src/jalview/ws/rest/RestClient.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.ws.rest;
   5
   6 import java.awt.event.ActionEvent;
   7 import java.awt.event.ActionListener;
   8 import java.util.Hashtable;
   9 import java.util.Vector;
  10
  11 import javax.swing.JMenu;
  12 import javax.swing.JMenuItem;
  13 import javax.swing.JOptionPane;
  14 import javax.swing.event.MenuEvent;
  15 import javax.swing.event.MenuListener;
  16
  17 import com.sun.org.apache.bcel.internal.generic.ISHL;
  18
  19 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  20 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  21 import jalview.gui.AlignFrame;
  22 import jalview.gui.AlignViewport;
  23 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  24 import jalview.gui.Desktop;
  25 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  26 import jalview.io.packed.DataProvider.JvDataType;
  27 import jalview.ws.WSClient;
  28 import jalview.ws.WSClientI;
  29 import jalview.ws.WSMenuEntryProviderI;
  30
  31 /**
  32  * @author JimP
  33  *
  34  */
  35 public class RestClient extends WSClient implements WSClientI,
  36         WSMenuEntryProviderI
  37 {
  38   RestServiceDescription service;
  39
  40   public RestClient(RestServiceDescription rsd)
  41   {
  42     service = rsd;
  43   }
  44
  45   /**
  46    * parent alignframe for this job
  47    */
  48   AlignFrame af;
  49
  50   /**
  51    * alignment view which provides data for job.
  52    */
  53   AlignViewport av;
  54
  55   /**
  56    * get the alignFrame for the associated input data if it exists.
  57    *
  58    * @return
  59    */
  60   protected AlignFrame recoverAlignFrameForView()
  61   {
  62     return jalview.gui.Desktop.getAlignFrameFor(av);
  63   }
  64
  65   public RestClient(RestServiceDescription service2, AlignFrame alignFrame)
  66   {
  67     service = service2;
  68     af = alignFrame;
  69     av = alignFrame.getViewport();
  70     constructJob();
  71   }
  72
  73   public void setWebserviceInfo(boolean headless)
  74   {
  75     WebServiceJobTitle = service.details.Action + " using "
  76             + service.details.Name;
  77     WebServiceName = service.details.Name;
  78     WebServiceReference = "No reference - go to url for more info";
  79     if (service.details.description != null)
  80     {
  81       WebServiceReference = service.details.description;
  82     }
  83     if (!headless)
  84     {
  85       wsInfo = new WebserviceInfo(WebServiceJobTitle, WebServiceName + "\n"
  86               + WebServiceReference);
  87       wsInfo.setRenderAsHtml(true);
  88     }
  89
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public boolean isCancellable()
  94   {
  95     // TODO define process for cancelling rsbws jobs
  96     return false;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public boolean canMergeResults()
 101   {
 102     // TODO process service definition to identify if the results might be
 103     // mergeable
 104     // TODO: change comparison for annotation merge
 105     return false;
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public void cancelJob()
 110   {
 111     System.err.println("Cannot cancel this job type: " + service);
 112   }
 113
 114   @Override
 115   public void attachWSMenuEntry(final JMenu wsmenu,
 116           final AlignFrame alignFrame)
 117   {
 118     JMenuItem submit = new JMenuItem(service.details.Name);
 119     submit.setToolTipText(service.details.Action+" using "+service.details.Name);
 120     submit.addActionListener(new ActionListener()
 121     {
 122
 123       @Override
 124       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 125       {
 126         new RestClient(service, alignFrame);
 127       }
 128
 129     });
 130     wsmenu.add(submit);
 131     // TODO: menu listener should enable/disable entry depending upon selection
 132     // state of the alignment
 133     wsmenu.addMenuListener(new MenuListener()
 134     {
 135
 136       @Override
 137       public void menuSelected(MenuEvent e)
 138       {
 139         // TODO Auto-generated method stub
 140
 141       }
 142
 143       @Override
 144       public void menuDeselected(MenuEvent e)
 145       {
 146         // TODO Auto-generated method stub
 147
 148       }
 149
 150       @Override
 151       public void menuCanceled(MenuEvent e)
 152       {
 153         // TODO Auto-generated method stub
 154
 155       }
 156
 157     });
 158
 159   }
 160
 161   /**
 162    * record of initial undoredo hash for the alignFrame providing data for this
 163    * job.
 164    */
 165   long[] undoredo = null;
 166
 167   /**
 168    * Compare the original input data to the data currently presented to the
 169    * user. // LOGIC: compare undo/redo - if same, merge regardless (coping with
 170    * any changes in hidden columns as normal) // if different undo/redo then
 171    * compare region that was submitted // if same, then merge as before, if
 172    * different then prompt user to open a new window.
 173    *
 174    * @return
 175    */
 176   protected boolean isAlignmentModified()
 177   {
 178     if (undoredo == null)
 179     {
 180       return true;
 181     }
 182     if (av.isUndoRedoHashModified(undoredo))
 183     {
 184
 185     }
 186     return false;
 187
 188   }
 189
 190   /**
 191    * TODO: combine to form a dataset+alignment+annotation context
 192    */
 193   AlignmentView _input;
 194
 195   /**
 196    * input data context
 197    */
 198   jalview.io.packed.JalviewDataset jds;
 199
 200   protected void constructJob()
 201   {
 202     service.setInvolvesFlags();
 203
 204     // record all aspects of alignment view so we can merge back or recreate
 205     // later
 206     undoredo = av.getUndoRedoHash();
 207     /**
 208      * delete ? Vector sgs = av.getAlignment().getGroups(); if (sgs!=null) {
 209      * _sgs = new SequenceGroup[sgs.size()]; sgs.copyInto(_sgs); } else { _sgs =
 210      * new SequenceGroup[0]; }
 211      */
 212     boolean selExists = (av.getSelectionGroup() != null)
 213             && (av.getSelectionGroup().getSize() > 1);
 214     // TODO: revise to full focus+context+dataset input data staging model
 215     if (selExists)
 216     {
 217       if (service.partitiondata)
 218       {
 219         if (av.getAlignment().getGroups()!=null && av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 220         {
 221           // intersect groups with selected region
 222           _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 223                   av.getColumnSelection(),
 224                   av.getSelectionGroup(),
 225                   av.hasHiddenColumns(),
 226                   true,
 227                   true);
 228         }
 229         else
 230         {
 231           // use selected region to partition alignment
 232           _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 233                   av.getColumnSelection(),
 234                   av.getSelectionGroup(),
 235                   av.hasHiddenColumns(),
 236                   false,
 237                   true);
 238         }
 239         // TODO: verify that some kind of partition can be constructed from input
 240       }
 241       else
 242       {
 243         // just take selected region intersection
 244         _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 245                 av.getColumnSelection(),
 246                 av.getSelectionGroup(),
 247                 av.hasHiddenColumns(),
 248                 true,
 249                 true);
 250       }
 251     } else {
 252       // standard alignment view without selection present
 253       _input = new AlignmentView(av.getAlignment(),
 254               av.getColumnSelection(),
 255               null,
 256               av.hasHiddenColumns(),
 257               false,
 258               true);
 259     }
 260
 261     RestJobThread jobsthread = new RestJobThread(this);
 262
 263     if (jobsthread.isValid())
 264     {
 265       setWebserviceInfo(false);
 266       wsInfo.setthisService(this);
 267       jobsthread.setWebServiceInfo(wsInfo);
 268       jobsthread.start();
 269     }
 270     else
 271     {
 272       // TODO: try to tell the user why the job couldn't be started.
 273       JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 274               "Unable to start web service analysis",
 275               "Internal Jalview Error", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 276     }
 277   }
 278
 279   public static RestClient makeShmmrRestClient()
 280   {
 281     String action = "Analyse", description = "Sequence Harmony and Multi-Relief", name = "SHMR";
 282     Hashtable<String, InputType> iparams = new Hashtable<String, InputType>();
 283     jalview.ws.rest.params.JobConstant toolp;
 284     //toolp = new jalview.ws.rest.JobConstant("tool","jalview");
 285     //iparams.put(toolp.token, toolp);
 286     toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("mbjob[method]","shmr");
 287     iparams.put(toolp.token, toolp);
 288     toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("mbjob[description]","step 1");
 289     iparams.put(toolp.token, toolp);
 290     toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("start_search","1");
 291     iparams.put(toolp.token, toolp);
 292     toolp = new jalview.ws.rest.params.JobConstant("blast","0");
 293     iparams.put(toolp.token, toolp);
 294
 295     jalview.ws.rest.params.Alignment aliinput = new jalview.ws.rest.params.Alignment();
 296     aliinput.token = "ali_file";
 297     aliinput.writeAsFile=true;
 298     iparams.put("ali_file", aliinput);
 299     jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector sgroups = new jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector();
 300     iparams.put("groups", sgroups);
 301     sgroups.token = "groups";
 302     sgroups.sep = " ";
 303     RestServiceDescription shmrService = new RestServiceDescription(
 304             action,
 305             description,
 306             name,
 307             "http://www.ibi.vu.nl/programs/shmrwww/index.php?tool=jalview",// ?tool=jalview&mbjob[method]=shmr&mbjob[description]=step1",
 308             "?tool=jalview", iparams, true, false, '-');
 309     // a priori knowledge of the data returned from the service
 310     shmrService.addResultDatatype(JvDataType.ANNOTATION);
 311     return new RestClient(shmrService);
 312   }
 313
 314   public AlignmentPanel recoverAlignPanelForView()
 315   {
 316     AlignmentPanel[] aps = Desktop.getAlignmentPanels(av.getSequenceSetId());
 317     for (AlignmentPanel alp:aps)
 318     {
 319       if (alp.av == av)
 320       {
 321         return alp;
 322       }
 323     }
 324     return null;
 325   }
 326
 327   public boolean isShowResultsInNewView()
 328   {
 329     // TODO make this a property of the service
 330     return true;
 331   }
 332
 333 }