test/jalview/io/Jalview2xmlBase.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.bin.Cache;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6
   7 import java.time.Instant;
   8 import java.util.Date;
   9
  10 import org.testng.annotations.AfterClass;
  11 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  12
  13 public class Jalview2xmlBase
  14 {
  15
  16   /**
  17    * @throws java.lang.Exception
  18    */
  19   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  20   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  21   {
  22     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  23         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  24     jalview.bin.Cache.setProperty(
  25             "JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED",
  26             Cache.date_format.format(Date.from(Instant.now().plusSeconds(
  27                     3600))));
  28   }
  29
  30   /**
  31    * @throws java.lang.Exception
  32    */
  33   @AfterClass(alwaysRun = true)
  34   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  35   {
  36     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  37   }
  38
  39   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  40   {
  41     int numdsann = 0;
  42     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  43     {
  44       if (sq.getAnnotation() != null)
  45       {
  46         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  47         {
  48           if (dssa.isValidStruc())
  49           {
  50             numdsann++;
  51           }
  52         }
  53       }
  54     }
  55     return numdsann;
  56   }
  57
  58 }