c958b7ec1833772b1b6fc50429dffeb4fd4d7ab7
[jalview.git] / src / jalview / schemabinding / version2 / descriptors / JGroupDescriptor.java
1 /*******************************************************************************
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  
17  * If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
19  ******************************************************************************/
20 /*
21  * This class was automatically generated with 
22  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
23  * Schema.
24  * $Id$
25  */
26
27 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
28
29 //---------------------------------/
30 //- Imported classes and packages -/
31 //---------------------------------/
32
33 import jalview.schemabinding.version2.JGroup;
34
35 /**
36  * Class JGroupDescriptor.
37  * 
38  * @version $Revision$ $Date$
39  */
40 public class JGroupDescriptor extends
41         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
42 {
43
44   // --------------------------/
45   // - Class/Member Variables -/
46   // --------------------------/
47
48   /**
49    * Field _elementDefinition.
50    */
51   private boolean _elementDefinition;
52
53   /**
54    * Field _nsPrefix.
55    */
56   private java.lang.String _nsPrefix;
57
58   /**
59    * Field _nsURI.
60    */
61   private java.lang.String _nsURI;
62
63   /**
64    * Field _xmlName.
65    */
66   private java.lang.String _xmlName;
67
68   // ----------------/
69   // - Constructors -/
70   // ----------------/
71
72   public JGroupDescriptor()
73   {
74     super();
75     _nsURI = "www.jalview.org";
76     _xmlName = "JGroup";
77     _elementDefinition = true;
78
79     // -- set grouping compositor
80     setCompositorAsSequence();
81     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
82     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
83     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
84     // -- initialize attribute descriptors
85
86     // -- _start
87     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
88             java.lang.Integer.TYPE, "_start", "start",
89             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
90     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
91     {
92       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
93               throws IllegalStateException
94       {
95         JGroup target = (JGroup) object;
96         if (!target.hasStart())
97         {
98           return null;
99         }
100         return new java.lang.Integer(target.getStart());
101       }
102
103       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
104               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
105       {
106         try
107         {
108           JGroup target = (JGroup) object;
109           // if null, use delete method for optional primitives
110           if (value == null)
111           {
112             target.deleteStart();
113             return;
114           }
115           target.setStart(((java.lang.Integer) value).intValue());
116         } catch (java.lang.Exception ex)
117         {
118           throw new IllegalStateException(ex.toString());
119         }
120       }
121
122       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
123       {
124         return null;
125       }
126     };
127     desc.setHandler(handler);
128     desc.setMultivalued(false);
129     addFieldDescriptor(desc);
130
131     // -- validation code for: _start
132     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
133     { // -- local scope
134       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
135       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
136       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
137       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
138       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
139     }
140     desc.setValidator(fieldValidator);
141     // -- _end
142     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
143             java.lang.Integer.TYPE, "_end", "end",
144             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
145     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
146     {
147       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
148               throws IllegalStateException
149       {
150         JGroup target = (JGroup) object;
151         if (!target.hasEnd())
152         {
153           return null;
154         }
155         return new java.lang.Integer(target.getEnd());
156       }
157
158       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
159               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
160       {
161         try
162         {
163           JGroup target = (JGroup) object;
164           // if null, use delete method for optional primitives
165           if (value == null)
166           {
167             target.deleteEnd();
168             return;
169           }
170           target.setEnd(((java.lang.Integer) value).intValue());
171         } catch (java.lang.Exception ex)
172         {
173           throw new IllegalStateException(ex.toString());
174         }
175       }
176
177       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
178       {
179         return null;
180       }
181     };
182     desc.setHandler(handler);
183     desc.setMultivalued(false);
184     addFieldDescriptor(desc);
185
186     // -- validation code for: _end
187     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
188     { // -- local scope
189       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
190       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
191       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
192       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
193       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
194     }
195     desc.setValidator(fieldValidator);
196     // -- _name
197     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
198             java.lang.String.class, "_name", "name",
199             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
200     desc.setImmutable(true);
201     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
202     {
203       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
204               throws IllegalStateException
205       {
206         JGroup target = (JGroup) object;
207         return target.getName();
208       }
209
210       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
211               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
212       {
213         try
214         {
215           JGroup target = (JGroup) object;
216           target.setName((java.lang.String) value);
217         } catch (java.lang.Exception ex)
218         {
219           throw new IllegalStateException(ex.toString());
220         }
221       }
222
223       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
224       {
225         return null;
226       }
227     };
228     desc.setHandler(handler);
229     desc.setMultivalued(false);
230     addFieldDescriptor(desc);
231
232     // -- validation code for: _name
233     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
234     { // -- local scope
235       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
236       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
237       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
238       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
239     }
240     desc.setValidator(fieldValidator);
241     // -- _colour
242     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
243             java.lang.String.class, "_colour", "colour",
244             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
245     desc.setImmutable(true);
246     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
247     {
248       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
249               throws IllegalStateException
250       {
251         JGroup target = (JGroup) object;
252         return target.getColour();
253       }
254
255       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
256               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
257       {
258         try
259         {
260           JGroup target = (JGroup) object;
261           target.setColour((java.lang.String) value);
262         } catch (java.lang.Exception ex)
263         {
264           throw new IllegalStateException(ex.toString());
265         }
266       }
267
268       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
269       {
270         return null;
271       }
272     };
273     desc.setHandler(handler);
274     desc.setMultivalued(false);
275     addFieldDescriptor(desc);
276
277     // -- validation code for: _colour
278     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
279     { // -- local scope
280       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
281       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
282       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
283       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
284     }
285     desc.setValidator(fieldValidator);
286     // -- _consThreshold
287     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
288             java.lang.Integer.TYPE, "_consThreshold", "consThreshold",
289             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
290     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
291     {
292       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
293               throws IllegalStateException
294       {
295         JGroup target = (JGroup) object;
296         if (!target.hasConsThreshold())
297         {
298           return null;
299         }
300         return new java.lang.Integer(target.getConsThreshold());
301       }
302
303       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
304               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
305       {
306         try
307         {
308           JGroup target = (JGroup) object;
309           // if null, use delete method for optional primitives
310           if (value == null)
311           {
312             target.deleteConsThreshold();
313             return;
314           }
315           target.setConsThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
316         } catch (java.lang.Exception ex)
317         {
318           throw new IllegalStateException(ex.toString());
319         }
320       }
321
322       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
323       {
324         return null;
325       }
326     };
327     desc.setHandler(handler);
328     desc.setMultivalued(false);
329     addFieldDescriptor(desc);
330
331     // -- validation code for: _consThreshold
332     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
333     { // -- local scope
334       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
335       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
336       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
337       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
338       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
339     }
340     desc.setValidator(fieldValidator);
341     // -- _pidThreshold
342     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
343             java.lang.Integer.TYPE, "_pidThreshold", "pidThreshold",
344             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
345     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
346     {
347       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
348               throws IllegalStateException
349       {
350         JGroup target = (JGroup) object;
351         if (!target.hasPidThreshold())
352         {
353           return null;
354         }
355         return new java.lang.Integer(target.getPidThreshold());
356       }
357
358       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
359               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
360       {
361         try
362         {
363           JGroup target = (JGroup) object;
364           // if null, use delete method for optional primitives
365           if (value == null)
366           {
367             target.deletePidThreshold();
368             return;
369           }
370           target.setPidThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
371         } catch (java.lang.Exception ex)
372         {
373           throw new IllegalStateException(ex.toString());
374         }
375       }
376
377       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
378       {
379         return null;
380       }
381     };
382     desc.setHandler(handler);
383     desc.setMultivalued(false);
384     addFieldDescriptor(desc);
385
386     // -- validation code for: _pidThreshold
387     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
388     { // -- local scope
389       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
390       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
391       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
392       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
393       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
394     }
395     desc.setValidator(fieldValidator);
396     // -- _outlineColour
397     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
398             java.lang.Integer.TYPE, "_outlineColour", "outlineColour",
399             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
400     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
401     {
402       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
403               throws IllegalStateException
404       {
405         JGroup target = (JGroup) object;
406         if (!target.hasOutlineColour())
407         {
408           return null;
409         }
410         return new java.lang.Integer(target.getOutlineColour());
411       }
412
413       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
414               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
415       {
416         try
417         {
418           JGroup target = (JGroup) object;
419           // if null, use delete method for optional primitives
420           if (value == null)
421           {
422             target.deleteOutlineColour();
423             return;
424           }
425           target.setOutlineColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
426         } catch (java.lang.Exception ex)
427         {
428           throw new IllegalStateException(ex.toString());
429         }
430       }
431
432       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
433       {
434         return null;
435       }
436     };
437     desc.setHandler(handler);
438     desc.setMultivalued(false);
439     addFieldDescriptor(desc);
440
441     // -- validation code for: _outlineColour
442     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
443     { // -- local scope
444       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
445       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
446       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
447       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
448       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
449     }
450     desc.setValidator(fieldValidator);
451     // -- _displayBoxes
452     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
453             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayBoxes", "displayBoxes",
454             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
455     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
456     {
457       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
458               throws IllegalStateException
459       {
460         JGroup target = (JGroup) object;
461         if (!target.hasDisplayBoxes())
462         {
463           return null;
464         }
465         return (target.getDisplayBoxes() ? java.lang.Boolean.TRUE
466                 : java.lang.Boolean.FALSE);
467       }
468
469       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
470               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
471       {
472         try
473         {
474           JGroup target = (JGroup) object;
475           // if null, use delete method for optional primitives
476           if (value == null)
477           {
478             target.deleteDisplayBoxes();
479             return;
480           }
481           target.setDisplayBoxes(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
482         } catch (java.lang.Exception ex)
483         {
484           throw new IllegalStateException(ex.toString());
485         }
486       }
487
488       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
489       {
490         return null;
491       }
492     };
493     desc.setHandler(handler);
494     desc.setMultivalued(false);
495     addFieldDescriptor(desc);
496
497     // -- validation code for: _displayBoxes
498     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
499     { // -- local scope
500       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
501       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
502       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
503     }
504     desc.setValidator(fieldValidator);
505     // -- _displayText
506     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
507             java.lang.Boolean.TYPE, "_displayText", "displayText",
508             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
509     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
510     {
511       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
512               throws IllegalStateException
513       {
514         JGroup target = (JGroup) object;
515         if (!target.hasDisplayText())
516         {
517           return null;
518         }
519         return (target.getDisplayText() ? java.lang.Boolean.TRUE
520                 : java.lang.Boolean.FALSE);
521       }
522
523       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
524               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
525       {
526         try
527         {
528           JGroup target = (JGroup) object;
529           // if null, use delete method for optional primitives
530           if (value == null)
531           {
532             target.deleteDisplayText();
533             return;
534           }
535           target.setDisplayText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
536         } catch (java.lang.Exception ex)
537         {
538           throw new IllegalStateException(ex.toString());
539         }
540       }
541
542       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
543       {
544         return null;
545       }
546     };
547     desc.setHandler(handler);
548     desc.setMultivalued(false);
549     addFieldDescriptor(desc);
550
551     // -- validation code for: _displayText
552     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
553     { // -- local scope
554       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
555       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
556       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
557     }
558     desc.setValidator(fieldValidator);
559     // -- _colourText
560     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
561             java.lang.Boolean.TYPE, "_colourText", "colourText",
562             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
563     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
564     {
565       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
566               throws IllegalStateException
567       {
568         JGroup target = (JGroup) object;
569         if (!target.hasColourText())
570         {
571           return null;
572         }
573         return (target.getColourText() ? java.lang.Boolean.TRUE
574                 : java.lang.Boolean.FALSE);
575       }
576
577       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
578               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
579       {
580         try
581         {
582           JGroup target = (JGroup) object;
583           // if null, use delete method for optional primitives
584           if (value == null)
585           {
586             target.deleteColourText();
587             return;
588           }
589           target.setColourText(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
590         } catch (java.lang.Exception ex)
591         {
592           throw new IllegalStateException(ex.toString());
593         }
594       }
595
596       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
597       {
598         return null;
599       }
600     };
601     desc.setHandler(handler);
602     desc.setMultivalued(false);
603     addFieldDescriptor(desc);
604
605     // -- validation code for: _colourText
606     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
607     { // -- local scope
608       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
609       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
610       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
611     }
612     desc.setValidator(fieldValidator);
613     // -- _textCol1
614     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
615             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol1", "textCol1",
616             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
617     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
618     {
619       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
620               throws IllegalStateException
621       {
622         JGroup target = (JGroup) object;
623         if (!target.hasTextCol1())
624         {
625           return null;
626         }
627         return new java.lang.Integer(target.getTextCol1());
628       }
629
630       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
631               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
632       {
633         try
634         {
635           JGroup target = (JGroup) object;
636           // if null, use delete method for optional primitives
637           if (value == null)
638           {
639             target.deleteTextCol1();
640             return;
641           }
642           target.setTextCol1(((java.lang.Integer) value).intValue());
643         } catch (java.lang.Exception ex)
644         {
645           throw new IllegalStateException(ex.toString());
646         }
647       }
648
649       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
650       {
651         return null;
652       }
653     };
654     desc.setHandler(handler);
655     desc.setMultivalued(false);
656     addFieldDescriptor(desc);
657
658     // -- validation code for: _textCol1
659     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
660     { // -- local scope
661       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
662       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
663       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
664       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
665       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
666     }
667     desc.setValidator(fieldValidator);
668     // -- _textCol2
669     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
670             java.lang.Integer.TYPE, "_textCol2", "textCol2",
671             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
672     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
673     {
674       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
675               throws IllegalStateException
676       {
677         JGroup target = (JGroup) object;
678         if (!target.hasTextCol2())
679         {
680           return null;
681         }
682         return new java.lang.Integer(target.getTextCol2());
683       }
684
685       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
686               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
687       {
688         try
689         {
690           JGroup target = (JGroup) object;
691           // if null, use delete method for optional primitives
692           if (value == null)
693           {
694             target.deleteTextCol2();
695             return;
696           }
697           target.setTextCol2(((java.lang.Integer) value).intValue());
698         } catch (java.lang.Exception ex)
699         {
700           throw new IllegalStateException(ex.toString());
701         }
702       }
703
704       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
705       {
706         return null;
707       }
708     };
709     desc.setHandler(handler);
710     desc.setMultivalued(false);
711     addFieldDescriptor(desc);
712
713     // -- validation code for: _textCol2
714     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
715     { // -- local scope
716       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
717       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
718       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
719       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
720       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
721     }
722     desc.setValidator(fieldValidator);
723     // -- _textColThreshold
724     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
725             java.lang.Integer.TYPE, "_textColThreshold",
726             "textColThreshold", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
727     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
728     {
729       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
730               throws IllegalStateException
731       {
732         JGroup target = (JGroup) object;
733         if (!target.hasTextColThreshold())
734         {
735           return null;
736         }
737         return new java.lang.Integer(target.getTextColThreshold());
738       }
739
740       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
741               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
742       {
743         try
744         {
745           JGroup target = (JGroup) object;
746           // if null, use delete method for optional primitives
747           if (value == null)
748           {
749             target.deleteTextColThreshold();
750             return;
751           }
752           target.setTextColThreshold(((java.lang.Integer) value).intValue());
753         } catch (java.lang.Exception ex)
754         {
755           throw new IllegalStateException(ex.toString());
756         }
757       }
758
759       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
760       {
761         return null;
762       }
763     };
764     desc.setHandler(handler);
765     desc.setMultivalued(false);
766     addFieldDescriptor(desc);
767
768     // -- validation code for: _textColThreshold
769     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
770     { // -- local scope
771       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
772       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
773       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
774       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
775       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
776     }
777     desc.setValidator(fieldValidator);
778     // -- _showUnconserved
779     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
780             java.lang.Boolean.TYPE, "_showUnconserved", "showUnconserved",
781             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
782     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
783     {
784       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
785               throws IllegalStateException
786       {
787         JGroup target = (JGroup) object;
788         if (!target.hasShowUnconserved())
789         {
790           return null;
791         }
792         return (target.getShowUnconserved() ? java.lang.Boolean.TRUE
793                 : java.lang.Boolean.FALSE);
794       }
795
796       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
797               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
798       {
799         try
800         {
801           JGroup target = (JGroup) object;
802           // if null, use delete method for optional primitives
803           if (value == null)
804           {
805             target.deleteShowUnconserved();
806             return;
807           }
808           target.setShowUnconserved(((java.lang.Boolean) value)
809                   .booleanValue());
810         } catch (java.lang.Exception ex)
811         {
812           throw new IllegalStateException(ex.toString());
813         }
814       }
815
816       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
817       {
818         return null;
819       }
820     };
821     desc.setHandler(handler);
822     desc.setMultivalued(false);
823     addFieldDescriptor(desc);
824
825     // -- validation code for: _showUnconserved
826     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
827     { // -- local scope
828       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
829       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
830       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
831     }
832     desc.setValidator(fieldValidator);
833     // -- _ignoreGapsinConsensus
834     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
835             java.lang.Boolean.TYPE, "_ignoreGapsinConsensus",
836             "ignoreGapsinConsensus",
837             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
838     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
839     {
840       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
841               throws IllegalStateException
842       {
843         JGroup target = (JGroup) object;
844         if (!target.hasIgnoreGapsinConsensus())
845         {
846           return null;
847         }
848         return (target.getIgnoreGapsinConsensus() ? java.lang.Boolean.TRUE
849                 : java.lang.Boolean.FALSE);
850       }
851
852       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
853               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
854       {
855         try
856         {
857           JGroup target = (JGroup) object;
858           // if null, use delete method for optional primitives
859           if (value == null)
860           {
861             target.deleteIgnoreGapsinConsensus();
862             return;
863           }
864           target.setIgnoreGapsinConsensus(((java.lang.Boolean) value)
865                   .booleanValue());
866         } catch (java.lang.Exception ex)
867         {
868           throw new IllegalStateException(ex.toString());
869         }
870       }
871
872       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
873       {
874         return null;
875       }
876     };
877     desc.setHandler(handler);
878     desc.setMultivalued(false);
879     addFieldDescriptor(desc);
880
881     // -- validation code for: _ignoreGapsinConsensus
882     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
883     { // -- local scope
884       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
885       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
886       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
887     }
888     desc.setValidator(fieldValidator);
889     // -- _showConsensusHistogram
890     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
891             java.lang.Boolean.TYPE, "_showConsensusHistogram",
892             "showConsensusHistogram",
893             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
894     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
895     {
896       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
897               throws IllegalStateException
898       {
899         JGroup target = (JGroup) object;
900         if (!target.hasShowConsensusHistogram())
901         {
902           return null;
903         }
904         return (target.getShowConsensusHistogram() ? java.lang.Boolean.TRUE
905                 : java.lang.Boolean.FALSE);
906       }
907
908       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
909               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
910       {
911         try
912         {
913           JGroup target = (JGroup) object;
914           // if null, use delete method for optional primitives
915           if (value == null)
916           {
917             target.deleteShowConsensusHistogram();
918             return;
919           }
920           target.setShowConsensusHistogram(((java.lang.Boolean) value)
921                   .booleanValue());
922         } catch (java.lang.Exception ex)
923         {
924           throw new IllegalStateException(ex.toString());
925         }
926       }
927
928       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
929       {
930         return null;
931       }
932     };
933     desc.setHandler(handler);
934     desc.setMultivalued(false);
935     addFieldDescriptor(desc);
936
937     // -- validation code for: _showConsensusHistogram
938     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
939     { // -- local scope
940       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
941       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
942       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
943     }
944     desc.setValidator(fieldValidator);
945     // -- _showSequenceLogo
946     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
947             java.lang.Boolean.TYPE, "_showSequenceLogo",
948             "showSequenceLogo", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
949     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
950     {
951       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
952               throws IllegalStateException
953       {
954         JGroup target = (JGroup) object;
955         if (!target.hasShowSequenceLogo())
956         {
957           return null;
958         }
959         return (target.getShowSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE
960                 : java.lang.Boolean.FALSE);
961       }
962
963       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
964               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
965       {
966         try
967         {
968           JGroup target = (JGroup) object;
969           // if null, use delete method for optional primitives
970           if (value == null)
971           {
972             target.deleteShowSequenceLogo();
973             return;
974           }
975           target.setShowSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)
976                   .booleanValue());
977         } catch (java.lang.Exception ex)
978         {
979           throw new IllegalStateException(ex.toString());
980         }
981       }
982
983       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
984       {
985         return null;
986       }
987     };
988     desc.setHandler(handler);
989     desc.setMultivalued(false);
990     addFieldDescriptor(desc);
991
992     // -- validation code for: _showSequenceLogo
993     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
994     { // -- local scope
995       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
996       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
997       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
998     }
999     desc.setValidator(fieldValidator);
1000     // -- _normaliseSequenceLogo
1001     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1002             java.lang.Boolean.TYPE, "_normaliseSequenceLogo",
1003             "normaliseSequenceLogo",
1004             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
1005     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1006     {
1007       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1008               throws IllegalStateException
1009       {
1010         JGroup target = (JGroup) object;
1011         if (!target.hasNormaliseSequenceLogo())
1012         {
1013           return null;
1014         }
1015         return (target.getNormaliseSequenceLogo() ? java.lang.Boolean.TRUE
1016                 : java.lang.Boolean.FALSE);
1017       }
1018
1019       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1020               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1021       {
1022         try
1023         {
1024           JGroup target = (JGroup) object;
1025           // if null, use delete method for optional primitives
1026           if (value == null)
1027           {
1028             target.deleteNormaliseSequenceLogo();
1029             return;
1030           }
1031           target.setNormaliseSequenceLogo(((java.lang.Boolean) value)
1032                   .booleanValue());
1033         } catch (java.lang.Exception ex)
1034         {
1035           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1036         }
1037       }
1038
1039       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1040       {
1041         return null;
1042       }
1043     };
1044     desc.setHandler(handler);
1045     desc.setMultivalued(false);
1046     addFieldDescriptor(desc);
1047
1048     // -- validation code for: _normaliseSequenceLogo
1049     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1050     { // -- local scope
1051       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
1052       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
1053       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1054     }
1055     desc.setValidator(fieldValidator);
1056     // -- _id
1057     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1058             java.lang.String.class, "_id", "id",
1059             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
1060     desc.setImmutable(true);
1061     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1062     {
1063       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1064               throws IllegalStateException
1065       {
1066         JGroup target = (JGroup) object;
1067         return target.getId();
1068       }
1069
1070       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1071               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1072       {
1073         try
1074         {
1075           JGroup target = (JGroup) object;
1076           target.setId((java.lang.String) value);
1077         } catch (java.lang.Exception ex)
1078         {
1079           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1080         }
1081       }
1082
1083       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1084       {
1085         return null;
1086       }
1087     };
1088     desc.setHandler(handler);
1089     desc.setMultivalued(false);
1090     addFieldDescriptor(desc);
1091
1092     // -- validation code for: _id
1093     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1094     { // -- local scope
1095       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1096       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1097       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1098       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1099     }
1100     desc.setValidator(fieldValidator);
1101     // -- initialize element descriptors
1102
1103     // -- _seqList
1104     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1105             java.lang.String.class, "_seqList", "seq",
1106             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1107     desc.setImmutable(true);
1108     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1109     {
1110       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1111               throws IllegalStateException
1112       {
1113         JGroup target = (JGroup) object;
1114         return target.getSeq();
1115       }
1116
1117       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1118               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1119       {
1120         try
1121         {
1122           JGroup target = (JGroup) object;
1123           target.addSeq((java.lang.String) value);
1124         } catch (java.lang.Exception ex)
1125         {
1126           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1127         }
1128       }
1129
1130       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1131               IllegalArgumentException
1132       {
1133         try
1134         {
1135           JGroup target = (JGroup) object;
1136           target.removeAllSeq();
1137         } catch (java.lang.Exception ex)
1138         {
1139           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1140         }
1141       }
1142
1143       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1144       {
1145         return null;
1146       }
1147     };
1148     desc.setHandler(handler);
1149     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1150     desc.setRequired(true);
1151     desc.setMultivalued(true);
1152     addFieldDescriptor(desc);
1153
1154     // -- validation code for: _seqList
1155     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1156     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1157     { // -- local scope
1158       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1159       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1160       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1161       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1162     }
1163     desc.setValidator(fieldValidator);
1164     // -- _annotationColours
1165     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1166             jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours.class,
1167             "_annotationColours", "annotationColours",
1168             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1169     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1170     {
1171       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1172               throws IllegalStateException
1173       {
1174         JGroup target = (JGroup) object;
1175         return target.getAnnotationColours();
1176       }
1177
1178       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1179               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1180       {
1181         try
1182         {
1183           JGroup target = (JGroup) object;
1184           target.setAnnotationColours((jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) value);
1185         } catch (java.lang.Exception ex)
1186         {
1187           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1188         }
1189       }
1190
1191       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1192       {
1193         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours();
1194       }
1195     };
1196     desc.setHandler(handler);
1197     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");
1198     desc.setMultivalued(false);
1199     addFieldDescriptor(desc);
1200
1201     // -- validation code for: _annotationColours
1202     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1203     { // -- local scope
1204     }
1205     desc.setValidator(fieldValidator);
1206   }
1207
1208   // -----------/
1209   // - Methods -/
1210   // -----------/
1211
1212   /**
1213    * Method getAccessMode.
1214    * 
1215    * @return the access mode specified for this class.
1216    */
1217   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1218   {
1219     return null;
1220   }
1221
1222   /**
1223    * Method getIdentity.
1224    * 
1225    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1226    */
1227   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1228   {
1229     return super.getIdentity();
1230   }
1231
1232   /**
1233    * Method getJavaClass.
1234    * 
1235    * @return the Java class represented by this descriptor.
1236    */
1237   public java.lang.Class getJavaClass()
1238   {
1239     return jalview.schemabinding.version2.JGroup.class;
1240   }
1241
1242   /**
1243    * Method getNameSpacePrefix.
1244    * 
1245    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1246    */
1247   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1248   {
1249     return _nsPrefix;
1250   }
1251
1252   /**
1253    * Method getNameSpaceURI.
1254    * 
1255    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1256    */
1257   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1258   {
1259     return _nsURI;
1260   }
1261
1262   /**
1263    * Method getValidator.
1264    * 
1265    * @return a specific validator for the class described by this
1266    *         ClassDescriptor.
1267    */
1268   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1269   {
1270     return this;
1271   }
1272
1273   /**
1274    * Method getXMLName.
1275    * 
1276    * @return the XML Name for the Class being described.
1277    */
1278   public java.lang.String getXMLName()
1279   {
1280     return _xmlName;
1281   }
1282
1283   /**
1284    * Method isElementDefinition.
1285    * 
1286    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1287    *         element or element with anonymous type definition.
1288    */
1289   public boolean isElementDefinition()
1290   {
1291     return _elementDefinition;
1292   }
1293
1294 }