test/jalview/schemes/ResidueColourSchemeTest.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.Profile;
   8 import jalview.datamodel.ProfileI;
   9 import jalview.datamodel.Profiles;
  10 import jalview.gui.JvOptionPane;
  11
  12 import java.awt.Color;
  13
  14 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 public class ResidueColourSchemeTest
  18 {
  19
  20   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  21   public void setUpJvOptionPane()
  22   {
  23     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  24     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  25   }
  26
  27   @Test(groups = "Functional")
  28   public void testAboveThreshold()
  29   {
  30     /*
  31      * make up profiles for this alignment:
  32      * AR-Q
  33      * AR--
  34      * SR-T
  35      * SR-T
  36      */
  37     ProfileI[] profiles = new ProfileI[4];
  38     profiles[0] = new Profile(4, 0, 2, "AS");
  39     profiles[1] = new Profile(4, 0, 4, "R");
  40     profiles[2] = new Profile(4, 4, 0, "");
  41     profiles[3] = new Profile(4, 1, 2, "T");
  42     ResidueColourScheme rcs = new ResidueColourScheme();
  43     rcs.setConsensus(new Profiles(profiles));
  44
  45     /*
  46      * no threshold
  47      */
  48     rcs.setThreshold(0, true);
  49     assertTrue(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  50     assertTrue(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  51     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 0));
  52     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  53     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  54     assertTrue(rcs.aboveThreshold('t', 3));
  55     assertFalse(rcs.aboveThreshold('Q', 3));
  56
  57     /*
  58      * with threshold, include gaps
  59      */
  60     rcs.setThreshold(60, false);
  61     assertFalse(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  62     assertFalse(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  63     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  64     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  65     assertFalse(rcs.aboveThreshold('t', 3)); // 50% < 60%
  66
  67     /*
  68      * with threshold, ignore gaps
  69      */
  70     rcs.setThreshold(60, true);
  71     assertFalse(rcs.aboveThreshold('a', 0));
  72     assertFalse(rcs.aboveThreshold('S', 0));
  73     assertTrue(rcs.aboveThreshold('R', 1));
  74     assertFalse(rcs.aboveThreshold('W', 2));
  75     assertTrue(rcs.aboveThreshold('t', 3)); // 67% > 60%
  76   }
  77
  78   /**
  79    * Test colour bleaching based on conservation score and conservation slider.
  80    * Scores of 10 or 11 should leave colours unchanged. Gap is always white.
  81    */
  82   @Test(groups = "Functional")
  83   public void testApplyConservation()
  84   {
  85     ResidueColourScheme rcs = new ResidueColourScheme();
  86
  87     // no conservation present - no fading
  88     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 12));
  89
  90     // cheat by setting conservation sequence directly
  91     // rather than calculating it - good enough for this test
  92     String consensus = "0123456789+*-";
  93     rcs.conservation = consensus.toCharArray();
  94
  95     // column out of range:
  96     assertEquals(Color.RED,
  97             rcs.applyConservation(Color.RED, consensus.length()));
  98
  99     /*
 100      * with 100% threshold, 'fade factor' is
 101      * (11-score)/10 * 100/20 = (11-score)/2
 102      * which is >= 1 for all scores i.e. all fade to white except +, *
 103      */
 104     rcs.setConservationInc(100);
 105     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 0));
 106     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 1));
 107     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 2));
 108     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 3));
 109     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 4));
 110     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 5));
 111     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 6));
 112     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 7));
 113     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 8));
 114     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 9));
 115     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 10));
 116     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 11));
 117     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 12));
 118
 119     /*
 120      * with 0% threshold, there should be no fading
 121      */
 122     rcs.setConservationInc(0);
 123     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 0));
 124     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 1));
 125     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 2));
 126     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 3));
 127     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 4));
 128     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 5));
 129     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 6));
 130     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 7));
 131     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 8));
 132     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 9));
 133     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 10));
 134     assertEquals(Color.RED, rcs.applyConservation(Color.RED, 11));
 135     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(Color.RED, 12)); // gap
 136
 137     /*
 138      * with 40% threshold, 'fade factor' is
 139      * (11-score)/10 * 40/20 = (11-score)/5
 140      * which is {>1, >1, >1, >1, >1, >1, 1, 0.8, 0.6, 0.4} for score 0-9
 141      * e.g. score 7 colour fades 80% of the way to white (255, 255, 255)
 142      */
 143     rcs.setConservationInc(40);
 144     Color colour = new Color(155, 105, 55);
 145     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 0));
 146     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 1));
 147     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 2));
 148     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 3));
 149     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 4));
 150     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 5));
 151     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 6));
 152     assertEquals(new Color(235, 225, 215), rcs.applyConservation(colour, 7));
 153     assertEquals(new Color(215, 195, 175), rcs.applyConservation(colour, 8));
 154     assertEquals(new Color(195, 165, 135), rcs.applyConservation(colour, 9));
 155     assertEquals(colour, rcs.applyConservation(colour, 10));
 156     assertEquals(colour, rcs.applyConservation(colour, 11));
 157     assertEquals(Color.WHITE, rcs.applyConservation(colour, 12));
 158   }
 159 }