                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 192                 3);
 193         x1 += 5;
 194       }
 195       if (diffdownstream)
 196       {
 197         x2 -= 1;
 198       }
 199     }
 200     else
 201     {
 202       // display a forward arrow
 203       if (diffdownstream)
 204       {
 205         /*
 206          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 207          * display a forward arrow
 208          */
 209         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 210                 new int[]
 211                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 212                 3);
 213         x2 -= 5;
 214       }
 215       if (diffupstream)
 216       {
 217         x1 += 1;
 218       }
 219     }
 220     // draw arrow body
 221     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 222   }
 223
 224   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 225           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 226           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 227           boolean validEnd)
 228   {
 229     // System.out.println(nonCanColor);
 230
 231     g.setColor(nonCanColor);
 232     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 233             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 234     int x1 = lastSSX;
 235     int x2 = (x * charWidth);
 236
 237     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 238             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 239
 240     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 241             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 242     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 243             || row_annotations[column] == null
 244             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 245     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 246     // down:"+diffdownstream);
 247     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 248     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 249     {
 250
 251       if (diffupstream)
 252       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 253       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 254       {
 255         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 256                 new int[]
 257                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 258                 3);
 259         x1 += 5;
 260       }
 261       if (diffdownstream)
 262       {
 263         x2 -= 1;
 264       }
 265     }
 266     else
 267     {
 268
 269       // display a forward arrow
 270       if (diffdownstream)
 271       {
 272         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 273                 new int[]
 274                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 275                 3);
 276         x2 -= 5;
 277       }
 278       if (diffupstream)
 279       {
 280         x1 += 1;
 281       }
 282     }
 283     // draw arrow body
 284     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 285   }
 286
 287   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 288   // av)
 289   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 290           AlignViewportI av)
 291   {
 292     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 293     annotationPanel = annotPanel;
 294     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 295     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 296     // visible area for rendering
 297     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 298     if (bounds != null)
 299     {
 300       sOffset = bounds[0];
 301       visHeight = bounds[1];
 302       if (visHeight == 0)
 303       {
 304         useClip = false;
 305       }
 306       else
 307       {
 308         useClip = canClip;
 309       }
 310     }
 311     else
 312     {
 313       useClip = false;
 314     }
 315
 316     updateFromAlignViewport(av);
 317   }
 318
 319   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 320   {
 321     charWidth = av.getCharWidth();
 322     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 323     charHeight = av.getCharHeight();
 324     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 325     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 326     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 327     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 328     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 329     profcolour = av.getResidueShading();
 330     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 331     {
 332       /*
 333        * Use default colour for sequence logo if
 334        * the alignment has no colourscheme set
 335        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 336        */
 337       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 338               ? new NucleotideColourScheme()
 339               : new ZappoColourScheme();
 340       profcolour = new ResidueShader(col);
 341     }
 342     columnSelection = av.getColumnSelection();
 343     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 344     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 345     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 346     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 347     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 352    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 353    * depend on the profile type.
 354    *
 355    * @param aa
 356    * @param column
 357    * @return
 358    */
 359   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 360   {
 361     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 362     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 363     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 364     //
 365     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 366             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 367     {
 368       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 369       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 370               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 371       {
 372         // TODO? group consensus for cDNA complement
 373         return AAFrequency.extractProfile(
 374                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 375                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 376       }
 377       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 378       // be stored
 379       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 380       {
 381         if (forComplement)
 382         {
 383           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 384                   av_ignoreGapsConsensus);
 385         }
 386         else
 387         {
 388           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 389                   av_ignoreGapsConsensus);
 390         }
 391       }
 392     }
 393     else
 394     {
 395       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 396       {
 397         // TODO implement group structure consensus
 398         /*
 399          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 400          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 401          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 402          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 403          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 404          */
 405         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 406         // to
 407         // be stored
 408         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 409                 && hStrucConsensus != null
 410                 && hStrucConsensus.length > column)
 411         {
 412           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 413                   av_ignoreGapsConsensus);
 414         }
 415       }
 416     }
 417     return null;
 418   }
 419
 420   boolean rna = false;
 421
 422   /**
 423    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 424    *
 425    * @param annotPanel
 426    *          container frame
 427    * @param av
 428    *          data and view settings to render
 429    * @param g
 430    *          destination for graphics
 431    * @param activeRow
 432    *          row where a mouse event occured (or -1)
 433    * @param startRes
 434    *          first column that will be drawn
 435    * @param endRes
 436    *          last column that will be drawn
 437    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 438    *         currently being calculated
 439    */
 440   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 441           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 442           int endRes)
 443   {
 444     long stime = System.currentTimeMillis();
 445     boolean usedFaded = false;
 446     // NOTES:
 447     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 448     // AlignViewport
 449     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 450     fm = g.getFontMetrics();
 451     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 452     int temp = 0;
 453     if (aa == null)
 454     {
 455       return false;
 456     }
 457     int x = 0, y = 0;
 458     int column = 0;
 459     char lastSS;
 460     int lastSSX;
 461     int iconOffset = 0;
 462     boolean validRes = false;
 463     boolean validEnd = false;
 464     boolean labelAllCols = false;
 465     boolean centreColLabels;
 466     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 467     boolean scaleColLabel = false;
 468     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 469             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 470     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 471             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 472     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 473             .getComplementConsensusAnnotation();
 474     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
 475             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 476
 477     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 478     int charOffset = 0; // offset for a label
 479     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 480     // column.
 481     Font ofont = g.getFont();
 482     // \u03B2 \u03B1
 483     // debug ints
 484     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 485     boolean clipst = false, clipend = false;
 486     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 487     {
 488       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 489       isRNA = row.isRNA();
 490       {
 491         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 492         // settings appropriately
 493         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 494         // data
 495         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 496         {
 497           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 498           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 499           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 500         }
 501         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 502                 || row == complementConsensusAnnot)
 503         {
 504           renderHistogram = av_renderHistogram;
 505           renderProfile = av_renderProfile;
 506           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 507         }
 508         else
 509         {
 510           renderHistogram = true;
 511           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 512           // currently used in any other annotation track renderer
 513         }
 514       }
 515       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 516       if (!row.visible)
 517       {
 518         continue;
 519       }
 520       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 521       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 522       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 523       lastSS = ' ';
 524       lastSSX = 0;
 525
 526       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 527               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 528       {// if_in_visible_region
 529         if (!clipst)
 530         {
 531           clipst = true;
 532           yfrom = y;
 533           f_i = i;
 534         }
 535         yto = y;
 536         f_to = i;
 537         if (row.graph > 0)
 538         {
 539           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 540           {
 541             continue;
 542           }
 543
 544           // this is so that we draw the characters below the graph
 545           y += row.height;
 546
 547           if (row.hasText)
 548           {
 549             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 550             y -= charHeight;
 551           }
 552         }
 553         else if (row.hasText)
 554         {
 555           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 556
 557         }
 558         else
 559         {
 560           iconOffset = 0;
 561         }
 562
 563         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 564         {
 565           y += charHeight;
 566           usedFaded = true;
 567           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 568                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 569           g.setColor(Color.black);
 570           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 571
 572           continue;
 573         }
 574
 575         /*
 576          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 577          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 578          *
 579          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 580          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 581          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 582          *
 583          * g.setColor(Color.black); //
 584          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 585          *
 586          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 587          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 588          *
 589          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 590          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 591          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 592          * g.setColor(Color.black); // /
 593          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 594          *
 595          * continue; }
 596          */
 597         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 598         // column
 599         // of startRes
 600         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 601         while (x < endRes - startRes)
 602         {
 603           if (hasHiddenColumns)
 604           {
 605             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 606             if (column > row_annotations.length - 1)
 607             {
 608               break;
 609             }
 610           }
 611           else
 612           {
 613             column = startRes + x;
 614           }
 615
 616           if ((row_annotations == null)
 617                   || (row_annotations.length <= column)
 618                   || (row_annotations[column] == null))
 619           {
 620             validRes = false;
 621           }
 622           else
 623           {
 624             validRes = true;
 625           }
 626           final String displayChar = validRes
 627                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 628                   : null;
 629           if (x > -1)
 630           {
 631             if (activeRow == i)
 632             {
 633               g.setColor(Color.red);
 634
 635               if (columnSelection != null)
 636               {
 637                 if (columnSelection.contains(column))
 638                 {
 639                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 640                 }
 641               }
 642             }
 643             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 644             {
 645               g.setColor(Color.orange);
 646               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 647             }
 648             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 649             {
 650               g.setColor(Color.orange.darker());
 651               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 652             }
 653             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 654                     && (displayChar.length() > 0))
 655             {
 656
 657               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 658                       displayChar.length());
 659               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 660               {
 661                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 662                 // displayChar.length());
 663                 //
 664                 // if (scaleColLabel)
 665                 // {
 666                 // justify the label and scale to fit in column
 667                 if (fmWidth > charWidth)
 668                 {
 669                   // scale only if the current font isn't already small enough
 670                   fmScaling = charWidth;
 671                   fmScaling /= fmWidth;
 672                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 673                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 674                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 675                   fmWidth = charWidth;
 676                 }
 677                 // }
 678               }
 679               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 680               // else
 681               // {
 682               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 683               // }
 684               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 685
 686               if (row_annotations[column].colour == null)
 687               {
 688                 g.setColor(Color.black);
 689               }
 690               else
 691               {
 692                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 693               }
 694
 695               if (column == 0 || row.graph > 0)
 696               {
 697                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset,
 698                         y + iconOffset);
 699               }
 700               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 701                       || !displayChar.equals(
 702                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 703                       || (displayChar.length() < 2
 704                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 705               {
 706                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset,
 707                         y + iconOffset);
 708               }
 709               g.setFont(ofont);
 710             }
 711           }
 712           if (row.hasIcons)
 713           {
 714             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 715                     : '-';
 716
 717             if (ss == '(')
 718             {
 719               // distinguish between forward/backward base-pairing
 720               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 721               {
 722
 723                 ss = ')';
 724
 725               }
 726             }
 727             if (ss == '[')
 728             {
 729               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 730               {
 731                 ss = ']';
 732
 733               }
 734             }
 735             if (ss == '{')
 736             {
 737               // distinguish between forward/backward base-pairing
 738               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 739               {
 740                 ss = '}';
 741
 742               }
 743             }
 744             if (ss == '<')
 745             {
 746               // distinguish between forward/backward base-pairing
 747               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 748               {
 749                 ss = '>';
 750
 751               }
 752             }
 753             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 754             {
 755               // distinguish between forward/backward base-pairing
 756               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 757               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 758               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 759               {
 760                 ss = (char) ssLowerCase;
 761               }
 762             }
 763
 764             if (!validRes || (ss != lastSS))
 765             {
 766
 767               if (x > -1)
 768               {
 769
 770                 int nb_annot = x - temp;
 771                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 772                 // annot :"+nb_annot);
 773                 switch (lastSS)
 774                 {
 775                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 776                 case ')': // and opposite direction
 777                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 778                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 779                   temp = x;
 780                   break;
 781
 782                 case 'H':
 783                   if (!isRNA)
 784                   {
 785                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 786                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 787                             validEnd);
 788                     break;
 789                   }
 790                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 791                 case 'E':
 792                   if (!isRNA)
 793                   {
 794                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 795                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 796                             validEnd);
 797                     break;
 798                   }
 799                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 800
 801                 case '{':
 802                 case '}':
 803                 case '[':
 804                 case ']':
 805                 case '>':
 806                 case '<':
 807                 case 'A':
 808                 case 'a':
 809                 case 'B':
 810                 case 'b':
 811                 case 'C':
 812                 case 'c':
 813                 case 'D':
 814                 case 'd':
 815                 case 'e':
 816                 case 'F':
 817                 case 'f':
 818                 case 'G':
 819                 case 'g':
 820                 case 'h':
 821                 case 'I':
 822                 case 'i':
 823                 case 'J':
 824                 case 'j':
 825                 case 'K':
 826                 case 'k':
 827                 case 'L':
 828                 case 'l':
 829                 case 'M':
 830                 case 'm':
 831                 case 'N':
 832                 case 'n':
 833                 case 'O':
 834                 case 'o':
 835                 case 'P':
 836                 case 'p':
 837                 case 'Q':
 838                 case 'q':
 839                 case 'R':
 840                 case 'r':
 841                 case 'S':
 842                 case 's':
 843                 case 'T':
 844                 case 't':
 845                 case 'U':
 846                 case 'u':
 847                 case 'V':
 848                 case 'v':
 849                 case 'W':
 850                 case 'w':
 851                 case 'X':
 852                 case 'x':
 853                 case 'Y':
 854                 case 'y':
 855                 case 'Z':
 856                 case 'z':
 857
 858                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 859                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 860                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 861                           validRes, validEnd);
 862                   temp = x;
 863                   break;
 864                 default:
 865                   g.setColor(Color.gray);
 866                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 867                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 868                   temp = x;
 869                   break;
 870                 }
 871               }
 872               if (validRes)
 873               {
 874                 lastSS = ss;
 875               }
 876               else
 877               {
 878                 lastSS = ' ';
 879               }
 880               if (x > -1)
 881               {
 882                 lastSSX = (x * charWidth);
 883               }
 884             }
 885           }
 886           column++;
 887           x++;
 888         }
 889         if (column >= row_annotations.length)
 890         {
 891           column = row_annotations.length - 1;
 892           validEnd = false;
 893         }
 894         else
 895         {
 896           validEnd = true;
 897         }
 898         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 899                 || (row_annotations[column] == null))
 900         {
 901           validRes = false;
 902         }
 903         else
 904         {
 905           validRes = true;
 906         }
 907         // x ++;
 908
 909         if (row.hasIcons)
 910         {
 911           switch (lastSS)
 912           {
 913
 914           case 'H':
 915             if (!isRNA)
 916             {
 917               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 918                       startRes, column, validRes, validEnd);
 919               break;
 920             }
 921             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 922
 923           case 'E':
 924             if (!isRNA)
 925             {
 926               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 927                       startRes, column, validRes, validEnd);
 928               break;
 929             }
 930             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 931
 932           case '(':
 933           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 934
 935             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 936                     startRes, column, validRes, validEnd);
 937
 938             break;
 939           case '{':
 940           case '}':
 941           case '[':
 942           case ']':
 943           case '>':
 944           case '<':
 945           case 'A':
 946           case 'a':
 947           case 'B':
 948           case 'b':
 949           case 'C':
 950           case 'c':
 951           case 'D':
 952           case 'd':
 953           case 'e':
 954           case 'F':
 955           case 'f':
 956           case 'G':
 957           case 'g':
 958           case 'h':
 959           case 'I':
 960           case 'i':
 961           case 'J':
 962           case 'j':
 963           case 'K':
 964           case 'k':
 965           case 'L':
 966           case 'l':
 967           case 'M':
 968           case 'm':
 969           case 'N':
 970           case 'n':
 971           case 'O':
 972           case 'o':
 973           case 'P':
 974           case 'p':
 975           case 'Q':
 976           case 'q':
 977           case 'R':
 978           case 'r':
 979           case 'T':
 980           case 't':
 981           case 'U':
 982           case 'u':
 983           case 'V':
 984           case 'v':
 985           case 'W':
 986           case 'w':
 987           case 'X':
 988           case 'x':
 989           case 'Y':
 990           case 'y':
 991           case 'Z':
 992           case 'z':
 993             // System.out.println(lastSS);
 994             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 995             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 996                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 997             break;
 998           default:
 999             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1000                     startRes, column, validRes, validEnd);
1001             break;
1002           }
1003         }
1004
1005         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1006         {
1007           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1008           {
1009             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1010             {
1011               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1012               // computed efficiently for all visible labels
1013               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1014               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1015               {
1016                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1017                 {
1018                   continue;
1019                 }
1020
1021                 if (aa[gg] != row)
1022                 {
1023                   aa[gg].visible = false;
1024                 }
1025                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1026                 {
1027                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1028                 }
1029                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1030                 {
1031                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1032                 }
1033               }
1034
1035               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1036               {
1037                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1038                 {
1039                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1040                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1041                 }
1042               }
1043
1044               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1045             }
1046             else
1047             {
1048               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1049                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1050             }
1051           }
1052           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1053           {
1054             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1055                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1056                     renderProfile, normaliseProfile);
1057           }
1058         }
1059       }
1060       else
1061       {
1062         if (clipst && !clipend)
1063         {
1064           clipend = true;
1065         }
1066       } // end if_in_visible_region
1067       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1068       {
1069         y += charHeight;
1070       }
1071
1072       if (row.graph == 0)
1073       {
1074         y += aa[i].height;
1075       }
1076     }
1077     if (debugRedraw)
1078     {
1079       if (canClip)
1080       {
1081         if (clipst)
1082         {
1083           System.err.println(
1084                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1085         }
1086         if (clipend)
1087         {
1088           System.err.println(
1089                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1090         }
1091       }
1092       ;
1093       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1094               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1095     }
1096     if (!av.getWrapAlignment())
1097     {
1098       g.translate(0, y);
1099     }
1100
1101     return !usedFaded;
1102   }
1103
1104   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1105
1106   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1107
1108   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1109
1110   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1111
1112   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1113
1114   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1115           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1116           boolean validEnd)
1117   {
1118     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1119     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1120   }
1121
1122   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1123
1124           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1125           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1126   {
1127     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1128
1129     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1130             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1131     {
1132       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1133               7);
1134       g.fillPolygon(
1135               new int[]
1136               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1137               new int[]
1138               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1139               3);
1140     }
1141     else
1142     {
1143       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1144               7);
1145     }
1146
1147   }
1148
1149   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1150           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1151           boolean validEnd)
1152   {
1153     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1154
1155     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1156             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1157     int x1 = lastSSX;
1158     int x2 = (x * charWidth);
1159
1160     if (MAC)
1161     {
1162       int ofs = charWidth / 2;
1163       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1164       // to offscreen image on the MAC
1165       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1166       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1167               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1168       {
1169       }
1170       else
1171       {
1172         // g.setColor(Color.orange);
1173         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1174                 0, 0);
1175       }
1176       if (!validRes || row[column] == null
1177               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1178       {
1179
1180       }
1181       else
1182       {
1183         // g.setColor(Color.magenta);
1184         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1185                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1186
1187       }
1188
1189       return;
1190     }
1191
1192     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1193             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1194     {
1195       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1196       x1 += charWidth / 2;
1197     }
1198
1199     if (!validRes || row[column] == null
1200             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1201     {
1202       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1203               8, 270, 180);
1204       x2 -= charWidth / 2;
1205     }
1206
1207     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1208   }
1209
1210   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1211           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1212           float max, int graphHeight)
1213   {
1214     if (sRes > aa_annotations.length)
1215     {
1216       return;
1217     }
1218
1219     int x = 0;
1220
1221     // Adjustment for fastpaint to left
1222     if (eRes < endRes)
1223     {
1224       eRes++;
1225     }
1226
1227     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1228
1229     if (sRes == 0)
1230     {
1231       x++;
1232     }
1233
1234     int y1 = y, y2 = y;
1235     float range = max - min;
1236
1237     // //Draw origin
1238     if (min < 0)
1239     {
1240       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1241     }
1242
1243     g.setColor(Color.gray);
1244     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1245
1246     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1247
1248     int column;
1249     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1250
1251     while (x < eRes - sRes)
1252     {
1253       column = sRes + x;
1254       if (hasHiddenColumns)
1255       {
1256         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1257       }
1258
1259       if (column > aaMax)
1260       {
1261         break;
1262       }
1263
1264       if (aa_annotations[column] == null
1265               || aa_annotations[column - 1] == null)
1266       {
1267         x++;
1268         continue;
1269       }
1270
1271       if (aa_annotations[column].colour == null)
1272       {
1273         g.setColor(Color.black);
1274       }
1275       else
1276       {
1277         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1278       }
1279
1280       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1281               * graphHeight);
1282       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1283               * graphHeight);
1284
1285       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1286               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1287       x++;
1288     }
1289
1290     if (_aa.threshold != null)
1291     {
1292       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1293       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1294       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1295               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1296               { 5f, 3f }, 0f));
1297
1298       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1299       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1300       g2.setStroke(new BasicStroke());
1301     }
1302   }
1303
1304   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1305           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1306           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1307           boolean normaliseProfile)
1308   {
1309     if (sRes > aa_annotations.length)
1310     {
1311       return;
1312     }
1313     Font ofont = g.getFont();
1314     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1315
1316     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1317
1318     float range = max - min;
1319
1320     if (min < 0)
1321     {
1322       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1323     }
1324
1325     g.setColor(Color.gray);
1326
1327     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1328
1329     int column;
1330     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1331     while (x < eRes - sRes)
1332     {
1333       column = sRes + x;
1334       if (hasHiddenColumns)
1335       {
1336         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1337       }
1338
1339       if (column > aaMax)
1340       {
1341         break;
1342       }
1343
1344       if (aa_annotations[column] == null)
1345       {
1346         x++;
1347         continue;
1348       }
1349       if (aa_annotations[column].colour == null)
1350       {
1351         g.setColor(Color.black);
1352       }
1353       else
1354       {
1355         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1356       }
1357
1358       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1359               * _aa.graphHeight);
1360
1361       if (renderHistogram)
1362       {
1363         if (y1 - y2 > 0)
1364         {
1365           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1366         }
1367         else
1368         {
1369           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1370         }
1371       }
1372       // draw profile if available
1373       if (renderProfile)
1374       {
1375
1376         /*
1377          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1378          */
1379         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1380
1381         // just try to draw the logo if profl is not null
1382         if (profl != null && profl[2] != 0)
1383         {
1384           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1385           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1386           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1387           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1388           double hght;
1389           float wdth;
1390           double ht2 = 0;
1391           char[] dc;
1392
1393           /**
1394            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1395            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1396            */
1397           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1398
1399           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1400           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1401           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1402           double scl = 0.0;
1403
1404           /*
1405            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1406            */
1407           int c = 3;
1408           int valuesProcessed = 0;
1409           // profl[1] is the number of values in the profile
1410           while (valuesProcessed < profl[1])
1411           {
1412             if (isStructureProfile)
1413             {
1414               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1415               dc[0] = (char) profl[c++];
1416               dc[1] = (char) profl[c++];
1417             }
1418             else if (isCdnaProfile)
1419             {
1420               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1421             }
1422             else
1423             {
1424               dc[0] = (char) profl[c++];
1425             }
1426
1427             wdth = charWidth;
1428             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1429
1430             ht += scl;
1431             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1432             scl = htn * scale * profl[c++];
1433             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1,
1434                     g.getFontMetrics().getFontRenderContext());
1435             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform
1436                     .getScaleInstance(wdth, scl / lm.getAscent()));
1437             g.setFont(font);
1438             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1439
1440             // Debug - render boxes around characters
1441             // g.setColor(Color.red);
1442             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1443             // (int)(scl));
1444             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1445
1446             /*
1447              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1448              * codon translation if a cDNA profile
1449              */
1450             Color colour = null;
1451             if (isCdnaProfile)
1452             {
1453               final String codonTranslation = ResidueProperties
1454                       .codonTranslate(new String(dc));
1455               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1456                       column, null);
1457             }
1458             else
1459             {
1460               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1461             }
1462             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1463
1464             hght = (ht + (scl - lm.getDescent()
1465                     - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1466
1467             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1468             valuesProcessed++;
1469           }
1470           g.setFont(ofont);
1471         }
1472       }
1473       x++;
1474     }
1475     if (_aa.threshold != null)
1476     {
1477       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1478       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1479       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1480               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1481               { 5f, 3f }, 0f));
1482
1483       y2 = (int) (y
1484               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1485       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1486       g2.setStroke(new BasicStroke());
1487     }
1488   }
1489
1490   // used by overview window
1491   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1492           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1493   {
1494     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1495     g.setColor(Color.white);
1496     g.fillRect(0, 0, width, y);
1497     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1498
1499     int x = 0, height;
1500
1501     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1502     {
1503       if (aa_annotations[j] != null)
1504       {
1505         if (aa_annotations[j].colour == null)
1506         {
1507           g.setColor(Color.black);
1508         }
1509         else
1510         {
1511           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1512         }
1513
1514         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1515         if (height > y)
1516         {
1517           height = y;
1518         }
1519
1520         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1521       }
1522       x += charWidth;
1523     }
1524   }
1525
1526   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1527   {
1528     switch (lastss)
1529     {
1530     case '{':
1531     case '}':
1532       return new Color(255, 125, 5);
1533
1534     case '[':
1535     case ']':
1536       return new Color(245, 115, 10);
1537
1538     case '>':
1539     case '<':
1540       return new Color(235, 135, 15);
1541
1542     case 'A':
1543     case 'a':
1544       return new Color(225, 105, 20);
1545
1546     case 'B':
1547     case 'b':
1548       return new Color(215, 145, 30);
1549
1550     case 'C':
1551     case 'c':
1552       return new Color(205, 95, 35);
1553
1554     case 'D':
1555     case 'd':
1556       return new Color(195, 155, 45);
1557
1558     case 'E':
1559     case 'e':
1560       return new Color(185, 85, 55);
1561
1562     case 'F':
1563     case 'f':
1564       return new Color(175, 165, 65);
1565
1566     case 'G':
1567     case 'g':
1568       return new Color(170, 75, 75);
1569
1570     case 'H':
1571     case 'h':
1572       return new Color(160, 175, 85);
1573
1574     case 'I':
1575     case 'i':
1576       return new Color(150, 65, 95);
1577
1578     case 'J':
1579     case 'j':
1580       return new Color(140, 185, 105);
1581
1582     case 'K':
1583     case 'k':
1584       return new Color(130, 55, 110);
1585
1586     case 'L':
1587     case 'l':
1588       return new Color(120, 195, 120);
1589
1590     case 'M':
1591     case 'm':
1592       return new Color(110, 45, 130);
1593
1594     case 'N':
1595     case 'n':
1596       return new Color(100, 205, 140);
1597
1598     case 'O':
1599     case 'o':
1600       return new Color(90, 35, 150);
1601
1602     case 'P':
1603     case 'p':
1604       return new Color(85, 215, 160);
1605
1606     case 'Q':
1607     case 'q':
1608       return new Color(75, 25, 170);
1609
1610     case 'R':
1611     case 'r':
1612       return new Color(65, 225, 180);
1613
1614     case 'S':
1615     case 's':
1616       return new Color(55, 15, 185);
1617
1618     case 'T':
1619     case 't':
1620       return new Color(45, 235, 195);
1621
1622     case 'U':
1623     case 'u':
1624       return new Color(35, 5, 205);
1625
1626     case 'V':
1627     case 'v':
1628       return new Color(25, 245, 215);
1629
1630     case 'W':
1631     case 'w':
1632       return new Color(15, 0, 225);
1633
1634     case 'X':
1635     case 'x':
1636       return new Color(10, 255, 235);
1637
1638     case 'Y':
1639     case 'y':
1640       return new Color(5, 150, 245);
1641
1642     case 'Z':
1643     case 'z':
1644       return new Color(0, 80, 255);
1645
1646     default:
1647       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1648       return null;
1649
1650     }
1651   }
1652 }