test/jalview/io/gff/GffTests.java

   1 package jalview.io.gff;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
   7
   8 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
   9 import jalview.datamodel.Alignment;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  11 import jalview.datamodel.Mapping;
  12 import jalview.datamodel.Sequence;
  13 import jalview.datamodel.SequenceDummy;
  14 import jalview.datamodel.SequenceI;
  15 import jalview.gui.AlignFrame;
  16 import jalview.io.FileLoader;
  17 import jalview.io.FormatAdapter;
  18
  19 import java.util.List;
  20
  21 import org.testng.annotations.Test;
  22
  23 /**
  24  * Tests of use cases that include parsing GFF (version 2 or 3) features that
  25  * describe mappings between protein and cDNA. The format of the GFF varies
  26  * depending on which tool generated it.
  27  */
  28 public class GffTests
  29 {
  30   /**
  31    * Test the case where we load a protein ('query') sequence, then exonerateGff
  32    * describing its mapping to cDNA, and then a DNA sequence including the
  33    * mapped region
  34    */
  35   @Test(groups = "Functional")
  36   public void testResolveExonerateGff()
  37   {
  38     String proteinSeq = ">prot1/10-16\nYCWRSGA";
  39     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  40             proteinSeq, FormatAdapter.PASTE);
  41
  42     /*
  43      * exonerate GFF output mapping residues 11-15 (CWRSG)
  44      * to bases 24-10 in sequence 'dna1' (reverse strand)
  45      */
  46     String exonerateGff = "##gff-version 2\n"
  47             + "prot1\tprotein2genome\tsimilarity\t11\t15\t99\t-\t.\talignment_id 0 ; Target dna1 ; Align 11 24 5";
  48     af.loadJalviewDataFile(exonerateGff, FormatAdapter.PASTE, null, null);
  49
  50     /*
  51      * check we have a mapping from prot1 to SequenceDummy 'dna1'
  52      */
  53     AlignmentI dataset = af.getViewport().getAlignment().getDataset();
  54     assertEquals(1, dataset.getSequences().size());
  55     assertEquals("prot1", dataset.getSequenceAt(0).getName());
  56     assertEquals("YCWRSGA", dataset.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
  57     List<AlignedCodonFrame> mappings = dataset.getCodonFrames();
  58     assertEquals(1, mappings.size());
  59     AlignedCodonFrame mapping = mappings.iterator().next();
  60     SequenceI mappedDna = mapping.getDnaForAaSeq(dataset.getSequenceAt(0));
  61     assertTrue(mappedDna instanceof SequenceDummy);
  62     assertEquals("dna1", mappedDna.getName());
  63     Mapping[] mapList = mapping.getProtMappings();
  64     assertEquals(1, mapList.length);
  65     // 11 in protein should map to codon [24, 23, 22] in dna
  66     int[] mappedRegion = mapList[0].getMap().locateInFrom(11, 11);
  67     assertArrayEquals(new int[] { 24, 22 }, mappedRegion);
  68     // 15 in protein should map to codon [12, 11, 10] in dna
  69     mappedRegion = mapList[0].getMap().locateInFrom(15, 15);
  70     assertArrayEquals(new int[] { 12, 10 }, mappedRegion);
  71
  72     SequenceI dna1 = new Sequence("dna1", "AAACCCGGGTTTAAACCCGGGTTT");
  73     AlignmentI al = new Alignment(new SequenceI[] { dna1 });
  74     al.setDataset(null);
  75
  76     /*
  77      * Now 'realise' the virtual mapping to the real DNA sequence;
  78      * interactively this could be by a drag or fetch of the sequence data
  79      * on to the alignment
  80      */
  81     mapping.realiseWith(dna1);
  82     // verify the mapping is now from the real, not the dummy sequence
  83     assertSame(dna1.getDatasetSequence(),
  84             mapping.getDnaForAaSeq(dataset.getSequenceAt(0)));
  85   }
  86 }