srcjar/fr/orsay/lri/varna/models/templates/RNANodeValueTemplateBasePair.java

   1 package fr.orsay.lri.varna.models.templates;
   2
   3 import fr.orsay.lri.varna.models.templates.RNATemplate.RNATemplateHelix;
   4
   5
   6 /**
   7  * See RNANodeValueTemplate.
   8  *
   9  * @author Raphael Champeimont
  10  */
  11 public class RNANodeValueTemplateBasePair extends RNANodeValueTemplate {
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  13         /**
  14          * The original template element this node came from.
  15          */
  16         private RNATemplateHelix helix;
  17
  18         /**
  19          * The position (in the 5' to 3' order)
  20          * of this base pair in the original helix.
  21          */
  22         private int positionInHelix;
  23
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  25
  26         public String toGraphvizNodeName() {
  27                 return "H[" + positionInHelix + "]";
  28         }
  29
  30
  31
  32         public RNATemplateHelix getHelix() {
  33                 return helix;
  34         }
  35
  36         public void setHelix(RNATemplateHelix helix) {
  37                 this.helix = helix;
  38         }
  39
  40         public int getPositionInHelix() {
  41                 return positionInHelix;
  42         }
  43
  44         public void setPositionInHelix(int positionInHelix) {
  45                 this.positionInHelix = positionInHelix;
  46         }
  47
  48 }