src/jalview/xml/binding/jalviewBH/SequenceSet.java

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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalviewBH;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * <p>Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * <pre>
  27  * &lt;complexType>
  28  *   &lt;complexContent>
  29  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  30  *       &lt;sequence>
  31  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  32  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  33  *         &lt;element name="sequenceSetProperties" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
  34  *           &lt;complexType>
  35  *             &lt;complexContent>
  36  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
  37  *                 &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  38  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  39  *               &lt;/restriction>
  40  *             &lt;/complexContent>
  41  *           &lt;/complexType>
  42  *         &lt;/element>
  43  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
  44  *       &lt;/sequence>
  45  *       &lt;attribute name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  46  *       &lt;attribute name="datasetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  47  *     &lt;/restriction>
  48  *   &lt;/complexContent>
  49  * &lt;/complexType>
  50  * </pre>
  51  *
  52  *
  53  */
  54 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  55 @XmlType(name = "", propOrder = {
  56     "sequence",
  57     "annotation",
  58     "sequenceSetProperties",
  59     "alcodonFrame"
  60 })
  61 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
  62 public class SequenceSet {
  63
  64         // BH testing here
  65         private class Sequence {}
  66         private class Annotation {}
  67         private class AlcodonFrame {}
  68         //
  69
  70     @XmlElement(name = "Sequence")
  71     protected List<Sequence> sequence;
  72     @XmlElement(name = "Annotation")
  73     protected List<Annotation> annotation;
  74     protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
  75     @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
  76     protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
  77     @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
  78     protected String gapChar;
  79     @XmlAttribute(name = "datasetId")
  80     protected String datasetId;
  81
  82     /**
  83      * Gets the value of the sequence property.
  84      *
  85      * <p>
  86      * This accessor method returns a reference to the live list,
  87      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  88      * returned list will be present inside the JAXB object.
  89      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the sequence property.
  90      *
  91      * <p>
  92      * For example, to add a new item, do as follows:
  93      * <pre>
  94      *    getSequence().add(newItem);
  95      * </pre>
  96      *
  97      *
  98      * <p>
  99      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 100      * {@link Sequence }
 101      *
 102      *
 103      */
 104     public List<Sequence> getSequence() {
 105         if (sequence == null) {
 106             sequence = new ArrayList<Sequence>();
 107         }
 108         return this.sequence;
 109     }
 110
 111     /**
 112      * Gets the value of the annotation property.
 113      *
 114      * <p>
 115      * This accessor method returns a reference to the live list,
 116      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 117      * returned list will be present inside the JAXB object.
 118      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the annotation property.
 119      *
 120      * <p>
 121      * For example, to add a new item, do as follows:
 122      * <pre>
 123      *    getAnnotation().add(newItem);
 124      * </pre>
 125      *
 126      *
 127      * <p>
 128      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 129      * {@link Annotation }
 130      *
 131      *
 132      */
 133     public List<Annotation> getAnnotation() {
 134         if (annotation == null) {
 135             annotation = new ArrayList<Annotation>();
 136         }
 137         return this.annotation;
 138     }
 139
 140     /**
 141      * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
 142      *
 143      * <p>
 144      * This accessor method returns a reference to the live list,
 145      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 146      * returned list will be present inside the JAXB object.
 147      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the sequenceSetProperties property.
 148      *
 149      * <p>
 150      * For example, to add a new item, do as follows:
 151      * <pre>
 152      *    getSequenceSetProperties().add(newItem);
 153      * </pre>
 154      *
 155      *
 156      * <p>
 157      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 158      * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
 159      *
 160      *
 161      */
 162     public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties() {
 163         if (sequenceSetProperties == null) {
 164             sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
 165         }
 166         return this.sequenceSetProperties;
 167     }
 168
 169     /**
 170      * Gets the value of the alcodonFrame property.
 171      *
 172      * <p>
 173      * This accessor method returns a reference to the live list,
 174      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 175      * returned list will be present inside the JAXB object.
 176      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the alcodonFrame property.
 177      *
 178      * <p>
 179      * For example, to add a new item, do as follows:
 180      * <pre>
 181      *    getAlcodonFrame().add(newItem);
 182      * </pre>
 183      *
 184      *
 185      * <p>
 186      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 187      * {@link AlcodonFrame }
 188      *
 189      *
 190      */
 191     public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame() {
 192         if (alcodonFrame == null) {
 193             alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
 194         }
 195         return this.alcodonFrame;
 196     }
 197
 198     /**
 199      * Gets the value of the gapChar property.
 200      *
 201      * @return
 202      *     possible object is
 203      *     {@link String }
 204      *
 205      */
 206     public String getGapChar() {
 207         return gapChar;
 208     }
 209
 210     /**
 211      * Sets the value of the gapChar property.
 212      *
 213      * @param value
 214      *     allowed object is
 215      *     {@link String }
 216      *
 217      */
 218     public void setGapChar(String value) {
 219         this.gapChar = value;
 220     }
 221
 222     /**
 223      * Gets the value of the datasetId property.
 224      *
 225      * @return
 226      *     possible object is
 227      *     {@link String }
 228      *
 229      */
 230     public String getDatasetId() {
 231         return datasetId;
 232     }
 233
 234     /**
 235      * Sets the value of the datasetId property.
 236      *
 237      * @param value
 238      *     allowed object is
 239      *     {@link String }
 240      *
 241      */
 242     public void setDatasetId(String value) {
 243         this.datasetId = value;
 244     }
 245
 246
 247     /**
 248      * <p>Java class for anonymous complex type.
 249      *
 250      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 251      *
 252      * <pre>
 253      * &lt;complexType>
 254      *   &lt;complexContent>
 255      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
 256      *       &lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 257      *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
 258      *     &lt;/restriction>
 259      *   &lt;/complexContent>
 260      * &lt;/complexType>
 261      * </pre>
 262      *
 263      *
 264      */
 265     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 266     @XmlType(name = "")
 267     public static class SequenceSetProperties {
 268
 269         @XmlAttribute(name = "key")
 270         protected String key;
 271         @XmlAttribute(name = "value")
 272         protected String value;
 273
 274         /**
 275          * Gets the value of the key property.
 276          *
 277          * @return
 278          *     possible object is
 279          *     {@link String }
 280          *
 281          */
 282         public String getKey() {
 283             return key;
 284         }
 285
 286         /**
 287          * Sets the value of the key property.
 288          *
 289          * @param value
 290          *     allowed object is
 291          *     {@link String }
 292          *
 293          */
 294         public void setKey(String value) {
 295             this.key = value;
 296         }
 297
 298         /**
 299          * Gets the value of the value property.
 300          *
 301          * @return
 302          *     possible object is
 303          *     {@link String }
 304          *
 305          */
 306         public String getValue() {
 307             return value;
 308         }
 309
 310         /**
 311          * Sets the value of the value property.
 312          *
 313          * @param value
 314          *     allowed object is
 315          *     {@link String }
 316          *
 317          */
 318         public void setValue(String value) {
 319             this.value = value;
 320         }
 321
 322     }
 323
 324 }