test/jalview/gui/AlignFrameTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertNotEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  25 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.api.FeatureColourI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.bin.Jalview;
  33 import jalview.datamodel.Alignment;
  34 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.Sequence;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.io.DataSourceType;
  41 import jalview.io.FileLoader;
  42 import jalview.project.Jalview2xmlTests;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  45 import jalview.schemes.FeatureColour;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51
  52 import java.awt.Color;
  53 import java.util.Iterator;
  54
  55 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  56 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  57 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  58 import org.testng.annotations.Test;
  59
  60 public class AlignFrameTest
  61 {
  62   AlignFrame af;
  63
  64   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  65   public void setUpJvOptionPane()
  66   {
  67     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  68     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  69   }
  70
  71   @Test(groups = "Functional")
  72   public void testHideFeatureColumns()
  73   {
  74     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "ABCDEFGHIJ");
  75     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "ABCDEFGHIJ");
  76     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 1, 5, 0f, null));
  77     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "", 6, 10, 10f,
  78             null));
  79     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 2, 4,
  80             Float.NaN, null));
  81     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Turn", "", 7, 9,
  82             Float.NaN, null));
  83     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
  84     AlignFrame alignFrame = new AlignFrame(al, al.getWidth(),
  85             al.getHeight());
  86
  87     /*
  88      * make all features visible (select feature columns checks visibility)
  89      */
  90     alignFrame.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  91
  92     /*
  93      * hiding a feature not present does nothing
  94      */
  95     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", true));
  96     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
  97
  98     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
  99             .getNumberOfRegions(), 0);
 100
 101     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("exon", false));
 102     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 103
 104     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 105             .getNumberOfRegions(), 0);
 106
 107     /*
 108      * hiding a feature in all columns does nothing
 109      */
 110     assertFalse(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 111     assertTrue(alignFrame.getViewport().getColumnSelection().isEmpty());
 112
 113     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 114             .getNumberOfRegions(), 0);
 115
 116
 117     /*
 118      * threshold Metal to hide features where score < 5
 119      * seq1 feature in columns 1-5 is hidden
 120      * seq2 feature in columns 6-10 is shown
 121      */
 122     FeatureColourI fc = new FeatureColour(null, Color.red, Color.blue, null,
 123             0f, 10f);
 124     fc.setAboveThreshold(true);
 125     fc.setThreshold(5f);
 126     alignFrame.getFeatureRenderer().setColour("Metal", fc);
 127     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Metal", true));
 128     HiddenColumns hidden = alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns();
 129     assertEquals(hidden.getNumberOfRegions(), 1);
 130     Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 131     int[] next = regions.next();
 132     assertEquals(next[0], 5);
 133     assertEquals(next[1], 9);
 134
 135     /*
 136      * hide a feature present in some columns
 137      * sequence positions [2-4], [7-9] are column positions
 138      * [1-3], [6-8] base zero
 139      */
 140     alignFrame.getViewport().showAllHiddenColumns();
 141     assertTrue(alignFrame.hideFeatureColumns("Turn", true));
 142     regions = alignFrame.getViewport().getAlignment()
 143             .getHiddenColumns().iterator();
 144     assertEquals(alignFrame.getViewport().getAlignment().getHiddenColumns()
 145             .getNumberOfRegions(), 2);
 146     next = regions.next();
 147     assertEquals(next[0], 1);
 148     assertEquals(next[1], 3);
 149     next = regions.next();
 150     assertEquals(next[0], 6);
 151     assertEquals(next[1], 8);
 152   }
 153
 154   @BeforeClass(alwaysRun = true)
 155   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
 156   {
 157     /*
 158      * use read-only test properties file
 159      */
 160     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 161     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_JWS2_SERVICES", Boolean.FALSE.toString());
 162     Jalview.main(new String[] { "-nonews" });
 163   }
 164
 165   @AfterMethod(alwaysRun = true)
 166   public void tearDown()
 167   {
 168     Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
 169   }
 170
 171   /**
 172    * configure (read-only) properties for test to ensure Consensus is computed
 173    * for colour Above PID testing
 174    */
 175   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
 176   public void setUp()
 177   {
 178     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 179     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_IDENTITY",
 180             Boolean.TRUE.toString());
 181     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded("examples/uniref50.fa",
 182             DataSourceType.FILE);
 183
 184     /*
 185      * wait for Consensus thread to complete
 186      */
 187     synchronized (this)
 188     {
 189       while (af.getViewport().getConsensusSeq() == null)
 190       {
 191         try
 192         {
 193           wait(50);
 194         } catch (InterruptedException e)
 195         {
 196         }
 197       }
 198     }
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Test that changing background (alignment) colour scheme
 203    * <ul>
 204    * <li>with Apply Colour to All Groups not selected, does not change group
 205    * colours</li>
 206    * <li>with Apply Colour to All Groups selected, does change group colours</li>
 207    * <li>in neither case, changes alignment or group colour thresholds (PID or
 208    * Conservation)</li>
 209    * </ul>
 210    */
 211   @Test(groups = "Functional")
 212   public void testChangeColour_background_groupsAndThresholds()
 213   {
 214     AlignViewport av = af.getViewport();
 215     AlignmentI al = av.getAlignment();
 216
 217     /*
 218      * Colour alignment by Buried Index
 219      */
 220     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 221     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 222     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 223     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 224     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 225
 226     /*
 227      * Apply Conservation 20%
 228      */
 229     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 230     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 231     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 232             "label.conservation_colour_increment",
 233             new String[] { "Background" }));
 234     assertTrue(sp.isForConservation());
 235     sp.valueChanged(20);
 236     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 237     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 238
 239     /*
 240      * Apply PID threshold 10% (conservation still applies as well)
 241      */
 242     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 243     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 244     assertFalse(sp.isForConservation());
 245     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 246             "label.percentage_identity_threshold",
 247             new String[] { "Background" }));
 248     sp.valueChanged(10);
 249     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 250     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 251     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 252
 253     /*
 254      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 255      * and 40% PID threshold
 256      */
 257     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 258     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 259     sg.setStartRes(15);
 260     sg.setEndRes(25);
 261     av.setSelectionGroup(sg);
 262
 263     /*
 264      * apply 30% Conservation to group
 265      */
 266     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 267     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 268             .toString());
 269     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 270     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 271     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 272     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 273     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 274     assertTrue(sp.isForConservation());
 275     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 276             "label.conservation_colour_increment",
 277             new String[] { sg.getName() }));
 278     sp.valueChanged(30);
 279     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 280     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 281
 282     /*
 283      * apply 40% PID threshold to group
 284      */
 285     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 286     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 287     assertFalse(sp.isForConservation());
 288     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 289             "label.percentage_identity_threshold",
 290             new String[] { sg.getName() }));
 291     sp.valueChanged(40);
 292     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 293     // conservation threshold is unchanged:
 294     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 295     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 296
 297     /*
 298      * change alignment colour - group colour, and all thresholds,
 299      * should be unaffected
 300      */
 301     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Turn.toString());
 302     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof TurnColourScheme);
 303     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 304     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 305     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 306     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 307     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 308     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 309     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 310
 311     /*
 312      * Now change alignment colour with Apply Colour To All Groups
 313      * - group colour should change, but not colour thresholds
 314      */
 315     af.applyToAllGroups_actionPerformed(true);
 316     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 317     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 318     assertTrue(av.getResidueShading().conservationApplied());
 319     assertEquals(av.getResidueShading().getConservationInc(), 20);
 320     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 10);
 321     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 322     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 323     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 324     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Test residue colouring with various options
 329    * <ol>
 330    * <li>no PID or Conservation threshold</li>
 331    * <li>colour by Conservation applied</li>
 332    * <li>colour by Conservation removed</li>
 333    * <li>colour above PID - various values</li>
 334    * <li>colour above PID removed</li>
 335    * <li>Above PID plus By Conservation combined</li>
 336    * <li>remove Above PID to leave just By Conservation</li>
 337    * <li>re-add Above PID</li>
 338    * <li>remove By Conservation to leave just Above PID</li>
 339    * <li>remove Above PID to leave original colours</li>
 340    * </ol>
 341    */
 342   @Test(groups = "Functional")
 343   public void testColourThresholdActions()
 344   {
 345
 346     AlignViewport av = af.getViewport();
 347     AlignmentI al = av.getAlignment();
 348
 349     /*
 350      * Colour alignment by Helix Propensity, no thresholds
 351      */
 352     af.applyToAllGroups_actionPerformed(false);
 353     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 354     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof HelixColourScheme);
 355     assertFalse(av.getResidueShading().conservationApplied());
 356     assertEquals(av.getResidueShading().getThreshold(), 0);
 357
 358     /*
 359      * inspect the colour of
 360      * FER_CAPAN.9(I), column 14 (14 base 0)
 361      * FER_CAPAN.10(SER), column 16 (15 base 0)
 362      */
 363     SequenceI ferCapan = al.findName("FER_CAPAN");
 364     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 365     Color c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 366     Color i_original = new Color(138, 117, 138);
 367     assertEquals(c, i_original);
 368     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 369     Color s_original = new Color(54, 201, 54);
 370     assertEquals(c, s_original);
 371
 372     /*
 373      * colour by conservation with increment 10
 374      */
 375     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 376     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 377     assertTrue(sp.isForConservation());
 378     assertEquals(sp.getValue(), 30); // initial slider setting
 379
 380     // BH 2019.08.28 this was necessary so that rs was updated
 381     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Helix.toString());
 382
 383     sp.valueChanged(10);
 384
 385     assertSame(rs, av.getResidueShading());
 386     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 387     Color i_faded = new Color(196, 186, 196);
 388     assertEquals(c, i_faded);
 389     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 390     Color s_faded = new Color(144, 225, 144);
 391     assertEquals(c, s_faded);
 392
 393     /*
 394      * deselect By Conservation - colour should revert
 395      */
 396     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 397     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 398     assertEquals(c, s_original);
 399
 400     /*
 401      * now Above PID, threshold = 0%
 402      * should be no change
 403      */
 404     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 405     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 406     assertFalse(sp.isForConservation());
 407     assertEquals(sp.getValue(), 0); // initial slider setting
 408     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 409     assertEquals(c, i_original);
 410     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 411     assertEquals(c, s_original);
 412
 413     /*
 414      * Above PID, threshold = 1%
 415      * 15.I becomes White because no match to consensus (V)
 416      * 16.S remains coloured as matches 66.66% consensus
 417      */
 418     sp.valueChanged(1);
 419     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 420     assertEquals(c, Color.white);
 421     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 422     assertEquals(c, s_original);
 423
 424     /*
 425      * threshold 66% - no further change yet...
 426      */
 427     sp.valueChanged(66);
 428     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 429     assertEquals(c, Color.white);
 430     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 431     assertEquals(c, s_original);
 432
 433     /*
 434      * threshold 67% - now both residues are white
 435      */
 436     sp.valueChanged(67);
 437     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 438     assertEquals(c, Color.white);
 439     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 440     assertEquals(c, Color.white);
 441
 442     /*
 443      * deselect Above PID - colours should revert
 444      */
 445     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 446     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 447     assertEquals(c, i_original);
 448     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 449     assertEquals(c, s_original);
 450
 451     /*
 452      * Now combine Above 50% PID and By Conservation 10%
 453      * 15.I is White because no match to consensus (V)
 454      * 16.S is coloured but faded
 455      */
 456     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 457     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 458     assertFalse(sp.isForConservation());
 459     sp.valueChanged(50);
 460     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 461     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 462     assertTrue(sp.isForConservation());
 463     sp.valueChanged(10);
 464     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 465     assertEquals(c, Color.white);
 466     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 467     assertEquals(c, s_faded);
 468
 469     /*
 470      * turn off Above PID - should just leave Conservation fading as before
 471      */
 472     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 473     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 474     assertEquals(c, i_faded);
 475     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 476     assertEquals(c, s_faded);
 477
 478     /*
 479      * Now add Above 50% PID to conservation colouring
 480      * - should give the same as PID followed by conservation (above)
 481      */
 482     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 483     SliderPanel.getSliderPanel().valueChanged(50);
 484     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 485     assertEquals(c, Color.white);
 486     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 487     assertEquals(c, s_faded);
 488
 489     /*
 490      * turn off By Conservation
 491      * should leave I white, S original (unfaded) colour
 492      */
 493     af.conservationMenuItem_actionPerformed(false);
 494     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 495     assertEquals(c, Color.white);
 496     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 497     assertEquals(c, s_original);
 498
 499     /*
 500      * finally turn off Above PID to leave original colours
 501      */
 502     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(false);
 503     c = rs.findColour('I', 14, ferCapan);
 504     assertEquals(c, i_original);
 505     c = rs.findColour('S', 15, ferCapan);
 506     assertEquals(c, s_original);
 507   }
 508
 509   private void waitSome()
 510   {
 511
 512     // just a hack
 513     synchronized (this)
 514     {
 515       try
 516       {
 517         wait(250);
 518       } catch (InterruptedException e)
 519       {
 520       }
 521     }
 522   }
 523
 524   /**
 525    * Verify that making a New View transfers alignment and group colour schemes,
 526    * including any thresholds, to the new view. Because New View is performed by
 527    * saving and reloading a 'project' file, this is similar to verifying a
 528    * project save and reload.
 529    *
 530    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 531    */
 532   @Test(groups = "Functional")
 533   public void testNewView_colourThresholds()
 534   {
 535     AlignViewport av = af.getViewport();
 536     AlignmentI al = av.getAlignment();
 537
 538     /*
 539      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 540      */
 541     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 542     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 543     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 544     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 545     assertFalse(sp.isForConservation());
 546     sp.valueChanged(10);
 547     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 548     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 549     assertTrue(sp.isForConservation());
 550     sp.valueChanged(20);
 551     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 552     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 553     assertTrue(rs.conservationApplied());
 554     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 555
 556     /*
 557      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 558      * and 40% PID threshold
 559      */
 560     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 561     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 562     sg.setStartRes(15);
 563     sg.setEndRes(25);
 564     av.setSelectionGroup(sg);
 565     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, null, null);
 566     popupMenu.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Strand
 567             .toString());
 568     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 569     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 570     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 571     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 572     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 573     assertTrue(sp.isForConservation());
 574     sp.valueChanged(30);
 575     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 576     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 577     assertFalse(sp.isForConservation());
 578     sp.valueChanged(40);
 579     rs = sg.getGroupColourScheme();
 580     assertTrue(rs.conservationApplied());
 581     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 582     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 583
 584     /*
 585      * set slider panel focus to the background alignment
 586      */
 587     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 588     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 589     assertTrue(sp.isForConservation());
 590     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 591             "label.conservation_colour_increment",
 592             new String[] { "Background" }));
 593
 594     /*
 595      * make a new View, verify alignment and group colour schemes
 596      */
 597     af.newView_actionPerformed(null);
 598     assertEquals(af.alignPanel.getViewName(), "View 1");
 599     AlignViewport av2 = af.getViewport();
 600     assertNotSame(av, av2);
 601     assertSame(av2, af.alignPanel.av);
 602     rs = av2.getResidueShading();
 603     assertNotSame(av.getResidueShading(), rs);
 604     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 605     assertTrue(rs.conservationApplied(), rs.toString());
 606     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 607     assertEquals(av2.getAlignment().getGroups().size(), 1);
 608     sg = av2.getAlignment().getGroups().get(0);
 609     rs = sg.getGroupColourScheme();
 610     assertTrue(rs.conservationApplied());
 611     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 612     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 613
 614     /*
 615      * check the Conservation SliderPanel (still open) is linked to
 616      * and updates the new view (JAL-2385)
 617      */
 618     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 619     assertTrue(sp.isForConservation());
 620     assertEquals(sp.getTitle(), MessageManager.formatMessage(
 621             "label.conservation_colour_increment",
 622             new String[] { "View 1" }));
 623     sp.valueChanged(22);
 624     assertEquals(av2.getResidueShading().getConservationInc(), 22);
 625   }
 626
 627   /**
 628    * Verify that making a New View preserves the dataset reference for the
 629    * alignment. Otherwise, see a 'duplicate jar entry' reference when trying to
 630    * save alignments with multiple views, and codon mappings will not be shared
 631    * across all panels in a split frame.
 632    *
 633    * @see Jalview2xmlTests#testStoreAndRecoverColourThresholds()
 634    */
 635   @Test(groups = "Functional")
 636   public void testNewView_dsRefPreserved()
 637   {
 638     AlignViewport av = af.getViewport();
 639     AlignmentI al = av.getAlignment();
 640     AlignmentI original_ds = al.getDataset();
 641     af.newView_actionPerformed(null);
 642     assertNotEquals("New view didn't select the a new panel", av,
 643             af.getViewport());
 644     org.testng.Assert.assertEquals(original_ds,
 645             af.getViewport().getAlignment().getDataset(),
 646             "Dataset was not preserved in new view");
 647   }
 648 }