src/org/vamsas/objects/core/DataSet.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.9M2</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package org.vamsas.objects.core;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import java.io.IOException;
  15 import java.io.Reader;
  16 import java.io.Serializable;
  17 import java.io.Writer;
  18 import java.util.Enumeration;
  19 import java.util.Vector;
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;
  25
  26 /**
  27  * Class DataSet.
  28  *
  29  * @version $Revision$ $Date$
  30  */
  31 public class DataSet extends org.vamsas.client.Vobject
  32 implements java.io.Serializable
  33 {
  34
  35
  36       //--------------------------/
  37      //- Class/Member Variables -/
  38     //--------------------------/
  39
  40     /**
  41      * Primary Key for vamsas object referencing
  42      *
  43      */
  44     private java.lang.String _id;
  45
  46     /**
  47      * Field _sequenceList
  48      */
  49     private java.util.Vector _sequenceList;
  50
  51     /**
  52      * Field _dataSetAnnotationsList
  53      */
  54     private java.util.Vector _dataSetAnnotationsList;
  55
  56     /**
  57      * Field _alignmentList
  58      */
  59     private java.util.Vector _alignmentList;
  60
  61     /**
  62      * Field _treeList
  63      */
  64     private java.util.Vector _treeList;
  65
  66     /**
  67      * Field _provenance
  68      */
  69     private org.vamsas.objects.core.Provenance _provenance;
  70
  71
  72       //----------------/
  73      //- Constructors -/
  74     //----------------/
  75
  76     public DataSet()
  77      {
  78         super();
  79         _sequenceList = new Vector();
  80         _dataSetAnnotationsList = new Vector();
  81         _alignmentList = new Vector();
  82         _treeList = new Vector();
  83     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSet()
  84
  85
  86       //-----------/
  87      //- Methods -/
  88     //-----------/
  89
  90     /**
  91      * Method addAlignment
  92      *
  93      *
  94      *
  95      * @param vAlignment
  96      */
  97     public void addAlignment(org.vamsas.objects.core.Alignment vAlignment)
  98         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
  99     {
 100         _alignmentList.addElement(vAlignment);
 101     } //-- void addAlignment(org.vamsas.objects.core.Alignment)
 102
 103     /**
 104      * Method addAlignment
 105      *
 106      *
 107      *
 108      * @param index
 109      * @param vAlignment
 110      */
 111     public void addAlignment(int index, org.vamsas.objects.core.Alignment vAlignment)
 112         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 113     {
 114         _alignmentList.insertElementAt(vAlignment, index);
 115     } //-- void addAlignment(int, org.vamsas.objects.core.Alignment)
 116
 117     /**
 118      * Method addDataSetAnnotations
 119      *
 120      *
 121      *
 122      * @param vDataSetAnnotations
 123      */
 124     public void addDataSetAnnotations(org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations vDataSetAnnotations)
 125         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 126     {
 127         _dataSetAnnotationsList.addElement(vDataSetAnnotations);
 128     } //-- void addDataSetAnnotations(org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations)
 129
 130     /**
 131      * Method addDataSetAnnotations
 132      *
 133      *
 134      *
 135      * @param index
 136      * @param vDataSetAnnotations
 137      */
 138     public void addDataSetAnnotations(int index, org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations vDataSetAnnotations)
 139         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 140     {
 141         _dataSetAnnotationsList.insertElementAt(vDataSetAnnotations, index);
 142     } //-- void addDataSetAnnotations(int, org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations)
 143
 144     /**
 145      * Method addSequence
 146      *
 147      *
 148      *
 149      * @param vSequence
 150      */
 151     public void addSequence(org.vamsas.objects.core.Sequence vSequence)
 152         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 153     {
 154         _sequenceList.addElement(vSequence);
 155     } //-- void addSequence(org.vamsas.objects.core.Sequence)
 156
 157     /**
 158      * Method addSequence
 159      *
 160      *
 161      *
 162      * @param index
 163      * @param vSequence
 164      */
 165     public void addSequence(int index, org.vamsas.objects.core.Sequence vSequence)
 166         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 167     {
 168         _sequenceList.insertElementAt(vSequence, index);
 169     } //-- void addSequence(int, org.vamsas.objects.core.Sequence)
 170
 171     /**
 172      * Method addTree
 173      *
 174      *
 175      *
 176      * @param vTree
 177      */
 178     public void addTree(org.vamsas.objects.core.Tree vTree)
 179         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 180     {
 181         _treeList.addElement(vTree);
 182     } //-- void addTree(org.vamsas.objects.core.Tree)
 183
 184     /**
 185      * Method addTree
 186      *
 187      *
 188      *
 189      * @param index
 190      * @param vTree
 191      */
 192     public void addTree(int index, org.vamsas.objects.core.Tree vTree)
 193         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 194     {
 195         _treeList.insertElementAt(vTree, index);
 196     } //-- void addTree(int, org.vamsas.objects.core.Tree)
 197
 198     /**
 199      * Method enumerateAlignment
 200      *
 201      *
 202      *
 203      * @return Enumeration
 204      */
 205     public java.util.Enumeration enumerateAlignment()
 206     {
 207         return _alignmentList.elements();
 208     } //-- java.util.Enumeration enumerateAlignment()
 209
 210     /**
 211      * Method enumerateDataSetAnnotations
 212      *
 213      *
 214      *
 215      * @return Enumeration
 216      */
 217     public java.util.Enumeration enumerateDataSetAnnotations()
 218     {
 219         return _dataSetAnnotationsList.elements();
 220     } //-- java.util.Enumeration enumerateDataSetAnnotations()
 221
 222     /**
 223      * Method enumerateSequence
 224      *
 225      *
 226      *
 227      * @return Enumeration
 228      */
 229     public java.util.Enumeration enumerateSequence()
 230     {
 231         return _sequenceList.elements();
 232     } //-- java.util.Enumeration enumerateSequence()
 233
 234     /**
 235      * Method enumerateTree
 236      *
 237      *
 238      *
 239      * @return Enumeration
 240      */
 241     public java.util.Enumeration enumerateTree()
 242     {
 243         return _treeList.elements();
 244     } //-- java.util.Enumeration enumerateTree()
 245
 246     /**
 247      * Note: hashCode() has not been overriden
 248      *
 249      * @param obj
 250      * @return boolean
 251      */
 252     public boolean equals(java.lang.Object obj)
 253     {
 254         if ( this == obj )
 255             return true;
 256
 257         if (super.equals(obj)==false)
 258             return false;
 259
 260         if (obj instanceof DataSet) {
 261
 262             DataSet temp = (DataSet)obj;
 263             if (this._id != null) {
 264                 if (temp._id == null) return false;
 265                 else if (!(this._id.equals(temp._id)))
 266                     return false;
 267             }
 268             else if (temp._id != null)
 269                 return false;
 270             if (this._sequenceList != null) {
 271                 if (temp._sequenceList == null) return false;
 272                 else if (!(this._sequenceList.equals(temp._sequenceList)))
 273                     return false;
 274             }
 275             else if (temp._sequenceList != null)
 276                 return false;
 277             if (this._dataSetAnnotationsList != null) {
 278                 if (temp._dataSetAnnotationsList == null) return false;
 279                 else if (!(this._dataSetAnnotationsList.equals(temp._dataSetAnnotationsList)))
 280                     return false;
 281             }
 282             else if (temp._dataSetAnnotationsList != null)
 283                 return false;
 284             if (this._alignmentList != null) {
 285                 if (temp._alignmentList == null) return false;
 286                 else if (!(this._alignmentList.equals(temp._alignmentList)))
 287                     return false;
 288             }
 289             else if (temp._alignmentList != null)
 290                 return false;
 291             if (this._treeList != null) {
 292                 if (temp._treeList == null) return false;
 293                 else if (!(this._treeList.equals(temp._treeList)))
 294                     return false;
 295             }
 296             else if (temp._treeList != null)
 297                 return false;
 298             if (this._provenance != null) {
 299                 if (temp._provenance == null) return false;
 300                 else if (!(this._provenance.equals(temp._provenance)))
 301                     return false;
 302             }
 303             else if (temp._provenance != null)
 304                 return false;
 305             return true;
 306         }
 307         return false;
 308     } //-- boolean equals(java.lang.Object)
 309
 310     /**
 311      * Method getAlignment
 312      *
 313      *
 314      *
 315      * @param index
 316      * @return Alignment
 317      */
 318     public org.vamsas.objects.core.Alignment getAlignment(int index)
 319         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 320     {
 321         //-- check bounds for index
 322         if ((index < 0) || (index > _alignmentList.size())) {
 323             throw new IndexOutOfBoundsException("getAlignment: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_alignmentList.size()+ "]");
 324         }
 325
 326         return (org.vamsas.objects.core.Alignment) _alignmentList.elementAt(index);
 327     } //-- org.vamsas.objects.core.Alignment getAlignment(int)
 328
 329     /**
 330      * Method getAlignment
 331      *
 332      *
 333      *
 334      * @return Alignment
 335      */
 336     public org.vamsas.objects.core.Alignment[] getAlignment()
 337     {
 338         int size = _alignmentList.size();
 339         org.vamsas.objects.core.Alignment[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Alignment[size];
 340         for (int index = 0; index < size; index++) {
 341             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Alignment) _alignmentList.elementAt(index);
 342         }
 343         return mArray;
 344     } //-- org.vamsas.objects.core.Alignment[] getAlignment()
 345
 346     /**
 347      * Method getAlignmentCount
 348      *
 349      *
 350      *
 351      * @return int
 352      */
 353     public int getAlignmentCount()
 354     {
 355         return _alignmentList.size();
 356     } //-- int getAlignmentCount()
 357
 358     /**
 359      * Method getDataSetAnnotations
 360      *
 361      *
 362      *
 363      * @param index
 364      * @return DataSetAnnotations
 365      */
 366     public org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations getDataSetAnnotations(int index)
 367         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 368     {
 369         //-- check bounds for index
 370         if ((index < 0) || (index > _dataSetAnnotationsList.size())) {
 371             throw new IndexOutOfBoundsException("getDataSetAnnotations: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_dataSetAnnotationsList.size()+ "]");
 372         }
 373
 374         return (org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) _dataSetAnnotationsList.elementAt(index);
 375     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations getDataSetAnnotations(int)
 376
 377     /**
 378      * Method getDataSetAnnotations
 379      *
 380      *
 381      *
 382      * @return DataSetAnnotations
 383      */
 384     public org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[] getDataSetAnnotations()
 385     {
 386         int size = _dataSetAnnotationsList.size();
 387         org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[] mArray = new org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[size];
 388         for (int index = 0; index < size; index++) {
 389             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) _dataSetAnnotationsList.elementAt(index);
 390         }
 391         return mArray;
 392     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[] getDataSetAnnotations()
 393
 394     /**
 395      * Method getDataSetAnnotationsCount
 396      *
 397      *
 398      *
 399      * @return int
 400      */
 401     public int getDataSetAnnotationsCount()
 402     {
 403         return _dataSetAnnotationsList.size();
 404     } //-- int getDataSetAnnotationsCount()
 405
 406     /**
 407      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 408      * following description: Primary Key for vamsas object
 409      * referencing
 410      *
 411      *
 412      * @return String
 413      * @return the value of field 'id'.
 414      */
 415     public java.lang.String getId()
 416     {
 417         return this._id;
 418     } //-- java.lang.String getId()
 419
 420     /**
 421      * Returns the value of field 'provenance'.
 422      *
 423      * @return Provenance
 424      * @return the value of field 'provenance'.
 425      */
 426     public org.vamsas.objects.core.Provenance getProvenance()
 427     {
 428         return this._provenance;
 429     } //-- org.vamsas.objects.core.Provenance getProvenance()
 430
 431     /**
 432      * Method getSequence
 433      *
 434      *
 435      *
 436      * @param index
 437      * @return Sequence
 438      */
 439     public org.vamsas.objects.core.Sequence getSequence(int index)
 440         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 441     {
 442         //-- check bounds for index
 443         if ((index < 0) || (index > _sequenceList.size())) {
 444             throw new IndexOutOfBoundsException("getSequence: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_sequenceList.size()+ "]");
 445         }
 446
 447         return (org.vamsas.objects.core.Sequence) _sequenceList.elementAt(index);
 448     } //-- org.vamsas.objects.core.Sequence getSequence(int)
 449
 450     /**
 451      * Method getSequence
 452      *
 453      *
 454      *
 455      * @return Sequence
 456      */
 457     public org.vamsas.objects.core.Sequence[] getSequence()
 458     {
 459         int size = _sequenceList.size();
 460         org.vamsas.objects.core.Sequence[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Sequence[size];
 461         for (int index = 0; index < size; index++) {
 462             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Sequence) _sequenceList.elementAt(index);
 463         }
 464         return mArray;
 465     } //-- org.vamsas.objects.core.Sequence[] getSequence()
 466
 467     /**
 468      * Method getSequenceCount
 469      *
 470      *
 471      *
 472      * @return int
 473      */
 474     public int getSequenceCount()
 475     {
 476         return _sequenceList.size();
 477     } //-- int getSequenceCount()
 478
 479     /**
 480      * Method getTree
 481      *
 482      *
 483      *
 484      * @param index
 485      * @return Tree
 486      */
 487     public org.vamsas.objects.core.Tree getTree(int index)
 488         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 489     {
 490         //-- check bounds for index
 491         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {
 492             throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_treeList.size()+ "]");
 493         }
 494
 495         return (org.vamsas.objects.core.Tree) _treeList.elementAt(index);
 496     } //-- org.vamsas.objects.core.Tree getTree(int)
 497
 498     /**
 499      * Method getTree
 500      *
 501      *
 502      *
 503      * @return Tree
 504      */
 505     public org.vamsas.objects.core.Tree[] getTree()
 506     {
 507         int size = _treeList.size();
 508         org.vamsas.objects.core.Tree[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Tree[size];
 509         for (int index = 0; index < size; index++) {
 510             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Tree) _treeList.elementAt(index);
 511         }
 512         return mArray;
 513     } //-- org.vamsas.objects.core.Tree[] getTree()
 514
 515     /**
 516      * Method getTreeCount
 517      *
 518      *
 519      *
 520      * @return int
 521      */
 522     public int getTreeCount()
 523     {
 524         return _treeList.size();
 525     } //-- int getTreeCount()
 526
 527     /**
 528      * Method isValid
 529      *
 530      *
 531      *
 532      * @return boolean
 533      */
 534     public boolean isValid()
 535     {
 536         try {
 537             validate();
 538         }
 539         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 540             return false;
 541         }
 542         return true;
 543     } //-- boolean isValid()
 544
 545     /**
 546      * Method marshal
 547      *
 548      *
 549      *
 550      * @param out
 551      */
 552     public void marshal(java.io.Writer out)
 553         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
 554     {
 555
 556         Marshaller.marshal(this, out);
 557     } //-- void marshal(java.io.Writer)
 558
 559     /**
 560      * Method marshal
 561      *
 562      *
 563      *
 564      * @param handler
 565      */
 566     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)
 567         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
 568     {
 569
 570         Marshaller.marshal(this, handler);
 571     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)
 572
 573     /**
 574      * Method removeAlignment
 575      *
 576      *
 577      *
 578      * @param index
 579      * @return Alignment
 580      */
 581     public org.vamsas.objects.core.Alignment removeAlignment(int index)
 582     {
 583         java.lang.Object obj = _alignmentList.elementAt(index);
 584         _alignmentList.removeElementAt(index);
 585         return (org.vamsas.objects.core.Alignment) obj;
 586     } //-- org.vamsas.objects.core.Alignment removeAlignment(int)
 587
 588     /**
 589      * Method removeAllAlignment
 590      *
 591      */
 592     public void removeAllAlignment()
 593     {
 594         _alignmentList.removeAllElements();
 595     } //-- void removeAllAlignment()
 596
 597     /**
 598      * Method removeAllDataSetAnnotations
 599      *
 600      */
 601     public void removeAllDataSetAnnotations()
 602     {
 603         _dataSetAnnotationsList.removeAllElements();
 604     } //-- void removeAllDataSetAnnotations()
 605
 606     /**
 607      * Method removeAllSequence
 608      *
 609      */
 610     public void removeAllSequence()
 611     {
 612         _sequenceList.removeAllElements();
 613     } //-- void removeAllSequence()
 614
 615     /**
 616      * Method removeAllTree
 617      *
 618      */
 619     public void removeAllTree()
 620     {
 621         _treeList.removeAllElements();
 622     } //-- void removeAllTree()
 623
 624     /**
 625      * Method removeDataSetAnnotations
 626      *
 627      *
 628      *
 629      * @param index
 630      * @return DataSetAnnotations
 631      */
 632     public org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations removeDataSetAnnotations(int index)
 633     {
 634         java.lang.Object obj = _dataSetAnnotationsList.elementAt(index);
 635         _dataSetAnnotationsList.removeElementAt(index);
 636         return (org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) obj;
 637     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations removeDataSetAnnotations(int)
 638
 639     /**
 640      * Method removeSequence
 641      *
 642      *
 643      *
 644      * @param index
 645      * @return Sequence
 646      */
 647     public org.vamsas.objects.core.Sequence removeSequence(int index)
 648     {
 649         java.lang.Object obj = _sequenceList.elementAt(index);
 650         _sequenceList.removeElementAt(index);
 651         return (org.vamsas.objects.core.Sequence) obj;
 652     } //-- org.vamsas.objects.core.Sequence removeSequence(int)
 653
 654     /**
 655      * Method removeTree
 656      *
 657      *
 658      *
 659      * @param index
 660      * @return Tree
 661      */
 662     public org.vamsas.objects.core.Tree removeTree(int index)
 663     {
 664         java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);
 665         _treeList.removeElementAt(index);
 666         return (org.vamsas.objects.core.Tree) obj;
 667     } //-- org.vamsas.objects.core.Tree removeTree(int)
 668
 669     /**
 670      * Method setAlignment
 671      *
 672      *
 673      *
 674      * @param index
 675      * @param vAlignment
 676      */
 677     public void setAlignment(int index, org.vamsas.objects.core.Alignment vAlignment)
 678         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 679     {
 680         //-- check bounds for index
 681         if ((index < 0) || (index > _alignmentList.size())) {
 682             throw new IndexOutOfBoundsException("setAlignment: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_alignmentList.size()+ "]");
 683         }
 684         _alignmentList.setElementAt(vAlignment, index);
 685     } //-- void setAlignment(int, org.vamsas.objects.core.Alignment)
 686
 687     /**
 688      * Method setAlignment
 689      *
 690      *
 691      *
 692      * @param alignmentArray
 693      */
 694     public void setAlignment(org.vamsas.objects.core.Alignment[] alignmentArray)
 695     {
 696         //-- copy array
 697         _alignmentList.removeAllElements();
 698         for (int i = 0; i < alignmentArray.length; i++) {
 699             _alignmentList.addElement(alignmentArray[i]);
 700         }
 701     } //-- void setAlignment(org.vamsas.objects.core.Alignment)
 702
 703     /**
 704      * Method setDataSetAnnotations
 705      *
 706      *
 707      *
 708      * @param index
 709      * @param vDataSetAnnotations
 710      */
 711     public void setDataSetAnnotations(int index, org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations vDataSetAnnotations)
 712         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 713     {
 714         //-- check bounds for index
 715         if ((index < 0) || (index > _dataSetAnnotationsList.size())) {
 716             throw new IndexOutOfBoundsException("setDataSetAnnotations: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_dataSetAnnotationsList.size()+ "]");
 717         }
 718         _dataSetAnnotationsList.setElementAt(vDataSetAnnotations, index);
 719     } //-- void setDataSetAnnotations(int, org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations)
 720
 721     /**
 722      * Method setDataSetAnnotations
 723      *
 724      *
 725      *
 726      * @param dataSetAnnotationsArray
 727      */
 728     public void setDataSetAnnotations(org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[] dataSetAnnotationsArray)
 729     {
 730         //-- copy array
 731         _dataSetAnnotationsList.removeAllElements();
 732         for (int i = 0; i < dataSetAnnotationsArray.length; i++) {
 733             _dataSetAnnotationsList.addElement(dataSetAnnotationsArray[i]);
 734         }
 735     } //-- void setDataSetAnnotations(org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations)
 736
 737     /**
 738      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
 739      * following description: Primary Key for vamsas object
 740      * referencing
 741      *
 742      *
 743      * @param id the value of field 'id'.
 744      */
 745     public void setId(java.lang.String id)
 746     {
 747         this._id = id;
 748     } //-- void setId(java.lang.String)
 749
 750     /**
 751      * Sets the value of field 'provenance'.
 752      *
 753      * @param provenance the value of field 'provenance'.
 754      */
 755     public void setProvenance(org.vamsas.objects.core.Provenance provenance)
 756     {
 757         this._provenance = provenance;
 758     } //-- void setProvenance(org.vamsas.objects.core.Provenance)
 759
 760     /**
 761      * Method setSequence
 762      *
 763      *
 764      *
 765      * @param index
 766      * @param vSequence
 767      */
 768     public void setSequence(int index, org.vamsas.objects.core.Sequence vSequence)
 769         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 770     {
 771         //-- check bounds for index
 772         if ((index < 0) || (index > _sequenceList.size())) {
 773             throw new IndexOutOfBoundsException("setSequence: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_sequenceList.size()+ "]");
 774         }
 775         _sequenceList.setElementAt(vSequence, index);
 776     } //-- void setSequence(int, org.vamsas.objects.core.Sequence)
 777
 778     /**
 779      * Method setSequence
 780      *
 781      *
 782      *
 783      * @param sequenceArray
 784      */
 785     public void setSequence(org.vamsas.objects.core.Sequence[] sequenceArray)
 786     {
 787         //-- copy array
 788         _sequenceList.removeAllElements();
 789         for (int i = 0; i < sequenceArray.length; i++) {
 790             _sequenceList.addElement(sequenceArray[i]);
 791         }
 792     } //-- void setSequence(org.vamsas.objects.core.Sequence)
 793
 794     /**
 795      * Method setTree
 796      *
 797      *
 798      *
 799      * @param index
 800      * @param vTree
 801      */
 802     public void setTree(int index, org.vamsas.objects.core.Tree vTree)
 803         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 804     {
 805         //-- check bounds for index
 806         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {
 807             throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '"+index+"' not in range [0.."+_treeList.size()+ "]");
 808         }
 809         _treeList.setElementAt(vTree, index);
 810     } //-- void setTree(int, org.vamsas.objects.core.Tree)
 811
 812     /**
 813      * Method setTree
 814      *
 815      *
 816      *
 817      * @param treeArray
 818      */
 819     public void setTree(org.vamsas.objects.core.Tree[] treeArray)
 820     {
 821         //-- copy array
 822         _treeList.removeAllElements();
 823         for (int i = 0; i < treeArray.length; i++) {
 824             _treeList.addElement(treeArray[i]);
 825         }
 826     } //-- void setTree(org.vamsas.objects.core.Tree)
 827
 828     /**
 829      * Method unmarshal
 830      *
 831      *
 832      *
 833      * @param reader
 834      * @return DataSet
 835      */
 836     public static org.vamsas.objects.core.DataSet unmarshal(java.io.Reader reader)
 837         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException
 838     {
 839         return (org.vamsas.objects.core.DataSet) Unmarshaller.unmarshal(org.vamsas.objects.core.DataSet.class, reader);
 840     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSet unmarshal(java.io.Reader)
 841
 842     /**
 843      * Method validate
 844      *
 845      */
 846     public void validate()
 847         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 848     {
 849         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 850         validator.validate(this);
 851     } //-- void validate()
 852
 853 }