test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5
   6 import jalview.util.MapList;
   7
   8 import java.util.Arrays;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11
  12 public class AlignedCodonFrameTest
  13 {
  14
  15   /**
  16    * Test the method that locates the first aligned sequence that has a mapping.
  17    */
  18   @Test(groups = { "Functional" })
  19   public void testFindAlignedSequence()
  20   {
  21     AlignmentI cdna = new Alignment(new SequenceI[] {});
  22     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TA-GC");
  23     seq1.createDatasetSequence();
  24     cdna.addSequence(seq1);
  25     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-GG-GG");
  26     seq2.createDatasetSequence();
  27     cdna.addSequence(seq2);
  28
  29     AlignmentI aa = new Alignment(new SequenceI[] {});
  30     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  31     aseq1.createDatasetSequence();
  32     aa.addSequence(aseq1);
  33     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  34     aseq2.createDatasetSequence();
  35     aa.addSequence(aseq2);
  36
  37     /*
  38      * Mapping from first DNA sequence to second AA sequence.
  39      */
  40     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  41
  42     assertNull(acf.findAlignedSequence(seq1, aa));
  43
  44     MapList map = new MapList(new int[] { 1, 6 }, new int[] { 1, 2 }, 3, 1);
  45     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  46
  47     /*
  48      * DNA seq1 maps to AA seq2
  49      */
  50     assertEquals(aa.getSequenceAt(1), acf.findAlignedSequence(cdna
  51             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), aa));
  52
  53     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0), acf.findAlignedSequence(aa
  54             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), cdna));
  55   }
  56
  57   /**
  58    * Test the method that locates the mapped codon for a protein position.
  59    */
  60   @Test(groups = { "Functional" })
  61   public void testGetMappedRegion()
  62   {
  63     // introns lower case, exons upper case
  64     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
  65     seq1.createDatasetSequence();
  66     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-gG-Gg-CG-a");
  67     seq2.createDatasetSequence();
  68
  69     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  70     aseq1.createDatasetSequence();
  71     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  72     aseq2.createDatasetSequence();
  73
  74     /*
  75      * First with no mappings
  76      */
  77     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  78
  79     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1));
  80
  81     /*
  82      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
  83      */
  84     MapList map = new MapList(new int[] { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[] {
  85         1, 2 }, 3, 1);
  86     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
  87     map = new MapList(new int[] { 1, 2, 4, 5, 7, 8 }, new int[] { 1, 2 },
  88             3, 1);
  89     acf.addMap(seq2.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  90
  91     assertEquals("[2, 4]",
  92             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1)));
  93     assertEquals("[6, 6, 8, 9]",
  94             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 2)));
  95     assertEquals("[1, 2, 4, 4]",
  96             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 1)));
  97     assertEquals("[5, 5, 7, 8]",
  98             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 2)));
  99
 100     /*
 101      * No mapping from sequence 1 to sequence 2
 102      */
 103     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq2, 1));
 104   }
 105
 106   @Test(groups = { "Functional" })
 107   public void testGetMappedCodon()
 108   {
 109     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
 110     seq1.createDatasetSequence();
 111     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
 112     aseq1.createDatasetSequence();
 113
 114     /*
 115      * First with no mappings
 116      */
 117     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 118
 119     assertNull(acf.getMappedCodon(seq1.getDatasetSequence(), 0));
 120
 121     /*
 122      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
 123      */
 124     MapList map = new MapList(new int[] { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[] {
 125         1, 2 }, 3, 1);
 126     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 127
 128     assertEquals("[G, T, A]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 129             aseq1.getDatasetSequence(), 1)));
 130     assertEquals("[C, T, T]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 131             aseq1.getDatasetSequence(), 2)));
 132   }
 133 }