src/jalview/xml/binding/jalview/AlcodonFrame.java

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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.math.BigInteger;
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20 /**
  21  * <p>
  22  * Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * <p>
  25  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  26  * this class.
  27  *
  28  * <pre>
  29  * &lt;complexType>
  30  *   &lt;complexContent>
  31  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  32  *       &lt;sequence>
  33  *         &lt;element name="alcodon" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  34  *           &lt;complexType>
  35  *             &lt;complexContent>
  36  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  37  *                 &lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  38  *                 &lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  39  *                 &lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
  40  *               &lt;/restriction>
  41  *             &lt;/complexContent>
  42  *           &lt;/complexType>
  43  *         &lt;/element>
  44  *         &lt;element name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  45  *           &lt;complexType>
  46  *             &lt;complexContent>
  47  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  48  *                 &lt;sequence>
  49  *                   &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
  50  *                 &lt;/sequence>
  51  *                 &lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  52  *               &lt;/restriction>
  53  *             &lt;/complexContent>
  54  *           &lt;/complexType>
  55  *         &lt;/element>
  56  *       &lt;/sequence>
  57  *     &lt;/restriction>
  58  *   &lt;/complexContent>
  59  * &lt;/complexType>
  60  * </pre>
  61  *
  62  *
  63  */
  64 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  65 @XmlType(name = "", propOrder = { "alcodon", "alcodMap" })
  66 @XmlRootElement(name = "AlcodonFrame")
  67 public class AlcodonFrame
  68 {
  69
  70   protected List<AlcodonFrame.Alcodon> alcodon;
  71
  72   protected List<AlcodonFrame.AlcodMap> alcodMap;
  73
  74   /**
  75    * Gets the value of the alcodon property.
  76    *
  77    * <p>
  78    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
  79    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
  80    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
  81    * for the alcodon property.
  82    *
  83    * <p>
  84    * For example, to add a new item, do as follows:
  85    *
  86    * <pre>
  87    * getAlcodon().add(newItem);
  88    * </pre>
  89    *
  90    *
  91    * <p>
  92    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  93    * {@link AlcodonFrame.Alcodon }
  94    *
  95    *
  96    */
  97   public List<AlcodonFrame.Alcodon> getAlcodon()
  98   {
  99     if (alcodon == null)
 100     {
 101       alcodon = new ArrayList<AlcodonFrame.Alcodon>();
 102     }
 103     return this.alcodon;
 104   }
 105
 106   /**
 107    * Gets the value of the alcodMap property.
 108    *
 109    * <p>
 110    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 111    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 112    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 113    * for the alcodMap property.
 114    *
 115    * <p>
 116    * For example, to add a new item, do as follows:
 117    *
 118    * <pre>
 119    * getAlcodMap().add(newItem);
 120    * </pre>
 121    *
 122    *
 123    * <p>
 124    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 125    * {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
 126    *
 127    *
 128    */
 129   public List<AlcodonFrame.AlcodMap> getAlcodMap()
 130   {
 131     if (alcodMap == null)
 132     {
 133       alcodMap = new ArrayList<AlcodonFrame.AlcodMap>();
 134     }
 135     return this.alcodMap;
 136   }
 137
 138   /**
 139    * <p>
 140    * Java class for anonymous complex type.
 141    *
 142    * <p>
 143    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 144    * within this class.
 145    *
 146    * <pre>
 147    * &lt;complexType>
 148    *   &lt;complexContent>
 149    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 150    *       &lt;sequence>
 151    *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
 152    *       &lt;/sequence>
 153    *       &lt;attribute name="dnasq" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 154    *     &lt;/restriction>
 155    *   &lt;/complexContent>
 156    * &lt;/complexType>
 157    * </pre>
 158    *
 159    *
 160    */
 161   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 162   @XmlType(name = "", propOrder = { "mapping" })
 163   public static class AlcodMap
 164   {
 165
 166     @XmlElement(name = "Mapping", required = true)
 167     protected Mapping mapping;
 168
 169     @XmlAttribute(name = "dnasq", required = true)
 170     protected String dnasq;
 171
 172     /**
 173      *
 174      * a Mapping entry and an associated protein sequence
 175      *
 176      *
 177      * @return possible object is {@link Mapping }
 178      *
 179      */
 180     public Mapping getMapping()
 181     {
 182       return mapping;
 183     }
 184
 185     /**
 186      * Sets the value of the mapping property.
 187      *
 188      * @param value
 189      *          allowed object is {@link Mapping }
 190      *
 191      */
 192     public void setMapping(Mapping value)
 193     {
 194       this.mapping = value;
 195     }
 196
 197     /**
 198      * Gets the value of the dnasq property.
 199      *
 200      * @return possible object is {@link String }
 201      *
 202      */
 203     public String getDnasq()
 204     {
 205       return dnasq;
 206     }
 207
 208     /**
 209      * Sets the value of the dnasq property.
 210      *
 211      * @param value
 212      *          allowed object is {@link String }
 213      *
 214      */
 215     public void setDnasq(String value)
 216     {
 217       this.dnasq = value;
 218     }
 219
 220   }
 221
 222   /**
 223    *
 224    * specifies a series of aligned codons from an associated DNA sequence
 225    * alignment that when translated correspond to columns of a peptide
 226    * alignment. Element may have either all pos1,2,3 attributes specified, or
 227    * none at all (indicating a gapped column with no translated peptide).
 228    *
 229    *
 230    * <p>
 231    * Java class for anonymous complex type.
 232    *
 233    * <p>
 234    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 235    * within this class.
 236    *
 237    * <pre>
 238    * &lt;complexType>
 239    *   &lt;complexContent>
 240    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 241    *       &lt;attribute name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
 242    *       &lt;attribute name="pos2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
 243    *       &lt;attribute name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
 244    *     &lt;/restriction>
 245    *   &lt;/complexContent>
 246    * &lt;/complexType>
 247    * </pre>
 248    *
 249    *
 250    */
 251   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 252   @XmlType(name = "")
 253   public static class Alcodon
 254   {
 255
 256     @XmlAttribute(name = "pos1")
 257     protected BigInteger pos1;
 258
 259     @XmlAttribute(name = "pos2")
 260     protected BigInteger pos2;
 261
 262     @XmlAttribute(name = "pos3")
 263     protected BigInteger pos3;
 264
 265     /**
 266      * Gets the value of the pos1 property.
 267      *
 268      * @return possible object is {@link BigInteger }
 269      *
 270      */
 271     public BigInteger getPos1()
 272     {
 273       return pos1;
 274     }
 275
 276     /**
 277      * Sets the value of the pos1 property.
 278      *
 279      * @param value
 280      *          allowed object is {@link BigInteger }
 281      *
 282      */
 283     public void setPos1(BigInteger value)
 284     {
 285       this.pos1 = value;
 286     }
 287
 288     /**
 289      * Gets the value of the pos2 property.
 290      *
 291      * @return possible object is {@link BigInteger }
 292      *
 293      */
 294     public BigInteger getPos2()
 295     {
 296       return pos2;
 297     }
 298
 299     /**
 300      * Sets the value of the pos2 property.
 301      *
 302      * @param value
 303      *          allowed object is {@link BigInteger }
 304      *
 305      */
 306     public void setPos2(BigInteger value)
 307     {
 308       this.pos2 = value;
 309     }
 310
 311     /**
 312      * Gets the value of the pos3 property.
 313      *
 314      * @return possible object is {@link BigInteger }
 315      *
 316      */
 317     public BigInteger getPos3()
 318     {
 319       return pos3;
 320     }
 321
 322     /**
 323      * Sets the value of the pos3 property.
 324      *
 325      * @param value
 326      *          allowed object is {@link BigInteger }
 327      *
 328      */
 329     public void setPos3(BigInteger value)
 330     {
 331       this.pos3 = value;
 332     }
 333
 334   }
 335
 336 }