src/jalview/ws/dbsources/EmblSource.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.dbsources;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25
  26
  27 /**
  28  * @author JimP
  29  *
  30  */
  31 public class EmblSource extends EmblFlatfileSource // was EmblXmlSource
  32 {
  33
  34   public EmblSource()
  35   {
  36     super();
  37   }
  38
  39   /*
  40    * (non-Javadoc)
  41    *
  42    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getDbSource()
  43    */
  44   @Override
  45   public String getDbSource()
  46   {
  47     return DBRefSource.EMBL;
  48   }
  49
  50   /*
  51    * (non-Javadoc)
  52    *
  53    * @see jalview.ws.DbSourceProxy#getSequenceRecords(java.lang.String[])
  54    */
  55   @Override
  56   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception
  57   {
  58     return getEmblSequenceRecords(DBRefSource.EMBL, queries);
  59
  60   }
  61
  62   /**
  63    * return LHD_CHICK coding gene
  64    */
  65   @Override
  66   public String getTestQuery()
  67   {
  68     return "X53828";
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public String getDbName()
  73   {
  74     return "EMBL"; // getDbSource();
  75   }
  76 }