test/jalview/io/BioJsHTMLOutputTest.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.json.binding.v1.BioJSReleasePojo;
   4 import jalview.json.binding.v1.BioJSRepositoryPojo;
   5
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.IOException;
   8 import java.net.MalformedURLException;
   9 import java.net.URISyntaxException;
  10 import java.net.URL;
  11 import java.net.URLConnection;
  12 import java.util.TreeMap;
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  14 import org.junit.Assert;
  15 import org.junit.Test;
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  18 public class BioJsHTMLOutputTest
  19 {
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  21   @Test
  22   public void getJalviewAlignmentAsJsonString()
  23   {
  24     String bjsTemplate = null;
  25     try
  26     {
  27       BioJsHTMLOutput.updateBioJS();
  28       try
  29       {
  30         // allow the update some three seconds to complete before getting latest
  31         // version of BioJS template
  32         Thread.sleep(1000 * 3);
  33       } catch (InterruptedException e)
  34       {
  35         e.printStackTrace();
  36       }
  37       bjsTemplate = BioJsHTMLOutput.getBioJsTemplateAsString();
  38       // System.out.println(bjsTemplate);
  39     } catch (IOException e)
  40     {
  41       e.printStackTrace();
  42     }
  43     Assert.assertNotNull(bjsTemplate);
  44   }
  45
  46   @Test(expected = NullPointerException.class)
  47   public void expectedNullPointerException()
  48   {
  49     try
  50     {
  51       BioJsHTMLOutput.refreshBioJSVersionsInfo(null);
  52     } catch (URISyntaxException e)
  53     {
  54       Assert.fail("Expception occured while testing!");
  55       e.printStackTrace();
  56     }
  57   }
  58
  59   @Test
  60   public void getBioJsMSAVersions()
  61   {
  62     TreeMap<String, File> versions = null;
  63     try
  64     {
  65       BioJsHTMLOutput
  66               .refreshBioJSVersionsInfo(BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
  67       versions = BioJsHTMLOutput.getBioJsMSAVersions();
  68     } catch (URISyntaxException e)
  69     {
  70       Assert.fail("Expception occured while testing!");
  71       e.printStackTrace();
  72     }
  73     Assert.assertNotNull("No versions found", versions);
  74     Assert.assertTrue("One or more Templates required", versions.size() > 0);
  75     System.out
  76             .println("Number of discovered versions : "
  77             + versions.size());
  78     for (String v : versions.keySet())
  79     {
  80       System.out.println("version : " + v);
  81       System.out.println("File : " + versions.get(v));
  82     }
  83
  84     System.out.println("\nCurrent latest version : "
  85             + BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  86     Assert.assertNotNull("Latest BioJsMSA version NOT found!",
  87             BioJsHTMLOutput.getCurrentBJSTemplateFile());
  88
  89   }
  90
  91   @Test
  92   public void testBioJsUpdate()
  93   {
  94     String url = BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATE_GIT_REPO;
  95     Assert.assertTrue("URL not reacable : " + url, urlIsReachable(url));
  96     String response = BioJsHTMLOutput.getURLContentAsString(url);
  97     Assert.assertNotNull("Null response read from url!", response);
  98     BioJSRepositoryPojo repository = new BioJSRepositoryPojo(response);
  99     System.out.println(">>> description : " + repository.getDescription());
 100     System.out
 101 .println(">>> latest version : "
 102             + repository.getLatestReleaseVersion());
 103     System.out.println(">>> repo count : "
 104             + repository.getReleases().size());
 105     for (BioJSReleasePojo release : repository.getReleases())
 106     {
 107       System.out.println("repo type : " + release.getType());
 108       System.out.println("url : " + release.getUrl());
 109       System.out.println("release version : " + release.getVersion());
 110     }
 111   }
 112
 113   private static boolean urlIsReachable(String urlString)
 114   {
 115     try
 116     {
 117       final URL url = new URL(urlString);
 118       final URLConnection conn = url.openConnection();
 119       conn.connect();
 120       return true;
 121     } catch (MalformedURLException e)
 122     {
 123       throw new RuntimeException(e);
 124     } catch (IOException e)
 125     {
 126       return false;
 127     }
 128   }
 129 }