src/uk/ac/vamsas/objects/core/Entry.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package uk.ac.vamsas.objects.core;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class Entry.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class Entry extends uk.ac.vamsas.client.Vobject
  23 implements java.io.Serializable
  24 {
  25
  26
  27       //--------------------------/
  28      //- Class/Member Variables -/
  29     //--------------------------/
  30
  31     /**
  32      * Primary Key for vamsas object referencing
  33      *
  34      */
  35     private java.lang.String _id;
  36
  37     /**
  38      * Who
  39      */
  40     private java.lang.String _user;
  41
  42     /**
  43      * With which application
  44      */
  45     private java.lang.String _app;
  46
  47     /**
  48      * Did what
  49      */
  50     private java.lang.String _action;
  51
  52     /**
  53      * When : TODO: change to dateTime for release
  54      */
  55     private org.exolab.castor.types.Date _date;
  56
  57     /**
  58      * additional information
  59      */
  60     private java.util.Vector _propertyList;
  61
  62     /**
  63      * parameter for the action
  64      */
  65     private java.util.Vector _paramList;
  66
  67     /**
  68      * bioinformatic objects input to action
  69      *
  70      */
  71     private java.util.Vector _inputList;
  72
  73
  74       //----------------/
  75      //- Constructors -/
  76     //----------------/
  77
  78     public Entry() {
  79         super();
  80         this._propertyList = new java.util.Vector();
  81         this._paramList = new java.util.Vector();
  82         this._inputList = new java.util.Vector();
  83     }
  84
  85
  86       //-----------/
  87      //- Methods -/
  88     //-----------/
  89
  90     /**
  91      *
  92      *
  93      * @param vInput
  94      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  95      * given is outside the bounds of the collection
  96      */
  97     public void addInput(
  98             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input vInput)
  99     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 100         this._inputList.addElement(vInput);
 101     }
 102
 103     /**
 104      *
 105      *
 106      * @param index
 107      * @param vInput
 108      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 109      * given is outside the bounds of the collection
 110      */
 111     public void addInput(
 112             final int index,
 113             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input vInput)
 114     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 115         this._inputList.add(index, vInput);
 116     }
 117
 118     /**
 119      *
 120      *
 121      * @param vParam
 122      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 123      * given is outside the bounds of the collection
 124      */
 125     public void addParam(
 126             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param vParam)
 127     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 128         this._paramList.addElement(vParam);
 129     }
 130
 131     /**
 132      *
 133      *
 134      * @param index
 135      * @param vParam
 136      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 137      * given is outside the bounds of the collection
 138      */
 139     public void addParam(
 140             final int index,
 141             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param vParam)
 142     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 143         this._paramList.add(index, vParam);
 144     }
 145
 146     /**
 147      *
 148      *
 149      * @param vProperty
 150      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 151      * given is outside the bounds of the collection
 152      */
 153     public void addProperty(
 154             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)
 155     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 156         this._propertyList.addElement(vProperty);
 157     }
 158
 159     /**
 160      *
 161      *
 162      * @param index
 163      * @param vProperty
 164      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 165      * given is outside the bounds of the collection
 166      */
 167     public void addProperty(
 168             final int index,
 169             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)
 170     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 171         this._propertyList.add(index, vProperty);
 172     }
 173
 174     /**
 175      * Method enumerateInput.
 176      *
 177      * @return an Enumeration over all
 178      * uk.ac.vamsas.objects.core.Input elements
 179      */
 180     public java.util.Enumeration enumerateInput(
 181     ) {
 182         return this._inputList.elements();
 183     }
 184
 185     /**
 186      * Method enumerateParam.
 187      *
 188      * @return an Enumeration over all
 189      * uk.ac.vamsas.objects.core.Param elements
 190      */
 191     public java.util.Enumeration enumerateParam(
 192     ) {
 193         return this._paramList.elements();
 194     }
 195
 196     /**
 197      * Method enumerateProperty.
 198      *
 199      * @return an Enumeration over all
 200      * uk.ac.vamsas.objects.core.Property elements
 201      */
 202     public java.util.Enumeration enumerateProperty(
 203     ) {
 204         return this._propertyList.elements();
 205     }
 206
 207     /**
 208      * Overrides the java.lang.Object.equals method.
 209      *
 210      * @param obj
 211      * @return true if the objects are equal.
 212      */
 213     public boolean equals(
 214             final java.lang.Object obj) {
 215         if ( this == obj )
 216             return true;
 217
 218         if (super.equals(obj)==false)
 219             return false;
 220
 221         if (obj instanceof Entry) {
 222
 223             Entry temp = (Entry)obj;
 224             if (this._id != null) {
 225                 if (temp._id == null) return false;
 226                 else if (!(this._id.equals(temp._id)))
 227                     return false;
 228             }
 229             else if (temp._id != null)
 230                 return false;
 231             if (this._user != null) {
 232                 if (temp._user == null) return false;
 233                 else if (!(this._user.equals(temp._user)))
 234                     return false;
 235             }
 236             else if (temp._user != null)
 237                 return false;
 238             if (this._app != null) {
 239                 if (temp._app == null) return false;
 240                 else if (!(this._app.equals(temp._app)))
 241                     return false;
 242             }
 243             else if (temp._app != null)
 244                 return false;
 245             if (this._action != null) {
 246                 if (temp._action == null) return false;
 247                 else if (!(this._action.equals(temp._action)))
 248                     return false;
 249             }
 250             else if (temp._action != null)
 251                 return false;
 252             if (this._date != null) {
 253                 if (temp._date == null) return false;
 254                 else if (!(this._date.equals(temp._date)))
 255                     return false;
 256             }
 257             else if (temp._date != null)
 258                 return false;
 259             if (this._propertyList != null) {
 260                 if (temp._propertyList == null) return false;
 261                 else if (!(this._propertyList.equals(temp._propertyList)))
 262                     return false;
 263             }
 264             else if (temp._propertyList != null)
 265                 return false;
 266             if (this._paramList != null) {
 267                 if (temp._paramList == null) return false;
 268                 else if (!(this._paramList.equals(temp._paramList)))
 269                     return false;
 270             }
 271             else if (temp._paramList != null)
 272                 return false;
 273             if (this._inputList != null) {
 274                 if (temp._inputList == null) return false;
 275                 else if (!(this._inputList.equals(temp._inputList)))
 276                     return false;
 277             }
 278             else if (temp._inputList != null)
 279                 return false;
 280             return true;
 281         }
 282         return false;
 283     }
 284
 285     /**
 286      * Returns the value of field 'action'. The field 'action' has
 287      * the following description: Did what
 288      *
 289      * @return the value of field 'Action'.
 290      */
 291     public java.lang.String getAction(
 292     ) {
 293         return this._action;
 294     }
 295
 296     /**
 297      * Returns the value of field 'app'. The field 'app' has the
 298      * following description: With which application
 299      *
 300      * @return the value of field 'App'.
 301      */
 302     public java.lang.String getApp(
 303     ) {
 304         return this._app;
 305     }
 306
 307     /**
 308      * Returns the value of field 'date'. The field 'date' has the
 309      * following description: When : TODO: change to dateTime for
 310      * release
 311      *
 312      * @return the value of field 'Date'.
 313      */
 314     public org.exolab.castor.types.Date getDate(
 315     ) {
 316         return this._date;
 317     }
 318
 319     /**
 320      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 321      * following description: Primary Key for vamsas object
 322      * referencing
 323      *
 324      *
 325      * @return the value of field 'Id'.
 326      */
 327     public java.lang.String getId(
 328     ) {
 329         return this._id;
 330     }
 331
 332     /**
 333      * Method getInput.
 334      *
 335      * @param index
 336      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 337      * given is outside the bounds of the collection
 338      * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Input at
 339      * the given index
 340      */
 341     public uk.ac.vamsas.objects.core.Input getInput(
 342             final int index)
 343     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 344         // check bounds for index
 345         if (index < 0 || index >= this._inputList.size()) {
 346             throw new IndexOutOfBoundsException("getInput: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._inputList.size() - 1) + "]");
 347         }
 348
 349         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Input) _inputList.get(index);
 350     }
 351
 352     /**
 353      * Method getInput.Returns the contents of the collection in an
 354      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 355      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 356      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 357      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 358      *
 359      * @return this collection as an Array
 360      */
 361     public uk.ac.vamsas.objects.core.Input[] getInput(
 362     ) {
 363         uk.ac.vamsas.objects.core.Input[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Input[0];
 364         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Input[]) this._inputList.toArray(array);
 365     }
 366
 367     /**
 368      * Method getInputAsReference.Returns a reference to
 369      * '_inputList'. No type checking is performed on any
 370      * modifications to the Vector.
 371      *
 372      * @return a reference to the Vector backing this class
 373      */
 374     public java.util.Vector getInputAsReference(
 375     ) {
 376         return this._inputList;
 377     }
 378
 379     /**
 380      * Method getInputCount.
 381      *
 382      * @return the size of this collection
 383      */
 384     public int getInputCount(
 385     ) {
 386         return this._inputList.size();
 387     }
 388
 389     /**
 390      * Method getParam.
 391      *
 392      * @param index
 393      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 394      * given is outside the bounds of the collection
 395      * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Param at
 396      * the given index
 397      */
 398     public uk.ac.vamsas.objects.core.Param getParam(
 399             final int index)
 400     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 401         // check bounds for index
 402         if (index < 0 || index >= this._paramList.size()) {
 403             throw new IndexOutOfBoundsException("getParam: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._paramList.size() - 1) + "]");
 404         }
 405
 406         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Param) _paramList.get(index);
 407     }
 408
 409     /**
 410      * Method getParam.Returns the contents of the collection in an
 411      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 412      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 413      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 414      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 415      *
 416      * @return this collection as an Array
 417      */
 418     public uk.ac.vamsas.objects.core.Param[] getParam(
 419     ) {
 420         uk.ac.vamsas.objects.core.Param[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Param[0];
 421         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Param[]) this._paramList.toArray(array);
 422     }
 423
 424     /**
 425      * Method getParamAsReference.Returns a reference to
 426      * '_paramList'. No type checking is performed on any
 427      * modifications to the Vector.
 428      *
 429      * @return a reference to the Vector backing this class
 430      */
 431     public java.util.Vector getParamAsReference(
 432     ) {
 433         return this._paramList;
 434     }
 435
 436     /**
 437      * Method getParamCount.
 438      *
 439      * @return the size of this collection
 440      */
 441     public int getParamCount(
 442     ) {
 443         return this._paramList.size();
 444     }
 445
 446     /**
 447      * Method getProperty.
 448      *
 449      * @param index
 450      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 451      * given is outside the bounds of the collection
 452      * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Property
 453      * at the given index
 454      */
 455     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property getProperty(
 456             final int index)
 457     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 458         // check bounds for index
 459         if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {
 460             throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");
 461         }
 462
 463         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property) _propertyList.get(index);
 464     }
 465
 466     /**
 467      * Method getProperty.Returns the contents of the collection in
 468      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 469      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 470      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 471      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 472      *
 473      * @return this collection as an Array
 474      */
 475     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] getProperty(
 476     ) {
 477         uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Property[0];
 478         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property[]) this._propertyList.toArray(array);
 479     }
 480
 481     /**
 482      * Method getPropertyAsReference.Returns a reference to
 483      * '_propertyList'. No type checking is performed on any
 484      * modifications to the Vector.
 485      *
 486      * @return a reference to the Vector backing this class
 487      */
 488     public java.util.Vector getPropertyAsReference(
 489     ) {
 490         return this._propertyList;
 491     }
 492
 493     /**
 494      * Method getPropertyCount.
 495      *
 496      * @return the size of this collection
 497      */
 498     public int getPropertyCount(
 499     ) {
 500         return this._propertyList.size();
 501     }
 502
 503     /**
 504      * Returns the value of field 'user'. The field 'user' has the
 505      * following description: Who
 506      *
 507      * @return the value of field 'User'.
 508      */
 509     public java.lang.String getUser(
 510     ) {
 511         return this._user;
 512     }
 513
 514     /**
 515      * Overrides the java.lang.Object.hashCode method.
 516      * <p>
 517      * The following steps came from <b>Effective Java Programming
 518      * Language Guide</b> by Joshua Bloch, Chapter 3
 519      *
 520      * @return a hash code value for the object.
 521      */
 522     public int hashCode(
 523     ) {
 524         int result = super.hashCode();
 525
 526         long tmp;
 527         if (_id != null) {
 528            result = 37 * result + _id.hashCode();
 529         }
 530         if (_user != null) {
 531            result = 37 * result + _user.hashCode();
 532         }
 533         if (_app != null) {
 534            result = 37 * result + _app.hashCode();
 535         }
 536         if (_action != null) {
 537            result = 37 * result + _action.hashCode();
 538         }
 539         if (_date != null) {
 540            result = 37 * result + _date.hashCode();
 541         }
 542         if (_propertyList != null) {
 543            result = 37 * result + _propertyList.hashCode();
 544         }
 545         if (_paramList != null) {
 546            result = 37 * result + _paramList.hashCode();
 547         }
 548         if (_inputList != null) {
 549            result = 37 * result + _inputList.hashCode();
 550         }
 551
 552         return result;
 553     }
 554
 555     /**
 556      * Method isValid.
 557      *
 558      * @return true if this object is valid according to the schema
 559      */
 560     public boolean isValid(
 561     ) {
 562         try {
 563             validate();
 564         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 565             return false;
 566         }
 567         return true;
 568     }
 569
 570     /**
 571      *
 572      *
 573      * @param out
 574      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 575      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 576      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 577      * object is an invalid instance according to the schema
 578      */
 579     public void marshal(
 580             final java.io.Writer out)
 581     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 582         Marshaller.marshal(this, out);
 583     }
 584
 585     /**
 586      *
 587      *
 588      * @param handler
 589      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 590      * marshaling
 591      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 592      * object is an invalid instance according to the schema
 593      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 594      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 595      */
 596     public void marshal(
 597             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 598     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 599         Marshaller.marshal(this, handler);
 600     }
 601
 602     /**
 603      */
 604     public void removeAllInput(
 605     ) {
 606         this._inputList.clear();
 607     }
 608
 609     /**
 610      */
 611     public void removeAllParam(
 612     ) {
 613         this._paramList.clear();
 614     }
 615
 616     /**
 617      */
 618     public void removeAllProperty(
 619     ) {
 620         this._propertyList.clear();
 621     }
 622
 623     /**
 624      * Method removeInput.
 625      *
 626      * @param vInput
 627      * @return true if the object was removed from the collection.
 628      */
 629     public boolean removeInput(
 630             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input vInput) {
 631         boolean removed = _inputList.remove(vInput);
 632         return removed;
 633     }
 634
 635     /**
 636      * Method removeInputAt.
 637      *
 638      * @param index
 639      * @return the element removed from the collection
 640      */
 641     public uk.ac.vamsas.objects.core.Input removeInputAt(
 642             final int index) {
 643         java.lang.Object obj = this._inputList.remove(index);
 644         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Input) obj;
 645     }
 646
 647     /**
 648      * Method removeParam.
 649      *
 650      * @param vParam
 651      * @return true if the object was removed from the collection.
 652      */
 653     public boolean removeParam(
 654             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param vParam) {
 655         boolean removed = _paramList.remove(vParam);
 656         return removed;
 657     }
 658
 659     /**
 660      * Method removeParamAt.
 661      *
 662      * @param index
 663      * @return the element removed from the collection
 664      */
 665     public uk.ac.vamsas.objects.core.Param removeParamAt(
 666             final int index) {
 667         java.lang.Object obj = this._paramList.remove(index);
 668         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Param) obj;
 669     }
 670
 671     /**
 672      * Method removeProperty.
 673      *
 674      * @param vProperty
 675      * @return true if the object was removed from the collection.
 676      */
 677     public boolean removeProperty(
 678             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty) {
 679         boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);
 680         return removed;
 681     }
 682
 683     /**
 684      * Method removePropertyAt.
 685      *
 686      * @param index
 687      * @return the element removed from the collection
 688      */
 689     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property removePropertyAt(
 690             final int index) {
 691         java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);
 692         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property) obj;
 693     }
 694
 695     /**
 696      * Sets the value of field 'action'. The field 'action' has the
 697      * following description: Did what
 698      *
 699      * @param action the value of field 'action'.
 700      */
 701     public void setAction(
 702             final java.lang.String action) {
 703         this._action = action;
 704     }
 705
 706     /**
 707      * Sets the value of field 'app'. The field 'app' has the
 708      * following description: With which application
 709      *
 710      * @param app the value of field 'app'.
 711      */
 712     public void setApp(
 713             final java.lang.String app) {
 714         this._app = app;
 715     }
 716
 717     /**
 718      * Sets the value of field 'date'. The field 'date' has the
 719      * following description: When : TODO: change to dateTime for
 720      * release
 721      *
 722      * @param date the value of field 'date'.
 723      */
 724     public void setDate(
 725             final org.exolab.castor.types.Date date) {
 726         this._date = date;
 727     }
 728
 729     /**
 730      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
 731      * following description: Primary Key for vamsas object
 732      * referencing
 733      *
 734      *
 735      * @param id the value of field 'id'.
 736      */
 737     public void setId(
 738             final java.lang.String id) {
 739         this._id = id;
 740     }
 741
 742     /**
 743      *
 744      *
 745      * @param index
 746      * @param vInput
 747      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 748      * given is outside the bounds of the collection
 749      */
 750     public void setInput(
 751             final int index,
 752             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input vInput)
 753     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 754         // check bounds for index
 755         if (index < 0 || index >= this._inputList.size()) {
 756             throw new IndexOutOfBoundsException("setInput: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._inputList.size() - 1) + "]");
 757         }
 758
 759         this._inputList.set(index, vInput);
 760     }
 761
 762     /**
 763      *
 764      *
 765      * @param vInputArray
 766      */
 767     public void setInput(
 768             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input[] vInputArray) {
 769         //-- copy array
 770         _inputList.clear();
 771
 772         for (int i = 0; i < vInputArray.length; i++) {
 773                 this._inputList.add(vInputArray[i]);
 774         }
 775     }
 776
 777     /**
 778      * Sets the value of '_inputList' by copying the given Vector.
 779      * All elements will be checked for type safety.
 780      *
 781      * @param vInputList the Vector to copy.
 782      */
 783     public void setInput(
 784             final java.util.Vector vInputList) {
 785         // copy vector
 786         this._inputList.clear();
 787
 788         this._inputList.addAll(vInputList);
 789     }
 790
 791     /**
 792      * Sets the value of '_inputList' by setting it to the given
 793      * Vector. No type checking is performed.
 794      * @deprecated
 795      *
 796      * @param inputVector the Vector to set.
 797      */
 798     public void setInputAsReference(
 799             final java.util.Vector inputVector) {
 800         this._inputList = inputVector;
 801     }
 802
 803     /**
 804      *
 805      *
 806      * @param index
 807      * @param vParam
 808      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 809      * given is outside the bounds of the collection
 810      */
 811     public void setParam(
 812             final int index,
 813             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param vParam)
 814     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 815         // check bounds for index
 816         if (index < 0 || index >= this._paramList.size()) {
 817             throw new IndexOutOfBoundsException("setParam: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._paramList.size() - 1) + "]");
 818         }
 819
 820         this._paramList.set(index, vParam);
 821     }
 822
 823     /**
 824      *
 825      *
 826      * @param vParamArray
 827      */
 828     public void setParam(
 829             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param[] vParamArray) {
 830         //-- copy array
 831         _paramList.clear();
 832
 833         for (int i = 0; i < vParamArray.length; i++) {
 834                 this._paramList.add(vParamArray[i]);
 835         }
 836     }
 837
 838     /**
 839      * Sets the value of '_paramList' by copying the given Vector.
 840      * All elements will be checked for type safety.
 841      *
 842      * @param vParamList the Vector to copy.
 843      */
 844     public void setParam(
 845             final java.util.Vector vParamList) {
 846         // copy vector
 847         this._paramList.clear();
 848
 849         this._paramList.addAll(vParamList);
 850     }
 851
 852     /**
 853      * Sets the value of '_paramList' by setting it to the given
 854      * Vector. No type checking is performed.
 855      * @deprecated
 856      *
 857      * @param paramVector the Vector to set.
 858      */
 859     public void setParamAsReference(
 860             final java.util.Vector paramVector) {
 861         this._paramList = paramVector;
 862     }
 863
 864     /**
 865      *
 866      *
 867      * @param index
 868      * @param vProperty
 869      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 870      * given is outside the bounds of the collection
 871      */
 872     public void setProperty(
 873             final int index,
 874             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)
 875     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 876         // check bounds for index
 877         if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {
 878             throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");
 879         }
 880
 881         this._propertyList.set(index, vProperty);
 882     }
 883
 884     /**
 885      *
 886      *
 887      * @param vPropertyArray
 888      */
 889     public void setProperty(
 890             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] vPropertyArray) {
 891         //-- copy array
 892         _propertyList.clear();
 893
 894         for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++) {
 895                 this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);
 896         }
 897     }
 898
 899     /**
 900      * Sets the value of '_propertyList' by copying the given
 901      * Vector. All elements will be checked for type safety.
 902      *
 903      * @param vPropertyList the Vector to copy.
 904      */
 905     public void setProperty(
 906             final java.util.Vector vPropertyList) {
 907         // copy vector
 908         this._propertyList.clear();
 909
 910         this._propertyList.addAll(vPropertyList);
 911     }
 912
 913     /**
 914      * Sets the value of '_propertyList' by setting it to the given
 915      * Vector. No type checking is performed.
 916      * @deprecated
 917      *
 918      * @param propertyVector the Vector to set.
 919      */
 920     public void setPropertyAsReference(
 921             final java.util.Vector propertyVector) {
 922         this._propertyList = propertyVector;
 923     }
 924
 925     /**
 926      * Sets the value of field 'user'. The field 'user' has the
 927      * following description: Who
 928      *
 929      * @param user the value of field 'user'.
 930      */
 931     public void setUser(
 932             final java.lang.String user) {
 933         this._user = user;
 934     }
 935
 936     /**
 937      * Method unmarshal.
 938      *
 939      * @param reader
 940      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 941      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 942      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 943      * object is an invalid instance according to the schema
 944      * @return the unmarshaled uk.ac.vamsas.objects.core.Entry
 945      */
 946     public static uk.ac.vamsas.objects.core.Entry unmarshal(
 947             final java.io.Reader reader)
 948     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 949         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) Unmarshaller.unmarshal(uk.ac.vamsas.objects.core.Entry.class, reader);
 950     }
 951
 952     /**
 953      *
 954      *
 955      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 956      * object is an invalid instance according to the schema
 957      */
 958     public void validate(
 959     )
 960     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 961         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 962         validator.validate(this);
 963     }
 964
 965 }