src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

   1 /**\r
   2  * Alignment.java\r
   3  *\r
   4  * This file was auto-generated from WSDL\r
   5  * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.\r
   6  */\r
   7 \r
   8 /*\r
   9  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
  10  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  11  *\r
  12  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
  13  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
  14  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
  15  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  16  *\r
  17  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  18  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  19  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  20  * GNU General Public License for more details.\r
  21  *\r
  22  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  23  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  24  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  25  */\r
  26 package vamsas.objects.simple;\r
  27 \r
  28 public class Alignment\r
  29     extends vamsas.objects.simple.Object implements java.io.Serializable\r
  30 {\r
  31   private java.lang.String gapchar;\r
  32   private java.lang.String[] method;\r
  33   private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;\r
  34   private java.lang.Object __equalsCalc = null;\r
  35   private boolean __hashCodeCalc = false;\r
  36 \r
  37   public Alignment()\r
  38   {\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public Alignment(java.lang.String gapchar, java.lang.String[] method,\r
  42                    vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs)\r
  43   {\r
  44     this.gapchar = gapchar;\r
  45     this.method = method;\r
  46     this.seqs = seqs;\r
  47   }\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Gets the gapchar value for this Alignment.\r
  51    *\r
  52    * @return gapchar\r
  53    */\r
  54   public java.lang.String getGapchar()\r
  55   {\r
  56     return gapchar;\r
  57   }\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * Sets the gapchar value for this Alignment.\r
  61    *\r
  62    * @param gapchar\r
  63    */\r
  64   public void setGapchar(java.lang.String gapchar)\r
  65   {\r
  66     this.gapchar = gapchar;\r
  67   }\r
  68 \r
  69   /**\r
  70    * Gets the method value for this Alignment.\r
  71    *\r
  72    * @return method\r
  73    */\r
  74   public java.lang.String[] getMethod()\r
  75   {\r
  76     return method;\r
  77   }\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * Sets the method value for this Alignment.\r
  81    *\r
  82    * @param method\r
  83    */\r
  84   public void setMethod(java.lang.String[] method)\r
  85   {\r
  86     this.method = method;\r
  87   }\r
  88 \r
  89   /**\r
  90    * Gets the seqs value for this Alignment.\r
  91    *\r
  92    * @return seqs\r
  93    */\r
  94   public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs()\r
  95   {\r
  96     return seqs;\r
  97   }\r
  98 \r
  99   /**\r
 100    * Sets the seqs value for this Alignment.\r
 101    *\r
 102    * @param seqs\r
 103    */\r
 104   public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs)\r
 105   {\r
 106     this.seqs = seqs;\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj)\r
 110   {\r
 111     if (! (obj instanceof Alignment))\r
 112     {\r
 113       return false;\r
 114     }\r
 115 \r
 116     Alignment other = (Alignment) obj;\r
 117 \r
 118     if (obj == null)\r
 119     {\r
 120       return false;\r
 121     }\r
 122 \r
 123     if (this == obj)\r
 124     {\r
 125       return true;\r
 126     }\r
 127 \r
 128     if (__equalsCalc != null)\r
 129     {\r
 130       return (__equalsCalc == obj);\r
 131     }\r
 132 \r
 133     __equalsCalc = obj;\r
 134 \r
 135     boolean _equals;\r
 136     _equals = super.equals(obj) &&\r
 137         ( ( (this.gapchar == null) && (other.getGapchar() == null)) ||\r
 138          ( (this.gapchar != null) && this.gapchar.equals(other.getGapchar()))) &&\r
 139         ( ( (this.method == null) && (other.getMethod() == null)) ||\r
 140          ( (this.method != null) &&\r
 141           java.util.Arrays.equals(this.method, other.getMethod()))) &&\r
 142         ( ( (this.seqs == null) && (other.getSeqs() == null)) ||\r
 143          ( (this.seqs != null) && this.seqs.equals(other.getSeqs())));\r
 144     __equalsCalc = null;\r
 145 \r
 146     return _equals;\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public synchronized int hashCode()\r
 150   {\r
 151     if (__hashCodeCalc)\r
 152     {\r
 153       return 0;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     __hashCodeCalc = true;\r
 157 \r
 158     int _hashCode = super.hashCode();\r
 159 \r
 160     if (getGapchar() != null)\r
 161     {\r
 162       _hashCode += getGapchar().hashCode();\r
 163     }\r
 164 \r
 165     if (getMethod() != null)\r
 166     {\r
 167       for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod());\r
 168            i++)\r
 169       {\r
 170         java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(),\r
 171             i);\r
 172 \r
 173         if ( (obj != null) && !obj.getClass().isArray())\r
 174         {\r
 175           _hashCode += obj.hashCode();\r
 176         }\r
 177       }\r
 178     }\r
 179 \r
 180     if (getSeqs() != null)\r
 181     {\r
 182       _hashCode += getSeqs().hashCode();\r
 183     }\r
 184 \r
 185     __hashCodeCalc = false;\r
 186 \r
 187     return _hashCode;\r
 188   }\r
 189 }\r