src/jalview/ws/jws2/JabaParamStore.java

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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import java.io.IOException;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.Arrays;
  26 import java.util.Hashtable;
  27 import java.util.List;
  28 import java.util.StringTokenizer;
  29
  30 import org.jmol.util.ArrayUtil;
  31 import compbio.metadata.Argument;
  32 import compbio.metadata.Option;
  33 import compbio.metadata.Parameter;
  34 import compbio.metadata.Preset;
  35 import compbio.metadata.PresetManager;
  36 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  37
  38 import jalview.ws.jws2.dm.JabaOption;
  39 import jalview.ws.jws2.dm.JabaParameter;
  40 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  41 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  42 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  43 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  44 import jalview.ws.params.ParamManager;
  45 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  46
  47 public class JabaParamStore implements ParamDatastoreI
  48 {
  49
  50   Hashtable<String, JabaWsParamSet> editedParams = new Hashtable<String, JabaWsParamSet>();
  51
  52   private Jws2Instance service;
  53
  54   private RunnerConfig serviceOptions;
  55
  56   private Hashtable<String, JabaPreset> servicePresets;
  57
  58   public JabaParamStore(Jws2Instance service)
  59   {
  60     this(service, null);
  61   }
  62
  63   ParamManager manager;
  64
  65   public JabaParamStore(Jws2Instance service, ParamManager manager)
  66   {
  67     this.service = service;
  68     serviceOptions = service.getRunnerConfig();
  69     this.manager = manager;
  70     // discover all the user's locally stored presets for this service and
  71     // populate the hash table
  72     if (manager != null)
  73     {
  74       manager.registerParser(service.getUri(), this);
  75       WsParamSetI[] prams = manager.getParameterSet(null, service.getUri(),
  76               true, false);
  77       if (prams != null)
  78       {
  79         for (WsParamSetI paramset : prams)
  80         {
  81           if (paramset instanceof JabaWsParamSet)
  82           {
  83             editedParams.put(paramset.getName(), (JabaWsParamSet) paramset);
  84           }
  85           else
  86           {
  87             System.err
  88                     .println("Warning: Ignoring parameter set instance of type "
  89                             + paramset.getClass()
  90                             + " : Bound but not applicable for service at "
  91                             + service.getUri());
  92           }
  93         }
  94       }
  95     }
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public List<WsParamSetI> getPresets()
 100   {
 101     List<WsParamSetI> prefs = new ArrayList();
 102     if (servicePresets == null)
 103     {
 104       servicePresets = new Hashtable<String, JabaPreset>();
 105       PresetManager prman;
 106       if ((prman = service.getPresets()) != null)
 107       {
 108         List pset = prman.getPresets();
 109         if (pset != null)
 110         {
 111           for (Object pr : pset)
 112           {
 113             JabaPreset prset = new JabaPreset(service, (Preset) pr);
 114             servicePresets.put(prset.getName(), prset);
 115           }
 116         }
 117       }
 118     }
 119     for (JabaPreset pr : servicePresets.values())
 120     {
 121       prefs.add(pr);
 122     }
 123     for (WsParamSetI wspset : editedParams.values())
 124     {
 125       prefs.add(wspset);
 126     }
 127     return prefs;
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public WsParamSetI getPreset(String name)
 132   {
 133     for (WsParamSetI pr : getPresets())
 134     {
 135       if (pr.getName().equals(name))
 136       {
 137         return pr;
 138       }
 139     }
 140     return null;
 141   }
 142
 143   public static List<ArgumentI> getJwsArgsfromJaba(List jabargs)
 144   {
 145     return getJwsArgsfromJaba(jabargs, true);
 146   }
 147
 148   public static List<ArgumentI> getJwsArgsfromJaba(List jabargs,
 149           boolean sortByOpt)
 150   {
 151     List<ArgumentI> rgs = new ArrayList<ArgumentI>();
 152     List<String> rgnames = new ArrayList<String>();
 153     for (Object rg : jabargs)
 154     {
 155       ArgumentI narg = null;
 156       String nargstring = null;
 157       if (rg instanceof Parameter)
 158       {
 159         narg = new JabaParameter((Parameter) rg);
 160         nargstring = narg.getName(); // just sort by name for this
 161       }
 162       else if (rg instanceof Option)
 163       {
 164         narg = new JabaOption((Option) rg);
 165         nargstring = (String) ((Option) rg).getOptionNames().get(0);
 166       }
 167       if (narg == null)
 168       {
 169         throw new Error(
 170                 "Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object "
 171                         + rg.getClass());
 172       }
 173       else
 174       {
 175         rgs.add(narg);
 176         rgnames.add(nargstring);
 177       }
 178     }
 179     if (!sortByOpt)
 180     {
 181       return rgs;
 182     }
 183     ArgumentI[] rgssort = rgs.toArray(new ArgumentI[rgs.size()]);
 184     String[] rgssorton = rgnames.toArray(new String[rgs.size()]);
 185     jalview.util.QuickSort.sort(rgssorton, rgssort);
 186     ArgumentI tmp1;
 187     int i=0;
 188     while (rgssort.length-i>i)
 189     {
 190       tmp1=rgssort[rgssort.length-i-1];
 191       rgssort[rgssort.length-i-1] = rgssort[i];
 192       rgssort[i++]=tmp1;
 193     }
 194     return Arrays.asList(rgssort);
 195   }
 196
 197   public static List getJabafromJwsArgs(List<ArgumentI> jwsargs)
 198   {
 199     List rgs = new ArrayList();
 200     for (ArgumentI rg : jwsargs)
 201     {
 202       Argument narg = (rg instanceof JabaOption) ? ((JabaOption) rg)
 203               .getOption() : null;
 204       if (narg == null)
 205       {
 206         throw new Error(
 207                 "Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object "
 208                         + rg.getClass());
 209       }
 210       else
 211       {
 212         rgs.add(narg);
 213       }
 214     }
 215     return rgs;
 216   }
 217
 218   @Override
 219   public List<ArgumentI> getServiceParameters()
 220   {
 221     return getJwsArgsfromJaba(serviceOptions.getArguments());
 222   }
 223
 224   @Override
 225   public boolean presetExists(String name)
 226   {
 227     return (editedParams.containsKey(name) || servicePresets
 228             .containsKey(name));
 229   }
 230
 231   @Override
 232   public void deletePreset(String name)
 233   {
 234     if (editedParams.containsKey(name))
 235     {
 236       WsParamSetI parameterSet = editedParams.get(name);
 237       editedParams.remove(name);
 238       if (manager != null)
 239       {
 240         manager.deleteParameterSet(parameterSet);
 241       }
 242       return;
 243     }
 244     if (servicePresets.containsKey(name))
 245     {
 246       throw new Error(
 247               "Implementation error: Attempt to delete a service preset!");
 248     }
 249   }
 250
 251   @Override
 252   public void storePreset(String presetName, String text,
 253           List<ArgumentI> jobParams)
 254   {
 255     JabaWsParamSet jps = new JabaWsParamSet(presetName, text, jobParams);
 256     jps.setApplicableUrls(new String[]
 257     { service.getUri() });
 258     editedParams.put(jps.getName(), jps);
 259     if (manager != null)
 260     {
 261       manager.storeParameterSet(jps);
 262     }
 263   }
 264
 265   @Override
 266   public void updatePreset(String oldName, String presetName, String text,
 267           List<ArgumentI> jobParams)
 268   {
 269     JabaWsParamSet jps = (JabaWsParamSet) ((oldName != null) ? getPreset(oldName)
 270             : getPreset(presetName));
 271     if (jps == null)
 272     {
 273       throw new Error("Implementation error: Can't locate either oldname ("
 274               + oldName + ") or presetName (" + presetName
 275               + "in the datastore!");
 276     }
 277     jps.setName(presetName);
 278     jps.setDescription(text);
 279     jps.setArguments(jobParams);
 280     jps.setApplicableUrls(new String[]
 281     { service.getUri() });
 282     if (oldName != null && !oldName.equals(jps.getName()))
 283     {
 284       editedParams.remove(oldName);
 285     }
 286     editedParams.put(jps.getName(), jps);
 287
 288     if (manager != null)
 289     {
 290       manager.storeParameterSet(jps);
 291     }
 292   }
 293
 294   /**
 295    * create a new, empty parameter set for this service
 296    *
 297    * @return
 298    */
 299   WsParamSetI newWsParamSet()
 300   {
 301     return new JabaWsParamSet();
 302   };
 303
 304   private boolean involves(String[] urls)
 305   {
 306     boolean found = false;
 307     for (String url : urls)
 308     {
 309       if (service.getServiceTypeURI().equals(url)
 310               || service.getUri().equalsIgnoreCase(url))
 311       {
 312         found = true;
 313         break;
 314       }
 315     }
 316     return found;
 317   }
 318
 319   @Override
 320   public WsParamSetI parseServiceParameterFile(String name, String descr,
 321           String[] urls, String parameterfile) throws IOException
 322   {
 323     if (!involves(urls))
 324     {
 325       throw new IOException(
 326               "Implementation error: Cannot find service url in the given url set!");
 327
 328     }
 329     JabaWsParamSet wsp = new JabaWsParamSet();
 330     wsp.setName(name);
 331     wsp.setDescription(descr);
 332     wsp.setApplicableUrls(urls.clone());
 333
 334     List<String> lines = new ArrayList<String>();
 335     StringTokenizer st = new StringTokenizer(parameterfile, "\n");
 336     while (st.hasMoreTokens())
 337     {
 338       lines.add(st.nextToken());
 339     }
 340     wsp.setjabaArguments(ParameterUtils.processParameters(lines,
 341             serviceOptions, " "));
 342     return wsp;
 343   }
 344
 345   @Override
 346   public String generateServiceParameterFile(WsParamSetI pset)
 347           throws IOException
 348   {
 349     if (!involves(pset.getApplicableUrls()))
 350     {
 351       throw new IOException(
 352               "Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ("
 353                       + service.getUri() + ") !");
 354
 355     }
 356     if (!(pset instanceof JabaWsParamSet))
 357     {
 358       throw new Error(
 359               "Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore");
 360     }
 361
 362     StringBuffer rslt = new StringBuffer();
 363     for (String ln : ParameterUtils.writeParameterSet(
 364             ((JabaWsParamSet) pset).getjabaArguments(), " "))
 365     {
 366       rslt.append(ln);
 367       rslt.append("\n");
 368     }
 369     ;
 370     return rslt.toString();
 371   }
 372
 373 }