src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  36 import jalview.util.Platform;
  37
  38 import java.awt.BasicStroke;
  39 import java.awt.Color;
  40 import java.awt.Font;
  41 import java.awt.FontMetrics;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.Graphics2D;
  44 import java.awt.Image;
  45 import java.awt.font.LineMetrics;
  46 import java.awt.geom.AffineTransform;
  47 import java.awt.image.ImageObserver;
  48 import java.util.BitSet;
  49 import java.util.Hashtable;
  50
  51 public class AnnotationRenderer
  52 {
  53   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  54
  55   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  56
  57   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  58
  59   /**
  60    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  61    */
  62   private final boolean debugRedraw;
  63
  64   private int charWidth, endRes, charHeight;
  65
  66   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  67
  68   private FontMetrics fm;
  69
  70   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  71
  72   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  73           av_normaliseProfile = false;
  74
  75   ResidueShaderI profcolour = null;
  76
  77   private ColumnSelection columnSelection;
  78
  79   private ProfilesI hconsensus;
  80
  81   private Hashtable[] complementConsensus;
  82
  83   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  84
  85   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  86
  87   /**
  88    * attributes set from AwtRenderPanelI
  89    */
  90   /**
  91    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  92    * rendered
  93    */
  94   private Image fadedImage;
  95
  96   /**
  97    * panel being rendered into
  98    */
  99   private ImageObserver annotationPanel;
 100
 101   /**
 102    * width of image to render in panel
 103    */
 104   private int imgWidth;
 105
 106   /**
 107    * offset to beginning of visible area
 108    */
 109   private int sOffset;
 110
 111   /**
 112    * offset to end of visible area
 113    */
 114   private int visHeight;
 115
 116   /**
 117    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 118    * annotation given the current view settings
 119    */
 120   private boolean useClip = true;
 121
 122   /**
 123    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 124    * jalview 2.8.1
 125    */
 126   private boolean canClip = false;
 127
 128   public AnnotationRenderer()
 129   {
 130     this(false);
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Create a new annotation Renderer
 135    *
 136    * @param debugRedraw
 137    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 138    *          output
 139    */
 140   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 141   {
 142     this.debugRedraw = debugRedraw;
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 147    */
 148   public void dispose()
 149   {
 150     hconsensus = null;
 151     complementConsensus = null;
 152     hStrucConsensus = null;
 153     fadedImage = null;
 154     annotationPanel = null;
 155   }
 156
 157   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 158           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 159           boolean validRes, boolean validEnd)
 160   {
 161     g.setColor(STEM_COLOUR);
 162     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 163     int x1 = lastSSX;
 164     int x2 = (x * charWidth);
 165
 166     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 167             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 168
 169     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 170             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 171     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 172             || row_annotations[column] == null
 173             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 174
 175     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 176     {
 177       if (diffupstream)
 178       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 179       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 180       {
 181         /*
 182          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 183          * display a backward arrow
 184          */
 185         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 186                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 187                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 188         x1 += 5;
 189       }
 190       if (diffdownstream)
 191       {
 192         x2 -= 1;
 193       }
 194     }
 195     else
 196     {
 197       // display a forward arrow
 198       if (diffdownstream)
 199       {
 200         /*
 201          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 202          * display a forward arrow
 203          */
 204         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 205             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 206         x2 -= 5;
 207       }
 208       if (diffupstream)
 209       {
 210         x1 += 1;
 211       }
 212     }
 213     // draw arrow body
 214     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 215   }
 216
 217   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 218           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 219           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 220           boolean validEnd)
 221   {
 222     // System.out.println(nonCanColor);
 223
 224     g.setColor(nonCanColor);
 225     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 226     int x1 = lastSSX;
 227     int x2 = (x * charWidth);
 228
 229     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 230             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 231
 232     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 233             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 234     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 235             || row_annotations[column] == null
 236             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 237     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 238     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 239     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 240     {
 241
 242       if (diffupstream)
 243       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 244       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 245       {
 246         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 247                 new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
 248                     y + 8 + iconOffset }, 3);
 249         x1 += 5;
 250       }
 251       if (diffdownstream)
 252       {
 253         x2 -= 1;
 254       }
 255     }
 256     else
 257     {
 258
 259       // display a forward arrow
 260       if (diffdownstream)
 261       {
 262         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
 263             y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 264         x2 -= 5;
 265       }
 266       if (diffupstream)
 267       {
 268         x1 += 1;
 269       }
 270     }
 271     // draw arrow body
 272     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 273   }
 274
 275   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 276   // av)
 277   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 278           AlignViewportI av)
 279   {
 280     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 281     annotationPanel = annotPanel;
 282     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 283     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 284     // visible area for rendering
 285     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 286     if (bounds != null)
 287     {
 288       sOffset = bounds[0];
 289       visHeight = bounds[1];
 290       if (visHeight == 0)
 291       {
 292         useClip = false;
 293       }
 294       else
 295       {
 296         useClip = canClip;
 297       }
 298     }
 299     else
 300     {
 301       useClip = false;
 302     }
 303
 304     updateFromAlignViewport(av);
 305   }
 306
 307   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 308   {
 309     charWidth = av.getCharWidth();
 310     endRes = av.getEndRes();
 311     charHeight = av.getCharHeight();
 312     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 313     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 314     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 315     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 316     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 317     profcolour = av.getResidueShading();
 318     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 319     {
 320       /*
 321        * Use default colour for sequence logo if
 322        * the alignment has no colourscheme set
 323        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 324        */
 325       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide() ? new NucleotideColourScheme()
 326               : new ZappoColourScheme();
 327       profcolour = new ResidueShader(col);
 328     }
 329     columnSelection = av.getColumnSelection();
 330     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 331     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 332     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 333     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 334   }
 335
 336   /**
 337    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 338    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 339    * depend on the profile type.
 340    *
 341    * @param aa
 342    * @param column
 343    * @return
 344    */
 345   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 346   {
 347     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 348     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 349     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 350     //
 351     if (aa.autoCalculated
 352             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 353                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 354     {
 355       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 356       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 357               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 358       {
 359         // TODO? group consensus for cDNA complement
 360         return AAFrequency.extractProfile(
 361                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 362                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 363       }
 364       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 365       // be stored
 366       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 367       {
 368         if (forComplement)
 369         {
 370           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 371                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 372         }
 373         else
 374         {
 375           return AAFrequency.extractProfile(
 376 hconsensus.get(column),
 377                   av_ignoreGapsConsensus);
 378         }
 379       }
 380     }
 381     else
 382     {
 383       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 384       {
 385         // TODO implement group structure consensus
 386         /*
 387          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 388          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 389          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 390          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 391          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 392          */
 393         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 394         // to
 395         // be stored
 396         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 397                 && hStrucConsensus != null
 398                 && hStrucConsensus.length > column)
 399         {
 400           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 401                   av_ignoreGapsConsensus);
 402         }
 403       }
 404     }
 405     return null;
 406   }
 407
 408   boolean rna = false;
 409
 410   /**
 411    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 412    *
 413    * @param annotPanel
 414    *          container frame
 415    * @param av
 416    *          data and view settings to render
 417    * @param g
 418    *          destination for graphics
 419    * @param activeRow
 420    *          row where a mouse event occured (or -1)
 421    * @param startRes
 422    *          first column that will be drawn
 423    * @param endRes
 424    *          last column that will be drawn
 425    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 426    *         currently being calculated
 427    */
 428   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 429           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 430           int endRes)
 431   {
 432     long stime = System.currentTimeMillis();
 433     boolean usedFaded = false;
 434     // NOTES:
 435     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 436     // AlignViewport
 437     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 438     fm = g.getFontMetrics();
 439     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 440     int temp = 0;
 441     if (aa == null)
 442     {
 443       return false;
 444     }
 445     int x = 0, y = 0;
 446     int column = 0;
 447     char lastSS;
 448     int lastSSX;
 449     int iconOffset = 0;
 450     boolean validRes = false;
 451     boolean validEnd = false;
 452     boolean labelAllCols = false;
 453     boolean centreColLabels;
 454     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 455     boolean scaleColLabel = false;
 456     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 457             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 458     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 459             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 460     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 461             .getComplementConsensusAnnotation();
 462     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 463
 464     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 465     int charOffset = 0; // offset for a label
 466     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 467     // column.
 468     Font ofont = g.getFont();
 469     // \u03B2 \u03B1
 470     // debug ints
 471     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 472     boolean clipst = false, clipend = false;
 473     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 474     {
 475       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 476       isRNA = row.isRNA();
 477       {
 478         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 479         // settings appropriately
 480         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 481         // data
 482         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 483         {
 484           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 485           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 486           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 487         }
 488         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 489                 || row == complementConsensusAnnot)
 490         {
 491           renderHistogram = av_renderHistogram;
 492           renderProfile = av_renderProfile;
 493           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 494         }
 495         else
 496         {
 497           renderHistogram = true;
 498           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 499           // currently used in any other annotation track renderer
 500         }
 501       }
 502       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 503       if (!row.visible)
 504       {
 505         continue;
 506       }
 507       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 508       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 509       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 510       lastSS = ' ';
 511       lastSSX = 0;
 512
 513       if (!useClip
 514               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 515       {// if_in_visible_region
 516         if (!clipst)
 517         {
 518           clipst = true;
 519           yfrom = y;
 520           f_i = i;
 521         }
 522         yto = y;
 523         f_to = i;
 524         if (row.graph > 0)
 525         {
 526           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 527           {
 528             continue;
 529           }
 530
 531           // this is so that we draw the characters below the graph
 532           y += row.height;
 533
 534           if (row.hasText)
 535           {
 536             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 537             y -= charHeight;
 538           }
 539         }
 540         else if (row.hasText)
 541         {
 542           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 543
 544         }
 545         else
 546         {
 547           iconOffset = 0;
 548         }
 549
 550         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 551         {
 552           y += charHeight;
 553           usedFaded = true;
 554           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 555                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 556           g.setColor(Color.black);
 557           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 558
 559           continue;
 560         }
 561
 562         /*
 563          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 564          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 565          *
 566          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 567          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 568          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 569          *
 570          * g.setColor(Color.black); //
 571          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 572          *
 573          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 574          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 575          *
 576          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 577          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 578          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 579          * g.setColor(Color.black); // /
 580          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 581          *
 582          * continue; }
 583          */
 584         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 585         // column
 586         // of startRes
 587         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 588         while (x < endRes - startRes)
 589         {
 590           if (hasHiddenColumns)
 591           {
 592             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 593             if (column > row_annotations.length - 1)
 594             {
 595               break;
 596             }
 597           }
 598           else
 599           {
 600             column = startRes + x;
 601           }
 602
 603           if ((row_annotations == null)
 604                   || (row_annotations.length <= column)
 605                   || (row_annotations[column] == null))
 606           {
 607             validRes = false;
 608           }
 609           else
 610           {
 611             validRes = true;
 612           }
 613           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 614                   : null;
 615           if (x > -1)
 616           {
 617             if (activeRow == i)
 618             {
 619               g.setColor(Color.red);
 620
 621               if (columnSelection != null)
 622               {
 623                 if (columnSelection.contains(column))
 624                 {
 625                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 626                 }
 627               }
 628             }
 629             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 630             {
 631               g.setColor(Color.orange);
 632               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 633             }
 634             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 635             {
 636               g.setColor(Color.orange.darker());
 637               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 638             }
 639             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 640                     && (displayChar.length() > 0))
 641             {
 642
 643               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 644                       displayChar.length());
 645               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 646               {
 647                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 648                 // displayChar.length());
 649                 //
 650                 // if (scaleColLabel)
 651                 // {
 652                 // justify the label and scale to fit in column
 653                 if (fmWidth > charWidth)
 654                 {
 655                   // scale only if the current font isn't already small enough
 656                   fmScaling = charWidth;
 657                   fmScaling /= fmWidth;
 658                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 659                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 660                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 661                   fmWidth = charWidth;
 662                 }
 663                 // }
 664               }
 665               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 666               // else
 667               // {
 668               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 669               // }
 670               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 671
 672               if (row_annotations[column].colour == null)
 673               {
 674                 g.setColor(Color.black);
 675               }
 676               else
 677               {
 678                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 679               }
 680
 681               if (column == 0 || row.graph > 0)
 682               {
 683                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 684                         + iconOffset);
 685               }
 686               else if (row_annotations[column - 1] == null
 687                       || (labelAllCols
 688                               || !displayChar
 689                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 690                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 691               {
 692                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 693                         + iconOffset);
 694               }
 695               g.setFont(ofont);
 696             }
 697           }
 698           if (row.hasIcons)
 699           {
 700             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 701                     : '-';
 702
 703             if (ss == '(')
 704             {
 705               // distinguish between forward/backward base-pairing
 706               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 707               {
 708
 709                 ss = ')';
 710
 711               }
 712             }
 713             if (ss == '[')
 714             {
 715               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 716               {
 717                 ss = ']';
 718
 719               }
 720             }
 721             if (ss == '{')
 722             {
 723               // distinguish between forward/backward base-pairing
 724               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 725               {
 726                 ss = '}';
 727
 728               }
 729             }
 730             if (ss == '<')
 731             {
 732               // distinguish between forward/backward base-pairing
 733               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 734               {
 735                 ss = '>';
 736
 737               }
 738             }
 739             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 740             {
 741               // distinguish between forward/backward base-pairing
 742               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 743               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 744               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 745               {
 746                 ss = (char) ssLowerCase;
 747               }
 748             }
 749
 750             if (!validRes || (ss != lastSS))
 751             {
 752
 753               if (x > -1)
 754               {
 755
 756                 int nb_annot = x - temp;
 757                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 758                 switch (lastSS)
 759                 {
 760                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 761                 case ')': // and opposite direction
 762                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 763                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 764                   temp = x;
 765                   break;
 766
 767                 case 'H':
 768                   if (!isRNA)
 769                   {
 770                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 771                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 772                             validEnd);
 773                     break;
 774                   }
 775                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 776                 case 'E':
 777                   if (!isRNA)
 778                   {
 779                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 780                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 781                             validEnd);
 782                     break;
 783                   }
 784                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 785
 786                 case '{':
 787                 case '}':
 788                 case '[':
 789                 case ']':
 790                 case '>':
 791                 case '<':
 792                 case 'A':
 793                 case 'a':
 794                 case 'B':
 795                 case 'b':
 796                 case 'C':
 797                 case 'c':
 798                 case 'D':
 799                 case 'd':
 800                 case 'e':
 801                 case 'F':
 802                 case 'f':
 803                 case 'G':
 804                 case 'g':
 805                 case 'h':
 806                 case 'I':
 807                 case 'i':
 808                 case 'J':
 809                 case 'j':
 810                 case 'K':
 811                 case 'k':
 812                 case 'L':
 813                 case 'l':
 814                 case 'M':
 815                 case 'm':
 816                 case 'N':
 817                 case 'n':
 818                 case 'O':
 819                 case 'o':
 820                 case 'P':
 821                 case 'p':
 822                 case 'Q':
 823                 case 'q':
 824                 case 'R':
 825                 case 'r':
 826                 case 'S':
 827                 case 's':
 828                 case 'T':
 829                 case 't':
 830                 case 'U':
 831                 case 'u':
 832                 case 'V':
 833                 case 'v':
 834                 case 'W':
 835                 case 'w':
 836                 case 'X':
 837                 case 'x':
 838                 case 'Y':
 839                 case 'y':
 840                 case 'Z':
 841                 case 'z':
 842
 843                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 844                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 845                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 846                           validRes, validEnd);
 847                   temp = x;
 848                   break;
 849                 default:
 850                   g.setColor(Color.gray);
 851                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 852                           - lastSSX, 2);
 853                   temp = x;
 854                   break;
 855                 }
 856               }
 857               if (validRes)
 858               {
 859                 lastSS = ss;
 860               }
 861               else
 862               {
 863                 lastSS = ' ';
 864               }
 865               if (x > -1)
 866               {
 867                 lastSSX = (x * charWidth);
 868               }
 869             }
 870           }
 871           column++;
 872           x++;
 873         }
 874         if (column >= row_annotations.length)
 875         {
 876           column = row_annotations.length - 1;
 877           validEnd = false;
 878         }
 879         else
 880         {
 881           validEnd = true;
 882         }
 883         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 884                 || (row_annotations[column] == null))
 885         {
 886           validRes = false;
 887         }
 888         else
 889         {
 890           validRes = true;
 891         }
 892         // x ++;
 893
 894         if (row.hasIcons)
 895         {
 896           switch (lastSS)
 897           {
 898
 899           case 'H':
 900             if (!isRNA)
 901             {
 902               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 903                       startRes, column, validRes, validEnd);
 904               break;
 905             }
 906             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 907
 908           case 'E':
 909             if (!isRNA)
 910             {
 911               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 912                       startRes, column, validRes, validEnd);
 913               break;
 914             }
 915             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 916
 917           case '(':
 918           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 919
 920             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 921                     startRes, column, validRes, validEnd);
 922
 923             break;
 924           case '{':
 925           case '}':
 926           case '[':
 927           case ']':
 928           case '>':
 929           case '<':
 930           case 'A':
 931           case 'a':
 932           case 'B':
 933           case 'b':
 934           case 'C':
 935           case 'c':
 936           case 'D':
 937           case 'd':
 938           case 'e':
 939           case 'F':
 940           case 'f':
 941           case 'G':
 942           case 'g':
 943           case 'h':
 944           case 'I':
 945           case 'i':
 946           case 'J':
 947           case 'j':
 948           case 'K':
 949           case 'k':
 950           case 'L':
 951           case 'l':
 952           case 'M':
 953           case 'm':
 954           case 'N':
 955           case 'n':
 956           case 'O':
 957           case 'o':
 958           case 'P':
 959           case 'p':
 960           case 'Q':
 961           case 'q':
 962           case 'R':
 963           case 'r':
 964           case 'T':
 965           case 't':
 966           case 'U':
 967           case 'u':
 968           case 'V':
 969           case 'v':
 970           case 'W':
 971           case 'w':
 972           case 'X':
 973           case 'x':
 974           case 'Y':
 975           case 'y':
 976           case 'Z':
 977           case 'z':
 978             // System.out.println(lastSS);
 979             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 980             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 981                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 982             break;
 983           default:
 984             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 985                     startRes, column, validRes, validEnd);
 986             break;
 987           }
 988         }
 989
 990         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 991         {
 992           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 993           {
 994             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 995             {
 996               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 997               // computed efficiently for all visible labels
 998               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 999               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1000               {
1001                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1002                 {
1003                   continue;
1004                 }
1005
1006                 if (aa[gg] != row)
1007                 {
1008                   aa[gg].visible = false;
1009                 }
1010                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1011                 {
1012                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1013                 }
1014                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1015                 {
1016                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1017                 }
1018               }
1019
1020               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1021               {
1022                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1023                 {
1024                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1025                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1026                 }
1027               }
1028
1029               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1030             }
1031             else
1032             {
1033               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1034                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1035             }
1036           }
1037           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1038           {
1039             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1040                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1041                     renderProfile, normaliseProfile);
1042           }
1043         }
1044       }
1045       else
1046       {
1047         if (clipst && !clipend)
1048         {
1049           clipend = true;
1050         }
1051       }// end if_in_visible_region
1052       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1053       {
1054         y += charHeight;
1055       }
1056
1057       if (row.graph == 0)
1058       {
1059         y += aa[i].height;
1060       }
1061     }
1062     if (debugRedraw)
1063     {
1064       if (canClip)
1065       {
1066         if (clipst)
1067         {
1068           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1069                   + ")");
1070         }
1071         if (clipend)
1072         {
1073           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1074                   + ")");
1075         }
1076       }
1077       ;
1078       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1079               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1080     }
1081     ;
1082
1083     return !usedFaded;
1084   }
1085
1086   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1087
1088   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1089
1090   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1091
1092   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1093
1094   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1095
1096   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1097           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1098           boolean validRes, boolean validEnd)
1099   {
1100     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1101     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1102   }
1103
1104   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1105
1106   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1107           boolean validRes, boolean validEnd)
1108   {
1109     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1110
1111     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1112             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1113     {
1114       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1115               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1116       g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
1117           (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
1118           y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
1119     }
1120     else
1121     {
1122       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1123               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1124     }
1125
1126   }
1127
1128   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1129           int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1130           boolean validRes, boolean validEnd)
1131   {
1132     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1133
1134     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1135     int x1 = lastSSX;
1136     int x2 = (x * charWidth);
1137
1138     if (MAC)
1139     {
1140       int ofs = charWidth / 2;
1141       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1142       // to offscreen image on the MAC
1143       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1144       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1145               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1146       {
1147       }
1148       else
1149       {
1150         // g.setColor(Color.orange);
1151         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1152                 0, 0);
1153       }
1154       if (!validRes || row[column] == null
1155               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1156       {
1157
1158       }
1159       else
1160       {
1161         // g.setColor(Color.magenta);
1162         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1163                 + 1, 8, 0, 0);
1164
1165       }
1166
1167       return;
1168     }
1169
1170     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1171             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1172     {
1173       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1174       x1 += charWidth / 2;
1175     }
1176
1177     if (!validRes || row[column] == null
1178             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1179     {
1180       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1181               8, 270, 180);
1182       x2 -= charWidth / 2;
1183     }
1184
1185     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1186   }
1187
1188   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1189           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1190           float min, float max, int graphHeight)
1191   {
1192     if (sRes > aa_annotations.length)
1193     {
1194       return;
1195     }
1196
1197     int x = 0;
1198
1199     // Adjustment for fastpaint to left
1200     if (eRes < endRes)
1201     {
1202       eRes++;
1203     }
1204
1205     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1206
1207     if (sRes == 0)
1208     {
1209       x++;
1210     }
1211
1212     int y1 = y, y2 = y;
1213     float range = max - min;
1214
1215     // //Draw origin
1216     if (min < 0)
1217     {
1218       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1219     }
1220
1221     g.setColor(Color.gray);
1222     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1223
1224     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1225
1226     int column;
1227     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1228
1229     while (x < eRes - sRes)
1230     {
1231       column = sRes + x;
1232       if (hasHiddenColumns)
1233       {
1234         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1235       }
1236
1237       if (column > aaMax)
1238       {
1239         break;
1240       }
1241
1242       if (aa_annotations[column] == null
1243               || aa_annotations[column - 1] == null)
1244       {
1245         x++;
1246         continue;
1247       }
1248
1249       if (aa_annotations[column].colour == null)
1250       {
1251         g.setColor(Color.black);
1252       }
1253       else
1254       {
1255         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1256       }
1257
1258       y1 = y
1259               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1260       y2 = y
1261               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1262
1263       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1264               + charWidth / 2, y2);
1265       x++;
1266     }
1267
1268     if (_aa.threshold != null)
1269     {
1270       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1271       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1272       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1273               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1274
1275       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1276       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1277       g2.setStroke(new BasicStroke());
1278     }
1279   }
1280
1281   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1282           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1283           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1284           boolean normaliseProfile)
1285   {
1286     if (sRes > aa_annotations.length)
1287     {
1288       return;
1289     }
1290     Font ofont = g.getFont();
1291     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1292
1293     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1294
1295     float range = max - min;
1296
1297     if (min < 0)
1298     {
1299       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1300     }
1301
1302     g.setColor(Color.gray);
1303
1304     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1305
1306     int column;
1307     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1308     while (x < eRes - sRes)
1309     {
1310       column = sRes + x;
1311       if (hasHiddenColumns)
1312       {
1313         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1314       }
1315
1316       if (column > aaMax)
1317       {
1318         break;
1319       }
1320
1321       if (aa_annotations[column] == null)
1322       {
1323         x++;
1324         continue;
1325       }
1326       if (aa_annotations[column].colour == null)
1327       {
1328         g.setColor(Color.black);
1329       }
1330       else
1331       {
1332         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1333       }
1334
1335       y1 = y
1336               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1337
1338       if (renderHistogram)
1339       {
1340         if (y1 - y2 > 0)
1341         {
1342           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1343         }
1344         else
1345         {
1346           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1347         }
1348       }
1349       // draw profile if available
1350       if (renderProfile)
1351       {
1352
1353         /*
1354          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1355          */
1356         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1357
1358         // just try to draw the logo if profl is not null
1359         if (profl != null && profl[2] != 0)
1360         {
1361           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1362           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1363           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1364           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1365           double hght;
1366           float wdth;
1367           double ht2 = 0;
1368           char[] dc;
1369
1370           /**
1371            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1372            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1373            */
1374           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1375
1376           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1377           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1378           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1379           double scl = 0.0;
1380
1381           /*
1382            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1383            */
1384           int c = 3;
1385           int valuesProcessed = 0;
1386           // profl[1] is the number of values in the profile
1387           while (valuesProcessed < profl[1])
1388           {
1389             if (isStructureProfile)
1390             {
1391               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1392               dc[0] = (char) profl[c++];
1393               dc[1] = (char) profl[c++];
1394             }
1395             else if (isCdnaProfile)
1396             {
1397               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1398             }
1399             else
1400             {
1401               dc[0] = (char) profl[c++];
1402             }
1403
1404             wdth = charWidth;
1405             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1406
1407             ht += scl;
1408             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1409             scl = htn * scale * profl[c++];
1410             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1411                     .getFontRenderContext());
1412             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1413                     wdth, scl / lm.getAscent()));
1414             g.setFont(font);
1415             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1416
1417             // Debug - render boxes around characters
1418             // g.setColor(Color.red);
1419             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1420             // (int)(scl));
1421             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1422
1423             /*
1424              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1425              * codon translation if a cDNA profile
1426              */
1427             Color colour = null;
1428             if (isCdnaProfile)
1429             {
1430               final String codonTranslation = ResidueProperties
1431                       .codonTranslate(new String(dc));
1432               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1433                       column, null);
1434             }
1435             else
1436             {
1437               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1438             }
1439             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1440
1441             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1442                     .getBaselineIndex()]));
1443
1444             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1445             valuesProcessed++;
1446           }
1447           g.setFont(ofont);
1448         }
1449       }
1450       x++;
1451     }
1452     if (_aa.threshold != null)
1453     {
1454       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1455       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1456       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1457               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
1458
1459       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1460               * _aa.graphHeight);
1461       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1462       g2.setStroke(new BasicStroke());
1463     }
1464   }
1465
1466   // used by overview window
1467   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1468           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1469   {
1470     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1471     g.setColor(Color.white);
1472     g.fillRect(0, 0, width, y);
1473     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1474
1475     int x = 0, height;
1476
1477     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1478     {
1479       if (aa_annotations[j] != null)
1480       {
1481         if (aa_annotations[j].colour == null)
1482         {
1483           g.setColor(Color.black);
1484         }
1485         else
1486         {
1487           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1488         }
1489
1490         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1491         if (height > y)
1492         {
1493           height = y;
1494         }
1495
1496         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1497       }
1498       x += charWidth;
1499     }
1500   }
1501
1502   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1503   {
1504     switch (lastss)
1505     {
1506     case '{':
1507     case '}':
1508       return new Color(255, 125, 5);
1509
1510     case '[':
1511     case ']':
1512       return new Color(245, 115, 10);
1513
1514     case '>':
1515     case '<':
1516       return new Color(235, 135, 15);
1517
1518     case 'A':
1519     case 'a':
1520       return new Color(225, 105, 20);
1521
1522     case 'B':
1523     case 'b':
1524       return new Color(215, 145, 30);
1525
1526     case 'C':
1527     case 'c':
1528       return new Color(205, 95, 35);
1529
1530     case 'D':
1531     case 'd':
1532       return new Color(195, 155, 45);
1533
1534     case 'E':
1535     case 'e':
1536       return new Color(185, 85, 55);
1537
1538     case 'F':
1539     case 'f':
1540       return new Color(175, 165, 65);
1541
1542     case 'G':
1543     case 'g':
1544       return new Color(170, 75, 75);
1545
1546     case 'H':
1547     case 'h':
1548       return new Color(160, 175, 85);
1549
1550     case 'I':
1551     case 'i':
1552       return new Color(150, 65, 95);
1553
1554     case 'J':
1555     case 'j':
1556       return new Color(140, 185, 105);
1557
1558     case 'K':
1559     case 'k':
1560       return new Color(130, 55, 110);
1561
1562     case 'L':
1563     case 'l':
1564       return new Color(120, 195, 120);
1565
1566     case 'M':
1567     case 'm':
1568       return new Color(110, 45, 130);
1569
1570     case 'N':
1571     case 'n':
1572       return new Color(100, 205, 140);
1573
1574     case 'O':
1575     case 'o':
1576       return new Color(90, 35, 150);
1577
1578     case 'P':
1579     case 'p':
1580       return new Color(85, 215, 160);
1581
1582     case 'Q':
1583     case 'q':
1584       return new Color(75, 25, 170);
1585
1586     case 'R':
1587     case 'r':
1588       return new Color(65, 225, 180);
1589
1590     case 'S':
1591     case 's':
1592       return new Color(55, 15, 185);
1593
1594     case 'T':
1595     case 't':
1596       return new Color(45, 235, 195);
1597
1598     case 'U':
1599     case 'u':
1600       return new Color(35, 5, 205);
1601
1602     case 'V':
1603     case 'v':
1604       return new Color(25, 245, 215);
1605
1606     case 'W':
1607     case 'w':
1608       return new Color(15, 0, 225);
1609
1610     case 'X':
1611     case 'x':
1612       return new Color(10, 255, 235);
1613
1614     case 'Y':
1615     case 'y':
1616       return new Color(5, 150, 245);
1617
1618     case 'Z':
1619     case 'z':
1620       return new Color(0, 80, 255);
1621
1622     default:
1623       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1624       return null;
1625
1626     }
1627   }
1628 }