src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.renderer.api.AnnotationRendererFactoryI;
  34 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  35 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  36 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  37 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  38 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  39 import jalview.util.Platform;
  40
  41 import java.awt.BasicStroke;
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Font;
  44 import java.awt.FontMetrics;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.Graphics2D;
  47 import java.awt.Image;
  48 import java.awt.font.LineMetrics;
  49 import java.awt.geom.AffineTransform;
  50 import java.awt.image.ImageObserver;
  51 import java.util.BitSet;
  52 import java.util.Hashtable;
  53
  54 public class AnnotationRenderer
  55 {
  56   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  57
  58   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  59
  60   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  61
  62   /**
  63    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  64    */
  65   private final boolean debugRedraw;
  66
  67   private int charWidth, endRes, charHeight;
  68
  69   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  70
  71   private FontMetrics fm;
  72
  73   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  74
  75   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  76           av_normaliseProfile = false;
  77
  78   ResidueShaderI profcolour = null;
  79
  80   private ColumnSelection columnSelection;
  81
  82   private HiddenColumns hiddenColumns;
  83
  84   private ProfilesI hconsensus;
  85
  86   private Hashtable[] complementConsensus;
  87
  88   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  89
  90   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  91
  92   /**
  93    * attributes set from AwtRenderPanelI
  94    */
  95   /**
  96    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  97    * rendered
  98    */
  99   private Image fadedImage;
 100
 101   /**
 102    * panel being rendered into
 103    */
 104   private ImageObserver annotationPanel;
 105
 106   /**
 107    * width of image to render in panel
 108    */
 109   private int imgWidth;
 110
 111   /**
 112    * offset to beginning of visible area
 113    */
 114   private int sOffset;
 115
 116   /**
 117    * offset to end of visible area
 118    */
 119   private int visHeight;
 120
 121   /**
 122    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 123    * annotation given the current view settings
 124    */
 125   private boolean useClip = true;
 126
 127   /**
 128    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 129    * jalview 2.8.1
 130    */
 131   private boolean canClip = false;
 132
 133   public AnnotationRenderer()
 134   {
 135     this(false);
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Create a new annotation Renderer
 140    *
 141    * @param debugRedraw
 142    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 143    *          output
 144    */
 145   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 146   {
 147     this.debugRedraw = debugRedraw;
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 152    */
 153   public void dispose()
 154   {
 155     hconsensus = null;
 156     complementConsensus = null;
 157     hStrucConsensus = null;
 158     fadedImage = null;
 159     annotationPanel = null;
 160     rendererFactoryI = null;
 161   }
 162
 163   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 164           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 165           boolean validRes, boolean validEnd)
 166   {
 167     g.setColor(STEM_COLOUR);
 168     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 169             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 170     int x1 = lastSSX;
 171     int x2 = (x * charWidth);
 172
 173     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 174             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 175
 176     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 177             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 178     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 179             || row_annotations[column] == null
 180             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 181
 182     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 183     {
 184       if (diffupstream)
 185       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 186       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 187       {
 188         /*
 189          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 190          * display a backward arrow
 191          */
 192         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 193                 new int[]
 194                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 195                 3);
 196         x1 += 5;
 197       }
 198       if (diffdownstream)
 199       {
 200         x2 -= 1;
 201       }
 202     }
 203     else
 204     {
 205       // display a forward arrow
 206       if (diffdownstream)
 207       {
 208         /*
 209          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 210          * display a forward arrow
 211          */
 212         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 213                 new int[]
 214                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 215                 3);
 216         x2 -= 5;
 217       }
 218       if (diffupstream)
 219       {
 220         x1 += 1;
 221       }
 222     }
 223     // draw arrow body
 224     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 225   }
 226
 227   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 228           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 229           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 230           boolean validEnd)
 231   {
 232     // System.out.println(nonCanColor);
 233
 234     g.setColor(nonCanColor);
 235     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 236             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 237     int x1 = lastSSX;
 238     int x2 = (x * charWidth);
 239
 240     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 241             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 242
 243     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 244             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 245     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 246             || row_annotations[column] == null
 247             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 248     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 249     // down:"+diffdownstream);
 250     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 251     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 252     {
 253
 254       if (diffupstream)
 255       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 256       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 257       {
 258         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 259                 new int[]
 260                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 261                 3);
 262         x1 += 5;
 263       }
 264       if (diffdownstream)
 265       {
 266         x2 -= 1;
 267       }
 268     }
 269     else
 270     {
 271
 272       // display a forward arrow
 273       if (diffdownstream)
 274       {
 275         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 276                 new int[]
 277                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 278                 3);
 279         x2 -= 5;
 280       }
 281       if (diffupstream)
 282       {
 283         x1 += 1;
 284       }
 285     }
 286     // draw arrow body
 287     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 288   }
 289
 290   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 291   // av)
 292   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 293           AlignViewportI av)
 294   {
 295     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 296     annotationPanel = annotPanel;
 297     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 298     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 299     // visible area for rendering
 300     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 301     if (bounds != null)
 302     {
 303       sOffset = bounds[0];
 304       visHeight = bounds[1];
 305       if (visHeight == 0)
 306       {
 307         useClip = false;
 308       }
 309       else
 310       {
 311         useClip = canClip;
 312       }
 313     }
 314     else
 315     {
 316       useClip = false;
 317     }
 318
 319     rendererFactoryI = AnnotationRendererFactory.getRendererFactory();
 320     updateFromAlignViewport(av);
 321   }
 322
 323   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 324   {
 325     charWidth = av.getCharWidth();
 326     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 327     charHeight = av.getCharHeight();
 328     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 329     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 330     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 331     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 332     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 333     profcolour = av.getResidueShading();
 334     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 335     {
 336       /*
 337        * Use default colour for sequence logo if
 338        * the alignment has no colourscheme set
 339        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 340        */
 341       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 342               ? new NucleotideColourScheme()
 343               : new ZappoColourScheme();
 344       profcolour = new ResidueShader(col);
 345     }
 346     columnSelection = av.getColumnSelection();
 347     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 348     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 349     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 350     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 351     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 356    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 357    * depend on the profile type.
 358    *
 359    * @param aa
 360    * @param column
 361    * @return
 362    */
 363   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 364   {
 365     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 366     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 367     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 368     //
 369     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 370             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 371     {
 372       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 373       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 374               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 375       {
 376         // TODO? group consensus for cDNA complement
 377         return AAFrequency.extractProfile(
 378                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 379                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 380       }
 381       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 382       // be stored
 383       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 384       {
 385         if (forComplement)
 386         {
 387           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 388                   av_ignoreGapsConsensus);
 389         }
 390         else
 391         {
 392           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 393                   av_ignoreGapsConsensus);
 394         }
 395       }
 396     }
 397     else
 398     {
 399       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 400       {
 401         // TODO implement group structure consensus
 402         /*
 403          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 404          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 405          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 406          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 407          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 408          */
 409         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 410         // to
 411         // be stored
 412         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 413                 && hStrucConsensus != null
 414                 && hStrucConsensus.length > column)
 415         {
 416           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 417                   av_ignoreGapsConsensus);
 418         }
 419       }
 420     }
 421     return null;
 422   }
 423
 424   boolean rna = false;
 425
 426   private AnnotationRendererFactoryI rendererFactoryI;
 427
 428   /**
 429    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 430    *
 431    * @param annotPanel
 432    *          container frame
 433    * @param av
 434    *          data and view settings to render
 435    * @param g
 436    *          destination for graphics
 437    * @param activeRow
 438    *          row where a mouse event occured (or -1)
 439    * @param startRes
 440    *          first column that will be drawn
 441    * @param endRes
 442    *          last column that will be drawn
 443    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 444    *         currently being calculated
 445    */
 446   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 447           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 448           int endRes)
 449   {
 450     long stime = System.currentTimeMillis();
 451     boolean usedFaded = false;
 452     // NOTES:
 453     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 454     // AlignViewport
 455     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 456     fm = g.getFontMetrics();
 457     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 458     int temp = 0;
 459     if (aa == null)
 460     {
 461       return false;
 462     }
 463     int x = 0, y = 0;
 464     int column = 0;
 465     char lastSS;
 466     int lastSSX;
 467     int iconOffset = 0;
 468     boolean validRes = false;
 469     boolean validEnd = false;
 470     boolean labelAllCols = false;
 471     boolean centreColLabels;
 472     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 473     boolean scaleColLabel = false;
 474     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 475             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 476     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 477             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 478     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 479             .getComplementConsensusAnnotation();
 480     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
 481             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 482
 483     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 484     int charOffset = 0; // offset for a label
 485     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 486     // column.
 487     Font ofont = g.getFont();
 488     // \u03B2 \u03B1
 489     // debug ints
 490     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 491     boolean clipst = false, clipend = false;
 492     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 493     {
 494       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 495       isRNA = row.isRNA();
 496       {
 497         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 498         // settings appropriately
 499         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 500         // data
 501         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 502         {
 503           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 504           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 505           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 506         }
 507         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 508                 || row == complementConsensusAnnot)
 509         {
 510           renderHistogram = av_renderHistogram;
 511           renderProfile = av_renderProfile;
 512           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 513         }
 514         else
 515         {
 516           renderHistogram = true;
 517           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 518           // currently used in any other annotation track renderer
 519         }
 520       }
 521       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 522       if (!row.visible)
 523       {
 524         continue;
 525       }
 526       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 527       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 528       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 529       lastSS = ' ';
 530       lastSSX = 0;
 531
 532       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 533               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 534       {// if_in_visible_region
 535         if (!clipst)
 536         {
 537           clipst = true;
 538           yfrom = y;
 539           f_i = i;
 540         }
 541         yto = y;
 542         f_to = i;
 543         if (row.graph > 0)
 544         {
 545           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 546           {
 547             continue;
 548           }
 549
 550           // this is so that we draw the characters below the graph
 551           y += row.height;
 552
 553           if (row.hasText)
 554           {
 555             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 556             y -= charHeight;
 557           }
 558         }
 559         else if (row.hasText)
 560         {
 561           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 562
 563         }
 564         else
 565         {
 566           iconOffset = 0;
 567         }
 568
 569         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 570         {
 571           y += charHeight;
 572           usedFaded = true;
 573           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 574                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 575           g.setColor(Color.black);
 576           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 577
 578           continue;
 579         }
 580
 581         /*
 582          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 583          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 584          *
 585          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 586          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 587          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 588          *
 589          * g.setColor(Color.black); //
 590          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 591          *
 592          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 593          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 594          *
 595          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 596          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 597          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 598          * g.setColor(Color.black); // /
 599          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 600          *
 601          * continue; }
 602          */
 603         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 604         // column
 605         // of startRes
 606         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 607         while (x < endRes - startRes)
 608         {
 609           if (hasHiddenColumns)
 610           {
 611             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 612             if (column > row_annotations.length - 1)
 613             {
 614               break;
 615             }
 616           }
 617           else
 618           {
 619             column = startRes + x;
 620           }
 621
 622           if ((row_annotations == null)
 623                   || (row_annotations.length <= column)
 624                   || (row_annotations[column] == null))
 625           {
 626             validRes = false;
 627           }
 628           else
 629           {
 630             validRes = true;
 631           }
 632           final String displayChar = validRes
 633                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 634                   : null;
 635           if (x > -1)
 636           {
 637             if (activeRow == i)
 638             {
 639               g.setColor(Color.red);
 640
 641               if (columnSelection != null)
 642               {
 643                 if (columnSelection.contains(column))
 644                 {
 645                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 646                 }
 647               }
 648             }
 649             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 650             {
 651               g.setColor(Color.orange);
 652               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 653             }
 654             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 655             {
 656               g.setColor(Color.orange.darker());
 657               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 658             }
 659             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 660                     && (displayChar.length() > 0))
 661             {
 662
 663               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 664                       displayChar.length());
 665               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 666               {
 667                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 668                 // displayChar.length());
 669                 //
 670                 // if (scaleColLabel)
 671                 // {
 672                 // justify the label and scale to fit in column
 673                 if (fmWidth > charWidth)
 674                 {
 675                   // scale only if the current font isn't already small enough
 676                   fmScaling = charWidth;
 677                   fmScaling /= fmWidth;
 678                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 679                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 680                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 681                   fmWidth = charWidth;
 682                 }
 683                 // }
 684               }
 685               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 686               // else
 687               // {
 688               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 689               // }
 690               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 691
 692               if (row_annotations[column].colour == null)
 693               {
 694                 g.setColor(Color.black);
 695               }
 696               else
 697               {
 698                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 699               }
 700
 701               if (column == 0 || row.graph > 0)
 702               {
 703                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset,
 704                         y + iconOffset);
 705               }
 706               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 707                       || !displayChar.equals(
 708                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 709                       || (displayChar.length() < 2
 710                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 711               {
 712                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset,
 713                         y + iconOffset);
 714               }
 715               g.setFont(ofont);
 716             }
 717           }
 718           if (row.hasIcons)
 719           {
 720             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 721                     : '-';
 722
 723             if (ss == '(')
 724             {
 725               // distinguish between forward/backward base-pairing
 726               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 727               {
 728
 729                 ss = ')';
 730
 731               }
 732             }
 733             if (ss == '[')
 734             {
 735               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 736               {
 737                 ss = ']';
 738
 739               }
 740             }
 741             if (ss == '{')
 742             {
 743               // distinguish between forward/backward base-pairing
 744               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 745               {
 746                 ss = '}';
 747
 748               }
 749             }
 750             if (ss == '<')
 751             {
 752               // distinguish between forward/backward base-pairing
 753               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 754               {
 755                 ss = '>';
 756
 757               }
 758             }
 759             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 760             {
 761               // distinguish between forward/backward base-pairing
 762               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 763               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 764               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 765               {
 766                 ss = (char) ssLowerCase;
 767               }
 768             }
 769
 770             if (!validRes || (ss != lastSS))
 771             {
 772
 773               if (x > -1)
 774               {
 775
 776                 int nb_annot = x - temp;
 777                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 778                 // annot :"+nb_annot);
 779                 switch (lastSS)
 780                 {
 781                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 782                 case ')': // and opposite direction
 783                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 784                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 785                   temp = x;
 786                   break;
 787
 788                 case 'H':
 789                   if (!isRNA)
 790                   {
 791                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 792                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 793                             validEnd);
 794                     break;
 795                   }
 796                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 797                 case 'E':
 798                   if (!isRNA)
 799                   {
 800                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 801                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 802                             validEnd);
 803                     break;
 804                   }
 805                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 806
 807                 case '{':
 808                 case '}':
 809                 case '[':
 810                 case ']':
 811                 case '>':
 812                 case '<':
 813                 case 'A':
 814                 case 'a':
 815                 case 'B':
 816                 case 'b':
 817                 case 'C':
 818                 case 'c':
 819                 case 'D':
 820                 case 'd':
 821                 case 'e':
 822                 case 'F':
 823                 case 'f':
 824                 case 'G':
 825                 case 'g':
 826                 case 'h':
 827                 case 'I':
 828                 case 'i':
 829                 case 'J':
 830                 case 'j':
 831                 case 'K':
 832                 case 'k':
 833                 case 'L':
 834                 case 'l':
 835                 case 'M':
 836                 case 'm':
 837                 case 'N':
 838                 case 'n':
 839                 case 'O':
 840                 case 'o':
 841                 case 'P':
 842                 case 'p':
 843                 case 'Q':
 844                 case 'q':
 845                 case 'R':
 846                 case 'r':
 847                 case 'S':
 848                 case 's':
 849                 case 'T':
 850                 case 't':
 851                 case 'U':
 852                 case 'u':
 853                 case 'V':
 854                 case 'v':
 855                 case 'W':
 856                 case 'w':
 857                 case 'X':
 858                 case 'x':
 859                 case 'Y':
 860                 case 'y':
 861                 case 'Z':
 862                 case 'z':
 863
 864                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 865                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 866                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 867                           validRes, validEnd);
 868                   temp = x;
 869                   break;
 870                 default:
 871                   g.setColor(Color.gray);
 872                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 873                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 874                   temp = x;
 875                   break;
 876                 }
 877               }
 878               if (validRes)
 879               {
 880                 lastSS = ss;
 881               }
 882               else
 883               {
 884                 lastSS = ' ';
 885               }
 886               if (x > -1)
 887               {
 888                 lastSSX = (x * charWidth);
 889               }
 890             }
 891           }
 892           column++;
 893           x++;
 894         }
 895         if (column >= row_annotations.length)
 896         {
 897           column = row_annotations.length - 1;
 898           validEnd = false;
 899         }
 900         else
 901         {
 902           validEnd = true;
 903         }
 904         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 905                 || (row_annotations[column] == null))
 906         {
 907           validRes = false;
 908         }
 909         else
 910         {
 911           validRes = true;
 912         }
 913         // x ++;
 914
 915         if (row.hasIcons)
 916         {
 917           switch (lastSS)
 918           {
 919
 920           case 'H':
 921             if (!isRNA)
 922             {
 923               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 924                       startRes, column, validRes, validEnd);
 925               break;
 926             }
 927             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 928
 929           case 'E':
 930             if (!isRNA)
 931             {
 932               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 933                       startRes, column, validRes, validEnd);
 934               break;
 935             }
 936             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 937
 938           case '(':
 939           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 940
 941             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 942                     startRes, column, validRes, validEnd);
 943
 944             break;
 945           case '{':
 946           case '}':
 947           case '[':
 948           case ']':
 949           case '>':
 950           case '<':
 951           case 'A':
 952           case 'a':
 953           case 'B':
 954           case 'b':
 955           case 'C':
 956           case 'c':
 957           case 'D':
 958           case 'd':
 959           case 'e':
 960           case 'F':
 961           case 'f':
 962           case 'G':
 963           case 'g':
 964           case 'h':
 965           case 'I':
 966           case 'i':
 967           case 'J':
 968           case 'j':
 969           case 'K':
 970           case 'k':
 971           case 'L':
 972           case 'l':
 973           case 'M':
 974           case 'm':
 975           case 'N':
 976           case 'n':
 977           case 'O':
 978           case 'o':
 979           case 'P':
 980           case 'p':
 981           case 'Q':
 982           case 'q':
 983           case 'R':
 984           case 'r':
 985           case 'T':
 986           case 't':
 987           case 'U':
 988           case 'u':
 989           case 'V':
 990           case 'v':
 991           case 'W':
 992           case 'w':
 993           case 'X':
 994           case 'x':
 995           case 'Y':
 996           case 'y':
 997           case 'Z':
 998           case 'z':
 999             // System.out.println(lastSS);
1000             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
1001             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1002                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1003             break;
1004           default:
1005             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1006                     startRes, column, validRes, validEnd);
1007             break;
1008           }
1009         }
1010
1011         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1012         {
1013           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1014           {
1015             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1016             {
1017               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1018               // computed efficiently for all visible labels
1019               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1020               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1021               {
1022                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1023                 {
1024                   continue;
1025                 }
1026
1027                 if (aa[gg] != row)
1028                 {
1029                   aa[gg].visible = false;
1030                 }
1031                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1032                 {
1033                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1034                 }
1035                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1036                 {
1037                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1038                 }
1039               }
1040
1041               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1042               {
1043                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1044                 {
1045                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1046                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1047                 }
1048               }
1049
1050               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1051             }
1052             else
1053             {
1054               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1055                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1056             }
1057           }
1058           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1059           {
1060             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1061                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1062                     renderProfile, normaliseProfile);
1063           }
1064           else
1065           {
1066             AnnotationRowRendererI renderer = rendererFactoryI
1067                     .getRendererFor(row);
1068             if (renderer != null)
1069             {
1070               renderer.renderRow(g, charWidth, charHeight,
1071                       hasHiddenColumns, av, hiddenColumns, columnSelection,
1072                       row, row_annotations, startRes, endRes, row.graphMin,
1073                       row.graphMax, y);
1074             }
1075             if (debugRedraw)
1076             {
1077               if (renderer == null)
1078               {
1079                 System.err.println("No renderer found for "
1080                         + row.toString());
1081               }
1082               else
1083               {
1084                 System.err.println("rendered with "
1085                         + renderer.getClass().toString());
1086               }
1087             }
1088
1089           }
1090         }
1091       }
1092       else
1093       {
1094         if (clipst && !clipend)
1095         {
1096           clipend = true;
1097         }
1098       } // end if_in_visible_region
1099       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1100       {
1101         y += charHeight;
1102       }
1103
1104       if (row.graph == 0)
1105       {
1106         y += aa[i].height;
1107       }
1108     }
1109     if (debugRedraw)
1110     {
1111       if (canClip)
1112       {
1113         if (clipst)
1114         {
1115           System.err.println(
1116                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1117         }
1118         if (clipend)
1119         {
1120           System.err.println(
1121                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1122         }
1123       }
1124       ;
1125       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1126               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1127     }
1128     ;
1129
1130     return !usedFaded;
1131   }
1132
1133   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1134
1135   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1136
1137   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1138
1139   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1140
1141   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1142
1143   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1144           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1145           boolean validEnd)
1146   {
1147     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1148     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1149   }
1150
1151   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1152
1153           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1154           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1155   {
1156     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1157
1158     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1159             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1160     {
1161       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1162               7);
1163       g.fillPolygon(
1164               new int[]
1165               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1166               new int[]
1167               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1168               3);
1169     }
1170     else
1171     {
1172       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1173               7);
1174     }
1175
1176   }
1177
1178   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1179           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1180           boolean validEnd)
1181   {
1182     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1183
1184     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1185             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1186     int x1 = lastSSX;
1187     int x2 = (x * charWidth);
1188
1189     if (MAC)
1190     {
1191       int ofs = charWidth / 2;
1192       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1193       // to offscreen image on the MAC
1194       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1195       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1196               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1197       {
1198       }
1199       else
1200       {
1201         // g.setColor(Color.orange);
1202         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1203                 0, 0);
1204       }
1205       if (!validRes || row[column] == null
1206               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1207       {
1208
1209       }
1210       else
1211       {
1212         // g.setColor(Color.magenta);
1213         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1214                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1215
1216       }
1217
1218       return;
1219     }
1220
1221     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1222             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1223     {
1224       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1225       x1 += charWidth / 2;
1226     }
1227
1228     if (!validRes || row[column] == null
1229             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1230     {
1231       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1232               8, 270, 180);
1233       x2 -= charWidth / 2;
1234     }
1235
1236     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1237   }
1238
1239   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1240           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1241           float max, int graphHeight)
1242   {
1243     if (sRes > aa_annotations.length)
1244     {
1245       return;
1246     }
1247
1248     int x = 0;
1249
1250     // Adjustment for fastpaint to left
1251     if (eRes < endRes)
1252     {
1253       eRes++;
1254     }
1255
1256     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1257
1258     if (sRes == 0)
1259     {
1260       x++;
1261     }
1262
1263     int y1 = y, y2 = y;
1264     float range = max - min;
1265
1266     // //Draw origin
1267     if (min < 0)
1268     {
1269       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1270     }
1271
1272     g.setColor(Color.gray);
1273     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1274
1275     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1276
1277     int column;
1278     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1279
1280     while (x < eRes - sRes)
1281     {
1282       column = sRes + x;
1283       if (hasHiddenColumns)
1284       {
1285         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1286       }
1287
1288       if (column > aaMax)
1289       {
1290         break;
1291       }
1292
1293       if (aa_annotations[column] == null
1294               || aa_annotations[column - 1] == null)
1295       {
1296         x++;
1297         continue;
1298       }
1299
1300       if (aa_annotations[column].colour == null)
1301       {
1302         g.setColor(Color.black);
1303       }
1304       else
1305       {
1306         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1307       }
1308
1309       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1310               * graphHeight);
1311       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1312               * graphHeight);
1313
1314       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1315               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1316       x++;
1317     }
1318
1319     if (_aa.threshold != null)
1320     {
1321       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1322       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1323       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1324               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1325               { 5f, 3f }, 0f));
1326
1327       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1328       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1329       g2.setStroke(new BasicStroke());
1330     }
1331   }
1332
1333   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1334           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1335           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1336           boolean normaliseProfile)
1337   {
1338     if (sRes > aa_annotations.length)
1339     {
1340       return;
1341     }
1342     Font ofont = g.getFont();
1343     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1344
1345     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1346
1347     float range = max - min;
1348
1349     if (min < 0)
1350     {
1351       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1352     }
1353
1354     g.setColor(Color.gray);
1355
1356     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1357
1358     int column;
1359     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1360     while (x < eRes - sRes)
1361     {
1362       column = sRes + x;
1363       if (hasHiddenColumns)
1364       {
1365         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1366       }
1367
1368       if (column > aaMax)
1369       {
1370         break;
1371       }
1372
1373       if (aa_annotations[column] == null)
1374       {
1375         x++;
1376         continue;
1377       }
1378       if (aa_annotations[column].colour == null)
1379       {
1380         g.setColor(Color.black);
1381       }
1382       else
1383       {
1384         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1385       }
1386
1387       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1388               * _aa.graphHeight);
1389
1390       if (renderHistogram)
1391       {
1392         if (y1 - y2 > 0)
1393         {
1394           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1395         }
1396         else
1397         {
1398           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1399         }
1400       }
1401       // draw profile if available
1402       if (renderProfile)
1403       {
1404
1405         /*
1406          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1407          */
1408         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1409
1410         // just try to draw the logo if profl is not null
1411         if (profl != null && profl[2] != 0)
1412         {
1413           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1414           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1415           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1416           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1417           double hght;
1418           float wdth;
1419           double ht2 = 0;
1420           char[] dc;
1421
1422           /**
1423            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1424            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1425            */
1426           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1427
1428           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1429           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1430           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1431           double scl = 0.0;
1432
1433           /*
1434            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1435            */
1436           int c = 3;
1437           int valuesProcessed = 0;
1438           // profl[1] is the number of values in the profile
1439           while (valuesProcessed < profl[1])
1440           {
1441             if (isStructureProfile)
1442             {
1443               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1444               dc[0] = (char) profl[c++];
1445               dc[1] = (char) profl[c++];
1446             }
1447             else if (isCdnaProfile)
1448             {
1449               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1450             }
1451             else
1452             {
1453               dc[0] = (char) profl[c++];
1454             }
1455
1456             wdth = charWidth;
1457             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1458
1459             ht += scl;
1460             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1461             scl = htn * scale * profl[c++];
1462             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1,
1463                     g.getFontMetrics().getFontRenderContext());
1464             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform
1465                     .getScaleInstance(wdth, scl / lm.getAscent()));
1466             g.setFont(font);
1467             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1468
1469             // Debug - render boxes around characters
1470             // g.setColor(Color.red);
1471             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1472             // (int)(scl));
1473             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1474
1475             /*
1476              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1477              * codon translation if a cDNA profile
1478              */
1479             Color colour = null;
1480             if (isCdnaProfile)
1481             {
1482               final String codonTranslation = ResidueProperties
1483                       .codonTranslate(new String(dc));
1484               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1485                       column, null);
1486             }
1487             else
1488             {
1489               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1490             }
1491             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1492
1493             hght = (ht + (scl - lm.getDescent()
1494                     - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1495
1496             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1497             valuesProcessed++;
1498           }
1499           g.setFont(ofont);
1500         }
1501       }
1502       x++;
1503     }
1504     if (_aa.threshold != null)
1505     {
1506       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1507       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1508       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1509               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1510               { 5f, 3f }, 0f));
1511
1512       y2 = (int) (y
1513               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1514       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1515       g2.setStroke(new BasicStroke());
1516     }
1517   }
1518
1519   // used by overview window
1520   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1521           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1522   {
1523     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1524     g.setColor(Color.white);
1525     g.fillRect(0, 0, width, y);
1526     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1527
1528     int x = 0, height;
1529
1530     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1531     {
1532       if (aa_annotations[j] != null)
1533       {
1534         if (aa_annotations[j].colour == null)
1535         {
1536           g.setColor(Color.black);
1537         }
1538         else
1539         {
1540           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1541         }
1542
1543         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1544         if (height > y)
1545         {
1546           height = y;
1547         }
1548
1549         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1550       }
1551       x += charWidth;
1552     }
1553   }
1554
1555   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1556   {
1557     switch (lastss)
1558     {
1559     case '{':
1560     case '}':
1561       return new Color(255, 125, 5);
1562
1563     case '[':
1564     case ']':
1565       return new Color(245, 115, 10);
1566
1567     case '>':
1568     case '<':
1569       return new Color(235, 135, 15);
1570
1571     case 'A':
1572     case 'a':
1573       return new Color(225, 105, 20);
1574
1575     case 'B':
1576     case 'b':
1577       return new Color(215, 145, 30);
1578
1579     case 'C':
1580     case 'c':
1581       return new Color(205, 95, 35);
1582
1583     case 'D':
1584     case 'd':
1585       return new Color(195, 155, 45);
1586
1587     case 'E':
1588     case 'e':
1589       return new Color(185, 85, 55);
1590
1591     case 'F':
1592     case 'f':
1593       return new Color(175, 165, 65);
1594
1595     case 'G':
1596     case 'g':
1597       return new Color(170, 75, 75);
1598
1599     case 'H':
1600     case 'h':
1601       return new Color(160, 175, 85);
1602
1603     case 'I':
1604     case 'i':
1605       return new Color(150, 65, 95);
1606
1607     case 'J':
1608     case 'j':
1609       return new Color(140, 185, 105);
1610
1611     case 'K':
1612     case 'k':
1613       return new Color(130, 55, 110);
1614
1615     case 'L':
1616     case 'l':
1617       return new Color(120, 195, 120);
1618
1619     case 'M':
1620     case 'm':
1621       return new Color(110, 45, 130);
1622
1623     case 'N':
1624     case 'n':
1625       return new Color(100, 205, 140);
1626
1627     case 'O':
1628     case 'o':
1629       return new Color(90, 35, 150);
1630
1631     case 'P':
1632     case 'p':
1633       return new Color(85, 215, 160);
1634
1635     case 'Q':
1636     case 'q':
1637       return new Color(75, 25, 170);
1638
1639     case 'R':
1640     case 'r':
1641       return new Color(65, 225, 180);
1642
1643     case 'S':
1644     case 's':
1645       return new Color(55, 15, 185);
1646
1647     case 'T':
1648     case 't':
1649       return new Color(45, 235, 195);
1650
1651     case 'U':
1652     case 'u':
1653       return new Color(35, 5, 205);
1654
1655     case 'V':
1656     case 'v':
1657       return new Color(25, 245, 215);
1658
1659     case 'W':
1660     case 'w':
1661       return new Color(15, 0, 225);
1662
1663     case 'X':
1664     case 'x':
1665       return new Color(10, 255, 235);
1666
1667     case 'Y':
1668     case 'y':
1669       return new Color(5, 150, 245);
1670
1671     case 'Z':
1672     case 'z':
1673       return new Color(0, 80, 255);
1674
1675     default:
1676       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1677       return null;
1678
1679     }
1680   }
1681 }