src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java

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   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17
  18
  19 /**
  20  *
  21  *                                      Represent the jalview.datamodel.Mapping object -
  22  *                                      it also provides
  23  *                                      a way of storing sequences that are mapped 'to'
  24  *                                      without adding them
  25  *                                      to the sequence set (which will mean they are
  26  *                                      then added to the alignment too).
  27  *
  28  *
  29  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  30  *
  31  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  32  *
  33  * &lt;pre&gt;
  34  * &amp;lt;complexType&amp;gt;
  35  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  36  *     &amp;lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}mapListType"&amp;gt;
  37  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  38  *         &amp;lt;choice minOccurs="0"&amp;gt;
  39  *           &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence"/&amp;gt;
  40  *           &amp;lt;element name="dseqFor"&amp;gt;
  41  *             &amp;lt;simpleType&amp;gt;
  42  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"&amp;gt;
  43  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  44  *             &amp;lt;/simpleType&amp;gt;
  45  *           &amp;lt;/element&amp;gt;
  46  *         &amp;lt;/choice&amp;gt;
  47  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  48  *       &amp;lt;attribute name="mappingType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  49  *     &amp;lt;/extension&amp;gt;
  50  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  51  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  52  * &lt;/pre&gt;
  53  *
  54  *
  55  */
  56 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  57 @XmlType(name = "", propOrder = {
  58     "sequence",
  59     "dseqFor"
  60 })
  61 @XmlRootElement(name = "Mapping")
  62 public class Mapping
  63     extends MapListType
  64 {
  65
  66     @XmlElement(name = "Sequence")
  67     protected Sequence sequence;
  68     protected String dseqFor;
  69     @XmlAttribute(name = "mappingType")
  70     protected String mappingType;
  71
  72     /**
  73      * Gets the value of the sequence property.
  74      *
  75      * @return
  76      *     possible object is
  77      *     {@link Sequence }
  78      *
  79      */
  80     public Sequence getSequence() {
  81         return sequence;
  82     }
  83
  84     /**
  85      * Sets the value of the sequence property.
  86      *
  87      * @param value
  88      *     allowed object is
  89      *     {@link Sequence }
  90      *
  91      */
  92     public void setSequence(Sequence value) {
  93         this.sequence = value;
  94     }
  95
  96     /**
  97      * Gets the value of the dseqFor property.
  98      *
  99      * @return
 100      *     possible object is
 101      *     {@link String }
 102      *
 103      */
 104     public String getDseqFor() {
 105         return dseqFor;
 106     }
 107
 108     /**
 109      * Sets the value of the dseqFor property.
 110      *
 111      * @param value
 112      *     allowed object is
 113      *     {@link String }
 114      *
 115      */
 116     public void setDseqFor(String value) {
 117         this.dseqFor = value;
 118     }
 119
 120     /**
 121      * Gets the value of the mappingType property.
 122      *
 123      * @return
 124      *     possible object is
 125      *     {@link String }
 126      *
 127      */
 128     public String getMappingType() {
 129         return mappingType;
 130     }
 131
 132     /**
 133      * Sets the value of the mappingType property.
 134      *
 135      * @param value
 136      *     allowed object is
 137      *     {@link String }
 138      *
 139      */
 140     public void setMappingType(String value) {
 141         this.mappingType = value;
 142     }
 143
 144 }