test/jalview/fts/core/FTSRestClientTest.java

   1 package jalview.fts.core;
   2
   3 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI;
   4 import jalview.fts.api.FTSDataColumnI.FTSDataColumnGroupI;
   5
   6 import java.util.Collection;
   7 import java.util.HashSet;
   8 import java.util.Set;
   9
  10 import org.testng.Assert;
  11 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class FTSRestClientTest
  15 {
  16   private FTSRestClient ftsRestClient;
  17
  18   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  19   public void setup()
  20   {
  21     ftsRestClient = new FTSRestClient()
  22     {
  23
  24       @Override
  25       public String getColumnDataConfigFileName()
  26       {
  27         return "/fts/uniprot_data_columns.txt";
  28       }
  29
  30       @Override
  31       public FTSRestResponse executeRequest(FTSRestRequest ftsRequest)
  32               throws Exception
  33       {
  34         return null;
  35       }
  36     };
  37   }
  38
  39   @Test(groups = { "Functional" })
  40   public void getPrimaryKeyColumIndexTest()
  41   {
  42     Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = ftsRestClient
  43             .getAllDefaulDisplayedDataColumns();
  44     int foundIndex = -1;
  45     try
  46     {
  47       Assert.assertEquals(foundIndex, -1);
  48       foundIndex = ftsRestClient.getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields,
  49               false);
  50       Assert.assertEquals(foundIndex, 0);
  51       foundIndex = ftsRestClient
  52               .getPrimaryKeyColumIndex(wantedFields, true);
  53       Assert.assertEquals(foundIndex, 1);
  54     } catch (Exception e)
  55     {
  56       e.printStackTrace();
  57       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
  58     }
  59   }
  60
  61   @Test(groups = { "Functional" })
  62   public void getAllDefaulDisplayedDataColumns()
  63   {
  64     Assert.assertNotNull(ftsRestClient.getAllDefaulDisplayedDataColumns());
  65     Assert.assertTrue(!ftsRestClient.getAllDefaulDisplayedDataColumns()
  66             .isEmpty());
  67     Assert.assertEquals(ftsRestClient.getAllDefaulDisplayedDataColumns()
  68             .size(), 7);
  69   }
  70
  71   @Test(groups = { "Functional" })
  72   public void getDataColumnsFieldsAsCommaDelimitedString()
  73   {
  74     Collection<FTSDataColumnI> wantedFields = ftsRestClient
  75             .getAllDefaulDisplayedDataColumns();
  76     String actual = ftsRestClient
  77             .getDataColumnsFieldsAsCommaDelimitedString(wantedFields);
  78     Assert.assertEquals(actual,
  79             "id,entry name,protein names,genes,organism,length,reviewed");
  80   }
  81
  82
  83   @Test(groups = { "Functional" })
  84   public void getAllFTSDataColumns()
  85   {
  86     Collection<FTSDataColumnI> allFields = ftsRestClient
  87             .getAllFTSDataColumns();
  88     Assert.assertNotNull(allFields);
  89     Assert.assertEquals(allFields.size(), 117);
  90   }
  91
  92   @Test(groups = { "Functional" })
  93   public void getSearchableDataColumns()
  94   {
  95     Collection<FTSDataColumnI> searchalbeFields = ftsRestClient
  96             .getSearchableDataColumns();
  97     Assert.assertNotNull(searchalbeFields);
  98     Assert.assertEquals(searchalbeFields.size(), 30);
  99   }
 100
 101   @Test(groups = { "Functional" })
 102   public void getPrimaryKeyColumn()
 103   {
 104     FTSDataColumnI expectedPKColumn;
 105     try
 106     {
 107       expectedPKColumn = ftsRestClient
 108               .getDataColumnByNameOrCode("Uniprot Id");
 109       Assert.assertNotNull(ftsRestClient.getPrimaryKeyColumn());
 110       Assert.assertEquals(ftsRestClient.getPrimaryKeyColumn(),
 111               expectedPKColumn);
 112     } catch (Exception e)
 113     {
 114       e.printStackTrace();
 115       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 116     }
 117   }
 118
 119   @Test(groups = { "Functional" })
 120   public void getDataColumnByNameOrCode()
 121   {
 122     try
 123     {
 124       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 125               .getDataColumnByNameOrCode("genes");
 126       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 127       Assert.assertEquals(foundDataCol.getName(), "Gene Names");
 128     } catch (Exception e)
 129     {
 130       e.printStackTrace();
 131       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 132     }
 133   }
 134
 135   @Test(groups = { "Functional" })
 136   public void getDataColumnGroupById()
 137   {
 138     FTSDataColumnGroupI foundDataColGroup;
 139     try
 140     {
 141       foundDataColGroup = ftsRestClient.getDataColumnGroupById("g3");
 142       Assert.assertNotNull(foundDataColGroup);
 143       Assert.assertEquals(foundDataColGroup.getName(), "Names & Taxonomy");
 144     } catch (Exception e)
 145     {
 146       e.printStackTrace();
 147     }
 148   }
 149
 150   @Test(groups = { "Functional" })
 151   public void getDefaultResponsePageSize()
 152   {
 153     int defaultResSize = ftsRestClient.getDefaultResponsePageSize();
 154     Assert.assertEquals(defaultResSize, 100);
 155   }
 156
 157   @Test(groups = { "Functional" })
 158   public void getColumnMinWidthTest()
 159   {
 160     try
 161     {
 162       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 163               .getDataColumnByNameOrCode("Protein names");
 164       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 165       int actualColMinWidth = foundDataCol.getMinWidth();
 166       Assert.assertEquals(actualColMinWidth, 300);
 167     } catch (Exception e)
 168     {
 169       e.printStackTrace();
 170       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 171     }
 172   }
 173
 174   @Test(groups = { "Functional" })
 175   public void getColumnMaxWidthTest()
 176   {
 177     try
 178     {
 179       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 180               .getDataColumnByNameOrCode("Protein names");
 181       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 182       int actualColMinWidth = foundDataCol.getMaxWidth();
 183       Assert.assertEquals(actualColMinWidth, 1500);
 184     } catch (Exception e)
 185     {
 186       e.printStackTrace();
 187       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 188     }
 189   }
 190
 191   @Test(groups = { "Functional" })
 192   public void getColumnPreferredWidthTest()
 193   {
 194     try
 195     {
 196       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 197               .getDataColumnByNameOrCode("Protein names");
 198       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 199       int actualColMinWidth = foundDataCol.getPreferredWidth();
 200       Assert.assertEquals(actualColMinWidth, 500);
 201     } catch (Exception e)
 202     {
 203       e.printStackTrace();
 204       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 205     }
 206   }
 207
 208   @Test(groups = { "Functional" })
 209   public void getColumnClassTest()
 210   {
 211     try
 212     {
 213       FTSDataColumnI foundDataCol = ftsRestClient
 214               .getDataColumnByNameOrCode("Protein names");
 215       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 216       Assert.assertEquals(foundDataCol.getDataColumnClass(), String.class);
 217       foundDataCol = ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("length");
 218       Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 219       Assert.assertEquals(foundDataCol.getDataColumnClass(), Integer.class);
 220       // foundDataCol = ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("length");
 221       // Assert.assertNotNull(foundDataCol);
 222       // Assert.assertEquals(foundDataCol.getDataColumnClass(), Double.class);
 223     } catch (Exception e)
 224     {
 225       e.printStackTrace();
 226       Assert.fail("Exception thrown while testing...");
 227     }
 228   }
 229
 230   @Test(groups = { "Functional" })
 231   public void coverageForEqualsAndHashFunction()
 232   {
 233     Set<FTSDataColumnI> uniqueSet = new HashSet<FTSDataColumnI>();
 234     Collection<FTSDataColumnI> searchableCols = ftsRestClient
 235             .getSearchableDataColumns();
 236     for (FTSDataColumnI foundCol : searchableCols)
 237     {
 238       uniqueSet.add(foundCol);
 239       uniqueSet.add(foundCol);
 240     }
 241     Assert.assertTrue(!uniqueSet.isEmpty());
 242     Assert.assertEquals(uniqueSet.size(), 30);
 243   }
 244
 245   @Test(groups = { "Functional" })
 246   public void coverageForMiscellaneousBranches()
 247   {
 248     String actual = ftsRestClient.getPrimaryKeyColumn().toString();
 249     Assert.assertEquals(actual, "Uniprot Id");
 250
 251     String actualGroupStr;
 252     try
 253     {
 254       actualGroupStr = ftsRestClient.getDataColumnGroupById("g4")
 255               .toString();
 256       Assert.assertEquals(actualGroupStr, "Procedures & Softwares");
 257       actualGroupStr = ftsRestClient.getDataColumnGroupById(
 258               "unavailable group").toString();
 259     } catch (Exception e)
 260     {
 261       Assert.assertTrue(true);
 262     }
 263
 264     String actualResourseFile = ftsRestClient
 265             .getResourceFile("/fts/uniprot_data_columns.txt");
 266     Assert.assertNotNull(actualResourseFile);
 267     Assert.assertTrue(actualResourseFile.length() > 31);
 268   }
 269
 270   @Test(groups = { "Functional" }, expectedExceptions = Exception.class)
 271   public void coverageForExceptionBranches() throws Exception
 272   {
 273     try
 274     {
 275       ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("unavailable column");
 276     } catch (Exception e)
 277     {
 278       System.out.println(e.getMessage());
 279       String expectedMessage = "Couldn't find data column with name : unavailable column";
 280       Assert.assertEquals(e.getMessage(), expectedMessage);
 281     }
 282     try
 283     {
 284       ftsRestClient.getDataColumnGroupById("unavailable column group Id");
 285     } catch (Exception e)
 286     {
 287       System.out.println(e.getMessage());
 288       String expectedMessage = "Couldn't find data column group with id : unavailable column group Id";
 289       Assert.assertEquals(e.getMessage(), expectedMessage);
 290     }
 291
 292     ftsRestClient.getDataColumnByNameOrCode("unavailable column");
 293
 294     ftsRestClient.getResourceFile("unavailable resource file");
 295
 296   }
 297
 298 }