src/jalview/ws/jws2/AAConsClient.java

   1 package jalview.ws.jws2;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.Annotation;
   6 import jalview.gui.AlignFrame;
   7 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
   8 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.Iterator;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Map;
  14 import java.util.TreeSet;
  15
  16 import compbio.data.sequence.Score;
  17 import compbio.metadata.Argument;
  18
  19 public class AAConsClient extends JabawsAlignCalcWorker
  20 {
  21
  22   public AAConsClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  23           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  24   {
  25     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  26     submitGaps = true;
  27     alignedSeqs = true;
  28     nucleotidesAllowed = false;
  29     proteinAllowed = true;
  30     gapMap=new boolean[0];
  31   }
  32
  33   public String getServiceActionText()
  34   {
  35     return "calculating Amino acid consensus using AACons service";
  36   }
  37
  38   /**
  39    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  40    * current visualization settings.
  41    */
  42
  43   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  44   {
  45
  46     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  47     {
  48       AlignmentAnnotation annotation;
  49       ;
  50       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  51       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  52       AlignmentI alignment;
  53       int ann = (alignment = alignViewport.getAlignment())
  54               .getAlignmentAnnotation().length;
  55       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  56       for (String score : scoremap.keySet())
  57       {
  58         TreeSet<Score> scores = scoremap.get(score);
  59         for (Score scr : scores)
  60         {
  61           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  62           {
  63             /**
  64              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  65              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  66              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  67              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  68              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  69              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  70              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  71              */
  72           }
  73           else
  74           {
  75             // simple annotation row
  76             annotation = alignViewport.getAlignment().findOrCreateAnnotation(scr.getMethod(), true, null, null);
  77             Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  78             if (alWidth == gapMap.length) // scr.getScores().size())
  79             {
  80               Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator();
  81               float m = 0f, x = 0f;
  82               for (int i = 0; vals.hasNext(); i++)
  83               {
  84                 float val = vals.next().floatValue();
  85                 if (i == 0)
  86                 {
  87                   m = val;
  88                   x = val;
  89                 }
  90                 else
  91                 {
  92                   if (m > val)
  93                   {
  94                     m = val;
  95                   }
  96                   ;
  97                   if (x < val)
  98                   {
  99                     x = val;
 100                   }
 101                 }
 102                 // if we're at a gapped column then skip to next ungapped position
 103                 if (gapMap != null && gapMap.length > 0)
 104                 {
 105                   while (!gapMap[i])
 106                   {
 107                     elm[i++]=new Annotation("", "" , ' ', Float.NaN);
 108                   }
 109                 }
 110                 elm[i] = new Annotation("", "" + val, ' ', val);
 111               }
 112
 113               annotation.annotations = elm;
 114               annotation.belowAlignment = true;
 115               if (x < 0)
 116               {
 117                 x = 0;
 118               }
 119               x += (x - m) * 0.1;
 120               annotation.graphMax = x;
 121               annotation.graphMin = m;
 122               annotation.validateRangeAndDisplay();
 123               ourAnnot.add(annotation);
 124             }
 125           }
 126         }
 127       }
 128       if (ourAnnot.size() > 0)
 129       {
 130         List<AlignmentAnnotation> our = ourAnnots;
 131         ourAnnots = ourAnnot;
 132         if (our != null)
 133         {
 134           if (our.size() > 0)
 135           {
 136             for (AlignmentAnnotation an : our)
 137             {
 138               if (!ourAnnots.contains(an))
 139               {
 140                 // remove the old annotation
 141                 alignment.deleteAnnotation(an);
 142               }
 143             }
 144           }
 145           our.clear();
 146         }
 147       }
 148       // if (ann !=
 149       // alignViewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length)
 150       {
 151         ap.adjustAnnotationHeight();
 152       }
 153       /*
 154        * else { ap.paintAlignment(true); }
 155        */
 156     }
 157   }
 158
 159   public static void removeAAConsAnnotation(AlignmentPanel alignPanel)
 160   {
 161     // List<AlignmentAnnotation>
 162     // ourannots=alignPanel.getAlignment().findAnnotation(Screen3D.)
 163     // TODO Auto-generated method stub
 164
 165   }
 166 }