src/uk/ac/vamsas/objects/core/Entry.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package uk.ac.vamsas.objects.core;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class Entry.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class Entry extends uk.ac.vamsas.client.Vobject
  23 implements java.io.Serializable
  24 {
  25
  26
  27       //--------------------------/
  28      //- Class/Member Variables -/
  29     //--------------------------/
  30
  31     /**
  32      * Primary Key for vamsas object referencing
  33      *
  34      */
  35     private java.lang.String _id;
  36
  37     /**
  38      * Who
  39      */
  40     private java.lang.String _user;
  41
  42     /**
  43      * With which application
  44      */
  45     private java.lang.String _app;
  46
  47     /**
  48      * Did what
  49      */
  50     private java.lang.String _action;
  51
  52     /**
  53      * When
  54      */
  55     private org.exolab.castor.types.Date _date;
  56
  57     /**
  58      * additional information
  59      */
  60     private java.util.Vector _propertyList;
  61
  62     /**
  63      * parameter for the action
  64      */
  65     private java.util.Vector _paramList;
  66
  67     /**
  68      * bioinformatic objects input to action
  69      *
  70      */
  71     private java.util.Vector _inputList;
  72
  73
  74       //----------------/
  75      //- Constructors -/
  76     //----------------/
  77
  78     public Entry() {
  79         super();
  80         this._propertyList = new java.util.Vector();
  81         this._paramList = new java.util.Vector();
  82         this._inputList = new java.util.Vector();
  83     }
  84
  85
  86       //-----------/
  87      //- Methods -/
  88     //-----------/
  89
  90     /**
  91      *
  92      *
  93      * @param vInput
  94      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  95      * given is outside the bounds of the collection
  96      */
  97     public void addInput(
  98             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input vInput)
  99     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 100         this._inputList.addElement(vInput);
 101     }
 102
 103     /**
 104      *
 105      *
 106      * @param index
 107      * @param vInput
 108      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 109      * given is outside the bounds of the collection
 110      */
 111     public void addInput(
 112             final int index,
 113             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input vInput)
 114     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 115         this._inputList.add(index, vInput);
 116     }
 117
 118     /**
 119      *
 120      *
 121      * @param vParam
 122      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 123      * given is outside the bounds of the collection
 124      */
 125     public void addParam(
 126             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param vParam)
 127     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 128         this._paramList.addElement(vParam);
 129     }
 130
 131     /**
 132      *
 133      *
 134      * @param index
 135      * @param vParam
 136      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 137      * given is outside the bounds of the collection
 138      */
 139     public void addParam(
 140             final int index,
 141             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param vParam)
 142     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 143         this._paramList.add(index, vParam);
 144     }
 145
 146     /**
 147      *
 148      *
 149      * @param vProperty
 150      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 151      * given is outside the bounds of the collection
 152      */
 153     public void addProperty(
 154             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)
 155     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 156         this._propertyList.addElement(vProperty);
 157     }
 158
 159     /**
 160      *
 161      *
 162      * @param index
 163      * @param vProperty
 164      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 165      * given is outside the bounds of the collection
 166      */
 167     public void addProperty(
 168             final int index,
 169             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)
 170     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 171         this._propertyList.add(index, vProperty);
 172     }
 173
 174     /**
 175      * Method enumerateInput.
 176      *
 177      * @return an Enumeration over all
 178      * uk.ac.vamsas.objects.core.Input elements
 179      */
 180     public java.util.Enumeration enumerateInput(
 181     ) {
 182         return this._inputList.elements();
 183     }
 184
 185     /**
 186      * Method enumerateParam.
 187      *
 188      * @return an Enumeration over all
 189      * uk.ac.vamsas.objects.core.Param elements
 190      */
 191     public java.util.Enumeration enumerateParam(
 192     ) {
 193         return this._paramList.elements();
 194     }
 195
 196     /**
 197      * Method enumerateProperty.
 198      *
 199      * @return an Enumeration over all
 200      * uk.ac.vamsas.objects.core.Property elements
 201      */
 202     public java.util.Enumeration enumerateProperty(
 203     ) {
 204         return this._propertyList.elements();
 205     }
 206
 207     /**
 208      * Overrides the java.lang.Object.equals method.
 209      *
 210      * @param obj
 211      * @return true if the objects are equal.
 212      */
 213     public boolean equals(
 214             final java.lang.Object obj) {
 215         if ( this == obj )
 216             return true;
 217
 218         if (super.equals(obj)==false)
 219             return false;
 220
 221         if (obj instanceof Entry) {
 222
 223             Entry temp = (Entry)obj;
 224             if (this._id != null) {
 225                 if (temp._id == null) return false;
 226                 else if (!(this._id.equals(temp._id)))
 227                     return false;
 228             }
 229             else if (temp._id != null)
 230                 return false;
 231             if (this._user != null) {
 232                 if (temp._user == null) return false;
 233                 else if (!(this._user.equals(temp._user)))
 234                     return false;
 235             }
 236             else if (temp._user != null)
 237                 return false;
 238             if (this._app != null) {
 239                 if (temp._app == null) return false;
 240                 else if (!(this._app.equals(temp._app)))
 241                     return false;
 242             }
 243             else if (temp._app != null)
 244                 return false;
 245             if (this._action != null) {
 246                 if (temp._action == null) return false;
 247                 else if (!(this._action.equals(temp._action)))
 248                     return false;
 249             }
 250             else if (temp._action != null)
 251                 return false;
 252             if (this._date != null) {
 253                 if (temp._date == null) return false;
 254                 else if (!(this._date.equals(temp._date)))
 255                     return false;
 256             }
 257             else if (temp._date != null)
 258                 return false;
 259             if (this._propertyList != null) {
 260                 if (temp._propertyList == null) return false;
 261                 else if (!(this._propertyList.equals(temp._propertyList)))
 262                     return false;
 263             }
 264             else if (temp._propertyList != null)
 265                 return false;
 266             if (this._paramList != null) {
 267                 if (temp._paramList == null) return false;
 268                 else if (!(this._paramList.equals(temp._paramList)))
 269                     return false;
 270             }
 271             else if (temp._paramList != null)
 272                 return false;
 273             if (this._inputList != null) {
 274                 if (temp._inputList == null) return false;
 275                 else if (!(this._inputList.equals(temp._inputList)))
 276                     return false;
 277             }
 278             else if (temp._inputList != null)
 279                 return false;
 280             return true;
 281         }
 282         return false;
 283     }
 284
 285     /**
 286      * Returns the value of field 'action'. The field 'action' has
 287      * the following description: Did what
 288      *
 289      * @return the value of field 'Action'.
 290      */
 291     public java.lang.String getAction(
 292     ) {
 293         return this._action;
 294     }
 295
 296     /**
 297      * Returns the value of field 'app'. The field 'app' has the
 298      * following description: With which application
 299      *
 300      * @return the value of field 'App'.
 301      */
 302     public java.lang.String getApp(
 303     ) {
 304         return this._app;
 305     }
 306
 307     /**
 308      * Returns the value of field 'date'. The field 'date' has the
 309      * following description: When
 310      *
 311      * @return the value of field 'Date'.
 312      */
 313     public org.exolab.castor.types.Date getDate(
 314     ) {
 315         return this._date;
 316     }
 317
 318     /**
 319      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the
 320      * following description: Primary Key for vamsas object
 321      * referencing
 322      *
 323      *
 324      * @return the value of field 'Id'.
 325      */
 326     public java.lang.String getId(
 327     ) {
 328         return this._id;
 329     }
 330
 331     /**
 332      * Method getInput.
 333      *
 334      * @param index
 335      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 336      * given is outside the bounds of the collection
 337      * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Input at
 338      * the given index
 339      */
 340     public uk.ac.vamsas.objects.core.Input getInput(
 341             final int index)
 342     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 343         // check bounds for index
 344         if (index < 0 || index >= this._inputList.size()) {
 345             throw new IndexOutOfBoundsException("getInput: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._inputList.size() - 1) + "]");
 346         }
 347
 348         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Input) _inputList.get(index);
 349     }
 350
 351     /**
 352      * Method getInput.Returns the contents of the collection in an
 353      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 354      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 355      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 356      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 357      *
 358      * @return this collection as an Array
 359      */
 360     public uk.ac.vamsas.objects.core.Input[] getInput(
 361     ) {
 362         uk.ac.vamsas.objects.core.Input[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Input[0];
 363         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Input[]) this._inputList.toArray(array);
 364     }
 365
 366     /**
 367      * Method getInputAsReference.Returns a reference to
 368      * '_inputList'. No type checking is performed on any
 369      * modifications to the Vector.
 370      *
 371      * @return a reference to the Vector backing this class
 372      */
 373     public java.util.Vector getInputAsReference(
 374     ) {
 375         return this._inputList;
 376     }
 377
 378     /**
 379      * Method getInputCount.
 380      *
 381      * @return the size of this collection
 382      */
 383     public int getInputCount(
 384     ) {
 385         return this._inputList.size();
 386     }
 387
 388     /**
 389      * Method getParam.
 390      *
 391      * @param index
 392      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 393      * given is outside the bounds of the collection
 394      * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Param at
 395      * the given index
 396      */
 397     public uk.ac.vamsas.objects.core.Param getParam(
 398             final int index)
 399     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 400         // check bounds for index
 401         if (index < 0 || index >= this._paramList.size()) {
 402             throw new IndexOutOfBoundsException("getParam: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._paramList.size() - 1) + "]");
 403         }
 404
 405         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Param) _paramList.get(index);
 406     }
 407
 408     /**
 409      * Method getParam.Returns the contents of the collection in an
 410      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 411      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 412      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 413      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 414      *
 415      * @return this collection as an Array
 416      */
 417     public uk.ac.vamsas.objects.core.Param[] getParam(
 418     ) {
 419         uk.ac.vamsas.objects.core.Param[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Param[0];
 420         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Param[]) this._paramList.toArray(array);
 421     }
 422
 423     /**
 424      * Method getParamAsReference.Returns a reference to
 425      * '_paramList'. No type checking is performed on any
 426      * modifications to the Vector.
 427      *
 428      * @return a reference to the Vector backing this class
 429      */
 430     public java.util.Vector getParamAsReference(
 431     ) {
 432         return this._paramList;
 433     }
 434
 435     /**
 436      * Method getParamCount.
 437      *
 438      * @return the size of this collection
 439      */
 440     public int getParamCount(
 441     ) {
 442         return this._paramList.size();
 443     }
 444
 445     /**
 446      * Method getProperty.
 447      *
 448      * @param index
 449      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 450      * given is outside the bounds of the collection
 451      * @return the value of the uk.ac.vamsas.objects.core.Property
 452      * at the given index
 453      */
 454     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property getProperty(
 455             final int index)
 456     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 457         // check bounds for index
 458         if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {
 459             throw new IndexOutOfBoundsException("getProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");
 460         }
 461
 462         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property) _propertyList.get(index);
 463     }
 464
 465     /**
 466      * Method getProperty.Returns the contents of the collection in
 467      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 468      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 469      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 470      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 471      *
 472      * @return this collection as an Array
 473      */
 474     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] getProperty(
 475     ) {
 476         uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] array = new uk.ac.vamsas.objects.core.Property[0];
 477         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property[]) this._propertyList.toArray(array);
 478     }
 479
 480     /**
 481      * Method getPropertyAsReference.Returns a reference to
 482      * '_propertyList'. No type checking is performed on any
 483      * modifications to the Vector.
 484      *
 485      * @return a reference to the Vector backing this class
 486      */
 487     public java.util.Vector getPropertyAsReference(
 488     ) {
 489         return this._propertyList;
 490     }
 491
 492     /**
 493      * Method getPropertyCount.
 494      *
 495      * @return the size of this collection
 496      */
 497     public int getPropertyCount(
 498     ) {
 499         return this._propertyList.size();
 500     }
 501
 502     /**
 503      * Returns the value of field 'user'. The field 'user' has the
 504      * following description: Who
 505      *
 506      * @return the value of field 'User'.
 507      */
 508     public java.lang.String getUser(
 509     ) {
 510         return this._user;
 511     }
 512
 513     /**
 514      * Overrides the java.lang.Object.hashCode method.
 515      * <p>
 516      * The following steps came from <b>Effective Java Programming
 517      * Language Guide</b> by Joshua Bloch, Chapter 3
 518      *
 519      * @return a hash code value for the object.
 520      */
 521     public int hashCode(
 522     ) {
 523         int result = super.hashCode();
 524
 525         long tmp;
 526         if (_id != null) {
 527            result = 37 * result + _id.hashCode();
 528         }
 529         if (_user != null) {
 530            result = 37 * result + _user.hashCode();
 531         }
 532         if (_app != null) {
 533            result = 37 * result + _app.hashCode();
 534         }
 535         if (_action != null) {
 536            result = 37 * result + _action.hashCode();
 537         }
 538         if (_date != null) {
 539            result = 37 * result + _date.hashCode();
 540         }
 541         if (_propertyList != null) {
 542            result = 37 * result + _propertyList.hashCode();
 543         }
 544         if (_paramList != null) {
 545            result = 37 * result + _paramList.hashCode();
 546         }
 547         if (_inputList != null) {
 548            result = 37 * result + _inputList.hashCode();
 549         }
 550
 551         return result;
 552     }
 553
 554     /**
 555      * Method isValid.
 556      *
 557      * @return true if this object is valid according to the schema
 558      */
 559     public boolean isValid(
 560     ) {
 561         try {
 562             validate();
 563         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 564             return false;
 565         }
 566         return true;
 567     }
 568
 569     /**
 570      *
 571      *
 572      * @param out
 573      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 574      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 575      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 576      * object is an invalid instance according to the schema
 577      */
 578     public void marshal(
 579             final java.io.Writer out)
 580     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 581         Marshaller.marshal(this, out);
 582     }
 583
 584     /**
 585      *
 586      *
 587      * @param handler
 588      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 589      * marshaling
 590      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 591      * object is an invalid instance according to the schema
 592      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 593      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 594      */
 595     public void marshal(
 596             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 597     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 598         Marshaller.marshal(this, handler);
 599     }
 600
 601     /**
 602      */
 603     public void removeAllInput(
 604     ) {
 605         this._inputList.clear();
 606     }
 607
 608     /**
 609      */
 610     public void removeAllParam(
 611     ) {
 612         this._paramList.clear();
 613     }
 614
 615     /**
 616      */
 617     public void removeAllProperty(
 618     ) {
 619         this._propertyList.clear();
 620     }
 621
 622     /**
 623      * Method removeInput.
 624      *
 625      * @param vInput
 626      * @return true if the object was removed from the collection.
 627      */
 628     public boolean removeInput(
 629             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input vInput) {
 630         boolean removed = _inputList.remove(vInput);
 631         return removed;
 632     }
 633
 634     /**
 635      * Method removeInputAt.
 636      *
 637      * @param index
 638      * @return the element removed from the collection
 639      */
 640     public uk.ac.vamsas.objects.core.Input removeInputAt(
 641             final int index) {
 642         java.lang.Object obj = this._inputList.remove(index);
 643         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Input) obj;
 644     }
 645
 646     /**
 647      * Method removeParam.
 648      *
 649      * @param vParam
 650      * @return true if the object was removed from the collection.
 651      */
 652     public boolean removeParam(
 653             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param vParam) {
 654         boolean removed = _paramList.remove(vParam);
 655         return removed;
 656     }
 657
 658     /**
 659      * Method removeParamAt.
 660      *
 661      * @param index
 662      * @return the element removed from the collection
 663      */
 664     public uk.ac.vamsas.objects.core.Param removeParamAt(
 665             final int index) {
 666         java.lang.Object obj = this._paramList.remove(index);
 667         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Param) obj;
 668     }
 669
 670     /**
 671      * Method removeProperty.
 672      *
 673      * @param vProperty
 674      * @return true if the object was removed from the collection.
 675      */
 676     public boolean removeProperty(
 677             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty) {
 678         boolean removed = _propertyList.remove(vProperty);
 679         return removed;
 680     }
 681
 682     /**
 683      * Method removePropertyAt.
 684      *
 685      * @param index
 686      * @return the element removed from the collection
 687      */
 688     public uk.ac.vamsas.objects.core.Property removePropertyAt(
 689             final int index) {
 690         java.lang.Object obj = this._propertyList.remove(index);
 691         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Property) obj;
 692     }
 693
 694     /**
 695      * Sets the value of field 'action'. The field 'action' has the
 696      * following description: Did what
 697      *
 698      * @param action the value of field 'action'.
 699      */
 700     public void setAction(
 701             final java.lang.String action) {
 702         this._action = action;
 703     }
 704
 705     /**
 706      * Sets the value of field 'app'. The field 'app' has the
 707      * following description: With which application
 708      *
 709      * @param app the value of field 'app'.
 710      */
 711     public void setApp(
 712             final java.lang.String app) {
 713         this._app = app;
 714     }
 715
 716     /**
 717      * Sets the value of field 'date'. The field 'date' has the
 718      * following description: When
 719      *
 720      * @param date the value of field 'date'.
 721      */
 722     public void setDate(
 723             final org.exolab.castor.types.Date date) {
 724         this._date = date;
 725     }
 726
 727     /**
 728      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the
 729      * following description: Primary Key for vamsas object
 730      * referencing
 731      *
 732      *
 733      * @param id the value of field 'id'.
 734      */
 735     public void setId(
 736             final java.lang.String id) {
 737         this._id = id;
 738     }
 739
 740     /**
 741      *
 742      *
 743      * @param index
 744      * @param vInput
 745      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 746      * given is outside the bounds of the collection
 747      */
 748     public void setInput(
 749             final int index,
 750             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input vInput)
 751     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 752         // check bounds for index
 753         if (index < 0 || index >= this._inputList.size()) {
 754             throw new IndexOutOfBoundsException("setInput: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._inputList.size() - 1) + "]");
 755         }
 756
 757         this._inputList.set(index, vInput);
 758     }
 759
 760     /**
 761      *
 762      *
 763      * @param vInputArray
 764      */
 765     public void setInput(
 766             final uk.ac.vamsas.objects.core.Input[] vInputArray) {
 767         //-- copy array
 768         _inputList.clear();
 769
 770         for (int i = 0; i < vInputArray.length; i++) {
 771                 this._inputList.add(vInputArray[i]);
 772         }
 773     }
 774
 775     /**
 776      * Sets the value of '_inputList' by copying the given Vector.
 777      * All elements will be checked for type safety.
 778      *
 779      * @param vInputList the Vector to copy.
 780      */
 781     public void setInput(
 782             final java.util.Vector vInputList) {
 783         // copy vector
 784         this._inputList.clear();
 785
 786         this._inputList.addAll(vInputList);
 787     }
 788
 789     /**
 790      * Sets the value of '_inputList' by setting it to the given
 791      * Vector. No type checking is performed.
 792      * @deprecated
 793      *
 794      * @param inputVector the Vector to set.
 795      */
 796     public void setInputAsReference(
 797             final java.util.Vector inputVector) {
 798         this._inputList = inputVector;
 799     }
 800
 801     /**
 802      *
 803      *
 804      * @param index
 805      * @param vParam
 806      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 807      * given is outside the bounds of the collection
 808      */
 809     public void setParam(
 810             final int index,
 811             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param vParam)
 812     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 813         // check bounds for index
 814         if (index < 0 || index >= this._paramList.size()) {
 815             throw new IndexOutOfBoundsException("setParam: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._paramList.size() - 1) + "]");
 816         }
 817
 818         this._paramList.set(index, vParam);
 819     }
 820
 821     /**
 822      *
 823      *
 824      * @param vParamArray
 825      */
 826     public void setParam(
 827             final uk.ac.vamsas.objects.core.Param[] vParamArray) {
 828         //-- copy array
 829         _paramList.clear();
 830
 831         for (int i = 0; i < vParamArray.length; i++) {
 832                 this._paramList.add(vParamArray[i]);
 833         }
 834     }
 835
 836     /**
 837      * Sets the value of '_paramList' by copying the given Vector.
 838      * All elements will be checked for type safety.
 839      *
 840      * @param vParamList the Vector to copy.
 841      */
 842     public void setParam(
 843             final java.util.Vector vParamList) {
 844         // copy vector
 845         this._paramList.clear();
 846
 847         this._paramList.addAll(vParamList);
 848     }
 849
 850     /**
 851      * Sets the value of '_paramList' by setting it to the given
 852      * Vector. No type checking is performed.
 853      * @deprecated
 854      *
 855      * @param paramVector the Vector to set.
 856      */
 857     public void setParamAsReference(
 858             final java.util.Vector paramVector) {
 859         this._paramList = paramVector;
 860     }
 861
 862     /**
 863      *
 864      *
 865      * @param index
 866      * @param vProperty
 867      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 868      * given is outside the bounds of the collection
 869      */
 870     public void setProperty(
 871             final int index,
 872             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property vProperty)
 873     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 874         // check bounds for index
 875         if (index < 0 || index >= this._propertyList.size()) {
 876             throw new IndexOutOfBoundsException("setProperty: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._propertyList.size() - 1) + "]");
 877         }
 878
 879         this._propertyList.set(index, vProperty);
 880     }
 881
 882     /**
 883      *
 884      *
 885      * @param vPropertyArray
 886      */
 887     public void setProperty(
 888             final uk.ac.vamsas.objects.core.Property[] vPropertyArray) {
 889         //-- copy array
 890         _propertyList.clear();
 891
 892         for (int i = 0; i < vPropertyArray.length; i++) {
 893                 this._propertyList.add(vPropertyArray[i]);
 894         }
 895     }
 896
 897     /**
 898      * Sets the value of '_propertyList' by copying the given
 899      * Vector. All elements will be checked for type safety.
 900      *
 901      * @param vPropertyList the Vector to copy.
 902      */
 903     public void setProperty(
 904             final java.util.Vector vPropertyList) {
 905         // copy vector
 906         this._propertyList.clear();
 907
 908         this._propertyList.addAll(vPropertyList);
 909     }
 910
 911     /**
 912      * Sets the value of '_propertyList' by setting it to the given
 913      * Vector. No type checking is performed.
 914      * @deprecated
 915      *
 916      * @param propertyVector the Vector to set.
 917      */
 918     public void setPropertyAsReference(
 919             final java.util.Vector propertyVector) {
 920         this._propertyList = propertyVector;
 921     }
 922
 923     /**
 924      * Sets the value of field 'user'. The field 'user' has the
 925      * following description: Who
 926      *
 927      * @param user the value of field 'user'.
 928      */
 929     public void setUser(
 930             final java.lang.String user) {
 931         this._user = user;
 932     }
 933
 934     /**
 935      * Method unmarshal.
 936      *
 937      * @param reader
 938      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 939      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 940      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 941      * object is an invalid instance according to the schema
 942      * @return the unmarshaled uk.ac.vamsas.objects.core.Entry
 943      */
 944     public static uk.ac.vamsas.objects.core.Entry unmarshal(
 945             final java.io.Reader reader)
 946     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 947         return (uk.ac.vamsas.objects.core.Entry) Unmarshaller.unmarshal(uk.ac.vamsas.objects.core.Entry.class, reader);
 948     }
 949
 950     /**
 951      *
 952      *
 953      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 954      * object is an invalid instance according to the schema
 955      */
 956     public void validate(
 957     )
 958     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 959         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 960         validator.validate(this);
 961     }
 962
 963 }