src/jalview/schemes/Consensus.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 ////////////////////////////////////////////\r
  24 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!\r
  25 // AW 15th Dec 2004\r
  26 /////////////////////////////////////////\r
  27 public class Consensus {\r
  28 \r
  29   int[] mask;\r
  30   double threshold;\r
  31 \r
  32   public Consensus(String m, double threshold)\r
  33   {\r
  34     mask = setNums(m);\r
  35     this.threshold = threshold;\r
  36   }\r
  37 \r
  38 \r
  39   public boolean isConserved(int[][] cons2,int col, int res,int size)\r
  40   {\r
  41     int tot = 0;\r
  42 \r
  43 try{\r
  44     for (int i=0; i < mask.length; i++)\r
  45       tot += cons2[col][mask[i]];\r
  46 }catch(Exception ex)\r
  47 { return true; }\r
  48 \r
  49     if ((double)tot > threshold*size/100)\r
  50       return true;\r
  51 \r
  52     return false;\r
  53   }\r
  54 \r
  55   int[] setNums(String s)\r
  56   {\r
  57     int [] out = new int[s.length()];\r
  58     int i = 0;\r
  59     while (i < s.length())\r
  60     {\r
  61       out[i] = ( (Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s.substring(i, i + 1))).intValue();\r
  62       i++;\r
  63     }\r
  64     return out;\r
  65   }\r
  66 \r
  67 \r
  68 }\r
  69 \r
  70 \r
  71 \r
  72 \r