src/jalview/rest/FetchSequencesEndpoint.java

   1 package jalview.rest;
   2
   3 import java.util.List;
   4 import java.util.Map;
   5
   6 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
   7 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
   8
   9 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  10 import jalview.bin.Console;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.gui.Desktop;
  15 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  16 import jalview.util.DBRefUtils;
  17
  18 public class FetchSequencesEndpoint extends AbstractEndpointAsync
  19 {
  20   public FetchSequencesEndpoint(API api)
  21   {
  22     super(api, path, name, parameters, description);
  23   }
  24
  25   private static final String path = "fetchsequences";
  26
  27   private static final String name = "Fetch Sequences";
  28
  29   private static final String parameters = "<resource name>/<sequence ids>";
  30
  31   private static final String description = "Fetch sequences from online resource";
  32
  33   private SequenceFetcher sf;
  34
  35   @Override
  36   protected void initialise(HttpServletRequest request,
  37           HttpServletResponse response)
  38   {
  39     if (!checkParameters(request, response, 2))
  40     {
  41       return;
  42     }
  43     String[] parameters = getEndpointPathParameters(request);
  44
  45     String dbName = parameters[0];
  46     String dbId = parameters[1];
  47
  48     setId(request, dbName + "::" + dbId);
  49     if (checkStatus(request, response))
  50       return;
  51
  52     String db = DBRefUtils.getCanonicalName(dbName);
  53     Desktop desktop = Desktop.instance;
  54     sf = new SequenceFetcher(desktop, db, dbId, false);
  55     setCompletableFuture(sf.ok_actionPerformed(true, getId()));
  56   }
  57
  58   protected void processAsync(HttpServletRequest request,
  59           HttpServletResponse response, Map<String, Object> map)
  60   {
  61     // all the work being done by the SequenceFetcher!
  62     Console.warn("THIS SHOULD NOT BE RUN");
  63   }
  64
  65   @Override
  66   protected void atEnd()
  67   {
  68     sf.close_actionPerformed(null);
  69   }
  70
  71   @Override
  72   protected String finishedResponseString(HttpServletRequest request,
  73           HttpServletResponse response)
  74   {
  75     AlignFrame af = getAlignFrameFromId(request, "id");
  76     if (af == null)
  77       return null;
  78     List<AlignmentViewPanel> aps = (List<AlignmentViewPanel>) af
  79             .getAlignPanels();
  80     StringBuilder sb = new StringBuilder();
  81     for (AlignmentViewPanel ap : aps)
  82     {
  83       AlignmentI al = ap.getAlignment();
  84       if (al == null)
  85         continue;
  86       List<SequenceI> seqs = (List<SequenceI>) al.getSequences();
  87       for (SequenceI seq : seqs)
  88       {
  89         if (sb.length() > 0)
  90           sb.append(",");
  91         sb.append(seq.getName());
  92       }
  93     }
  94     sb.insert(0, "sequences=");
  95     sb.append("\n");
  96     return sb.toString();
  97   }
  98
  99 }