test/jalview/project/Jalview2xmlTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.project;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27 import static org.testng.Assert.assertSame;
  28 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  29
  30 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  31 import jalview.api.AlignViewportI;
  32 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  33 import jalview.api.FeatureColourI;
  34 import jalview.api.ViewStyleI;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  38 import jalview.datamodel.GeneLocus;
  39 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  40 import jalview.datamodel.Mapping;
  41 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  42 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  43 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  44 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  45 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  48 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  49 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  50 import jalview.gui.AlignFrame;
  51 import jalview.gui.AlignViewport;
  52 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  53 import jalview.gui.Desktop;
  54 import jalview.gui.JvOptionPane;
  55 import jalview.gui.PCAPanel;
  56 import jalview.gui.PopupMenu;
  57 import jalview.gui.SliderPanel;
  58 import jalview.io.DataSourceType;
  59 import jalview.io.FileFormat;
  60 import jalview.io.FileLoader;
  61 import jalview.io.Jalview2xmlBase;
  62 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  63 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  64 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  65 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  66 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  67 import jalview.schemes.FeatureColour;
  68 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  69 import jalview.schemes.RNAHelicesColour;
  70 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  71 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;
  72 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  73 import jalview.util.MapList;
  74 import jalview.util.matcher.Condition;
  75 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  76 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  77
  78 import java.awt.Color;
  79 import java.io.File;
  80 import java.io.IOException;
  81 import java.util.ArrayList;
  82 import java.util.HashMap;
  83 import java.util.List;
  84 import java.util.Map;
  85
  86 import javax.swing.JInternalFrame;
  87
  88 import org.testng.Assert;
  89 import org.testng.AssertJUnit;
  90 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  91 import org.testng.annotations.Test;
  92
  93 @Test(singleThreaded = true)
  94 public class Jalview2xmlTests extends Jalview2xmlBase
  95 {
  96
  97   @Override
  98   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  99   public void setUpJvOptionPane()
 100   {
 101     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
 102     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
 103   }
 104
 105   @Test(groups = { "Functional" })
 106   public void testRNAStructureRecovery() throws Exception
 107   {
 108     String inFile = "examples/RF00031_folded.stk";
 109     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 110             .getAbsolutePath();
 111     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 112             DataSourceType.FILE);
 113     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 114     int olddsann = countDsAnn(af.getViewport());
 115     assertTrue(olddsann > 0, "Didn't find any dataset annotations");
 116     af.changeColour_actionPerformed(
 117             JalviewColourScheme.RNAHelices.toString());
 118     assertTrue(
 119             af.getViewport()
 120                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 121             "Couldn't apply RNA helices colourscheme");
 122     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 123     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 124             "Failed to store as a project.");
 125     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 126     af = null;
 127     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 128             DataSourceType.FILE);
 129     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 130     int newdsann = countDsAnn(af.getViewport());
 131     assertEquals(olddsann, newdsann,
 132             "Differing numbers of dataset sequence annotation\nOriginally "
 133                     + olddsann + " and now " + newdsann);
 134     System.out.println(
 135             "Read in same number of annotations as originally present ("
 136                     + olddsann + ")");
 137     assertTrue(
 138
 139             af.getViewport()
 140                     .getGlobalColourScheme() instanceof RNAHelicesColour,
 141             "RNA helices colourscheme was not applied on import.");
 142   }
 143
 144   @Test(groups = { "Functional" })
 145   public void testTCoffeeScores() throws Exception
 146   {
 147     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 148             inAnnot = "examples/uniref50.score_ascii";
 149     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 150             .getAbsolutePath();
 151     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 152             DataSourceType.FILE);
 153     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 154     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 155     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 156     assertSame(viewport.getGlobalColourScheme().getClass(),
 157             TCoffeeColourScheme.class, "Didn't set T-coffee colourscheme");
 158     assertNotNull(
 159             ColourSchemeProperty.getColourScheme(viewport,
 160                     viewport.getAlignment(),
 161                     viewport.getGlobalColourScheme()
 162                             .getSchemeName()),
 163             "Recognise T-Coffee score from string");
 164
 165     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 166     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 167             "Failed to store as a project.");
 168     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 169     af = null;
 170     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 171             DataSourceType.FILE);
 172     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 173     assertSame(af.getViewport().getGlobalColourScheme().getClass(),
 174             TCoffeeColourScheme.class,
 175             "Didn't set T-coffee colourscheme for imported project.");
 176     System.out.println(
 177             "T-Coffee score shading successfully recovered from project.");
 178   }
 179
 180   @Test(groups = { "Functional" })
 181   public void testColourByAnnotScores() throws Exception
 182   {
 183     String inFile = "examples/uniref50.fa",
 184             inAnnot = "examples/testdata/uniref50_iupred.jva";
 185     String tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp")
 186             .getAbsolutePath();
 187     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(inFile,
 188             DataSourceType.FILE);
 189     assertNotNull(af, "Didn't read input file " + inFile);
 190     af.loadJalviewDataFile(inAnnot, DataSourceType.FILE, null, null);
 191     AlignmentAnnotation[] aa = af.getViewport().getAlignment()
 192             .getSequenceAt(0).getAnnotation("IUPredWS (Short)");
 193     assertTrue(
 194
 195             aa != null && aa.length > 0,
 196             "Didn't find any IUPred annotation to use to shade alignment.");
 197     AnnotationColourGradient cs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 198             AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD);
 199     AnnotationColourGradient gcs = new AnnotationColourGradient(aa[0], null,
 200             AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD);
 201     cs.setSeqAssociated(true);
 202     gcs.setSeqAssociated(true);
 203     af.changeColour(cs);
 204     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 205     sg.setStartRes(57);
 206     sg.setEndRes(92);
 207     sg.cs.setColourScheme(gcs);
 208     af.getViewport().getAlignment().addGroup(sg);
 209     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
 210     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(2), true);
 211     af.alignPanel.alignmentChanged();
 212     af.saveAlignment(tfile, FileFormat.Jalview);
 213     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 214             "Failed to store as a project.");
 215     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 216     af = null;
 217     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile,
 218             DataSourceType.FILE);
 219     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
 220
 221     // check for group and alignment colourschemes
 222
 223     ColourSchemeI _rcs = af.getViewport().getGlobalColourScheme();
 224     ColourSchemeI _rgcs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 225             .getColourScheme();
 226     assertNotNull(_rcs, "Didn't recover global colourscheme");
 227     assertTrue(_rcs instanceof AnnotationColourGradient,
 228             "Didn't recover annotation colour global scheme");
 229     AnnotationColourGradient __rcs = (AnnotationColourGradient) _rcs;
 230     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 231             "Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 232
 233     boolean diffseqcols = false, diffgseqcols = false;
 234     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 235     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 236             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 237     {
 238       if (_rcs.findColour(sqs[0].getCharAt(p), p, sqs[0], null, 0f) != _rcs
 239               .findColour(sqs[5].getCharAt(p), p, sqs[5], null, 0f))
 240       {
 241         diffseqcols = true;
 242       }
 243     }
 244     assertTrue(diffseqcols, "Got Different sequence colours");
 245     System.out.println(
 246             "Per sequence colourscheme (Background) successfully applied and recovered.");
 247
 248     assertNotNull(_rgcs, "Didn't recover group colourscheme");
 249     assertTrue(_rgcs instanceof AnnotationColourGradient,
 250             "Didn't recover annotation colour group colourscheme");
 251     __rcs = (AnnotationColourGradient) _rgcs;
 252     assertTrue(__rcs.isSeqAssociated(),
 253             "Group Annotation colourscheme wasn't sequence associated");
 254
 255     for (int p = 0, pSize = af.getViewport().getAlignment()
 256             .getWidth(); p < pSize && (!diffseqcols || !diffgseqcols); p++)
 257     {
 258       if (_rgcs.findColour(sqs[1].getCharAt(p), p, sqs[1], null,
 259               0f) != _rgcs.findColour(sqs[2].getCharAt(p), p, sqs[2], null,
 260                       0f))
 261       {
 262         diffgseqcols = true;
 263       }
 264     }
 265     assertTrue(diffgseqcols, "Got Different group sequence colours");
 266     System.out.println(
 267             "Per sequence (Group) colourscheme successfully applied and recovered.");
 268   }
 269
 270   @Test(groups = { "Functional" })
 271   public void gatherViewsHere() throws Exception
 272   {
 273     int origCount = Desktop.getAlignFrames() == null ? 0
 274             : Desktop.getAlignFrames().length;
 275     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 276             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 277     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 278     assertTrue(Desktop.getAlignFrames().length == 1 + origCount,
 279             "Didn't gather the views in the example file.");
 280
 281   }
 282
 283   /**
 284    * Test for JAL-2223 - multiple mappings in View Mapping report
 285    *
 286    * @throws Exception
 287    */
 288   @Test(groups = { "Functional" })
 289   public void noDuplicatePdbMappingsMade() throws Exception
 290   {
 291     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 292     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 293     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 294             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 295     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 296
 297     // locate Jmol viewer
 298     // count number of PDB mappings the structure selection manager holds -
 299     String pdbFile = af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 300             .findFileForPDBId("1A70");
 301     assertEquals(
 302             af.getCurrentView().getStructureSelectionManager()
 303                     .getMapping(pdbFile).length,
 304             2, "Expected only two mappings for 1A70");
 305
 306   }
 307
 308   @Test(groups = { "Functional" })
 309   public void viewRefPdbAnnotation() throws Exception
 310   {
 311     StructureImportSettings.setProcessSecondaryStructure(true);
 312     StructureImportSettings.setVisibleChainAnnotation(true);
 313     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 314             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 315     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 316     AlignmentViewPanel sps = null;
 317     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 318     {
 319       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 320       {
 321         sps = ap;
 322         break;
 323       }
 324     }
 325     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 326     AlignmentAnnotation refan = null;
 327     for (AlignmentAnnotation ra : sps.getAlignment()
 328             .getAlignmentAnnotation())
 329     {
 330       if (ra.graph != 0)
 331       {
 332         refan = ra;
 333         break;
 334       }
 335     }
 336     assertNotNull(refan, "Annotation secondary structure not found.");
 337     SequenceI sq = sps.getAlignment().findName("1A70|");
 338     assertNotNull(sq, "Couldn't find 1a70 null chain");
 339     // compare the manually added temperature factor annotation
 340     // to the track automatically transferred from the pdb structure on load
 341     assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation(),
 342             "1a70 has no annotation");
 343     for (AlignmentAnnotation ala : sq.getDatasetSequence().getAnnotation())
 344     {
 345       AlignmentAnnotation alaa;
 346       sq.addAlignmentAnnotation(alaa = new AlignmentAnnotation(ala));
 347       alaa.adjustForAlignment();
 348       if (ala.graph == refan.graph)
 349       {
 350         for (int p = 0; p < ala.annotations.length; p++)
 351         {
 352           sq.findPosition(p);
 353           try
 354           {
 355             assertTrue((alaa.annotations[p] == null
 356                     && refan.annotations[p] == null)
 357                     || alaa.annotations[p].value == refan.annotations[p].value,
 358                     "Mismatch at alignment position " + p);
 359           } catch (NullPointerException q)
 360           {
 361             Assert.fail("Mismatch of alignment annotations at position " + p
 362                     + " Ref seq ann: " + refan.annotations[p]
 363                     + " alignment " + alaa.annotations[p]);
 364           }
 365         }
 366       }
 367     }
 368
 369   }
 370
 371   @Test(groups = { "Functional" })
 372   public void testCopyViewSettings() throws Exception
 373   {
 374     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 375             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 376     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 377     AlignmentViewPanel sps = null, groups = null;
 378     for (AlignmentViewPanel ap : af.alignPanel.alignFrame.getAlignPanels())
 379     {
 380       if ("Spinach Feredoxin Structure".equals(ap.getViewName()))
 381       {
 382         sps = ap;
 383       }
 384       if (ap.getViewName().contains("MAFFT"))
 385       {
 386         groups = ap;
 387       }
 388     }
 389     assertNotNull(sps, "Couldn't find the structure view");
 390     assertNotNull(groups, "Couldn't find the MAFFT view");
 391
 392     ViewStyleI structureStyle = sps.getAlignViewport().getViewStyle();
 393     ViewStyleI groupStyle = groups.getAlignViewport().getViewStyle();
 394     AssertJUnit.assertFalse(structureStyle.sameStyle(groupStyle));
 395
 396     groups.getAlignViewport().setViewStyle(structureStyle);
 397     AssertJUnit.assertFalse(
 398             groupStyle.sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 399     Assert.assertTrue(structureStyle
 400             .sameStyle(groups.getAlignViewport().getViewStyle()));
 401
 402   }
 403
 404   /**
 405    * test store and recovery of expanded views
 406    *
 407    * @throws Exception
 408    */
 409   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = true)
 410   public void testStoreAndRecoverExpandedviews() throws Exception
 411   {
 412     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 413
 414     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 415             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 416     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 1);
 417     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 418
 419     // check FileLoader returned a reference to the one alignFrame that is
 420     // actually on the Desktop
 421     assertSame(af, Desktop.getAlignFrameFor(af.getViewport()),
 422             "Jalview2XML.loadAlignFrame() didn't return correct AlignFrame reference for multiple view window");
 423
 424     Desktop.explodeViews(af);
 425
 426     int oldviews = Desktop.getAlignFrames().length;
 427     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 428             Desktop.getAlignmentPanels(afid).length);
 429     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverExpanded", ".jvp");
 430     try
 431     {
 432       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 433     } catch (Error e)
 434     {
 435       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 436     } catch (Exception e)
 437     {
 438       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 439     }
 440     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 441     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 442     {
 443       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 444     }
 445     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 446             DataSourceType.FILE);
 447     Assert.assertNotNull(af);
 448     Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length,
 449             Desktop.getAlignmentPanels(
 450                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length);
 451     Assert.assertEquals(
 452             Desktop.getAlignmentPanels(
 453                     af.getViewport().getSequenceSetId()).length,
 454             oldviews);
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Test save and reload of a project with a different representative sequence
 459    * in each view.
 460    *
 461    * @throws Exception
 462    */
 463   @Test(groups = { "Functional" })
 464   public void testStoreAndRecoverReferenceSeqSettings() throws Exception
 465   {
 466     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 467     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 468             "examples/exampleFile_2_7.jar", DataSourceType.FILE);
 469     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 470     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 471
 472     // remember reference sequence for each panel
 473     Map<String, SequenceI> refseqs = new HashMap<>();
 474
 475     /*
 476      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 477      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 478      */
 479     int n = 1;
 480     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 481     {
 482       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 483       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 484       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 485       SequenceI rep = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 486       refseqs.put(ap.getViewName(), rep);
 487
 488       // code from mark/unmark sequence as reference in jalview.gui.PopupMenu
 489       // todo refactor this to an alignment view controller
 490       av.setDisplayReferenceSeq(true);
 491       av.setColourByReferenceSeq(true);
 492       av.getAlignment().setSeqrep(rep);
 493
 494       n++;
 495     }
 496     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverReferenceSeq",
 497             ".jvp");
 498     try
 499     {
 500       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 501     } catch (Throwable e)
 502     {
 503       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 504     }
 505     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 506     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 507     {
 508       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 509     }
 510
 511     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 512             DataSourceType.FILE);
 513     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 514
 515     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 516     {
 517       // check representative
 518       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 519       SequenceI rep = alignment.getSeqrep();
 520       Assert.assertNotNull(rep,
 521               "Couldn't restore sequence representative from project");
 522       // can't use a strong equals here, because by definition, the sequence IDs
 523       // will be different.
 524       // could set vamsas session save/restore flag to preserve IDs across
 525       // load/saves.
 526       Assert.assertEquals(refseqs.get(ap.getViewName()).toString(),
 527               rep.toString(),
 528               "Representative wasn't the same when recovered.");
 529       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isDisplayReferenceSeq(),
 530               "Display reference sequence view setting not set.");
 531       Assert.assertTrue(ap.getAlignViewport().isColourByReferenceSeq(),
 532               "Colour By Reference Seq view setting not set.");
 533     }
 534   }
 535
 536   @Test(groups = { "Functional" })
 537   public void testIsVersionStringLaterThan()
 538   {
 539     /*
 540      * No version / development / test / autobuild is leniently assumed to be
 541      * compatible
 542      */
 543     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, null));
 544     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", null));
 545     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "2.8.3"));
 546     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 547             "Development Build"));
 548     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null,
 549             "DEVELOPMENT BUILD"));
 550     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 551             "Development Build"));
 552     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Test"));
 553     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "TEST"));
 554     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "Test"));
 555     assertTrue(
 556             Jalview2XML.isVersionStringLaterThan(null, "Automated Build"));
 557     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 558             "Automated Build"));
 559     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3",
 560             "AUTOMATED BUILD"));
 561
 562     /*
 563      * same version returns true i.e. compatible
 564      */
 565     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8"));
 566     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3"));
 567     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3b1"));
 568     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3B1", "2.8.3b1"));
 569     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3B1"));
 570
 571     /*
 572      * later version returns true
 573      */
 574     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.4"));
 575     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9"));
 576     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.9.2"));
 577     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8", "2.8.3"));
 578     assertTrue(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.3b1"));
 579
 580     /*
 581      * earlier version returns false
 582      */
 583     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8"));
 584     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.4", "2.8.3"));
 585     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3b1", "2.8.3"));
 586     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.3", "2.8.2b1"));
 587     assertFalse(Jalview2XML.isVersionStringLaterThan("2.8.0b2", "2.8.0b1"));
 588   }
 589
 590   /**
 591    * Test save and reload of a project with a different sequence group (and
 592    * representative sequence) in each view.
 593    *
 594    * @throws Exception
 595    */
 596   @Test(groups = { "Functional" })
 597   public void testStoreAndRecoverGroupRepSeqs() throws Exception
 598   {
 599     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 600     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 601             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 602     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 603     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 604     // make a second view of the alignment
 605     af.newView_actionPerformed(null);
 606
 607     /*
 608      * remember representative and hidden sequences marked
 609      * on each panel
 610      */
 611     Map<String, SequenceI> repSeqs = new HashMap<>();
 612     Map<String, List<String>> hiddenSeqNames = new HashMap<>();
 613
 614     /*
 615      * mark sequence 2, 3, 4.. in panels 1, 2, 3...
 616      * as reference sequence for itself and the preceding sequence
 617      */
 618     int n = 1;
 619     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 620     {
 621       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 622       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 623       int repIndex = n % alignment.getHeight();
 624       // ensure at least one preceding sequence i.e. index >= 1
 625       repIndex = Math.max(repIndex, 1);
 626       SequenceI repSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex);
 627       repSeqs.put(ap.getViewName(), repSeq);
 628       List<String> hiddenNames = new ArrayList<>();
 629       hiddenSeqNames.put(ap.getViewName(), hiddenNames);
 630
 631       /*
 632        * have rep sequence represent itself and the one before it
 633        * this hides the group (except for the rep seq)
 634        */
 635       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 636       sg.addSequence(repSeq, false);
 637       SequenceI precedingSeq = alignment.getSequenceAt(repIndex - 1);
 638       sg.addSequence(precedingSeq, false);
 639       sg.setSeqrep(repSeq);
 640       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 641       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 642       av.setSelectionGroup(sg);
 643       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 644
 645       /*
 646        * represent group with sequence adds to a map of hidden rep sequences
 647        * (it does not create a group on the alignment)
 648        */
 649       ((AlignmentViewport) av).hideSequences(repSeq, true);
 650       assertSame(repSeq, sg.getSeqrep());
 651       assertTrue(sg.getSequences().contains(repSeq));
 652       assertTrue(sg.getSequences().contains(precedingSeq));
 653       assertTrue(alignment.getGroups().isEmpty(), "alignment has groups");
 654       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 655               .getHiddenRepSequences();
 656       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap);
 657       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 658       assertSame(sg, hiddenRepSeqsMap.get(repSeq));
 659       assertTrue(alignment.getHiddenSequences().isHidden(precedingSeq));
 660       assertFalse(alignment.getHiddenSequences().isHidden(repSeq));
 661       hiddenNames.add(precedingSeq.getName());
 662
 663       n++;
 664     }
 665     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGroupReps",
 666             ".jvp");
 667     try
 668     {
 669       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 670     } catch (Throwable e)
 671     {
 672       Assert.fail("Didn't save the expanded view state", e);
 673     }
 674     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 675     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 676     {
 677       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 678     }
 679
 680     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 681             DataSourceType.FILE);
 682     afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 683
 684     for (AlignmentViewPanel ap : Desktop.getAlignmentPanels(afid))
 685     {
 686       String viewName = ap.getViewName();
 687       AlignViewportI av = ap.getAlignViewport();
 688       AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 689       List<SequenceGroup> groups = alignment.getGroups();
 690       assertNotNull(groups);
 691       assertTrue(groups.isEmpty(), "Alignment has groups");
 692       Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSeqsMap = av
 693               .getHiddenRepSequences();
 694       assertNotNull(hiddenRepSeqsMap, "No hidden represented sequences");
 695       assertEquals(1, hiddenRepSeqsMap.size());
 696       assertEquals(repSeqs.get(viewName).getDisplayId(true),
 697               hiddenRepSeqsMap.keySet().iterator().next()
 698                       .getDisplayId(true));
 699
 700       /*
 701        * verify hidden sequences in restored panel
 702        */
 703       List<String> hidden = hiddenSeqNames.get(ap.getViewName());
 704       HiddenSequences hs = alignment.getHiddenSequences();
 705       assertEquals(hidden.size(), hs.getSize(),
 706               "wrong number of restored hidden sequences in "
 707                       + ap.getViewName());
 708     }
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Test save and reload of PDBEntry in Jalview project
 713    *
 714    * @throws Exception
 715    */
 716   @Test(groups = { "Functional" })
 717   public void testStoreAndRecoverPDBEntry() throws Exception
 718   {
 719     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 720     String exampleFile = "examples/3W5V.pdb";
 721     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
 722             DataSourceType.FILE);
 723     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
 724     String afid = af.getViewport().getSequenceSetId();
 725
 726     AlignmentPanel[] alignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(afid);
 727     System.out.println();
 728     AlignmentViewPanel ap = alignPanels[0];
 729     String tfileBase = new File(".").getAbsolutePath().replace(".", "");
 730     String testFile = tfileBase + exampleFile;
 731     AlignmentI alignment = ap.getAlignment();
 732     System.out.println("blah");
 733     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 734     Assert.assertNotNull(seqs[0]);
 735     Assert.assertNotNull(seqs[1]);
 736     Assert.assertNotNull(seqs[2]);
 737     Assert.assertNotNull(seqs[3]);
 738     Assert.assertNotNull(seqs[0].getDatasetSequence());
 739     Assert.assertNotNull(seqs[1].getDatasetSequence());
 740     Assert.assertNotNull(seqs[2].getDatasetSequence());
 741     Assert.assertNotNull(seqs[3].getDatasetSequence());
 742     PDBEntry[] pdbEntries = new PDBEntry[4];
 743     pdbEntries[0] = new PDBEntry("3W5V", "A", Type.PDB, testFile);
 744     pdbEntries[1] = new PDBEntry("3W5V", "B", Type.PDB, testFile);
 745     pdbEntries[2] = new PDBEntry("3W5V", "C", Type.PDB, testFile);
 746     pdbEntries[3] = new PDBEntry("3W5V", "D", Type.PDB, testFile);
 747     Assert.assertEquals(
 748             seqs[0].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 749             pdbEntries[0]);
 750     Assert.assertEquals(
 751             seqs[1].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 752             pdbEntries[1]);
 753     Assert.assertEquals(
 754             seqs[2].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 755             pdbEntries[2]);
 756     Assert.assertEquals(
 757             seqs[3].getDatasetSequence().getAllPDBEntries().get(0),
 758             pdbEntries[3]);
 759
 760     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverPDBEntry", ".jvp");
 761     try
 762     {
 763       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 764     } catch (Throwable e)
 765     {
 766       Assert.fail("Didn't save the state", e);
 767     }
 768     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 769     if (Desktop.getAlignFrames() != null)
 770     {
 771       Assert.assertEquals(Desktop.getAlignFrames().length, 0);
 772     }
 773
 774     AlignFrame restoredFrame = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 775             tfile.getAbsolutePath(), DataSourceType.FILE);
 776     String rfid = restoredFrame.getViewport().getSequenceSetId();
 777     AlignmentPanel[] rAlignPanels = Desktop.getAlignmentPanels(rfid);
 778     AlignmentViewPanel rap = rAlignPanels[0];
 779     AlignmentI rAlignment = rap.getAlignment();
 780     System.out.println("blah");
 781     SequenceI[] rseqs = rAlignment.getSequencesArray();
 782     Assert.assertNotNull(rseqs[0]);
 783     Assert.assertNotNull(rseqs[1]);
 784     Assert.assertNotNull(rseqs[2]);
 785     Assert.assertNotNull(rseqs[3]);
 786     Assert.assertNotNull(rseqs[0].getDatasetSequence());
 787     Assert.assertNotNull(rseqs[1].getDatasetSequence());
 788     Assert.assertNotNull(rseqs[2].getDatasetSequence());
 789     Assert.assertNotNull(rseqs[3].getDatasetSequence());
 790
 791     // The Asserts below are expected to fail until the PDB chainCode is
 792     // recoverable from a Jalview projects
 793     for (int chain = 0; chain < 4; chain++)
 794     {
 795       PDBEntry recov = rseqs[chain].getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 796               .get(0);
 797       PDBEntry expected = pdbEntries[chain];
 798       Assert.assertEquals(recov.getId(), expected.getId(),
 799               "Mismatch PDB ID");
 800       Assert.assertEquals(recov.getChainCode(), expected.getChainCode(),
 801               "Mismatch PDB ID");
 802       Assert.assertEquals(recov.getType(), expected.getType(),
 803               "Mismatch PDBEntry 'Type'");
 804       Assert.assertNotNull(recov.getFile(),
 805               "Recovered PDBEntry should have a non-null file entry");
 806     }
 807   }
 808
 809   /**
 810    * Configure an alignment and a sub-group each with distinct colour schemes,
 811    * Conservation and PID thresholds, and confirm these are restored from the
 812    * saved project.
 813    *
 814    * @throws IOException
 815    */
 816   @Test(groups = { "Functional" })
 817   public void testStoreAndRecoverColourThresholds() throws IOException
 818   {
 819     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 820     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 821             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
 822
 823     AlignViewport av = af.getViewport();
 824     AlignmentI al = av.getAlignment();
 825
 826     /*
 827      * Colour alignment by Buried Index, Above 10% PID, By Conservation 20%
 828      */
 829     av.setColourAppliesToAllGroups(false);
 830     af.changeColour_actionPerformed(JalviewColourScheme.Buried.toString());
 831     assertTrue(av.getGlobalColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 832     af.abovePIDThreshold_actionPerformed(true);
 833     SliderPanel sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 834     assertFalse(sp.isForConservation());
 835     sp.valueChanged(10);
 836     af.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 837     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 838     assertTrue(sp.isForConservation());
 839     sp.valueChanged(20);
 840     ResidueShaderI rs = av.getResidueShading();
 841     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 842     assertTrue(rs.conservationApplied());
 843     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 844
 845     /*
 846      * create a group with Strand colouring, 30% Conservation
 847      * and 40% PID threshold
 848      * (notice menu action applies to selection group even if mouse click
 849      * is at a sequence not in the group)
 850      */
 851     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 852     sg.addSequence(al.getSequenceAt(0), false);
 853     sg.setStartRes(15);
 854     sg.setEndRes(25);
 855     av.setSelectionGroup(sg);
 856     PopupMenu popupMenu = new PopupMenu(af.alignPanel, al.getSequenceAt(2),
 857             null);
 858     popupMenu.changeColour_actionPerformed(
 859             JalviewColourScheme.Strand.toString());
 860     assertTrue(sg.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 861     assertEquals(al.getGroups().size(), 1);
 862     assertSame(al.getGroups().get(0), sg);
 863     popupMenu.conservationMenuItem_actionPerformed(true);
 864     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 865     assertTrue(sp.isForConservation());
 866     sp.valueChanged(30);
 867     popupMenu.abovePIDColour_actionPerformed(true);
 868     sp = SliderPanel.getSliderPanel();
 869     assertFalse(sp.isForConservation());
 870     sp.valueChanged(40);
 871     assertTrue(sg.getGroupColourScheme().conservationApplied());
 872     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getConservationInc(), 30);
 873     assertEquals(sg.getGroupColourScheme().getThreshold(), 40);
 874
 875     /*
 876      * save project, close windows, reload project, verify
 877      */
 878     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverColourThresholds",
 879             ".jvp");
 880     tfile.deleteOnExit();
 881     new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
 882     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 883     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
 884             DataSourceType.FILE);
 885     Assert.assertNotNull(af, "Failed to reload project");
 886
 887     /*
 888      * verify alignment (background) colouring
 889      */
 890     rs = af.getViewport().getResidueShading();
 891     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof BuriedColourScheme);
 892     assertEquals(rs.getThreshold(), 10);
 893     assertTrue(rs.conservationApplied());
 894     assertEquals(rs.getConservationInc(), 20);
 895
 896     /*
 897      * verify group colouring
 898      */
 899     assertEquals(1, af.getViewport().getAlignment().getGroups().size(), 1);
 900     rs = af.getViewport().getAlignment().getGroups().get(0)
 901             .getGroupColourScheme();
 902     assertTrue(rs.getColourScheme() instanceof StrandColourScheme);
 903     assertEquals(rs.getThreshold(), 40);
 904     assertTrue(rs.conservationApplied());
 905     assertEquals(rs.getConservationInc(), 30);
 906   }
 907
 908   /**
 909    * Test save and reload of feature colour schemes and filter settings
 910    *
 911    * @throws IOException
 912    */
 913   @Test(groups = { "Functional" })
 914   public void testSaveLoadFeatureColoursAndFilters() throws IOException
 915   {
 916     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 917             ">Seq1\nACDEFGHIKLM", DataSourceType.PASTE);
 918     SequenceI seq1 = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0);
 919
 920     /*
 921      * add some features to the sequence
 922      */
 923     int score = 1;
 924     addFeatures(seq1, "type1", score++);
 925     addFeatures(seq1, "type2", score++);
 926     addFeatures(seq1, "type3", score++);
 927     addFeatures(seq1, "type4", score++);
 928     addFeatures(seq1, "type5", score++);
 929
 930     /*
 931      * set colour schemes for features
 932      */
 933     FeatureRendererModel fr = af.getFeatureRenderer();
 934     fr.findAllFeatures(true);
 935
 936     // type1: red
 937     fr.setColour("type1", new FeatureColour(Color.red));
 938
 939     // type2: by label
 940     FeatureColourI byLabel = new FeatureColour();
 941     byLabel.setColourByLabel(true);
 942     fr.setColour("type2", byLabel);
 943
 944     // type3: by score above threshold
 945     FeatureColourI byScore = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 946             Color.BLUE, null, 1, 10);
 947     byScore.setAboveThreshold(true);
 948     byScore.setThreshold(2f);
 949     fr.setColour("type3", byScore);
 950
 951     // type4: by attribute AF
 952     FeatureColourI byAF = new FeatureColour();
 953     byAF.setColourByLabel(true);
 954     byAF.setAttributeName("AF");
 955     fr.setColour("type4", byAF);
 956
 957     // type5: by attribute CSQ:PolyPhen below threshold
 958     FeatureColourI byPolyPhen = new FeatureColour(null, Color.BLACK,
 959             Color.BLUE, null, 1, 10);
 960     byPolyPhen.setBelowThreshold(true);
 961     byPolyPhen.setThreshold(3f);
 962     byPolyPhen.setAttributeName("CSQ", "PolyPhen");
 963     fr.setColour("type5", byPolyPhen);
 964
 965     /*
 966      * set filters for feature types
 967      */
 968
 969     // filter type1 features by (label contains "x")
 970     FeatureMatcherSetI filterByX = new FeatureMatcherSet();
 971     filterByX.and(FeatureMatcher.byLabel(Condition.Contains, "x"));
 972     fr.setFeatureFilter("type1", filterByX);
 973
 974     // filter type2 features by (score <= 2.4 and score > 1.1)
 975     FeatureMatcherSetI filterByScore = new FeatureMatcherSet();
 976     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.LE, "2.4"));
 977     filterByScore.and(FeatureMatcher.byScore(Condition.GT, "1.1"));
 978     fr.setFeatureFilter("type2", filterByScore);
 979
 980     // filter type3 features by (AF contains X OR CSQ:PolyPhen != 0)
 981     FeatureMatcherSetI filterByXY = new FeatureMatcherSet();
 982     filterByXY
 983             .and(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.Contains, "X", "AF"));
 984     filterByXY.or(FeatureMatcher.byAttribute(Condition.NE, "0", "CSQ",
 985             "PolyPhen"));
 986     fr.setFeatureFilter("type3", filterByXY);
 987
 988     /*
 989      * save as Jalview project
 990      */
 991     File tfile = File.createTempFile("JalviewTest", ".jvp");
 992     tfile.deleteOnExit();
 993     String filePath = tfile.getAbsolutePath();
 994     af.saveAlignment(filePath, FileFormat.Jalview);
 995     assertTrue(af.isSaveAlignmentSuccessful(),
 996             "Failed to store as a project.");
 997
 998     /*
 999      * close current alignment and load the saved project
1000      */
1001     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1002     af = null;
1003     af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(filePath,
1004             DataSourceType.FILE);
1005     assertNotNull(af, "Failed to import new project");
1006
1007     /*
1008      * verify restored feature colour schemes and filters
1009      */
1010     fr = af.getFeatureRenderer();
1011     FeatureColourI fc = fr.getFeatureStyle("type1");
1012     assertTrue(fc.isSimpleColour());
1013     assertEquals(fc.getColour(), Color.red);
1014     fc = fr.getFeatureStyle("type2");
1015     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1016     fc = fr.getFeatureStyle("type3");
1017     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1018     assertNull(fc.getAttributeName());
1019     assertTrue(fc.isAboveThreshold());
1020     assertEquals(fc.getThreshold(), 2f);
1021     fc = fr.getFeatureStyle("type4");
1022     assertTrue(fc.isColourByLabel());
1023     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1024     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "AF" });
1025     fc = fr.getFeatureStyle("type5");
1026     assertTrue(fc.isGraduatedColour());
1027     assertTrue(fc.isColourByAttribute());
1028     assertEquals(fc.getAttributeName(), new String[] { "CSQ", "PolyPhen" });
1029     assertTrue(fc.isBelowThreshold());
1030     assertEquals(fc.getThreshold(), 3f);
1031
1032     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type1").toStableString(),
1033             "Label Contains x");
1034     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type2").toStableString(),
1035             "(Score LE 2.4) AND (Score GT 1.1)");
1036     assertEquals(fr.getFeatureFilter("type3").toStableString(),
1037             "(AF Contains X) OR (CSQ:PolyPhen NE 0.0)");
1038   }
1039
1040   private void addFeature(SequenceI seq, String featureType, int score)
1041   {
1042     SequenceFeature sf = new SequenceFeature(featureType, "desc", 1, 2,
1043             score, "grp");
1044     sf.setValue("AF", score);
1045     sf.setValue("CSQ", new HashMap<String, String>()
1046     {
1047       {
1048         put("PolyPhen", Integer.toString(score));
1049       }
1050     });
1051     seq.addSequenceFeature(sf);
1052   }
1053
1054   /**
1055    * Adds two features of the given type to the given sequence, also setting the
1056    * score as the value of attribute "AF" and sub-attribute "CSQ:PolyPhen"
1057    *
1058    * @param seq
1059    * @param featureType
1060    * @param score
1061    */
1062   private void addFeatures(SequenceI seq, String featureType, int score)
1063   {
1064     addFeature(seq, featureType, score++);
1065     addFeature(seq, featureType, score);
1066   }
1067
1068   /**
1069    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1070    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views
1071    */
1072   @Test(groups = { "Functional" })
1073   public void testMergeDatasetsforViews() throws IOException
1074   {
1075     // simple project - two views on one alignment
1076     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1077             "examples/testdata/projects/twoViews.jvp", DataSourceType.FILE);
1078     assertNotNull(af);
1079     assertTrue(af.getAlignPanels().size() > 1);
1080     verifyDs(af);
1081   }
1082
1083   /**
1084    * pre 2.11 - jalview 2.10 erroneously created new dataset entries for each
1085    * view (JAL-3171) this test ensures we can import and merge those views This
1086    * is a more complex project
1087    */
1088   @Test(groups = { "Functional" })
1089   public void testMergeDatasetsforManyViews() throws IOException
1090   {
1091     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1092
1093     // complex project - one dataset, several views on several alignments
1094     AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
1095             "examples/testdata/projects/manyViews.jvp",
1096             DataSourceType.FILE);
1097     assertNotNull(af);
1098
1099     AlignmentI ds = null;
1100     for (AlignFrame alignFrame : Desktop.getAlignFrames())
1101     {
1102       if (ds == null)
1103       {
1104         ds = verifyDs(alignFrame);
1105       }
1106       else
1107       {
1108         // check that this frame's dataset matches the last
1109         assertTrue(ds == verifyDs(alignFrame));
1110       }
1111     }
1112   }
1113
1114   private AlignmentI verifyDs(AlignFrame af)
1115   {
1116     AlignmentI ds = null;
1117     for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1118     {
1119       if (ds == null)
1120       {
1121         ds = ap.getAlignment().getDataset();
1122       }
1123       else
1124       {
1125         assertTrue(ap.getAlignment().getDataset() == ds,
1126                 "Dataset was not the same for imported 2.10.5 project with several alignment views");
1127       }
1128     }
1129     return ds;
1130   }
1131
1132   @Test(groups = "Functional")
1133   public void testPcaViewAssociation() throws IOException
1134   {
1135     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1136     final String PCAVIEWNAME = "With PCA";
1137     // create a new tempfile
1138     File tempfile = File.createTempFile("jvPCAviewAssoc", "jvp");
1139
1140     {
1141       String exampleFile = "examples/uniref50.fa";
1142       AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(exampleFile,
1143               DataSourceType.FILE);
1144       assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1145       AlignmentPanel origView = (AlignmentPanel) af.getAlignPanels().get(0);
1146       AlignmentPanel newview = af.newView(PCAVIEWNAME, true);
1147       // create another for good measure
1148       af.newView("Not the PCA View", true);
1149       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(origView, "BLOSUM62",
1150               new SimilarityParams(true, true, true, false));
1151       // we're in the test exec thread, so we can just run synchronously here
1152       pcaPanel.run();
1153
1154       // now switch the linked view
1155       pcaPanel.selectAssociatedView(newview);
1156
1157       assertTrue(pcaPanel.getAlignViewport() == newview.getAlignViewport(),
1158               "PCA should be associated with 'With PCA' view: test is broken");
1159
1160       // now save and reload project
1161       Jalview2XML jv2xml = new jalview.project.Jalview2XML(false);
1162       tempfile.delete();
1163       jv2xml.saveState(tempfile);
1164       assertTrue(jv2xml.errorMessage == null,
1165               "Failed to save dummy project with PCA: test broken");
1166     }
1167
1168     // load again.
1169     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1170     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
1171             tempfile.getCanonicalPath(), DataSourceType.FILE);
1172     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
1173     // PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the
1174     // desktop
1175     assertEquals(frames.length, 2,
1176             "PCA and the tabbed alignment view should be the only two windows on the desktop");
1177     PCAPanel pcaPanel = (PCAPanel) frames[frames[0] == af ? 1 : 0];
1178
1179     AlignmentViewPanel restoredNewView = null;
1180     for (AlignmentViewPanel alignpanel : Desktop.getAlignmentPanels(null))
1181     {
1182       if (alignpanel.getAlignViewport() == pcaPanel.getAlignViewport())
1183       {
1184         restoredNewView = alignpanel;
1185       }
1186     }
1187     assertEquals(restoredNewView.getViewName(), PCAVIEWNAME);
1188     assertTrue(
1189             restoredNewView.getAlignViewport() == pcaPanel
1190                     .getAlignViewport(),
1191             "Didn't restore correct view association for the PCA view");
1192   }
1193
1194   /**
1195    * Test save and reload of DBRefEntry including GeneLocus in project
1196    *
1197    * @throws Exception
1198    */
1199   @Test(groups = { "Functional" })
1200   public void testStoreAndRecoverGeneLocus() throws Exception
1201   {
1202     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1203     String seqData = ">P30419\nACDE\n>X1235\nGCCTGTGACGAA";
1204     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(seqData,
1205             DataSourceType.PASTE);
1206     assertNotNull(af, "Didn't read in the example file correctly.");
1207
1208     AlignmentViewPanel ap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1209     SequenceI pep = ap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1210     SequenceI cds = ap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1211
1212     /*
1213      * give 'protein' a dbref to self, a dbref with map to CDS,
1214      * and a dbref with map to gene 'locus'
1215      */
1216     DBRefEntry dbref1 = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P30419", null);
1217     pep.addDBRef(dbref1);
1218     Mapping cdsmap = new Mapping(cds,
1219             new MapList(new int[]
1220             { 1, 4 }, new int[] { 1, 12 }, 1, 3));
1221     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("EMBLCDS", "2", "X1235", cdsmap);
1222     pep.addDBRef(dbref2);
1223     Mapping locusmap = new Mapping(null,
1224             new MapList(new int[]
1225             { 1, 4 }, new int[] { 2674123, 2674135 }, 1, 3));
1226     DBRefEntry dbref3 = new GeneLocus("human", "GRCh38", "5", locusmap);
1227     pep.addDBRef(dbref3);
1228
1229     File tfile = File.createTempFile("testStoreAndRecoverGeneLocus",
1230             ".jvp");
1231     try
1232     {
1233       new Jalview2XML(false).saveState(tfile);
1234     } catch (Throwable e)
1235     {
1236       Assert.fail("Didn't save the state", e);
1237     }
1238     Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
1239
1240     new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(tfile.getAbsolutePath(),
1241             DataSourceType.FILE);
1242     AlignmentViewPanel rap = Desktop.getAlignmentPanels(null)[0];
1243     SequenceI rpep = rap.getAlignment().getSequenceAt(0);
1244     assertEquals(rpep.getName(), "P30419");
1245     DBRefEntry[] dbrefs = (DBRefEntry[]) rpep.getDBRefs().toArray();
1246     assertEquals(dbrefs.length, 3);
1247     DBRefEntry dbRef = dbrefs[0];
1248     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1249     assertNull(dbRef.getMap());
1250     assertEquals(dbRef, dbref1);
1251
1252     /*
1253      * restored dbrefs with mapping have a different 'map to'
1254      * sequence but otherwise match the original dbrefs
1255      */
1256     dbRef = dbrefs[1];
1257     assertFalse(dbRef instanceof GeneLocus);
1258     assertTrue(dbRef.equalRef(dbref2));
1259     assertNotNull(dbRef.getMap());
1260     SequenceI rcds = rap.getAlignment().getSequenceAt(1);
1261     assertSame(dbRef.getMap().getTo(), rcds);
1262     // compare MapList but not map.to
1263     assertEquals(dbRef.getMap().getMap(), dbref2.getMap().getMap());
1264
1265     /*
1266      * GeneLocus map.to is null so can compare Mapping objects
1267      */
1268     dbRef = dbrefs[2];
1269     assertTrue(dbRef instanceof GeneLocus);
1270     assertEquals(dbRef, dbref3);
1271   }
1272 }