src/org/vamsas/objects/utils/SeqSet.java

   1 /*
   2  * Created on 17-May-2005
   3  *
   4  * TODO To change the template for this generated file go to
   5  * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates
   6  */
   7 package org.vamsas.objects.utils;
   8
   9 import java.io.BufferedReader;
  10 import java.io.BufferedWriter;
  11 import java.io.IOException;
  12 import java.io.InputStream;
  13 import java.io.InputStreamReader;
  14 import java.io.OutputStream;
  15 import java.io.OutputStreamWriter;
  16 import java.util.Hashtable;
  17 import java.util.Vector;
  18 import java.util.regex.Pattern;
  19
  20 import vamsas.objects.simple.Sequence;
  21
  22 /**
  23  * @author jimp
  24  *
  25  * TODO To change the template for this generated type comment go to
  26  * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates
  27  */
  28 public class SeqSet extends vamsas.objects.simple.SequenceSet {
  29
  30   public static void write_Fasta(OutputStream os, Sequence[] seqs) throws IOException {
  31     write_Fasta(os, seqs, 80);
  32   }
  33
  34   public static void write_Fasta(OutputStream os, Sequence[] seqs, boolean width80) throws IOException {
  35     write_Fasta(os, seqs, (width80) ? 80 : 0);
  36   }
  37
  38   public static void write_Fasta(OutputStream os, Sequence[] seqs, int width) throws IOException {
  39     int i, nseq = seqs.length;
  40     BufferedWriter fasta_out = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(os));
  41     for (i=0; i<nseq; i++) {
  42       fasta_out.write(">"+seqs[i].getId()+"\n");
  43       if (width<=0) {
  44         fasta_out.write(seqs[i].getSeq()+"\n");
  45       } else {
  46         String tempseq = seqs[i].getSeq();
  47         int j=0, k=tempseq.length();
  48         while (j<k) {
  49           int d = k-j;
  50           if (d>=width) {
  51             fasta_out.write(tempseq, j, width);
  52           } else {
  53             fasta_out.write(tempseq, j, d);
  54           }
  55           fasta_out.write("\n");
  56           j+=width;
  57         }
  58       }
  59     }
  60     fasta_out.flush();
  61   }
  62   /**
  63    * TODO: introduce a dictionary parameter for qualified sequence symbols
  64    * Reads a sequence set from a stream - will only read prescribed amino acid
  65    * symbols.
  66    * @param os
  67    * @return
  68    * @throws IOException
  69    */
  70   public static Sequence[] read_SeqFasta(InputStream os) throws IOException {
  71     Vector seqs = new Vector();
  72     int nseq = 0;
  73     BufferedReader infasta = new BufferedReader(new InputStreamReader(os));
  74
  75     /// TODO: decide on where this routine should live... current best guess is vamsas.objects.io
  76     String line;
  77     Sequence seq = null;
  78     Pattern aaMatch = Pattern.compile("[ARNDCQEGHILKMFPSTUWYV]", Pattern.CASE_INSENSITIVE);
  79     String sname = "", seqstr=null;
  80     do {
  81       line = infasta.readLine();
  82       if (line==null || line.startsWith(">")) {
  83         if (seqstr!=null)
  84           seqs.add((Object) new Sequence(sname.substring(1), seqstr));
  85         sname = line; // remove >
  86         seqstr="";
  87       } else {
  88         String subseq = Pattern.compile("//s+").matcher(line).replaceAll("");
  89         seqstr += subseq;
  90       }
  91     } while (line!=null);
  92     nseq = seqs.size();
  93     if (nseq>0) {
  94       // TODO:POSS: should really return a sequence if there's only one in the file.
  95       Sequence[] seqset = new Sequence[nseq];
  96       for (int i=0; i<nseq; i++) {
  97         seqset[i] = (Sequence) seqs.elementAt(i);
  98       }
  99       return seqset;
 100     }
 101
 102     return null;
 103   }
 104
 105   public static Hashtable uniquify(Sequence[] sequences) {
 106     // Generate a safely named sequence set and a hash to recover the sequence names
 107     Hashtable map = new Hashtable();
 108     for (int i = 0; i < sequences.length; i++) {
 109       String safename = new String("Sequence" + i);
 110       map.put(safename, sequences[i].getId());
 111       sequences[i].setId(safename);
 112     }
 113     return map;
 114   }
 115
 116   public static boolean deuniquify(Hashtable map, Sequence[] sequences) {
 117     // recover unsafe sequence names for a sequence set
 118     boolean allfound = true;
 119     for (int i = 0; i < sequences.length; i++) {
 120       if (map.containsKey(sequences[i].getId())) {
 121         String unsafename = (String) map.get(sequences[i].getId());
 122         sequences[i].setId(unsafename);
 123       } else {
 124         allfound = false;
 125       }
 126     }
 127     return allfound;
 128   }
 129
 130 }