src/jalview/ws/JPredClient.java

   1 package jalview.ws;\r
   2 \r
   3 import org.apache.axis.client.*;\r
   4 import javax.xml.namespace.QName;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.gui.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 import java.util.*;\r
  10 import java.awt.*;\r
  11 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  12 import ext.vamsas.*;\r
  13 \r
  14 \r
  15 public class JPredClient\r
  16 {\r
  17   int jobsRunning = 0;\r
  18   ext.vamsas.JpredSoapBindingStub server;\r
  19   WebserviceInfo wsInfo;\r
  20 \r
  21   public JPredClient(SequenceI[] msf)\r
  22   {\r
  23     wsInfo = new WebserviceInfo("JNet secondary structure prediction job",\r
  24           "\"Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary structure prediction, Proteins 40:502-511\".");\r
  25 \r
  26     SequenceI seq = msf[0];\r
  27     wsInfo.setProgressText("Job details for MSA based prediction on sequence :\nName : "\r
  28                    + seq.getName() + "\nSequence : "\r
  29                    + AlignSeq.extractGaps("-. ",seq.getSequence()) + "\n");\r
  30 \r
  31 \r
  32     JPredWSServiceLocator loc = new JPredWSServiceLocator(); // Default\r
  33     try {\r
  34       this.server = (JpredSoapBindingStub) loc.getjpred(); // JBPNote will be set from properties\r
  35     }\r
  36     catch (Exception ex) {\r
  37       wsInfo.setProgressText("Serious! JPred Service location failed\nfor URL :"\r
  38                      +loc.getjpredAddress()+"\n"+ex.getMessage());\r
  39     }\r
  40 \r
  41     JPredThread jthread = new JPredThread(msf);\r
  42     jthread.start();\r
  43   }\r
  44 \r
  45   public JPredClient(SequenceI seq)\r
  46   {\r
  47     wsInfo = new WebserviceInfo("JNet secondary structure prediction job",\r
  48                                 "\"Cuff J. A and Barton G.J (1999) Application of enhanced multiple sequence alignment profiles to improve protein secondary structure prediction, Proteins 40:502-511\".");\r
  49 \r
  50 \r
  51     wsInfo.setProgressText("Job details for prediction on sequence :\nName : "\r
  52                    + seq.getName() + "\nSequence : " + AlignSeq.extractGaps("-. ",seq.getSequence()) + "\n");\r
  53 // TODO: put proper url in\r
  54     JPredWSServiceLocator loc = new JPredWSServiceLocator(); // Default\r
  55     try {\r
  56       this.server = (JpredSoapBindingStub) loc.getjpred(); // JBPNote will be set from properties\r
  57     }\r
  58     catch (Exception ex) {\r
  59       wsInfo.setProgressText("Serious! JPred Service location failed\nfor URL :"\r
  60                      +loc.getjpredAddress()+"\n"+ex.getMessage());\r
  61     }\r
  62 \r
  63     JPredThread jthread = new JPredThread(seq);\r
  64     jthread.start();\r
  65   }\r
  66 \r
  67 \r
  68   class JPredThread\r
  69       extends Thread\r
  70   {\r
  71     String OutputHeader;\r
  72     ext.vamsas.JpredResult result;\r
  73     ext.vamsas.Sequence sequence;\r
  74     ext.vamsas.Msfalignment msa;\r
  75     String jobId;\r
  76     boolean jobComplete = false;\r
  77     int allowedServerExceptions = 3; // thread dies if too many exceptions.\r
  78     JPredThread(SequenceI seq)\r
  79     {\r
  80       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
  81       this.sequence = new ext.vamsas.Sequence();\r
  82       this.sequence.setId(seq.getName());\r
  83       this.sequence.setSeq(AlignSeq.extractGaps("-. ",seq.getSequence()));\r
  84     }\r
  85 \r
  86     JPredThread(SequenceI[] msf)\r
  87     {\r
  88       OutputHeader = wsInfo.getProgressText();\r
  89       this.sequence = new ext.vamsas.Sequence();\r
  90       this.sequence.setId(msf[0].getName());\r
  91       this.sequence.setSeq(AlignSeq.extractGaps("-. ",msf[0].getSequence()));\r
  92       jalview.io.MSFfile mwrite = new jalview.io.MSFfile();\r
  93       this.msa = new ext.vamsas.Msfalignment();\r
  94       msa.setMsf(mwrite.print(msf));\r
  95     }\r
  96 \r
  97 \r
  98     public void run()\r
  99     {\r
 100 \r
 101       StartJob();\r
 102 \r
 103       while (!jobComplete && (allowedServerExceptions > 0))\r
 104       {\r
 105         try\r
 106         {\r
 107           result = server.getresult(jobId);\r
 108 \r
 109          if( result.isRunning() )\r
 110            wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_RUNNING);\r
 111          else if( result.isQueued() )\r
 112            wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_QUEUING);\r
 113 \r
 114           if (result.isFinished())\r
 115           {\r
 116             parseResult();\r
 117             jobComplete = true;\r
 118             jobsRunning--;\r
 119           }\r
 120           else\r
 121           {\r
 122             wsInfo.setProgressText(OutputHeader + "\n" + result.getStatus());\r
 123             if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 124             {\r
 125               Thread.sleep(5000);\r
 126               //  System.out.println("I'm alive "+seqid+" "+jobid);\r
 127             } else {\r
 128               wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 129             }\r
 130           }\r
 131         }\r
 132         catch (Exception ex)\r
 133         {\r
 134           allowedServerExceptions--;\r
 135           wsInfo.appendProgressText("\nJPredWS Server exception!\n" + ex.getMessage());\r
 136         }\r
 137       }\r
 138 \r
 139       if (! (result.isJobFailed() || result.isServerError()))\r
 140         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_OK);\r
 141       else\r
 142         wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);\r
 143     }\r
 144 \r
 145     void StartJob()\r
 146     {\r
 147       try\r
 148       {\r
 149         if (msa!=null)  {\r
 150           jobId = server.predictOnMsa(msa);\r
 151         } else {\r
 152           jobId = server.predict(sequence);\r
 153         }\r
 154         System.out.println(jobId);\r
 155       }\r
 156       catch (Exception e)\r
 157       {\r
 158         System.out.println("JPredWS Client: Failed to submit the prediction\n" +\r
 159                            e.toString() + "\n");\r
 160         e.printStackTrace();\r
 161       }\r
 162     }\r
 163 \r
 164     private void addFloatAnnotations(Alignment al, int[] gapmap, Vector values, String Symname, String Visname, float min, float max, int winLength) {\r
 165 \r
 166       Annotation[] annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 167       for (int j = 0; j < values.size(); j++)\r
 168       {\r
 169         float value = Float.parseFloat(values.get(j).toString());\r
 170         annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", value+"",' ',value);\r
 171       }\r
 172       al.addAnnotation(new AlignmentAnnotation(Symname, Visname, annotations, min, max, winLength));\r
 173     }\r
 174 \r
 175     void parseResult()\r
 176     {\r
 177       // OutputHeader = output.getText();\r
 178       if (result.isFailed()) {\r
 179         OutputHeader +="Job failed.\n";\r
 180       }\r
 181       if (result.getStatus()!=null) {\r
 182         OutputHeader += "\n"+result.getStatus();\r
 183       }\r
 184       if (result.getPredfile()!=null) {\r
 185         OutputHeader += "\n"+result.getPredfile();\r
 186       // JBPNote The returned files from a webservice could be hidden behind icons in the monitor window that, when clicked, pop up their corresponding data\r
 187       }\r
 188       if (result.getAligfile()!=null) {\r
 189         OutputHeader += "\n"+result.getAligfile();\r
 190       }\r
 191       wsInfo.setProgressText(OutputHeader);\r
 192       try {\r
 193         // JPredFile prediction = new JPredFile("C:/JalviewX/files/jpred.txt", "File");\r
 194         jalview.io.JPredFile prediction = new jalview.io.JPredFile(result.getPredfile(), "Paste");\r
 195         SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();\r
 196         Alignment al;\r
 197         int FirstSeq; // the position of the query sequence in Alignment al\r
 198         boolean noMsa = true; // set if no MSA has been returned by JPred\r
 199 \r
 200         if (this.msa!=null && result.getAligfile()!=null) {\r
 201           // we ignore the returned alignment if we only predicted on a single sequence\r
 202           String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(result.getAligfile(), "Paste");\r
 203           if (jalview.io.FormatAdapter.formats.contains(format))\r
 204           {\r
 205             al = new Alignment(jalview.io.FormatAdapter.readFile(result.getAligfile(),"Paste",format));\r
 206             noMsa = false;\r
 207             FirstSeq = 0;\r
 208           }\r
 209           else\r
 210           {\r
 211             throw (new Exception("Unknown format 'format' for file : \n" +\r
 212                              result.getAligfile()));\r
 213           }\r
 214 \r
 215         } else {\r
 216           al = new Alignment(preds);\r
 217           FirstSeq = prediction.getQuerySeqPosition();\r
 218         }\r
 219 \r
 220         AlignmentAnnotation annot;\r
 221         Annotation [] annotations = null;\r
 222         int i = 0;\r
 223         int width = preds[0].getSequence().length();\r
 224 \r
 225 \r
 226         int[] gapmap = al.getSequenceAt(FirstSeq).gapMap();\r
 227         if (gapmap.length!=width) {\r
 228           throw (new Exception("Jpred Client Error\nNumber of residues in supposed query sequence :\n"\r
 229                                +al.getSequenceAt(FirstSeq).getName()+"\n"\r
 230                                +al.getSequenceAt(FirstSeq).getSequence()\r
 231                                +"\nDiffer from number of prediction sites in \n"+result.getPredfile()+"\n"));\r
 232         }\r
 233         // JBPNote Should also rename the query sequence sometime...\r
 234         i=0;\r
 235         while (i < preds.length)\r
 236         {\r
 237           String id = preds[i].getName().toUpperCase();\r
 238           if(id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET") || id.startsWith("JPRED"))\r
 239           {\r
 240             annotations = new Annotation[al.getWidth()];\r
 241 \r
 242             if(id.equals("JNETPRED")\r
 243                || id.equals("JNETPSSM")\r
 244                || id.equals("JNETFREQ")\r
 245                || id.equals("JNETHMM")\r
 246                || id.equals("JNETALIGN")\r
 247                || id.equals("JPRED"))\r
 248             {\r
 249               for (int j = 0; j < width; j++)\r
 250                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "", preds[i].getCharAt(j), 0);\r
 251             }\r
 252             else if(id.equals("JNETCONF"))\r
 253             {\r
 254               for (int j = 0; j < width; j++)\r
 255               {\r
 256                 float value = Float.parseFloat(preds[i].getCharAt(j)+"");\r
 257                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(j)+"", "",preds[i].getCharAt(j),value);\r
 258               }\r
 259             }\r
 260             else\r
 261             {\r
 262               for (int j = 0; j < width; j++) {\r
 263                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation(preds[i].getCharAt(j)+"", "", ' ', 0);\r
 264               }\r
 265             }\r
 266 \r
 267             if(id.equals("JNETCONF"))\r
 268               annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 269                                            "JNet Output",\r
 270                                            annotations,0f,10f,1);\r
 271 \r
 272             else   annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),\r
 273                                             "JNet Output",\r
 274                                             annotations);\r
 275             al.addAnnotation(annot);\r
 276             if (noMsa)\r
 277               al.deleteSequence(preds[i]);\r
 278           }\r
 279           i++;\r
 280         }\r
 281 \r
 282         Hashtable scores = prediction.getScores();\r
 283       /*  addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPH"),\r
 284                             "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);\r
 285 \r
 286         addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPB"),\r
 287                             "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);\r
 288 \r
 289         addFloatAnnotations(al, gapmap,  (Vector)scores.get("JNETPROPC"),\r
 290                             "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);\r
 291        */\r
 292         AlignFrame af = new AlignFrame(al);\r
 293 \r
 294 \r
 295         Desktop.addInternalFrame(af,\r
 296                                  "JNet Prediction for sequence ",\r
 297                                  AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH, AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 298       }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 299 \r
 300     }\r
 301 \r
 302   }\r
 303 }\r
 304 \r