src/jalview/xml/binding/jalviewBH/JalviewModel.java

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   8 package jalview.xml.binding.jalviewBH;
   9
  10 import jalview.schemabinding.version2.AnnotationColourScheme;
  11 import jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet;
  12
  13 import java.util.ArrayList;
  14 import java.util.List;
  15
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  19 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  20 import javax.xml.bind.annotation.XmlID;
  21 import javax.xml.bind.annotation.XmlSchemaType;
  22 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  23 import javax.xml.bind.annotation.XmlValue;
  24 import javax.xml.bind.annotation.adapters.CollapsedStringAdapter;
  25 import javax.xml.bind.annotation.adapters.XmlJavaTypeAdapter;
  26 import javax.xml.datatype.XMLGregorianCalendar;
  27
  28 /**
  29  * <p>
  30  * Java class for JalviewModel complex type.
  31  *
  32  * <p>
  33  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  34  * this class.
  35  *
  36  * <pre>
  37  * &lt;complexType name="JalviewModel">
  38  *   &lt;complexContent>
  39  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  40  *       &lt;sequence>
  41  *         &lt;element name="creationDate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}dateTime"/>
  42  *         &lt;element name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
  43  *         &lt;element name="vamsasModel" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}VAMSAS"/>
  44  *         &lt;sequence>
  45  *           &lt;element name="JSeq" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  46  *             &lt;complexType>
  47  *               &lt;complexContent>
  48  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  49  *                   &lt;sequence>
  50  *                     &lt;element name="features" type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  51  *                     &lt;element name="pdbids" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  52  *                       &lt;complexType>
  53  *                         &lt;complexContent>
  54  *                           &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
  55  *                             &lt;sequence>
  56  *                               &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  57  *                                 &lt;complexType>
  58  *                                   &lt;simpleContent>
  59  *                                     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
  60  *                                       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
  61  *                                       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  62  *                                       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  63  *                                       &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  64  *                                       &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
  65  *                                       &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
  66  *                                       &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  67  *                                     &lt;/extension>
  68  *                                   &lt;/simpleContent>
  69  *                                 &lt;/complexType>
  70  *                               &lt;/element>
  71  *                             &lt;/sequence>
  72  *                           &lt;/extension>
  73  *                         &lt;/complexContent>
  74  *                       &lt;/complexType>
  75  *                     &lt;/element>
  76  *                     &lt;element name="hiddenSequences" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  77  *                     &lt;element name="rnaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  78  *                       &lt;complexType>
  79  *                         &lt;complexContent>
  80  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  81  *                             &lt;sequence>
  82  *                               &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
  83  *                                 &lt;complexType>
  84  *                                   &lt;complexContent>
  85  *                                     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  86  *                                       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  87  *                                       &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  88  *                                       &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
  89  *                                       &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  90  *                                     &lt;/restriction>
  91  *                                   &lt;/complexContent>
  92  *                                 &lt;/complexType>
  93  *                               &lt;/element>
  94  *                             &lt;/sequence>
  95  *                             &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
  96  *                             &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  97  *                             &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  98  *                             &lt;attribute name="dividerLocation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
  99  *                             &lt;attribute name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 100  *                           &lt;/restriction>
 101  *                         &lt;/complexContent>
 102  *                       &lt;/complexType>
 103  *                     &lt;/element>
 104  *                   &lt;/sequence>
 105  *                   &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 106  *                   &lt;attribute name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 107  *                   &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 108  *                   &lt;attribute name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 109  *                   &lt;attribute name="hidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 110  *                   &lt;attribute name="viewreference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 111  *                 &lt;/restriction>
 112  *               &lt;/complexContent>
 113  *             &lt;/complexType>
 114  *           &lt;/element>
 115  *           &lt;element name="JGroup" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 116  *             &lt;complexType>
 117  *               &lt;complexContent>
 118  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 119  *                   &lt;sequence>
 120  *                     &lt;element name="seq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
 121  *                     &lt;element name="annotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
 122  *                   &lt;/sequence>
 123  *                   &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 124  *                   &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 125  *                   &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 126  *                   &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 127  *                   &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 128  *                   &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 129  *                   &lt;attribute name="outlineColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 130  *                   &lt;attribute name="displayBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 131  *                   &lt;attribute name="displayText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 132  *                   &lt;attribute name="colourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 133  *                   &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 134  *                   &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 135  *                   &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 136  *                   &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 137  *                   &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 138  *                   &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 139  *                   &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 140  *                   &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 141  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 142  *                 &lt;/restriction>
 143  *               &lt;/complexContent>
 144  *             &lt;/complexType>
 145  *           &lt;/element>
 146  *           &lt;element name="Viewport" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 147  *             &lt;complexType>
 148  *               &lt;complexContent>
 149  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 150  *                   &lt;sequence>
 151  *                     &lt;element name="AnnotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
 152  *                     &lt;element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 153  *                       &lt;complexType>
 154  *                         &lt;complexContent>
 155  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 156  *                             &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 157  *                             &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 158  *                           &lt;/restriction>
 159  *                         &lt;/complexContent>
 160  *                       &lt;/complexType>
 161  *                     &lt;/element>
 162  *                     &lt;element name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 163  *                       &lt;complexType>
 164  *                         &lt;complexContent>
 165  *                           &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
 166  *                             &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 167  *                             &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 168  *                             &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 169  *                           &lt;/extension>
 170  *                         &lt;/complexContent>
 171  *                       &lt;/complexType>
 172  *                     &lt;/element>
 173  *                   &lt;/sequence>
 174  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
 175  *                   &lt;attribute name="conservationSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 176  *                   &lt;attribute name="pidSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 177  *                   &lt;attribute name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 178  *                   &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 179  *                   &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 180  *                   &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 181  *                   &lt;attribute name="showFullId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 182  *                   &lt;attribute name="rightAlignIds" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 183  *                   &lt;attribute name="showText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 184  *                   &lt;attribute name="showColourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 185  *                   &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 186  *                   &lt;attribute name="showBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 187  *                   &lt;attribute name="wrapAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 188  *                   &lt;attribute name="renderGaps" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 189  *                   &lt;attribute name="showSequenceFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 190  *                   &lt;attribute name="showNPfeatureTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 191  *                   &lt;attribute name="showDbRefTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 192  *                   &lt;attribute name="followHighlight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 193  *                   &lt;attribute name="followSelection" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 194  *                   &lt;attribute name="showAnnotation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 195  *                   &lt;attribute name="centreColumnLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 196  *                   &lt;attribute name="showGroupConservation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 197  *                   &lt;attribute name="showGroupConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 198  *                   &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 199  *                   &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 200  *                   &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
 201  *                   &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 202  *                   &lt;attribute name="startRes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 203  *                   &lt;attribute name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 204  *                   &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 205  *                   &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 206  *                   &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 207  *                   &lt;attribute name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
 208  *                   &lt;attribute name="viewName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 209  *                   &lt;attribute name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 210  *                   &lt;attribute name="gatheredViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 211  *                   &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 212  *                   &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 213  *                   &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 214  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
 215  *                   &lt;attribute name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 216  *                 &lt;/restriction>
 217  *               &lt;/complexContent>
 218  *             &lt;/complexType>
 219  *           &lt;/element>
 220  *           &lt;element name="UserColours" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 221  *             &lt;complexType>
 222  *               &lt;complexContent>
 223  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 224  *                   &lt;sequence>
 225  *                     &lt;element name="UserColourScheme" type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/>
 226  *                   &lt;/sequence>
 227  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 228  *                 &lt;/restriction>
 229  *               &lt;/complexContent>
 230  *             &lt;/complexType>
 231  *           &lt;/element>
 232  *           &lt;element name="tree" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 233  *             &lt;complexType>
 234  *               &lt;complexContent>
 235  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 236  *                   &lt;sequence minOccurs="0">
 237  *                     &lt;element name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
 238  *                     &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
 239  *                   &lt;/sequence>
 240  *                   &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
 241  *                   &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 242  *                   &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 243  *                   &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 244  *                   &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 245  *                   &lt;attribute name="showBootstrap" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 246  *                   &lt;attribute name="showDistances" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 247  *                   &lt;attribute name="markUnlinked" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 248  *                   &lt;attribute name="fitToWindow" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 249  *                   &lt;attribute name="currentTree" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 250  *                   &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
 251  *                 &lt;/restriction>
 252  *               &lt;/complexContent>
 253  *             &lt;/complexType>
 254  *           &lt;/element>
 255  *           &lt;element name="FeatureSettings" minOccurs="0">
 256  *             &lt;complexType>
 257  *               &lt;complexContent>
 258  *                 &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 259  *                   &lt;sequence>
 260  *                     &lt;element name="setting" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 261  *                       &lt;complexType>
 262  *                         &lt;complexContent>
 263  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 264  *                             &lt;sequence>
 265  *                               &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 266  *                               &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 267  *                             &lt;/sequence>
 268  *                             &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 269  *                             &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 270  *                             &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 271  *                             &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 272  *                             &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 273  *                             &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 274  *                             &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 275  *                             &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 276  *                             &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 277  *                             &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 278  *                             &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 279  *                             &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 280  *                           &lt;/restriction>
 281  *                         &lt;/complexContent>
 282  *                       &lt;/complexType>
 283  *                     &lt;/element>
 284  *                     &lt;element name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 285  *                       &lt;complexType>
 286  *                         &lt;complexContent>
 287  *                           &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 288  *                             &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 289  *                             &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 290  *                           &lt;/restriction>
 291  *                         &lt;/complexContent>
 292  *                       &lt;/complexType>
 293  *                     &lt;/element>
 294  *                   &lt;/sequence>
 295  *                 &lt;/restriction>
 296  *               &lt;/complexContent>
 297  *             &lt;/complexType>
 298  *           &lt;/element>
 299  *         &lt;/sequence>
 300  *       &lt;/sequence>
 301  *     &lt;/restriction>
 302  *   &lt;/complexContent>
 303  * &lt;/complexType>
 304  * </pre>
 305  *
 306  *
 307  */
 308 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 309 @XmlType(
 310   name = "JalviewModel",
 311   namespace = "www.jalview.org",
 312   propOrder =
 313   { "creationDate", "version", "vamsasModel", "jSeq", "jGroup", "viewport",
 314       "userColours", "tree", "featureSettings" })
 315 public class JalviewModel
 316 {
 317
 318   @XmlElement(required = true)
 319   @XmlSchemaType(name = "dateTime")
 320   protected XMLGregorianCalendar creationDate;
 321
 322   @XmlElement(required = true)
 323   protected String version;
 324
 325   @XmlElement(required = true)
 326   protected VAMSAS vamsasModel;
 327
 328   @XmlElement(name = "JSeq")
 329   protected List<JalviewModel.JSeq> jSeq;
 330
 331   @XmlElement(name = "JGroup")
 332   protected List<JalviewModel.JGroup> jGroup;
 333
 334   @XmlElement(name = "Viewport")
 335   protected List<JalviewModel.Viewport> viewport;
 336
 337   @XmlElement(name = "UserColours")
 338   protected List<JalviewModel.UserColours> userColours;
 339
 340   protected List<JalviewModel.Tree> tree;
 341
 342
 343   @XmlElement(nillable=true)
 344   protected String bhTest = "bhtest";
 345
 346   @XmlElement(name = "FeatureSettings")
 347   protected JalviewModel.FeatureSettings featureSettings;
 348
 349   /**
 350    * Gets the value of the creationDate property.
 351    *
 352    * @return possible object is {@link XMLGregorianCalendar }
 353    *
 354    */
 355   public XMLGregorianCalendar getCreationDate()
 356   {
 357     return creationDate;
 358   }
 359
 360   /**
 361    * Sets the value of the creationDate property.
 362    *
 363    * @param value
 364    *          allowed object is {@link XMLGregorianCalendar }
 365    *
 366    */
 367   public void setCreationDate(XMLGregorianCalendar value)
 368   {
 369     this.creationDate = value;
 370   }
 371
 372   /**
 373    * Gets the value of the version property.
 374    *
 375    * @return possible object is {@link String }
 376    *
 377    */
 378   public String getVersion()
 379   {
 380     return version;
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Sets the value of the version property.
 385    *
 386    * @param value
 387    *          allowed object is {@link String }
 388    *
 389    */
 390   public void setVersion(String value)
 391   {
 392     this.version = value;
 393   }
 394
 395   /**
 396    * Gets the value of the vamsasModel property.
 397    *
 398    * @return possible object is {@link VAMSAS }
 399    *
 400    */
 401   public VAMSAS getVamsasModel()
 402   {
 403     return vamsasModel;
 404   }
 405
 406   /**
 407    * Sets the value of the vamsasModel property.
 408    *
 409    * @param value
 410    *          allowed object is {@link VAMSAS }
 411    *
 412    */
 413   public void setVamsasModel(VAMSAS value)
 414   {
 415     this.vamsasModel = value;
 416   }
 417
 418   /**
 419    * Gets the value of the jSeq property.
 420    *
 421    * <p>
 422    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 423    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 424    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 425    * for the jSeq property.
 426    *
 427    * <p>
 428    * For example, to add a new item, do as follows:
 429    *
 430    * <pre>
 431    * getJSeq().add(newItem);
 432    * </pre>
 433    *
 434    *
 435    * <p>
 436    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 437    * {@link JalviewModel.JSeq }
 438    *
 439    *
 440    */
 441   public List<JalviewModel.JSeq> getJSeq()
 442   {
 443     if (jSeq == null)
 444     {
 445       jSeq = new ArrayList<JalviewModel.JSeq>();
 446     }
 447     return this.jSeq;
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Gets the value of the jGroup property.
 452    *
 453    * <p>
 454    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 455    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 456    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 457    * for the jGroup property.
 458    *
 459    * <p>
 460    * For example, to add a new item, do as follows:
 461    *
 462    * <pre>
 463    * getJGroup().add(newItem);
 464    * </pre>
 465    *
 466    *
 467    * <p>
 468    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 469    * {@link JalviewModel.JGroup }
 470    *
 471    *
 472    */
 473   public List<JalviewModel.JGroup> getJGroup()
 474   {
 475     if (jGroup == null)
 476     {
 477       jGroup = new ArrayList<JalviewModel.JGroup>();
 478     }
 479     return this.jGroup;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * Gets the value of the viewport property.
 484    *
 485    * <p>
 486    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 487    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 488    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 489    * for the viewport property.
 490    *
 491    * <p>
 492    * For example, to add a new item, do as follows:
 493    *
 494    * <pre>
 495    * getViewport().add(newItem);
 496    * </pre>
 497    *
 498    *
 499    * <p>
 500    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 501    * {@link JalviewModel.Viewport }
 502    *
 503    *
 504    */
 505   public List<JalviewModel.Viewport> getViewport()
 506   {
 507     if (viewport == null)
 508     {
 509       viewport = new ArrayList<JalviewModel.Viewport>();
 510     }
 511     return this.viewport;
 512   }
 513
 514   /**
 515    * Gets the value of the userColours property.
 516    *
 517    * <p>
 518    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 519    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 520    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 521    * for the userColours property.
 522    *
 523    * <p>
 524    * For example, to add a new item, do as follows:
 525    *
 526    * <pre>
 527    * getUserColours().add(newItem);
 528    * </pre>
 529    *
 530    *
 531    * <p>
 532    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 533    * {@link JalviewModel.UserColours }
 534    *
 535    *
 536    */
 537   public List<JalviewModel.UserColours> getUserColours()
 538   {
 539     if (userColours == null)
 540     {
 541       userColours = new ArrayList<JalviewModel.UserColours>();
 542     }
 543     return this.userColours;
 544   }
 545
 546   /**
 547    * Gets the value of the tree property.
 548    *
 549    * <p>
 550    * This accessor method returns a reference to the live list, not a snapshot.
 551    * Therefore any modification you make to the returned list will be present
 552    * inside the JAXB object. This is why there is not a <CODE>set</CODE> method
 553    * for the tree property.
 554    *
 555    * <p>
 556    * For example, to add a new item, do as follows:
 557    *
 558    * <pre>
 559    * getTree().add(newItem);
 560    * </pre>
 561    *
 562    *
 563    * <p>
 564    * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 565    * {@link JalviewModel.Tree }
 566    *
 567    *
 568    */
 569   public List<JalviewModel.Tree> getTree()
 570   {
 571     if (tree == null)
 572     {
 573       tree = new ArrayList<JalviewModel.Tree>();
 574     }
 575     return this.tree;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Gets the value of the featureSettings property.
 580    *
 581    * @return possible object is {@link JalviewModel.FeatureSettings }
 582    *
 583    */
 584   public JalviewModel.FeatureSettings getFeatureSettings()
 585   {
 586     return featureSettings;
 587   }
 588
 589   /**
 590    * Sets the value of the featureSettings property.
 591    *
 592    * @param value
 593    *          allowed object is {@link JalviewModel.FeatureSettings }
 594    *
 595    */
 596   public void setFeatureSettings(JalviewModel.FeatureSettings value)
 597   {
 598     this.featureSettings = value;
 599   }
 600
 601   /**
 602    * <p>
 603    * Java class for anonymous complex type.
 604    *
 605    * <p>
 606    * The following schema fragment specifies the expected content contained
 607    * within this class.
 608    *
 609    * <pre>
 610    * &lt;complexType>
 611    *   &lt;complexContent>
 612    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 613    *       &lt;sequence>
 614    *         &lt;element name="setting" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 615    *           &lt;complexType>
 616    *             &lt;complexContent>
 617    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 618    *                 &lt;sequence>
 619    *                   &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 620    *                   &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 621    *                 &lt;/sequence>
 622    *                 &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 623    *                 &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 624    *                 &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 625    *                 &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 626    *                 &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 627    *                 &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 628    *                 &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 629    *                 &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 630    *                 &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 631    *                 &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 632    *                 &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 633    *                 &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 634    *               &lt;/restriction>
 635    *             &lt;/complexContent>
 636    *           &lt;/complexType>
 637    *         &lt;/element>
 638    *         &lt;element name="group" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
 639    *           &lt;complexType>
 640    *             &lt;complexContent>
 641    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 642    *                 &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 643    *                 &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 644    *               &lt;/restriction>
 645    *             &lt;/complexContent>
 646    *           &lt;/complexType>
 647    *         &lt;/element>
 648    *       &lt;/sequence>
 649    *     &lt;/restriction>
 650    *   &lt;/complexContent>
 651    * &lt;/complexType>
 652    * </pre>
 653    *
 654    *
 655    */
 656   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 657   @XmlType(name = "", propOrder = { "setting", "group" })
 658   public static class FeatureSettings
 659   {
 660
 661     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 662     protected List<JalviewModel.FeatureSettings.Setting> setting;
 663
 664     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 665     protected List<JalviewModel.FeatureSettings.Group> group;
 666
 667     /**
 668      * Gets the value of the setting property.
 669      *
 670      * <p>
 671      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 672      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 673      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 674      * <CODE>set</CODE> method for the setting property.
 675      *
 676      * <p>
 677      * For example, to add a new item, do as follows:
 678      *
 679      * <pre>
 680      * getSetting().add(newItem);
 681      * </pre>
 682      *
 683      *
 684      * <p>
 685      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 686      * {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
 687      *
 688      *
 689      */
 690     public List<JalviewModel.FeatureSettings.Setting> getSetting()
 691     {
 692       if (setting == null)
 693       {
 694         setting = new ArrayList<JalviewModel.FeatureSettings.Setting>();
 695       }
 696       return this.setting;
 697     }
 698
 699     /**
 700      * Gets the value of the group property.
 701      *
 702      * <p>
 703      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 704      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 705      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 706      * <CODE>set</CODE> method for the group property.
 707      *
 708      * <p>
 709      * For example, to add a new item, do as follows:
 710      *
 711      * <pre>
 712      * getGroup().add(newItem);
 713      * </pre>
 714      *
 715      *
 716      * <p>
 717      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 718      * {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
 719      *
 720      *
 721      */
 722     public List<JalviewModel.FeatureSettings.Group> getGroup()
 723     {
 724       if (group == null)
 725       {
 726         group = new ArrayList<JalviewModel.FeatureSettings.Group>();
 727       }
 728       return this.group;
 729     }
 730
 731     /**
 732      * <p>
 733      * Java class for anonymous complex type.
 734      *
 735      * <p>
 736      * The following schema fragment specifies the expected content contained
 737      * within this class.
 738      *
 739      * <pre>
 740      * &lt;complexType>
 741      *   &lt;complexContent>
 742      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 743      *       &lt;attribute name="name" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 744      *       &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 745      *     &lt;/restriction>
 746      *   &lt;/complexContent>
 747      * &lt;/complexType>
 748      * </pre>
 749      *
 750      *
 751      */
 752     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 753     @XmlType(name = "")
 754     public static class Group
 755     {
 756
 757       @XmlAttribute(name = "name", required = true)
 758       protected String name;
 759
 760       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
 761       protected boolean display;
 762
 763       /**
 764        * Gets the value of the name property.
 765        *
 766        * @return possible object is {@link String }
 767        *
 768        */
 769       public String getName()
 770       {
 771         return name;
 772       }
 773
 774       /**
 775        * Sets the value of the name property.
 776        *
 777        * @param value
 778        *          allowed object is {@link String }
 779        *
 780        */
 781       public void setName(String value)
 782       {
 783         this.name = value;
 784       }
 785
 786       /**
 787        * Gets the value of the display property.
 788        *
 789        */
 790       public boolean isDisplay()
 791       {
 792         return display;
 793       }
 794
 795       /**
 796        * Sets the value of the display property.
 797        *
 798        */
 799       public void setDisplay(boolean value)
 800       {
 801         this.display = value;
 802       }
 803
 804     }
 805
 806     /**
 807      * <p>
 808      * Java class for anonymous complex type.
 809      *
 810      * <p>
 811      * The following schema fragment specifies the expected content contained
 812      * within this class.
 813      *
 814      * <pre>
 815      * &lt;complexType>
 816      *   &lt;complexContent>
 817      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 818      *       &lt;sequence>
 819      *         &lt;element name="attributeName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2" minOccurs="0"/>
 820      *         &lt;element name="matcherSet" type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet" minOccurs="0"/>
 821      *       &lt;/sequence>
 822      *       &lt;attribute name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 823      *       &lt;attribute name="colour" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 824      *       &lt;attribute name="display" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 825      *       &lt;attribute name="order" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 826      *       &lt;attribute name="mincolour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 827      *       &lt;attribute name="noValueColour" type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
 828      *       &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 829      *       &lt;attribute name="threshstate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
 830      *       &lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 831      *       &lt;attribute name="min" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
 832      *       &lt;attribute name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 833      *       &lt;attribute name="autoScale" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
 834      *     &lt;/restriction>
 835      *   &lt;/complexContent>
 836      * &lt;/complexType>
 837      * </pre>
 838      *
 839      *
 840      */
 841     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 842     @XmlType(name = "", propOrder = { "attributeName", "matcherSet" })
 843     public static class Setting
 844     {
 845
 846       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 847       protected List<String> attributeName;
 848
 849       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
 850       protected Object/*FeatureMatcherSet*/ matcherSet;
 851
 852       @XmlAttribute(name = "type", required = true)
 853       protected String type;
 854
 855       @XmlAttribute(name = "colour", required = true)
 856       protected int colour;
 857
 858       @XmlAttribute(name = "display", required = true)
 859       protected boolean display;
 860
 861       @XmlAttribute(name = "order")
 862       protected Float order;
 863
 864       @XmlAttribute(name = "mincolour")
 865       protected Integer mincolour;
 866
 867       @XmlAttribute(name = "noValueColour")
 868       protected Object/*NoValueColour*/ noValueColour;
 869
 870       @XmlAttribute(name = "threshold")
 871       protected Float threshold;
 872
 873       @XmlAttribute(name = "threshstate")
 874       protected Integer threshstate;
 875
 876       @XmlAttribute(name = "max")
 877       protected Float max;
 878
 879       @XmlAttribute(name = "min")
 880       protected Float min;
 881
 882       @XmlAttribute(name = "colourByLabel")
 883       protected Boolean colourByLabel;
 884
 885       @XmlAttribute(name = "autoScale")
 886       protected Boolean autoScale;
 887
 888       /**
 889        * Gets the value of the attributeName property.
 890        *
 891        * <p>
 892        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
 893        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
 894        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
 895        * <CODE>set</CODE> method for the attributeName property.
 896        *
 897        * <p>
 898        * For example, to add a new item, do as follows:
 899        *
 900        * <pre>
 901        * getAttributeName().add(newItem);
 902        * </pre>
 903        *
 904        *
 905        * <p>
 906        * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String
 907        * }
 908        *
 909        *
 910        */
 911       public List<String> getAttributeName()
 912       {
 913         if (attributeName == null)
 914         {
 915           attributeName = new ArrayList<String>();
 916         }
 917         return this.attributeName;
 918       }
 919
 920       /**
 921        * Gets the value of the matcherSet property.
 922        *
 923        * @return possible object is {@link FeatureMatcherSet }
 924        *
 925        */
 926       public Object/*FeatureMatcherSet*/ getMatcherSet()
 927       {
 928         return matcherSet;
 929       }
 930
 931       /**
 932        * Sets the value of the matcherSet property.
 933        *
 934        * @param value
 935        *          allowed object is {@link FeatureMatcherSet }
 936        *
 937        */
 938       public void setMatcherSet(Object/*FeatureMatcherSet*/ value)
 939       {
 940         this.matcherSet = value;
 941       }
 942
 943       /**
 944        * Gets the value of the type property.
 945        *
 946        * @return possible object is {@link String }
 947        *
 948        */
 949       public String getType()
 950       {
 951         return type;
 952       }
 953
 954       /**
 955        * Sets the value of the type property.
 956        *
 957        * @param value
 958        *          allowed object is {@link String }
 959        *
 960        */
 961       public void setType(String value)
 962       {
 963         this.type = value;
 964       }
 965
 966       /**
 967        * Gets the value of the colour property.
 968        *
 969        */
 970       public int getColour()
 971       {
 972         return colour;
 973       }
 974
 975       /**
 976        * Sets the value of the colour property.
 977        *
 978        */
 979       public void setColour(int value)
 980       {
 981         this.colour = value;
 982       }
 983
 984       /**
 985        * Gets the value of the display property.
 986        *
 987        */
 988       public boolean isDisplay()
 989       {
 990         return display;
 991       }
 992
 993       /**
 994        * Sets the value of the display property.
 995        *
 996        */
 997       public void setDisplay(boolean value)
 998       {
 999         this.display = value;
1000       }
1001
1002       /**
1003        * Gets the value of the order property.
1004        *
1005        * @return possible object is {@link Float }
1006        *
1007        */
1008       public Float getOrder()
1009       {
1010         return order;
1011       }
1012
1013       /**
1014        * Sets the value of the order property.
1015        *
1016        * @param value
1017        *          allowed object is {@link Float }
1018        *
1019        */
1020       public void setOrder(Float value)
1021       {
1022         this.order = value;
1023       }
1024
1025       /**
1026        * Gets the value of the mincolour property.
1027        *
1028        * @return possible object is {@link Integer }
1029        *
1030        */
1031       public Integer getMincolour()
1032       {
1033         return mincolour;
1034       }
1035
1036       /**
1037        * Sets the value of the mincolour property.
1038        *
1039        * @param value
1040        *          allowed object is {@link Integer }
1041        *
1042        */
1043       public void setMincolour(Integer value)
1044       {
1045         this.mincolour = value;
1046       }
1047
1048       /**
1049        * Gets the value of the noValueColour property.
1050        *
1051        * @return possible object is {@link NoValueColour }
1052        *
1053        */
1054       public Object/*NoValueColour*/  getNoValueColour()
1055       {
1056         if (noValueColour == null)
1057         {
1058                                         return null/* NoValueColour */;// NoValueColour.MIN;
1059         }
1060         else
1061         {
1062           return noValueColour;
1063         }
1064       }
1065
1066       /**
1067        * Sets the value of the noValueColour property.
1068        *
1069        * @param value
1070        *          allowed object is {@link NoValueColour }
1071        *
1072        */
1073       public void setNoValueColour(Object/*NoValueColour*/ value)
1074       {
1075         this.noValueColour = value;
1076       }
1077
1078       /**
1079        * Gets the value of the threshold property.
1080        *
1081        * @return possible object is {@link Float }
1082        *
1083        */
1084       public Float getThreshold()
1085       {
1086         return threshold;
1087       }
1088
1089       /**
1090        * Sets the value of the threshold property.
1091        *
1092        * @param value
1093        *          allowed object is {@link Float }
1094        *
1095        */
1096       public void setThreshold(Float value)
1097       {
1098         this.threshold = value;
1099       }
1100
1101       /**
1102        * Gets the value of the threshstate property.
1103        *
1104        * @return possible object is {@link Integer }
1105        *
1106        */
1107       public Integer getThreshstate()
1108       {
1109         return threshstate;
1110       }
1111
1112       /**
1113        * Sets the value of the threshstate property.
1114        *
1115        * @param value
1116        *          allowed object is {@link Integer }
1117        *
1118        */
1119       public void setThreshstate(Integer value)
1120       {
1121         this.threshstate = value;
1122       }
1123
1124       /**
1125        * Gets the value of the max property.
1126        *
1127        * @return possible object is {@link Float }
1128        *
1129        */
1130       public Float getMax()
1131       {
1132         return max;
1133       }
1134
1135       /**
1136        * Sets the value of the max property.
1137        *
1138        * @param value
1139        *          allowed object is {@link Float }
1140        *
1141        */
1142       public void setMax(Float value)
1143       {
1144         this.max = value;
1145       }
1146
1147       /**
1148        * Gets the value of the min property.
1149        *
1150        * @return possible object is {@link Float }
1151        *
1152        */
1153       public Float getMin()
1154       {
1155         return min;
1156       }
1157
1158       /**
1159        * Sets the value of the min property.
1160        *
1161        * @param value
1162        *          allowed object is {@link Float }
1163        *
1164        */
1165       public void setMin(Float value)
1166       {
1167         this.min = value;
1168       }
1169
1170       /**
1171        * Gets the value of the colourByLabel property.
1172        *
1173        * @return possible object is {@link Boolean }
1174        *
1175        */
1176       public Boolean isColourByLabel()
1177       {
1178         return colourByLabel;
1179       }
1180
1181       /**
1182        * Sets the value of the colourByLabel property.
1183        *
1184        * @param value
1185        *          allowed object is {@link Boolean }
1186        *
1187        */
1188       public void setColourByLabel(Boolean value)
1189       {
1190         this.colourByLabel = value;
1191       }
1192
1193       /**
1194        * Gets the value of the autoScale property.
1195        *
1196        * @return possible object is {@link Boolean }
1197        *
1198        */
1199       public Boolean isAutoScale()
1200       {
1201         return autoScale;
1202       }
1203
1204       /**
1205        * Sets the value of the autoScale property.
1206        *
1207        * @param value
1208        *          allowed object is {@link Boolean }
1209        *
1210        */
1211       public void setAutoScale(Boolean value)
1212       {
1213         this.autoScale = value;
1214       }
1215
1216     }
1217
1218   }
1219
1220   /**
1221    * <p>
1222    * Java class for anonymous complex type.
1223    *
1224    * <p>
1225    * The following schema fragment specifies the expected content contained
1226    * within this class.
1227    *
1228    * <pre>
1229    * &lt;complexType>
1230    *   &lt;complexContent>
1231    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1232    *       &lt;sequence>
1233    *         &lt;element name="seq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"/>
1234    *         &lt;element name="annotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
1235    *       &lt;/sequence>
1236    *       &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1237    *       &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1238    *       &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1239    *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1240    *       &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1241    *       &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1242    *       &lt;attribute name="outlineColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1243    *       &lt;attribute name="displayBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1244    *       &lt;attribute name="displayText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1245    *       &lt;attribute name="colourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1246    *       &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1247    *       &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1248    *       &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1249    *       &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1250    *       &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1251    *       &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1252    *       &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
1253    *       &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
1254    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1255    *     &lt;/restriction>
1256    *   &lt;/complexContent>
1257    * &lt;/complexType>
1258    * </pre>
1259    *
1260    *
1261    */
1262   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1263   @XmlType(name = "", propOrder = { "seq", "annotationColours" })
1264   public static class JGroup
1265   {
1266
1267     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
1268     protected List<String> seq;
1269
1270     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1271     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
1272
1273     @XmlAttribute(name = "start")
1274     protected Integer start;
1275
1276     @XmlAttribute(name = "end")
1277     protected Integer end;
1278
1279     @XmlAttribute(name = "name")
1280     protected String name;
1281
1282     @XmlAttribute(name = "colour")
1283     protected String colour;
1284
1285     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
1286     protected Integer consThreshold;
1287
1288     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
1289     protected Integer pidThreshold;
1290
1291     @XmlAttribute(name = "outlineColour")
1292     protected Integer outlineColour;
1293
1294     @XmlAttribute(name = "displayBoxes")
1295     protected Boolean displayBoxes;
1296
1297     @XmlAttribute(name = "displayText")
1298     protected Boolean displayText;
1299
1300     @XmlAttribute(name = "colourText")
1301     protected Boolean colourText;
1302
1303     @XmlAttribute(name = "textCol1")
1304     protected Integer textCol1;
1305
1306     @XmlAttribute(name = "textCol2")
1307     protected Integer textCol2;
1308
1309     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
1310     protected Integer textColThreshold;
1311
1312     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
1313     protected Boolean showUnconserved;
1314
1315     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
1316     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
1317
1318     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
1319     protected Boolean showConsensusHistogram;
1320
1321     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
1322     protected Boolean showSequenceLogo;
1323
1324     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
1325     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
1326
1327     @XmlAttribute(name = "id")
1328     protected String id;
1329
1330     /**
1331      * Gets the value of the seq property.
1332      *
1333      * <p>
1334      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
1335      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1336      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
1337      * <CODE>set</CODE> method for the seq property.
1338      *
1339      * <p>
1340      * For example, to add a new item, do as follows:
1341      *
1342      * <pre>
1343      * getSeq().add(newItem);
1344      * </pre>
1345      *
1346      *
1347      * <p>
1348      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link String }
1349      *
1350      *
1351      */
1352     public List<String> getSeq()
1353     {
1354       if (seq == null)
1355       {
1356         seq = new ArrayList<String>();
1357       }
1358       return this.seq;
1359     }
1360
1361     /**
1362      * Gets the value of the annotationColours property.
1363      *
1364      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
1365      *
1366      */
1367     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
1368     {
1369       return annotationColours;
1370     }
1371
1372     /**
1373      * Sets the value of the annotationColours property.
1374      *
1375      * @param value
1376      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
1377      *
1378      */
1379     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
1380     {
1381       this.annotationColours = value;
1382     }
1383
1384     /**
1385      * Gets the value of the start property.
1386      *
1387      * @return possible object is {@link Integer }
1388      *
1389      */
1390     public Integer getStart()
1391     {
1392       return start;
1393     }
1394
1395     /**
1396      * Sets the value of the start property.
1397      *
1398      * @param value
1399      *          allowed object is {@link Integer }
1400      *
1401      */
1402     public void setStart(Integer value)
1403     {
1404       this.start = value;
1405     }
1406
1407     /**
1408      * Gets the value of the end property.
1409      *
1410      * @return possible object is {@link Integer }
1411      *
1412      */
1413     public Integer getEnd()
1414     {
1415       return end;
1416     }
1417
1418     /**
1419      * Sets the value of the end property.
1420      *
1421      * @param value
1422      *          allowed object is {@link Integer }
1423      *
1424      */
1425     public void setEnd(Integer value)
1426     {
1427       this.end = value;
1428     }
1429
1430     /**
1431      * Gets the value of the name property.
1432      *
1433      * @return possible object is {@link String }
1434      *
1435      */
1436     public String getName()
1437     {
1438       return name;
1439     }
1440
1441     /**
1442      * Sets the value of the name property.
1443      *
1444      * @param value
1445      *          allowed object is {@link String }
1446      *
1447      */
1448     public void setName(String value)
1449     {
1450       this.name = value;
1451     }
1452
1453     /**
1454      * Gets the value of the colour property.
1455      *
1456      * @return possible object is {@link String }
1457      *
1458      */
1459     public String getColour()
1460     {
1461       return colour;
1462     }
1463
1464     /**
1465      * Sets the value of the colour property.
1466      *
1467      * @param value
1468      *          allowed object is {@link String }
1469      *
1470      */
1471     public void setColour(String value)
1472     {
1473       this.colour = value;
1474     }
1475
1476     /**
1477      * Gets the value of the consThreshold property.
1478      *
1479      * @return possible object is {@link Integer }
1480      *
1481      */
1482     public Integer getConsThreshold()
1483     {
1484       return consThreshold;
1485     }
1486
1487     /**
1488      * Sets the value of the consThreshold property.
1489      *
1490      * @param value
1491      *          allowed object is {@link Integer }
1492      *
1493      */
1494     public void setConsThreshold(Integer value)
1495     {
1496       this.consThreshold = value;
1497     }
1498
1499     /**
1500      * Gets the value of the pidThreshold property.
1501      *
1502      * @return possible object is {@link Integer }
1503      *
1504      */
1505     public Integer getPidThreshold()
1506     {
1507       return pidThreshold;
1508     }
1509
1510     /**
1511      * Sets the value of the pidThreshold property.
1512      *
1513      * @param value
1514      *          allowed object is {@link Integer }
1515      *
1516      */
1517     public void setPidThreshold(Integer value)
1518     {
1519       this.pidThreshold = value;
1520     }
1521
1522     /**
1523      * Gets the value of the outlineColour property.
1524      *
1525      * @return possible object is {@link Integer }
1526      *
1527      */
1528     public Integer getOutlineColour()
1529     {
1530       return outlineColour;
1531     }
1532
1533     /**
1534      * Sets the value of the outlineColour property.
1535      *
1536      * @param value
1537      *          allowed object is {@link Integer }
1538      *
1539      */
1540     public void setOutlineColour(Integer value)
1541     {
1542       this.outlineColour = value;
1543     }
1544
1545     /**
1546      * Gets the value of the displayBoxes property.
1547      *
1548      * @return possible object is {@link Boolean }
1549      *
1550      */
1551     public Boolean isDisplayBoxes()
1552     {
1553       return displayBoxes;
1554     }
1555
1556     /**
1557      * Sets the value of the displayBoxes property.
1558      *
1559      * @param value
1560      *          allowed object is {@link Boolean }
1561      *
1562      */
1563     public void setDisplayBoxes(Boolean value)
1564     {
1565       this.displayBoxes = value;
1566     }
1567
1568     /**
1569      * Gets the value of the displayText property.
1570      *
1571      * @return possible object is {@link Boolean }
1572      *
1573      */
1574     public Boolean isDisplayText()
1575     {
1576       return displayText;
1577     }
1578
1579     /**
1580      * Sets the value of the displayText property.
1581      *
1582      * @param value
1583      *          allowed object is {@link Boolean }
1584      *
1585      */
1586     public void setDisplayText(Boolean value)
1587     {
1588       this.displayText = value;
1589     }
1590
1591     /**
1592      * Gets the value of the colourText property.
1593      *
1594      * @return possible object is {@link Boolean }
1595      *
1596      */
1597     public Boolean isColourText()
1598     {
1599       return colourText;
1600     }
1601
1602     /**
1603      * Sets the value of the colourText property.
1604      *
1605      * @param value
1606      *          allowed object is {@link Boolean }
1607      *
1608      */
1609     public void setColourText(Boolean value)
1610     {
1611       this.colourText = value;
1612     }
1613
1614     /**
1615      * Gets the value of the textCol1 property.
1616      *
1617      * @return possible object is {@link Integer }
1618      *
1619      */
1620     public Integer getTextCol1()
1621     {
1622       return textCol1;
1623     }
1624
1625     /**
1626      * Sets the value of the textCol1 property.
1627      *
1628      * @param value
1629      *          allowed object is {@link Integer }
1630      *
1631      */
1632     public void setTextCol1(Integer value)
1633     {
1634       this.textCol1 = value;
1635     }
1636
1637     /**
1638      * Gets the value of the textCol2 property.
1639      *
1640      * @return possible object is {@link Integer }
1641      *
1642      */
1643     public Integer getTextCol2()
1644     {
1645       return textCol2;
1646     }
1647
1648     /**
1649      * Sets the value of the textCol2 property.
1650      *
1651      * @param value
1652      *          allowed object is {@link Integer }
1653      *
1654      */
1655     public void setTextCol2(Integer value)
1656     {
1657       this.textCol2 = value;
1658     }
1659
1660     /**
1661      * Gets the value of the textColThreshold property.
1662      *
1663      * @return possible object is {@link Integer }
1664      *
1665      */
1666     public Integer getTextColThreshold()
1667     {
1668       return textColThreshold;
1669     }
1670
1671     /**
1672      * Sets the value of the textColThreshold property.
1673      *
1674      * @param value
1675      *          allowed object is {@link Integer }
1676      *
1677      */
1678     public void setTextColThreshold(Integer value)
1679     {
1680       this.textColThreshold = value;
1681     }
1682
1683     /**
1684      * Gets the value of the showUnconserved property.
1685      *
1686      * @return possible object is {@link Boolean }
1687      *
1688      */
1689     public Boolean isShowUnconserved()
1690     {
1691       return showUnconserved;
1692     }
1693
1694     /**
1695      * Sets the value of the showUnconserved property.
1696      *
1697      * @param value
1698      *          allowed object is {@link Boolean }
1699      *
1700      */
1701     public void setShowUnconserved(Boolean value)
1702     {
1703       this.showUnconserved = value;
1704     }
1705
1706     /**
1707      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1708      *
1709      * @return possible object is {@link Boolean }
1710      *
1711      */
1712     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1713     {
1714       if (ignoreGapsinConsensus == null)
1715       {
1716         return true;
1717       }
1718       else
1719       {
1720         return ignoreGapsinConsensus;
1721       }
1722     }
1723
1724     /**
1725      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
1726      *
1727      * @param value
1728      *          allowed object is {@link Boolean }
1729      *
1730      */
1731     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
1732     {
1733       this.ignoreGapsinConsensus = value;
1734     }
1735
1736     /**
1737      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
1738      *
1739      * @return possible object is {@link Boolean }
1740      *
1741      */
1742     public boolean isShowConsensusHistogram()
1743     {
1744       if (showConsensusHistogram == null)
1745       {
1746         return true;
1747       }
1748       else
1749       {
1750         return showConsensusHistogram;
1751       }
1752     }
1753
1754     /**
1755      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
1756      *
1757      * @param value
1758      *          allowed object is {@link Boolean }
1759      *
1760      */
1761     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
1762     {
1763       this.showConsensusHistogram = value;
1764     }
1765
1766     /**
1767      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
1768      *
1769      * @return possible object is {@link Boolean }
1770      *
1771      */
1772     public boolean isShowSequenceLogo()
1773     {
1774       if (showSequenceLogo == null)
1775       {
1776         return false;
1777       }
1778       else
1779       {
1780         return showSequenceLogo;
1781       }
1782     }
1783
1784     /**
1785      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
1786      *
1787      * @param value
1788      *          allowed object is {@link Boolean }
1789      *
1790      */
1791     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
1792     {
1793       this.showSequenceLogo = value;
1794     }
1795
1796     /**
1797      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1798      *
1799      * @return possible object is {@link Boolean }
1800      *
1801      */
1802     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1803     {
1804       if (normaliseSequenceLogo == null)
1805       {
1806         return false;
1807       }
1808       else
1809       {
1810         return normaliseSequenceLogo;
1811       }
1812     }
1813
1814     /**
1815      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
1816      *
1817      * @param value
1818      *          allowed object is {@link Boolean }
1819      *
1820      */
1821     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
1822     {
1823       this.normaliseSequenceLogo = value;
1824     }
1825
1826     /**
1827      * Gets the value of the id property.
1828      *
1829      * @return possible object is {@link String }
1830      *
1831      */
1832     public String getId()
1833     {
1834       return id;
1835     }
1836
1837     /**
1838      * Sets the value of the id property.
1839      *
1840      * @param value
1841      *          allowed object is {@link String }
1842      *
1843      */
1844     public void setId(String value)
1845     {
1846       this.id = value;
1847     }
1848
1849   }
1850
1851   /**
1852    * <p>
1853    * Java class for anonymous complex type.
1854    *
1855    * <p>
1856    * The following schema fragment specifies the expected content contained
1857    * within this class.
1858    *
1859    * <pre>
1860    * &lt;complexType>
1861    *   &lt;complexContent>
1862    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1863    *       &lt;sequence>
1864    *         &lt;element name="features" type="{www.jalview.org}feature" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
1865    *         &lt;element name="pdbids" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1866    *           &lt;complexType>
1867    *             &lt;complexContent>
1868    *               &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
1869    *                 &lt;sequence>
1870    *                   &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1871    *                     &lt;complexType>
1872    *                       &lt;simpleContent>
1873    *                         &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
1874    *                           &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
1875    *                           &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1876    *                           &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1877    *                           &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1878    *                           &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
1879    *                           &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
1880    *                           &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1881    *                         &lt;/extension>
1882    *                       &lt;/simpleContent>
1883    *                     &lt;/complexType>
1884    *                   &lt;/element>
1885    *                 &lt;/sequence>
1886    *               &lt;/extension>
1887    *             &lt;/complexContent>
1888    *           &lt;/complexType>
1889    *         &lt;/element>
1890    *         &lt;element name="hiddenSequences" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
1891    *         &lt;element name="rnaViewer" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
1892    *           &lt;complexType>
1893    *             &lt;complexContent>
1894    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1895    *                 &lt;sequence>
1896    *                   &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
1897    *                     &lt;complexType>
1898    *                       &lt;complexContent>
1899    *                         &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
1900    *                           &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1901    *                           &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1902    *                           &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1903    *                           &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1904    *                         &lt;/restriction>
1905    *                       &lt;/complexContent>
1906    *                     &lt;/complexType>
1907    *                   &lt;/element>
1908    *                 &lt;/sequence>
1909    *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
1910    *                 &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1911    *                 &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1912    *                 &lt;attribute name="dividerLocation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1913    *                 &lt;attribute name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1914    *               &lt;/restriction>
1915    *             &lt;/complexContent>
1916    *           &lt;/complexType>
1917    *         &lt;/element>
1918    *       &lt;/sequence>
1919    *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1920    *       &lt;attribute name="start" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1921    *       &lt;attribute name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
1922    *       &lt;attribute name="id" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
1923    *       &lt;attribute name="hidden" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1924    *       &lt;attribute name="viewreference" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
1925    *     &lt;/restriction>
1926    *   &lt;/complexContent>
1927    * &lt;/complexType>
1928    * </pre>
1929    *
1930    *
1931    */
1932   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
1933   @XmlType(
1934     name = "",
1935     propOrder =
1936     { "features", "pdbids", "hiddenSequences", "rnaViewer" })
1937   public static class JSeq
1938   {
1939
1940     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1941     protected List<Object/*Feature*/> features;
1942
1943     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1944     protected List<JalviewModel.JSeq.Pdbids> pdbids;
1945
1946     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", type = Integer.class)
1947     protected List<Integer> hiddenSequences;
1948
1949     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
1950     protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> rnaViewer;
1951
1952     @XmlAttribute(name = "colour")
1953     protected Integer colour;
1954
1955     @XmlAttribute(name = "start", required = true)
1956     protected int start;
1957
1958     @XmlAttribute(name = "end", required = true)
1959     protected int end;
1960
1961     @XmlAttribute(name = "id", required = true)
1962     protected String id;
1963
1964     @XmlAttribute(name = "hidden")
1965     protected Boolean hidden;
1966
1967     @XmlAttribute(name = "viewreference")
1968     protected Boolean viewreference;
1969
1970     /**
1971      * Gets the value of the features property.
1972      *
1973      * <p>
1974      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
1975      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
1976      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
1977      * <CODE>set</CODE> method for the features property.
1978      *
1979      * <p>
1980      * For example, to add a new item, do as follows:
1981      *
1982      * <pre>
1983      * getFeatures().add(newItem);
1984      * </pre>
1985      *
1986      *
1987      * <p>
1988      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Feature }
1989      *
1990      *
1991      */
1992     public List<Object/*Feature*/> getFeatures()
1993     {
1994       if (features == null)
1995       {
1996         features = new ArrayList<Object/*Feature*/>();
1997       }
1998       return this.features;
1999     }
2000
2001     /**
2002      * Gets the value of the pdbids property.
2003      *
2004      * <p>
2005      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2006      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2007      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2008      * <CODE>set</CODE> method for the pdbids property.
2009      *
2010      * <p>
2011      * For example, to add a new item, do as follows:
2012      *
2013      * <pre>
2014      * getPdbids().add(newItem);
2015      * </pre>
2016      *
2017      *
2018      * <p>
2019      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2020      * {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
2021      *
2022      *
2023      */
2024     public List<JalviewModel.JSeq.Pdbids> getPdbids()
2025     {
2026       if (pdbids == null)
2027       {
2028         pdbids = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.Pdbids>();
2029       }
2030       return this.pdbids;
2031     }
2032
2033     /**
2034      * Gets the value of the hiddenSequences property.
2035      *
2036      * <p>
2037      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2038      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2039      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2040      * <CODE>set</CODE> method for the hiddenSequences property.
2041      *
2042      * <p>
2043      * For example, to add a new item, do as follows:
2044      *
2045      * <pre>
2046      * getHiddenSequences().add(newItem);
2047      * </pre>
2048      *
2049      *
2050      * <p>
2051      * Objects of the following type(s) are allowed in the list {@link Integer }
2052      *
2053      *
2054      */
2055     public List<Integer> getHiddenSequences()
2056     {
2057       if (hiddenSequences == null)
2058       {
2059         hiddenSequences = new ArrayList<Integer>();
2060       }
2061       return this.hiddenSequences;
2062     }
2063
2064     /**
2065      * Gets the value of the rnaViewer property.
2066      *
2067      * <p>
2068      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2069      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2070      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2071      * <CODE>set</CODE> method for the rnaViewer property.
2072      *
2073      * <p>
2074      * For example, to add a new item, do as follows:
2075      *
2076      * <pre>
2077      * getRnaViewer().add(newItem);
2078      * </pre>
2079      *
2080      *
2081      * <p>
2082      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2083      * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
2084      *
2085      *
2086      */
2087     public List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer> getRnaViewer()
2088     {
2089       if (rnaViewer == null)
2090       {
2091         rnaViewer = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.RnaViewer>();
2092       }
2093       return this.rnaViewer;
2094     }
2095
2096     /**
2097      * Gets the value of the colour property.
2098      *
2099      * @return possible object is {@link Integer }
2100      *
2101      */
2102     public Integer getColour()
2103     {
2104       return colour;
2105     }
2106
2107     /**
2108      * Sets the value of the colour property.
2109      *
2110      * @param value
2111      *          allowed object is {@link Integer }
2112      *
2113      */
2114     public void setColour(Integer value)
2115     {
2116       this.colour = value;
2117     }
2118
2119     /**
2120      * Gets the value of the start property.
2121      *
2122      */
2123     public int getStart()
2124     {
2125       return start;
2126     }
2127
2128     /**
2129      * Sets the value of the start property.
2130      *
2131      */
2132     public void setStart(int value)
2133     {
2134       this.start = value;
2135     }
2136
2137     /**
2138      * Gets the value of the end property.
2139      *
2140      */
2141     public int getEnd()
2142     {
2143       return end;
2144     }
2145
2146     /**
2147      * Sets the value of the end property.
2148      *
2149      */
2150     public void setEnd(int value)
2151     {
2152       this.end = value;
2153     }
2154
2155     /**
2156      * Gets the value of the id property.
2157      *
2158      * @return possible object is {@link String }
2159      *
2160      */
2161     public String getId()
2162     {
2163       return id;
2164     }
2165
2166     /**
2167      * Sets the value of the id property.
2168      *
2169      * @param value
2170      *          allowed object is {@link String }
2171      *
2172      */
2173     public void setId(String value)
2174     {
2175       this.id = value;
2176     }
2177
2178     /**
2179      * Gets the value of the hidden property.
2180      *
2181      * @return possible object is {@link Boolean }
2182      *
2183      */
2184     public Boolean isHidden()
2185     {
2186       return hidden;
2187     }
2188
2189     /**
2190      * Sets the value of the hidden property.
2191      *
2192      * @param value
2193      *          allowed object is {@link Boolean }
2194      *
2195      */
2196     public void setHidden(Boolean value)
2197     {
2198       this.hidden = value;
2199     }
2200
2201     /**
2202      * Gets the value of the viewreference property.
2203      *
2204      * @return possible object is {@link Boolean }
2205      *
2206      */
2207     public Boolean isViewreference()
2208     {
2209       return viewreference;
2210     }
2211
2212     /**
2213      * Sets the value of the viewreference property.
2214      *
2215      * @param value
2216      *          allowed object is {@link Boolean }
2217      *
2218      */
2219     public void setViewreference(Boolean value)
2220     {
2221       this.viewreference = value;
2222     }
2223
2224     /**
2225      * <p>
2226      * Java class for anonymous complex type.
2227      *
2228      * <p>
2229      * The following schema fragment specifies the expected content contained
2230      * within this class.
2231      *
2232      * <pre>
2233      * &lt;complexType>
2234      *   &lt;complexContent>
2235      *     &lt;extension base="{www.jalview.org}pdbentry">
2236      *       &lt;sequence>
2237      *         &lt;element name="structureState" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
2238      *           &lt;complexType>
2239      *             &lt;simpleContent>
2240      *               &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
2241      *                 &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2242      *                 &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2243      *                 &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2244      *                 &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2245      *                 &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
2246      *                 &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2247      *                 &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2248      *               &lt;/extension>
2249      *             &lt;/simpleContent>
2250      *           &lt;/complexType>
2251      *         &lt;/element>
2252      *       &lt;/sequence>
2253      *     &lt;/extension>
2254      *   &lt;/complexContent>
2255      * &lt;/complexType>
2256      * </pre>
2257      *
2258      *
2259      */
2260     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2261     @XmlType(name = "", propOrder = { "structureState" })
2262     public static class Pdbids //extends Pdbentry
2263     {
2264
2265       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
2266       protected List<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState> structureState;
2267
2268       /**
2269        * Gets the value of the structureState property.
2270        *
2271        * <p>
2272        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2273        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2274        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2275        * <CODE>set</CODE> method for the structureState property.
2276        *
2277        * <p>
2278        * For example, to add a new item, do as follows:
2279        *
2280        * <pre>
2281        * getStructureState().add(newItem);
2282        * </pre>
2283        *
2284        *
2285        * <p>
2286        * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2287        * {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
2288        *
2289        *
2290        */
2291       public List<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState> getStructureState()
2292       {
2293         if (structureState == null)
2294         {
2295           structureState = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState>();
2296         }
2297         return this.structureState;
2298       }
2299
2300       /**
2301        * <p>
2302        * Java class for anonymous complex type.
2303        *
2304        * <p>
2305        * The following schema fragment specifies the expected content contained
2306        * within this class.
2307        *
2308        * <pre>
2309        * &lt;complexType>
2310        *   &lt;simpleContent>
2311        *     &lt;extension base="&lt;http://www.w3.org/2001/XMLSchema>string">
2312        *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2313        *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2314        *       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2315        *       &lt;attribute name="alignwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2316        *       &lt;attribute name="colourwithAlignPanel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
2317        *       &lt;attribute name="colourByJmol" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
2318        *       &lt;attribute name="type" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2319        *     &lt;/extension>
2320        *   &lt;/simpleContent>
2321        * &lt;/complexType>
2322        * </pre>
2323        *
2324        *
2325        */
2326       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2327       @XmlType(name = "", propOrder = { "value" })
2328       public static class StructureState
2329       {
2330
2331         @XmlValue
2332         protected String value;
2333
2334         @XmlAttribute(name = "visible")
2335         protected Boolean visible;
2336
2337         @XmlAttribute(name = "viewId")
2338         protected String viewId;
2339
2340         @XmlAttribute(name = "alignwithAlignPanel")
2341         protected Boolean alignwithAlignPanel;
2342
2343         @XmlAttribute(name = "colourwithAlignPanel")
2344         protected Boolean colourwithAlignPanel;
2345
2346         @XmlAttribute(name = "colourByJmol")
2347         protected Boolean colourByJmol;
2348
2349         @XmlAttribute(name = "type")
2350         protected String type;
2351
2352         @XmlAttribute(name = "width")
2353         protected Integer width;
2354
2355         @XmlAttribute(name = "height")
2356         protected Integer height;
2357
2358         @XmlAttribute(name = "xpos")
2359         protected Integer xpos;
2360
2361         @XmlAttribute(name = "ypos")
2362         protected Integer ypos;
2363
2364         /**
2365          * Gets the value of the value property.
2366          *
2367          * @return possible object is {@link String }
2368          *
2369          */
2370         public String getValue()
2371         {
2372           return value;
2373         }
2374
2375         /**
2376          * Sets the value of the value property.
2377          *
2378          * @param value
2379          *          allowed object is {@link String }
2380          *
2381          */
2382         public void setValue(String value)
2383         {
2384           this.value = value;
2385         }
2386
2387         /**
2388          * Gets the value of the visible property.
2389          *
2390          * @return possible object is {@link Boolean }
2391          *
2392          */
2393         public Boolean isVisible()
2394         {
2395           return visible;
2396         }
2397
2398         /**
2399          * Sets the value of the visible property.
2400          *
2401          * @param value
2402          *          allowed object is {@link Boolean }
2403          *
2404          */
2405         public void setVisible(Boolean value)
2406         {
2407           this.visible = value;
2408         }
2409
2410         /**
2411          * Gets the value of the viewId property.
2412          *
2413          * @return possible object is {@link String }
2414          *
2415          */
2416         public String getViewId()
2417         {
2418           return viewId;
2419         }
2420
2421         /**
2422          * Sets the value of the viewId property.
2423          *
2424          * @param value
2425          *          allowed object is {@link String }
2426          *
2427          */
2428         public void setViewId(String value)
2429         {
2430           this.viewId = value;
2431         }
2432
2433         /**
2434          * Gets the value of the alignwithAlignPanel property.
2435          *
2436          * @return possible object is {@link Boolean }
2437          *
2438          */
2439         public boolean isAlignwithAlignPanel()
2440         {
2441           if (alignwithAlignPanel == null)
2442           {
2443             return true;
2444           }
2445           else
2446           {
2447             return alignwithAlignPanel;
2448           }
2449         }
2450
2451         /**
2452          * Sets the value of the alignwithAlignPanel property.
2453          *
2454          * @param value
2455          *          allowed object is {@link Boolean }
2456          *
2457          */
2458         public void setAlignwithAlignPanel(Boolean value)
2459         {
2460           this.alignwithAlignPanel = value;
2461         }
2462
2463         /**
2464          * Gets the value of the colourwithAlignPanel property.
2465          *
2466          * @return possible object is {@link Boolean }
2467          *
2468          */
2469         public boolean isColourwithAlignPanel()
2470         {
2471           if (colourwithAlignPanel == null)
2472           {
2473             return false;
2474           }
2475           else
2476           {
2477             return colourwithAlignPanel;
2478           }
2479         }
2480
2481         /**
2482          * Sets the value of the colourwithAlignPanel property.
2483          *
2484          * @param value
2485          *          allowed object is {@link Boolean }
2486          *
2487          */
2488         public void setColourwithAlignPanel(Boolean value)
2489         {
2490           this.colourwithAlignPanel = value;
2491         }
2492
2493         /**
2494          * Gets the value of the colourByJmol property.
2495          *
2496          * @return possible object is {@link Boolean }
2497          *
2498          */
2499         public boolean isColourByJmol()
2500         {
2501           if (colourByJmol == null)
2502           {
2503             return true;
2504           }
2505           else
2506           {
2507             return colourByJmol;
2508           }
2509         }
2510
2511         /**
2512          * Sets the value of the colourByJmol property.
2513          *
2514          * @param value
2515          *          allowed object is {@link Boolean }
2516          *
2517          */
2518         public void setColourByJmol(Boolean value)
2519         {
2520           this.colourByJmol = value;
2521         }
2522
2523         /**
2524          * Gets the value of the type property.
2525          *
2526          * @return possible object is {@link String }
2527          *
2528          */
2529         public String getType()
2530         {
2531           return type;
2532         }
2533
2534         /**
2535          * Sets the value of the type property.
2536          *
2537          * @param value
2538          *          allowed object is {@link String }
2539          *
2540          */
2541         public void setType(String value)
2542         {
2543           this.type = value;
2544         }
2545
2546         /**
2547          * Gets the value of the width property.
2548          *
2549          * @return possible object is {@link Integer }
2550          *
2551          */
2552         public Integer getWidth()
2553         {
2554           return width;
2555         }
2556
2557         /**
2558          * Sets the value of the width property.
2559          *
2560          * @param value
2561          *          allowed object is {@link Integer }
2562          *
2563          */
2564         public void setWidth(Integer value)
2565         {
2566           this.width = value;
2567         }
2568
2569         /**
2570          * Gets the value of the height property.
2571          *
2572          * @return possible object is {@link Integer }
2573          *
2574          */
2575         public Integer getHeight()
2576         {
2577           return height;
2578         }
2579
2580         /**
2581          * Sets the value of the height property.
2582          *
2583          * @param value
2584          *          allowed object is {@link Integer }
2585          *
2586          */
2587         public void setHeight(Integer value)
2588         {
2589           this.height = value;
2590         }
2591
2592         /**
2593          * Gets the value of the xpos property.
2594          *
2595          * @return possible object is {@link Integer }
2596          *
2597          */
2598         public Integer getXpos()
2599         {
2600           return xpos;
2601         }
2602
2603         /**
2604          * Sets the value of the xpos property.
2605          *
2606          * @param value
2607          *          allowed object is {@link Integer }
2608          *
2609          */
2610         public void setXpos(Integer value)
2611         {
2612           this.xpos = value;
2613         }
2614
2615         /**
2616          * Gets the value of the ypos property.
2617          *
2618          * @return possible object is {@link Integer }
2619          *
2620          */
2621         public Integer getYpos()
2622         {
2623           return ypos;
2624         }
2625
2626         /**
2627          * Sets the value of the ypos property.
2628          *
2629          * @param value
2630          *          allowed object is {@link Integer }
2631          *
2632          */
2633         public void setYpos(Integer value)
2634         {
2635           this.ypos = value;
2636         }
2637
2638       }
2639
2640     }
2641
2642     /**
2643      * <p>
2644      * Java class for anonymous complex type.
2645      *
2646      * <p>
2647      * The following schema fragment specifies the expected content contained
2648      * within this class.
2649      *
2650      * <pre>
2651      * &lt;complexType>
2652      *   &lt;complexContent>
2653      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2654      *       &lt;sequence>
2655      *         &lt;element name="secondaryStructure" maxOccurs="unbounded">
2656      *           &lt;complexType>
2657      *             &lt;complexContent>
2658      *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2659      *                 &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2660      *                 &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2661      *                 &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2662      *                 &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2663      *               &lt;/restriction>
2664      *             &lt;/complexContent>
2665      *           &lt;/complexType>
2666      *         &lt;/element>
2667      *       &lt;/sequence>
2668      *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
2669      *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2670      *       &lt;attribute name="viewId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2671      *       &lt;attribute name="dividerLocation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2672      *       &lt;attribute name="selectedRna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
2673      *     &lt;/restriction>
2674      *   &lt;/complexContent>
2675      * &lt;/complexType>
2676      * </pre>
2677      *
2678      *
2679      */
2680     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2681     @XmlType(name = "", propOrder = { "secondaryStructure" })
2682     public static class RnaViewer
2683     {
2684
2685       @XmlElement(namespace = "www.jalview.org", required = true)
2686       protected List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> secondaryStructure;
2687
2688       @XmlAttribute(name = "title")
2689       protected String title;
2690
2691       @XmlAttribute(name = "viewId")
2692       protected String viewId;
2693
2694       @XmlAttribute(name = "dividerLocation")
2695       protected Integer dividerLocation;
2696
2697       @XmlAttribute(name = "selectedRna")
2698       protected Integer selectedRna;
2699
2700       @XmlAttribute(name = "width")
2701       protected Integer width;
2702
2703       @XmlAttribute(name = "height")
2704       protected Integer height;
2705
2706       @XmlAttribute(name = "xpos")
2707       protected Integer xpos;
2708
2709       @XmlAttribute(name = "ypos")
2710       protected Integer ypos;
2711
2712       /**
2713        * Gets the value of the secondaryStructure property.
2714        *
2715        * <p>
2716        * This accessor method returns a reference to the live list, not a
2717        * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
2718        * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
2719        * <CODE>set</CODE> method for the secondaryStructure property.
2720        *
2721        * <p>
2722        * For example, to add a new item, do as follows:
2723        *
2724        * <pre>
2725        * getSecondaryStructure().add(newItem);
2726        * </pre>
2727        *
2728        *
2729        * <p>
2730        * Objects of the following type(s) are allowed in the list
2731        * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
2732        *
2733        *
2734        */
2735       public List<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure> getSecondaryStructure()
2736       {
2737         if (secondaryStructure == null)
2738         {
2739           secondaryStructure = new ArrayList<JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure>();
2740         }
2741         return this.secondaryStructure;
2742       }
2743
2744       /**
2745        * Gets the value of the title property.
2746        *
2747        * @return possible object is {@link String }
2748        *
2749        */
2750       public String getTitle()
2751       {
2752         return title;
2753       }
2754
2755       /**
2756        * Sets the value of the title property.
2757        *
2758        * @param value
2759        *          allowed object is {@link String }
2760        *
2761        */
2762       public void setTitle(String value)
2763       {
2764         this.title = value;
2765       }
2766
2767       /**
2768        * Gets the value of the viewId property.
2769        *
2770        * @return possible object is {@link String }
2771        *
2772        */
2773       public String getViewId()
2774       {
2775         return viewId;
2776       }
2777
2778       /**
2779        * Sets the value of the viewId property.
2780        *
2781        * @param value
2782        *          allowed object is {@link String }
2783        *
2784        */
2785       public void setViewId(String value)
2786       {
2787         this.viewId = value;
2788       }
2789
2790       /**
2791        * Gets the value of the dividerLocation property.
2792        *
2793        * @return possible object is {@link Integer }
2794        *
2795        */
2796       public Integer getDividerLocation()
2797       {
2798         return dividerLocation;
2799       }
2800
2801       /**
2802        * Sets the value of the dividerLocation property.
2803        *
2804        * @param value
2805        *          allowed object is {@link Integer }
2806        *
2807        */
2808       public void setDividerLocation(Integer value)
2809       {
2810         this.dividerLocation = value;
2811       }
2812
2813       /**
2814        * Gets the value of the selectedRna property.
2815        *
2816        * @return possible object is {@link Integer }
2817        *
2818        */
2819       public Integer getSelectedRna()
2820       {
2821         return selectedRna;
2822       }
2823
2824       /**
2825        * Sets the value of the selectedRna property.
2826        *
2827        * @param value
2828        *          allowed object is {@link Integer }
2829        *
2830        */
2831       public void setSelectedRna(Integer value)
2832       {
2833         this.selectedRna = value;
2834       }
2835
2836       /**
2837        * Gets the value of the width property.
2838        *
2839        * @return possible object is {@link Integer }
2840        *
2841        */
2842       public Integer getWidth()
2843       {
2844         return width;
2845       }
2846
2847       /**
2848        * Sets the value of the width property.
2849        *
2850        * @param value
2851        *          allowed object is {@link Integer }
2852        *
2853        */
2854       public void setWidth(Integer value)
2855       {
2856         this.width = value;
2857       }
2858
2859       /**
2860        * Gets the value of the height property.
2861        *
2862        * @return possible object is {@link Integer }
2863        *
2864        */
2865       public Integer getHeight()
2866       {
2867         return height;
2868       }
2869
2870       /**
2871        * Sets the value of the height property.
2872        *
2873        * @param value
2874        *          allowed object is {@link Integer }
2875        *
2876        */
2877       public void setHeight(Integer value)
2878       {
2879         this.height = value;
2880       }
2881
2882       /**
2883        * Gets the value of the xpos property.
2884        *
2885        * @return possible object is {@link Integer }
2886        *
2887        */
2888       public Integer getXpos()
2889       {
2890         return xpos;
2891       }
2892
2893       /**
2894        * Sets the value of the xpos property.
2895        *
2896        * @param value
2897        *          allowed object is {@link Integer }
2898        *
2899        */
2900       public void setXpos(Integer value)
2901       {
2902         this.xpos = value;
2903       }
2904
2905       /**
2906        * Gets the value of the ypos property.
2907        *
2908        * @return possible object is {@link Integer }
2909        *
2910        */
2911       public Integer getYpos()
2912       {
2913         return ypos;
2914       }
2915
2916       /**
2917        * Sets the value of the ypos property.
2918        *
2919        * @param value
2920        *          allowed object is {@link Integer }
2921        *
2922        */
2923       public void setYpos(Integer value)
2924       {
2925         this.ypos = value;
2926       }
2927
2928       /**
2929        * <p>
2930        * Java class for anonymous complex type.
2931        *
2932        * <p>
2933        * The following schema fragment specifies the expected content contained
2934        * within this class.
2935        *
2936        * <pre>
2937        * &lt;complexType>
2938        *   &lt;complexContent>
2939        *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
2940        *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2941        *       &lt;attribute name="annotationId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2942        *       &lt;attribute name="gapped" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
2943        *       &lt;attribute name="viewerState" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
2944        *     &lt;/restriction>
2945        *   &lt;/complexContent>
2946        * &lt;/complexType>
2947        * </pre>
2948        *
2949        *
2950        */
2951       @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
2952       @XmlType(name = "")
2953       public static class SecondaryStructure
2954       {
2955
2956         @XmlAttribute(name = "title")
2957         protected String title;
2958
2959         @XmlAttribute(name = "annotationId", required = true)
2960         protected String annotationId;
2961
2962         @XmlAttribute(name = "gapped")
2963         protected Boolean gapped;
2964
2965         @XmlAttribute(name = "viewerState")
2966         protected String viewerState;
2967
2968         /**
2969          * Gets the value of the title property.
2970          *
2971          * @return possible object is {@link String }
2972          *
2973          */
2974         public String getTitle()
2975         {
2976           return title;
2977         }
2978
2979         /**
2980          * Sets the value of the title property.
2981          *
2982          * @param value
2983          *          allowed object is {@link String }
2984          *
2985          */
2986         public void setTitle(String value)
2987         {
2988           this.title = value;
2989         }
2990
2991         /**
2992          * Gets the value of the annotationId property.
2993          *
2994          * @return possible object is {@link String }
2995          *
2996          */
2997         public String getAnnotationId()
2998         {
2999           return annotationId;
3000         }
3001
3002         /**
3003          * Sets the value of the annotationId property.
3004          *
3005          * @param value
3006          *          allowed object is {@link String }
3007          *
3008          */
3009         public void setAnnotationId(String value)
3010         {
3011           this.annotationId = value;
3012         }
3013
3014         /**
3015          * Gets the value of the gapped property.
3016          *
3017          * @return possible object is {@link Boolean }
3018          *
3019          */
3020         public Boolean isGapped()
3021         {
3022           return gapped;
3023         }
3024
3025         /**
3026          * Sets the value of the gapped property.
3027          *
3028          * @param value
3029          *          allowed object is {@link Boolean }
3030          *
3031          */
3032         public void setGapped(Boolean value)
3033         {
3034           this.gapped = value;
3035         }
3036
3037         /**
3038          * Gets the value of the viewerState property.
3039          *
3040          * @return possible object is {@link String }
3041          *
3042          */
3043         public String getViewerState()
3044         {
3045           return viewerState;
3046         }
3047
3048         /**
3049          * Sets the value of the viewerState property.
3050          *
3051          * @param value
3052          *          allowed object is {@link String }
3053          *
3054          */
3055         public void setViewerState(String value)
3056         {
3057           this.viewerState = value;
3058         }
3059
3060       }
3061
3062     }
3063
3064   }
3065
3066   /**
3067    * <p>
3068    * Java class for anonymous complex type.
3069    *
3070    * <p>
3071    * The following schema fragment specifies the expected content contained
3072    * within this class.
3073    *
3074    * <pre>
3075    * &lt;complexType>
3076    *   &lt;complexContent>
3077    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3078    *       &lt;sequence minOccurs="0">
3079    *         &lt;element name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
3080    *         &lt;element name="newick" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
3081    *       &lt;/sequence>
3082    *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
3083    *       &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3084    *       &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3085    *       &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3086    *       &lt;attribute name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
3087    *       &lt;attribute name="showBootstrap" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3088    *       &lt;attribute name="showDistances" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3089    *       &lt;attribute name="markUnlinked" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3090    *       &lt;attribute name="fitToWindow" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3091    *       &lt;attribute name="currentTree" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3092    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
3093    *     &lt;/restriction>
3094    *   &lt;/complexContent>
3095    * &lt;/complexType>
3096    * </pre>
3097    *
3098    *
3099    */
3100   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3101   @XmlType(name = "", propOrder = { "title", "newick" })
3102   public static class Tree
3103   {
3104
3105     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
3106     protected String title;
3107
3108     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
3109     protected String newick;
3110
3111     @XmlAttribute(name = "fontName")
3112     protected String fontName;
3113
3114     @XmlAttribute(name = "fontSize")
3115     protected Integer fontSize;
3116
3117     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
3118     protected Integer fontStyle;
3119
3120     @XmlAttribute(name = "threshold")
3121     protected Float threshold;
3122
3123     @XmlAttribute(name = "showBootstrap")
3124     protected Boolean showBootstrap;
3125
3126     @XmlAttribute(name = "showDistances")
3127     protected Boolean showDistances;
3128
3129     @XmlAttribute(name = "markUnlinked")
3130     protected Boolean markUnlinked;
3131
3132     @XmlAttribute(name = "fitToWindow")
3133     protected Boolean fitToWindow;
3134
3135     @XmlAttribute(name = "currentTree")
3136     protected Boolean currentTree;
3137
3138     @XmlAttribute(name = "id")
3139     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
3140     @XmlID
3141     @XmlSchemaType(name = "ID")
3142     protected String id;
3143
3144     @XmlAttribute(name = "width")
3145     protected Integer width;
3146
3147     @XmlAttribute(name = "height")
3148     protected Integer height;
3149
3150     @XmlAttribute(name = "xpos")
3151     protected Integer xpos;
3152
3153     @XmlAttribute(name = "ypos")
3154     protected Integer ypos;
3155
3156     /**
3157      * Gets the value of the title property.
3158      *
3159      * @return possible object is {@link String }
3160      *
3161      */
3162     public String getTitle()
3163     {
3164       return title;
3165     }
3166
3167     /**
3168      * Sets the value of the title property.
3169      *
3170      * @param value
3171      *          allowed object is {@link String }
3172      *
3173      */
3174     public void setTitle(String value)
3175     {
3176       this.title = value;
3177     }
3178
3179     /**
3180      * Gets the value of the newick property.
3181      *
3182      * @return possible object is {@link String }
3183      *
3184      */
3185     public String getNewick()
3186     {
3187       return newick;
3188     }
3189
3190     /**
3191      * Sets the value of the newick property.
3192      *
3193      * @param value
3194      *          allowed object is {@link String }
3195      *
3196      */
3197     public void setNewick(String value)
3198     {
3199       this.newick = value;
3200     }
3201
3202     /**
3203      * Gets the value of the fontName property.
3204      *
3205      * @return possible object is {@link String }
3206      *
3207      */
3208     public String getFontName()
3209     {
3210       return fontName;
3211     }
3212
3213     /**
3214      * Sets the value of the fontName property.
3215      *
3216      * @param value
3217      *          allowed object is {@link String }
3218      *
3219      */
3220     public void setFontName(String value)
3221     {
3222       this.fontName = value;
3223     }
3224
3225     /**
3226      * Gets the value of the fontSize property.
3227      *
3228      * @return possible object is {@link Integer }
3229      *
3230      */
3231     public Integer getFontSize()
3232     {
3233       return fontSize;
3234     }
3235
3236     /**
3237      * Sets the value of the fontSize property.
3238      *
3239      * @param value
3240      *          allowed object is {@link Integer }
3241      *
3242      */
3243     public void setFontSize(Integer value)
3244     {
3245       this.fontSize = value;
3246     }
3247
3248     /**
3249      * Gets the value of the fontStyle property.
3250      *
3251      * @return possible object is {@link Integer }
3252      *
3253      */
3254     public Integer getFontStyle()
3255     {
3256       return fontStyle;
3257     }
3258
3259     /**
3260      * Sets the value of the fontStyle property.
3261      *
3262      * @param value
3263      *          allowed object is {@link Integer }
3264      *
3265      */
3266     public void setFontStyle(Integer value)
3267     {
3268       this.fontStyle = value;
3269     }
3270
3271     /**
3272      * Gets the value of the threshold property.
3273      *
3274      * @return possible object is {@link Float }
3275      *
3276      */
3277     public Float getThreshold()
3278     {
3279       return threshold;
3280     }
3281
3282     /**
3283      * Sets the value of the threshold property.
3284      *
3285      * @param value
3286      *          allowed object is {@link Float }
3287      *
3288      */
3289     public void setThreshold(Float value)
3290     {
3291       this.threshold = value;
3292     }
3293
3294     /**
3295      * Gets the value of the showBootstrap property.
3296      *
3297      * @return possible object is {@link Boolean }
3298      *
3299      */
3300     public Boolean isShowBootstrap()
3301     {
3302       return showBootstrap;
3303     }
3304
3305     /**
3306      * Sets the value of the showBootstrap property.
3307      *
3308      * @param value
3309      *          allowed object is {@link Boolean }
3310      *
3311      */
3312     public void setShowBootstrap(Boolean value)
3313     {
3314       this.showBootstrap = value;
3315     }
3316
3317     /**
3318      * Gets the value of the showDistances property.
3319      *
3320      * @return possible object is {@link Boolean }
3321      *
3322      */
3323     public Boolean isShowDistances()
3324     {
3325       return showDistances;
3326     }
3327
3328     /**
3329      * Sets the value of the showDistances property.
3330      *
3331      * @param value
3332      *          allowed object is {@link Boolean }
3333      *
3334      */
3335     public void setShowDistances(Boolean value)
3336     {
3337       this.showDistances = value;
3338     }
3339
3340     /**
3341      * Gets the value of the markUnlinked property.
3342      *
3343      * @return possible object is {@link Boolean }
3344      *
3345      */
3346     public Boolean isMarkUnlinked()
3347     {
3348       return markUnlinked;
3349     }
3350
3351     /**
3352      * Sets the value of the markUnlinked property.
3353      *
3354      * @param value
3355      *          allowed object is {@link Boolean }
3356      *
3357      */
3358     public void setMarkUnlinked(Boolean value)
3359     {
3360       this.markUnlinked = value;
3361     }
3362
3363     /**
3364      * Gets the value of the fitToWindow property.
3365      *
3366      * @return possible object is {@link Boolean }
3367      *
3368      */
3369     public Boolean isFitToWindow()
3370     {
3371       return fitToWindow;
3372     }
3373
3374     /**
3375      * Sets the value of the fitToWindow property.
3376      *
3377      * @param value
3378      *          allowed object is {@link Boolean }
3379      *
3380      */
3381     public void setFitToWindow(Boolean value)
3382     {
3383       this.fitToWindow = value;
3384     }
3385
3386     /**
3387      * Gets the value of the currentTree property.
3388      *
3389      * @return possible object is {@link Boolean }
3390      *
3391      */
3392     public Boolean isCurrentTree()
3393     {
3394       return currentTree;
3395     }
3396
3397     /**
3398      * Sets the value of the currentTree property.
3399      *
3400      * @param value
3401      *          allowed object is {@link Boolean }
3402      *
3403      */
3404     public void setCurrentTree(Boolean value)
3405     {
3406       this.currentTree = value;
3407     }
3408
3409     /**
3410      * Gets the value of the id property.
3411      *
3412      * @return possible object is {@link String }
3413      *
3414      */
3415     public String getId()
3416     {
3417       return id;
3418     }
3419
3420     /**
3421      * Sets the value of the id property.
3422      *
3423      * @param value
3424      *          allowed object is {@link String }
3425      *
3426      */
3427     public void setId(String value)
3428     {
3429       this.id = value;
3430     }
3431
3432     /**
3433      * Gets the value of the width property.
3434      *
3435      * @return possible object is {@link Integer }
3436      *
3437      */
3438     public Integer getWidth()
3439     {
3440       return width;
3441     }
3442
3443     /**
3444      * Sets the value of the width property.
3445      *
3446      * @param value
3447      *          allowed object is {@link Integer }
3448      *
3449      */
3450     public void setWidth(Integer value)
3451     {
3452       this.width = value;
3453     }
3454
3455     /**
3456      * Gets the value of the height property.
3457      *
3458      * @return possible object is {@link Integer }
3459      *
3460      */
3461     public Integer getHeight()
3462     {
3463       return height;
3464     }
3465
3466     /**
3467      * Sets the value of the height property.
3468      *
3469      * @param value
3470      *          allowed object is {@link Integer }
3471      *
3472      */
3473     public void setHeight(Integer value)
3474     {
3475       this.height = value;
3476     }
3477
3478     /**
3479      * Gets the value of the xpos property.
3480      *
3481      * @return possible object is {@link Integer }
3482      *
3483      */
3484     public Integer getXpos()
3485     {
3486       return xpos;
3487     }
3488
3489     /**
3490      * Sets the value of the xpos property.
3491      *
3492      * @param value
3493      *          allowed object is {@link Integer }
3494      *
3495      */
3496     public void setXpos(Integer value)
3497     {
3498       this.xpos = value;
3499     }
3500
3501     /**
3502      * Gets the value of the ypos property.
3503      *
3504      * @return possible object is {@link Integer }
3505      *
3506      */
3507     public Integer getYpos()
3508     {
3509       return ypos;
3510     }
3511
3512     /**
3513      * Sets the value of the ypos property.
3514      *
3515      * @param value
3516      *          allowed object is {@link Integer }
3517      *
3518      */
3519     public void setYpos(Integer value)
3520     {
3521       this.ypos = value;
3522     }
3523
3524   }
3525
3526   /**
3527    * <p>
3528    * Java class for anonymous complex type.
3529    *
3530    * <p>
3531    * The following schema fragment specifies the expected content contained
3532    * within this class.
3533    *
3534    * <pre>
3535    * &lt;complexType>
3536    *   &lt;complexContent>
3537    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3538    *       &lt;sequence>
3539    *         &lt;element name="UserColourScheme" type="{www.jalview.org/colours}JalviewUserColours"/>
3540    *       &lt;/sequence>
3541    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3542    *     &lt;/restriction>
3543    *   &lt;/complexContent>
3544    * &lt;/complexType>
3545    * </pre>
3546    *
3547    *
3548    */
3549   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3550   @XmlType(name = "", propOrder = { "userColourScheme" })
3551   public static class UserColours
3552   {
3553
3554     @XmlElement(
3555       name = "UserColourScheme",
3556       namespace = "www.jalview.org",
3557       required = true)
3558     protected Object/*JalviewUserColours*/ userColourScheme;
3559
3560     @XmlAttribute(name = "id")
3561     protected String id;
3562
3563     /**
3564      * Gets the value of the userColourScheme property.
3565      *
3566      * @return possible object is {@link JalviewUserColours }
3567      *
3568      */
3569     public Object/*JalviewUserColours*/ getUserColourScheme()
3570     {
3571       return userColourScheme;
3572     }
3573
3574     /**
3575      * Sets the value of the userColourScheme property.
3576      *
3577      * @param value
3578      *          allowed object is {@link JalviewUserColours }
3579      *
3580      */
3581     public void setUserColourScheme(Object/*JalviewUserColours*/ value)
3582     {
3583       this.userColourScheme = value;
3584     }
3585
3586     /**
3587      * Gets the value of the id property.
3588      *
3589      * @return possible object is {@link String }
3590      *
3591      */
3592     public String getId()
3593     {
3594       return id;
3595     }
3596
3597     /**
3598      * Sets the value of the id property.
3599      *
3600      * @param value
3601      *          allowed object is {@link String }
3602      *
3603      */
3604     public void setId(String value)
3605     {
3606       this.id = value;
3607     }
3608
3609   }
3610
3611   /**
3612    * <p>
3613    * Java class for anonymous complex type.
3614    *
3615    * <p>
3616    * The following schema fragment specifies the expected content contained
3617    * within this class.
3618    *
3619    * <pre>
3620    * &lt;complexType>
3621    *   &lt;complexContent>
3622    *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3623    *       &lt;sequence>
3624    *         &lt;element name="AnnotationColours" type="{www.jalview.org}AnnotationColourScheme" minOccurs="0"/>
3625    *         &lt;element name="hiddenColumns" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
3626    *           &lt;complexType>
3627    *             &lt;complexContent>
3628    *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
3629    *                 &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3630    *                 &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3631    *               &lt;/restriction>
3632    *             &lt;/complexContent>
3633    *           &lt;/complexType>
3634    *         &lt;/element>
3635    *         &lt;element name="calcIdParam" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
3636    *           &lt;complexType>
3637    *             &lt;complexContent>
3638    *               &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
3639    *                 &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3640    *                 &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3641    *                 &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3642    *               &lt;/extension>
3643    *             &lt;/complexContent>
3644    *           &lt;/complexType>
3645    *         &lt;/element>
3646    *       &lt;/sequence>
3647    *       &lt;attGroup ref="{www.jalview.org}swingwindow"/>
3648    *       &lt;attribute name="conservationSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3649    *       &lt;attribute name="pidSelected" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3650    *       &lt;attribute name="bgColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3651    *       &lt;attribute name="consThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3652    *       &lt;attribute name="pidThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3653    *       &lt;attribute name="title" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3654    *       &lt;attribute name="showFullId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3655    *       &lt;attribute name="rightAlignIds" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3656    *       &lt;attribute name="showText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3657    *       &lt;attribute name="showColourText" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3658    *       &lt;attribute name="showUnconserved" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3659    *       &lt;attribute name="showBoxes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3660    *       &lt;attribute name="wrapAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3661    *       &lt;attribute name="renderGaps" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3662    *       &lt;attribute name="showSequenceFeatures" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3663    *       &lt;attribute name="showNPfeatureTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3664    *       &lt;attribute name="showDbRefTooltip" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3665    *       &lt;attribute name="followHighlight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3666    *       &lt;attribute name="followSelection" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3667    *       &lt;attribute name="showAnnotation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3668    *       &lt;attribute name="centreColumnLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3669    *       &lt;attribute name="showGroupConservation" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3670    *       &lt;attribute name="showGroupConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3671    *       &lt;attribute name="showConsensusHistogram" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3672    *       &lt;attribute name="showSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3673    *       &lt;attribute name="normaliseSequenceLogo" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
3674    *       &lt;attribute name="ignoreGapsinConsensus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3675    *       &lt;attribute name="startRes" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3676    *       &lt;attribute name="startSeq" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3677    *       &lt;attribute name="fontName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3678    *       &lt;attribute name="fontSize" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3679    *       &lt;attribute name="fontStyle" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3680    *       &lt;attribute name="scaleProteinAsCdna" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
3681    *       &lt;attribute name="viewName" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3682    *       &lt;attribute name="sequenceSetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3683    *       &lt;attribute name="gatheredViews" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
3684    *       &lt;attribute name="textCol1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3685    *       &lt;attribute name="textCol2" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3686    *       &lt;attribute name="textColThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
3687    *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}ID" />
3688    *       &lt;attribute name="complementId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
3689    *     &lt;/restriction>
3690    *   &lt;/complexContent>
3691    * &lt;/complexType>
3692    * </pre>
3693    *
3694    *
3695    */
3696   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
3697   @XmlType(
3698     name = "",
3699     propOrder =
3700     { "annotationColours", "hiddenColumns", "calcIdParam" })
3701   public static class Viewport
3702   {
3703
3704     @XmlElement(name = "AnnotationColours", namespace = "www.jalview.org")
3705     protected AnnotationColourScheme annotationColours;
3706
3707     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
3708     protected List<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns> hiddenColumns;
3709
3710     @XmlElement(namespace = "www.jalview.org")
3711     protected List<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam> calcIdParam;
3712
3713     @XmlAttribute(name = "conservationSelected")
3714     protected Boolean conservationSelected;
3715
3716     @XmlAttribute(name = "pidSelected")
3717     protected Boolean pidSelected;
3718
3719     @XmlAttribute(name = "bgColour")
3720     protected String bgColour;
3721
3722     @XmlAttribute(name = "consThreshold")
3723     protected Integer consThreshold;
3724
3725     @XmlAttribute(name = "pidThreshold")
3726     protected Integer pidThreshold;
3727
3728     @XmlAttribute(name = "title")
3729     protected String title;
3730
3731     @XmlAttribute(name = "showFullId")
3732     protected Boolean showFullId;
3733
3734     @XmlAttribute(name = "rightAlignIds")
3735     protected Boolean rightAlignIds;
3736
3737     @XmlAttribute(name = "showText")
3738     protected Boolean showText;
3739
3740     @XmlAttribute(name = "showColourText")
3741     protected Boolean showColourText;
3742
3743     @XmlAttribute(name = "showUnconserved")
3744     protected Boolean showUnconserved;
3745
3746     @XmlAttribute(name = "showBoxes")
3747     protected Boolean showBoxes;
3748
3749     @XmlAttribute(name = "wrapAlignment")
3750     protected Boolean wrapAlignment;
3751
3752     @XmlAttribute(name = "renderGaps")
3753     protected Boolean renderGaps;
3754
3755     @XmlAttribute(name = "showSequenceFeatures")
3756     protected Boolean showSequenceFeatures;
3757
3758     @XmlAttribute(name = "showNPfeatureTooltip")
3759     protected Boolean showNPfeatureTooltip;
3760
3761     @XmlAttribute(name = "showDbRefTooltip")
3762     protected Boolean showDbRefTooltip;
3763
3764     @XmlAttribute(name = "followHighlight")
3765     protected Boolean followHighlight;
3766
3767     @XmlAttribute(name = "followSelection")
3768     protected Boolean followSelection;
3769
3770     @XmlAttribute(name = "showAnnotation")
3771     protected Boolean showAnnotation;
3772
3773     @XmlAttribute(name = "centreColumnLabels")
3774     protected Boolean centreColumnLabels;
3775
3776     @XmlAttribute(name = "showGroupConservation")
3777     protected Boolean showGroupConservation;
3778
3779     @XmlAttribute(name = "showGroupConsensus")
3780     protected Boolean showGroupConsensus;
3781
3782     @XmlAttribute(name = "showConsensusHistogram")
3783     protected Boolean showConsensusHistogram;
3784
3785     @XmlAttribute(name = "showSequenceLogo")
3786     protected Boolean showSequenceLogo;
3787
3788     @XmlAttribute(name = "normaliseSequenceLogo")
3789     protected Boolean normaliseSequenceLogo;
3790
3791     @XmlAttribute(name = "ignoreGapsinConsensus")
3792     protected Boolean ignoreGapsinConsensus;
3793
3794     @XmlAttribute(name = "startRes")
3795     protected Integer startRes;
3796
3797     @XmlAttribute(name = "startSeq")
3798     protected Integer startSeq;
3799
3800     @XmlAttribute(name = "fontName")
3801     protected String fontName;
3802
3803     @XmlAttribute(name = "fontSize")
3804     protected Integer fontSize;
3805
3806     @XmlAttribute(name = "fontStyle")
3807     protected Integer fontStyle;
3808
3809     @XmlAttribute(name = "scaleProteinAsCdna")
3810     protected Boolean scaleProteinAsCdna;
3811
3812     @XmlAttribute(name = "viewName")
3813     protected String viewName;
3814
3815     @XmlAttribute(name = "sequenceSetId")
3816     protected String sequenceSetId;
3817
3818     @XmlAttribute(name = "gatheredViews")
3819     protected Boolean gatheredViews;
3820
3821     @XmlAttribute(name = "textCol1")
3822     protected Integer textCol1;
3823
3824     @XmlAttribute(name = "textCol2")
3825     protected Integer textCol2;
3826
3827     @XmlAttribute(name = "textColThreshold")
3828     protected Integer textColThreshold;
3829
3830     @XmlAttribute(name = "id")
3831     @XmlJavaTypeAdapter(CollapsedStringAdapter.class)
3832     @XmlID
3833     @XmlSchemaType(name = "ID")
3834     protected String id;
3835
3836     @XmlAttribute(name = "complementId")
3837     protected String complementId;
3838
3839     @XmlAttribute(name = "width")
3840     protected Integer width;
3841
3842     @XmlAttribute(name = "height")
3843     protected Integer height;
3844
3845     @XmlAttribute(name = "xpos")
3846     protected Integer xpos;
3847
3848     @XmlAttribute(name = "ypos")
3849     protected Integer ypos;
3850
3851     /**
3852      * Gets the value of the annotationColours property.
3853      *
3854      * @return possible object is {@link AnnotationColourScheme }
3855      *
3856      */
3857     public AnnotationColourScheme getAnnotationColours()
3858     {
3859       return annotationColours;
3860     }
3861
3862     /**
3863      * Sets the value of the annotationColours property.
3864      *
3865      * @param value
3866      *          allowed object is {@link AnnotationColourScheme }
3867      *
3868      */
3869     public void setAnnotationColours(AnnotationColourScheme value)
3870     {
3871       this.annotationColours = value;
3872     }
3873
3874     /**
3875      * Gets the value of the hiddenColumns property.
3876      *
3877      * <p>
3878      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
3879      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3880      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3881      * <CODE>set</CODE> method for the hiddenColumns property.
3882      *
3883      * <p>
3884      * For example, to add a new item, do as follows:
3885      *
3886      * <pre>
3887      * getHiddenColumns().add(newItem);
3888      * </pre>
3889      *
3890      *
3891      * <p>
3892      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
3893      * {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
3894      *
3895      *
3896      */
3897     public List<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns> getHiddenColumns()
3898     {
3899       if (hiddenColumns == null)
3900       {
3901         hiddenColumns = new ArrayList<JalviewModel.Viewport.HiddenColumns>();
3902       }
3903       return this.hiddenColumns;
3904     }
3905
3906     /**
3907      * Gets the value of the calcIdParam property.
3908      *
3909      * <p>
3910      * This accessor method returns a reference to the live list, not a
3911      * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
3912      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
3913      * <CODE>set</CODE> method for the calcIdParam property.
3914      *
3915      * <p>
3916      * For example, to add a new item, do as follows:
3917      *
3918      * <pre>
3919      * getCalcIdParam().add(newItem);
3920      * </pre>
3921      *
3922      *
3923      * <p>
3924      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
3925      * {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
3926      *
3927      *
3928      */
3929     public List<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam> getCalcIdParam()
3930     {
3931       if (calcIdParam == null)
3932       {
3933         calcIdParam = new ArrayList<JalviewModel.Viewport.CalcIdParam>();
3934       }
3935       return this.calcIdParam;
3936     }
3937
3938     /**
3939      * Gets the value of the conservationSelected property.
3940      *
3941      * @return possible object is {@link Boolean }
3942      *
3943      */
3944     public Boolean isConservationSelected()
3945     {
3946       return conservationSelected;
3947     }
3948
3949     /**
3950      * Sets the value of the conservationSelected property.
3951      *
3952      * @param value
3953      *          allowed object is {@link Boolean }
3954      *
3955      */
3956     public void setConservationSelected(Boolean value)
3957     {
3958       this.conservationSelected = value;
3959     }
3960
3961     /**
3962      * Gets the value of the pidSelected property.
3963      *
3964      * @return possible object is {@link Boolean }
3965      *
3966      */
3967     public Boolean isPidSelected()
3968     {
3969       return pidSelected;
3970     }
3971
3972     /**
3973      * Sets the value of the pidSelected property.
3974      *
3975      * @param value
3976      *          allowed object is {@link Boolean }
3977      *
3978      */
3979     public void setPidSelected(Boolean value)
3980     {
3981       this.pidSelected = value;
3982     }
3983
3984     /**
3985      * Gets the value of the bgColour property.
3986      *
3987      * @return possible object is {@link String }
3988      *
3989      */
3990     public String getBgColour()
3991     {
3992       return bgColour;
3993     }
3994
3995     /**
3996      * Sets the value of the bgColour property.
3997      *
3998      * @param value
3999      *          allowed object is {@link String }
4000      *
4001      */
4002     public void setBgColour(String value)
4003     {
4004       this.bgColour = value;
4005     }
4006
4007     /**
4008      * Gets the value of the consThreshold property.
4009      *
4010      * @return possible object is {@link Integer }
4011      *
4012      */
4013     public Integer getConsThreshold()
4014     {
4015       return consThreshold;
4016     }
4017
4018     /**
4019      * Sets the value of the consThreshold property.
4020      *
4021      * @param value
4022      *          allowed object is {@link Integer }
4023      *
4024      */
4025     public void setConsThreshold(Integer value)
4026     {
4027       this.consThreshold = value;
4028     }
4029
4030     /**
4031      * Gets the value of the pidThreshold property.
4032      *
4033      * @return possible object is {@link Integer }
4034      *
4035      */
4036     public Integer getPidThreshold()
4037     {
4038       return pidThreshold;
4039     }
4040
4041     /**
4042      * Sets the value of the pidThreshold property.
4043      *
4044      * @param value
4045      *          allowed object is {@link Integer }
4046      *
4047      */
4048     public void setPidThreshold(Integer value)
4049     {
4050       this.pidThreshold = value;
4051     }
4052
4053     /**
4054      * Gets the value of the title property.
4055      *
4056      * @return possible object is {@link String }
4057      *
4058      */
4059     public String getTitle()
4060     {
4061       return title;
4062     }
4063
4064     /**
4065      * Sets the value of the title property.
4066      *
4067      * @param value
4068      *          allowed object is {@link String }
4069      *
4070      */
4071     public void setTitle(String value)
4072     {
4073       this.title = value;
4074     }
4075
4076     /**
4077      * Gets the value of the showFullId property.
4078      *
4079      * @return possible object is {@link Boolean }
4080      *
4081      */
4082     public Boolean isShowFullId()
4083     {
4084       return showFullId;
4085     }
4086
4087     /**
4088      * Sets the value of the showFullId property.
4089      *
4090      * @param value
4091      *          allowed object is {@link Boolean }
4092      *
4093      */
4094     public void setShowFullId(Boolean value)
4095     {
4096       this.showFullId = value;
4097     }
4098
4099     /**
4100      * Gets the value of the rightAlignIds property.
4101      *
4102      * @return possible object is {@link Boolean }
4103      *
4104      */
4105     public Boolean isRightAlignIds()
4106     {
4107       return rightAlignIds;
4108     }
4109
4110     /**
4111      * Sets the value of the rightAlignIds property.
4112      *
4113      * @param value
4114      *          allowed object is {@link Boolean }
4115      *
4116      */
4117     public void setRightAlignIds(Boolean value)
4118     {
4119       this.rightAlignIds = value;
4120     }
4121
4122     /**
4123      * Gets the value of the showText property.
4124      *
4125      * @return possible object is {@link Boolean }
4126      *
4127      */
4128     public Boolean isShowText()
4129     {
4130       return showText;
4131     }
4132
4133     /**
4134      * Sets the value of the showText property.
4135      *
4136      * @param value
4137      *          allowed object is {@link Boolean }
4138      *
4139      */
4140     public void setShowText(Boolean value)
4141     {
4142       this.showText = value;
4143     }
4144
4145     /**
4146      * Gets the value of the showColourText property.
4147      *
4148      * @return possible object is {@link Boolean }
4149      *
4150      */
4151     public Boolean isShowColourText()
4152     {
4153       return showColourText;
4154     }
4155
4156     /**
4157      * Sets the value of the showColourText property.
4158      *
4159      * @param value
4160      *          allowed object is {@link Boolean }
4161      *
4162      */
4163     public void setShowColourText(Boolean value)
4164     {
4165       this.showColourText = value;
4166     }
4167
4168     /**
4169      * Gets the value of the showUnconserved property.
4170      *
4171      * @return possible object is {@link Boolean }
4172      *
4173      */
4174     public boolean isShowUnconserved()
4175     {
4176       if (showUnconserved == null)
4177       {
4178         return false;
4179       }
4180       else
4181       {
4182         return showUnconserved;
4183       }
4184     }
4185
4186     /**
4187      * Sets the value of the showUnconserved property.
4188      *
4189      * @param value
4190      *          allowed object is {@link Boolean }
4191      *
4192      */
4193     public void setShowUnconserved(Boolean value)
4194     {
4195       this.showUnconserved = value;
4196     }
4197
4198     /**
4199      * Gets the value of the showBoxes property.
4200      *
4201      * @return possible object is {@link Boolean }
4202      *
4203      */
4204     public Boolean isShowBoxes()
4205     {
4206       return showBoxes;
4207     }
4208
4209     /**
4210      * Sets the value of the showBoxes property.
4211      *
4212      * @param value
4213      *          allowed object is {@link Boolean }
4214      *
4215      */
4216     public void setShowBoxes(Boolean value)
4217     {
4218       this.showBoxes = value;
4219     }
4220
4221     /**
4222      * Gets the value of the wrapAlignment property.
4223      *
4224      * @return possible object is {@link Boolean }
4225      *
4226      */
4227     public Boolean isWrapAlignment()
4228     {
4229       return wrapAlignment;
4230     }
4231
4232     /**
4233      * Sets the value of the wrapAlignment property.
4234      *
4235      * @param value
4236      *          allowed object is {@link Boolean }
4237      *
4238      */
4239     public void setWrapAlignment(Boolean value)
4240     {
4241       this.wrapAlignment = value;
4242     }
4243
4244     /**
4245      * Gets the value of the renderGaps property.
4246      *
4247      * @return possible object is {@link Boolean }
4248      *
4249      */
4250     public Boolean isRenderGaps()
4251     {
4252       return renderGaps;
4253     }
4254
4255     /**
4256      * Sets the value of the renderGaps property.
4257      *
4258      * @param value
4259      *          allowed object is {@link Boolean }
4260      *
4261      */
4262     public void setRenderGaps(Boolean value)
4263     {
4264       this.renderGaps = value;
4265     }
4266
4267     /**
4268      * Gets the value of the showSequenceFeatures property.
4269      *
4270      * @return possible object is {@link Boolean }
4271      *
4272      */
4273     public Boolean isShowSequenceFeatures()
4274     {
4275       return showSequenceFeatures;
4276     }
4277
4278     /**
4279      * Sets the value of the showSequenceFeatures property.
4280      *
4281      * @param value
4282      *          allowed object is {@link Boolean }
4283      *
4284      */
4285     public void setShowSequenceFeatures(Boolean value)
4286     {
4287       this.showSequenceFeatures = value;
4288     }
4289
4290     /**
4291      * Gets the value of the showNPfeatureTooltip property.
4292      *
4293      * @return possible object is {@link Boolean }
4294      *
4295      */
4296     public Boolean isShowNPfeatureTooltip()
4297     {
4298       return showNPfeatureTooltip;
4299     }
4300
4301     /**
4302      * Sets the value of the showNPfeatureTooltip property.
4303      *
4304      * @param value
4305      *          allowed object is {@link Boolean }
4306      *
4307      */
4308     public void setShowNPfeatureTooltip(Boolean value)
4309     {
4310       this.showNPfeatureTooltip = value;
4311     }
4312
4313     /**
4314      * Gets the value of the showDbRefTooltip property.
4315      *
4316      * @return possible object is {@link Boolean }
4317      *
4318      */
4319     public Boolean isShowDbRefTooltip()
4320     {
4321       return showDbRefTooltip;
4322     }
4323
4324     /**
4325      * Sets the value of the showDbRefTooltip property.
4326      *
4327      * @param value
4328      *          allowed object is {@link Boolean }
4329      *
4330      */
4331     public void setShowDbRefTooltip(Boolean value)
4332     {
4333       this.showDbRefTooltip = value;
4334     }
4335
4336     /**
4337      * Gets the value of the followHighlight property.
4338      *
4339      * @return possible object is {@link Boolean }
4340      *
4341      */
4342     public boolean isFollowHighlight()
4343     {
4344       if (followHighlight == null)
4345       {
4346         return true;
4347       }
4348       else
4349       {
4350         return followHighlight;
4351       }
4352     }
4353
4354     /**
4355      * Sets the value of the followHighlight property.
4356      *
4357      * @param value
4358      *          allowed object is {@link Boolean }
4359      *
4360      */
4361     public void setFollowHighlight(Boolean value)
4362     {
4363       this.followHighlight = value;
4364     }
4365
4366     /**
4367      * Gets the value of the followSelection property.
4368      *
4369      * @return possible object is {@link Boolean }
4370      *
4371      */
4372     public boolean isFollowSelection()
4373     {
4374       if (followSelection == null)
4375       {
4376         return true;
4377       }
4378       else
4379       {
4380         return followSelection;
4381       }
4382     }
4383
4384     /**
4385      * Sets the value of the followSelection property.
4386      *
4387      * @param value
4388      *          allowed object is {@link Boolean }
4389      *
4390      */
4391     public void setFollowSelection(Boolean value)
4392     {
4393       this.followSelection = value;
4394     }
4395
4396     /**
4397      * Gets the value of the showAnnotation property.
4398      *
4399      * @return possible object is {@link Boolean }
4400      *
4401      */
4402     public Boolean isShowAnnotation()
4403     {
4404       return showAnnotation;
4405     }
4406
4407     /**
4408      * Sets the value of the showAnnotation property.
4409      *
4410      * @param value
4411      *          allowed object is {@link Boolean }
4412      *
4413      */
4414     public void setShowAnnotation(Boolean value)
4415     {
4416       this.showAnnotation = value;
4417     }
4418
4419     /**
4420      * Gets the value of the centreColumnLabels property.
4421      *
4422      * @return possible object is {@link Boolean }
4423      *
4424      */
4425     public boolean isCentreColumnLabels()
4426     {
4427       if (centreColumnLabels == null)
4428       {
4429         return false;
4430       }
4431       else
4432       {
4433         return centreColumnLabels;
4434       }
4435     }
4436
4437     /**
4438      * Sets the value of the centreColumnLabels property.
4439      *
4440      * @param value
4441      *          allowed object is {@link Boolean }
4442      *
4443      */
4444     public void setCentreColumnLabels(Boolean value)
4445     {
4446       this.centreColumnLabels = value;
4447     }
4448
4449     /**
4450      * Gets the value of the showGroupConservation property.
4451      *
4452      * @return possible object is {@link Boolean }
4453      *
4454      */
4455     public boolean isShowGroupConservation()
4456     {
4457       if (showGroupConservation == null)
4458       {
4459         return false;
4460       }
4461       else
4462       {
4463         return showGroupConservation;
4464       }
4465     }
4466
4467     /**
4468      * Sets the value of the showGroupConservation property.
4469      *
4470      * @param value
4471      *          allowed object is {@link Boolean }
4472      *
4473      */
4474     public void setShowGroupConservation(Boolean value)
4475     {
4476       this.showGroupConservation = value;
4477     }
4478
4479     /**
4480      * Gets the value of the showGroupConsensus property.
4481      *
4482      * @return possible object is {@link Boolean }
4483      *
4484      */
4485     public boolean isShowGroupConsensus()
4486     {
4487       if (showGroupConsensus == null)
4488       {
4489         return false;
4490       }
4491       else
4492       {
4493         return showGroupConsensus;
4494       }
4495     }
4496
4497     /**
4498      * Sets the value of the showGroupConsensus property.
4499      *
4500      * @param value
4501      *          allowed object is {@link Boolean }
4502      *
4503      */
4504     public void setShowGroupConsensus(Boolean value)
4505     {
4506       this.showGroupConsensus = value;
4507     }
4508
4509     /**
4510      * Gets the value of the showConsensusHistogram property.
4511      *
4512      * @return possible object is {@link Boolean }
4513      *
4514      */
4515     public boolean isShowConsensusHistogram()
4516     {
4517       if (showConsensusHistogram == null)
4518       {
4519         return true;
4520       }
4521       else
4522       {
4523         return showConsensusHistogram;
4524       }
4525     }
4526
4527     /**
4528      * Sets the value of the showConsensusHistogram property.
4529      *
4530      * @param value
4531      *          allowed object is {@link Boolean }
4532      *
4533      */
4534     public void setShowConsensusHistogram(Boolean value)
4535     {
4536       this.showConsensusHistogram = value;
4537     }
4538
4539     /**
4540      * Gets the value of the showSequenceLogo property.
4541      *
4542      * @return possible object is {@link Boolean }
4543      *
4544      */
4545     public boolean isShowSequenceLogo()
4546     {
4547       if (showSequenceLogo == null)
4548       {
4549         return false;
4550       }
4551       else
4552       {
4553         return showSequenceLogo;
4554       }
4555     }
4556
4557     /**
4558      * Sets the value of the showSequenceLogo property.
4559      *
4560      * @param value
4561      *          allowed object is {@link Boolean }
4562      *
4563      */
4564     public void setShowSequenceLogo(Boolean value)
4565     {
4566       this.showSequenceLogo = value;
4567     }
4568
4569     /**
4570      * Gets the value of the normaliseSequenceLogo property.
4571      *
4572      * @return possible object is {@link Boolean }
4573      *
4574      */
4575     public boolean isNormaliseSequenceLogo()
4576     {
4577       if (normaliseSequenceLogo == null)
4578       {
4579         return false;
4580       }
4581       else
4582       {
4583         return normaliseSequenceLogo;
4584       }
4585     }
4586
4587     /**
4588      * Sets the value of the normaliseSequenceLogo property.
4589      *
4590      * @param value
4591      *          allowed object is {@link Boolean }
4592      *
4593      */
4594     public void setNormaliseSequenceLogo(Boolean value)
4595     {
4596       this.normaliseSequenceLogo = value;
4597     }
4598
4599     /**
4600      * Gets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
4601      *
4602      * @return possible object is {@link Boolean }
4603      *
4604      */
4605     public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
4606     {
4607       if (ignoreGapsinConsensus == null)
4608       {
4609         return true;
4610       }
4611       else
4612       {
4613         return ignoreGapsinConsensus;
4614       }
4615     }
4616
4617     /**
4618      * Sets the value of the ignoreGapsinConsensus property.
4619      *
4620      * @param value
4621      *          allowed object is {@link Boolean }
4622      *
4623      */
4624     public void setIgnoreGapsinConsensus(Boolean value)
4625     {
4626       this.ignoreGapsinConsensus = value;
4627     }
4628
4629     /**
4630      * Gets the value of the startRes property.
4631      *
4632      * @return possible object is {@link Integer }
4633      *
4634      */
4635     public Integer getStartRes()
4636     {
4637       return startRes;
4638     }
4639
4640     /**
4641      * Sets the value of the startRes property.
4642      *
4643      * @param value
4644      *          allowed object is {@link Integer }
4645      *
4646      */
4647     public void setStartRes(Integer value)
4648     {
4649       this.startRes = value;
4650     }
4651
4652     /**
4653      * Gets the value of the startSeq property.
4654      *
4655      * @return possible object is {@link Integer }
4656      *
4657      */
4658     public Integer getStartSeq()
4659     {
4660       return startSeq;
4661     }
4662
4663     /**
4664      * Sets the value of the startSeq property.
4665      *
4666      * @param value
4667      *          allowed object is {@link Integer }
4668      *
4669      */
4670     public void setStartSeq(Integer value)
4671     {
4672       this.startSeq = value;
4673     }
4674
4675     /**
4676      * Gets the value of the fontName property.
4677      *
4678      * @return possible object is {@link String }
4679      *
4680      */
4681     public String getFontName()
4682     {
4683       return fontName;
4684     }
4685
4686     /**
4687      * Sets the value of the fontName property.
4688      *
4689      * @param value
4690      *          allowed object is {@link String }
4691      *
4692      */
4693     public void setFontName(String value)
4694     {
4695       this.fontName = value;
4696     }
4697
4698     /**
4699      * Gets the value of the fontSize property.
4700      *
4701      * @return possible object is {@link Integer }
4702      *
4703      */
4704     public Integer getFontSize()
4705     {
4706       return fontSize;
4707     }
4708
4709     /**
4710      * Sets the value of the fontSize property.
4711      *
4712      * @param value
4713      *          allowed object is {@link Integer }
4714      *
4715      */
4716     public void setFontSize(Integer value)
4717     {
4718       this.fontSize = value;
4719     }
4720
4721     /**
4722      * Gets the value of the fontStyle property.
4723      *
4724      * @return possible object is {@link Integer }
4725      *
4726      */
4727     public Integer getFontStyle()
4728     {
4729       return fontStyle;
4730     }
4731
4732     /**
4733      * Sets the value of the fontStyle property.
4734      *
4735      * @param value
4736      *          allowed object is {@link Integer }
4737      *
4738      */
4739     public void setFontStyle(Integer value)
4740     {
4741       this.fontStyle = value;
4742     }
4743
4744     /**
4745      * Gets the value of the scaleProteinAsCdna property.
4746      *
4747      * @return possible object is {@link Boolean }
4748      *
4749      */
4750     public boolean isScaleProteinAsCdna()
4751     {
4752       if (scaleProteinAsCdna == null)
4753       {
4754         return true;
4755       }
4756       else
4757       {
4758         return scaleProteinAsCdna;
4759       }
4760     }
4761
4762     /**
4763      * Sets the value of the scaleProteinAsCdna property.
4764      *
4765      * @param value
4766      *          allowed object is {@link Boolean }
4767      *
4768      */
4769     public void setScaleProteinAsCdna(Boolean value)
4770     {
4771       this.scaleProteinAsCdna = value;
4772     }
4773
4774     /**
4775      * Gets the value of the viewName property.
4776      *
4777      * @return possible object is {@link String }
4778      *
4779      */
4780     public String getViewName()
4781     {
4782       return viewName;
4783     }
4784
4785     /**
4786      * Sets the value of the viewName property.
4787      *
4788      * @param value
4789      *          allowed object is {@link String }
4790      *
4791      */
4792     public void setViewName(String value)
4793     {
4794       this.viewName = value;
4795     }
4796
4797     /**
4798      * Gets the value of the sequenceSetId property.
4799      *
4800      * @return possible object is {@link String }
4801      *
4802      */
4803     public String getSequenceSetId()
4804     {
4805       return sequenceSetId;
4806     }
4807
4808     /**
4809      * Sets the value of the sequenceSetId property.
4810      *
4811      * @param value
4812      *          allowed object is {@link String }
4813      *
4814      */
4815     public void setSequenceSetId(String value)
4816     {
4817       this.sequenceSetId = value;
4818     }
4819
4820     /**
4821      * Gets the value of the gatheredViews property.
4822      *
4823      * @return possible object is {@link Boolean }
4824      *
4825      */
4826     public Boolean isGatheredViews()
4827     {
4828       return gatheredViews;
4829     }
4830
4831     /**
4832      * Sets the value of the gatheredViews property.
4833      *
4834      * @param value
4835      *          allowed object is {@link Boolean }
4836      *
4837      */
4838     public void setGatheredViews(Boolean value)
4839     {
4840       this.gatheredViews = value;
4841     }
4842
4843     /**
4844      * Gets the value of the textCol1 property.
4845      *
4846      * @return possible object is {@link Integer }
4847      *
4848      */
4849     public Integer getTextCol1()
4850     {
4851       return textCol1;
4852     }
4853
4854     /**
4855      * Sets the value of the textCol1 property.
4856      *
4857      * @param value
4858      *          allowed object is {@link Integer }
4859      *
4860      */
4861     public void setTextCol1(Integer value)
4862     {
4863       this.textCol1 = value;
4864     }
4865
4866     /**
4867      * Gets the value of the textCol2 property.
4868      *
4869      * @return possible object is {@link Integer }
4870      *
4871      */
4872     public Integer getTextCol2()
4873     {
4874       return textCol2;
4875     }
4876
4877     /**
4878      * Sets the value of the textCol2 property.
4879      *
4880      * @param value
4881      *          allowed object is {@link Integer }
4882      *
4883      */
4884     public void setTextCol2(Integer value)
4885     {
4886       this.textCol2 = value;
4887     }
4888
4889     /**
4890      * Gets the value of the textColThreshold property.
4891      *
4892      * @return possible object is {@link Integer }
4893      *
4894      */
4895     public Integer getTextColThreshold()
4896     {
4897       return textColThreshold;
4898     }
4899
4900     /**
4901      * Sets the value of the textColThreshold property.
4902      *
4903      * @param value
4904      *          allowed object is {@link Integer }
4905      *
4906      */
4907     public void setTextColThreshold(Integer value)
4908     {
4909       this.textColThreshold = value;
4910     }
4911
4912     /**
4913      * Gets the value of the id property.
4914      *
4915      * @return possible object is {@link String }
4916      *
4917      */
4918     public String getId()
4919     {
4920       return id;
4921     }
4922
4923     /**
4924      * Sets the value of the id property.
4925      *
4926      * @param value
4927      *          allowed object is {@link String }
4928      *
4929      */
4930     public void setId(String value)
4931     {
4932       this.id = value;
4933     }
4934
4935     /**
4936      * Gets the value of the complementId property.
4937      *
4938      * @return possible object is {@link String }
4939      *
4940      */
4941     public String getComplementId()
4942     {
4943       return complementId;
4944     }
4945
4946     /**
4947      * Sets the value of the complementId property.
4948      *
4949      * @param value
4950      *          allowed object is {@link String }
4951      *
4952      */
4953     public void setComplementId(String value)
4954     {
4955       this.complementId = value;
4956     }
4957
4958     /**
4959      * Gets the value of the width property.
4960      *
4961      * @return possible object is {@link Integer }
4962      *
4963      */
4964     public Integer getWidth()
4965     {
4966       return width;
4967     }
4968
4969     /**
4970      * Sets the value of the width property.
4971      *
4972      * @param value
4973      *          allowed object is {@link Integer }
4974      *
4975      */
4976     public void setWidth(Integer value)
4977     {
4978       this.width = value;
4979     }
4980
4981     /**
4982      * Gets the value of the height property.
4983      *
4984      * @return possible object is {@link Integer }
4985      *
4986      */
4987     public Integer getHeight()
4988     {
4989       return height;
4990     }
4991
4992     /**
4993      * Sets the value of the height property.
4994      *
4995      * @param value
4996      *          allowed object is {@link Integer }
4997      *
4998      */
4999     public void setHeight(Integer value)
5000     {
5001       this.height = value;
5002     }
5003
5004     /**
5005      * Gets the value of the xpos property.
5006      *
5007      * @return possible object is {@link Integer }
5008      *
5009      */
5010     public Integer getXpos()
5011     {
5012       return xpos;
5013     }
5014
5015     /**
5016      * Sets the value of the xpos property.
5017      *
5018      * @param value
5019      *          allowed object is {@link Integer }
5020      *
5021      */
5022     public void setXpos(Integer value)
5023     {
5024       this.xpos = value;
5025     }
5026
5027     /**
5028      * Gets the value of the ypos property.
5029      *
5030      * @return possible object is {@link Integer }
5031      *
5032      */
5033     public Integer getYpos()
5034     {
5035       return ypos;
5036     }
5037
5038     /**
5039      * Sets the value of the ypos property.
5040      *
5041      * @param value
5042      *          allowed object is {@link Integer }
5043      *
5044      */
5045     public void setYpos(Integer value)
5046     {
5047       this.ypos = value;
5048     }
5049
5050     /**
5051      * <p>
5052      * Java class for anonymous complex type.
5053      *
5054      * <p>
5055      * The following schema fragment specifies the expected content contained
5056      * within this class.
5057      *
5058      * <pre>
5059      * &lt;complexType>
5060      *   &lt;complexContent>
5061      *     &lt;extension base="{www.jalview.org/xml/wsparamset}WebServiceParameterSet">
5062      *       &lt;attribute name="calcId" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
5063      *       &lt;attribute name="needsUpdate" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
5064      *       &lt;attribute name="autoUpdate" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
5065      *     &lt;/extension>
5066      *   &lt;/complexContent>
5067      * &lt;/complexType>
5068      * </pre>
5069      *
5070      *
5071      */
5072     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
5073     @XmlType(name = "")
5074     public static class CalcIdParam extends WebServiceParameterSet
5075     {
5076
5077       @XmlAttribute(name = "calcId", required = true)
5078       protected String calcId;
5079
5080       @XmlAttribute(name = "needsUpdate")
5081       protected Boolean needsUpdate;
5082
5083       @XmlAttribute(name = "autoUpdate", required = true)
5084       protected boolean autoUpdate;
5085
5086       /**
5087        * Gets the value of the calcId property.
5088        *
5089        * @return possible object is {@link String }
5090        *
5091        */
5092       public String getCalcId()
5093       {
5094         return calcId;
5095       }
5096
5097       /**
5098        * Sets the value of the calcId property.
5099        *
5100        * @param value
5101        *          allowed object is {@link String }
5102        *
5103        */
5104       public void setCalcId(String value)
5105       {
5106         this.calcId = value;
5107       }
5108
5109       /**
5110        * Gets the value of the needsUpdate property.
5111        *
5112        * @return possible object is {@link Boolean }
5113        *
5114        */
5115       public boolean isNeedsUpdate()
5116       {
5117         if (needsUpdate == null)
5118         {
5119           return false;
5120         }
5121         else
5122         {
5123           return needsUpdate;
5124         }
5125       }
5126
5127       /**
5128        * Sets the value of the needsUpdate property.
5129        *
5130        * @param value
5131        *          allowed object is {@link Boolean }
5132        *
5133        */
5134       public void setNeedsUpdate(Boolean value)
5135       {
5136         this.needsUpdate = value;
5137       }
5138
5139       /**
5140        * Gets the value of the autoUpdate property.
5141        *
5142        */
5143       public boolean isAutoUpdate()
5144       {
5145         return autoUpdate;
5146       }
5147
5148       /**
5149        * Sets the value of the autoUpdate property.
5150        *
5151        */
5152       public void setAutoUpdate(boolean value)
5153       {
5154         this.autoUpdate = value;
5155       }
5156
5157     }
5158
5159     /**
5160      * <p>
5161      * Java class for anonymous complex type.
5162      *
5163      * <p>
5164      * The following schema fragment specifies the expected content contained
5165      * within this class.
5166      *
5167      * <pre>
5168      * &lt;complexType>
5169      *   &lt;complexContent>
5170      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
5171      *       &lt;attribute name="start" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5172      *       &lt;attribute name="end" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
5173      *     &lt;/restriction>
5174      *   &lt;/complexContent>
5175      * &lt;/complexType>
5176      * </pre>
5177      *
5178      *
5179      */
5180     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
5181     @XmlType(name = "")
5182     public static class HiddenColumns
5183     {
5184
5185       @XmlAttribute(name = "start")
5186       protected Integer start;
5187
5188       @XmlAttribute(name = "end")
5189       protected Integer end;
5190
5191       /**
5192        * Gets the value of the start property.
5193        *
5194        * @return possible object is {@link Integer }
5195        *
5196        */
5197       public Integer getStart()
5198       {
5199         return start;
5200       }
5201
5202       /**
5203        * Sets the value of the start property.
5204        *
5205        * @param value
5206        *          allowed object is {@link Integer }
5207        *
5208        */
5209       public void setStart(Integer value)
5210       {
5211         this.start = value;
5212       }
5213
5214       /**
5215        * Gets the value of the end property.
5216        *
5217        * @return possible object is {@link Integer }
5218        *
5219        */
5220       public Integer getEnd()
5221       {
5222         return end;
5223       }
5224
5225       /**
5226        * Sets the value of the end property.
5227        *
5228        * @param value
5229        *          allowed object is {@link Integer }
5230        *
5231        */
5232       public void setEnd(Integer value)
5233       {
5234         this.end = value;
5235       }
5236
5237     }
5238
5239   }
5240
5241 }