src/org/biojava/dasobert/das2/io/DasSourceReaderImpl.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
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   7  * see:
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  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Feb 24, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2.io;
  24
  25 import java.io.InputStream;
  26 import java.net.HttpURLConnection;
  27 import java.net.URL;
  28
  29
  30 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  31 import javax.xml.parsers.SAXParser;
  32 import javax.xml.parsers.SAXParserFactory;
  33
  34 //import org.biojava.dasobert.das.AlignmentThread;
  35 import org.biojava.dasobert.das.DAS_FeatureRetrieve;
  36 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;
  37 import org.xml.sax.InputSource;
  38 import org.xml.sax.SAXException;
  39 import org.xml.sax.SAXNotRecognizedException;
  40 import org.xml.sax.XMLReader;
  41
  42 public class DasSourceReaderImpl implements DasSourceReader {
  43
  44     Exception loggedException;
  45
  46     public DasSourceReaderImpl() {
  47         super();
  48         loggedException = null;
  49
  50         // open the stream to a server and then parse the result ...
  51     }
  52
  53     private InputStream open(URL url)
  54     throws java.io.IOException, java.net.ConnectException
  55     {
  56         InputStream inStream = null;
  57
  58
  59         HttpURLConnection huc = DAS_FeatureRetrieve.openHttpURLConnection(url);
  60
  61         inStream = huc.getInputStream();
  62
  63         return inStream;
  64
  65     }
  66
  67
  68     public DasSource[] readDasSource(URL url){
  69         DasSource[] sources = new DasSource[0];
  70
  71         try {
  72             InputStream stream = open(url);
  73
  74             sources = readDasSource(stream);
  75         } catch (Exception e){
  76             e.printStackTrace();
  77             loggedException = e;
  78         }
  79         return sources;
  80     }
  81
  82     /** read a DAS2 sources response and return a list of DAS sources.
  83      *
  84      */
  85     public DasSource[] readDasSource(InputStream stream)  {
  86
  87         DasSource[] sources = new DasSource[0];
  88
  89         try {
  90         SAXParserFactory spfactory =
  91             SAXParserFactory.newInstance();
  92
  93         spfactory.setValidating(false);
  94
  95         SAXParser saxParser = null ;
  96
  97         try{
  98             saxParser =
  99                 spfactory.newSAXParser();
 100         } catch (ParserConfigurationException e) {
 101             e.printStackTrace();
 102             loggedException = e;
 103         }
 104
 105         String vali = System.getProperty("XMLVALIDATION");
 106
 107         boolean validation = false ;
 108         if ( vali != null )
 109             if ( vali.equals("true") )
 110                 validation = true ;
 111
 112
 113         XMLReader xmlreader = saxParser.getXMLReader();
 114
 115         //XMLReader xmlreader = XMLReaderFactory.createXMLReader();
 116         try {
 117             xmlreader.setFeature("http://xml.org/sax/features/validation", validation);
 118         } catch (SAXException e) {
 119             //logger.log(Level.FINE,"Cannot set validation " + validation);
 120         }
 121
 122         try {
 123             xmlreader.setFeature("http://apache.org/xml/features/nonvalidating/load-external-dtd",validation);
 124         } catch (SAXNotRecognizedException e){
 125             e.printStackTrace();
 126             //logger.log(Level.FINE,"Cannot set load-external-dtd "+validation);
 127
 128         }
 129
 130         DAS2SourceHandler cont_handle = new DAS2SourceHandler() ;
 131
 132         xmlreader.setContentHandler(cont_handle);
 133         xmlreader.setErrorHandler(new org.xml.sax.helpers.DefaultHandler());
 134         InputSource insource = new InputSource() ;
 135         insource.setByteStream(stream);
 136
 137
 138         xmlreader.parse(insource);
 139         sources = cont_handle.getSources();
 140
 141
 142
 143         } catch (Exception e) {
 144             e.printStackTrace();
 145             loggedException = e;
 146         }
 147         return sources;
 148     }
 149
 150     public Exception getLoggedException(){
 151         return loggedException;
 152     }
 153
 154     public static void main (String[] args){
 155         String url = "http://www.spice-3d.org/dasregistry/das2/sources/";
 156         DasSourceReaderImpl reader = new DasSourceReaderImpl();
 157         try {
 158             URL u = new URL(url);
 159             DasSource[] sources = reader.readDasSource(u);
 160             for (int i=0; i< sources.length;i++){
 161                 DasSource ds = sources[i];
 162                 System.out.println(ds.toString());
 163             }
 164
 165         } catch (Exception e){
 166             e.printStackTrace();
 167         }
 168
 169     }
 170
 171
 172
 173 }