src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemabinding.version2;
  22
  23 //---------------------------------/
  24 //- Imported classes and packages -/
  25 //---------------------------------/
  26
  27 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  28 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  29
  30 /**
  31  * Class Viewport.
  32  *
  33  * @version $Revision$ $Date$
  34  */
  35 public class Viewport implements java.io.Serializable
  36 {
  37
  38   // --------------------------/
  39   // - Class/Member Variables -/
  40   // --------------------------/
  41
  42   /**
  43    * Field _conservationSelected.
  44    */
  45   private boolean _conservationSelected;
  46
  47   /**
  48    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  49    */
  50   private boolean _has_conservationSelected;
  51
  52   /**
  53    * Field _pidSelected.
  54    */
  55   private boolean _pidSelected;
  56
  57   /**
  58    * keeps track of state for field: _pidSelected
  59    */
  60   private boolean _has_pidSelected;
  61
  62   /**
  63    * Field _bgColour.
  64    */
  65   private java.lang.String _bgColour;
  66
  67   /**
  68    * Field _consThreshold.
  69    */
  70   private int _consThreshold;
  71
  72   /**
  73    * keeps track of state for field: _consThreshold
  74    */
  75   private boolean _has_consThreshold;
  76
  77   /**
  78    * Field _pidThreshold.
  79    */
  80   private int _pidThreshold;
  81
  82   /**
  83    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  84    */
  85   private boolean _has_pidThreshold;
  86
  87   /**
  88    * Field _title.
  89    */
  90   private java.lang.String _title;
  91
  92   /**
  93    * Field _showFullId.
  94    */
  95   private boolean _showFullId;
  96
  97   /**
  98    * keeps track of state for field: _showFullId
  99    */
 100   private boolean _has_showFullId;
 101
 102   /**
 103    * Field _rightAlignIds.
 104    */
 105   private boolean _rightAlignIds;
 106
 107   /**
 108    * keeps track of state for field: _rightAlignIds
 109    */
 110   private boolean _has_rightAlignIds;
 111
 112   /**
 113    * Field _showText.
 114    */
 115   private boolean _showText;
 116
 117   /**
 118    * keeps track of state for field: _showText
 119    */
 120   private boolean _has_showText;
 121
 122   /**
 123    * Field _showColourText.
 124    */
 125   private boolean _showColourText;
 126
 127   /**
 128    * keeps track of state for field: _showColourText
 129    */
 130   private boolean _has_showColourText;
 131
 132   /**
 133    * Field _showUnconserved.
 134    */
 135   private boolean _showUnconserved = false;
 136
 137   /**
 138    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 139    */
 140   private boolean _has_showUnconserved;
 141
 142   /**
 143    * Field _showBoxes.
 144    */
 145   private boolean _showBoxes;
 146
 147   /**
 148    * keeps track of state for field: _showBoxes
 149    */
 150   private boolean _has_showBoxes;
 151
 152   /**
 153    * Field _wrapAlignment.
 154    */
 155   private boolean _wrapAlignment;
 156
 157   /**
 158    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 159    */
 160   private boolean _has_wrapAlignment;
 161
 162   /**
 163    * Field _renderGaps.
 164    */
 165   private boolean _renderGaps;
 166
 167   /**
 168    * keeps track of state for field: _renderGaps
 169    */
 170   private boolean _has_renderGaps;
 171
 172   /**
 173    * Field _showSequenceFeatures.
 174    */
 175   private boolean _showSequenceFeatures;
 176
 177   /**
 178    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 179    */
 180   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 181
 182   /**
 183    * Field _showNPfeatureTooltip.
 184    */
 185   private boolean _showNPfeatureTooltip;
 186
 187   /**
 188    * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip
 189    */
 190   private boolean _has_showNPfeatureTooltip;
 191
 192   /**
 193    * Field _showDbRefTooltip.
 194    */
 195   private boolean _showDbRefTooltip;
 196
 197   /**
 198    * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip
 199    */
 200   private boolean _has_showDbRefTooltip;
 201
 202   /**
 203    * Field _followHighlight.
 204    */
 205   private boolean _followHighlight = true;
 206
 207   /**
 208    * keeps track of state for field: _followHighlight
 209    */
 210   private boolean _has_followHighlight;
 211
 212   /**
 213    * Field _followSelection.
 214    */
 215   private boolean _followSelection = true;
 216
 217   /**
 218    * keeps track of state for field: _followSelection
 219    */
 220   private boolean _has_followSelection;
 221
 222   /**
 223    * Field _showAnnotation.
 224    */
 225   private boolean _showAnnotation;
 226
 227   /**
 228    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 229    */
 230   private boolean _has_showAnnotation;
 231
 232   /**
 233    * Field _centreColumnLabels.
 234    */
 235   private boolean _centreColumnLabels = false;
 236
 237   /**
 238    * keeps track of state for field: _centreColumnLabels
 239    */
 240   private boolean _has_centreColumnLabels;
 241
 242   /**
 243    * Field _showGroupConservation.
 244    */
 245   private boolean _showGroupConservation = false;
 246
 247   /**
 248    * keeps track of state for field: _showGroupConservation
 249    */
 250   private boolean _has_showGroupConservation;
 251
 252   /**
 253    * Field _showGroupConsensus.
 254    */
 255   private boolean _showGroupConsensus = false;
 256
 257   /**
 258    * keeps track of state for field: _showGroupConsensus
 259    */
 260   private boolean _has_showGroupConsensus;
 261
 262   /**
 263    * Field _showConsensusHistogram.
 264    */
 265   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 266
 267   /**
 268    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 269    */
 270   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 271
 272   /**
 273    * Field _showSequenceLogo.
 274    */
 275   private boolean _showSequenceLogo = false;
 276
 277   /**
 278    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 279    */
 280   private boolean _has_showSequenceLogo;
 281
 282   /**
 283    * Field _normaliseSequenceLogo.
 284    */
 285   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 286
 287   /**
 288    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 289    */
 290   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 291
 292   /**
 293    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 294    */
 295   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 296
 297   /**
 298    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 299    */
 300   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 301
 302   /**
 303    * Field _startRes.
 304    */
 305   private int _startRes;
 306
 307   /**
 308    * keeps track of state for field: _startRes
 309    */
 310   private boolean _has_startRes;
 311
 312   /**
 313    * Field _startSeq.
 314    */
 315   private int _startSeq;
 316
 317   /**
 318    * keeps track of state for field: _startSeq
 319    */
 320   private boolean _has_startSeq;
 321
 322   /**
 323    * Field _fontName.
 324    */
 325   private java.lang.String _fontName;
 326
 327   /**
 328    * Field _fontSize.
 329    */
 330   private int _fontSize;
 331
 332   /**
 333    * keeps track of state for field: _fontSize
 334    */
 335   private boolean _has_fontSize;
 336
 337   /**
 338    * Field _fontStyle.
 339    */
 340   private int _fontStyle;
 341
 342   /**
 343    * keeps track of state for field: _fontStyle
 344    */
 345   private boolean _has_fontStyle;
 346
 347   /**
 348    * Field _viewName.
 349    */
 350   private java.lang.String _viewName;
 351
 352   /**
 353    * Field _sequenceSetId.
 354    */
 355   private java.lang.String _sequenceSetId;
 356
 357   /**
 358    * Field _gatheredViews.
 359    */
 360   private boolean _gatheredViews;
 361
 362   /**
 363    * keeps track of state for field: _gatheredViews
 364    */
 365   private boolean _has_gatheredViews;
 366
 367   /**
 368    * Field _textCol1.
 369    */
 370   private int _textCol1;
 371
 372   /**
 373    * keeps track of state for field: _textCol1
 374    */
 375   private boolean _has_textCol1;
 376
 377   /**
 378    * Field _textCol2.
 379    */
 380   private int _textCol2;
 381
 382   /**
 383    * keeps track of state for field: _textCol2
 384    */
 385   private boolean _has_textCol2;
 386
 387   /**
 388    * Field _textColThreshold.
 389    */
 390   private int _textColThreshold;
 391
 392   /**
 393    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 394    */
 395   private boolean _has_textColThreshold;
 396
 397   /**
 398    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
 399    * views
 400    *
 401    */
 402   private java.lang.String _id;
 403
 404   /**
 405    * Field _width.
 406    */
 407   private int _width;
 408
 409   /**
 410    * keeps track of state for field: _width
 411    */
 412   private boolean _has_width;
 413
 414   /**
 415    * Field _height.
 416    */
 417   private int _height;
 418
 419   /**
 420    * keeps track of state for field: _height
 421    */
 422   private boolean _has_height;
 423
 424   /**
 425    * Field _xpos.
 426    */
 427   private int _xpos;
 428
 429   /**
 430    * keeps track of state for field: _xpos
 431    */
 432   private boolean _has_xpos;
 433
 434   /**
 435    * Field _ypos.
 436    */
 437   private int _ypos;
 438
 439   /**
 440    * keeps track of state for field: _ypos
 441    */
 442   private boolean _has_ypos;
 443
 444   /**
 445    * Field _annotationColours.
 446    */
 447   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 448
 449   /**
 450    * Field _hiddenColumnsList.
 451    */
 452   private java.util.Vector _hiddenColumnsList;
 453
 454   /**
 455    * Field _calcIdParamList.
 456    */
 457   private java.util.Vector _calcIdParamList;
 458
 459   // ----------------/
 460   // - Constructors -/
 461   // ----------------/
 462
 463   public Viewport()
 464   {
 465     super();
 466     this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();
 467     this._calcIdParamList = new java.util.Vector();
 468   }
 469
 470   // -----------/
 471   // - Methods -/
 472   // -----------/
 473
 474   /**
 475    *
 476    *
 477    * @param vCalcIdParam
 478    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 479    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 480    */
 481   public void addCalcIdParam(
 482           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 483           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 484   {
 485     this._calcIdParamList.addElement(vCalcIdParam);
 486   }
 487
 488   /**
 489    *
 490    *
 491    * @param index
 492    * @param vCalcIdParam
 493    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 494    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 495    */
 496   public void addCalcIdParam(final int index,
 497           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 498           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 499   {
 500     this._calcIdParamList.add(index, vCalcIdParam);
 501   }
 502
 503   /**
 504    *
 505    *
 506    * @param vHiddenColumns
 507    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 508    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 509    */
 510   public void addHiddenColumns(
 511           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 512           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 513   {
 514     this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);
 515   }
 516
 517   /**
 518    *
 519    *
 520    * @param index
 521    * @param vHiddenColumns
 522    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 523    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 524    */
 525   public void addHiddenColumns(final int index,
 526           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 527           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 528   {
 529     this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);
 530   }
 531
 532   /**
 533      */
 534   public void deleteCentreColumnLabels()
 535   {
 536     this._has_centreColumnLabels = false;
 537   }
 538
 539   /**
 540      */
 541   public void deleteConsThreshold()
 542   {
 543     this._has_consThreshold = false;
 544   }
 545
 546   /**
 547      */
 548   public void deleteConservationSelected()
 549   {
 550     this._has_conservationSelected = false;
 551   }
 552
 553   /**
 554      */
 555   public void deleteFollowHighlight()
 556   {
 557     this._has_followHighlight = false;
 558   }
 559
 560   /**
 561      */
 562   public void deleteFollowSelection()
 563   {
 564     this._has_followSelection = false;
 565   }
 566
 567   /**
 568      */
 569   public void deleteFontSize()
 570   {
 571     this._has_fontSize = false;
 572   }
 573
 574   /**
 575      */
 576   public void deleteFontStyle()
 577   {
 578     this._has_fontStyle = false;
 579   }
 580
 581   /**
 582      */
 583   public void deleteGatheredViews()
 584   {
 585     this._has_gatheredViews = false;
 586   }
 587
 588   /**
 589      */
 590   public void deleteHeight()
 591   {
 592     this._has_height = false;
 593   }
 594
 595   /**
 596      */
 597   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 598   {
 599     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 600   }
 601
 602   /**
 603      */
 604   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 605   {
 606     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 607   }
 608
 609   /**
 610      */
 611   public void deletePidSelected()
 612   {
 613     this._has_pidSelected = false;
 614   }
 615
 616   /**
 617      */
 618   public void deletePidThreshold()
 619   {
 620     this._has_pidThreshold = false;
 621   }
 622
 623   /**
 624      */
 625   public void deleteRenderGaps()
 626   {
 627     this._has_renderGaps = false;
 628   }
 629
 630   /**
 631      */
 632   public void deleteRightAlignIds()
 633   {
 634     this._has_rightAlignIds = false;
 635   }
 636
 637   /**
 638      */
 639   public void deleteShowAnnotation()
 640   {
 641     this._has_showAnnotation = false;
 642   }
 643
 644   /**
 645      */
 646   public void deleteShowBoxes()
 647   {
 648     this._has_showBoxes = false;
 649   }
 650
 651   /**
 652      */
 653   public void deleteShowColourText()
 654   {
 655     this._has_showColourText = false;
 656   }
 657
 658   /**
 659      */
 660   public void deleteShowConsensusHistogram()
 661   {
 662     this._has_showConsensusHistogram = false;
 663   }
 664
 665   /**
 666      */
 667   public void deleteShowDbRefTooltip()
 668   {
 669     this._has_showDbRefTooltip = false;
 670   }
 671
 672   /**
 673      */
 674   public void deleteShowFullId()
 675   {
 676     this._has_showFullId = false;
 677   }
 678
 679   /**
 680      */
 681   public void deleteShowGroupConsensus()
 682   {
 683     this._has_showGroupConsensus = false;
 684   }
 685
 686   /**
 687      */
 688   public void deleteShowGroupConservation()
 689   {
 690     this._has_showGroupConservation = false;
 691   }
 692
 693   /**
 694      */
 695   public void deleteShowNPfeatureTooltip()
 696   {
 697     this._has_showNPfeatureTooltip = false;
 698   }
 699
 700   /**
 701      */
 702   public void deleteShowSequenceFeatures()
 703   {
 704     this._has_showSequenceFeatures = false;
 705   }
 706
 707   /**
 708      */
 709   public void deleteShowSequenceLogo()
 710   {
 711     this._has_showSequenceLogo = false;
 712   }
 713
 714   /**
 715      */
 716   public void deleteShowText()
 717   {
 718     this._has_showText = false;
 719   }
 720
 721   /**
 722      */
 723   public void deleteShowUnconserved()
 724   {
 725     this._has_showUnconserved = false;
 726   }
 727
 728   /**
 729      */
 730   public void deleteStartRes()
 731   {
 732     this._has_startRes = false;
 733   }
 734
 735   /**
 736      */
 737   public void deleteStartSeq()
 738   {
 739     this._has_startSeq = false;
 740   }
 741
 742   /**
 743      */
 744   public void deleteTextCol1()
 745   {
 746     this._has_textCol1 = false;
 747   }
 748
 749   /**
 750      */
 751   public void deleteTextCol2()
 752   {
 753     this._has_textCol2 = false;
 754   }
 755
 756   /**
 757      */
 758   public void deleteTextColThreshold()
 759   {
 760     this._has_textColThreshold = false;
 761   }
 762
 763   /**
 764      */
 765   public void deleteWidth()
 766   {
 767     this._has_width = false;
 768   }
 769
 770   /**
 771      */
 772   public void deleteWrapAlignment()
 773   {
 774     this._has_wrapAlignment = false;
 775   }
 776
 777   /**
 778      */
 779   public void deleteXpos()
 780   {
 781     this._has_xpos = false;
 782   }
 783
 784   /**
 785      */
 786   public void deleteYpos()
 787   {
 788     this._has_ypos = false;
 789   }
 790
 791   /**
 792    * Method enumerateCalcIdParam.
 793    *
 794    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam
 795    *         elements
 796    */
 797   public java.util.Enumeration enumerateCalcIdParam()
 798   {
 799     return this._calcIdParamList.elements();
 800   }
 801
 802   /**
 803    * Method enumerateHiddenColumns.
 804    *
 805    * @return an Enumeration over all
 806    *         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements
 807    */
 808   public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()
 809   {
 810     return this._hiddenColumnsList.elements();
 811   }
 812
 813   /**
 814    * Returns the value of field 'annotationColours'.
 815    *
 816    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 817    */
 818   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
 819   {
 820     return this._annotationColours;
 821   }
 822
 823   /**
 824    * Returns the value of field 'bgColour'.
 825    *
 826    * @return the value of field 'BgColour'.
 827    */
 828   public java.lang.String getBgColour()
 829   {
 830     return this._bgColour;
 831   }
 832
 833   /**
 834    * Method getCalcIdParam.
 835    *
 836    * @param index
 837    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 838    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 839    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam at the
 840    *         given index
 841    */
 842   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam getCalcIdParam(
 843           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 844   {
 845     // check bounds for index
 846     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
 847     {
 848       throw new IndexOutOfBoundsException("getCalcIdParam: Index value '"
 849               + index + "' not in range [0.."
 850               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
 851     }
 852
 853     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) _calcIdParamList
 854             .get(index);
 855   }
 856
 857   /**
 858    * Method getCalcIdParam.Returns the contents of the collection in an Array.
 859    * <p>
 860    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 861    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 862    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 863    *
 864    * @return this collection as an Array
 865    */
 866   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] getCalcIdParam()
 867   {
 868     jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] array = new jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[0];
 869     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[]) this._calcIdParamList
 870             .toArray(array);
 871   }
 872
 873   /**
 874    * Method getCalcIdParamCount.
 875    *
 876    * @return the size of this collection
 877    */
 878   public int getCalcIdParamCount()
 879   {
 880     return this._calcIdParamList.size();
 881   }
 882
 883   /**
 884    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
 885    *
 886    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
 887    */
 888   public boolean getCentreColumnLabels()
 889   {
 890     return this._centreColumnLabels;
 891   }
 892
 893   /**
 894    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 895    *
 896    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 897    */
 898   public int getConsThreshold()
 899   {
 900     return this._consThreshold;
 901   }
 902
 903   /**
 904    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 905    *
 906    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 907    */
 908   public boolean getConservationSelected()
 909   {
 910     return this._conservationSelected;
 911   }
 912
 913   /**
 914    * Returns the value of field 'followHighlight'.
 915    *
 916    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
 917    */
 918   public boolean getFollowHighlight()
 919   {
 920     return this._followHighlight;
 921   }
 922
 923   /**
 924    * Returns the value of field 'followSelection'.
 925    *
 926    * @return the value of field 'FollowSelection'.
 927    */
 928   public boolean getFollowSelection()
 929   {
 930     return this._followSelection;
 931   }
 932
 933   /**
 934    * Returns the value of field 'fontName'.
 935    *
 936    * @return the value of field 'FontName'.
 937    */
 938   public java.lang.String getFontName()
 939   {
 940     return this._fontName;
 941   }
 942
 943   /**
 944    * Returns the value of field 'fontSize'.
 945    *
 946    * @return the value of field 'FontSize'.
 947    */
 948   public int getFontSize()
 949   {
 950     return this._fontSize;
 951   }
 952
 953   /**
 954    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 955    *
 956    * @return the value of field 'FontStyle'.
 957    */
 958   public int getFontStyle()
 959   {
 960     return this._fontStyle;
 961   }
 962
 963   /**
 964    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
 965    *
 966    * @return the value of field 'GatheredViews'.
 967    */
 968   public boolean getGatheredViews()
 969   {
 970     return this._gatheredViews;
 971   }
 972
 973   /**
 974    * Returns the value of field 'height'.
 975    *
 976    * @return the value of field 'Height'.
 977    */
 978   public int getHeight()
 979   {
 980     return this._height;
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Method getHiddenColumns.
 985    *
 986    * @param index
 987    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 988    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 989    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at
 990    *         the given index
 991    */
 992   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(
 993           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 994   {
 995     // check bounds for index
 996     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
 997     {
 998       throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '"
 999               + index + "' not in range [0.."
1000               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
1001     }
1002
1003     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList
1004             .get(index);
1005   }
1006
1007   /**
1008    * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the collection in an Array.
1009    * <p>
1010    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
1011    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
1012    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
1013    *
1014    * @return this collection as an Array
1015    */
1016   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()
1017   {
1018     jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];
1019     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList
1020             .toArray(array);
1021   }
1022
1023   /**
1024    * Method getHiddenColumnsCount.
1025    *
1026    * @return the size of this collection
1027    */
1028   public int getHiddenColumnsCount()
1029   {
1030     return this._hiddenColumnsList.size();
1031   }
1032
1033   /**
1034    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
1035    * description: unique id used by jalview to synchronize between stored and
1036    * instantiated views
1037    *
1038    *
1039    * @return the value of field 'Id'.
1040    */
1041   public java.lang.String getId()
1042   {
1043     return this._id;
1044   }
1045
1046   /**
1047    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1048    *
1049    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1050    */
1051   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
1052   {
1053     return this._ignoreGapsinConsensus;
1054   }
1055
1056   /**
1057    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1058    *
1059    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1060    */
1061   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
1062   {
1063     return this._normaliseSequenceLogo;
1064   }
1065
1066   /**
1067    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1068    *
1069    * @return the value of field 'PidSelected'.
1070    */
1071   public boolean getPidSelected()
1072   {
1073     return this._pidSelected;
1074   }
1075
1076   /**
1077    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
1078    *
1079    * @return the value of field 'PidThreshold'.
1080    */
1081   public int getPidThreshold()
1082   {
1083     return this._pidThreshold;
1084   }
1085
1086   /**
1087    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1088    *
1089    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1090    */
1091   public boolean getRenderGaps()
1092   {
1093     return this._renderGaps;
1094   }
1095
1096   /**
1097    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1098    *
1099    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1100    */
1101   public boolean getRightAlignIds()
1102   {
1103     return this._rightAlignIds;
1104   }
1105
1106   /**
1107    * Returns the value of field 'sequenceSetId'.
1108    *
1109    * @return the value of field 'SequenceSetId'.
1110    */
1111   public java.lang.String getSequenceSetId()
1112   {
1113     return this._sequenceSetId;
1114   }
1115
1116   /**
1117    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1118    *
1119    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1120    */
1121   public boolean getShowAnnotation()
1122   {
1123     return this._showAnnotation;
1124   }
1125
1126   /**
1127    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1128    *
1129    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1130    */
1131   public boolean getShowBoxes()
1132   {
1133     return this._showBoxes;
1134   }
1135
1136   /**
1137    * Returns the value of field 'showColourText'.
1138    *
1139    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1140    */
1141   public boolean getShowColourText()
1142   {
1143     return this._showColourText;
1144   }
1145
1146   /**
1147    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1148    *
1149    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1150    */
1151   public boolean getShowConsensusHistogram()
1152   {
1153     return this._showConsensusHistogram;
1154   }
1155
1156   /**
1157    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1158    *
1159    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1160    */
1161   public boolean getShowDbRefTooltip()
1162   {
1163     return this._showDbRefTooltip;
1164   }
1165
1166   /**
1167    * Returns the value of field 'showFullId'.
1168    *
1169    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1170    */
1171   public boolean getShowFullId()
1172   {
1173     return this._showFullId;
1174   }
1175
1176   /**
1177    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1178    *
1179    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1180    */
1181   public boolean getShowGroupConsensus()
1182   {
1183     return this._showGroupConsensus;
1184   }
1185
1186   /**
1187    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1188    *
1189    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1190    */
1191   public boolean getShowGroupConservation()
1192   {
1193     return this._showGroupConservation;
1194   }
1195
1196   /**
1197    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1198    *
1199    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1200    */
1201   public boolean getShowNPfeatureTooltip()
1202   {
1203     return this._showNPfeatureTooltip;
1204   }
1205
1206   /**
1207    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1208    *
1209    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1210    */
1211   public boolean getShowSequenceFeatures()
1212   {
1213     return this._showSequenceFeatures;
1214   }
1215
1216   /**
1217    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1218    *
1219    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1220    */
1221   public boolean getShowSequenceLogo()
1222   {
1223     return this._showSequenceLogo;
1224   }
1225
1226   /**
1227    * Returns the value of field 'showText'.
1228    *
1229    * @return the value of field 'ShowText'.
1230    */
1231   public boolean getShowText()
1232   {
1233     return this._showText;
1234   }
1235
1236   /**
1237    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1238    *
1239    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1240    */
1241   public boolean getShowUnconserved()
1242   {
1243     return this._showUnconserved;
1244   }
1245
1246   /**
1247    * Returns the value of field 'startRes'.
1248    *
1249    * @return the value of field 'StartRes'.
1250    */
1251   public int getStartRes()
1252   {
1253     return this._startRes;
1254   }
1255
1256   /**
1257    * Returns the value of field 'startSeq'.
1258    *
1259    * @return the value of field 'StartSeq'.
1260    */
1261   public int getStartSeq()
1262   {
1263     return this._startSeq;
1264   }
1265
1266   /**
1267    * Returns the value of field 'textCol1'.
1268    *
1269    * @return the value of field 'TextCol1'.
1270    */
1271   public int getTextCol1()
1272   {
1273     return this._textCol1;
1274   }
1275
1276   /**
1277    * Returns the value of field 'textCol2'.
1278    *
1279    * @return the value of field 'TextCol2'.
1280    */
1281   public int getTextCol2()
1282   {
1283     return this._textCol2;
1284   }
1285
1286   /**
1287    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
1288    *
1289    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
1290    */
1291   public int getTextColThreshold()
1292   {
1293     return this._textColThreshold;
1294   }
1295
1296   /**
1297    * Returns the value of field 'title'.
1298    *
1299    * @return the value of field 'Title'.
1300    */
1301   public java.lang.String getTitle()
1302   {
1303     return this._title;
1304   }
1305
1306   /**
1307    * Returns the value of field 'viewName'.
1308    *
1309    * @return the value of field 'ViewName'.
1310    */
1311   public java.lang.String getViewName()
1312   {
1313     return this._viewName;
1314   }
1315
1316   /**
1317    * Returns the value of field 'width'.
1318    *
1319    * @return the value of field 'Width'.
1320    */
1321   public int getWidth()
1322   {
1323     return this._width;
1324   }
1325
1326   /**
1327    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1328    *
1329    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1330    */
1331   public boolean getWrapAlignment()
1332   {
1333     return this._wrapAlignment;
1334   }
1335
1336   /**
1337    * Returns the value of field 'xpos'.
1338    *
1339    * @return the value of field 'Xpos'.
1340    */
1341   public int getXpos()
1342   {
1343     return this._xpos;
1344   }
1345
1346   /**
1347    * Returns the value of field 'ypos'.
1348    *
1349    * @return the value of field 'Ypos'.
1350    */
1351   public int getYpos()
1352   {
1353     return this._ypos;
1354   }
1355
1356   /**
1357    * Method hasCentreColumnLabels.
1358    *
1359    * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde
1360    */
1361   public boolean hasCentreColumnLabels()
1362   {
1363     return this._has_centreColumnLabels;
1364   }
1365
1366   /**
1367    * Method hasConsThreshold.
1368    *
1369    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
1370    */
1371   public boolean hasConsThreshold()
1372   {
1373     return this._has_consThreshold;
1374   }
1375
1376   /**
1377    * Method hasConservationSelected.
1378    *
1379    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
1380    */
1381   public boolean hasConservationSelected()
1382   {
1383     return this._has_conservationSelected;
1384   }
1385
1386   /**
1387    * Method hasFollowHighlight.
1388    *
1389    * @return true if at least one FollowHighlight has been added
1390    */
1391   public boolean hasFollowHighlight()
1392   {
1393     return this._has_followHighlight;
1394   }
1395
1396   /**
1397    * Method hasFollowSelection.
1398    *
1399    * @return true if at least one FollowSelection has been added
1400    */
1401   public boolean hasFollowSelection()
1402   {
1403     return this._has_followSelection;
1404   }
1405
1406   /**
1407    * Method hasFontSize.
1408    *
1409    * @return true if at least one FontSize has been added
1410    */
1411   public boolean hasFontSize()
1412   {
1413     return this._has_fontSize;
1414   }
1415
1416   /**
1417    * Method hasFontStyle.
1418    *
1419    * @return true if at least one FontStyle has been added
1420    */
1421   public boolean hasFontStyle()
1422   {
1423     return this._has_fontStyle;
1424   }
1425
1426   /**
1427    * Method hasGatheredViews.
1428    *
1429    * @return true if at least one GatheredViews has been added
1430    */
1431   public boolean hasGatheredViews()
1432   {
1433     return this._has_gatheredViews;
1434   }
1435
1436   /**
1437    * Method hasHeight.
1438    *
1439    * @return true if at least one Height has been added
1440    */
1441   public boolean hasHeight()
1442   {
1443     return this._has_height;
1444   }
1445
1446   /**
1447    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
1448    *
1449    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
1450    */
1451   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
1452   {
1453     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
1454   }
1455
1456   /**
1457    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
1458    *
1459    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
1460    */
1461   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
1462   {
1463     return this._has_normaliseSequenceLogo;
1464   }
1465
1466   /**
1467    * Method hasPidSelected.
1468    *
1469    * @return true if at least one PidSelected has been added
1470    */
1471   public boolean hasPidSelected()
1472   {
1473     return this._has_pidSelected;
1474   }
1475
1476   /**
1477    * Method hasPidThreshold.
1478    *
1479    * @return true if at least one PidThreshold has been added
1480    */
1481   public boolean hasPidThreshold()
1482   {
1483     return this._has_pidThreshold;
1484   }
1485
1486   /**
1487    * Method hasRenderGaps.
1488    *
1489    * @return true if at least one RenderGaps has been added
1490    */
1491   public boolean hasRenderGaps()
1492   {
1493     return this._has_renderGaps;
1494   }
1495
1496   /**
1497    * Method hasRightAlignIds.
1498    *
1499    * @return true if at least one RightAlignIds has been added
1500    */
1501   public boolean hasRightAlignIds()
1502   {
1503     return this._has_rightAlignIds;
1504   }
1505
1506   /**
1507    * Method hasShowAnnotation.
1508    *
1509    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
1510    */
1511   public boolean hasShowAnnotation()
1512   {
1513     return this._has_showAnnotation;
1514   }
1515
1516   /**
1517    * Method hasShowBoxes.
1518    *
1519    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
1520    */
1521   public boolean hasShowBoxes()
1522   {
1523     return this._has_showBoxes;
1524   }
1525
1526   /**
1527    * Method hasShowColourText.
1528    *
1529    * @return true if at least one ShowColourText has been added
1530    */
1531   public boolean hasShowColourText()
1532   {
1533     return this._has_showColourText;
1534   }
1535
1536   /**
1537    * Method hasShowConsensusHistogram.
1538    *
1539    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
1540    */
1541   public boolean hasShowConsensusHistogram()
1542   {
1543     return this._has_showConsensusHistogram;
1544   }
1545
1546   /**
1547    * Method hasShowDbRefTooltip.
1548    *
1549    * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added
1550    */
1551   public boolean hasShowDbRefTooltip()
1552   {
1553     return this._has_showDbRefTooltip;
1554   }
1555
1556   /**
1557    * Method hasShowFullId.
1558    *
1559    * @return true if at least one ShowFullId has been added
1560    */
1561   public boolean hasShowFullId()
1562   {
1563     return this._has_showFullId;
1564   }
1565
1566   /**
1567    * Method hasShowGroupConsensus.
1568    *
1569    * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde
1570    */
1571   public boolean hasShowGroupConsensus()
1572   {
1573     return this._has_showGroupConsensus;
1574   }
1575
1576   /**
1577    * Method hasShowGroupConservation.
1578    *
1579    * @return true if at least one ShowGroupConservation has been added
1580    */
1581   public boolean hasShowGroupConservation()
1582   {
1583     return this._has_showGroupConservation;
1584   }
1585
1586   /**
1587    * Method hasShowNPfeatureTooltip.
1588    *
1589    * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been added
1590    */
1591   public boolean hasShowNPfeatureTooltip()
1592   {
1593     return this._has_showNPfeatureTooltip;
1594   }
1595
1596   /**
1597    * Method hasShowSequenceFeatures.
1598    *
1599    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
1600    */
1601   public boolean hasShowSequenceFeatures()
1602   {
1603     return this._has_showSequenceFeatures;
1604   }
1605
1606   /**
1607    * Method hasShowSequenceLogo.
1608    *
1609    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
1610    */
1611   public boolean hasShowSequenceLogo()
1612   {
1613     return this._has_showSequenceLogo;
1614   }
1615
1616   /**
1617    * Method hasShowText.
1618    *
1619    * @return true if at least one ShowText has been added
1620    */
1621   public boolean hasShowText()
1622   {
1623     return this._has_showText;
1624   }
1625
1626   /**
1627    * Method hasShowUnconserved.
1628    *
1629    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
1630    */
1631   public boolean hasShowUnconserved()
1632   {
1633     return this._has_showUnconserved;
1634   }
1635
1636   /**
1637    * Method hasStartRes.
1638    *
1639    * @return true if at least one StartRes has been added
1640    */
1641   public boolean hasStartRes()
1642   {
1643     return this._has_startRes;
1644   }
1645
1646   /**
1647    * Method hasStartSeq.
1648    *
1649    * @return true if at least one StartSeq has been added
1650    */
1651   public boolean hasStartSeq()
1652   {
1653     return this._has_startSeq;
1654   }
1655
1656   /**
1657    * Method hasTextCol1.
1658    *
1659    * @return true if at least one TextCol1 has been added
1660    */
1661   public boolean hasTextCol1()
1662   {
1663     return this._has_textCol1;
1664   }
1665
1666   /**
1667    * Method hasTextCol2.
1668    *
1669    * @return true if at least one TextCol2 has been added
1670    */
1671   public boolean hasTextCol2()
1672   {
1673     return this._has_textCol2;
1674   }
1675
1676   /**
1677    * Method hasTextColThreshold.
1678    *
1679    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
1680    */
1681   public boolean hasTextColThreshold()
1682   {
1683     return this._has_textColThreshold;
1684   }
1685
1686   /**
1687    * Method hasWidth.
1688    *
1689    * @return true if at least one Width has been added
1690    */
1691   public boolean hasWidth()
1692   {
1693     return this._has_width;
1694   }
1695
1696   /**
1697    * Method hasWrapAlignment.
1698    *
1699    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
1700    */
1701   public boolean hasWrapAlignment()
1702   {
1703     return this._has_wrapAlignment;
1704   }
1705
1706   /**
1707    * Method hasXpos.
1708    *
1709    * @return true if at least one Xpos has been added
1710    */
1711   public boolean hasXpos()
1712   {
1713     return this._has_xpos;
1714   }
1715
1716   /**
1717    * Method hasYpos.
1718    *
1719    * @return true if at least one Ypos has been added
1720    */
1721   public boolean hasYpos()
1722   {
1723     return this._has_ypos;
1724   }
1725
1726   /**
1727    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
1728    *
1729    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
1730    */
1731   public boolean isCentreColumnLabels()
1732   {
1733     return this._centreColumnLabels;
1734   }
1735
1736   /**
1737    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
1738    *
1739    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
1740    */
1741   public boolean isConservationSelected()
1742   {
1743     return this._conservationSelected;
1744   }
1745
1746   /**
1747    * Returns the value of field 'followHighlight'.
1748    *
1749    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
1750    */
1751   public boolean isFollowHighlight()
1752   {
1753     return this._followHighlight;
1754   }
1755
1756   /**
1757    * Returns the value of field 'followSelection'.
1758    *
1759    * @return the value of field 'FollowSelection'.
1760    */
1761   public boolean isFollowSelection()
1762   {
1763     return this._followSelection;
1764   }
1765
1766   /**
1767    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1768    *
1769    * @return the value of field 'GatheredViews'.
1770    */
1771   public boolean isGatheredViews()
1772   {
1773     return this._gatheredViews;
1774   }
1775
1776   /**
1777    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1778    *
1779    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1780    */
1781   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1782   {
1783     return this._ignoreGapsinConsensus;
1784   }
1785
1786   /**
1787    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1788    *
1789    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1790    */
1791   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1792   {
1793     return this._normaliseSequenceLogo;
1794   }
1795
1796   /**
1797    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1798    *
1799    * @return the value of field 'PidSelected'.
1800    */
1801   public boolean isPidSelected()
1802   {
1803     return this._pidSelected;
1804   }
1805
1806   /**
1807    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1808    *
1809    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1810    */
1811   public boolean isRenderGaps()
1812   {
1813     return this._renderGaps;
1814   }
1815
1816   /**
1817    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1818    *
1819    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1820    */
1821   public boolean isRightAlignIds()
1822   {
1823     return this._rightAlignIds;
1824   }
1825
1826   /**
1827    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1828    *
1829    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1830    */
1831   public boolean isShowAnnotation()
1832   {
1833     return this._showAnnotation;
1834   }
1835
1836   /**
1837    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1838    *
1839    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1840    */
1841   public boolean isShowBoxes()
1842   {
1843     return this._showBoxes;
1844   }
1845
1846   /**
1847    * Returns the value of field 'showColourText'.
1848    *
1849    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1850    */
1851   public boolean isShowColourText()
1852   {
1853     return this._showColourText;
1854   }
1855
1856   /**
1857    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1858    *
1859    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1860    */
1861   public boolean isShowConsensusHistogram()
1862   {
1863     return this._showConsensusHistogram;
1864   }
1865
1866   /**
1867    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1868    *
1869    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1870    */
1871   public boolean isShowDbRefTooltip()
1872   {
1873     return this._showDbRefTooltip;
1874   }
1875
1876   /**
1877    * Returns the value of field 'showFullId'.
1878    *
1879    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1880    */
1881   public boolean isShowFullId()
1882   {
1883     return this._showFullId;
1884   }
1885
1886   /**
1887    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1888    *
1889    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1890    */
1891   public boolean isShowGroupConsensus()
1892   {
1893     return this._showGroupConsensus;
1894   }
1895
1896   /**
1897    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1898    *
1899    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1900    */
1901   public boolean isShowGroupConservation()
1902   {
1903     return this._showGroupConservation;
1904   }
1905
1906   /**
1907    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1908    *
1909    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1910    */
1911   public boolean isShowNPfeatureTooltip()
1912   {
1913     return this._showNPfeatureTooltip;
1914   }
1915
1916   /**
1917    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1918    *
1919    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1920    */
1921   public boolean isShowSequenceFeatures()
1922   {
1923     return this._showSequenceFeatures;
1924   }
1925
1926   /**
1927    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1928    *
1929    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1930    */
1931   public boolean isShowSequenceLogo()
1932   {
1933     return this._showSequenceLogo;
1934   }
1935
1936   /**
1937    * Returns the value of field 'showText'.
1938    *
1939    * @return the value of field 'ShowText'.
1940    */
1941   public boolean isShowText()
1942   {
1943     return this._showText;
1944   }
1945
1946   /**
1947    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1948    *
1949    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1950    */
1951   public boolean isShowUnconserved()
1952   {
1953     return this._showUnconserved;
1954   }
1955
1956   /**
1957    * Method isValid.
1958    *
1959    * @return true if this object is valid according to the schema
1960    */
1961   public boolean isValid()
1962   {
1963     try
1964     {
1965       validate();
1966     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1967     {
1968       return false;
1969     }
1970     return true;
1971   }
1972
1973   /**
1974    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1975    *
1976    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1977    */
1978   public boolean isWrapAlignment()
1979   {
1980     return this._wrapAlignment;
1981   }
1982
1983   /**
1984    *
1985    *
1986    * @param out
1987    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1988    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1989    *           marshaling
1990    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1991    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1992    */
1993   public void marshal(final java.io.Writer out)
1994           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1995           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1996   {
1997     Marshaller.marshal(this, out);
1998   }
1999
2000   /**
2001    *
2002    *
2003    * @param handler
2004    * @throws java.io.IOException
2005    *           if an IOException occurs during marshaling
2006    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2007    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2008    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2009    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2010    *           marshaling
2011    */
2012   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
2013           throws java.io.IOException,
2014           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2015           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2016   {
2017     Marshaller.marshal(this, handler);
2018   }
2019
2020   /**
2021      */
2022   public void removeAllCalcIdParam()
2023   {
2024     this._calcIdParamList.clear();
2025   }
2026
2027   /**
2028      */
2029   public void removeAllHiddenColumns()
2030   {
2031     this._hiddenColumnsList.clear();
2032   }
2033
2034   /**
2035    * Method removeCalcIdParam.
2036    *
2037    * @param vCalcIdParam
2038    * @return true if the object was removed from the collection.
2039    */
2040   public boolean removeCalcIdParam(
2041           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2042   {
2043     boolean removed = _calcIdParamList.remove(vCalcIdParam);
2044     return removed;
2045   }
2046
2047   /**
2048    * Method removeCalcIdParamAt.
2049    *
2050    * @param index
2051    * @return the element removed from the collection
2052    */
2053   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam removeCalcIdParamAt(
2054           final int index)
2055   {
2056     java.lang.Object obj = this._calcIdParamList.remove(index);
2057     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) obj;
2058   }
2059
2060   /**
2061    * Method removeHiddenColumns.
2062    *
2063    * @param vHiddenColumns
2064    * @return true if the object was removed from the collection.
2065    */
2066   public boolean removeHiddenColumns(
2067           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2068   {
2069     boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);
2070     return removed;
2071   }
2072
2073   /**
2074    * Method removeHiddenColumnsAt.
2075    *
2076    * @param index
2077    * @return the element removed from the collection
2078    */
2079   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(
2080           final int index)
2081   {
2082     java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);
2083     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;
2084   }
2085
2086   /**
2087    * Sets the value of field 'annotationColours'.
2088    *
2089    * @param annotationColours
2090    *          the value of field 'annotationColours'.
2091    */
2092   public void setAnnotationColours(
2093           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
2094   {
2095     this._annotationColours = annotationColours;
2096   }
2097
2098   /**
2099    * Sets the value of field 'bgColour'.
2100    *
2101    * @param bgColour
2102    *          the value of field 'bgColour'.
2103    */
2104   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
2105   {
2106     this._bgColour = bgColour;
2107   }
2108
2109   /**
2110    *
2111    *
2112    * @param index
2113    * @param vCalcIdParam
2114    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2115    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2116    */
2117   public void setCalcIdParam(final int index,
2118           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2119           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2120   {
2121     // check bounds for index
2122     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
2123     {
2124       throw new IndexOutOfBoundsException("setCalcIdParam: Index value '"
2125               + index + "' not in range [0.."
2126               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
2127     }
2128
2129     this._calcIdParamList.set(index, vCalcIdParam);
2130   }
2131
2132   /**
2133    *
2134    *
2135    * @param vCalcIdParamArray
2136    */
2137   public void setCalcIdParam(
2138           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] vCalcIdParamArray)
2139   {
2140     // -- copy array
2141     _calcIdParamList.clear();
2142
2143     for (int i = 0; i < vCalcIdParamArray.length; i++)
2144     {
2145       this._calcIdParamList.add(vCalcIdParamArray[i]);
2146     }
2147   }
2148
2149   /**
2150    * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.
2151    *
2152    * @param centreColumnLabels
2153    *          the value of field 'centreColumnLabels'.
2154    */
2155   public void setCentreColumnLabels(final boolean centreColumnLabels)
2156   {
2157     this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;
2158     this._has_centreColumnLabels = true;
2159   }
2160
2161   /**
2162    * Sets the value of field 'consThreshold'.
2163    *
2164    * @param consThreshold
2165    *          the value of field 'consThreshold'.
2166    */
2167   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
2168   {
2169     this._consThreshold = consThreshold;
2170     this._has_consThreshold = true;
2171   }
2172
2173   /**
2174    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
2175    *
2176    * @param conservationSelected
2177    *          the value of field 'conservationSelected'.
2178    */
2179   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
2180   {
2181     this._conservationSelected = conservationSelected;
2182     this._has_conservationSelected = true;
2183   }
2184
2185   /**
2186    * Sets the value of field 'followHighlight'.
2187    *
2188    * @param followHighlight
2189    *          the value of field 'followHighlight'.
2190    */
2191   public void setFollowHighlight(final boolean followHighlight)
2192   {
2193     this._followHighlight = followHighlight;
2194     this._has_followHighlight = true;
2195   }
2196
2197   /**
2198    * Sets the value of field 'followSelection'.
2199    *
2200    * @param followSelection
2201    *          the value of field 'followSelection'.
2202    */
2203   public void setFollowSelection(final boolean followSelection)
2204   {
2205     this._followSelection = followSelection;
2206     this._has_followSelection = true;
2207   }
2208
2209   /**
2210    * Sets the value of field 'fontName'.
2211    *
2212    * @param fontName
2213    *          the value of field 'fontName'.
2214    */
2215   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
2216   {
2217     this._fontName = fontName;
2218   }
2219
2220   /**
2221    * Sets the value of field 'fontSize'.
2222    *
2223    * @param fontSize
2224    *          the value of field 'fontSize'.
2225    */
2226   public void setFontSize(final int fontSize)
2227   {
2228     this._fontSize = fontSize;
2229     this._has_fontSize = true;
2230   }
2231
2232   /**
2233    * Sets the value of field 'fontStyle'.
2234    *
2235    * @param fontStyle
2236    *          the value of field 'fontStyle'.
2237    */
2238   public void setFontStyle(final int fontStyle)
2239   {
2240     this._fontStyle = fontStyle;
2241     this._has_fontStyle = true;
2242   }
2243
2244   /**
2245    * Sets the value of field 'gatheredViews'.
2246    *
2247    * @param gatheredViews
2248    *          the value of field 'gatheredViews'.
2249    */
2250   public void setGatheredViews(final boolean gatheredViews)
2251   {
2252     this._gatheredViews = gatheredViews;
2253     this._has_gatheredViews = true;
2254   }
2255
2256   /**
2257    * Sets the value of field 'height'.
2258    *
2259    * @param height
2260    *          the value of field 'height'.
2261    */
2262   public void setHeight(final int height)
2263   {
2264     this._height = height;
2265     this._has_height = true;
2266   }
2267
2268   /**
2269    *
2270    *
2271    * @param index
2272    * @param vHiddenColumns
2273    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2274    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2275    */
2276   public void setHiddenColumns(final int index,
2277           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2278           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2279   {
2280     // check bounds for index
2281     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
2282     {
2283       throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '"
2284               + index + "' not in range [0.."
2285               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
2286     }
2287
2288     this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);
2289   }
2290
2291   /**
2292    *
2293    *
2294    * @param vHiddenColumnsArray
2295    */
2296   public void setHiddenColumns(
2297           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray)
2298   {
2299     // -- copy array
2300     _hiddenColumnsList.clear();
2301
2302     for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++)
2303     {
2304       this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);
2305     }
2306   }
2307
2308   /**
2309    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
2310    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
2311    * views
2312    *
2313    *
2314    * @param id
2315    *          the value of field 'id'.
2316    */
2317   public void setId(final java.lang.String id)
2318   {
2319     this._id = id;
2320   }
2321
2322   /**
2323    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2324    *
2325    * @param ignoreGapsinConsensus
2326    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2327    */
2328   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
2329   {
2330     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
2331     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
2332   }
2333
2334   /**
2335    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2336    *
2337    * @param normaliseSequenceLogo
2338    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2339    */
2340   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
2341   {
2342     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
2343     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
2344   }
2345
2346   /**
2347    * Sets the value of field 'pidSelected'.
2348    *
2349    * @param pidSelected
2350    *          the value of field 'pidSelected'.
2351    */
2352   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
2353   {
2354     this._pidSelected = pidSelected;
2355     this._has_pidSelected = true;
2356   }
2357
2358   /**
2359    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
2360    *
2361    * @param pidThreshold
2362    *          the value of field 'pidThreshold'.
2363    */
2364   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
2365   {
2366     this._pidThreshold = pidThreshold;
2367     this._has_pidThreshold = true;
2368   }
2369
2370   /**
2371    * Sets the value of field 'renderGaps'.
2372    *
2373    * @param renderGaps
2374    *          the value of field 'renderGaps'.
2375    */
2376   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
2377   {
2378     this._renderGaps = renderGaps;
2379     this._has_renderGaps = true;
2380   }
2381
2382   /**
2383    * Sets the value of field 'rightAlignIds'.
2384    *
2385    * @param rightAlignIds
2386    *          the value of field 'rightAlignIds'.
2387    */
2388   public void setRightAlignIds(final boolean rightAlignIds)
2389   {
2390     this._rightAlignIds = rightAlignIds;
2391     this._has_rightAlignIds = true;
2392   }
2393
2394   /**
2395    * Sets the value of field 'sequenceSetId'.
2396    *
2397    * @param sequenceSetId
2398    *          the value of field 'sequenceSetId'.
2399    */
2400   public void setSequenceSetId(final java.lang.String sequenceSetId)
2401   {
2402     this._sequenceSetId = sequenceSetId;
2403   }
2404
2405   /**
2406    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
2407    *
2408    * @param showAnnotation
2409    *          the value of field 'showAnnotation'.
2410    */
2411   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
2412   {
2413     this._showAnnotation = showAnnotation;
2414     this._has_showAnnotation = true;
2415   }
2416
2417   /**
2418    * Sets the value of field 'showBoxes'.
2419    *
2420    * @param showBoxes
2421    *          the value of field 'showBoxes'.
2422    */
2423   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
2424   {
2425     this._showBoxes = showBoxes;
2426     this._has_showBoxes = true;
2427   }
2428
2429   /**
2430    * Sets the value of field 'showColourText'.
2431    *
2432    * @param showColourText
2433    *          the value of field 'showColourText'.
2434    */
2435   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
2436   {
2437     this._showColourText = showColourText;
2438     this._has_showColourText = true;
2439   }
2440
2441   /**
2442    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
2443    *
2444    * @param showConsensusHistogram
2445    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
2446    */
2447   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
2448   {
2449     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2450     this._has_showConsensusHistogram = true;
2451   }
2452
2453   /**
2454    * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.
2455    *
2456    * @param showDbRefTooltip
2457    *          the value of field 'showDbRefTooltip'
2458    */
2459   public void setShowDbRefTooltip(final boolean showDbRefTooltip)
2460   {
2461     this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;
2462     this._has_showDbRefTooltip = true;
2463   }
2464
2465   /**
2466    * Sets the value of field 'showFullId'.
2467    *
2468    * @param showFullId
2469    *          the value of field 'showFullId'.
2470    */
2471   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
2472   {
2473     this._showFullId = showFullId;
2474     this._has_showFullId = true;
2475   }
2476
2477   /**
2478    * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.
2479    *
2480    * @param showGroupConsensus
2481    *          the value of field 'showGroupConsensus'.
2482    */
2483   public void setShowGroupConsensus(final boolean showGroupConsensus)
2484   {
2485     this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2486     this._has_showGroupConsensus = true;
2487   }
2488
2489   /**
2490    * Sets the value of field 'showGroupConservation'.
2491    *
2492    * @param showGroupConservation
2493    *          the value of field 'showGroupConservation'.
2494    */
2495   public void setShowGroupConservation(final boolean showGroupConservation)
2496   {
2497     this._showGroupConservation = showGroupConservation;
2498     this._has_showGroupConservation = true;
2499   }
2500
2501   /**
2502    * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2503    *
2504    * @param showNPfeatureTooltip
2505    *          the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2506    */
2507   public void setShowNPfeatureTooltip(final boolean showNPfeatureTooltip)
2508   {
2509     this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;
2510     this._has_showNPfeatureTooltip = true;
2511   }
2512
2513   /**
2514    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
2515    *
2516    * @param showSequenceFeatures
2517    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
2518    */
2519   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
2520   {
2521     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
2522     this._has_showSequenceFeatures = true;
2523   }
2524
2525   /**
2526    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
2527    *
2528    * @param showSequenceLogo
2529    *          the value of field 'showSequenceLogo'
2530    */
2531   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
2532   {
2533     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2534     this._has_showSequenceLogo = true;
2535   }
2536
2537   /**
2538    * Sets the value of field 'showText'.
2539    *
2540    * @param showText
2541    *          the value of field 'showText'.
2542    */
2543   public void setShowText(final boolean showText)
2544   {
2545     this._showText = showText;
2546     this._has_showText = true;
2547   }
2548
2549   /**
2550    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
2551    *
2552    * @param showUnconserved
2553    *          the value of field 'showUnconserved'.
2554    */
2555   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
2556   {
2557     this._showUnconserved = showUnconserved;
2558     this._has_showUnconserved = true;
2559   }
2560
2561   /**
2562    * Sets the value of field 'startRes'.
2563    *
2564    * @param startRes
2565    *          the value of field 'startRes'.
2566    */
2567   public void setStartRes(final int startRes)
2568   {
2569     this._startRes = startRes;
2570     this._has_startRes = true;
2571   }
2572
2573   /**
2574    * Sets the value of field 'startSeq'.
2575    *
2576    * @param startSeq
2577    *          the value of field 'startSeq'.
2578    */
2579   public void setStartSeq(final int startSeq)
2580   {
2581     this._startSeq = startSeq;
2582     this._has_startSeq = true;
2583   }
2584
2585   /**
2586    * Sets the value of field 'textCol1'.
2587    *
2588    * @param textCol1
2589    *          the value of field 'textCol1'.
2590    */
2591   public void setTextCol1(final int textCol1)
2592   {
2593     this._textCol1 = textCol1;
2594     this._has_textCol1 = true;
2595   }
2596
2597   /**
2598    * Sets the value of field 'textCol2'.
2599    *
2600    * @param textCol2
2601    *          the value of field 'textCol2'.
2602    */
2603   public void setTextCol2(final int textCol2)
2604   {
2605     this._textCol2 = textCol2;
2606     this._has_textCol2 = true;
2607   }
2608
2609   /**
2610    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
2611    *
2612    * @param textColThreshold
2613    *          the value of field 'textColThreshold'
2614    */
2615   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
2616   {
2617     this._textColThreshold = textColThreshold;
2618     this._has_textColThreshold = true;
2619   }
2620
2621   /**
2622    * Sets the value of field 'title'.
2623    *
2624    * @param title
2625    *          the value of field 'title'.
2626    */
2627   public void setTitle(final java.lang.String title)
2628   {
2629     this._title = title;
2630   }
2631
2632   /**
2633    * Sets the value of field 'viewName'.
2634    *
2635    * @param viewName
2636    *          the value of field 'viewName'.
2637    */
2638   public void setViewName(final java.lang.String viewName)
2639   {
2640     this._viewName = viewName;
2641   }
2642
2643   /**
2644    * Sets the value of field 'width'.
2645    *
2646    * @param width
2647    *          the value of field 'width'.
2648    */
2649   public void setWidth(final int width)
2650   {
2651     this._width = width;
2652     this._has_width = true;
2653   }
2654
2655   /**
2656    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
2657    *
2658    * @param wrapAlignment
2659    *          the value of field 'wrapAlignment'.
2660    */
2661   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
2662   {
2663     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
2664     this._has_wrapAlignment = true;
2665   }
2666
2667   /**
2668    * Sets the value of field 'xpos'.
2669    *
2670    * @param xpos
2671    *          the value of field 'xpos'.
2672    */
2673   public void setXpos(final int xpos)
2674   {
2675     this._xpos = xpos;
2676     this._has_xpos = true;
2677   }
2678
2679   /**
2680    * Sets the value of field 'ypos'.
2681    *
2682    * @param ypos
2683    *          the value of field 'ypos'.
2684    */
2685   public void setYpos(final int ypos)
2686   {
2687     this._ypos = ypos;
2688     this._has_ypos = true;
2689   }
2690
2691   /**
2692    * Method unmarshal.
2693    *
2694    * @param reader
2695    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2696    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2697    *           marshaling
2698    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2699    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2700    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Viewport
2701    */
2702   public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(
2703           final java.io.Reader reader)
2704           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2705           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2706   {
2707     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller
2708             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class,
2709                     reader);
2710   }
2711
2712   /**
2713    *
2714    *
2715    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2716    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2717    */
2718   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2719   {
2720     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
2721     validator.validate(this);
2722   }
2723
2724 }