src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class Viewport.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _conservationSelected\r
  40      */\r
  41     private boolean _conservationSelected;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  45      */\r
  46     private boolean _has_conservationSelected;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _pidSelected\r
  50      */\r
  51     private boolean _pidSelected;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  55      */\r
  56     private boolean _has_pidSelected;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _bgColour\r
  60      */\r
  61     private java.lang.String _bgColour;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _consThreshold\r
  65      */\r
  66     private int _consThreshold;\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  70      */\r
  71     private boolean _has_consThreshold;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Field _pidThreshold\r
  75      */\r
  76     private int _pidThreshold;\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  80      */\r
  81     private boolean _has_pidThreshold;\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * Field _title\r
  85      */\r
  86     private java.lang.String _title;\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Field _showFullId\r
  90      */\r
  91     private boolean _showFullId;\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  95      */\r
  96     private boolean _has_showFullId;\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * Field _rightAlignIds\r
 100      */\r
 101     private boolean _rightAlignIds;\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
 105      */\r
 106     private boolean _has_rightAlignIds;\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * Field _showText\r
 110      */\r
 111     private boolean _showText;\r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * keeps track of state for field: _showText\r
 115      */\r
 116     private boolean _has_showText;\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * Field _showColourText\r
 120      */\r
 121     private boolean _showColourText;\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 125      */\r
 126     private boolean _has_showColourText;\r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * Field _showBoxes\r
 130      */\r
 131     private boolean _showBoxes;\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 135      */\r
 136     private boolean _has_showBoxes;\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * Field _wrapAlignment\r
 140      */\r
 141     private boolean _wrapAlignment;\r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 145      */\r
 146     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 147 \r
 148     /**\r
 149      * Field _renderGaps\r
 150      */\r
 151     private boolean _renderGaps;\r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 155      */\r
 156     private boolean _has_renderGaps;\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * Field _showSequenceFeatures\r
 160      */\r
 161     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 165      */\r
 166     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * Field _showAnnotation\r
 170      */\r
 171     private boolean _showAnnotation;\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 175      */\r
 176     private boolean _has_showAnnotation;\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * Field _xpos\r
 180      */\r
 181     private int _xpos;\r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * keeps track of state for field: _xpos\r
 185      */\r
 186     private boolean _has_xpos;\r
 187 \r
 188     /**\r
 189      * Field _ypos\r
 190      */\r
 191     private int _ypos;\r
 192 \r
 193     /**\r
 194      * keeps track of state for field: _ypos\r
 195      */\r
 196     private boolean _has_ypos;\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * Field _width\r
 200      */\r
 201     private int _width;\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * keeps track of state for field: _width\r
 205      */\r
 206     private boolean _has_width;\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * Field _height\r
 210      */\r
 211     private int _height;\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * keeps track of state for field: _height\r
 215      */\r
 216     private boolean _has_height;\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * Field _startRes\r
 220      */\r
 221     private int _startRes;\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * keeps track of state for field: _startRes\r
 225      */\r
 226     private boolean _has_startRes;\r
 227 \r
 228     /**\r
 229      * Field _startSeq\r
 230      */\r
 231     private int _startSeq;\r
 232 \r
 233     /**\r
 234      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 235      */\r
 236     private boolean _has_startSeq;\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * Field _fontName\r
 240      */\r
 241     private java.lang.String _fontName;\r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * Field _fontSize\r
 245      */\r
 246     private int _fontSize;\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 250      */\r
 251     private boolean _has_fontSize;\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * Field _fontStyle\r
 255      */\r
 256     private int _fontStyle;\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 260      */\r
 261     private boolean _has_fontStyle;\r
 262 \r
 263     /**\r
 264      * Field _viewName\r
 265      */\r
 266     private java.lang.String _viewName;\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * Field _sequenceSetId\r
 270      */\r
 271     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 272 \r
 273     /**\r
 274      * Field _gatheredViews\r
 275      */\r
 276     private boolean _gatheredViews;\r
 277 \r
 278     /**\r
 279      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 280      */\r
 281     private boolean _has_gatheredViews;\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * Field _textCol1\r
 285      */\r
 286     private int _textCol1;\r
 287 \r
 288     /**\r
 289      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 290      */\r
 291     private boolean _has_textCol1;\r
 292 \r
 293     /**\r
 294      * Field _textCol2\r
 295      */\r
 296     private int _textCol2;\r
 297 \r
 298     /**\r
 299      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 300      */\r
 301     private boolean _has_textCol2;\r
 302 \r
 303     /**\r
 304      * Field _textColThreshold\r
 305      */\r
 306     private int _textColThreshold;\r
 307 \r
 308     /**\r
 309      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 310      */\r
 311     private boolean _has_textColThreshold;\r
 312 \r
 313     /**\r
 314      * Field _annotationColours\r
 315      */\r
 316     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 317 \r
 318     /**\r
 319      * Field _hiddenColumnsList\r
 320      */\r
 321     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 322 \r
 323 \r
 324       //----------------/\r
 325      //- Constructors -/\r
 326     //----------------/\r
 327 \r
 328     public Viewport() {\r
 329         super();\r
 330         _hiddenColumnsList = new Vector();\r
 331     } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
 332 \r
 333 \r
 334       //-----------/\r
 335      //- Methods -/\r
 336     //-----------/\r
 337 \r
 338     /**\r
 339      * Method addHiddenColumns\r
 340      * \r
 341      * \r
 342      * \r
 343      * @param vHiddenColumns\r
 344      */\r
 345     public void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 346         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 347     {\r
 348         _hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 349     } //-- void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
 350 \r
 351     /**\r
 352      * Method addHiddenColumns\r
 353      * \r
 354      * \r
 355      * \r
 356      * @param index\r
 357      * @param vHiddenColumns\r
 358      */\r
 359     public void addHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 360         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 361     {\r
 362         _hiddenColumnsList.insertElementAt(vHiddenColumns, index);\r
 363     } //-- void addHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
 364 \r
 365     /**\r
 366      * Method deleteConsThreshold\r
 367      * \r
 368      */\r
 369     public void deleteConsThreshold()\r
 370     {\r
 371         this._has_consThreshold= false;\r
 372     } //-- void deleteConsThreshold() \r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * Method deleteConservationSelected\r
 376      * \r
 377      */\r
 378     public void deleteConservationSelected()\r
 379     {\r
 380         this._has_conservationSelected= false;\r
 381     } //-- void deleteConservationSelected() \r
 382 \r
 383     /**\r
 384      * Method deleteFontSize\r
 385      * \r
 386      */\r
 387     public void deleteFontSize()\r
 388     {\r
 389         this._has_fontSize= false;\r
 390     } //-- void deleteFontSize() \r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * Method deleteFontStyle\r
 394      * \r
 395      */\r
 396     public void deleteFontStyle()\r
 397     {\r
 398         this._has_fontStyle= false;\r
 399     } //-- void deleteFontStyle() \r
 400 \r
 401     /**\r
 402      * Method deleteGatheredViews\r
 403      * \r
 404      */\r
 405     public void deleteGatheredViews()\r
 406     {\r
 407         this._has_gatheredViews= false;\r
 408     } //-- void deleteGatheredViews() \r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * Method deleteHeight\r
 412      * \r
 413      */\r
 414     public void deleteHeight()\r
 415     {\r
 416         this._has_height= false;\r
 417     } //-- void deleteHeight() \r
 418 \r
 419     /**\r
 420      * Method deletePidSelected\r
 421      * \r
 422      */\r
 423     public void deletePidSelected()\r
 424     {\r
 425         this._has_pidSelected= false;\r
 426     } //-- void deletePidSelected() \r
 427 \r
 428     /**\r
 429      * Method deletePidThreshold\r
 430      * \r
 431      */\r
 432     public void deletePidThreshold()\r
 433     {\r
 434         this._has_pidThreshold= false;\r
 435     } //-- void deletePidThreshold() \r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * Method deleteRenderGaps\r
 439      * \r
 440      */\r
 441     public void deleteRenderGaps()\r
 442     {\r
 443         this._has_renderGaps= false;\r
 444     } //-- void deleteRenderGaps() \r
 445 \r
 446     /**\r
 447      * Method deleteRightAlignIds\r
 448      * \r
 449      */\r
 450     public void deleteRightAlignIds()\r
 451     {\r
 452         this._has_rightAlignIds= false;\r
 453     } //-- void deleteRightAlignIds() \r
 454 \r
 455     /**\r
 456      * Method deleteShowAnnotation\r
 457      * \r
 458      */\r
 459     public void deleteShowAnnotation()\r
 460     {\r
 461         this._has_showAnnotation= false;\r
 462     } //-- void deleteShowAnnotation() \r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * Method deleteShowBoxes\r
 466      * \r
 467      */\r
 468     public void deleteShowBoxes()\r
 469     {\r
 470         this._has_showBoxes= false;\r
 471     } //-- void deleteShowBoxes() \r
 472 \r
 473     /**\r
 474      * Method deleteShowColourText\r
 475      * \r
 476      */\r
 477     public void deleteShowColourText()\r
 478     {\r
 479         this._has_showColourText= false;\r
 480     } //-- void deleteShowColourText() \r
 481 \r
 482     /**\r
 483      * Method deleteShowFullId\r
 484      * \r
 485      */\r
 486     public void deleteShowFullId()\r
 487     {\r
 488         this._has_showFullId= false;\r
 489     } //-- void deleteShowFullId() \r
 490 \r
 491     /**\r
 492      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 493      * \r
 494      */\r
 495     public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 496     {\r
 497         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 498     } //-- void deleteShowSequenceFeatures() \r
 499 \r
 500     /**\r
 501      * Method deleteShowText\r
 502      * \r
 503      */\r
 504     public void deleteShowText()\r
 505     {\r
 506         this._has_showText= false;\r
 507     } //-- void deleteShowText() \r
 508 \r
 509     /**\r
 510      * Method deleteStartRes\r
 511      * \r
 512      */\r
 513     public void deleteStartRes()\r
 514     {\r
 515         this._has_startRes= false;\r
 516     } //-- void deleteStartRes() \r
 517 \r
 518     /**\r
 519      * Method deleteStartSeq\r
 520      * \r
 521      */\r
 522     public void deleteStartSeq()\r
 523     {\r
 524         this._has_startSeq= false;\r
 525     } //-- void deleteStartSeq() \r
 526 \r
 527     /**\r
 528      * Method deleteTextCol1\r
 529      * \r
 530      */\r
 531     public void deleteTextCol1()\r
 532     {\r
 533         this._has_textCol1= false;\r
 534     } //-- void deleteTextCol1() \r
 535 \r
 536     /**\r
 537      * Method deleteTextCol2\r
 538      * \r
 539      */\r
 540     public void deleteTextCol2()\r
 541     {\r
 542         this._has_textCol2= false;\r
 543     } //-- void deleteTextCol2() \r
 544 \r
 545     /**\r
 546      * Method deleteTextColThreshold\r
 547      * \r
 548      */\r
 549     public void deleteTextColThreshold()\r
 550     {\r
 551         this._has_textColThreshold= false;\r
 552     } //-- void deleteTextColThreshold() \r
 553 \r
 554     /**\r
 555      * Method deleteWidth\r
 556      * \r
 557      */\r
 558     public void deleteWidth()\r
 559     {\r
 560         this._has_width= false;\r
 561     } //-- void deleteWidth() \r
 562 \r
 563     /**\r
 564      * Method deleteWrapAlignment\r
 565      * \r
 566      */\r
 567     public void deleteWrapAlignment()\r
 568     {\r
 569         this._has_wrapAlignment= false;\r
 570     } //-- void deleteWrapAlignment() \r
 571 \r
 572     /**\r
 573      * Method deleteXpos\r
 574      * \r
 575      */\r
 576     public void deleteXpos()\r
 577     {\r
 578         this._has_xpos= false;\r
 579     } //-- void deleteXpos() \r
 580 \r
 581     /**\r
 582      * Method deleteYpos\r
 583      * \r
 584      */\r
 585     public void deleteYpos()\r
 586     {\r
 587         this._has_ypos= false;\r
 588     } //-- void deleteYpos() \r
 589 \r
 590     /**\r
 591      * Method enumerateHiddenColumns\r
 592      * \r
 593      * \r
 594      * \r
 595      * @return Enumeration\r
 596      */\r
 597     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
 598     {\r
 599         return _hiddenColumnsList.elements();\r
 600     } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns() \r
 601 \r
 602     /**\r
 603      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 604      * \r
 605      * @return AnnotationColours\r
 606      * @return the value of field 'annotationColours'.\r
 607      */\r
 608     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 609     {\r
 610         return this._annotationColours;\r
 611     } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours() \r
 612 \r
 613     /**\r
 614      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 615      * \r
 616      * @return String\r
 617      * @return the value of field 'bgColour'.\r
 618      */\r
 619     public java.lang.String getBgColour()\r
 620     {\r
 621         return this._bgColour;\r
 622     } //-- java.lang.String getBgColour() \r
 623 \r
 624     /**\r
 625      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 626      * \r
 627      * @return int\r
 628      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 629      */\r
 630     public int getConsThreshold()\r
 631     {\r
 632         return this._consThreshold;\r
 633     } //-- int getConsThreshold() \r
 634 \r
 635     /**\r
 636      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 637      * \r
 638      * @return boolean\r
 639      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 640      */\r
 641     public boolean getConservationSelected()\r
 642     {\r
 643         return this._conservationSelected;\r
 644     } //-- boolean getConservationSelected() \r
 645 \r
 646     /**\r
 647      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 648      * \r
 649      * @return String\r
 650      * @return the value of field 'fontName'.\r
 651      */\r
 652     public java.lang.String getFontName()\r
 653     {\r
 654         return this._fontName;\r
 655     } //-- java.lang.String getFontName() \r
 656 \r
 657     /**\r
 658      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 659      * \r
 660      * @return int\r
 661      * @return the value of field 'fontSize'.\r
 662      */\r
 663     public int getFontSize()\r
 664     {\r
 665         return this._fontSize;\r
 666     } //-- int getFontSize() \r
 667 \r
 668     /**\r
 669      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 670      * \r
 671      * @return int\r
 672      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 673      */\r
 674     public int getFontStyle()\r
 675     {\r
 676         return this._fontStyle;\r
 677     } //-- int getFontStyle() \r
 678 \r
 679     /**\r
 680      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 681      * \r
 682      * @return boolean\r
 683      * @return the value of field 'gatheredViews'.\r
 684      */\r
 685     public boolean getGatheredViews()\r
 686     {\r
 687         return this._gatheredViews;\r
 688     } //-- boolean getGatheredViews() \r
 689 \r
 690     /**\r
 691      * Returns the value of field 'height'.\r
 692      * \r
 693      * @return int\r
 694      * @return the value of field 'height'.\r
 695      */\r
 696     public int getHeight()\r
 697     {\r
 698         return this._height;\r
 699     } //-- int getHeight() \r
 700 \r
 701     /**\r
 702      * Method getHiddenColumns\r
 703      * \r
 704      * \r
 705      * \r
 706      * @param index\r
 707      * @return HiddenColumns\r
 708      */\r
 709     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int index)\r
 710         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 711     {\r
 712         //-- check bounds for index\r
 713         if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
 714             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 715         }\r
 716         \r
 717         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 718     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int) \r
 719 \r
 720     /**\r
 721      * Method getHiddenColumns\r
 722      * \r
 723      * \r
 724      * \r
 725      * @return HiddenColumns\r
 726      */\r
 727     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
 728     {\r
 729         int size = _hiddenColumnsList.size();\r
 730         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[size];\r
 731         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 732             mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 733         }\r
 734         return mArray;\r
 735     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns() \r
 736 \r
 737     /**\r
 738      * Method getHiddenColumnsCount\r
 739      * \r
 740      * \r
 741      * \r
 742      * @return int\r
 743      */\r
 744     public int getHiddenColumnsCount()\r
 745     {\r
 746         return _hiddenColumnsList.size();\r
 747     } //-- int getHiddenColumnsCount() \r
 748 \r
 749     /**\r
 750      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 751      * \r
 752      * @return boolean\r
 753      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 754      */\r
 755     public boolean getPidSelected()\r
 756     {\r
 757         return this._pidSelected;\r
 758     } //-- boolean getPidSelected() \r
 759 \r
 760     /**\r
 761      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 762      * \r
 763      * @return int\r
 764      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 765      */\r
 766     public int getPidThreshold()\r
 767     {\r
 768         return this._pidThreshold;\r
 769     } //-- int getPidThreshold() \r
 770 \r
 771     /**\r
 772      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 773      * \r
 774      * @return boolean\r
 775      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 776      */\r
 777     public boolean getRenderGaps()\r
 778     {\r
 779         return this._renderGaps;\r
 780     } //-- boolean getRenderGaps() \r
 781 \r
 782     /**\r
 783      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 784      * \r
 785      * @return boolean\r
 786      * @return the value of field 'rightAlignIds'.\r
 787      */\r
 788     public boolean getRightAlignIds()\r
 789     {\r
 790         return this._rightAlignIds;\r
 791     } //-- boolean getRightAlignIds() \r
 792 \r
 793     /**\r
 794      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 795      * \r
 796      * @return String\r
 797      * @return the value of field 'sequenceSetId'.\r
 798      */\r
 799     public java.lang.String getSequenceSetId()\r
 800     {\r
 801         return this._sequenceSetId;\r
 802     } //-- java.lang.String getSequenceSetId() \r
 803 \r
 804     /**\r
 805      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 806      * \r
 807      * @return boolean\r
 808      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 809      */\r
 810     public boolean getShowAnnotation()\r
 811     {\r
 812         return this._showAnnotation;\r
 813     } //-- boolean getShowAnnotation() \r
 814 \r
 815     /**\r
 816      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 817      * \r
 818      * @return boolean\r
 819      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 820      */\r
 821     public boolean getShowBoxes()\r
 822     {\r
 823         return this._showBoxes;\r
 824     } //-- boolean getShowBoxes() \r
 825 \r
 826     /**\r
 827      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 828      * \r
 829      * @return boolean\r
 830      * @return the value of field 'showColourText'.\r
 831      */\r
 832     public boolean getShowColourText()\r
 833     {\r
 834         return this._showColourText;\r
 835     } //-- boolean getShowColourText() \r
 836 \r
 837     /**\r
 838      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 839      * \r
 840      * @return boolean\r
 841      * @return the value of field 'showFullId'.\r
 842      */\r
 843     public boolean getShowFullId()\r
 844     {\r
 845         return this._showFullId;\r
 846     } //-- boolean getShowFullId() \r
 847 \r
 848     /**\r
 849      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 850      * \r
 851      * @return boolean\r
 852      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 853      */\r
 854     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 855     {\r
 856         return this._showSequenceFeatures;\r
 857     } //-- boolean getShowSequenceFeatures() \r
 858 \r
 859     /**\r
 860      * Returns the value of field 'showText'.\r
 861      * \r
 862      * @return boolean\r
 863      * @return the value of field 'showText'.\r
 864      */\r
 865     public boolean getShowText()\r
 866     {\r
 867         return this._showText;\r
 868     } //-- boolean getShowText() \r
 869 \r
 870     /**\r
 871      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 872      * \r
 873      * @return int\r
 874      * @return the value of field 'startRes'.\r
 875      */\r
 876     public int getStartRes()\r
 877     {\r
 878         return this._startRes;\r
 879     } //-- int getStartRes() \r
 880 \r
 881     /**\r
 882      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 883      * \r
 884      * @return int\r
 885      * @return the value of field 'startSeq'.\r
 886      */\r
 887     public int getStartSeq()\r
 888     {\r
 889         return this._startSeq;\r
 890     } //-- int getStartSeq() \r
 891 \r
 892     /**\r
 893      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 894      * \r
 895      * @return int\r
 896      * @return the value of field 'textCol1'.\r
 897      */\r
 898     public int getTextCol1()\r
 899     {\r
 900         return this._textCol1;\r
 901     } //-- int getTextCol1() \r
 902 \r
 903     /**\r
 904      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 905      * \r
 906      * @return int\r
 907      * @return the value of field 'textCol2'.\r
 908      */\r
 909     public int getTextCol2()\r
 910     {\r
 911         return this._textCol2;\r
 912     } //-- int getTextCol2() \r
 913 \r
 914     /**\r
 915      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 916      * \r
 917      * @return int\r
 918      * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
 919      */\r
 920     public int getTextColThreshold()\r
 921     {\r
 922         return this._textColThreshold;\r
 923     } //-- int getTextColThreshold() \r
 924 \r
 925     /**\r
 926      * Returns the value of field 'title'.\r
 927      * \r
 928      * @return String\r
 929      * @return the value of field 'title'.\r
 930      */\r
 931     public java.lang.String getTitle()\r
 932     {\r
 933         return this._title;\r
 934     } //-- java.lang.String getTitle() \r
 935 \r
 936     /**\r
 937      * Returns the value of field 'viewName'.\r
 938      * \r
 939      * @return String\r
 940      * @return the value of field 'viewName'.\r
 941      */\r
 942     public java.lang.String getViewName()\r
 943     {\r
 944         return this._viewName;\r
 945     } //-- java.lang.String getViewName() \r
 946 \r
 947     /**\r
 948      * Returns the value of field 'width'.\r
 949      * \r
 950      * @return int\r
 951      * @return the value of field 'width'.\r
 952      */\r
 953     public int getWidth()\r
 954     {\r
 955         return this._width;\r
 956     } //-- int getWidth() \r
 957 \r
 958     /**\r
 959      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 960      * \r
 961      * @return boolean\r
 962      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 963      */\r
 964     public boolean getWrapAlignment()\r
 965     {\r
 966         return this._wrapAlignment;\r
 967     } //-- boolean getWrapAlignment() \r
 968 \r
 969     /**\r
 970      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 971      * \r
 972      * @return int\r
 973      * @return the value of field 'xpos'.\r
 974      */\r
 975     public int getXpos()\r
 976     {\r
 977         return this._xpos;\r
 978     } //-- int getXpos() \r
 979 \r
 980     /**\r
 981      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 982      * \r
 983      * @return int\r
 984      * @return the value of field 'ypos'.\r
 985      */\r
 986     public int getYpos()\r
 987     {\r
 988         return this._ypos;\r
 989     } //-- int getYpos() \r
 990 \r
 991     /**\r
 992      * Method hasConsThreshold\r
 993      * \r
 994      * \r
 995      * \r
 996      * @return boolean\r
 997      */\r
 998     public boolean hasConsThreshold()\r
 999     {\r
1000         return this._has_consThreshold;\r
1001     } //-- boolean hasConsThreshold() \r
1002 \r
1003     /**\r
1004      * Method hasConservationSelected\r
1005      * \r
1006      * \r
1007      * \r
1008      * @return boolean\r
1009      */\r
1010     public boolean hasConservationSelected()\r
1011     {\r
1012         return this._has_conservationSelected;\r
1013     } //-- boolean hasConservationSelected() \r
1014 \r
1015     /**\r
1016      * Method hasFontSize\r
1017      * \r
1018      * \r
1019      * \r
1020      * @return boolean\r
1021      */\r
1022     public boolean hasFontSize()\r
1023     {\r
1024         return this._has_fontSize;\r
1025     } //-- boolean hasFontSize() \r
1026 \r
1027     /**\r
1028      * Method hasFontStyle\r
1029      * \r
1030      * \r
1031      * \r
1032      * @return boolean\r
1033      */\r
1034     public boolean hasFontStyle()\r
1035     {\r
1036         return this._has_fontStyle;\r
1037     } //-- boolean hasFontStyle() \r
1038 \r
1039     /**\r
1040      * Method hasGatheredViews\r
1041      * \r
1042      * \r
1043      * \r
1044      * @return boolean\r
1045      */\r
1046     public boolean hasGatheredViews()\r
1047     {\r
1048         return this._has_gatheredViews;\r
1049     } //-- boolean hasGatheredViews() \r
1050 \r
1051     /**\r
1052      * Method hasHeight\r
1053      * \r
1054      * \r
1055      * \r
1056      * @return boolean\r
1057      */\r
1058     public boolean hasHeight()\r
1059     {\r
1060         return this._has_height;\r
1061     } //-- boolean hasHeight() \r
1062 \r
1063     /**\r
1064      * Method hasPidSelected\r
1065      * \r
1066      * \r
1067      * \r
1068      * @return boolean\r
1069      */\r
1070     public boolean hasPidSelected()\r
1071     {\r
1072         return this._has_pidSelected;\r
1073     } //-- boolean hasPidSelected() \r
1074 \r
1075     /**\r
1076      * Method hasPidThreshold\r
1077      * \r
1078      * \r
1079      * \r
1080      * @return boolean\r
1081      */\r
1082     public boolean hasPidThreshold()\r
1083     {\r
1084         return this._has_pidThreshold;\r
1085     } //-- boolean hasPidThreshold() \r
1086 \r
1087     /**\r
1088      * Method hasRenderGaps\r
1089      * \r
1090      * \r
1091      * \r
1092      * @return boolean\r
1093      */\r
1094     public boolean hasRenderGaps()\r
1095     {\r
1096         return this._has_renderGaps;\r
1097     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
1098 \r
1099     /**\r
1100      * Method hasRightAlignIds\r
1101      * \r
1102      * \r
1103      * \r
1104      * @return boolean\r
1105      */\r
1106     public boolean hasRightAlignIds()\r
1107     {\r
1108         return this._has_rightAlignIds;\r
1109     } //-- boolean hasRightAlignIds() \r
1110 \r
1111     /**\r
1112      * Method hasShowAnnotation\r
1113      * \r
1114      * \r
1115      * \r
1116      * @return boolean\r
1117      */\r
1118     public boolean hasShowAnnotation()\r
1119     {\r
1120         return this._has_showAnnotation;\r
1121     } //-- boolean hasShowAnnotation() \r
1122 \r
1123     /**\r
1124      * Method hasShowBoxes\r
1125      * \r
1126      * \r
1127      * \r
1128      * @return boolean\r
1129      */\r
1130     public boolean hasShowBoxes()\r
1131     {\r
1132         return this._has_showBoxes;\r
1133     } //-- boolean hasShowBoxes() \r
1134 \r
1135     /**\r
1136      * Method hasShowColourText\r
1137      * \r
1138      * \r
1139      * \r
1140      * @return boolean\r
1141      */\r
1142     public boolean hasShowColourText()\r
1143     {\r
1144         return this._has_showColourText;\r
1145     } //-- boolean hasShowColourText() \r
1146 \r
1147     /**\r
1148      * Method hasShowFullId\r
1149      * \r
1150      * \r
1151      * \r
1152      * @return boolean\r
1153      */\r
1154     public boolean hasShowFullId()\r
1155     {\r
1156         return this._has_showFullId;\r
1157     } //-- boolean hasShowFullId() \r
1158 \r
1159     /**\r
1160      * Method hasShowSequenceFeatures\r
1161      * \r
1162      * \r
1163      * \r
1164      * @return boolean\r
1165      */\r
1166     public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
1167     {\r
1168         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1169     } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
1170 \r
1171     /**\r
1172      * Method hasShowText\r
1173      * \r
1174      * \r
1175      * \r
1176      * @return boolean\r
1177      */\r
1178     public boolean hasShowText()\r
1179     {\r
1180         return this._has_showText;\r
1181     } //-- boolean hasShowText() \r
1182 \r
1183     /**\r
1184      * Method hasStartRes\r
1185      * \r
1186      * \r
1187      * \r
1188      * @return boolean\r
1189      */\r
1190     public boolean hasStartRes()\r
1191     {\r
1192         return this._has_startRes;\r
1193     } //-- boolean hasStartRes() \r
1194 \r
1195     /**\r
1196      * Method hasStartSeq\r
1197      * \r
1198      * \r
1199      * \r
1200      * @return boolean\r
1201      */\r
1202     public boolean hasStartSeq()\r
1203     {\r
1204         return this._has_startSeq;\r
1205     } //-- boolean hasStartSeq() \r
1206 \r
1207     /**\r
1208      * Method hasTextCol1\r
1209      * \r
1210      * \r
1211      * \r
1212      * @return boolean\r
1213      */\r
1214     public boolean hasTextCol1()\r
1215     {\r
1216         return this._has_textCol1;\r
1217     } //-- boolean hasTextCol1() \r
1218 \r
1219     /**\r
1220      * Method hasTextCol2\r
1221      * \r
1222      * \r
1223      * \r
1224      * @return boolean\r
1225      */\r
1226     public boolean hasTextCol2()\r
1227     {\r
1228         return this._has_textCol2;\r
1229     } //-- boolean hasTextCol2() \r
1230 \r
1231     /**\r
1232      * Method hasTextColThreshold\r
1233      * \r
1234      * \r
1235      * \r
1236      * @return boolean\r
1237      */\r
1238     public boolean hasTextColThreshold()\r
1239     {\r
1240         return this._has_textColThreshold;\r
1241     } //-- boolean hasTextColThreshold() \r
1242 \r
1243     /**\r
1244      * Method hasWidth\r
1245      * \r
1246      * \r
1247      * \r
1248      * @return boolean\r
1249      */\r
1250     public boolean hasWidth()\r
1251     {\r
1252         return this._has_width;\r
1253     } //-- boolean hasWidth() \r
1254 \r
1255     /**\r
1256      * Method hasWrapAlignment\r
1257      * \r
1258      * \r
1259      * \r
1260      * @return boolean\r
1261      */\r
1262     public boolean hasWrapAlignment()\r
1263     {\r
1264         return this._has_wrapAlignment;\r
1265     } //-- boolean hasWrapAlignment() \r
1266 \r
1267     /**\r
1268      * Method hasXpos\r
1269      * \r
1270      * \r
1271      * \r
1272      * @return boolean\r
1273      */\r
1274     public boolean hasXpos()\r
1275     {\r
1276         return this._has_xpos;\r
1277     } //-- boolean hasXpos() \r
1278 \r
1279     /**\r
1280      * Method hasYpos\r
1281      * \r
1282      * \r
1283      * \r
1284      * @return boolean\r
1285      */\r
1286     public boolean hasYpos()\r
1287     {\r
1288         return this._has_ypos;\r
1289     } //-- boolean hasYpos() \r
1290 \r
1291     /**\r
1292      * Method isValid\r
1293      * \r
1294      * \r
1295      * \r
1296      * @return boolean\r
1297      */\r
1298     public boolean isValid()\r
1299     {\r
1300         try {\r
1301             validate();\r
1302         }\r
1303         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1304             return false;\r
1305         }\r
1306         return true;\r
1307     } //-- boolean isValid() \r
1308 \r
1309     /**\r
1310      * Method marshal\r
1311      * \r
1312      * \r
1313      * \r
1314      * @param out\r
1315      */\r
1316     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1317         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1318     {\r
1319         \r
1320         Marshaller.marshal(this, out);\r
1321     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
1322 \r
1323     /**\r
1324      * Method marshal\r
1325      * \r
1326      * \r
1327      * \r
1328      * @param handler\r
1329      */\r
1330     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1331         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1332     {\r
1333         \r
1334         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1335     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
1336 \r
1337     /**\r
1338      * Method removeAllHiddenColumns\r
1339      * \r
1340      */\r
1341     public void removeAllHiddenColumns()\r
1342     {\r
1343         _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1344     } //-- void removeAllHiddenColumns() \r
1345 \r
1346     /**\r
1347      * Method removeHiddenColumns\r
1348      * \r
1349      * \r
1350      * \r
1351      * @param index\r
1352      * @return HiddenColumns\r
1353      */\r
1354     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int index)\r
1355     {\r
1356         java.lang.Object obj = _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
1357         _hiddenColumnsList.removeElementAt(index);\r
1358         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1359     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int) \r
1360 \r
1361     /**\r
1362      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1363      * \r
1364      * @param annotationColours the value of field\r
1365      * 'annotationColours'.\r
1366      */\r
1367     public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
1368     {\r
1369         this._annotationColours = annotationColours;\r
1370     } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) \r
1371 \r
1372     /**\r
1373      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1374      * \r
1375      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1376      */\r
1377     public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1378     {\r
1379         this._bgColour = bgColour;\r
1380     } //-- void setBgColour(java.lang.String) \r
1381 \r
1382     /**\r
1383      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1384      * \r
1385      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1386      */\r
1387     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1388     {\r
1389         this._consThreshold = consThreshold;\r
1390         this._has_consThreshold = true;\r
1391     } //-- void setConsThreshold(int) \r
1392 \r
1393     /**\r
1394      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1395      * \r
1396      * @param conservationSelected the value of field\r
1397      * 'conservationSelected'.\r
1398      */\r
1399     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1400     {\r
1401         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1402         this._has_conservationSelected = true;\r
1403     } //-- void setConservationSelected(boolean) \r
1404 \r
1405     /**\r
1406      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1407      * \r
1408      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1409      */\r
1410     public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1411     {\r
1412         this._fontName = fontName;\r
1413     } //-- void setFontName(java.lang.String) \r
1414 \r
1415     /**\r
1416      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1417      * \r
1418      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1419      */\r
1420     public void setFontSize(int fontSize)\r
1421     {\r
1422         this._fontSize = fontSize;\r
1423         this._has_fontSize = true;\r
1424     } //-- void setFontSize(int) \r
1425 \r
1426     /**\r
1427      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1428      * \r
1429      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1430      */\r
1431     public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1432     {\r
1433         this._fontStyle = fontStyle;\r
1434         this._has_fontStyle = true;\r
1435     } //-- void setFontStyle(int) \r
1436 \r
1437     /**\r
1438      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1439      * \r
1440      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
1441      */\r
1442     public void setGatheredViews(boolean gatheredViews)\r
1443     {\r
1444         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1445         this._has_gatheredViews = true;\r
1446     } //-- void setGatheredViews(boolean) \r
1447 \r
1448     /**\r
1449      * Sets the value of field 'height'.\r
1450      * \r
1451      * @param height the value of field 'height'.\r
1452      */\r
1453     public void setHeight(int height)\r
1454     {\r
1455         this._height = height;\r
1456         this._has_height = true;\r
1457     } //-- void setHeight(int) \r
1458 \r
1459     /**\r
1460      * Method setHiddenColumns\r
1461      * \r
1462      * \r
1463      * \r
1464      * @param index\r
1465      * @param vHiddenColumns\r
1466      */\r
1467     public void setHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1468         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
1469     {\r
1470         //-- check bounds for index\r
1471         if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
1472             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
1473         }\r
1474         _hiddenColumnsList.setElementAt(vHiddenColumns, index);\r
1475     } //-- void setHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
1476 \r
1477     /**\r
1478      * Method setHiddenColumns\r
1479      * \r
1480      * \r
1481      * \r
1482      * @param hiddenColumnsArray\r
1483      */\r
1484     public void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] hiddenColumnsArray)\r
1485     {\r
1486         //-- copy array\r
1487         _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1488         for (int i = 0; i < hiddenColumnsArray.length; i++) {\r
1489             _hiddenColumnsList.addElement(hiddenColumnsArray[i]);\r
1490         }\r
1491     } //-- void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
1492 \r
1493     /**\r
1494      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1495      * \r
1496      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1497      */\r
1498     public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1499     {\r
1500         this._pidSelected = pidSelected;\r
1501         this._has_pidSelected = true;\r
1502     } //-- void setPidSelected(boolean) \r
1503 \r
1504     /**\r
1505      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1506      * \r
1507      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1508      */\r
1509     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1510     {\r
1511         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1512         this._has_pidThreshold = true;\r
1513     } //-- void setPidThreshold(int) \r
1514 \r
1515     /**\r
1516      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1517      * \r
1518      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1519      */\r
1520     public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1521     {\r
1522         this._renderGaps = renderGaps;\r
1523         this._has_renderGaps = true;\r
1524     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
1525 \r
1526     /**\r
1527      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
1528      * \r
1529      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
1530      */\r
1531     public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)\r
1532     {\r
1533         this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
1534         this._has_rightAlignIds = true;\r
1535     } //-- void setRightAlignIds(boolean) \r
1536 \r
1537     /**\r
1538      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1539      * \r
1540      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
1541      */\r
1542     public void setSequenceSetId(java.lang.String sequenceSetId)\r
1543     {\r
1544         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1545     } //-- void setSequenceSetId(java.lang.String) \r
1546 \r
1547     /**\r
1548      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1549      * \r
1550      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1551      */\r
1552     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1553     {\r
1554         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1555         this._has_showAnnotation = true;\r
1556     } //-- void setShowAnnotation(boolean) \r
1557 \r
1558     /**\r
1559      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1560      * \r
1561      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1562      */\r
1563     public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1564     {\r
1565         this._showBoxes = showBoxes;\r
1566         this._has_showBoxes = true;\r
1567     } //-- void setShowBoxes(boolean) \r
1568 \r
1569     /**\r
1570      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1571      * \r
1572      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1573      */\r
1574     public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1575     {\r
1576         this._showColourText = showColourText;\r
1577         this._has_showColourText = true;\r
1578     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
1579 \r
1580     /**\r
1581      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1582      * \r
1583      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1584      */\r
1585     public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1586     {\r
1587         this._showFullId = showFullId;\r
1588         this._has_showFullId = true;\r
1589     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
1590 \r
1591     /**\r
1592      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1593      * \r
1594      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1595      * 'showSequenceFeatures'.\r
1596      */\r
1597     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1598     {\r
1599         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1600         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1601     } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean) \r
1602 \r
1603     /**\r
1604      * Sets the value of field 'showText'.\r
1605      * \r
1606      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1607      */\r
1608     public void setShowText(boolean showText)\r
1609     {\r
1610         this._showText = showText;\r
1611         this._has_showText = true;\r
1612     } //-- void setShowText(boolean) \r
1613 \r
1614     /**\r
1615      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1616      * \r
1617      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1618      */\r
1619     public void setStartRes(int startRes)\r
1620     {\r
1621         this._startRes = startRes;\r
1622         this._has_startRes = true;\r
1623     } //-- void setStartRes(int) \r
1624 \r
1625     /**\r
1626      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1627      * \r
1628      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1629      */\r
1630     public void setStartSeq(int startSeq)\r
1631     {\r
1632         this._startSeq = startSeq;\r
1633         this._has_startSeq = true;\r
1634     } //-- void setStartSeq(int) \r
1635 \r
1636     /**\r
1637      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1638      * \r
1639      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
1640      */\r
1641     public void setTextCol1(int textCol1)\r
1642     {\r
1643         this._textCol1 = textCol1;\r
1644         this._has_textCol1 = true;\r
1645     } //-- void setTextCol1(int) \r
1646 \r
1647     /**\r
1648      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1649      * \r
1650      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
1651      */\r
1652     public void setTextCol2(int textCol2)\r
1653     {\r
1654         this._textCol2 = textCol2;\r
1655         this._has_textCol2 = true;\r
1656     } //-- void setTextCol2(int) \r
1657 \r
1658     /**\r
1659      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1660      * \r
1661      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
1662      */\r
1663     public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
1664     {\r
1665         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1666         this._has_textColThreshold = true;\r
1667     } //-- void setTextColThreshold(int) \r
1668 \r
1669     /**\r
1670      * Sets the value of field 'title'.\r
1671      * \r
1672      * @param title the value of field 'title'.\r
1673      */\r
1674     public void setTitle(java.lang.String title)\r
1675     {\r
1676         this._title = title;\r
1677     } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
1678 \r
1679     /**\r
1680      * Sets the value of field 'viewName'.\r
1681      * \r
1682      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
1683      */\r
1684     public void setViewName(java.lang.String viewName)\r
1685     {\r
1686         this._viewName = viewName;\r
1687     } //-- void setViewName(java.lang.String) \r
1688 \r
1689     /**\r
1690      * Sets the value of field 'width'.\r
1691      * \r
1692      * @param width the value of field 'width'.\r
1693      */\r
1694     public void setWidth(int width)\r
1695     {\r
1696         this._width = width;\r
1697         this._has_width = true;\r
1698     } //-- void setWidth(int) \r
1699 \r
1700     /**\r
1701      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1702      * \r
1703      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1704      */\r
1705     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1706     {\r
1707         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1708         this._has_wrapAlignment = true;\r
1709     } //-- void setWrapAlignment(boolean) \r
1710 \r
1711     /**\r
1712      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1713      * \r
1714      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1715      */\r
1716     public void setXpos(int xpos)\r
1717     {\r
1718         this._xpos = xpos;\r
1719         this._has_xpos = true;\r
1720     } //-- void setXpos(int) \r
1721 \r
1722     /**\r
1723      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1724      * \r
1725      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1726      */\r
1727     public void setYpos(int ypos)\r
1728     {\r
1729         this._ypos = ypos;\r
1730         this._has_ypos = true;\r
1731     } //-- void setYpos(int) \r
1732 \r
1733     /**\r
1734      * Method unmarshal\r
1735      * \r
1736      * \r
1737      * \r
1738      * @param reader\r
1739      * @return Object\r
1740      */\r
1741     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1742         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1743     {\r
1744         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1745     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
1746 \r
1747     /**\r
1748      * Method validate\r
1749      * \r
1750      */\r
1751     public void validate()\r
1752         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1753     {\r
1754         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1755         validator.validate(this);\r
1756     } //-- void validate() \r
1757 \r
1758 }\r