src/jalview/ws/jws2/jabaws2/Jws2InstanceFactory.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2.jabaws2;
  22
  23 import jalview.ws.jws2.AAConClient;
  24 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  25 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  26
  27 import java.util.HashMap;
  28 import java.util.HashSet;
  29
  30 import compbio.data.msa.JABAService;
  31
  32 public class Jws2InstanceFactory
  33 {
  34   private static HashMap<String, AlignAnalysisUIText> aaConGUI;
  35
  36   private static HashSet<String> ignoreGUI;
  37
  38   private static String category_rewrite(String cat_name)
  39   {
  40     return (cat_name != null && cat_name.equals("Prediction")) ? "Secondary Structure Prediction"
  41             : cat_name;
  42   }
  43
  44   private static void init()
  45   {
  46     if (aaConGUI == null)
  47     {
  48       aaConGUI = new HashMap<String, AlignAnalysisUIText>();
  49       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
  50               AAConClient.getAlignAnalysisUITest());
  51       aaConGUI.put(compbio.ws.client.Services.RNAalifoldWS.toString(),
  52               RNAalifoldClient.getAlignAnalysisUITest());
  53       // ignore list for JABAWS services not supported in jalview ...
  54       ignoreGUI = new HashSet<String>();
  55     }
  56   }
  57
  58   /**
  59    * exclusion list to avoid creating GUI elements for services we don't fully
  60    * support
  61    *
  62    * @param serviceType
  63    * @return
  64    */
  65   public static boolean ignoreService(String serviceType)
  66   {
  67     init();
  68     return (ignoreGUI.contains(serviceType.toString()));
  69   }
  70
  71   /**
  72    * construct a service instance and configure it with any additional
  73    * properties needed so Jalview can access it correctly
  74    *
  75    * @param jwsservers
  76    * @param serviceType
  77    * @param name
  78    * @param description
  79    * @param service
  80    * @return
  81    */
  82   public static Jws2Instance newJws2Instance(String jwsservers,
  83           String serviceType, String name, String description,
  84           JABAService service)
  85   {
  86     init();
  87     Jws2Instance svc = new Jws2Instance(jwsservers, serviceType,
  88             category_rewrite(name), description, service);
  89     svc.aaui = aaConGUI.get(serviceType.toString());
  90     return svc;
  91   }
  92
  93 }